238LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMAFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 238lA00
3GUPA 171LA 1LI3A 1CU3A 151LA 168LA 1G0MA 1QUOA 1G1VA 1L81A 1ZYTA 3RZEA 2O4WA 160LA 1PQKA 1L98A 1OWYA 1L00A 3F8VA 1LYGA 219LA 2OEAX 1QTBA 1L97A 3C7ZA 1CV6A 3F9LA 1P5CA 3C80A 1L56A 2NTGA 127LA 2B75A 3G3VA 1DYBA 1L88A 1QSBA 4AQNA 3OE6A 1C6QA 1P6YA 3RUNA 239LA 234LA 130LA 1D3FA 1L11A 1L20A 114LA 189LA 1C6LA 237LA 152LA 2QB0B 1D3MA 2B6ZA 1QS5A 1CU5A 1L35A 3HH5A 1L90A 1L17A 7LZMA 162LA 1L73A 2O7AA 1QUHA 3EMLA 248LA 3HT7A 147LA 3DNAA 3CDTA 126LA 3DMVA 1L84A 128LA 1SX7A 1L67A 1L02A 2B70A 214LA 1OVJA 2Z6BA 1G0KA 190LA 255LA 1JTNA 1OYUA 112LA 141LA 4I7JA 123LA 169LA 1G0GA 1L15A 206LA 1CV1A 200LA 3C8QA 1C6IA 1TLAA 1C6FA 3HUAA 1QTCA 1L55A 4I7QA 1C6BA 1CTWA 1SWYA 198LA 2HUKA 1L72A 1G0PA 205LA 4W57A 3SN6R 4ARPA 1L24A 1P3NA 3C83A 4W56A 1C6EA 119LA 1C61A 3LZMA 188LA 161LA 4ARQB 3HTBA 1C66A 3HWLA 156LA 1L26A 225LA 1L46A 243LA 129LA 1L92A 3GUIA 3OE9A 145LA 3HH3A 125LA 223LA 148LE 1L86A 2CUUA 229LA 257LA 1K28A 1CU0A 2RBPA 1XEPA 4EPFA 216LA 221LA 158LA 1G1WA 5LZMA 3HTDA 3CDVA 150LA 1LLHA 149LA 1C67A 1L53A 3V2WA 1D9WA 1D3NA 3SB8A 3C7YA 131LA 3CDRA 1CUPA 220LA 1LYHA 1T6HA 6LZMA 2RB2X 252LA 4I7KA 3SB9A 1L74A 1L48A 1QT3A 209LA 240LA 2B73A 1C63A 1ZURA 4I7SA 1L23A 182LA 2ANVA 2NTHA 1L91A 3SB6A 1DYCA 1L76A 3HUKA 213LA 3GUJA 262LA 1KW5A 1QTDA 1XJUA 250LA 4LDEA 1L70A 4EKPA 1P56A 1L12A 3HU8A 1T8FA 1L44A 4K5YA 1NHBA 1KY0A 1L25A 1CX6A 1EPYA 1L79A 4EJ4A 1SX2A 3HDEA 201LA 1D3JA 3GULA 217LA 170LA 210LA 254LA 1C6CA 3FI5A 1L37A 4PJZA 4ZPUA 1P7SA 102LA 1L10A 2B6TA 1L28A 1L65A 1L75A 108LA 1P36A 1L34A 1L42A 110LA 1L49A 144LA 1LW9A 1DYFA 1PQIA 1QT6A 227LA 222LA 1L54A 235LA 2L78A 1C6HA 3C82A 3GUKA 4EKQA 3HT9A 1C60A 244LA 103LA 1QUGA 3HH4A 1CU6A 1DYGA 1L41A 4ARMB 2B6YA 2F32A 4GRVA 1L57A 1OVKA 1C62A 1L0JA 3HU9A 3SB7A 1L47A 1D2WA 1QTZA 224LA 1L69A 1LGWA 1L01A 4EXMA 2RAYX 3DN0A 1G0LA 2RB1X 1DYAA 1D2YA 1L07A 1P37A 4LDLA 3HTGA 1JQUA 218LA 1L94A 3HH6A 1L64A 1L52A 1L13A 261LA 1L22A 4IAPA 1L87A 231LA 