1GFAA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KDFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gfaA00
5LINA 1OUBA 2HECA 4YEOA 3TXJA 5B05A 1YANA 1GD6A 3A95A 1LMTA 1WTMA 4GLAA 4BS7A 4IATA 2A7FA 2Z39A 1KXWA 4G4CA 4QGZA 4TTDA 3QNGA 4LT0A 1YIKA 3A8ZA 1HEQA 1YAOA 1IP4A 2D4IA 3N9CA 1UIEA 1NBZC 4XJIA 2ZQ4A 3LN2A 1WQPA 4L41A 5KKJA 3EO5A 4H8XA 4E3UA 2HEAA 1QSWA 1GFHA 1JKDA 2NWDX 1OUEA 1SLYA 2HU1A 5FCPA 1BB3A 4H8ZA 3P4ZA 4B4IA 1UCOA 4AGAA 3IJUA 4OWCA 4Z3MA 2FYDA 5LVJA 4NGVA 4DD0A 1XSFA 4HPEA 1KIQC 2MEEA 2C8PA 4NFVA 3WYHA 5II3A 1HMLA 4GN3A 1JHLA 3A94A 1LHKA 1HFXA 1QUTA 1W6ZA 4R0FA 1TDYA 4ZFPA 1GAYA 1I1ZA 1G7HC 1JWRA 5E4PA 2BQBA 2EQLA 1MLCE 4X3BA 1QDTA 2CJLA 4H8YA 4ETBA 1PZYA 4OWHA 1LJ3A 1LAAA 5F9XA 4DT3A 4QY9A 4PRUA 3G3AB 1LZTA 1CNSA 3A3RX 1BHZA 3FI7A 4W96A 4C3WA 4LFPA 3WPLA 4N5RA 1G7JC 5LAFA 1LZAA 1GFEA 3WUAA 1HFZA 4WMGA 1IY4A 1OUDA 2ZNWY 1LMQA 1B5ZA 1GB8A 4A7DA 1E8LA 1IWXA 1DPXA 1JTPL 1GBXA 4DC4A 4II8A 4ET9A 1XEKA 4OOOA 3F6ZA 3G3BB 4OWBA 132LA 4HJZA 1CJ8A 4GCCA 1IWVA 3BKVA 1ALCA 1LSZA 2DQAA 5L3HA 3TMUA 3LYZA 1JITA 4NY5A 5LVKA 1DKKA 3LZTA 3M18B 5B59A 4IJ4A 1BWHA 1IOSA 2W1YA 2Q0MX 1GB5A 3SP3A 1WVVA 1YL1X 1LSFA 3N9AA 1GFJA 4WM2A 1REXA 4TUNA 4YENA 2VB1A 1UIHA 2GV0A 1HF4A 5KXMA 1IOTA 1GBSA 1GFKA 1VFBC 1XEIA 5KXOA 1UUZC 1HERA 3D3DA 4B49A 4KT3A 4ETEA 5F16A 1LSNA 4NHQA 5B1FA 5HMVA 1GB6A 4G9SA 5FEKA 3TXHA 5LA8A 4ZEEA 1V7SA 4G4HA 1KXYA 1JJ0A 1JJ3A 1RE2A 1HSWA 3QY4A 4Z46A 1LZ9A 4UWUA 5C6LA 4QDNA 1RJCB 1FBIX 1LZBA 2D4KA 4GN5C 4NGYA 2MEFA 1IC4Y 5L3IA 1LMOA 4QEQA 1DI4A 5F81A 1NBYC 1BWJA 1ZV5L 1KXXA 1LSGA 5B07A 5E9RA 1KIPC 4NHIA 2BQHA 3WVYA 2EKSC 3B6LA 3ATOA 3A90A 3W6FA 1V7TA 3P68A 4HTQA 4WOAA 2MEAA 4XJBA 1QSAA 4M4OA 1GE1A 1GF4A 1EQ4A 2BLYA 1XGQC 4NSGA 2Z2FA 2HTXA 3WW6A 4BADA 2LYMA 2RSCA 1IP1A 1UICA 5LXWA 1O23A 1REMA 2HEDA 2IFFY 4J1BA 135LA 1INUA 1UIFA 4LGKA 3WL2A 5HQ1A 3AZ5A 3FE0A 4IASA 3RU5A 4WLYA 5M1YA 1GB3A 1UA6Y 1VDQA 2G4QA 1GE3A 4YF2A 4R6CA 1LJEA 5LVGA 1GB0A 1JUGA 1JJ1A 4H9AA 3K3TA 2FBDA 4MR1A 1GXXA 