1L55A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLNAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l55A00
182LA 114LA 1L68A 2RBSA 3CDRA 254LA 3DN3A 1NHBA 1KY0A 213LA 198LA 3F8VA 259LA 1L14A 1C6NA 1LI2A 1L52A 1SSWA 1L69A 1T8AA 1D3NA 2OTYX 1L43A 4ARQA 1C60A 231LA 3C7WA 1QS5A 246LA 3HT7A 1CV3A 102LA 3VW7A 1B6IA 3V2WA 1PQDA 1T6HA 205LA 2OE4X 1L53A 238LA 1LI3A 109LA 3OE0A 5I14A 210LA 4I7QA 4LDEA 1L24A 4DKLA 139LA 107LA 1L54A 1C6TA 164LA 1L76A 1L88A 4W54A 165LA 174LA 1TLAA 4ARLA 3HUAA 218LA 1L42A 3HUQA 152LA 223LA 4W59A 1L08A 1L17A 1L22A 1L92A 1P2LA 4YX7C 3SBAA 3HTBA 1L39A 1G1WA 1QTHA 131LA 7LZMA 1CU0A 1G0KA 3HT8A 1DYFA 1L71A 3CDOA 3FADA 253LA 2B6TA 1CU5A 3FA0A 3SB9A 1LYGA 3DN8A 1L29A 1L36A 1L93A 3LZMA 3GUOA 170LA 3GUKA 1L34A 172LA 1OWZA 1SWYA 1G0MA 3G3WA 1L44A 2F47A 1C6QA 3C7YA 2RAYX 1C6MA 3C7ZA 1L05A 229LA 1KY1A 142LA 4ARMB 4EKPA 4W55A 175LA 225LA 219LA 1L66A 3HH5A 3OE8A 1CVKA 2B72A 1PQMA 4EPFA 1L48A 1CUPA 166LA 4GBRB 1I6SA 4W53A 140LA 1LW9A 149LA 2RBQA 1OVKA 2O7AA 1L84A 4W52A 4ARQB 1L41A 1L91A 147LA 4OO9A 1T8GA 1LWKA 2QB0B 1C6DA 3PBLA 1DYAA 128LA 1SX7A 3C81A 1L65A 1L28A 236LA 1C6CA 1L86A 6LZMA 240LA 2OTZX 4LDOA 1OWYA 2RB1X 183LA 104LA 2NTHA 3SB6A 1XJUA 4ARMA 3G3VA 3UONA 1L55A 1CV4A 1KNIA 1D3JA 148LE 1C6EA 258LA 261LA 3HU8A 1L98A 2OU0X 1L37A 1L72A 4E97A 1P3NA 215LA 2LCBA 242LA 3CDQA 4W58A 248LA 4EKQA 1DYGA 201LA 3DNAA 4I7JA 190LA 1L01A 255LA 3NY9A 3NYAA 1LWGA 2RBRA 120LA 3HH3A 209LA 1L70A 1L18A 226LA 4YXAC 1L89A 1QUDA 1L27A 123LA 141LA 3HUKA 3ODUA 1L10A 1LYHA 157LA 3C80A 1L33A 187LA 1OVHA 1P5CA 108LA 127LA 1L59A 4AQNA 118LA 214LA 180LA 1CU6A 1L16A 186LA 1QTBA 1L50A 1WTHA 2Q9EA 4PK0A 224LA 4IAPA 1QTZA 1C6PA 1QTVA 211LA 2OE9X 1L07A 1CV0A 1C64A 2CUUA 247LA 158LA 1QSQA 4W57A 1C66A 1CX6A 4I7PA 2B7XA 1CU2A 1P46A 4PJZA 1L85A 1L09A 1SX2A 169LA 1JTNA 1L67A 3DMXA 1L0JA 1L46A 1L21A 168LA 235LA 3DN6A 3HTGA 1XEPA 1C6GA 1QTDA 3DKEX 2O79A 1L81A 1L49A 2RBOA 2ANVA 1QS9A 3HDFA 184LA 2HUKA 1LPYA 162LA 1QSBA 4DJHA 1D9WA 251LA 2HUMA 112LA 232LA 1L75A 4ARPA 2RBPA 1L35A 1T8FA 1D3MA 