247LA 232LA 139LA 2B7XA 2B6XA 1C6PA 1CV4A 164LA 2F47A 3NYAA 192LA 1CVKA 245LA 3NY9A 1C6AA 3HTFA 2RBRA 1CX7A 3HUQA 1C6GA 1SSYA 195LA 1L45A 233LA 122LA 107LA 1LWGA 1DYEA 1L68A 3GUOA 159LA 1L18A 2LZMA 1L62A 4OO9A 4W54A 196LA 120LA 1DYDA 2OU0X 142LA 2LCBA 1L43A 1L36A 1L50A 4GBRB 4EPIA 4DAJA 3VW7A 1L83A 4EKRA 1C6TA 1QSQA 4YXCA 1C68A 2OU9A 1L08A 1C6KA 1C6DA 1L05A 4DKLA 3C8SA 258LA 3DN2A 1L16A 1T8AA 1OV7A 1LYDA 4EKSA 4E97A 1G06A 1L30A 2RAZX 4S0WA 1L19A 3JR6A 1SSWA 3SBAA 4W58A 1CV0A 4YXAC 4I7OA 211LA 1L99A 215LA 259LA 186LA 3DN6A 3G3WA 4DJHA 1L04A 1L60A 4ARLA 2Q9DA 115LA 1OVHA 4W53A 140LA 1LYFA 1L51A 1L66A 146LA 1L80A 163LA 241LA 157LA 2A4TA 176LA 1P46A 1KS3A 1C65A 3C8RA 3DKEX 253LA 238LA 1QTVA 3L2XA 1L29A 3V2YA 3PBLA 1KNIA 228LA 1QUDA 4I7MA 173LA 260LA 1L89A 166LA 2RBQA 230LA 2B74A 1P2LA 1LYJA 2F2QA 1L59A 1P64A 199LA 1B6IA 3HT8A 1LYEA 251LA 2ANXA 3CDQA 2RB0X 1L58A 3FADA 4I7PA 4ARQA 4W51A 143LA 1T8GA 1L14A 3C7WA 1L03A 1T97A 2OU8A 174LA 137LA 184LA 3C81A 3NY8A 4I7TA 2RBSA 1CV3A 155LA 4YX7C 1L71A 4ARJA 1L38A 1LYIA 180LA 4LDOA 1OWZA 4I7NA 2HULA 1QT8A 1OV5A 1I6SA 1L27A 1PQOA 4W52A 3GUMA 3GUNA 177LA 1QT5A 1L77A 1PQMA 1KW7A 183LA 3FA0A 3SB5A 1KY1A 3PDSA 1L82A 1L21A 1SWZA 187LA 1C6NA 4W59A 3UONA 4LZMA 2B72A 246LA 3OE8A 1LWKA 2OE4X 2RH1A 1L33A 2IGCA 1L85A 1G07A 2RBNA 3DN8A 172LA 1LGXA 2O79A 1QT4A 226LA 4I7LA 3L64A 3HDFA 3OE0A 236LA 3DMXA 1QT7A 1L63A 2B6WA 1L06A 3DN4A 3SBBC 3HT6A 178LA 1JTMA 1L96A 1C64A 185LA 212LA 256LA 1L09A 2LC9A 3CDOA 1ZWNA 1C69A 2HUMA 1LGUA 1LI2A 1CUQA 1PQDA 1LI6A 1P2RA 1QTHA 2QARC 1L0KA 2OE7X 3K2RA 5I14A 3QAKA 138LA 3G3XA 4W55A 1G0QA 1L61A 1WTHA 1QS9A 2Q9EA 111LA 249LA 1L93A 1L40A 1L31A 3DN1A 197LA 104LA 1G0JA 2OTYX 1L39A 1XJTA 4PK0A 2RBOA 113LA 2OE9X 167LA 1C6JA 1LPYA 4I7RA 118LA 191LA 2OTZX 242LA 1L32A 3DMZA 4ARMA 3DN3A 181LA 165LA 3D4SA 1C6MA 1PQJA 175LA 1CV5A 1L95A 109LA 1CU2A 3ODUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HUBA 1UIFA 1CU3A 151LA 168LA 4QY9A 1L81A 1I20A 1BB5A 5L9JA 1C7PA 1PQKA 2BQGA 1L00A 1OUJA 3AW7A 1JKAA 1LMCA 1UBZA 4H9BA 1GF6A 2B75A 