3C8RA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRGCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c8rA00
2B6TA 1L73A 1LYFA 3HUKA 3CDRA 187LA 1L90A 1L93A 4I7NA 5LZMA 3JR6A 1L48A 1L72A 1L21A 3DMXA 1QUGA 249LA 1PQDA 1C6PA 1D2WA 252LA 1QSQA 2RBNA 254LA 238LA 1I6SA 1C6FA 1P56A 1T8AA 261LA 2B7XA 5I14A 3OE8A 1D9WA 1PQMA 2B6ZA 2RH1A 197LA 1JTNA 3GUKA 3G3WA 1SX2A 1D3FA 2F32A 1LGWA 1LI6A 1LYHA 1L50A 3OE9A 1L70A 1OV7A 218LA 144LA 1QTVA 4W59A 1L41A 181LA 3DN2A 3L64A 191LA 2OU8A 3FI5A 143LA 3DN1A 1C62A 1T97A 1QUDA 3RUNA 1WTHA 4ARQB 1C6BA 1L05A 1QS5A 1L59A 1CX6A 1L04A 3CDTA 3HWLA 1P64A 3C8SA 3C7ZA 1L09A 139LA 7LZMA 1C6DA 3C83A 1L63A 123LA 2HULA 1L00A 3HTGA 175LA 4S0WA 217LA 262LA 177LA 107LA 3DN3A 3SB6A 1XJTA 1G0JA 1L26A 1QTCA 1DYEA 1T6HA 3SB9A 195LA 1QTHA 2LZMA 1CU3A 2Q9DA 3DNAA 1L44A 1PQIA 1L88A 1QTDA 1L15A 3D4SA 2LCBA 1L43A 158LA 174LA 4EKQA 209LA 1P3NA 156LA 165LA 1P46A 225LA 1C6IA 1L80A 4AQNA 2NTGA 1P2LA 3HU9A 4DKLA 1L12A 1QT8A 3GUMA 2RBSA 1L45A 2RB1X 231LA 3DN6A 1L67A 257LA 1EPYA 1L32A 1C68A 1L68A 1L92A 1L25A 233LA 1G0KA 109LA 4YXCA 239LA 185LA 1D3NA 1L13A 3L2XA 1CUPA 159LA 114LA 4I7QA 4W57A 1C6HA 1L94A 2L78A 1ZURA 1L40A 2B73A 227LA 1L38A 1T8GA 2A4TA 3HTFA 242LA 182LA 219LA 3DKEX 1QUHA 1L18A 1KY1A 1SWYA 1L58A 240LA 3HU8A 151LA 145LA 1SSYA 1LWGA 4LDEA 3SBBC 122LA 1DYAA 1G0LA 1CVKA 1G0PA 4I7KA 1C69A 140LA 1G07A 3RZEA 1L76A 113LA 1G1VA 3G3XA 162LA 1KNIA 2OE7X 1L37A 3UONA 149LA 1L49A 230LA 4DJHA 1L86A 3HH3A 1OWZA 150LA 1L02A 4K5YA 1LGUA 3SB5A 4W55A 4EKRA 1XJUA 1L0JA 1L60A 3ODUA 3SN6R 1OV5A 1LPYA 4ARPA 3C7YA 3HH6A 224LA 222LA 3OE6A 1KW7A 2ANXA 4ARQA 1LI2A 253LA 4ARJA 1L83A 189LA 161LA 3FADA 3C8RA 1L03A 1L56A 1L24A 232LA 258LA 260LA 1L99A 3GULA 1P36A 1L89A 210LA 212LA 205LA 3FA0A 1L31A 1L71A 2OU9A 147LA 1LGXA 1L30A 244LA 3SB8A 251LA 1L91A 1P37A 4GBRB 2RAYX 1L46A 127LA 1C6QA 1L27A 4W54A 1L0KA 206LA 102LA 1PQOA 2OE9X 3QAKA 1CU6A 2B74A 2RBRA 1L82A 3HH4A 198LA 2RB0X 3DN4A 2B6XA 1CV6A 1L79A 3HUAA 237LA 2Q9EA 250LA 3G3VA 1L08A 1CV0A 3GUIA 2LC9A 3HT6A 1G0GA 6LZMA 226LA 1L51A 