4EKQA

T4 lysozyme l99a/m102h with 4-nitrophenol bound
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ekqA00
2LCBA 1QTBA 2OE4X 3HUKA 1L63A 236LA 166LA 114LA 3CDOA 1CU0A 1L13A 1CV3A 189LA 3DNAA 160LA 1PQKA 1NHBA 1L09A 212LA 1G06A 1L96A 1SSYA 4EPIA 139LA 201LA 1L56A 113LA 162LA 1L58A 1T8GA 3HTDA 110LA 4YXCA 2RBPA 2Q9DA 103LA 195LA 1L45A 1XEPA 3K2RA 1L49A 209LA 4DKLA 3HU8A 3HUAA 1L65A 239LA 249LA 1L99A 1C6CA 1LYFA 3HU9A 4EJ4A 1C6FA 3PDSA 1P6YA 3HWLA 1T97A 2RBQA 1L85A 1SX2A 146LA 1LYHA 3HH3A 232LA 1XJTA 4ARMA 248LA 4PJZA 3NY8A 3QAKA 4AQNA 178LA 3SN6R 1QT3A 1CV6A 1L06A 257LA 4ARPA 4EKSA 1L33A 4LDLA 2OU9A 250LA 1CV0A 118LA 1KS3A 188LA 1C6TA 1L18A 3C7ZA 109LA 3SBAA 130LA 4GBRB 1OYUA 4I7RA 1CU6A 1DYDA 223LA 2O4WA 192LA 1OWZA 3GUKA 143LA 107LA 1L70A 217LA 3HUQA 2RB1X 175LA 1CX6A 3CDRA 1QT4A 1L76A 185LA 1L08A 1L92A 1G0PA 1L44A 1LGWA 1T8FA 1L20A 1L14A 4I7QA 112LA 1PQOA 1QTZA 108LA 224LA 4ARQA 4LDOA 142LA 1KW5A 1ZURA 3ODUA 1C66A 1P56A 102LA 3GUNA 1C6DA 4I7OA 4LDEA 3SB6A 1L32A 1L37A 3HT9A 115LA 1C6JA 1C6HA 4I7LA 174LA 123LA 2CUUA 3HTGA 4EKQA 3DMZA 3FA0A 1L52A 1QSQA 3C81A 1LWKA 1P3NA 4I7JA 180LA 1C6AA 3OE8A 1DYGA 2RB0X 1L24A 1PQDA 1T6HA 1L88A 187LA 3G3WA 1KNIA 1QUGA 216LA 1L97A 1L98A 3JR6A 1EPYA 1L36A 255LA 225LA 3HH5A 1LYGA 3C82A 3EMLA 3SB8A 2OU8A 1L87A 1C6NA 1L01A 3DN2A 2B75A 177LA 206LA 4W55A 1C6BA 1DYAA 169LA 2B74A 1L10A 3GUJA 4ARLA 1G0GA 129LA 3OE6A 3GUPA 3NY9A 210LA 2Z6BA 196LA 1P64A 151LA 125LA 3DN3A 1KY1A 2B6WA 229LA 173LA 3HT7A 1L40A 1QT8A 1OV5A 1OVHA 3FADA 1L47A 1L43A 1DYEA 158LA 2O79A 3RZEA 3LZMA 1CUPA 245LA 247LA 1L27A 4I7MA 3C80A 4I7TA 4K5YA 4PK0A 200LA 4IAPA 148LE 1L72A 1L69A 1L79A 1C68A 3VW7A 1SX7A 3SBBC 3DMVA 1L16A 1KW7A 221LA 1P2RA 1KY0A 104LA 1L03A 155LA 253LA 2B6YA 2F2QA 219LA 1SSWA 1P7SA 1G07A 3CDQA 1QTVA 258LA 1L57A 1QUHA 4YXAC 1G0MA 1L89A 4W56A 1G0JA 1JTNA 1L51A 2B72A 1D3MA 3HH4A 184LA 1OV7A 181LA 1C61A 234LA 1LLHA 3GULA 5LZMA 1C69A 3D4SA 1JTMA 1D2WA 4W53A 1XJUA 2LC9A 1QTDA 140LA 3GUIA 1L59A 262LA 1C63A 1P37A 1L30A 1L15A 3GUOA 1CU5A 1L04A 227LA 2HUKA 4W52A 4DJHA 228LA 222LA 1JQUA 1P5CA 2Q9EA 230LA 3HTBA 2RB2X 4I7PA 1LW9A 1LPYA 119LA 1G0KA 3DN8A 4I7SA 3F9LA 1CV5A 1L21A 165LA 4W59A 3C7WA 3HT6A 3V2YA 