1HMKA 2YBMA 1QSBA 4AQNA 1C6QA 1IVMA 2C8PA 5FSTA 1L20A 5KXPA 189LA 1GPQC 1G7IC 3WPLA 2QB0B 4NGYA 1CU5A 3HH5A 4GLVA 7LZMA 248LA 1LSGA 3A95A 1UUZC 3CDTA 4B4EA 2HEBA 4GCBA 4PPOA 4XJIA 3DMVA 1SX7A 1IOTA 1L02A 5E9RA 2B70A 1G0KA 3CSQA 2XTHA 169LA 2EKSC 2BLXA 3C8QA 1XGUC 1RI8B 1QTCA 1J1OY 4UWVA 4I7QA 4RW1A 1CTWA 2BQOA 1JJ1A 2BQIA 1LMTA 2HUKA 1IP3A 1F6SA 1UCOA 5JENB 4ARPA 3C83A 4YEMA 2DKVA 3LZMA 1UIAA 2F2NA 3B0OA 4BS7A 1GB7A 156LA 4WG1A 1L26A 1KIPC 4H8ZA 129LA 1L92A 3GUIA 3OE9A 145LA 1LZGA 1IIZA 4YM8A 148LE 1L86A 4HV2A 3EO5A 1FKQA 1LJNA 158LA 1HFZA 5LZMA 3HTDA 3SP3A 1LLHA 149LA 5F9UA 1GB0A 1L53A 1D3NA 1LZCA 5HLLA 7LYZA 3CDRA 4NHTA 3LN2A 1L74A 2Z37A 2DQFC 1QT3A 3WW5A 2B73A 1C63A 1ZURA 4DC4A 2NTHA 1EL1A 1L91A 1LJ4A 1LJJA 1TDYA 3GUJA 1B7QA 1JKCA 262LA 1KW5A 1FLWA 3LYOA 3W3EA 4CGEA 1DQJC 1L12A 4Z3MA 2HTXA 5DM9A 5LIOA 1GFHA 1L79A 1KY0A 5KXMA 1EPYA 5APEA 4PGJB 4OOOA 5EBHA 1OUHA 5A3EA 2DBTA 2HEFA 3F6ZA 2D6BA 1C6CA 1L37A 102LA 1L10A 2B6TA 2B5ZA 1L65A 1UIEA 1B7OA 1B5UA 4XADA 4DQ5A 1JPOA 110LA 4HTNA 1L49A 3AGIA 1YKYX 2G4NA 1V7TA 1WQQA 1L54A 2L78A 5HNCA 1C6HA 1JSFA 9LYZA 4W94A 4ML7A 5F81A 103LA 4AGAA 2BQHA 2HEDA 1CU6A 4ARMB 4GRVA 1L57A 3VWOA 3HU9A 2Z2EA 1L01A 4EXMA 1G0LA 1IWYA 1D2YA 3IJVA 1LZTA 4WL7A 4LDLA 218LA 1IP1A 1L52A 1L64A 5LVJA 1LYYA 1DKKA 2B7XA 3AZ4A 3TXGA 3W6AA 2F47A 192LA 1C6AA 3HTFA 3HUQA 1C6GA 1HMLA 2BLYA 1QQYA 3EXDA 1HHLA 1UC0A 1YROA 1LJHA 1L18A 196LA 1YANA 1L43A 1VDQA 1L36A 4NSGA 133LA 4DAJA 3AJNA 3E3DA 4RDSA 1F0WA 4HP0A 3W6DA 2OU9A 1YL1X 1BGIA 1T8AA 1OV7A 1LYDA 1G06A 1LSYA 194LA 1L19A 3JR6A 3A3QA 1A4VA 4WG7A 5HNLA 3SBAA 1CV0A 4YXAC 1AT6A 4I7OA 3ZVQA 1BHZA 1YAOA 1GBWA 4WL6A 4XJHA 259LA 4IASA 1V7SA 4N5RA 5LAFA 2LHMA 2Q9DA 3RW8A 1C43A 2RSCA 4KT3A 5FEKA 1HNLA 1GF5A 4XJDA 4W96A 1LJFA 1P46A 1IWWA 1CNSA 3DKEX 1HEMA 3WU7A 3L2XA 1UA6Y 1L29A 3V2YA 2EIZC 1LMAA 1OUBA 3OJPA 3HBEX 1L89A 1KXYA 4DQJA 1BB4A 1GE3A 3HT8A 1B6IA 3CSZA 2Q0MX 1CKFA 1GB8A 1GXXA 5KKIA 2RB0X 3FADA 1DPWA 3GXKA 4ARQA 2GV0A 4W51A 143LA 1D6QA 1L14A 1VDPA 1VEDA 2OU8A 4A7DA 4TWSA 184LA 4M4OA 1LSAA 3RZ4A 1IP5A 4CFOA 1L71A 1L38A 