1LSCA

The influence of temperature on lysozyme crystals. structure and dynamics of protein and water
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title The influence of temperature on lysozyme crystals. Structure and dynamics of protein and water.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lscA00
3CB7A 1LMTA 3P64A 5FEKA 3RNXA 2BAAA 4FDYA 4NHPA 3AZ5A 3B0IA 4KPMA 6LYZA 1GF0A 2DBTA 1GE2A 2HEFA 1VFBC 5LAGA 4H9CA 4DD3A 1GBXA 4XJBA 1DPXA 3J6KA 1DPWA 2BQNA 2CWIA 4XYYA 4TUNA 4R0FA 4QEQA 3CT5A 5IELA 3OJPA 5LYMA 1DZBX 3ZEKA 4GN4A 4YENA 1LAAA 4H9BA 3T6UA 1IORA 4LYOA 4NHQA 1KIPC 1GFGA 2ZYCA 2D4KA 4OWAA 1RFPA 4A7DA 1LYZA 1YQVY 1AT5A 3EMSA 1JSEA 4N0JA 1MELL 3WVYA 1LZAA 1GBYA 1GF5A 1LSYA 5LA8A 4C3WA 2D91A 1UIBA 3LN2A 4H1PA 1HSWA 1IY4A 4I8SA 4TSBA 5F9UA 4NGZA 4LT3A 5L9JA 1LZ6A 1AKIA 1JPOA 1WVUA 1JTTL 2BPUA 1LZTA 4NGKA 4ZEEA 1LSEA 3WPKA 5II3A 4LFPA 4LT2A 2MEHA 1LKRA 4WG7A 2C8PA 1OUDA 5A3EA 1XEKA 3G3BB 1CJ9A 5F16A 3BKHA 4CGEA 3B72A 2FBDA 4XJDA 2H9KA 1J1XY 3M3UA 1GFAA 1IR9A 4B0DA 2H9JA 1DI5A 4II8A 4LYZA 1IIZA 4C5FA 3TXHA 3P68A 4BADA 3WUMA 1HF4A 5KXWA 1A4VA 4WLTA 4U3XB 1LZ8A 1IWVA 1VDTA 1D6QA 2MEFA 1JWRA 1FKVA 1HEWA 1I56A 1VATA 4GN3A 1HHLA 5C6LA 1AT6A 1AM7A 2MECA 5DN5A 1KXXA 3J4GA 2F4AA 1T6VL 4ET8A 3IWRA 4YM8A 1LMPA 1H87A 1GB3A 1LJJA 4WO9A 5D5CA 3W6BA 4NGJA 5KXLA 4O34A 1OUHA 1B0DA 1XGPC 2I26L 1CKDA 4DD2A 1I20A 2Q0MX 2MEDA 5HMJA 5IHGA 2EPEA 5DLAA 3CT0A 2ZNWY 1XGRC 4GCDA 4DD9A 4XADA 3ATNA 1XGUC 4H94A 1EQ5A 4DD7A 1GB9A 4NSJA 1HFXA 4D9ZA 4OOTA 1IP1A 2LYMA 5KKJA 4H93A 5KY1A 3P65A 4H8YA 2BQBA 2IFFY 2YDGA 3WL2A 4LGKA 1YAPA 154LA 1B5VA 5HMVA 2MEAA 1LCNA 3LZ2A 1TEWA 1LJGA 1IOQA 1TDYA 2HEBA 3FI7A 3WXUA 1DKJA 1LZGA 1ZV5L 1B5ZA 1NHEA 2BQAA 4PRQA 4XJFA 5B1FA 2EIZC 1FBIX 3CSRA 1P2CC 135LA 1QIOA 3QY4A 4XENA 1GB0A 1XEIA 3WU7A 3AZ4A 1GE1A 1BVKC 