1KNIA

Stabilizing disulfide bridge mutant of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Structure of a stabilizing disulfide bridge mutant that closes the active-site cleft of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1kniA00
1CU0A 1L28A 3HUQA 188LA 1L63A 1OWZA 3C8QA 197LA 4W55A 4DJHA 4LDEA 1SSYA 137LA 123LA 1L84A 2F47A 3HH4A 1G0GA 1T8FA 1CUQA 3HH3A 1L72A 1C6KA 1L83A 1L57A 1L12A 4W54A 260LA 238LA 195LA 141LA 254LA 1C66A 1L13A 3HT6A 1QS9A 1C60A 1L38A 217LA 1L20A 1PQOA 1LW9A 1QUHA 253LA 1ZYTA 122LA 2HUMA 108LA 1WTHA 1QTDA 3FADA 118LA 4ARMA 3NY8A 1L41A 167LA 1L00A 1OYUA 1C6DA 4YX7C 192LA 191LA 210LA 3D4SA 166LA 152LA 3HDEA 2QARC 1G0MA 1LLHA 2B72A 4I7TA 247LA 3SB8A 1PQKA 1C65A 3JR6A 180LA 261LA 3C81A 4ARLA 236LA 3HU9A 1G07A 233LA 182LA 3HTGA 241LA 2OE9X 1L76A 3SB9A 139LA 149LA 2RBNA 1QUGA 4I7OA 3CDTA 4W57A 2RBPA 3SB6A 1CV4A 1XEPA 1C6MA 1QS5A 1L0JA 146LA 1L60A 227LA 196LA 2RB1X 1KW5A 2OEAX 1QT4A 2ANVA 2RBQA 1CV5A 1QT7A 4I7PA 1OV5A 1L69A 1T97A 3HU8A 245LA 2OE4X 4K5YA 1G0QA 223LA 2NTHA 1L94A 232LA 1D3FA 1CUPA 1LGWA 1C6EA 1OV7A 1CV3A 3C7YA 2O7AA 224LA 4EKSA 1L18A 4GBRB 1L01A 1P46A 143LA 163LA 1L49A 2RBSA 3QAKA 1G0JA 2RH1A 1L10A 1DYDA 1OVJA 1D3NA 1G0PA 1L39A 2OE7X 1LYDA 1L99A 1LYJA 243LA 3GUMA 104LA 3F9LA 1C6NA 1NHBA 212LA 199LA 1L88A 1QTZA 228LA 4PJZA 2ANXA 4W51A 129LA 1L07A 1P5CA 3PBLA 1L43A 3C83A 1KS3A 2OTYX 161LA 1OVHA 1P2RA 1T6HA 218LA 2IGCA 1C67A 3HTBA 1SWYA 250LA 1L89A 1D3MA 1I6SA 3DN2A 1P2LA 1QT8A 200LA 1P56A 1L65A 3SBBC 1L17A 174LA 1L85A 1D3JA 159LA 1LYEA 1L81A 102LA 1L90A 1L46A 1ZURA 155LA 4I7SA 1DYCA 1PQJA 4ARJA 1KNIA 3G3XA 147LA 4LDOA 2OU0X 3DN0A 1C6IA 3L64A 1L40A 1L51A 1L66A 1L52A 114LA 1C6FA 230LA 1G0LA 1L44A 1L47A 1L61A 1DYEA 1L09A 1C6HA 1P37A 3DN8A 229LA 157LA 4I7LA 3CDOA 3C8RA 5LZMA 184LA 1L67A 3C7WA 1LWGA 1L14A 256LA 2OU9A 3NY9A 127LA 1C6TA 125LA 1CV0A 2CUUA 214LA 168LA 1L35A 1PQDA 1EPYA 1JTMA 1LI2A 4PK0A 138LA 4E97A 4YXCA 3DMXA 1L55A 1CU2A 1C6PA 2B6XA 1SSWA 3V2YA 1CVKA 4W53A 187LA 1P36A 3NYAA 4I7MA 2LZMA 103LA 219LA 1D2WA 1CV6A 4GRVA 1OWYA 2B75A 1CV1A 178LA 4ARQA 109LA 4EJ4A 