1DYAA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAADNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dyaA00
1LLHA 231LA 240LA 1OYUA 1L37A 4ARQB 1LYHA 1L72A 4ARMA 1L92A 1QTHA 254LA 3G3XA 3NY8A 3GUKA 1DYFA 1L65A 3EMLA 226LA 2B73A 4W53A 3SB6A 1LYDA 239LA 1L34A 129LA 3PBLA 1L96A 2RBSA 3C7WA 2Z6BA 1LGWA 2QB0B 1L86A 166LA 1P56A 259LA 2OE4X 1OV7A 176LA 1P3NA 1L80A 1LYIA 4EKPA 1PQKA 3GUNA 184LA 1DYDA 1DYGA 3C7YA 3HU8A 200LA 1L32A 1L39A 4YX7C 244LA 3G3WA 1L95A 177LA 1DYCA 4W55A 1NHBA 4EXMA 1OWZA 4I7OA 3PDSA 1G0KA 128LA 1CX6A 3DKEX 4I7SA 159LA 150LA 2ANVA 4I7QA 157LA 188LA 1L56A 1P46A 4ARQA 1TLAA 130LA 4DAJA 1QT3A 1G1VA 1C6HA 1D3MA 238LA 3DN4A 1T8AA 1QTDA 4I7JA 3GULA 1L67A 151LA 125LA 1L69A 1L38A 1L17A 228LA 197LA 3HDEA 1QT6A 171LA 1CV6A 1SSYA 251LA 138LA 1QT7A 1D3JA 3HUKA 1L01A 3HTFA 1B6IA 1QUHA 1L15A 4W56A 2RBOA 2OTYX 3C8RA 2B6XA 1LYJA 3HH4A 4YXCA 165LA 1JTMA 1C6AA 1LWKA 3F8VA 4I7MA 3FA0A 111LA 3SB9A 107LA 1L54A 255LA 2O7AA 185LA 2LCBA 1C6CA 1CU3A 1L40A 1L21A 1L12A 1SX7A 256LA 1CU6A 1P36A 3C81A 3HT7A 2RBPA 1L29A 1KY1A 4LZMA 3DN2A 1L49A 3HH6A 1C64A 2B6TA 1CUPA 1L90A 3NY9A 103LA 233LA 245LA 3C7ZA 1L58A 1SSWA 215LA 221LA 243LA 1QS5A 1L31A 1QUDA 1C67A 1PQOA 186LA 2NTGA 1P6YA 148LE 1L62A 1LW9A 140LA 2HULA 3DN1A 1LGUA 2Q9DA 3OE6A 1C60A 1CV4A 4I7LA 3HUQA 174LA 1G1WA 1L60A 143LA 4EPFA 4I7PA 1L18A 227LA 3SN6R 1L61A 3V2WA 187LA 3HDFA 3QAKA 1L44A 3FI5A 1L35A 2O4WA 4OO9A 2O79A 1L08A 257LA 4EKSA 180LA 4IAPA 217LA 3C83A 2B6YA 4DKLA 1G07A 147LA 219LA 3VW7A 3HH5A 4W52A 1D3FA 3CDQA 1L68A 1QTVA 1C68A 236LA 1L13A 1L23A 146LA 4S0WA 4E97A 1C61A 3D4SA 1L48A 2CUUA 3RUNA 1C6QA 1L76A 1L33A 1L82A 3HT9A 4W51A 1LYEA 3CDRA 3F9LA 1L97A 4GRVA 3DMZA 1CU2A 213LA 1L84A 1L14A 137LA 1L45A 1L81A 1L74A 1CV0A 1L05A 1L41A 1L87A 2NTHA 1CV1A 1L25A 3HH3A 1L93A 3GUJA 178LA 201LA 4EJ4A 225LA 2L78A 1C6FA 4I7TA 3FADA 1G0JA 210LA 1L06A 1QT5A 1C6IA 260LA 4W57A 1L03A 261LA 4EPIA 152LA 1C6JA 1CVKA 1L89A 1QTZA 4LDLA 114LA 1KW5A 230LA 1CTWA 3DN6A 1SWZA 1L0KA 192LA 1G0GA 1L09A 1QT4A 182LA 1C63A 1C6PA 1L00A 1L88A 3HWLA 