1G07A

Crystal structure of t4 lysozyme mutant v149c
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRCITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g07A00
1L91A 201LA 4K5YA 4W59A 1L09A 3FI5A 1C6GA 1PQKA 158LA 1G0LA 1SSWA 1QSQA 160LA 6LZMA 1L14A 1DYBA 7LZMA 1CX7A 1D2WA 1L11A 222LA 1P2LA 3DMXA 4LDEA 1G0GA 3GUJA 1QUOA 1PQDA 3C7YA 3C7ZA 1OV5A 2OTYX 4W57A 111LA 118LA 128LA 3V2YA 196LA 127LA 1C66A 150LA 1PQMA 102LA 3HT8A 1CV6A 1L79A 1L00A 1XJTA 110LA 119LA 3D4SA 1L53A 1C63A 2HUKA 1ZWNA 2Z6BA 161LA 1CUQA 1L87A 213LA 1L96A 3GUIA 3CDTA 1L62A 3HUAA 4ARQA 1C6MA 1OVKA 1T6HA 4EKPA 4ARMB 1TLAA 3EMLA 1SX7A 3GUMA 1L46A 1OV7A 1L74A 1LYJA 4ZPUA 1L22A 1LGUA 1QTCA 1CTWA 251LA 2RBOA 4W56A 1SWZA 256LA 247LA 218LA 4W55A 4I7NA 1L77A 3DMVA 1L17A 3HTBA 2OU9A 3HH4A 1LLHA 2A4TA 1L70A 1L63A 1D3FA 1LI2A 3C81A 1QTZA 184LA 3LZMA 1L08A 3DN8A 1C6KA 1P37A 1L92A 123LA 1L69A 1T8FA 1L42A 219LA 1DYFA 1LWKA 1L20A 122LA 1L0JA 2RBNA 2F32A 1C6LA 3V2WA 3HT9A 4W52A 1C6NA 1CU0A 3SB6A 4W58A 2LC9A 190LA 4I7QA 1L59A 232LA 2RBRA 3C8QA 3HWLA 151LA 1G0MA 3K2RA 1L35A 1NHBA 1L39A 1G1WA 1OWZA 198LA 4LZMA 1L64A 4I7OA 3PDSA 149LA 1L60A 3GUKA 1L84A 3HH6A 159LA 1KY1A 1L05A 3QAKA 3HUKA 1L51A 234LA 2OE7X 1LGWA 1LWGA 2RAYX 3SBBC 3HTFA 1CU3A 183LA 1C68A 2B7XA 1L83A 1L50A 1L86A 1G0QA 1CV4A 2B6TA 182LA 3HH3A 1DYGA 230LA 3L2XA 4W53A 3F9LA 1L93A 3HTDA 4IAPA 1C6BA 3RZEA 1L75A 174LA 1CV3A 1L44A 216LA 1QUGA 210LA 4DKLA 4GBRB 1L13A 1L88A 2B6XA 1L10A 1L30A 1C65A 1L41A 1L61A 239LA 1L97A 1QTBA 2O7AA 1LYHA 212LA 130LA 1L19A 1C6AA 4EKSA 236LA 4EPFA 3SB5A 1C62A 175LA 1D9WA 1L73A 1L72A 1L37A 233LA 1L76A 221LA 2B75A 1QTDA 3L64A 1L49A 1P3NA 227LA 115LA 258LA 1QT5A 3DKEX 4ARLA 1KNIA 2RBQA 1LYIA 187LA 2B74A 3HU8A 112LA 3C83A 1C6JA 235LA 2O4WA 189LA 1G0JA 3GUNA 1L07A 143LA 1PQJA 178LA 3GUPA 4EXMA 1CX6A 199LA 2IGCA 1G06A 1L98A 1DYEA 1C6TA 2ANXA 108LA 