1DYCA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAINLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dycA00
1CV6A 156LA 119LA 1QT4A 1ZWNA 258LA 2B6TA 1CV3A 1L70A 4EKPA 1L58A 1LGUA 1L17A 1XJUA 2NTHA 1P6YA 1LLHA 3DN0A 2QB0B 1ZYTA 1L00A 4EKSA 1D3MA 1LYJA 1PQKA 3DN2A 1L53A 3G3WA 1WTHA 3HH6A 4W52A 4YXAC 171LA 217LA 3C83A 167LA 148LE 1L74A 1LYFA 2OEAX 1QUOA 1L66A 2RB1X 2B6YA 1P2LA 227LA 1C6IA 3HU9A 1T8FA 3HT6A 2RAYX 1L64A 1L52A 162LA 1L15A 3K2RA 4DAJA 219LA 2RBQA 3NY9A 1L86A 3PDSA 1LPYA 1L38A 1L69A 1L57A 2RAZX 198LA 115LA 1CUPA 1K28A 3GUMA 169LA 1L76A 3DMZA 1JTMA 4YX7C 4ARMB 1L60A 1QTBA 1L37A 1D2WA 1OYUA 3D4SA 1L45A 1G07A 2RH1A 1KW5A 1KW7A 1LYHA 2Q9EA 1L50A 206LA 7LZMA 1C60A 3F8VA 212LA 2O4WA 1L47A 1G06A 3HUAA 4W51A 200LA 1C6MA 127LA 1G0LA 1L22A 3C81A 1QT8A 3F9LA 4LDEA 128LA 140LA 2Q9DA 3DN6A 183LA 251LA 1D3FA 2B73A 2OE7X 3C7YA 1L62A 1C6CA 1C6NA 3SN6R 1C6EA 1CV0A 1C6QA 1OWZA 3EMLA 1L01A 1P36A 249LA 166LA 164LA 3HDFA 1DYEA 209LA 1CUQA 1G0GA 3C7WA 3GUKA 4DJHA 2B6ZA 1P46A 247LA 1L92A 3DMXA 3C7ZA 3L2XA 1L02A 3SB9A 1T8GA 4ARQB 1LI2A 4I7KA 4PJZA 144LA 1P2RA 187LA 1C6LA 1CX6A 1PQIA 253LA 2HUMA 1L16A 3HTGA 113LA 1L35A 1C6AA 4W59A 3NYAA 111LA 1L97A 4I7JA 189LA 3HTFA 2RBPA 120LA 3JR6A 1L73A 1L87A 1L63A 147LA 195LA 1EPYA 1DYFA 1DYGA 3DKEX 3HT7A 2B75A 229LA 3OE9A 3SBAA 1P56A 1L46A 237LA 1L99A 4I7OA 1C63A 172LA 1C61A 1G0JA 1L90A 1L05A 1CV4A 2B7XA 161LA 3DNAA 1QSBA 3HUKA 2HUKA 3CDRA 176LA 1L28A 1T8AA 1L03A 3DN4A 108LA 1QSQA 1L82A 168LA 233LA 2F32A 1L72A 1PQJA 4EKQA 1CTWA 2L78A 173LA 1L09A 2F2QA 1L67A 122LA 1C6HA 184LA 1P37A 3HTBA 1T6HA 1L44A 224LA 1L56A 3SBBC 1L32A 1CVKA 1KY0A 1OVJA 4K5YA 223LA 143LA 188LA 211LA 4EPFA 1L13A 4OO9A 1L83A 3RUNA 1CV5A 238LA 110LA 1L31A 3DN8A 1C6DA 175LA 1QT5A 252LA 4I7PA 1TLAA 1SSYA 139LA 104LA 2OE4X 1JQUA 1L61A 163LA 4ARPA 4LDLA 1L85A 1L11A 1ZURA 