155LA 3V2YA 4LDOA 1L30A 198LA 258LA 242LA 1L75A 2HUMA 1OVKA 4GBRB 234LA 3SB5A 3GUMA 1DYBA 1T8GA 1LYGA 3SBBC 2RH1A 2B72A 102LA 149LA 3UONA 1L85A 4EKQA 110LA 1L63A 172LA 237LA 1CUQA 3JR6A 3C8SA 3SBAA 1OV5A 1L24A 120LA 1ZURA 7LZMA 1G0LA 1P37A 145LA 156LA 169LA 1PQMA 3G3VA 1L66A 4EKRA 112LA 1L51A 122LA 4YXAC 1P64A 2OU8A 1L52A 218LA 4I7KA 1EPYA 119LA 3C8QA 1D3NA 190LA 4I7RA 235LA 196LA 232LA 1CU5A 126LA 1I6SA 160LA 1L16A 2OU0X 141LA 1L55A 4ARJA 123LA 1L59A 1L64A 1G0QA 1C6NA 195LA 1PQJA 1L47A 2OTZX 3C82A 220LA 2A4TA 1JTNA 3GUPA 3ODUA 3HT6A 1L36A 1P2RA 2RAYX 1T8FA 161LA 1KW7A 2B6WA 131LA 3HU9A 247LA 1LWGA 1C6TA 248LA 1L50A 2RB1X 1XEPA 3DMVA 1L11A 1L27A 1CV5A 1C6KA 1L73A 2F32A 1C6EA 4PK0A 1L98A 1KS3A 4W59A 3CDOA 1CV3A 1L0JA 2F47A 2ANXA 2RB0X 1P7SA 1KY0A 162LA 6LZMA 1L42A 1P2LA 1C6GA 3DN8A 3HT8A 262LA 181LA 1C6LA 2OE9X 3L64A 1C6DA 1SWYA 1G0MA 1KNIA 167LA 252LA 2F2QA 2QARC 142LA 1LI6A 3NYAA 1PQDA 211LA 1LYFA 2RBQA 1LI2A 1OWYA 175LA 1L94A 212LA 1L57A 1L02A 222LA 1L10A 1L04A 3CDTA 1LPYA 1CX7A 1G0PA 1ZWNA 3CDVA 4ARLA 4DJHA 1CU0A 205LA 2B6ZA 1LGXA 1D9WA 246LA 2RB2X 3GUIA 108LA 139LA 206LA 2OE7X 3OE0A 1L70A 224LA 1L28A 229LA 1QS9A 1D2WA 3DNAA 3RZEA 1DYAA 1QUGA 1L20A 1C66A 1L83A 1D2YA 115LA 199LA 1C6BA 1K28A 3SB8A 2RAZX 2RBRA 104LA 3DN0A 163LA 1SX2A 2RBNA 3L2XA 1QTCA 216LA 4LDEA 1L46A 168LA 1QSQA 189LA 1LI3A 3DN3A 113LA 3GUOA 173LA 3HTBA 183LA 1L71A 158LA 3K2RA 2Q9EA 4ARPA 1XJTA 2B74A 2B7XA 223LA 127LA 241LA 4AQNA 109LA 3C80A 253LA 4K5YA 3OE8A 1C65A 1L19A 1DYEA 1PQIA 209LA 3OE9A 1C69A 1C6MA 1G06A 5LZMA 5I14A 191LA 2HUKA 2B75A 2LZMA 250LA 1QSBA 3HTDA 4ARMB 1L22A 1T97A 3HTGA 3HUAA 1L07A 1L91A 1QT8A 2OU9A 1OVHA 1QTBA 2IGCA 1P5CA 1L26A 2B70A 144LA 3DMXA 118LA 3LZMA 2LC9A 1JQUA 1ZYTA 1C62A 4I7NA 170LA 1WTHA 1L99A 1QUOA 4PJZA 164LA 249LA 1L77A 1OVJA 4W58A 4W54A 1T6HA 1L43A 3SB7A 4ZPUA 214LA 2OEAX 1L79A 1XJUA 1L53A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LLHA 231LA 1OYUA 4ARQB 4IJ4A 4ARMA 3G3XA 1TCYA 4KT3A 1L65A 3EMLA 3SB6A 4EMNA 3C7WA 4E3UA 1CKDA 1P56A 3A3QA 3A93A 3MGWA 3A94A 176LA 