1LYZA 1BB4A 1GE0A 2C8OA 2F4GA 1LSBA 2ZYPA 4LYMA 4OW1A 9LYZA 5AMYA 1WVUA 1LZYA 1TCYA 1GFAA 1FN5A 2PC2A 3M3UA 4H9BA 4N8ZA 2BLXA 1NF5A 1GBYA 4NHTA 4RW1A 1IP7A 1LSCA 1TEWA 1VDSA 3EMSA 1HMKA 1LCNA 2YBLA 1REZA 2ZIJA 5DLAA 2ZYCA 4WLDA 3TXDA 2D6BA 3WPKA 4LYOA 3CSQA 4TX7A 3A34A 4NSIA 5I4XA 2BAAA 1NMMA 4FJRA 5I4YA 1CKDA 2W1XA 3WUNA 1GB7A 1UBZA 4PJ2C 4DWXA 5I5QA 1N4FA 1EQEA 208LA 1JTTL 4HTKA 3J4GA 1IOQA 1B7SA 1TBYA 2YSSC 5APCA 2ZNXY 5KXTA 4LYBA 5ILCA 1VDPA 1F0WA 5I4WA 2FYCA 1QQYA 1UC0A 3W6EA 5KXRA 1DPWA 1GF6A 1LMCA 4Z98A 2EPEA 1HSXA 3OK0A 5F14A 3ULRA 4UWVA 133LA 5KXXA 3WVXA 1LHIA 1DI3A 2CDSA 1J1OY 2BQDA 2DKVA 4FDYA 4NG1A 3WXUA 4B0DA 4MCKA 3AJNA 1GBOA 134LA 1GEVA 1NHEA 3B0IA 1JEFA 2DQEY 1IOCA 1GBWA 1D6PA 1WQNA 4NGWA 2BQIA 1KIRC 2DQCY 1DKJA 5FELA 4NGJA 1HNLA 4RLNA 4DYGA 1C08C 3LYTA 4N1EI 1B5YA 1LTMA 2LYOA 4WLTA 3EXDA 1YKXX 1LZNA 5HNLA 1IVMA 4TSCA 3LYMA 4C5FA 1B7QA 2CWIA 2MEBA 3TMVA 3W6BA 1HEPA 2BQJA 2YBMA 1IP2A 1IX0A 1GF3A 1LMAA 4TSBA 3TMXA 4HV2A 4H9IA 153LA 1IORA 1GE2A 1DZBX 1AKIA 1DXJA 1HEMA 1D9UA 1LZ4A 1OUJA 1T6VL 4DD3A 5JENB 1LJKA 2BQCA 2HU3A 1NDMC 2MEGA 2WARA 4CJ2A 5KJ9A 1YAQA 1OQMA 3HFMY 4NSJA 4PGJB 2F30A 1WQMA 3BKHA 3OJPA 3W6AA 1GDXA 2B5ZA 2LZ2A 1LMNA 1LSAA 5DM9A 1UACY 1VATA 1BB5A 3A96A 3GXKA 1HFYA 1XFPL 3W6CA 5A3EA 1ZMYL 5LIOA 1HEWA 1NDGC 1GF7A 3ATNA 2F4AA 2DQFC 2I6ZA 2Z37A 1B2KA 3AB6A 3P65A 3QE8A 1LHHA 3AZ4A 3W6DA 3CT5A 2BQMA 4H9CA 4WL6A 1IC7Y 3B72A 2Z2EA 1LJJA 1CKHA 1LSEA 2MEHA 1NWGA 4B4JA 1B5UA 1LJFA 1LSDA 4CFPA 5K7OA 1AT6A 4NWHA 2G4PA 5J7CA 4NHPA 1GB2A 5IHGA 4RW2A 4DD9A 1NQIA 3GXRA 1G7IC 3P64A 1OUCA 1GE4A 4H93A 2MECA 1JKBA 3HBHA 4O34A 3TXIA 3WXTA 2CGIA 1FLWA 3ZEKA 1J1PY 2XBSA 1YAMA 1GDWA 1B7PA 3AW6A 1IWUA 6LYTA 2G4NA 1DQJC 1OUAA 1LJ4A 4B4EA 4DD1A 5L9JA 1SQ2L 1C7PA 1FLYA 4I0CA 4YEMA 2FBBA 2DBTA 1REYA 5KXPA 3CSZA 4LYTA 2H9KA 4ET8A 1CKCA 1B7RA 1MELL 3B0OA 4GN4A 3A6CY 2YBHA 3WUMA 2DQJY 5DN5A 2Y8PA 4GCEA 5F9UA 2YDGA 2BQEA 194LA 3CT1A 4XJDA 1B9OA 1WQOA 4OWEA 4BAFA 5APFA 4G4BA 1W08A 1LYYA 3AYQA 1H87A 