1DYFA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAMNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dyfA00
1SX7A 3HT7A 4IAPA 4ARQB 1L42A 1LW9A 1L53A 245LA 3HU8A 253LA 112LA 4W51A 3GUKA 4ARPA 4W57A 1P37A 1G1VA 1C6BA 187LA 2B6TA 2RB1X 1L91A 1XJUA 3QAKA 1QT7A 2B75A 1WTHA 1QTVA 239LA 1QTBA 1L83A 1KNIA 2OE4X 1DYDA 1L19A 1L95A 1L05A 1P36A 1C60A 3HTFA 3DN1A 4LDLA 1P5CA 1L17A 4I7LA 2B6WA 231LA 1L86A 1PQDA 1L67A 188LA 4W56A 4YX7C 4W54A 2RB2X 1L64A 210LA 2B6ZA 3HDEA 1L43A 1L47A 4EJ4A 1L07A 238LA 1QT3A 173LA 1L71A 1DYAA 1C6LA 3HT9A 162LA 1CV3A 1L82A 1L96A 1C6PA 1XEPA 2NTGA 1L14A 4I7MA 1L09A 3DN6A 123LA 1G1WA 1P64A 1LGXA 108LA 1LYIA 1C64A 1LYDA 1QSQA 1L75A 2HUKA 2NTHA 1C66A 2RH1A 102LA 4W59A 1SX2A 1L81A 1L92A 227LA 4YXAC 3GUPA 1T8FA 1L87A 4ARMA 3HTDA 1CVKA 2B7XA 1L76A 2B73A 128LA 2RBOA 1KY0A 1L90A 3DN4A 1G0GA 3C8SA 180LA 1L45A 3F9LA 1OWZA 244LA 1OVKA 2HULA 1D3FA 1CV1A 191LA 1L0JA 1CU0A 1C6KA 1CTWA 258LA 1LYGA 1QSBA 1T6HA 196LA 229LA 248LA 1L49A 232LA 115LA 1C6FA 1SSYA 1JTMA 1L52A 1P46A 192LA 2OU9A 1L54A 197LA 1L31A 1L27A 2O79A 1C61A 3HUQA 189LA 113LA 1L22A 211LA 122LA 1L60A 1D9WA 1L72A 2LC9A 2OE9X 1L21A 1QS9A 260LA 3HTGA 1C6IA 1L0KA 1G0JA 1C6GA 1CUPA 1DYGA 1CX6A 1L32A 216LA 171LA 1SSWA 1L61A 1C6EA 1L57A 242LA 1C6QA 1L85A 1L30A 1QT8A 1CUQA 1SWZA 220LA 3C7YA 1L35A 3GUIA 212LA 3FA0A 4W55A 256LA 3G3WA 4I7PA 3HT6A 199LA 1K28A 1C6AA 3EMLA 235LA 3C82A 1L56A 4I7JA 142LA 3NYAA 1L93A 149LA 3SN6R 1CU5A 3F8VA 3V2WA 1L18A 228LA 2ANVA 252LA 1C63A 3DNAA 107LA 1C6JA 152LA 1QUGA 145LA 1D3MA 4DJHA 3RZEA 1L88A 1QUDA 1DYEA 1L01A 3K2RA 1OV7A 247LA 1L58A 3CDQA 1D3JA 2B72A 158LA 2OU8A 3DN3A 161LA 1L46A 172LA 4ARLA 109LA 3OE9A 1I6SA 2B6YA 1L23A 1LGUA 1L51A 1L36A 3C7ZA 4PK0A 2Q9DA 3GUOA 3FADA 3HWLA 3GULA 257LA 3SB5A 1L03A 2A4TA 233LA 215LA 1LYFA 1P2LA 3GUNA 1L63A 3L64A 4K5YA 1P2RA 243LA 1QTHA 2RBNA 1C6CA 1PQIA 114LA 166LA 1CU2A 2RB0X 3L2XA 4E97A 160LA 1L26A 143LA 1PQKA 3HUAA 4I7SA 1LGWA 241LA 1PQMA 3PBLA 1L24A 3HT8A 4ARMB 1L15A 2RBSA 4ARJA 164LA 3G3VA 3SB7A 1L28A 4PJZA 3SB8A 1T8GA 3V2YA 137LA 