4XENA 3GUNA 1HNLA 1LMTA 1C45A 1DYGA 3C7YA 4YX7C 3G3WA 1UC0A 1KXWA 1UIEA 2FYCA 2W1MA 5LVKA 4W55A 5HMVA 1NHBA 4EXMA 3ZVQB 2BAAA 4I7OA 3PDSA 4P2EA 1P46A 1L56A 1TLAA 130LA 1BWIA 4N1EI 4NGVA 1TAYA 1GE4A 2CJLA 5F9UA 3WXTA 151LA 1LHLA 1JTPL 197LA 1HMLA 3HDEA 1SSYA 1VDPA 138LA 1KIRC 5E4PA 3W6DA 1V7TA 3HUKA 1L01A 133LA 5LYZA 1B6IA 134LA 1LJNA 1QDRA 1W08A 2RBOA 4NSHA 1LYJA 3HH4A 1IC5Y 5FEKA 2DKVA 2D91A 1CJ8A 3G3BB 1GF7A 1L54A 255LA 3A67Y 5DM9A 4ET9A 1CU3A 1L21A 2Z12A 1T3PA 5II3A 1GB0A 3HT7A 4AXTA 1L29A 1BB4A 1BWJA 1KY1A 3M3UA 1HELA 1LSEA 5AMYA 1C64A 1QTEA 3N9CA 1HENA 1IOQA 3AGGG 207LA 103LA 1L31A 2MEBA 4H8ZA 3TXFA 1QUDA 2D6BA 2YDGA 1P6YA 1L62A 140LA 2HULA 1GE2A 2MEEA 3OE6A 5F81A 1C60A 3LHMA 3HUQA 4L41A 1LTMA 5I4WA 2H5ZA 1G1WA 1L60A 143LA 2AUBA 3WPJA 1GAZA 4PRUA 4OO9A 2BPUA 257LA 217LA 3C83A 1IR9A 1JITA 1G7JC 5DN5A 4NHPA 2D4IA 3CDQA 3B0IA 1YKXX 4N8ZA 4LFXA 1BWHA 4HJVA 4CGEA 194LA 4S0WA 5LXWA 1C61A 2CUUA 4ML7A 1IP1A 1L82A 2LYOA 4GRVA 1YANA 1L84A 1L45A 3BKHA 4DC4A 1CV0A 1L74A 1L87A 2CDSA 1KIQC 5JENB 4YF2A 3E3DA 3LZTA 4EJ4A 4RLNA 2BQDA 2HU1A 4A7DA 1DXJA 260LA 4W57A 261LA 1LJEA 1PZYA 4NIJA 4LDLA 1GEVA 1G0GA 4OW1A 1WQPA 1QT4A 182LA 155LA 1UIAA 4NGWA 2G4QA 3LN2A 3AGHA 3SB5A 1DYBA 3SBBC 1LZYA 5F16A 149LA 1GBXA 1L85A 4DWXA 1QTKA 1GF3A 5KXOA 1ZURA 2YBJA 1FN5A 1PQMA 2DQJY 1ZMYL 2MEIA 1C7PA 3HBDA 1OUGA 1IEEA 5LVGA 196LA 4U3XB 4W96A 1UIGA 2C8PA 2ZWBA 126LA 3GXRA 2Z2FA 3J6KA 1LZTA 4ARJA 1L59A 1UIDA 1D0MA 1G0QA 5B1GA 3A96A 195LA 1PQJA 2OTZX 220LA 2A4TA 1JTNA 3GUPA 1GD6A 3HT6A 1VATA 161LA 131LA 3HU9A 1OUHA 1LMCA 1LWGA 1C6TA 2BQBA 4DD7A 1L50A 1XEIA 5D5FA 1XGTC 1XEPA 3TMVA 3J4GA 4ZFPA 2ZNWY 4PK0A 1C6EA 1IVMA 3CDOA 1HERA 4H8YA 1RI8B 1IWYA 1B7QA 2ANXA 2EKSC 4XYYA 4NGYA 1C6GA 1C6LA 2A7DA 1GAYA 1WQMA 4XJGA 2F2QA 5KXMA 4LYZA 1CKGA 4WMGA 1OWYA 1L94A 3WU7A 3AZ7A 1L57A 1HFZA 3A3RX 4BS7A 3CDTA 1LPYA 1CX7A 1ZWNA 3CDVA 3QE8A 4ARLA 1CU0A 1HF4A 246LA 2RB2X 139LA 3WH1A 2Z38A 1L70A 2DQAA 1LZ5A 3W6EA 1QS9A 1JJ1A 2H9JA 3RZEA 1REYA 4DDBA 5B07A 1QUGA 1IWTA 1YAQA 4N9RA 1D2YA 199LA 5LAFA 4HP0A 1XGUC 3IJUA 3ZEKA 2ZIJA 2F4AA 