2B6YA 144LA 165LA 2LZMA 126LA 1P2RA 4I7TA 1L48A 1LYDA 1C6CA 1T97A 1JQUA 1L16A 169LA 1LYFA 180LA 1SWYA 191LA 1EPYA 4I7PA 1L94A 173LA 244LA 2OE9X 2B6ZA 254LA 214LA 2OU0X 4I7SA 1QT6A 2B72A 246LA 3VW7A 1D3MA 3CDOA 231LA 3DN2A 1C6FA 4EKRA 1P56A 1QT7A 2B73A 3C80A 2O79A 3JR6A 3DN6A 1C6HA 1CV1A 1DYDA 142LA 252LA 1QS9A 242LA 1L66A 1LI6A 167LA 188LA 2QB0B 1L33A 1P64A 3HU9A 4OO9A 1L15A 260LA 152LA 1L82A 1L54A 2RBPA 1QUHA 1P6YA 181LA 3PBLA 1DYAA 4YX7C 3DN0A 1L43A 113LA 1LYEA 1P5CA 2HULA 3G3VA 3OE8A 185LA 2ANVA 1SX2A 4ARQB 1B6IA 1CV0A 4S0WA 166LA 3ODUA 1L57A 3HDFA 3C7WA 253LA 4I7MA 1JTNA 4AQNA 209LA 255LA 1D3JA 1L99A 1OWYA 261LA 2CUUA 114LA 1L71A 1OYUA 248LA 3GULA 1C6IA 4EJ4A 104LA 137LA 1L01A 155LA 1L27A 171LA 240LA 1L68A 3HTGA 1WTHA 168LA 3OE0A 1C61A 2F2QA 3F8VA 1L56A 1KW5A 1L85A 2RH1A 257LA 1LGXA 1G07A 1QUDA 1CVKA 2OE4X 3HT6A 1C6PA 172LA 4ARJA 1L32A 1C6DA 206LA 3DNAA 4EKQA 3OE9A 1L02A 2RB0X 1ZURA 2LCBA 197LA 1L90A 1QSBA 1P7SA 1KS3A 3HDEA 1PQOA 4PK0A 107LA 1G0PA 3SB7A 2B70A 140LA 5I14A 3CDVA 186LA 238LA 4PJZA 1L47A 103LA 1L89A 249LA 156LA 1L52A 1XEPA 146LA 1C69A 192LA 1L81A 2F47A 2RB1X 3HUQA 245LA 145LA 1L21A 1L40A 3OE6A 3SB8A 1CUPA 2OTZX 1K28A 224LA 147LA 3RUNA 211LA 148LE 4LDOA 5LZMA 1L38A 139LA 1KY0A 1CV5A 225LA 1L04A 1QTVA 1L45A 223LA 3UONA 243LA 1L18A 1L55A 2RB2X 1G1VA 1SSYA 1LYGA 3CDRA 1L0KA 4I7JA 259LA 241LA 1L65A 120LA 4I7KA 1T8GA 1LPYA 1LI3A 2L78A 1QS5A 3SB9A 1QTHA 4ARPA 3SBAA 157LA 195LA 3HH5A 2Q9DA 4LDLA 4W54A 3FA0A 1L24A 2B6WA 1L31A 138LA 1KW7A 164LA 205LA 1CU2A 2RAZX 162LA 1QT4A 170LA 4YXCA 1LW9A 3FADA 3CDQA 1XJUA 163LA 3DN4A 3DN1A 2NTHA 2QARC 1L36A 2RBSA 228LA 1L12A 1L95A 1L06A 1OVHA 1P36A 3C82A 2NTGA 3G3XA 1P46A 177LA 262LA 1L80A 4I7LA 1JTMA 217LA 3C8RA 3NY9A 3DMZA 1CU6A 4DAJA 4GRVA 215LA 2OEAX 125LA 1L28A 1QT3A 1PQIA 1T8AA 1L26A 1L03A 1OVJA 3DN3A 1CU5A 3G3WA 3GUOA 3SN6R 1L34A 2OU8A 