3L64A 1DYEA 2B70A 1KS3A 1C69A 3C83A 126LA 185LA 4LZMA 3JR6A 3G3XA 1QT5A 1L11A 1L58A 250LA 3SB7A 143LA 1CTWA 220LA 222LA 1CV6A 1L40A 2NTGA 1G0PA 2Q9DA 5LZMA 3D4SA 151LA 200LA 1C6JA 1D3FA 217LA 137LA 4ZPUA 1KW7A 3SBBC 2OU9A 237LA 1C67A 1LYFA 1L79A 1L23A 3DN0A 1LYJA 1G07A 2B74A 227LA 1L20A 1L06A 3OE6A 4S0WA 1P56A 2RH1A 1L26A 3F9LA 3DMVA 3C8RA 1L47A 1C6FA 1LYDA 2RB2X 1OV7A 1SSYA 1CV5A 1LYEA 1C65A 260LA 1G0GA 256LA 177LA 1L25A 144LA 2B6YA 4I7RA 3HTDA 156LA 3SN6R 1KW5A 167LA 129LA 3C8QA 230LA 1L56A 1CX7A 3SB8A 4EJ4A 1L62A 1C61A 138LA 1C6BA 1L51A 1QT7A 2OEAX 3CDTA 1OVJA 4DAJA 189LA 1L80A 1L03A 1JQUA 4EXMA 1OYUA 4ARJA 1L12A 3DMZA 160LA 1L30A 1L31A 3HTFA 2IGCA 4I7LA 1CUQA 3PDSA 243LA 1SWZA 1L57A 1OV5A 191LA 1C6AA 1L94A 2HULA 4LDLA 1L73A 1DYCA 1G0QA 1P37A 1K28A 122LA 4I7TA 3V2YA 1C68A 212LA 1L97A 3DN4A 171LA 1L13A 1P6YA 1CU3A 1LGUA 4I7KA 1L0KA 252LA 4EKRA 1L95A 1LI6A 1LGWA 1L61A 3GULA 2RBNA 3C8SA 1L90A 1PQOA 2B6ZA 3CDVA 2OE7X 3RZEA 262LA 2RB0X 3SB5A 145LA 1C6KA 239LA 3HWLA 2QARC 216LA 1L19A 173LA 1PQIA 2OU8A 1T97A 1ZYTA 197LA 2B75A 1C6HA 2Z6BA 3HH4A 1L83A 2LC9A 1QT8A 2B6XA 1PQJA 1L64A 3FI5A 1JTMA 4EPIA 1P7SA 103LA 1EPYA 257LA 110LA 4W56A 2F2QA 1C62A 3EMLA 3DN2A 125LA 150LA 1ZURA 1QUHA 3HH6A 3HU9A 130LA 3GUJA 1C63A 3RUNA 3GUMA 1L04A 1LLHA 119LA 4EKSA 2B73A 1L77A 155LA 4I7MA 1XJTA 2LZMA 1L45A 1L74A 3K2RA 1P64A 1L38A 241LA 115LA 2B6WA 1L96A 1DYDA 1D2WA 1G06A 176LA 1D2YA 249LA 4YXCA 1PQKA 3OE9A 1DYBA 1C6LA 1QT3A 4K5YA 3L2XA 2F32A 4GRVA 181LA 1LGXA 1L82A 245LA 1LYIA 244LA 195LA 163LA 1QTCA 1QT4A 2ANXA 2O4WA 1C6IA 3GUPA 188LA 1QUOA 1QUGA 228LA 199LA 233LA 4I7SA 1CV1A 3QAKA 4W51A 1P36A 1L60A 3GUIA 1L00A 113LA 2A4TA 4I7OA 178LA 1L63A 1L15A 1G0LA 1G1VA 1QT6A 3HT6A 192LA 221LA 3HT9A 146LA 3DN1A 3NY8A 234LA 1P2RA 4I7NA 3HDEA 1L02A 2RAZX 1L99A 3C82A 206LA 196LA 1G0JA 1L87A 159LA 3GUNA 1ZWNA 2L78A 1L32A 111LA 161LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TXGA 1F10A 114LA 2LYMA 2RBSA 3CDRA 254LA 1NHBA 3AB6A 1RI8B 213LA 3F8VA 259LA 1L14A 4RW2A 4QY9A 4PRQA 3A3RX 4ZEEA 3TXJA 2BQJA 2Z38A 