5EBHA 2B5ZA 1B7MA 3A6BY 3AW7A 1OUIA 1G7IC 2EKSC 3OK0A 4OWEA 1IWTA 4Z98A 5KKIA 1CKGA 1LMAA 1GF7A 1NF5A 3RZ4A 1BB6A 3A92A 2DQGY 1IR8A 1OUEA 1YKXX 1KXWA 2LZTA 3EO5A 3FE0A 1GE0A 4N5RA 1MLCE 208LA 3QNGA 1JUGA 4ZIXA 2W1XA 3A93A 4ANRA 3TXFA 1IWXA 3T36A 1GD6A 5IDDA 3WW5A 4NHSA 3IJUA 1IC4Y 4WM6A 1J1OY 1OUBA 3ZVQB 2Z2FA 1JKBA 2BQHA 1AZFA 5KXPA 1CKHA 5F9XA 1I1ZA 4NGLA 1GB7A 2MEIA 194LA 2XTHA 2BQJA 5KXYA 5LA5A 2LYOA 1REMA 3F6ZA 1LJ4A 4LYTA 1LZ4A 1BGIA 2BQLA 3EBAB 4HJYA 1GFJA 2XBRA 3AGHA 134LA 3A6CY 4M6DA 1OUFA 1DI3A 1UIDA 1FDLY 1LZ9A 4NGVA 4NSHA 1DI4A 1LYYA 2DQAA 5C6IA 4YEMA 2YSSC 1IX0A 1V7TA 2H5ZA 1REZA 2WARA 4MR1A 5LIOA 3A91A 3A3QA 1WTMA 1YAOA 3CSQA 4I0CA 4WMGA 4TWSA 1OP9B 1GF4A 5DL9A 1HC0A 1IP2A 4NSGA 1LJEA 2X0AA 1GAZA 4OOOA 3WUAA 1LJ3A 4UWUA 5A3ZA 4NWEA 1CKFA 5I4YA 1B5UA 3AW6A 1UIFA 1O23A 2MEEA 4NHTA 1LSDA 1RJCB 4P2EA 4DDBA 4YEOA 2Z38A 2DQCY 2ZQ4A 1GEZA 4LT0A 2FYCA 1NWGA 4WO6A 4YF2A 1LSGA 2Z39A 4YOPA 3ZVQA 6LYTA 4NGIA 1IP7A 1LJHA 2NWDX 1LJFA 4HTKA 4H8ZA 1FLWA 4UWNA 3AZ7A 1BB4A 5LVHA 1A2YC 4NG8A 4XJGA 1G7MC 1GBOA 2AUBA 4GLAA 5AMYA 2F4GA 9LYZA 1JKCA 1YIKA 5LYZA 4UWVA 1LZBA 1C45A 1FN5A 1LZYA 1LJIA 4H9HA 5B06A 4EOFA 2Z19A 1YAQA 1B7LA 1XEJA 4H8XA 1GBSA 3TMXA 4EMNA 1REYA 1ZVHL 3P66A 4J1AA 1LYOA 4H9AA 4H92A 4NSIA 4AGAA 1YILA 4GCCA 4H9EA 4HSFA 3W6CA 5I4WA 3CSZA 4B1AA 4RW1A 4FJRA 1T3PA 2BQKA 4H9FA 4ZFPA 4J7VA 2HTXA 1VDSA 3LHMA 4M4OA 4ETCA 5KXRA 1IP4A 3MGWA 3VWOA 1KIQC 3HBDA 4B49A 1BWIA 1GB6A 1QQYA 1UIGA 1RE2A 4NFVA 5KXZA 1GF9A 3CT1A 1HSXA 1IWYA 4J1BA 2I25L 4DWXA 1GE3A 1IC5Y 4HPEA 5FSTA 3WUNA 1LHKA 1QTEA 4BS7A 4TTDA 3AZ6A 1BB3A 1HEMA 4WLXA 2HU1A 3A34A 5DN4A 1N4FA 1QDRA 1QUTA 2XBSA 5T3FA 3A90A 3W6FA 3WPJA 4E3UA 2BQDA 4H91A 1YROA 2EQLA 4BAFA 1LMCA 4L41A 1B7OA 2ZIJA 1GXV2 1GFVA 2DQDY 3HBEX 4TSCA 3AGIA 4XJHA 5F81A 1NKHA 1KXYA 8LYZA 1LJNA 1B7PA 3RU5A 