183LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 183lA00
3HU9A 1L35A 1L88A 1C6FA 197LA 1DYAA 1L14A 251LA 3DN1A 140LA 1QUGA 1DYEA 4EXMA 4W51A 1L96A 1L84A 167LA 241LA 2B7XA 1G0LA 1QTZA 196LA 1L05A 177LA 1L76A 3HH6A 222LA 1KW5A 1G07A 1T97A 235LA 131LA 4ARJA 1SWYA 1L95A 1OV5A 3SB5A 1LYDA 1P7SA 1KW7A 1QTCA 209LA 3DN8A 1OVJA 1L89A 1DYDA 1C6PA 3FI5A 3PDSA 215LA 1L13A 1C6JA 4W59A 2OE4X 2RBQA 3C7WA 185LA 1CU6A 1C6LA 254LA 178LA 159LA 129LA 104LA 1L11A 1L37A 192LA 1P2RA 4AQNA 2B70A 146LA 145LA 4ARQA 2A4TA 3RUNA 255LA 213LA 170LA 1G0QA 128LA 3C81A 1LYIA 148LE 2O4WA 1P37A 1LI2A 3SB8A 216LA 155LA 137LA 2B73A 1L33A 166LA 1CV5A 1SX7A 1L85A 3GUOA 3FA0A 4GBRB 114LA 1P6YA 1LYFA 1L15A 1L82A 3C80A 1G0JA 1L94A 2F2QA 1PQDA 182LA 3HT8A 248LA 3HH5A 138LA 1G0GA 1C68A 1L10A 127LA 3G3VA 2B6YA 2RB1X 5I14A 4EKRA 2NTGA 1ZURA 1L72A 1SWZA 1L27A 227LA 1LWGA 1TLAA 1L48A 1G06A 1QT4A 1OYUA 3CDOA 1L50A 1L60A 1LI3A 261LA 3HU8A 247LA 3EMLA 4LDOA 1CV3A 1L83A 238LA 1PQOA 3HT7A 1T8FA 1L62A 2RB0X 1L69A 1QTDA 245LA 2RH1A 2RAZX 1L92A 4I7OA 126LA 228LA 1L56A 1CV6A 1L80A 1G0PA 2Q9EA 1L12A 1L58A 3F9LA 3GULA 1L51A 3VW7A 1L91A 1P56A 2OTZX 4I7LA 1L63A 3G3XA 2O7AA 1C67A 3C7YA 1L21A 1L66A 142LA 1LW9A 1L64A 1L45A 1C61A 189LA 4W56A 1D3JA 1CVKA 2Z6BA 4E97A 206LA 4I7MA 3GUIA 195LA 1DYCA 3C8RA 2CUUA 3HTDA 1P5CA 4I7QA 232LA 201LA 1QT7A 3OE9A 1L75A 119LA 4EKQA 3DN3A 2O79A 1P36A 171LA 111LA 2B72A 1L26A 1L23A 1L41A 1D2YA 3HTFA 1G1WA 2F47A 2RBRA 244LA 2ANXA 2B6TA 4GRVA 1L59A 1DYGA 1L18A 1C63A 1LI6A 3DN6A 3GUJA 217LA 4ARMB 1L68A 1P3NA 3DKEX 4I7PA 176LA 1T6HA 1L24A 1C64A 169LA 1DYFA 1QT8A 233LA 4I7JA 1L22A 249LA 1L25A 4YXCA 158LA 1JTMA 1LLHA 3FADA 1OVHA 1QS9A 1D2WA 1L98A 4IAPA 4PK0A 1CU0A 2OU8A 188LA 3SN6R 1OVKA 1OWZA 144LA 4ARQB 1L43A 252LA 3DMXA 1KS3A 1L52A 3LZMA 2RBOA 162LA 1L61A 4I7TA 1ZYTA 2B6ZA 1C60A 1C6HA 1L71A 1XJTA 3HT9A 3ODUA 1L77A 4K5YA 3CDVA 211LA 3GUPA 224LA 1T8GA 3V2WA 1L09A 1C6DA 4W53A 1G0MA 1L87A 230LA 110LA 2B6XA 1L54A 1KY0A 4W57A 1D3NA 1L28A 191LA 1C6CA 256LA 1CUQA 120LA 118LA 1QUOA 3QAKA 152LA 