1LLHA 1C68A 182LA 1NHBA 206LA 3G3XA 1B6IA 1L41A 127LA 170LA 2LZMA 3VW7A 3JR6A 1L59A 1LPYA 104LA 178LA 1KS3A 1C67A 181LA 1L79A 1C62A 217LA 3HUKA 262LA 148LE 1CU6A 1G0KA 2HUMA 118LA 138LA 1C6NA 3HDFA 3C81A 3DN8A 3OE0A 6LZMA 1LYHA 1L73A 126LA 2L78A 2RAYX 2F32A 184LA 201LA 223LA 1QS5A 1CX7A 1L66A 4EKPA 1CU3A 3LZMA 1L48A 3DMZA 214LA 1L68A 222LA 131LA 2IGCA 119LA 1L39A 3C83A 198LA 2B70A 2RBRA 1L13A 1C6DA 1C6MA 1TLAA 4GRVA 1QT6A 1L94A 259LA 3OE8A 209LA 125LA 226LA 3PDSA 1PQJA 5I14A 1P3NA 2OTYX 1LWGA 1C69A 236LA 3HH4A 177LA 1CV0A 1L16A 1L34A 1L06A 3GUMA 7LZMA 224LA 1L44A 3D4SA 1L29A 2Z6BA 174LA 1OVHA 146LA 4LDOA 2OU0X 4DAJA 1L33A 1L77A 4I7QA 1L70A 4ZPUA 1ZWNA 1DYBA 130LA 157LA 2LCBA 2RAZX 1CV5A 190LA 4EPIA 150LA 1L08A 1OWYA 3SBBC 249LA 139LA 1LI6A 3GUJA 1L69A 3SB9A 3DMVA 4AQNA 4W58A 1L38A 1L10A 111LA 1C6TA 1EPYA 221LA 159LA 1KY1A 1L20A 1L80A 1QTDA 4EPFA 1L25A 3DMXA 4ARQA 1C65A 2QARC 4I7NA 1L02A 186LA 1L97A 3DKEX 3HH6A 1D2YA 1LI2A 163LA 250LA 4EKRA 246LA 165LA 2F47A 1LYEA 185LA 1D3NA 4YXCA 1L50A 4LZMA 4DKLA 1L62A 151LA 3OE6A 1P7SA 1XJTA 1L89A 1PQOA 3NY9A 2OEAX 1T8AA 4W52A 1L84A 213LA 4GBRB 110LA 4EXMA 1L00A 234LA 1G07A 3C8RA 3CDTA 3C80A 5LZMA 1OV5A 1SWYA 168LA 4LDEA 2QB0B 1LI3A 1L55A 237LA 1T97A 3C7WA 4EKQA 219LA 1QUOA 4W53A 103LA 1LWKA 120LA 2ANXA 129LA 240LA 1G0MA 4S0WA 3SB6A 2B74A 4I7OA 1L12A 175LA 4I7RA 2O4WA 1G0PA 1G06A 2B6XA 1DYCA 1OYUA 1L04A 3SBAA 2Q9EA 4I7TA 2OE7X 200LA 176LA 144LA 1P6YA 2RBQA 3CDOA 3DN0A 1L37A 3NY8A 1OVJA 3HTBA 169LA 3C8QA 1L40A 3ODUA 255LA 1ZURA 251LA 1QT5A 3CDRA 156LA 1JTNA 141LA 1QTZA 225LA 1G0QA 195LA 3HH3A 1L98A 205LA 2F2QA 254LA 155LA 1QTCA 1L11A 218LA 2CUUA 1D2WA 4EKSA 1CV4A 3RUNA 2OTZX 1C6HA 1JQUA 1QUHA 3CDVA 3HH5A 147LA 1L74A 1LYJA 4OO9A 1QT4A 230LA 2O7AA 140LA 4I7KA 1CV6A 1L65A 3HU9A 1KW7A 183LA 3FI5A 1G0LA 1L99A 3UONA 261LA 2RBPA 167LA 1KW5A 3DN2A 1P56A 1ZYTA 1DYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ARQB 4DD2A 3CSQA 1LW9A 1L53A 253LA 1FLQA 2FYCA 5L3IA 187LA 2RB1X 1BB3A 1WQPA 2B75A 239LA 2EPEA 1L83A 1KNIA 4HV2A 1L19A 4ANRA 3AZ4A 