5FCPA 1EL1A 1IWZA 1IOCA 2ZNXY 1UC0A 3BKVA 1JJ1A 7LYZA 4WL6A 4HJZA 1GDXA 1INUA 4H9IA 1GF6A 4HPIA 1YL0X 3RW8A 1FLQA 4G4HA 5KXOA 4Z3MA 3WH1A 1IWWA 1YANA 5KJ9A 2F2NA 3AB6A 3WPLA 3N9EA 5E4PA 5I5QA 3TMVA 4B4EA 4Z46A 1C7PA 1SQ2L 1YL1X 4RLMA 4GCFA 4XJIA 1DKKA 1B7RA 1QTKA 4GN5C 3GXKA 1NQIA 1B5YA 3D3DA 1VEDA 5L3HA 1CJ7A 3W3EA 2YBIA 1GEVA 4ETBA 4G4BA 1LZCA 3N9CA 4GCEA 1BQLY 1NBYC 5KXNA 4GCBA 1D0MA 1DXJA 4IATA 2DQJY 4NEBA 1GBZA 1HEOA 1XSFA 5APDA 1LYSA 1LSCA 5LAFA 4DT3A 1IEEA 2D6BA 3EXDA 1PZYA 1D6PA 2YBLA 1JHLA 3QE8A 1OUGA 1RI8B 1GF3A 1LZDA 2DQHY 2HEAA 1GFTA 4X3BA 5L3IA 1GAYA 3P4ZA 1GHLA 1OUCA 5B1GA 3TXJA 2PC2A 5LYTA 4KXIA 2BQGA 5KXTA 3AYQA 4WM1A 1GWDA 5I53A 2LHMA 4N1CC 1IP6A 1E8LA 4ETAA 1W6ZA 1BB7A 4WOAA 3WW6A 1NMMA 1WQQA 2FYDA 1TCYA 2ZILA 4KT3A 5LVKA 3TMUA 1LSFA 3HFMY 1H6MA 1CJ6A 4ET9A 1GFUA 193LA 1D0KA 1REXA 1WTNA 2A7FA 3IJVA 1LZRA 1FKQA 2HEDA 1V7SA 3W6DA 2D4JA 3AJNA 2ZYPA 1GFRA 1JTPL 1BHZA 2HUBA 1XGTC 3N9AA 2CDSA 1LHHA 1LSMA 4RW2A 1LZNA 2BLYA 1ALCA 1QDTA 2CGIA 5FHWA 2IHLA 3TXDA 4RDSA 1IC7Y 3RT5X 3LYTA 3WMKA 1ZMYL 4HV1A 3WVXA 4Z41A 1LMQA 2BQOA 4LFXA 1CNSA 1B5WA 1LZSA 1JKDA 3A94A 1TBYA 3WU8A 4CHXA 3TXIA 4ML7A 2MEGA 3K3TA 4PRUA 1F6RA 1YKZX 2YBNA 5APEA 1WQPA 3LYMA 4J0LA 4ETEA 1C10A 2RSCA 1OUAA 3D9AC 1LJKA 1CJ8A 1LHJA 3B6LA 1YKYX 4H90A 1HENA 1HEQA 2BQFA 3WXTA 4LYBA 4DYGA 1C43A 1F0WA 2N5ZA 3CQLA 1GPQC 1IP3A 1B7SA 1JEFA 1UCOA 1UICA 2BQIA 2DQIY 4HJVA 4NGYA 4OWCA 4RLNA 3TMWA 1LHIA 4N8ZA 1D0LA 4QGZA 3A3RX 1PS5A 1NDMC 4NGWA 4LT1A 1WQMA 4DDCA 2G4PA 4W94A 4AXTA 2LYZA 1JTOL 1IWUA 5K7OA 4N9RA 1LTMA 1UIHA 1VAUA 2ZIKA 3TXBA 1GFKA 4HV2A 4MCKA 5E9RA 4N1EI 4DD1A 1LPIA 1WVVA 1J1PY 1LMNA 2W1MA 1HELA 4WLYA 4PGJB 5KXSA 1HMLA 153LA 1UIAA 4WM2A 5B59A 1IOSA 3GXRA 4WM4A 5LVJA 4NWHA 5I54A 1LSBA 4XN6A 1GFEA 1SLYA 3SP3A 1LMOA 1FLYA 1GFHA 2DKVA 1F10A 1QUSA 4LYCA 1JISA 