1L23A 1PQMA 3CDTA 149LA 3C8QA 1L83A 1LGUA 1L91A 1L66A 1CUQA 251LA 1QS5A 2OE7X 3C83A 1QT5A 2B70A 1QT6A 3RUNA 4EXMA 4W51A 3F8VA 238LA 1P36A 254LA 2B6XA 1L75A 1QS9A 1LWGA 1L48A 1L39A 3L64A 1L95A 3DMXA 176LA 1L54A 150LA 4W58A 7LZMA 2RBSA 127LA 237LA 1CV4A 171LA 167LA 220LA 2RBOA 1OWYA 2B73A 1D2YA 1ZYTA 3DN4A 2F47A 243LA 4DAJA 1P46A 5I14A 242LA 2ANVA 3UONA 1DYFA 1C67A 3V2WA 205LA 1C6IA 1D3NA 111LA 1B6IA 218LA 259LA 2HULA 1G1VA 120LA 1L62A 2O7AA 3DN0A 1L12A 1L07A 1L86A 4ARMB 3SB5A 3HDFA 2A4TA 211LA 1CVKA 215LA 6LZMA 1L80A 1D3JA 1LGXA 1OVKA 1QTCA 2NTHA 122LA 1QT7A 1LYEA 1L77A 1C60A 1L73A 1DYBA 161LA 1CU2A 168LA 1L74A 1LI2A 2NTGA 1L64A 2F32A 190LA 1D9WA 213LA 2B6ZA 157LA 1LI6A 164LA 1SWYA 4GRVA 1L93A 183LA 1C6MA 1QTHA 3DKEX 3DN1A 4LZMA 1L17A 4OO9A 1L05A 4S0WA 1L26A 1L0KA 137LA 1C6KA 3SB7A 2ANXA 2IGCA 1L42A 2RAZX 1ZWNA 141LA 1QSBA 3C7YA 182LA 1L60A 1L46A 2L78A 3G3VA 1L84A 1L02A 3DN6A 1LYDA 4EKRA 1QUDA 1CX7A 2OTZX 4ARQB 1SWZA 246LA 261LA 4E97A 1C64A 252LA 1L71A 1L38A 3OE9A 1PQIA 1WTHA 1C6QA 2RBRA 1I6SA 1L34A 1L31A 198LA 1L41A 186LA 1L61A 1LYIA 2QARC 1PQJA 163LA 126LA 4YX7C 1L00A 1L67A 3CDVA 1L25A 1L53A 1CV1A 1QUOA 3HTFA 1C6LA 4I7KA 3L2XA 145LA 1L35A 2LZMA 1CTWA 240LA 2OTYX 3HH6A 231LA 159LA 170LA 2OEAX 3C8RA 1L55A 172LA 1D3FA 2RBNA 1G0LA 1L82A 241LA 1LI3A 131LA 260LA 1L0JA 1L19A 1C6EA 3G3XA 128LA 191LA 1C6GA 1L28A 2HUMA 233LA 2RH1A 3OE0A 235LA 4EPFA 226LA 1L50A 1P2LA 1C6PA 1L94A 3GUMA 152LA 3NYAA 4ARJA 1TLAA 3FI5A 1CU3A 147LA 4EKPA 244LA 3C8SA 1C65A 4W54A 197LA 3HDEA 144LA 2OU0X 2QB0B 2B6TA 1L11A 1DYCA 1C62A 1L22A 2B7XA 1K28A 256LA 156LA 1L81A 3PBLA 214LA 1LYJA 1OVJA 199LA 1T8AA 2RAYX 3SB9A 3HT8A 2OE9X 1L68A 4W57A 4ZPUA 1L29A 4I7NA 1G1WA 138LA 1G0QA 1L90A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJRA 3HUKA 1G7LC 5LAGA 2BQAA 3CDOA 1BB3A 1C10A 4B49A 1VDQA 1L13A 1LMAA 1PQKA 2BQKA 3A8ZA 4EPIA 113LA 5LINA 3HTDA 4YXCA 2Q9DA 3W6DA 195LA 1L45A 3K2RA 1L49A 1IOTA 3HU8A 4QY9A 1IP7A 1C6CA 1P6YA 3HH3A 4ARMA 1BVXA 4LFPA 3A95A 4WM6A 3QAKA 4TUNA 1GB8A 1QT3A 4HJYA 1CV6A 1L06A 3W6AA 4ARPA 1L33A 1YILA 4DD7A 4DDBA 188LA 1LJJA 1GBSA 3HBHA 4LYCA 1GFRA 4GBRB 4I7RA 1DYDA 2O4WA 3ATNA 4H9EA 107LA 217LA 3HUQA 1C7PA 4DYGA 1YAQA 4LT0A 4A7DA 1T8FA 1JEFA 1GB6A 4I7QA 1UIFA 3LZ2A 1PQOA 1LKSA 108LA 1QTZA 1KXXA 224LA 2YDGA 4NHSA 135LA 1P56A 102LA 3SB6A 1ZVYB 1FLYA 1L32A 4NY5A 3WPKA 3TXKA 1LSEA 4RW1A 2YBLA 1LSBA 1LSCA 1LWKA 5II3A 1AT6A 1GFTA 1P2CC 208LA 1GBZA 4C5FA 5B06A 1HNLA 4L41A 3G3WA 1FKQA 1KNIA 216LA 3A96A 1REXA 3AZ5A 3HH5A 3CB7A 1IEEA 4WL6A 1OQMA 4TSCA 1REZA 2DQEY 2W1MA 4ARLA 169LA 2B74A 1G0GA 1LZRA 4NGKA 1LSMA 4PRUA 2BQCA 1WTNA 1GFHA 229LA 3HT7A 1HMKA 1OV5A 1BWIA 2ZWBA 2LYZA 1GFVA 4NGWA 1B7NA 2LHMA 5KXSA 1L27A 1IOSA 4PK0A 200LA 4IAPA 1B5XA 2D6BA 3VW7A 2WARA 1C08C 2HTXA 5FSTA 4LYMA 1P2RA 5E9RA 4WLXA 1KY0A 104LA 8LYZA 3P68A 253LA 1P7SA 1UC0A 1G07A 3CDQA 1WQNA 1LJFA 4ETEA 1JTNA 1GEVA 4D9ZA 1XFPL 1DI3A 3GXKA 1C61A 1GB9A 1GF6A 4NWEA 2LC9A 1GFGA 140LA 4J1AA 3N9CA 262LA 1C63A 1BB6A 1YAMA 4H8XA 3GUOA 1L04A 227LA 4W52A 1KXWA 1IP4A 2Q9EA 3EMSA 132LA 1B0DA 4KL7A 2HEFA 3DN8A 3F9LA 4HPIA 2CWIA 2C8PA 3V2YA 1LMCA 1ZVHL 4YEOA 149LA 3A94A 3WU9A 4NHQA 2EQLA 3IWRA 1L91A 1SLYA 1EQ5A 3OJPA 1LHKA 3WULA 5FCPA 3WPJA 1OUFA 4RDSA 1D9UA 1JKDA 5B1FA 3F8VA 1Z55A 2B6XA 1QS9A 1GFAA 1L39A 3L64A 176LA 1I56A 1QDTA 1GB0A 220LA 1ZYTA 1VDTA 1AT5A 4DAJA 5I14A 1HEPA 3TMVA 242LA 1OUJA 1DYFA 3V2WA 1C6IA 259LA 1G1VA 1F6SA 5HLLA 1F0WA 4H8ZA 1L12A 4AGAA 1L86A 4ARMB 3SB5A 1B5UA 1C45A 5KXRA 4DQJA 1OVKA 1QTCA 1XSFA 122LA 1QT7A 2MEHA 1B7MA 161LA 5LVHA 1LI2A 1L64A 2F32A 1D9WA 3DKEX 4XJBA 4OO9A 4GLAA 1UA6Y 4LYZA 2IGCA 3WL2A 1HMLA 4H9CA 1LJIA 1IC5Y 1L84A 4H8YA 2FYDA 1D6PA 1LSNA 5M1YA 4Z41A 5E4PA 246LA 4NG1A 3LYZA 2I6ZA 1L38A 5KKJA 1I6SA 198LA 1L41A 4H9BA 2BQGA 2ZYCA 4C3WA 1GB3A 1KXYA 3A3RX 2LYMA 1F6RA 5DL9A 4B1AA 1OUGA 4HV1A 4H9FA 2XBSA 2LZMA 4U3XB 4BADA 172LA 1A4VA 1D3FA 4XJHA 1CKGA 3A91A 1LZYA 4J7VA 1VATA 1JWRA 1NHEA 1L28A 3FI7A 3G3BB 3ULRA 1YL0X 2X0AA 4H91A 1GF4A 1L94A 1IWWA 1TEWA 2YSSC 147LA 4OWEA 4EKPA 2H9JA 3WXUA 4NHPA 1C65A 1YQVY 4W54A 1BWHA 3HDEA 2PC2A 1AM7A 2B6TA 1IC7Y 1JISA 1QUTA 1JITA 1LZTA 1GAZA 3PBLA 4DD9A 2F2NA 1RFPA 2HEEA 1OVJA 1B7LA 1B7QA 2ZQ4A 2RAYX 1BB5A 4EOFA 2DQDY 4I7NA 1G1WA 1G7HC 138LA 1OUCA 1QTBA 4XJIA 1L63A 236LA 1LZAA 114LA 1TAYA 3WMKA 189LA 4AXTA 160LA 3A92A 3G3AB 212LA 1G06A 1L96A 1IR7A 2BPUA 139LA 201LA 1E8LA 3CQLA 4NIJA 4DKLA 5KXNA 1OUIA 249LA 1L99A 1LYFA 4HTKA 