4J1AA 1L05A 1C60A 3DN1A 4YF2A 231LA 4YX7C 2RB2X 3HDEA 4A7DA 1LZEA 1QT3A 173LA 1FLWA 4XJFA 4QY9A 1C6LA 4GN3A 2NTGA 3IWRA 2D91A 4WM5A 2YDGA 3LYMA 1C64A 1GF8A 1IVMA 1QSQA 1PZYA 3WUAA 2HUKA 4LZTA 1EQEA 4OOTA 2RH1A 1FKQA 1SX2A 3WULA 4AGAA 227LA 1GBZA 3GUPA 1T8FA 2B73A 3T36A 1L90A 1HEPA 3AZ6A 180LA 1FN5A 3A94A 4N1EI 1OWZA 244LA 191LA 1CU0A 1C6KA 4Z3MA 2MEAA 1YROA 4NHQA 3CT0A 248LA 1JKDA 2OU9A 1L27A 4NGVA 113LA 122LA 2LC9A 1L21A 1L0KA 1VATA 1LZGA 1DPXA 171LA 1L61A 1L57A 1SWZA 4GN5C 3PDSA 8LYZA 1L35A 3TXKA 1W6ZA 1OUGA 4P2EA 2ZYCA 3ZVQB 1B5VA 1L93A 149LA 3SN6R 1GF6A 3V2WA 5KKIA 1HENA 3J4GA 2ANVA 1FLYA 4H9CA 4D9ZA 4XJHA 145LA 4GCBA 4WLYA 3RZEA 4PHIA 3AW6A 3LN2A 1LSEA 1DYEA 3A95A 1L58A 1GB9A 1LTMA 4H1PA 2ZILA 3DN3A 1OUAA 1GB5A 1YKXX 3OE9A 1I6SA 5I54A 2B6YA 2F2NA 3EBAB 4DD7A 4II8A 1GFVA 3AW7A 5APEA 1XEJA 5B1GA 4IJ4A 3HWLA 257LA 3SB5A 3A3RX 1GF7A 4H91A 194LA 233LA 215LA 1P2LA 4K5YA 3EO5A 4EMNA 2EIZC 2CJLA 1CU2A 1BGIA 1LJEA 2RB0X 4WO6A 1LJGA 4H8XA 4LT1A 1PQMA 1YQVY 6LYZA 3PBLA 1JEFA 2LYOA 1L24A 4NSHA 1ZV5L 1WQMA 2YBIA 2F4GA 3G3VA 1LSZA 1L28A 1LMPA 3SB8A 1T8GA 137LA 1C68A 1LJ3A 3HBDA 1L41A 1HFZA 1F6SA 2BQGA 3QE8A 2DKVA 1HMLA 2W1XA 1IP3A 4WL7A 181LA 2RSCA 3C81A 3DN8A 1RFPA 1DZBX 1WQNA 1JISA 2PC2A 1L73A 126LA 2L78A 2NWDX 3D9AC 1L66A 1YAPA 5M1YA 3A6CY 2A7FA 4XENA 1L48A 3A8ZA 3DMZA 4GCFA 1LMTA 1NWGA 1L39A 2BQJA 1QT6A 1L94A 125LA 3P64A 226LA 5HNLA 1LMAA 1LJKA 3CT1A 1LWGA 1C69A 4DWXA 1L16A 1L06A 4HTNA 1PS5A 1D6PA 2Z6BA 5C6JA 1OVHA 2OU0X 4M4OA 1L70A 2RAZX 4EPIA 1L08A 3P65A 3SBBC 5F9UA 1IOTA 3GUJA 2Q0MX 1GFKA 2DQIY 3WPLA 1CJ8A 2BQFA 1L10A 1KY1A 1B7NA 1L20A 3TXDA 1L80A 1QTDA 1HEOA 1IWUA 1EL1A 1C65A 186LA 3HH6A 1D2YA 4ZEEA 246LA 165LA 3IJUA 5APDA 1KXWA 1LYEA 2MEHA 1D3NA 1GFGA 1DQJC 1L62A 2BAAA 2Z2EA 4Z41A 1L89A 3NY9A 5KKJA 1WVVA 4WLXA 4H9AA 4B4IA 5L3HA 4EXMA 2BQIA 3TMUA 3CDTA 3C80A 2Z12A 1GAZA 1OV5A 168LA 2HUBA 1TDYA 1KXXA 237LA 3A6BY 1LJHA 1BVXA 103LA 1LHMA 4S0WA 1JUGA 1UIHA 3WXUA 4I7OA 1L12A 175LA 4I7RA 2O4WA 5APCA 5FEKA 1QSWA 2LYZA 1LMOA 1OYUA 193LA 2OE7X 1NQIA 3TXIA 4QGZA 3DN0A 1CKDA 3NY8A 1OVJA 