200LA 226LA 250LA 4ARMA 176LA 1C64A 1L58A 3NY8A 1L25A 229LA 4YXAC 1D3NA 4E97A 1L67A 1L29A 109LA 1G0KA 1D2YA 129LA 4W51A 1L23A 3NYAA 1I6SA 141LA 4I7RA 1C6EA 4DJHA 3C8SA 2HUMA 1C6QA 2Q9EA 237LA 1QT8A 3HT7A 1DYCA 4EPIA 1C67A 1C60A 1ZYTA 131LA 220LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L91A 1LZ4A 3A92A 1YQVY 1GB3A 1IVMA 158LA 1IOCA 1L14A 1LZCA 2DQGY 1CNSA 2FBDA 4B4JA 1NMMA 1HMLA 1GF3A 7LYZA 196LA 1FKVA 1C66A 150LA 4LYBA 3EBAB 1L79A 1I1ZA 1B5UA 3K3TA 1IY3A 3OK0A 2Z6BA 3CSRA 4WM6A 1BWJA 3QNGA 213LA 5LVHA 4HJYA 4OOOA 4NG1A 1L62A 3AZ4A 1LZ9A 1TLAA 1GF7A 1L46A 1KXXA 1IP5A 1O23A 1L74A 3WH1A 5KXMA 1G7JC 1WQQA 2YBLA 4GCCA 1REMA 2GV0A 1QTCA 251LA 3TXIA 1SWZA 1IY4A 4WM4A 1GBOA 218LA 4I7NA 3P66A 1IC7Y 1L77A 1L17A 1LCNA 132LA 1L63A 2BQLA 3C81A 1QQYA 3LZMA 3DN8A 1L0JA 3IJVA 4A7DA 3ULRA 2F32A 4XJDA 1UIBA 3HT9A 1CU0A 4R6CA 4TUNA 4PHIA 4ETBA 4LYMA 1H6MA 193LA 4GCEA 5L3HA 4LZMA 5KJ9A 3PDSA 1LZRA 3GXRA 3TMUA 3AYQA 5EBHA 3IWRA 4Z98A 1GF6A 1L05A 5JENB 2Z19A 2OE7X 1LGWA 1GF5A 1C68A 5LAFA 1L50A 1WVVA 2X0AA 2YBHA 5E9RA 1G0QA 1LZ5A 1LHKA 4DDBA 182LA 1DYGA 1GHLA 4KT3A 1FN5A 4H9IA 5KXZA 4M4OA 4NY5A 4ANRA 1C6BA 4NSJA 1L44A 216LA 4DKLA 1UIGA 1L88A 5KXPA 5LVIA 1L41A 2IHLA 4XENA 1JWRA 1B5ZA 4H8XA 1LYZA 1UBZA 4ETDA 5KXTA 4EPFA 3RU5A 4J7VA 1L73A 1L72A 233LA 2Z39A 1XGQC 1XGTC 2BAAA 3L64A 3DKEX 3IJUA 4CJ2A 1JJ0A 187LA 4KXIA 189LA 3FI7A 3GUNA 1L07A 1GF9A 1CX6A 199LA 4HV1A 1G06A 1HEWA 1LJJA 3CSZA 4D9ZA 2ANXA 4NGKA 108LA 3ZVQA 2HEEA 1BB3A 4N0JA 4ML7A 5B07A 1JQUA 4G4HA 169LA 2DQFC 4WLTA 1IP2A 1L94A 4AGAA 244LA 1B5XA 5LAGA 5B05A 2OU0X 1LJ4A 1QT6A 4J1BA 3VW7A 1YKYX 3WW6A 1LJNA 5KXWA 1C6FA 4R0FA 1QT7A 1GFKA 1DYDA 252LA 1QS9A 1B7SA 1L33A 2G4PA 5LIOA 1JTOL 4J1AA 1FKQA 4N9RA 1JHLA 4UWUA 1KIRC 1QUHA 3RT5X 3PBLA 4YX7C 5B06A 3DN0A 4DD0A 1JSEA 3G3VA 8LYZA 4ARQB 1IP7A 1CV0A 4S0WA 4M6DA 4I7MA 3ZVQB 1GEVA 1L99A 1VFBC 2H9KA 4RW2A 