138LA 1C64A 235LA 1L98A 3C7WA 1CV1A 2QB0B 1L54A 192LA 196LA 3NY9A 170LA 4ARMA 172LA 1L36A 214LA 1P6YA 1OWYA 3F9LA 1C6MA 1JQUA 4I7LA 3HT9A 126LA 180LA 3HT7A 1QT6A 4DAJA 3PDSA 1OVKA 1C6JA 2OEAX 1L10A 3LZMA 125LA 241LA 2RAZX 3CDOA 3DN0A 1G0MA 3CDQA 1D3JA 4GRVA 1LYIA 1LYDA 1P5CA 1L61A 3GUOA 1CV5A 3VW7A 1L22A 256LA 236LA 220LA 1L16A 1LI3A 1ZWNA 1DYBA 1CU2A 167LA 2NTHA 1QTBA 1L74A 1G1WA 1C61A 137LA 1LYEA 1L55A 1QS9A 2IGCA 3DMZA 1L17A 4YX7C 246LA 1L28A 4EKSA 4EPFA 1P7SA 1C6GA 1QT3A 1L11A 3V2YA 176LA 2Z6BA 4W56A 243LA 3PBLA 1CX7A 1SSWA 259LA 1L84A 4I7SA 2HUMA 1L66A 1C66A 119LA 1L47A 2B6YA 1LWKA 215LA 1DYFA 1G0QA 103LA 3C80A 1CV3A 1L69A 188LA 1D3MA 168LA 4W53A 1T8FA 4E97A 4LDOA 4I7MA 1L53A 141LA 1LYGA 2OTZX 1L97A 1L07A 1CU0A 112LA 221LA 2ANVA 104LA 146LA 1QT7A 129LA 3GUJA 247LA 1G06A 3HUQA 200LA 1KW5A 1C6AA 1L29A 3HH5A 4YXAC 3V2WA 4IAPA 118LA 1QT4A 248LA 3F8VA 155LA 3C82A 4W51A 4I7OA 1QUOA 1L65A 1L19A 4W52A 4I7TA 1C6TA 213LA 164LA 1NHBA 128LA 184LA 2RBQA 234LA 1C6CA 157LA 131LA 3CDVA 1B6IA 1C6LA 1ZYTA 1C60A 3OE0A 1L57A 1QT5A 1PQKA 216LA 183LA 142LA 186LA 1L35A 1C6EA 3C81A 3SBAA 1L81A 1CV4A 3HT8A 1DYGA 1SWZA 160LA 3HTDA 199LA 2HUKA 3NY8A 3SB7A 1L95A 2RB2X 2OU0X 4PK0A 4ZPUA 108LA 2CUUA 2RBOA 1L42A 115LA 2B70A 1L39A 1L96A 1LW9A 1L64A 166LA 1C63A 148LE 130LA 4I7PA 1L14A 4PJZA 3EMLA 1D2YA 3DMVA 120LA 1SX7A 4OO9A 4EKPA 1L87A 1P2RA 169LA 228LA 2B75A 2O79A 1C6KA 1C6NA 1L20A 1CUQA 1L75A 2OE4X 3K2RA 1OYUA 201LA 1L33A 1PQJA 171LA 1L85A 1L34A 1QSBA 245LA 190LA 1DYCA 229LA 2O4WA 110LA 1LLHA 1XEPA 2OTYX 1K28A 3NYAA 4ARMB 1L01A 3C8QA 2F47A 1C67A 1DYDA 1OVHA 211LA 2RBPA 223LA 1CTWA 1L62A 1JTMA 4LDLA 173LA 3HDEA 4W58A 4EJ4A 111LA 255LA 163LA 1C65A 4EPIA 3HTBA 4ARLA 1LYJA 1KS3A 1CU5A 2QARC 1L52A 4EXMA 1QTZA 3HDFA 1KY0A 2B72A 2O7AA 3GUPA 1OVJA 152LA 1L06A 178LA 3DN8A 4I7JA 2B6WA 1L77A 4LZMA 3GUNA 1TLAA 2F2QA 1L23A 4I7RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L73A 3HUKA 2YBNA 4KPMA 1L90A 1L72A 3P4ZA 1PQDA 4GCDA 2H9JA 5JENB 1C6FA 1T8AA 3AZ4A 1CJ9A 2XJWA 3G3WA 1DXJA 1LMPA 5APEA 1LI6A 1LHHA 