4WM3A 2A7DA 4G9SA 5DM9A 133LA 4TX7A 1VDQA 1F6SA 4B4IA 1HNLA 2DQEY 4OWBA 1IVMA 1LKSA 2D4IA 4B4JA 2VB1A 4QDNA 1NDGC 1JIYA 1GB5A 1QSAA 3AGGG 1YAMA 2Z12A 1G7LC 207LA 4G4CA 4KL7A 1JJ0A 4DD0A 1DQJC 5LXWA 4CJ2A 2HU3A 3ULRA 1WQRA 3E3DA 4ETDA 5JENB 1JITA 1GXXA 5KXXA 1LSAA 4IASA 1IOTA 1LHLA 1UBZA 1ZVYB 1HERA 1W08A 4OW1A 1VDPA 1B7NA 1UIEA 1RCMA 1LZ1A 1WQNA 2XJWA 2C8OA 1B9OA 2F30A 1LZEA 1UACY 4W96A 1BWJA 1IO5A 4WM5A 1NBZC 1B5XA 1HFYA 5ILCA 5APFA 4CFPA 1FLUA 1G7HC 3LYZA 1OQMA 1LHMA 2G4QA 1C08C 5FDJA 5M1YA 3TXGA 5I4XA 1LSNA 3TXKA 3W6AA 4NGOA 1EQEA 1CKCA 1LSZA 5HNCA 2FBBA 1B2KA 3ATOA 4WG1A 1OUJA 1JJ3A 4DC4A 5ILFA 2Z2EA 2Z37A 3A8ZA 5J7CA 2DQFC 4WLDA 3A95A 5B07A 4QY9A 1HEPA 1IP5A 1GBWA 2W1YA 4GLVA 1GB8A 5C6JA 1D9UA 2I6ZA 1C46A 3B0OA 1G7JC 3TXEA 4HTNA 1XFPL 4WL7A 5D5FA 2BLXA 1GF8A 4NG1A 4NIJA 1UUZC 2YBHA 2W1LA 3B0KA 5APCA 4CFOA 5B05A 3W6EA 4LYMA 2YBMA 1QSWA 2YVBA 3A67Y 1LZ5A 2LZ2A 3KAMA 3LYOA 5HNLA 4DDAA 1JSFA 1IR7A 4HTQA 5FELA 5LINA 2G4NA 4PPOA 1KIRC 1LOZA 4NHIA 5KXKA 3G3AB 4HP0A 4MSTA 4R6CA 1BWHA 1XGQC 1GE4A 1TAYA 2HEEA 1HFZA 2ZWBA 4BAPA 1BB5A 1GDWA 1HMKA 4OWHA 1EQ4A 1JKAA 4LZTA 4IJ4A 2GV0A 5F14A 1WQOA 1LSPA 1B7QA 1IY3A 2HECA 2BQEA 3WULA 2BQCA 2Z18A 5HQ1A 1UA6Y 2Y8PA 5HLLA 3A96A 1BVXA 2BQMA 4NY5A 5LVGA 3WYHA 1Z55A 3M18B 4PHIA 4G49A 4PJ2C 132LA 5LVIA 3HBHA 3WU9A 2YBJA 2CJLA 2MEBA 1GB2A 2ZQ3A 5KXMA 3LZTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KPMA 191LA 2HEFA 1VFBC 4H9CA 2CWIA 2OTYX 4QEQA 5IELA 5LYMA 3ZEKA 1DYBA 3FADA 4YENA 1LAAA 3HTBA 3T6UA 1IORA 241LA 2B6YA 4OWAA 1DYGA 1L16A 1L86A 3EMSA 141LA 180LA 1LZAA 1GF5A 189LA 1L27A 1LZ6A 2BPUA 2B75A 243LA 1LKRA 2C8PA 1OUDA 1XEKA 1CJ9A 4CGEA 3B72A 2FBDA 1GFAA 1DI5A 3C8SA 4LYZA 4BADA 1HF4A 1A4VA 4WLTA 4U3XB 1C6KA 1HEWA 220LA 2MECA 4ET8A 1L02A 4WO9A 7LZMA 5KXLA 4O34A 1B0DA 4DD2A 2Q0MX 1P37A 