4CGEA 1C6FA 1CKHA 1LJ4A 4OWHA 2BQBA 4OWBA 2BQMA 5AMYA 1LYHA 1OUHA 5LVKA 3LYOA 1XJTA 1QUSA 248LA 5LVGA 1LHJA 3NY8A 2EKSC 4NGIA 4E3UA 4NGZA 257LA 4EKSA 1LZ9A 1LSYA 4LDLA 2EPEA 194LA 1NBYC 118LA 4B4EA 1KS3A 1C6TA 3LYMA 1L18A 109LA 2GV0A 1IC4Y 1LYOA 1GEZA 4WM3A 1YL1X 2ZYPA 3RW8A 1L70A 5J7CA 1CX6A 4UWUA 1QT4A 185LA 1L44A 1LGWA 4DDCA 4MCKA 1L14A 4LT3A 5ILFA 2HEDA 4LDOA 4OW1A 1GXXA 1XEKA 3ODUA 4LDEA 1LTMA 1LMOA 2Z39A 1IP1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2HUM A;  233L A;  2RH1 A;  3OE0 A;  235L A;  4EPF A;  226L A;  1L50 A;  1P2L A;  1C6P A;  1L94 A;  3GUM A;  152L A;  3NYA A;  4ARJ A;  1TLA A;  3FI5 A;  1CU3 A;  147L A;  4EKP A;  244L A;  3C8S A;  1C65 A;  4W54 A;  197L A;  3HDE A;  144L A;  2OU0 X;  2QB0 B;  2B6T A;  1L11 A;  1DYC A;  1C62 A;  1L22 A;  2B7X A;  1K28 A;  256L A;  156L A;  1L81 A;  3PBL A;  214L A;  1LYJ A;  1OVJ A;  199L A;  1T8A A;  2RAY X;  3SB9 A;  3HT8 A;  2OE9 X;  1L68 A;  4W57 A;  4ZPU A;  1L29 A;  4I7N A;  1G1W A;  138L A;  1G0Q A;  1L90 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FJR A;  3HUK A;  1G7L C;  5LAG A;  2BQA A;  3CDO A;  1BB3 A;  1C10 A;  4B49 A;  1VDQ A;  1L13 A;  1LMA A;  1PQK A;  2BQK A;  3A8Z A;  4EPI A;  113L A;  5LIN A;  3HTD A;  4YXC A;  2Q9D A;  3W6D A;  195L A;  1L45 A;  3K2R A;  1L49 A;  1IOT A;  3HU8 A;  4QY9 A;  1IP7 A;  1C6C A;  1P6Y A;  3HH3 A;  4ARM A;  1BVX A;  4LFP A;  3A95 A;  4WM6 A;  3QAK A;  4TUN A;  1GB8 A;  1QT3 A;  4HJY A;  1CV6 A;  1L06 A;  3W6A A;  4ARP A;  1L33 A;  1YIL A;  4DD7 A;  4DDB A;  188L A;  1LJJ A;  1GBS A;  3HBH A;  4LYC A;  1GFR A;  4GBR B;  4I7R A;  1DYD A;  2O4W A;  3ATN A;  4H9E A;  107L A;  217L A;  3HUQ A;  1C7P A;  4DYG A;  1YAQ A;  4LT0 A;  4A7D A;  1T8F A;  1JEF A;  1GB6 A;  4I7Q A;  1UIF A;  3LZ2 A;  1PQO A;  1LKS A;  108L A;  1QTZ A;  1KXX A;  224L A;  2YDG A;  4NHS A;  135L A;  1P56 A;  102L A;  3SB6 A;  1ZVY B;  1FLY A;  1L32 A;  4NY5 A;  3WPK A;  3TXK A;  1LSE A;  4RW1 A;  2YBL A;  1LSB A;  1LSC A;  1LWK A;  5II3 A;  1AT6 A;  1GFT A;  1P2C C;  208L A;  1GBZ A;  4C5F A;  5B06 A;  1HNL A;  4L41 A;  3G3W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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