4NHQA 3OE9A 3HBHA 1DKJA 1B5XA 144LA 4NGLA 1LHMA 3D3DA 3AZ6A 3DN2A 3W6CA 143LA 4WO6A 1QUDA 1GE4A 1WTHA 4ARQB 3W6BA 1C6BA 1L05A 1L59A 1IOCA 1LSMA 5HMJA 1L09A 1GF8A 3WU9A 3C83A 1NWGA 1LYZA 1L00A 175LA 217LA 4XJBA 177LA 107LA 3DN3A 1LSCA 4N5RA 4PGJB 1L26A 2XQOA 1FLWA 4Z41A 5HMVA 3SB9A 5DN4A 1HF4A 1QTHA 4WM6A 3J6KA 1ZV5L 4N9RA 3IJUA 1QIOA 1LCNA 1L15A 1LJNA 3D4SA 1L43A 1HEQA 158LA 174LA 1IY3A 1UIBA 1XEKA 1P46A 225LA 4AQNA 1AT5A 1LSDA 4DKLA 2ZIJA 1QT8A 2ZYPA 1JUGA 4WM2A 3LYTA 2YBJA 2Y8PA 233LA 2DQHY 4YXCA 4LFXA 5EBHA 2ZNXY 1LZBA 1KIRC 3EBAB 4I7QA 4MSTA 1V7TA 1L40A 1HNLA 2F2NA 6LYZA 2BQJA 5DLAA 240LA 4HJVA 1LWGA 1QQYA 1DI5A 1DYAA 1IVMA 1G0LA 4HPIA 1F6SA 1XEJA 1V7SA 2BQOA 1IP4A 5IDDA 1JPOA 4DDBA 3P65A 4DJHA 1VEDA 5C6LA 3HH3A 1HERA 1JIYA 1RFPA 4K5YA 3SB5A 3A6CY 1L60A 1LPYA 1GB9A 3FE0A 5F9XA 224LA 3OE6A 253LA 2W1XA 4WM5A 1ALCA 4ARJA 5I4WA 2HU1A 1HENA 3FADA 1IOQA 232LA 2D4KA 4TSBA 1JTOL 212LA 1HFXA 2BQGA 2G4PA 147LA 1LHLA 1G7IC 1WTMA 1LZRA 1L27A 4W54A 102LA 1PQOA 1CU6A 1GE1A 3B0OA 4B4IA 4UWUA 1HEWA 250LA 2BLXA 5DL9A 2LC9A 1LSAA 6LZMA 3LYZA 5LIOA 5AMYA 138LA 4NGIA 1TBYA 1CV1A 4DD7A 4XJHA 4GN3A 4J1BA 192LA 196LA 1LJIA 1LSZA 4ARMA 1VFBC 3WUAA 134LA 214LA 1OWYA 1JQUA 4I7LA 2BQCA 1F10A 1IC4Y 3HT7A 4WM1A 1QT6A 3QE8A 1UIEA 1OVKA 2ZYCA 1C6JA 1GAZA 2OEAX 2RAZX 3CDOA 3WPJA 3MGWA 1EQEA 4GRVA 1P5CA 4GN5C 3VW7A 4NHSA 1L16A 1ZWNA 1DYBA 5ILFA 1JEFA 4H9CA 5LA5A 1G1WA 1LYEA 1HHLA 3G3AB 2C8PA 3DMZA 2RSCA 3N9CA 246LA 4YX7C 2YVBA 1B7NA 1L11A 2HECA 1CKHA 5LVKA 4W56A 1B9OA 243LA 5KXOA 1DPWA 259LA 4DC4A 1L84A 1W6ZA 4HJYA 1TAYA 3WL2A 1C66A 4WLYA 1G0QA 2LYZA 103LA 1BB3A 1BB4A 3C80A 4H9HA 4M6DA 1GFJA 1L53A 1REYA 2DQIY 1BWJA 3A3QA 4BAFA 2G4NA 1TCYA 1OUDA 2ANVA 1IY4A 2VB1A 104LA 146LA 1BVXA 4N0JA 129LA 1LZ5A 1G06A 1C6AA 4YXAC 2HUBA 118LA 4QGZA 248LA 4I7OA 1QUOA 1QUSA 3WULA 4W52A 1C6TA 1JKAA 213LA 1HFZA 164LA 2EPEA 4WL6A 1VDSA 1DPXA 3P64A 1FLUA 5FCPA 1UICA 2GV0A 5L3HA 142LA 1DQJC 1J1OY 4YENA 3SBAA 3BKHA 1DYGA 160LA 1B7LA 2FYDA 2EIZC 1DZBX 2HUKA 3NY8A 1XFPL 4OW1A 3SB7A 1YAMA 4ZPUA 1DKKA 1GFRA 2CUUA 1L42A 115LA 4NGWA 