4KXIA 1LHJA 2YBJA 5LYTA 1GAZA 1IR7A 2AUBA 4HP0A 5FHWA 1OUGA 1A4VA 1EL1A 2HUBA 3HBDA 1G7LC 1IC5Y 1JISA 1CJ9A 2ZIKA 2DQDY 1QUSA 1JSFA 1LZDA 1LZCA 1ZVHL 4GLVA 5KXNA 3TXFA 1GEZA 5KXKA 1ZVYB 3AGGG 2DQIY 4NGLA 1UIGA 2Z12A 1HC0A 2D91A 4TWSA 1YQVY 2Z18A 4XENA 3TXGA 1YAPA 5ILFA 4P2EA 1IWWA 1GFRA 1IR9A 1IP3A 1Z55A 4HJVA 2ZILA 4H91A 1XGPC 4KPMA 4NG8A 4WM5A 3A91A 1B5VA 2BQFA 2BQNA 5KKIA 1D0LA 4N0JA 5I53A 1IP6A 3T36A 1LHLA 5C6IA 4W94A 5LAGA 3TXKA 3IJVA 2IHLA 1LZ1A 1GF0A 3WH1A 4ETAA 2MEIA 5B1GA 1F6SA 1LJIA 1LMPA 2ZWBA 4PRQA 1GPQC 3CB7A 1B0DA 1FKQA 2BQOA 4YOPA 4J7VA 1LHMA 4AXTA 2BQGA 4WO9A 1UIDA 4I8SA 4B1AA 1BB6A 3WULA 4NWEA 3ZVQB 4J0LA 3ZVQA 1PS5A 1B7LA 4ETCA 1P2CC 2HEBA 1IWZA 3CSRA 1B5WA 5IDDA 5KXYA 5C6JA 3HBEX 4RLMA 5I54A 1LZEA 5LVIA 4NGZA 4XADA 3AGHA 4HPIA 1LSPA 4LT1A 5KXWA 5IELA 2DQHY 1FLUA 4H1PA 5HNCA 1LSYA 2XJWA 3A92A 3LHMA 1LKRA 1LOZA 1IWYA 1LJGA 2BQAA 3WW5A 1WQRA 1GFGA 4OWAA 1BVKC 4XJHA 1QTEA 1B5XA 1T3PA 1GBZA 4HTNA 1H6MA 2HEEA 3T6UA 1OUHA 3E3DA 2H5ZA 1F10A 2Z19A 1NKHA 1IY3A 4HV1A 1LZ8A 1B7NA 3RZ4A 2ZQ3A 4WM6A 4WM1A 4H90A 1C45A 4DD2A 1C43A 1LZ5A 3N9EA 4H92A 4LT3A 5FDJA 1JPOA 2Z38A 5A3ZA 5DL9A 4D9ZA 4DDBA 4DD7A 4NIJA 5KY1A 1UIBA 2N5ZA 1FKVA 1XGRC 3VWOA 1RFPA 4NGKA 1GWDA 3AW7A 3KAMA 1WQQA 1JIYA 1B7OA 1F6RA 1G7MC 3TMWA 2XTHA 1YKZX 3A6BY 4LZTA 5HLLA 4H9FA 1TAYA 1RCMA 1C46A 3LYOA 2BQKA 1JSEA 2EIZC 4WM4A 1VEDA 5T3FA 4LFXA 3IWRA 2D4JA 1JKAA 1LYSA 2YBIA 2LZTA 3B0KA 4XYYA 5LYMA 2W1LA 1AZFA 4Z41A 2LHMA 4U3XB 4LT2A 2I26L 3EBAB 3A93A 3J6KA 1BVXA 1WTNA 1CJ7A 1XGUC 5FSTA 3W3EA 1HENA 1D0MA 4GCFA 1LJHA 3TXBA 2HEFA 4WG7A 3AZ7A 1GF9A 4EOFA 4GCDA 1EQ5A 1LZ6A 5HMJA 3WU9A 7LYZA 1LZGA 1XGTC 4RDSA 1OUIA 1OP9B 4HJYA 1QTKA 4ML7A 3RT5X 5LA5A 4YM8A 1GF8A 1LSMA 1GFUA 4WG1A 4CHXA 1VAUA 5D5FA 4ZIXA 4BAPA 2LYZA 5LVHA 3CT0A 1CKGA 4EMNA 2W1MA 3WU8A 1BWIA 4XJGA 3P66A 1JTOL 4NGOA 1YROA 4G49A 2BPUA 1YL0X 4M6DA 1GF5A 2YVBA 5B06A 1I56A 8LYZA 5LYZA 4N1CC 3RW8A 3LZ2A 1B7MA 1LZSA 3A3QA 5APDA 2H9JA 1A2YC 1IP5A 5EBHA 3WPJA 2MEDA 1QIOA 4NSHA 1GFVA 