1PS5A 4HJVA 1UUZC 4EOFA 171LA 4KL7A 3W6AA 1LKSA 1NF5A 3AGIA 2F2QA 5APDA 5HLLA 2RH1A 1UIAA 3AW6A 1IWUA 1G07A 2ZIJA 1LHMA 1NQIA 4Z3MA 2YVBA 4ARJA 206LA 4EKQA 3A93A 4DT3A 1VAUA 5HMJA 1I56A 4W94A 1IO5A 1G0PA 140LA 2HEDA 5LXWA 1L89A 2DQAA 4RDSA 1C69A 192LA 1HSXA 145LA 1L21A 1BVKC 3OE6A 1XEIA 3LZTA 1CUPA 4X3BA 5LINA 4H9EA 4QY9A 3RUNA 2BQAA 148LE 139LA 1KY0A 1OUDA 1L04A 1JPOA 1L55A 3TXGA 1SSYA 1PZYA 1BQLY 2CDSA 5IDDA 1J1OY 241LA 1QUTA 3RNXA 4P2EA 4GCBA 4ETCA 1JTTL 5KY1A 1LJIA 2FYDA 1LI3A 2L78A 1JTPL 1QS5A 3ZEKA 1T3PA 1DZBX 157LA 4Z41A 3QE8A 4LDLA 1Z55A 1B7OA 1IP3A 164LA 2Z2FA 2RAZX 1GB6A 5APCA 170LA 4WL7A 3FADA 1IEEA 3A67Y 4GN3A 4NSIA 4OWCA 3DN4A 3GXKA 2BLYA 3TXBA 2XQOA 4OWHA 1IC4Y 2HTXA 1GBWA 1OVHA 1P36A 1LSBA 3C82A 3G3XA 177LA 3TMWA 1HHLA 4NGIA 1EQEA 3NY9A 4DAJA 1OUGA 3CT1A 4GRVA 215LA 1UCOA 2YBJA 4QEQA 4DYGA 1L03A 1LSPA 1CU5A 1L34A 2OU8A 3TXDA 1L58A 4PRUA 1UACY 5I4WA 1WTMA 1LZ8A 1D2YA 1LSZA 129LA 1JKAA 1YL0X 4I7RA 4XADA 3CQLA 237LA 1QT8A 4EPIA 1OUBA 220LA 3AB6A 5I4YA 4W59A 3TXEA 1PQKA 4NWEA 3D9AC 6LZMA 3LYZA 1DYBA 1QTKA 2Q0MX 3N9EA 1P2LA 1GF4A 1JJ3A 1QUOA 1PQDA 4NGLA 4N1EI 3V2YA 1KXYA 127LA 4DQ5A 5AMYA 1PQMA 1CJ7A 3HT8A 1IC5Y 4B0DA 4NGYA 4WLDA 3D4SA 5KKIA 4HSFA 2HUKA 2NWDX 4LGKA 1YIKA 161LA 1EL1A 1L96A 3CDTA 3HUAA 1LAAA 1T6HA 3EMSA 4EKPA 1SX7A 1OV7A 3BKVA 2HU3A 1WQPA 4ZPUA 3M3UA 1QDTA 1L22A 1LGUA 1YL1X 4LYOA 3WUNA 1INUA 4ET8A 1QTEA 247LA 4W55A 3F6ZA 3DMVA 2OU9A 3HH4A 1LLHA 1IWTA 1D0MA 1GDXA 1L70A 1LZNA 1D3FA 1LI2A 2YBNA 2FBBA 1L08A 1L69A 3G3BB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L91 A;  1LZ4 A;  3A92 A;  1YQV Y;  1GB3 A;  1IVM A;  158L A;  1IOC A;  1L14 A;  1LZC A;  2DQG Y;  1CNS A;  2FBD A;  4B4J A;  1NMM A;  1HML A;  1GF3 A;  7LYZ A;  196L A;  1FKV A;  1C66 A;  150L A;  4LYB A;  3EBA B;  1L79 A;  1I1Z A;  1B5U A;  3K3T A;  1IY3 A;  3OK0 A;  2Z6B A;  3CSR A;  4WM6 A;  1BWJ A;  3QNG A;  213L A;  5LVH A;  4HJY A;  4OOO A;  4NG1 A;  1L62 A;  3AZ4 A;  1LZ9 A;  1TLA A;  1GF7 A;  1L46 A;  1KXX A;  1IP5 A;  1O23 A;  1L74 A;  3WH1 A;  5KXM A;  1G7J C;  1WQQ A;  2YBL A;  4GCC A;  1REM A;  2GV0 A;  1QTC A;  251L A;  3TXI A;  1SWZ A;  1IY4 A;  4WM4 A;  1GBO A;  218L A;  4I7N A;  3P66 A;  1IC7 Y;  1L77 A;  1L17 A;  1LCN A;  132L A;  1L63 A;  2BQL A;  3C81 A;  1QQY A;  3LZM A;  3DN8 A;  1L0J A;  3IJV A;  4A7D A;  3ULR A;  2F32 A;  4XJD A;  1UIB A;  3HT9 A;  1CU0 A;  4R6C A;  4TUN A;  4PHI A;  4ETB A;  4LYM A;  1H6M A;  193L A;  4GCE A;  5L3H A;  4LZM A;  5KJ9 A;  3PDS A;  1LZR A;  3GXR A;  3TMU A;  3AYQ A;  5EBH A;  3IWR A;  4Z98 A;  1GF6 A;  1L05 A;  5JEN B;  2Z19 A;  2OE7 X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1L91 A;  1LZ4 A;  3A92 A;  1YQV Y;  1GB3 A;  1IVM A;  158L A;  1IOC A;  1L14 A;  1LZC A;  2DQG Y;  1CNS A;  2FBD A;  4B4J A;  1NMM A;  1HML A;  1GF3 A;  7LYZ A;  196L A;  1FKV A;  1C66 A;  150L A;  4LYB A;  3EBA B;  1L79 A;  1I1Z A;  1B5U A;  3K3T A;  1IY3 A;  3OK0 A;  2Z6B A;  3CSR A;  4WM6 A;  1BWJ A;  3QNG A;  213L A;  5LVH A;  4HJY A;  4OOO A;  4NG1 A;  1L62 A;  3AZ4 A;  1LZ9 A;  1TLA A;  1GF7 A;  1L46 A;  1KXX A;  1IP5 A;  1O23 A;  1L74 A;  3WH1 A;  5KXM A;  1G7J C;  1WQQ A;  2YBL A;  4GCC A;  1REM A;  2GV0 A;  1QTC A;  251L A;  3TXI A;  1SWZ A;  1IY4 A;  4WM4 A;  1GBO A;  218L A;  4I7N A;  3P66 A;  1IC7 Y;  1L77 A;  1L17 A;  1LCN A;  132L A;  1L63 A;  2BQL A;  3C81 A;  1QQY A;  3LZM A;  3DN8 A;  1L0J A;  3IJV A;  4A7D A;  3ULR A;  2F32 A;  4XJD A;  1UIB A;  3HT9 A;  1CU0 A;  4R6C A;  4TUN A;  4PHI A;  4ETB A;  4LYM A;  1H6M A;  193L A;  4GCE A;  5L3H A;  4LZM A;  5KJ9 A;  3PDS A;  1LZR A;  3GXR A;  3TMU A;  3AYQ A;  5EBH A;  3IWR A;  4Z98 A;  1GF6 A;  1L05 A;  5JEN B;  2Z19 A;  2OE7 X; 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