3OE8A 3SB9A 1D9WA 1L70A 212LA 1PQJA 3GUKA 1L01A 3C8SA 2RBNA 3K2RA 147LA 1XJUA 1L02A 1G1VA 3PBLA 1L79A 1QTVA 3DN0A 1CX7A 3OE0A 1C6TA 1L42A 3UONA 2RB2X 2B6WA 3DN4A 4PJZA 4ARLA 2OU0X 4EJ4A 3CDTA 125LA 2Q9DA 3HH3A 1LWKA 218LA 1B6IA 1L20A 1L39A 4W54A 1L34A 3HUKA 1C6AA 4EKSA 3SB7A 3HUAA 236LA 1L30A 1L40A 220LA 2LC9A 2OEAX 2LZMA 259LA 1L57A 1C6BA 4W55A 1L47A 1L81A 1CV1A 2HULA 1LPYA 1CV4A 3NYAA 239LA 164LA 4I7NA 1OV7A 1L03A 3HTBA 223LA 1L07A 242LA 184LA 3CDQA 1L73A 2OU9A 200LA 1LGUA 257LA 3DMVA 219LA 1L55A 3JR6A 1L74A 1C62A 1D3FA 161LA 1QT5A 1CX6A 2LCBA 180LA 108LA 3L64A 1OWYA 1PQMA 2HUMA 3D4SA 1QUHA 181LA 1L32A 1XEPA 3HDFA 1C65A 3L2XA 1L36A 1L17A 2B74A 1C6GA 2F32A 258LA 198LA 1LYGA 1L04A 1L0KA 1QTHA 1D3MA 1K28A 1PQIA 1WTHA 102LA 139LA 253LA 4W58A 250LA 3SBBC 3C83A 1L49A 122LA 163LA 1QSQA 1LYEA 150LA 3C8QA 4LDLA 141LA 1L19A 3F8VA 3C82A 4OO9A 112LA 1P64A 4ARMA 4I7SA 1CTWA 3DMZA 1ZWNA 4EPFA 1LGWA 1T8AA 2B75A 151LA 237LA 3CDRA 3HTGA 190LA 2L78A 2NTHA 1QSBA 1L46A 4LZMA 4EPIA 1CU2A 1L29A 1JTNA 199LA 1PQKA 1LGXA 210LA 3HH4A 4EKPA 1I6SA 1L38A 243LA 221LA 1L44A 2QARC 2OTYX 1G0KA 4I7RA 1NHBA 1CUPA 3SB6A 1L93A 3NY8A 1LYJA 2IGCA 4LDEA 1P46A 2RBSA 3HUQA 157LA 186LA 4W52A 1QS5A 1EPYA 3HDEA 4YX7C 2OE7X 262LA 3RZEA 260LA 174LA 4DAJA 187LA 2HUKA 1SSWA 4S0WA 225LA 1C6KA 3DNAA 1L65A 4DJHA 168LA 1C69A 6LZMA 3HT6A 214LA 1C6NA 240LA 2RAYX 109LA 3GUNA 1SX2A 1L08A 1SSYA 3OE6A 5LZMA 4DKLA 1DYBA 1C6QA 1L00A 1CU5A 4I7KA 246LA 229LA 2OE9X 3C7ZA 1QUDA 4YXAC 2QB0B 1L53A 1C6MA 234LA 7LZMA 231LA 103LA 160LA 1C6EA 1L97A 1QT6A 1QTBA 1JQUA 149LA 3HWLA 3V2YA 107LA 1L0JA 1KY1A 173LA 130LA 1L06A 143LA 1LYHA 3GUMA 1L16A 1KNIA 205LA 3DN2A 1L31A 156LA 1CU3A 2RBPA 1C6IA 123LA 172LA 1L99A 3NY9A 1CV0A 1L67A 175LA 1L90A 3SBAA 1L86A 226LA 2ANVA 1QT3A 1P2LA 183LA 113LA 115LA 1C66A 4ARPA 4ZPUA 3G3WA 165LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B0IA 4W96A 197LA 251LA 1LHMA 1GBSA 1QUGA 1DYEA 1L96A 1XGQC 167LA 2D4JA 4H9HA 1NWGA 1LKSA 3AGGG 3HH6A 222LA 6LYTA 1IR9A 4UWUA 4ARJA 1L95A 1OV5A 2W1LA 2ZNWY 4AGAA 