5KXZA 1LZRA 2X0AA 1J1XY 4NGIA 5DN4A 1CKFA 4WM3A 3AZ6A 1GHLA 4H94A 1AT5A 4XN6A 2YBNA 1LYOA 1IEEA 4OOTA 4PHIA 1LJNA 4NHSA 1BQLY 4LYCA 4DDAA 3WU7A 5D5CA 1FDLY 193LA 1GB9A 3MGWA 4H9HA 2XBRA 1IIZA 4CGEA 5KXLA 4J1AA 1HELA 4MSTA 3TXEA 1QDRA 3AGIA 4WO6A 1BB7A 6LYZA 207LA 2F2NA 154LA 2I25L 2A7DA 1GFTA 1D6QA 4UWNA 4GCBA 1OUFA 4LYZA 4HSFA 2BQLA 4WL7A 4WLXA 1HHLA 1DI5A 1GXV2 1AM7A 1HEOA 4ANRA 4DDCA 1UIAA 1IWTA 1CJ6A 2DQGY 4N9RA 5APEA 3RNXA 3CQLA 1YILA 1D0KA 1C10A 1LPIA 4XJFA 4PPOA 5KXSA 1IR8A 1JKCA 1XEJA 4H9EA 1BGIA 4ETDA 1FLQA 3A67Y 4KL7A 1IO5A 1YKYX 4CFOA 4NEBA 1I20A 3WMKA 3D9AC 1RI8B 1LKSA 1VDTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CU3A 1L33A 114LA 4ARLA 4BS7A 1GD6A 1LMTA 1QTZA 4QGZA 188LA 1HEQA 3LN2A 1CX7A 1QSWA 1L46A 3QAKA 3SB8A 1C60A 2NWDX 4I7TA 253LA 5FCPA 1L35A 3VW7A 2B75A 1QTDA 4Z3MA 2FYDA 2MEEA 5II3A 224LA 1JHLA 175LA 1TDYA 1GAYA 2BQBA 1MLCE 1LAAA 126LA 1QT4A 4QY9A 1BHZA 1L16A 201LA 1L27A 4WMGA 2ZNWY 1SWZA 1B5ZA 1GB8A 1P3NA 1LWGA 1DPXA 1GBXA 4ET9A 1XEKA 4OWBA 4GCCA 198LA 4ARMB 1C6PA 2DQAA 1JQUA 120LA 3M18B 4IJ4A 1BWHA 1QT7A 2Q0MX 1GB5A 1WVVA 3N9AA 1GFJA 3RUNA 3V2YA 1HF4A 5KXMA 1IOTA 1PQJA 1HERA 3HT6A 3D3DA 4ZPUA 1CX6A 5HMVA 4W58A 4ZEEA 1KXYA 1JJ3A 3CDOA 3QY4A 1D3NA 1LZ9A 3DN8A 4UWUA 176LA 1QSQA 5L3IA 1IC4Y 1P2RA 107LA 1DI4A 3C81A 1BWJA 5E9RA 4NHIA 2EKSC 3A90A 3W6FA 4HTQA 3CDTA 4XJBA 1L45A 1EQ4A 2Z2FA 228LA 135LA 1UIFA 3WL2A 5HQ1A 1XEPA 1GB3A 1VDQA 1GE3A 235LA 3K3TA 4OW1A 9LYZA 1WVUA 1TCYA 1GFAA 4H9BA 2PC2A 2BLXA 1GBYA 1LPYA 1LSCA 1VDSA 3EMSA 1HMKA 3DN4A 4EPFA 2ZIJA 1L39A 1QTVA 1C62A 1L87A 3TXDA 2F2QA 2OE9X 1NMMA 4W51A 3WUNA 1SSWA 1N4FA 199LA 182LA 1IOQA 3J4GA 1TBYA 5KXTA 4LYBA 1F0WA 1CV4A 1UC0A 3W6EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LIN A;  1OUB A;  2HEC A;  4YEO A;  3TXJ A;  5B05 A;  1YAN A;  1GD6 A;  3A95 A;  1LMT A;  1WTM A;  4GLA A;  4BS7 A;  4IAT A;  2A7F A;  2Z39 A;  1KXW A;  4G4C A;  4QGZ A;  4TTD A;  3QNG A;  4LT0 A;  1YIK A;  3A8Z A;  1HEQ A;  1YAO A;  1IP4 