3OE6A 138LA 218LA 126LA 3HH3A 1L10A 197LA 131LA 1L42A 2LZMA 4W56A 1CU5A 3HU8A 196LA 4W55A 3CDQA 199LA 1L91A 192LA 1OVHA 2B74A 2A4TA 155LA 1P3NA 1C6JA 1LI6A 1OWYA 102LA 1QUGA 1L98A 262LA 2RB0X 4W58A 1CV1A 1C68A 1LYEA 3HDEA 185LA 2LC9A 1CU6A 3FI5A 234LA 1L26A 2CUUA 2OU9A 4W57A 3GULA 1L41A 1L20A 107LA 1L43A 1G0MA 1L49A 243LA 3GUNA 4AQNA 4I7QA 177LA 1L0JA 149LA 1L89A 1G0PA 1L25A 3HH5A 6LZMA 1D3JA 1CU2A 257LA 3PBLA 231LA 230LA 240LA 4ZPUA 2OU8A 254LA 1B6IA 1LWGA 1L40A 112LA 3NY8A 220LA 1L84A 142LA 180LA 1L24A 3ODUA 3C82A 1JTNA 2RBSA 1L23A 1SX7A 1OVKA 1G1VA 3C80A 1LYDA 145LA 225LA 1D2YA 242LA 1L93A 1L29A 1LI3A 190LA 210LA 2O79A 3LZMA 4I7LA 1QS5A 3VW7A 3HWLA 3QAKA 3SB6A 1L88A 1L81A 2B70A 3FADA 1CU3A 1L06A 1QS9A 2O7AA 2IGCA 3HT9A 241LA 2OTYX 141LA 2NTGA 1L39A 3G3VA 3OE8A 1SWYA 2RBOA 4E97A 3HT8A 5LZMA 1CX7A 4LZMA 4ARLA 109LA 170LA 157LA 146LA 1SSWA 4I7NA 3C8SA 130LA 3SB5A 2RBRA 1L94A 2RBNA 4GRVA 1LYGA 1L27A 151LA 3G3XA 4W53A 1L54A 1C6BA 1L14A 2OTZX 1DYBA 239LA 3DN3A 3HUQA 226LA 4IAPA 4PK0A 1L04A 3GUPA 178LA 1C6KA 129LA 182LA 1L71A 3C8RA 1C6TA 259LA 1SWZA 1CU0A 1LWKA 1L59A 4I7SA 2F47A 1LGXA 2HULA 1L21A 1D3NA 1L33A 152LA 1QT7A 1QTHA 248LA 3C8QA 1LGWA 5I14A 1P5CA 1KNIA 1G1WA 1SX2A 1C65A 1XJTA 1G0QA 1L80A 4EXMA 2B6WA 1L0KA 1QTVA 235LA 2OE9X 256LA 123LA 137LA 3GUOA 1LW9A 1QUDA 1L30A 3OE0A 3HH4A 174LA 1I6SA 1C67A 1L65A 3GUJA 1L95A 205LA 1L79A 2B72A 3CDVA 2ANVA 4ARMA 181LA 186LA 1L68A 3HTDA 1C62A 3DMVA 246LA 3SB8A 4ARJA 236LA 1QTCA 201LA 4S0WA 228LA 150LA 2QARC 1L19A 1C69A 1DYAA 1C66A 1NHBA 1C6PA 1L36A 1L96A 260LA 4W54A 213LA 2RB2X 1KY1A 1G0KA 4GBRB 114LA 125LA 4EJ4A 1PQDA 214LA 2ANXA 103LA 3DN1A 244LA 1XEPA 222LA 3L64A 1L12A 3CDOA 1QTDA 245LA 4I7RA 118LA 191LA 1L07A 1L77A 1L34A 3RZEA 1L55A 1L75A 1L51A 2LCBA 4I7MA 165LA 3V2WA 1OV7A 1QTZA 1C6FA 4YXCA 4DKLA 1P64A 158LA 1D9WA 1P7SA 232LA 3FA0A 