1C6HA 2EPEA 4PK0A 4XADA 219LA 1XGUC 4H94A 1EQ5A 1HFXA 3DN3A 4D9ZA 2LYMA 1L57A 232LA 154LA 3WL2A 5HMVA 3ODUA 3LZ2A 234LA 1IOQA 2HEBA 1ZV5L 4XJFA 2OE9X 217LA 2CUUA 3CSRA 4XENA 1C6NA 3AW7A 4Z98A 1L88A 1IWTA 1L99A 2LCBA 1NF5A 3HH3A 1BB6A 1IR8A 4N5RA 1L42A 208LA 1L48A 4ZIXA 4ANRA 3TXFA 178LA 155LA 1QTHA 3IJUA 1CV4A 1OUBA 1C62A 2Z2FA 5F9XA 4NGLA 1GB7A 1D9WA 4I7PA 2XTHA 1REMA 3F6ZA 2XBRA 4S0WA 3DN4A 1P2LA 1QT3A 1DI4A 2DQAA 5C6IA 2YSSC 1CU3A 1V7TA 2H5ZA 1REZA 4MR1A 1C6JA 4I0CA 1YAOA 3CSQA 1OP9B 5DL9A 4NSGA 2X0AA 3WUAA 4NWEA 3AW6A 3OE9A 4DDBA 1L79A 4YEOA 2DQCY 4LT0A 2FYCA 173LA 6LYTA 1LJHA 2NWDX 1CV0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CB7 A;  1LMT A;  3P64 A;  5FEK A;  3RNX A;  2BAA A;  4FDY A;  4NHP A;  3AZ5 A;  3B0I A;  4KPM A;  6LYZ A;  1GF0 A;  2DBT A;  1GE2 A;  2HEF A;  1VFB C;  5LAG A;  4H9C A;  4DD3 A;  1GBX A;  4XJB A;  1DPX A;  3J6K A;  1DPW A;  2BQN A;  2CWI A;  4XYY A;  4TUN A;  4R0F A;  4QEQ A;  3CT5 A;  5IEL A;  3OJP A;  5LYM A;  1DZB X;  3ZEK A;  4GN4 A;  4YEN A;  1LAA A;  4H9B A;  3T6U A;  1IOR A;  4LYO A;  4NHQ A;  1KIP C;  1GFG A;  2ZYC A;  2D4K A;  4OWA A;  1RFP A;  4A7D A;  1LYZ A;  1YQV Y;  1AT5 A;  3EMS A;  1JSE A;  4N0J A;  1MEL L;  3WVY A;  1LZA A;  1GBY A;  1GF5 A;  1LSY A;  5LA8 A;  4C3W A;  2D91 A;  1UIB A;  3LN2 A;  4H1P A;  1HSW A;  1IY4 A;  4I8S A;  4TSB A;  5F9U A;  4NGZ A;  4LT3 A;  5L9J A;  1LZ6 A;  1AKI A;  1JPO A;  1WVU A;  1JTT L;  2BPU A;  1LZT A;  4NGK A;  4ZEE A;  1LSE A;  3WPK A;  5II3 A;  4LFP A;  4LT2 A;  2MEH A;  1LKR A;  4WG7 A;  2C8P A;  1OUD A;  5A3E A;  1XEK A;  3G3B B;  1CJ9 A;  5F16 A;  3BKH A;  4CGE A;  3B72 A;  2FBD A;  4XJD A;  2H9K A;  1J1X Y;  3M3U A;  1GFA A;  1IR9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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