A;  2D4I A;  3N9C A;  1UIE A;  1NBZ C;  4XJI A;  2ZQ4 A;  3LN2 A;  1WQP A;  4L41 A;  5KKJ A;  3EO5 A;  4H8X A;  4E3U A;  2HEA A;  1QSW A;  1GFH A;  1JKD A;  2NWD X;  1OUE A;  1SLY A;  2HU1 A;  5FCP A;  1BB3 A;  4H8Z A;  3P4Z A;  4B4I A;  1UCO A;  4AGA A;  3IJU A;  4OWC A;  4Z3M A;  2FYD A;  5LVJ A;  4NGV A;  4DD0 A;  1XSF A;  4HPE A;  1KIQ C;  2MEE A;  2C8P A;  4NFV A;  3WYH A;  5II3 A;  1HML A;  4GN3 A;  1JHL A;  3A94 A;  1LHK A;  1HFX A;  1QUT A;  1W6Z A;  4R0F A;  1TDY A;  4ZFP A;  1GAY A;  1I1Z A;  1G7H C;  1JWR A;  5E4P A;  2BQB A;  2EQL A;  1MLC E;  4X3B A;  1QDT A;  2CJL A;  4H8Y A;  4ETB A;  1PZY A;  4OWH A;  1LJ3 A;  1LAA A;  5F9X A;  4DT3 A;  4QY9 A;  4PRU A;  3G3A B;  1LZT A;  1CNS A;  3A3R X;  1BHZ A;  3FI7 A;  4W96 A;  4C3W A;  4LFP A;  3WPL A; 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 4YM8 A;  1GF8 A;  1LSM A;  1GFU A;  4WG1 A;  4CHX A;  1VAU A;  5D5F A;  4ZIX A;  4BAP A;  2LYZ A;  5LVH A;  3CT0 A;  1CKG A;  4EMN A;  2W1M A;  3WU8 A;  1BWI A;  4XJG A;  3P66 A;  1JTO L;  4NGO A;  1YRO A;  4G49 A;  2BPU A;  1YL0 X;  4M6D A;  1GF5 A;  2YVB A;  5B06 A;  1I56 A;  8LYZ A;  5LYZ A;  4N1C C;  3RW8 A;  3LZ2 A;  1B7M A;  1LZS A;  3A3Q A;  5APD A;  2H9J A;  1A2Y C;  1IP5 A;  5EBH A;  3WPJ A;  2MED A;  1QIO A;  4NSH A;  1GFV A;  5KXZ A;  1LZR A;  2X0A A;  1J1X Y;  4NGI A;  5DN4 A;  1CKF A;  4WM3 A;  3AZ6 A;  1GHL A;  4H94 A;  1AT5 A;  4XN6 A;  2YBN A;  1LYO A;  1IEE A;  4OOT A;  4PHI A;  1LJN A;  4NHS A;  1BQL Y;  4LYC A;  4DDA A;  3WU7 A;  5D5C A;  1FDL Y;  193L A;  1GB9 A;  3MGW A;  4H9H A;  2XBR A;  1IIZ A;  4CGE A;  5KXL A;  4J1A A;  1HEL A;  4MST A;  3TXE A;  1QDR A;  3AGI A;  4WO6 A;  1BB7 A;  6LYZ A;  207L A;  2F2N A;  154L A;  2I25 L;  2A7D A;  1GFT A;  1D6Q A;  4UWN A;  4GCB A;  1OUF A;  4LYZ A;  4HSF A;  2BQL A;  4WL7 A;  4WLX A;  1HHL A;  1DI5 A;  1GXV 2;  1AM7 A;  1HEO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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