2RBRA 1QTCA 2FBDA 189LA 113LA 2DQHY 2BQLA 4WLDA 2Q9EA 1XJTA 1DI4A 1B7MA 4FJRA 1UBZA 223LA 1B5WA 1BB6A 4AQNA 1CKCA 253LA 1LMPA 3CSRA 1GFHA 3TXGA 2HTXA 4MSTA 1A2YC 4CFPA 1G06A 3WUMA 4HSFA 5LA8A 5KXYA 2HECA 1LSBA 4XJDA 1L22A 1DQJC 1REZA 1L91A 4H9CA 1OQMA 2IGCA 1BB5A 1L26A 4FDYA 2YVBA 2B70A 4J7VA 3LZMA 4DD0A 2LC9A 1B5ZA 4I7NA 4YOPA 4LT0A 1IWVA 1B5UA 1REXA 4ZIXA 4J1AA 3GXKA 1T6HA 1L43A 4N0JA 5HNCA 1B7RA 214LA 1GF4A 3CT5A 3LZ2A 240LA 2XTHA 4OOTA 1JJ0A 3ULRA 1QUSA 1DI3A 4WG7A 2B73A 4GCFA 1L34A 129LA 1WQNA 4HV2A 1LYZA 1N4FA 2CGIA 5B1FA 1A4VA 5DLAA 1V7SA 1GBYA 5FSTA 1L80A 3WULA 1LYIA 4EKPA 1DYDA 1B2KA 3FI7A 200LA 1L95A 1G0KA 2IHLA 4I7SA 1UCOA 1LHJA 2BQCA 157LA 4ARQA 1LZGA 1ZVHL 1G1VA 1C6HA 1T8AA 1LSZA 2BLXA 1L67A 1I20A 1L69A 4CJ2A 1QSAA 1L38A 4NY5A 1W6ZA 1L17A 228LA 1QT6A 171LA 1IO5A 1GBSA 2YBMA 1IOCA 1D3JA 1IP4A 4G9SA 2BQIA 5KXLA 1QUHA 1JHLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LLH A;  231L A;  1OYU A;  4ARQ B;  4IJ4 A;  4ARM A;  3G3X A;  1TCY A;  4KT3 A;  1L65 A;  3EML A;  3SB6 A;  4EMN A;  3C7W A;  4E3U A;  1CKD A;  1P56 A;  3A3Q A;  3A93 A;  3MGW A;  3A94 A;  176L A;  4XEN A;  3GUN A;  1HNL A;  1LMT A;  1C45 A;  1DYG A;  3C7Y A;  4YX7 C;  3G3W A;  1UC0 A;  1KXW A;  1UIE A;  2FYC A;  2W1M A;  5LVK A;  4W55 A;  5HMV A;  1NHB A;  4EXM A;  3ZVQ B;  2BAA A;  4I7O A;  3PDS A;  4P2E A;  1P46 A;  1L56 A;  1TLA A;  130L A;  1BWI A;  4N1E I;  4NGV A;  1TAY A;  1GE4 A;  2CJL A;  5F9U A;  3WXT A;  151L A;  1LHL A;  1JTP L;  197L A;  1HML A;  3HDE A;  1SSY A;  1VDP A;  138L A;  1KIR C;  5E4P A;  3W6D A;  1V7T A;  3HUK A;  1L01 A;  133L A;  5LYZ A;  1B6I A;  134L A;  1LJN A;  1QDR A;  1W08 A;  2RBO A;  4NSH A;  1LYJ A;  3HH4 A;  1IC5 Y;  5FEK A;  2DKV A;  2D91 A;  1CJ8 A;  3G3B B;  1GF7 A;  1L54 A;  255L A;  3A67 Y;  5DM9 A;  4ET9 A;  1CU3 A;  1L21 A;  2Z12 A;  1T3P A;  5II3 A;  1GB0 A;  3HT7 A;  4AXT A;  1L29 A;  1BB4 A;  1BWJ A;  1KY1 A;  3M3U A;  1HEL A;  1LSE A;  5AMY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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