1YKYX 1FKVA 5IELA 1L43A 1D0MA 4O34A 2A7DA 2MEIA 3HT7A 1IOTA 1CV3A 1UICA 1XGTC 3VW7A 4KT3A 4B4IA 1PQDA 4OWAA 4NGJA 109LA 1LZ1A 1XGPC 4PHIA 1G7JC 3QY4A 2EKSC 4LDEA 4XENA 107LA 4XN6A 1GEZA 1TLAA 1LJEA 3HUAA 4H9HA 152LA 3W6AA 134LA 1C46A 1L17A 1L22A 1P2LA 2CDSA 3HTBA 4WM3A 1G1WA 4LYCA 1QTHA 1LSZA 2X0AA 5B06A 2W1MA 7LZMA 1FKQA 3SB9A 3DN8A 5ILCA 1L29A 1L36A 1L93A 1DZBX 3GUOA 2BQHA 1BVXA 5LVIA 1LZNA 1L34A 4RDSA 1SWYA 1REYA 1G0MA 3D3DA 2Z2FA 4EKPA 4ARMB 3TXFA 5APEA 1XGQC 1XFPL 219LA 1L66A 3ZVQB 4EPFA 1CUPA 1NMMA 4LT0A 2LYOA 4W53A 1W08A 4NGWA 5T3FA 4RLMA 147LA 3PBLA 3QNGA 3WUAA 5II3A 3TMVA 2OTZX 2AUBA 4LDOA 183LA 4Z46A 1QUSA 3G3VA 4H9EA 4LYOA 4H9IA 1GBXA 1CKDA 1VEDA 1YAQA 1C6EA 1HEWA 1L98A 1CKGA 1L72A 4OWCA 4E97A 1GFJA 1Z55A 2LCBA 3CDQA 4WL6A 4EKQA 1DYGA 4J1BA 4I7JA 4CHXA 1G7LC 190LA 1L01A 1REZA 3NYAA 3NY9A 4H94A 4N5RA 4M6DA 1A2YC 5KY1A 2Z39A 1TEWA 2G4NA 4Z41A 1L89A 2HEAA 2NWDX 1L27A 4QDNA 141LA 3ODUA 4ZFPA 1LYHA 157LA 1EQEA 1L33A 1OVHA 1P5CA 4AQNA 1L59A 1YL0X 118LA 1CU6A 3T6UA 1OUDA 1L16A 1QTBA 1KXYA 5E9RA 224LA 1C6PA 1LJNA 5KXRA 2G4PA 1C64A 3EBAB 4OWEA 4W57A 1I20A 4WO9A 1IP7A 4GN4A 4PJZA 5LYTA 5KXYA 4DQ7A 1EL1A 2MEFA 1SLYA 2BQDA 1L46A 1REXA 1ZMYL 132LA 4W94A 1QTDA 3TXEA 4NGKA 1L49A 3W3EA 1WQRA 4B4JA 2HUKA 4Z3MA 1ZV5L 1QSBA 3TMWA 2VB1A 1LZTA 232LA 1L75A 2BQEA 1GB5A 2B70A 5I54A 1C69A 4GCDA 2MECA 1JKBA 3JR6A 1L11A 1DI4A 4HJVA 143LA 1LZCA 1CTWA 1BWIA 2ZYCA 1GDXA 222LA 1L40A 2Q9DA 5L3IA 2HEFA 5LVKA 1B9OA 217LA 3EXDA 137LA 3SBBC 2OU9A 1J1OY 4RW1A 237LA 2HTXA 2BQBA 1L23A 2B74A 1WVUA 2PC2A 4HV2A 3DMVA 3C8RA 1C6FA 1LYDA 5LINA 1C65A 144LA 4XJHA 5LVJA 3HTDA 1IP2A 167LA 3C8QA 4R6CA 138LA 1L51A 1LMTA 1LMCA 3CDTA 1BB4A 1OVJA 4DAJA 1IC7Y 1JQUA 4G4CA 4NSIA 4ETAA 1CUQA 243LA 3A91A 4LGKA 1E8LA 1LSNA 1OV5A 3CQLA 1C6AA 1NBYC 2HULA 4AXTA 1RE2A 4LDLA 3EO5A 1P37A 3V2YA 1GFUA 3DN4A 6LYTA 171LA 1L13A 4LT2A 1O23A 2DQFC 5KXWA 252LA 3A6CY 1GBWA 1L95A 1L61A 3GULA 1BQLY 1GPQC 4UWVA 1UUZC 2N5ZA 1B2KA 1GBSA 1WQNA 3SB5A 3A34A 1N4FA 239LA 2QARC 4TWSA 1OUAA 4U3XB 1GB3A 2OU8A 2B75A 3OK0A 1C6HA 5LYMA 1LJJA 2ZIKA 3FI5A 