1QTVA 160LA 2OU8A 164LA 175LA 1C6GA 162LA 3HTFA 2HULA 3SN6R 4ARMB 3DN3A 3F8VA 2L78A 1L24A 3OE0A 176LA 1P6YA 1LWKA 3DKEX 3GUNA 1L96A 3GUJA 1TLAA 2B70A 3OE8A 240LA 1CTWA 1G1VA 189LA 1L34A 4I7KA 1L82A 251LA 1KW7A 2B6TA 4DKLA 2OTZX 130LA 1KY0A 4IAPA 4EPFA 181LA 1LYFA 1L53A 126LA 1L32A 2F32A 1D2YA 1L30A 1L05A 1QT6A 1L45A 4EXMA 4EKQA 1L91A 1T8GA 3CDVA 3C7ZA 120LA 113LA 3RZEA 1LPYA 2F2QA 1C6JA 173LA 3FI5A 3FA0A 1XJTA 3DN6A 110LA 1L54A 1C64A 1LGUA 1CX7A 1XJUA 1DYGA 1QSQA 1L93A 1G1WA 1L71A 1L68A 1L75A 1L19A 3C80A 2HUKA 2O4WA 1LI6A 169LA 1C6CA 1P7SA 3L2XA 1QTBA 258LA 206LA 2RAZX 4ARPA 4W52A 2NTGA 1L86A 1SX2A 1L0KA 1CU6A 1LYGA 170LA 1QT5A 2B74A 4I7QA 3HT9A 6LZMA 1DYFA 3LZMA 1QUDA 237LA 222LA 1L29A 1L79A 1G0KA 2B73A 1C6LA 3CDRA 2RBOA 3EMLA 145LA 1CU5A 1L25A 2RAYX 2LCBA 3HUAA 1JTNA 2LC9A 252LA 3DN1A 1L33A 5I14A 156LA 1L62A 1C69A 4LZMA 1L95A 2B6YA 257LA 1L16A 1L37A 4EPIA 1L56A 3SB7A 186LA 231LA 3SB5A 234LA 1L48A 1CU3A 1L36A 3V2WA 4W58A 4YXAC 1L87A 1QUOA 158LA 3UONA 1C6BA 4ZPUA 3GUIA 3K2RA 1L04A 235LA 3HT8A 221LA 1L03A 244LA 1L23A 209LA 3C8SA 198LA 3HTDA 1DYAA 3HH5A 3HT7A 3GUOA 1L59A 1L92A 213LA 1SWZA 3ODUA 112LA 165LA 1QT3A 1L98A 3DMZA 3GUPA 1L15A 1L08A 1L64A 205LA 4I7RA 2RBRA 1L80A 148LE 1SX7A 249LA 1T8AA 3DN4A 255LA 3DNAA 1L11A 1QSBA 1QTHA 1L27A 1L58A 1LYHA 3CDQA 246LA 1JQUA 3SBAA 3G3VA 4AQNA 4LDLA 111LA 3VW7A 107LA 248LA 262LA 225LA 177LA 3DMVA 1L06A 3GULA 4DAJA 1P3NA 1B6IA 4W56A 1L22A 1PQMA 4I7NA 1ZWNA 2A4TA 201LA 190LA 140LA 1KY1A 1OVKA 3HWLA 142LA 1L74A 1D9WA 3PDSA 4EKPA 1G06A 1L50A 2Q9DA 216LA 2B6ZA 115LA 215LA 2QB0B 1L97A 1P64A 172LA 150LA 259LA 3RUNA 4ARQB 239LA 171LA 3OE9A 151LA 1QTCA 1CX6A 220LA 3HUKA 3HH6A 1C63A 1L26A 1L21A 119LA 242LA 1L70A 211LA 2O79A 1PQIA 1C6QA 1L02A 1C61A 4OO9A 1C62A 3HDFA 4EKRA 2B6WA 4I7JA 2RB2X 226LA 2RB0X 128LA 1C68A 3C82A 3GUKA 185LA 144LA 131LA 1LI3A 1LYIA 1L73A 183LA 1L31A 2B7XA 2Q9EA 3G3WA 1L77A 3OE6A 4S0WA 2Z6BA 4W59A 1DYBA 1L42A 1K28A 7LZMA 1C6AA 1LGXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C10A 1JSFA 3C8QA 4NGOA 1YROA 3A90A 1WQNA 4PPOA 4W55A 1B5UA 5EBHA 1LZSA 