2DQDY 1UIBA 169LA 3C8QA 1YKYX 1DKJA 3AGIA 1F10A 255LA 2YBJA 4LYBA 1QT5A 2HU3A 4YENA 225LA 2ZYPA 1E8LA 3HH3A 1LYSA 1BHZA 205LA 2H9KA 254LA 2YBMA 1B7LA 2CUUA 3LYOA 1TAYA 1LSDA 2OTZX 1CKFA 1O23A 3CDVA 1JKAA 5KXNA 1L74A 1LYJA 5C6LA 3WW5A 1QT4A 2W1LA 1VDSA 1REMA 1LZDA 1CV6A 1AM7A 1KW7A 183LA 4BAFA 5KXTA 1G0LA 1LMQA 1XGTC 3ATNA 2IFFY 1C46A 261LA 1GF0A 3GXRA 2X0AA 1L42A 1IWZA 3RT5X 3AZ5A 245LA 112LA 4HP0A 1C08C 1RE2A 4W57A 2MEEA 3FE0A 1G1VA 4DDCA 4CGEA 1UIGA 2ZQ4A 1GAYA 1QT7A 1WTHA 3TMWA 2OE4X 4FJRA 4QDNA 4C5FA 4G49A 1G7HC 4TUNA 4J1BA 1P36A 4NSJA 1LHKA 4LDLA 2D4IA 188LA 4W56A 1XEKA 1UIFA 4AXTA 1L64A 4NGJA 2DQCY 4EJ4A 1LJNA 1DYAA 1IR9A 1H87A 1JTPL 3HT9A 1XEPA 1L09A 5KXXA 3DN6A 2ZIJA 1G1WA 3CB7A 1IP5A 1P64A 3WUNA 3A91A 108LA 2N5ZA 5A3ZA 3TMXA 102LA 4NHSA 2HU1A 1L81A 4ETAA 1L87A 3W6AA 1LPIA 4ARMA 5HMVA 1CVKA 2XBSA 3TXBA 4OWCA 2C8OA 1JKCA 1F6RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ARQ B;  4DD2 A;  3CSQ A;  1LW9 A;  1L53 A;  253L A;  1FLQ A;  2FYC A;  5L3I A;  187L A;  2RB1 X;  1BB3 A;  1WQP A;  2B75 A;  239L A;  2EPE A;  1L83 A;  1KNI A;  4HV2 A;  1L19 A;  4ANR A;  3AZ4 A;  4J1A A;  1L05 A;  1C60 A;  3DN1 A;  4YF2 A;  231L A;  4YX7 C;  2RB2 X;  3HDE A;  4A7D A;  1LZE A;  1QT3 A;  173L A;  1FLW A;  4XJF A;  4QY9 A;  1C6L A;  4GN3 A;  2NTG A;  3IWR A;  2D91 A;  4WM5 A;  2YDG A;  3LYM A;  1C64 A;  1GF8 A;  1IVM A;  1QSQ A;  1PZY A;  3WUA A;  2HUK A;  4LZT A;  1EQE A;  4OOT A;  2RH1 A;  1FKQ A;  1SX2 A;  3WUL A;  4AGA A;  227L A;  1GBZ A;  3GUP A;  1T8F A;  2B73 A;  3T36 A;  1L90 A;  1HEP A;  3AZ6 A;  180L A;  1FN5 A;  3A94 A;  4N1E I;  1OWZ A;  244L A;  191L A;  1CU0 A;  1C6K A;  4Z3M A;  2MEA A;  1YRO A;  4NHQ A;  3CT0 A;  248L A;  1JKD A;  2OU9 A;  1L27 A;  4NGV A;  113L A;  122L A;  2LC9 A;  1L21 A;  1L0K A;  1VAT A;  1LZG A;  1DPX A;  171L A;  1L61 A;  1L57 A;  1SWZ A;  4GN5 C;  3PDS A;  8LYZ A;  1L35 A;  3TXK A;  1W6Z A;  1OUG A;  4P2E A;  2ZYC A;  3ZVQ B;  1B5V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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