1UACY 1QSAA 2CDSA 1RE2A 2HULA 1PQOA 4I8SA 3WU9A 3FA0A 1KY1A 4WLDA 1L82A 3CT1A 1IC5Y 1L21A 2Z19A 5L3IA 1LSDA 1SWZA 1AKIA 187LA 3UONA 4GCCA 5M1YA 1L85A 1G07A 1GDXA 3P4ZA 4I7LA 3CQLA 4GCDA 3K3TA 1L63A 3SBBC 134LA 154LA 3HT6A 2YBJA 4NIJA 4GLAA 1L09A 5B1FA 4H8XA 1B7MA 5LVHA 1LI2A 1BB7A 1GFTA 4DD7A 5LXWA 1GBYA 1QTHA 2OE7X 1YIKA 5I14A 1IWXA 1GBZA 4W55A 5DL9A 4X3BA 1L40A 1FDLY 1W6ZA 1IP2A 2LYZA 1C6JA 1B7RA 1LZ6A 1JUGA 5LVGA 1P2CC 1YAQA 1C46A 1GBSA 1L32A 3DMZA 5C6JA 3TMXA 1QUTA 181LA 3DN3A 2DQGY 175LA 4TUNA 109LA 1QIOA 1G1VA 1LJGA 1ZYTA 1C08C 1OWYA 4DDCA 1HEPA 3GXRA 5KY1A 1LYGA 1GE1A 3C7ZA 5D5CA 3F9LA 2IHLA 1BB6A 4H91A 3P68A 1DYBA 1B9OA 1GE4A 4ETBA 4DWXA 1REZA 1XFPL 3RUNA 234LA 2I6ZA 4GN4A 4R6CA 193LA 2B6ZA 1L35A 1L17A 2BQJA 5K7OA 1F10A 147LA 4H9EA 3OK0A 5LA5A 128LA 1GDWA 2Z39A 1GF4A 3ULRA 1IY4A 1G7HC 1JITA 1GWDA 190LA 255LA 4UWNA 1PS5A 1G0GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HUB A;  1UIF A;  1CU3 A;  151L A;  168L A;  4QY9 A;  1L81 A;  1I20 A;  1BB5 A;  5L9J A;  1C7P A;  1PQK A;  2BQG A;  1L00 A;  1OUJ A;  3AW7 A;  1JKA A;  1LMC A;  1UBZ A;  4H9B A;  1GF6 A;  2B75 A;  1HMK A;  2YBM A;  1QSB A;  4AQN A;  1C6Q A;  1IVM A;  2C8P A;  5FST A;  1L20 A;  5KXP A;  189L A;  1GPQ C;  1G7I C;  3WPL A;  2QB0 B;  4NGY A;  1CU5 A;  3HH5 A;  4GLV A;  7LZM A;  248L A;  1LSG A;  3A95 A;  1UUZ C;  3CDT A;  4B4E A;  2HEB A;  4GCB A;  4PPO A;  4XJI A;  3DMV A;  1SX7 A;  1IOT A;  1L02 A;  5E9R A;  2B70 A;  1G0K A;  3CSQ A;  2XTH A;  169L A;  2EKS C;  2BLX A;  3C8Q A;  1XGU C;  1RI8 B;  1QTC A;  1J1O Y;  4UWV A;  4I7Q A;  4RW1 A;  1CTW A;  2BQO A;  1JJ1 A;  2BQI A;  1LMT A;  2HUK A;  1IP3 A;  1F6S A;  1UCO A;  5JEN B;  4ARP A;  3C83 A;  4YEM A;  2DKV A;  3LZM A;  1UIA A;  2F2N A;  3B0O A;  4BS7 A;  1GB7 A;  156L A;  4WG1 A;  1L26 A;  1KIP C;  4H8Z A;  129L A;  1L92 A;  3GUI A;  3OE9 A;  145L A;  1LZG A;  1IIZ A;  4YM8 A;  148L E;  1L86 A;  4HV2 A;  3EO5 A;  1FKQ A;  1LJN A;  158L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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