1L64A 1C63A 1JISA 4I7PA 1L14A 3EMLA 120LA 5KXKA 1L87A 4OWEA 4DQ7A 1C6KA 1CUQA 3FI7A 1LJFA 201LA 1HSXA 190LA 1I56A 1A2YC 229LA 2O4WA 1IP1A 3A3RX 2B5ZA 3NYAA 4ARMB 1C67A 1OUCA 1BVKC 4NG8A 2LYMA 4EOFA 1L62A 5L3IA 2Z39A 1JTMA 173LA 4EJ4A 1LJ3A 3A34A 4RDSA 255LA 1IWWA 1KS3A 3CT5A 3HDFA 4IJ4A 5L9JA 1KY0A 4XN6A 2O7AA 1CKCA 178LA 4X3BA 2B6WA 3TXEA 1L77A 1IWTA 5M1YA 4I7RA 4LZTA 1GFUA 1GF0A 1LYFA 1GB8A 4LT3A 1L93A 3A92A 4J0LA 193LA 252LA 2RBNA 4WOAA 1D9WA 5II3A 3AGIA 197LA 1JKDA 1XEIA 153LA 2ZWBA 1LYHA 4C5FA 1C10A 5I53A 4W59A 181LA 4ML7A 191LA 3FI5A 1G7MC 3DN1A 1C62A 3RUNA 4CFOA 1B5VA 4ZIXA 2MEIA 4NHIA 3TMWA 3T36A 139LA 1ZMYL 1C6DA 4NGYA 1FLYA 3WPKA 1JWRA 4N1EI 1XJTA 2Q9DA 3DNAA 3LN2A 4A7DA 1GE3A 1L88A 4B0DA 1QTDA 2LCBA 4LYTA 1HFYA 1NF5A 3P66A 4EKQA 4UWNA 3A91A 1P2CC 1GEZA 2HEBA 3RW8A 1P3NA 165LA 1EQ4A 1L80A 5K7OA 1G7JC 1P2LA 3AJNA 4QEQA 4WL7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L73 A;  3HUK A;  2YBN A;  4KPM A;  1L90 A;  1L72 A;  3P4Z A;  1PQD A;  4GCD A;  2H9J A;  5JEN B;  1C6F A;  1T8A A;  3AZ4 A;  1CJ9 A;  2XJW A;  3G3W A;  1DXJ A;  1LMP A;  5APE A;  1LI6 A;  1LHH A;  4NHQ A;  3OE9 A;  3HBH A;  1DKJ A;  1B5X A;  144L A;  4NGL A;  1LHM A;  3D3D A;  3AZ6 A;  3DN2 A;  3W6C A;  143L A;  4WO6 A;  1QUD A;  1GE4 A;  1WTH A;  4ARQ B;  3W6B A;  1C6B A;  1L05 A;  1L59 A;  1IOC A;  1LSM A;  5HMJ A;  1L09 A;  1GF8 A;  3WU9 A;  3C83 A;  1NWG A;  1LYZ A;  1L00 A;  175L A;  217L A;  4XJB A;  177L A;  107L A;  3DN3 A;  1LSC A;  4N5R A;  4PGJ B;  1L26 A;  2XQO A;  1FLW A;  4Z41 A;  5HMV A;  3SB9 A;  5DN4 A;  1HF4 A;  1QTH A;  4WM6 A;  3J6K A;  1ZV5 L;  4N9R A;  3IJU A;  1QIO A;  1LCN A;  1L15 A;  1LJN A;  3D4S A;  1L43 A;  1HEQ A;  158L A;  174L A;  1IY3 A;  1UIB A;  1XEK A;  1P46 A;  225L A;  4AQN A;  1AT5 A;  1LSD A;  4DKL A;  2ZIJ A;  1QT8 A;  2ZYP A;  1JUG A;  4WM2 A;  3LYT A;  2YBJ A;  2Y8P A;  233L A;  2DQH Y;  4YXC A;  4LFX A;  5EBH A;  2ZNX Y;  1LZB A;  1KIR C;  3EBA B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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