137LA 1JEFA 3AB6A 3HBHA 2DQIY 1LSBA 1L12A 4W54A 1L13A 3A6CY 1I56A 5I4YA 1YQVY 1PQOA 1C7PA 2CJLA 1GFVA 4WLTA 3TXGA 4NSJA 1GFUA 1WTHA 3J6KA 4WM6A 2MEFA 1INUA 4ARMA 1YAOA 1L41A 1LYOA 1OYUA 1F0WA 1NWGA 4NHPA 192LA 1JPOA 1HSWA 3HDEA 2QARC 1G0MA 4B49A 5LIOA 5HQ1A 1BB4A 247LA 4NGYA 2ZYCA 2ZWBA 261LA 1GFJA 5KXWA 1DKJA 2Q0MX 4TSCA 4DQJA 2DQDY 1HFXA 3WUMA 149LA 2I6ZA 1IWVA 3CDTA 4NHTA 1CV4A 146LA 1L60A 2EIZC 4HTQA 4RW2A 1KW5A 1QT4A 4WO6A 1GFEA 4DD0A 1LZBA 4H8XA 1L69A 1T97A 3HU8A 1ALCA 1DZBX 2HUBA 1V7TA 4N1CC 3WH1A 9LYZA 1GDWA 2EQLA 1LZEA 2G4NA 1GE1A 4GCCA 4EKSA 163LA 2RBSA 5F14A 1IY4A 2RH1A 4ETDA 1GB3A 2OE7X 4OWBA 3WVXA 1NDGC 3F9LA 199LA 1QTEA 3PBLA 2BQCA 2VB1A 1LTMA 5KXOA 1YL1X 4LYTA 1D6QA 4RW1A 1QDTA 2IGCA 1C67A 3TXDA 1SWYA 1JKDA 1LSPA 1OUIA 5KXNA 1YAMA 3DN2A 1QT8A 200LA 1EQEA 1GAZA 4N0JA 4IJ4A 5F9XA 1L85A 2Z37A 4FDYA 1LYSA 1L81A 5IELA 4LFXA 155LA 5F81A 1G7MC 4WM1A 3QE8A 4ARJA 1KNIA 2MEAA 5LVJA 1IR8A 1L40A 4HTKA 2YBNA 1IWZA 1DYEA 1EL1A 1IX0A 1IEEA 2YSSC 2YDGA 3C7WA 1L14A 127LA 2CUUA 3LYOA 1JTMA 4TTDA 4GN3A 1L55A 1IP2A 3CSZA 1E8LA 1SSWA 3V2YA 4WM3A 1CVKA 4I0CA 1WVVA 3NYAA 4I7MA 1H6MA 103LA 4YENA 3MGWA 1D2WA 4GRVA 1OUJA 1AZFA 4WM4A 1CV1A 4EJ4A 109LA 1QTVA 2DKVA 3SN6R 3A34A 3DN3A 2DQGY 4O34A 2ZILA 1PZYA 3AW7A 176LA 1P6YA 1QQYA 4ANRA 4GCDA 1VFBC 1L96A 3IWRA 1NHEA 3OE8A 1CTWA 189LA 4HSFA 1IC7Y 2HEAA 4H1PA 2B6TA 3IJVA 4H91A 4OOTA 2I26L 1IWXA 4EPFA 1IP3A 3LYMA 126LA 1D2YA 2MEIA 3LYTA 1QT6A 1L45A 1LMNA 5A3ZA 2XBSA 3LHMA 3RZEA 3W6AA 1IO5A 1B9OA 173LA 1LYZA 3FA0A 1XJTA 1L54A 1C64A 1LGUA 1ZV5L 1L93A 1L71A 1JJ1A 2O4WA 1OUEA 1C6CA 258LA 2H9KA 1WQOA 3CSRA 3W6CA 4W52A 1VATA 2ZNWY 1B7RA 4LT2A 1GB9A 1L0KA 2CWIA 5I54A 4J1BA 1G7HC 1XEIA 1QSWA 3HT9A 1YANA 4WO9A 1QUDA 1UIEA 222LA 3QY4A 1L79A 4UWVA 2LCBA 4R6CA 3EXDA 1JTNA 2LC9A 3DN1A 1L33A 1LMOA 156LA 1L62A 1FLWA 1ZVYB 2DQFC 1L95A 2B6YA 257LA 1GF0A 1L37A 3M18B 5LVGA 231LA 1J1PY 1LMPA 1IWYA 1CU3A 1L36A 4W58A 4PJ2C 1LSYA 4NGLA 1LZTA 235LA 209LA 2DQEY 4LGKA 3HTDA 4G4HA 1DYAA 3HT7A 2XJWA 1SWZA 1L98A 3DMZA 4KT3A 1L08A 1L64A 205LA 1SX7A 255LA 3DNAA 1TCYA 1HNLA 3P64A 1NBZC 1JQUA 4AQNA 107LA 