1LYDA 1P7SA 3TXEA 1GBXA 2I6ZA 4OWCA 2DBTA 1C6PA 5IELA 3PDSA 3AYQA 2YVBA 3CSQA 1L13A 3A93A 3C7WA 4CFOA 1CU6A 1LSBA 129LA 3EO5A 2B70A 4HJZA 146LA 1NHEA 2A4TA 4GN5C 2ZIKA 4BAPA 4WG7A 5C6IA 3AGIA 3C81A 3LYTA 5APDA 4CFPA 1LI2A 2YBHA 166LA 3WPKA 1LZDA 4DQJA 1TEWA 1QTKA 1H87A 2AUBA 2Z18A 1B7SA 1VFBC 5LYTA 2F2QA 153LA 1PQDA 3HBDA 1HEPA 1VDQA 1DI5A 138LA 1G0GA 3G3VA 1JTTL 1ZURA 4FDYA 1L72A 4HV2A 4II8A 5J7CA 4DC4A 4DQ5A 1IC5Y 3P68A 1L60A 261LA 4LDOA 247LA 3HT7A 2MEIA 1GF4A 1CKFA 1UUZC 1GFTA 1GAZA 1T6VL 2Z2EA 2D91A 1XEIA 4XJFA 1LMOA 1LHKA 3VW7A 1L91A 4MCKA 4NSJA 3G3XA 7LYZA 142LA 4W56A 1C61A 2Z6BA 5FEKA 206LA 1LZYA 1UACY 3C8RA 1LZ4A 4G4CA 1P5CA 4RDSA 1IEEA 5KKJA 1NMMA 1YKZX 2B72A 2HUBA 1L26A 4TX7A 3RT5X 1VATA 1D2YA 1G1WA 1L18A 3GUJA 217LA 1RJCB 3FE0A 1P3NA 3DKEX 4RLNA 3CB7A 1LYSA 1CJ6A 176LA 3GXRA 1OUCA 2N5ZA 1JITA 1GBOA 1B2KA 1NBYC 233LA 169LA 1XEKA 4ETBA 1G7MC 5L3IA 1L25A 158LA 1HFXA 3EBAB 1OVHA 1L98A 4IAPA 1FLWA 3WPLA 1D0KA 1ZMYL 1GF7A 5LXWA 1D0LA 1OWZA 144LA 1LSAA 4ARQB 3M18B 252LA 1KS3A 4NGVA 2RBOA 1L61A 1C6HA 1WQMA 4H93A 4K5YA 3CDVA 1C6DA 4W53A 2YBLA 4H92A 1G0MA 230LA 1L54A 1D3NA 1HC0A 3OE8A 1L70A 3K2RA 1XJUA 1LSGA 4NGOA 4RLMA 1REZA 1L42A 2RSCA 3UONA 4IASA 5FHWA 1I20A 4ARLA 2OU0X 3OJPA 125LA 3HH3A 5FDJA 1LWKA 218LA 3IJUA 1LAAA 1C6AA 2HEDA 4LYTA 1LHJA 4MR1A 1L40A 1LZGA 2LZMA 5D5FA 259LA 1L57A 1C10A 2BQKA 1WTNA 4N1CC 3ZVQB 1FLUA 4PGJB 4W55A 3TXGA 1LZ5A 1C46A 1IWZA 3NYAA 4PHIA 1OV7A 3B0KA 3HTBA 1LSYA 5I53A 1GB2A 200LA 4J0LA 4ETDA 5HNCA 1LGUA 219LA 1L55A 3JR6A 1L74A 1D3FA 2LYZA 1CX6A 1OUIA 3L64A 3AGHA 2HUMA 1D0MA 1XEPA 1L32A 1L36A 1GFRA 4DD0A 5B1GA 1QTHA 1D3MA 3WW5A 4H9AA 1WTHA 3TMWA 102LA 2YBNA 5APEA 3SBBC 3C83A 3MGWA 4ML7A 1LYEA 3A91A 3G3AB 5LVGA 141LA 4I0CA 4NG1A 3SP3A 112LA 1G7HC 1P64A 2XJWA 4WM6A 2DQAA 4EPFA 1T8AA 151LA 3T6UA 3A6CY 4DYGA 4WL7A 190LA 2XBRA 135LA 1A4VA 1LZEA 1JTPL 199LA 1GPQC 1LGXA 1IP3A 1I6SA 2QARC 4DDCA 1CUPA 1XEJA 1J1PY 3LYOA 1B7PA 4J1AA 1LYJA 1D6QA 1LHHA 1P46A 1REMA 4DWXA 2BQNA 5HQ1A 2Z39A 3EMSA 3ATNA 2B5ZA 3K3TA 3RZEA 1F6RA 260LA 174LA 4WG1A 