1SQ2L 1WQMA 1P7SA 1LYYA 1DPWA 1HMLA 2DQHY 257LA 4DD2A 2F2QA 1LZ9A 3EMLA 3DN2A 4II8A 1QUHA 3GUJA 3A96A 1VDSA 5I4XA 1L04A 1B5WA 4LYBA 4YENA 1LJFA 155LA 1XJTA 1WQQA 2F4GA 4ET8A 5C6IA 1L74A 4QGZA 3A90A 1L38A 5L9JA 1NWGA 1BVKC 2B6WA 5A3ZA 5KKJA 1I56A 1D2WA 1G06A 3CSRA 1QTEA 1RFPA 1LZYA 5FDJA 1DYBA 1C6LA 1H6MA 1HSXA 3CT5A 1L82A 1GF7A 3CT0A 1LYIA 4PGJB 195LA 1QT4A 4C5FA 5I4YA 1YKZX 4TUNA 188LA 199LA 1CKHA 233LA 4YEMA 1CV1A 3QAKA 1P36A 3GUIA 2A4TA 4J1AA 1QT6A 3HT6A 192LA 221LA 4ANRA 3NY8A 234LA 4J7VA 1XEJA 4YEOA 4G4HA 5I4WA 1L02A 3WULA 5A3EA 1QTKA 1G0JA 1D0LA 2L78A 2YBJA 1NBZC 1GEVA 2LZ2A 3MGWA 1D6PA 4NHSA 1LI2A 1CKCA 1SSWA 1CNSA 4WLTA 2OTYX 1C60A 1QS5A 5FHWA 4WG7A 1LJGA 4HV1A 3W6FA 102LA 5AMYA 1YILA 2FBDA 2MEHA 4NGIA 1L53A 1LI3A 1GFAA 3A93A 1REMA 5F16A 2YBMA 3AGHA 139LA 1LYOA 1B7OA 1UACY 4WLDA 4HJZA 1KIRC 4ARLA 1L08A 3EMSA 1GE0A 1LHLA 4YX7C 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TXG A;  1F10 A;  114L A;  2LYM A;  2RBS A;  3CDR A;  254L A;  1NHB A;  3AB6 A;  1RI8 B;  213L A;  3F8V A;  259L A;  1L14 A;  4RW2 A;  4QY9 A;  4PRQ A;  3A3R X;  4ZEE A;  3TXJ A;  2BQJ A;  2Z38 A;  1YKY X;  1FKV A;  5IEL A;  1L43 A;  1D0M A;  4O34 A;  2A7D A;  2MEI A;  3HT7 A;  1IOT A;  1CV3 A;  1UIC A;  1XGT C;  3VW7 A;  4KT3 A;  4B4I A;  1PQD A;  4OWA A;  4NGJ A;  109L A;  1LZ1 A;  1XGP C;  4PHI A;  1G7J C;  3QY4 A;  2EKS C;  4LDE A;  4XEN A;  107L A;  4XN6 A;  1GEZ A;  1TLA A;  1LJE A;  3HUA A;  4H9H A;  152L A;  3W6A A;  134L A;  1C46 A;  1L17 A;  1L22 A;  1P2L A;  2CDS A;  3HTB A;  4WM3 A;  1G1W A;  4LYC A;  1QTH A;  1LSZ A;  2X0A A;  5B06 A;  2W1M A;  7LZM A;  1FKQ A;  3SB9 A;  3DN8 A;  5ILC A;  1L29 A;  1L36 A;  1L93 A;  1DZB X;  3GUO A;  2BQH A;  1BVX A;  5LVI A;  1LZN A;  1L34 A;  4RDS A;  1SWY A;  1REY A;  1G0M A;  3D3D A;  2Z2F A;  4EKP A;  4ARM B;  3TXF A;  5APE A;  1XGQ C;  1XFP L;  219L A;  1L66 A;  3ZVQ B;  4EPF A;  1CUP A;  1NMM A;  4LT0 A;  2LYO A;  4W53 A;  1W08 A;  4NGW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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