248LA 262LA 4QDNA 4LT3A 5FSTA 5D5FA 3SP3A 1YILA 153LA 2BQNA 2N5ZA 1YKZX 1BVKC 2ZQ4A 1HC0A 3A3RX 1TDYA 1ZWNA 5D5CA 4YOPA 142LA 3PDSA 216LA 2HECA 2QB0B 2D4JA 1P64A 4ARQB 1B7OA 1BB7A 3P68A 1A2YC 4NWHA 1CX6A 1L26A 1L21A 1LJKA 194LA 1KIQC 1A4VA 1IR9A 211LA 1JTTL 1C6QA 1D6PA 207LA 1HELA 2CDSA 4OO9A 1C62A 1XFPL 1HFYA 4I7JA 3WPJA 1LOZA 4RLNA 1W6ZA 3WL2A 2MEGA 1GBWA 5DN5A 1GB8A 185LA 144LA 2CGIA 1L73A 1LZYA 2B7XA 3G3WA 1DXJA 1IP6A 2Z6BA 1UBZA 1CJ7A 1IY3A 1K28A 3TXIA 1KIPC 1CU0A 3EO5A 188LA 2ZIJA 1HFZA 1L84A 2F47A 1T8FA 1CUQA 3IJUA 1L72A 1BB3A 5KXPA 1D0MA 4YEMA 3HBEX 195LA 4ML7A 1REYA 1B0DA 3AJNA 3WW5A 4NGWA 4WLYA 2BLXA 1QUHA 1RFPA 1ZYTA 4DD3A 2BQIA 4MSTA 108LA 1B2KA 3RNXA 4BAPA 5B07A 3NY8A 2H5ZA 1XEKA 4DWXA 167LA 1L00A 1KXXA 4HV2A 3D4SA 1GD6A 4XJIA 1NBYC 4N5RA 1LJFA 2F2NA 4HP0A 2WARA 4I7TA 2D6BA 1CJ9A 5HMJA 3W3EA 3JR6A 1UC0A 5T3FA 4ARLA 1GE4A 236LA 5KKIA 4H9IA 182LA 3HTGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C10 A;  1JSF A;  3C8Q A;  4NGO A;  1YRO A;  3A90 A;  1WQN A;  4PPO A;  4W55 A;  1B5U A;  5EBH A;  1LZS A;  137L A;  1JEF A;  3AB6 A;  3HBH A;  2DQI Y;  1LSB A;  1L12 A;  4W54 A;  1L13 A;  3A6C Y;  1I56 A;  5I4Y A;  1YQV Y;  1PQO A;  1C7P A;  2CJL A;  1GFV A;  4WLT A;  3TXG A;  4NSJ A;  1GFU A;  1WTH A;  3J6K A;  4WM6 A;  2MEF A;  1INU A;  4ARM A;  1YAO A;  1L41 A;  1LYO A;  1OYU A;  1F0W A;  1NWG A;  4NHP A;  192L A;  1JPO A;  1HSW A;  3HDE A;  2QAR C;  1G0M A;  4B49 A;  5LIO A;  5HQ1 A;  1BB4 A;  247L A;  4NGY A;  2ZYC A;  2ZWB A;  261L A;  1GFJ A;  5KXW A;  1DKJ A;  2Q0M X;  4TSC A;  4DQJ A;  2DQD Y;  1HFX A;  3WUM A;  149L A;  2I6Z A;  1IWV A;  3CDT A;  4NHT A;  1CV4 A;  146L A;  1L60 A;  2EIZ C;  4HTQ A;  4RW2 A;  1KW5 A;  1QT4 A;  4WO6 A;  1GFE A;  4DD0 A;  1LZB A;  4H8X A;  1L69 A;  1T97 A;  3HU8 A;  1ALC A;  1DZB X;  2HUB A;  1V7T A;  4N1C C;  3WH1 A;  9LYZ A;  1GDW A;  2EQL A;  1LZE A;  2G4N A;  1GE1 A;  4GCC A;  4EKS A;  163L A;  2RBS A;  5F14 A;  1IY4 A;  2RH1 A;  4ETD A;  1GB3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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