1IOTA 1HF4A 1JJ3A 4HJVA 3A6BY 3AZ4A 3DNAA 1HMLA 1B5YA 1IP4A 1UIFA 1QUTA 214LA 5F16A 3BKHA 2RAYX 2ZNXY 4EOFA 1SX2A 1L08A 3OE6A 1GD6A 4DKLA 1CU5A 1SLYA 229LA 2OE9X 3C7ZA 4YXAC 4H9CA 2DQHY 2DQCY 1LSPA 231LA 1OUGA 160LA 1QT6A 3HFMY 149LA 2W1MA 1KIPC 1Z55A 107LA 1L0JA 173LA 2VB1A 5KXWA 1BB5A 3ZVQA 1L16A 1HSWA 4W94A 1NQIA 3AZ5A 2Z37A 3P65A 2RBPA 4M6DA 4PJ2C 172LA 4BADA 1HELA 175LA 1L86A 2F30A 3W6CA 1IX0A 4NGZA 1UIGA 5DM9A 3WW6A 4ARPA 4ZPUA 1IP5A 1HMKA 3CQLA 1B0DA 3A92A 3A94A 4B4IA 2Y8PA 1GF6A 4YEOA 4J7VA 5KXSA 1WTMA 241LA 4HSFA 1RCMA 2B7XA 5IHGA 3TMUA 1L76A 1XFPL 133LA 3WXTA 1BQLY 1KW5A 1B7LA 235LA 131LA 1N4FA 209LA 1GAYA 1OVJA 3FI7A 3FI5A 4H1PA 1LYOA 2RBQA 2Z12A 4G4BA 1C6LA 1L37A 192LA 4AQNA 4N0JA 4WL6A 5APCA 213LA 4J1BA 170LA 128LA 2IFFY 2C8PA 5LVIA 2HU1A 1GE4A 148LE 4OOOA 216LA 2B73A 1CV5A 1SX7A 1B5UA 1OQMA 1QUSA 1LYFA 1L15A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3B0I A;  4W96 A;  197L A;  251L A;  1LHM A;  1GBS A;  1QUG A;  1DYE A;  1L96 A;  1XGQ C;  167L A;  2D4J A;  4H9H A;  1NWG A;  1LKS A;  3AGG G;  3HH6 A;  222L A;  6LYT A;  1IR9 A;  4UWU A;  4ARJ A;  1L95 A;  1OV5 A;  2W1L A;  2ZNW Y;  4AGA A;  1LYD A;  1P7S A;  3TXE A;  1GBX A;  2I6Z A;  4OWC A;  2DBT A;  1C6P A;  5IEL A;  3PDS A;  3AYQ A;  2YVB A;  3CSQ A;  1L13 A;  3A93 A;  3C7W A;  4CFO A;  1CU6 A;  1LSB A;  129L A;  3EO5 A;  2B70 A;  4HJZ A;  146L A;  1NHE A;  2A4T A;  4GN5 C;  2ZIK A;  4BAP A;  4WG7 A;  5C6I A;  3AGI A;  3C81 A;  3LYT A;  5APD A;  4CFP A;  1LI2 A;  2YBH A;  166L A;  3WPK A;  1LZD A;  4DQJ A;  1TEW A;  1QTK A;  1H87 A;  2AUB A;  2Z18 A;  1B7S A;  1VFB C;  5LYT A;  2F2Q A;  153L A;  1PQD A;  3HBD A;  1HEP A;  1VDQ A;  1DI5 A;  138L A;  1G0G A;  3G3V A;  1JTT L;  1ZUR A;  4FDY A;  1L72 A;  4HV2 A;  4II8 A;  5J7C A;  4DC4 A;  4DQ5 A;  1IC5 Y;  3P68 A;  1L60 A;  261L A;  4LDO A;  247L A;  3HT7 A;  2MEI A;  1GF4 A;  1CKF A;  1UUZ C;  1GFT A;  1GAZ A;  1T6V L;  2Z2E A;  2D91 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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