3V2YA 250LA 2OU0X 216LA 2Z6BA 1OV5A 1PQOA 255LA 1QUHA 1L08A 159LA 4EPIA 3UONA 221LA 1DYCA 4ARQA 1L18A 1C6GA 4LDOA 1QT6A 160LA 1KS3A 4EKRA 215LA 3SB7A 1LYIA 3GUIA 4I7TA 3CDTA 1DYDA 1T97A 1C64A 2B6XA 1QT3A 261LA 1PQMA 1L48A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B6TA 4EKPA 1L58A 4NGJA 1L17A 3P64A 1XJUA 4H8ZA 2LYMA 2XBSA 1JJ1A 1C08C 1P6YA 3DN0A 1LCNA 2QB0B 4B4IA 1ZYTA 1IWWA 1LYJA 1LZ4A 3DN2A 4NG1A 3WXUA 5LAFA 171LA 4XJDA 1L74A 4NSIA 2OEAX 1L66A 227LA 5LYZA 3HT6A 2BQHA 1GPQC 3ZEKA 1BVKC 1L52A 4IJ4A 4E3UA 5I4XA 1L15A 5L3IA 4DAJA 4DD0A 2D4KA 1VDTA 1GXV2 154LA 4H9AA 1MLCE 1JTMA 4NY5A 4YX7C 5LYTA 1D2WA 1L45A 5C6JA 2YBIA 5KXTA 4IASA 206LA 5KXMA 2XJWA 1XGPC 1L47A 1IR7A 5I4WA 4RW1A 5FELA 1C6MA 4XENA 3C81A 8LYZA 1GE4A 3F9LA 4LDEA 140LA 5KXYA 2ZYCA 1DI4A 1LHLA 1REMA 1D3FA 1NMMA 4QY9A 3C7YA 1UIBA 1C6EA 1OWZA 4WLYA 1LMTA 1XSFA 166LA 1DYEA 1FKVA 2Z2FA 1IY4A 4B49A 3DMXA 1L92A 1VAUA 3TMVA 1BB5A 1GE2A 1CKHA 253LA 3D9AC 1L16A 4NIJA 1D9UA 1GF5A 4W59A 1OUGA 3BKVA 4H9HA 4I7JA 1GF6A 1BVXA 2LYZA 1L73A 1QSAA 1LZEA 4HPIA 1DYGA 1GBZA 1G0JA 1VEDA 3DNAA 4ETEA 3GXRA 3HUKA 4FJRA 1BGIA 4R0FA 1D0LA 3LYOA 1PQJA 1H6MA 1L09A 1IP7A 1P37A 3HTBA 1IWVA 3TXJA 1CVKA 1KY0A 1OVJA 1L83A 1W08A 1LSFA 2FBDA 1C6DA 1FLWA 1TLAA 4WM2A 1YAOA 2OE4X 4TWSA 1L61A 1L11A 3OE6A 1NDMC 138LA 1B7LA 3HH3A 2HU3A 4PRUA 131LA 1LYSA 1CU5A 4W55A 1LMPA 3CT1A 3OK0A 4ETAA 5LXWA 1B7RA 2A4TA 3A94A 3RU5A 1IX0A 1P3NA 5L3HA 1OWYA 1L98A 4QDNA 2RB0X 1TEWA 3WXTA 1CJ6A 1CV1A 1C68A 1EQ4A 3HDEA 3FI5A 234LA 1L26A 2BQDA 4W57A 1L41A 5KXKA 2RSCA 4TSBA 4IATA 1GF7A 1L0JA 4LYCA 1IR8A 1HMKA 4J7VA 1GFRA 231LA 230LA 240LA 1LSZA 4Z98A 1LWGA 1B5WA 2DQFC 1HSWA 3TXDA 2EQLA 5IDDA 180LA 1L24A 135LA 4NGOA 4WM6A 2YDGA 1YKXX 1HFZA 1OVKA 1G1VA 1D2YA 2Z37A 1IP2A 1L29A 1IOQA 3LZMA 5HQ1A 1IP1A 2XQOA 4CFPA 3HWLA 1INUA 1IWZA 3SB6A 2B70A 1CU3A 3WH1A 1QS9A 141LA 2Q0MX 3N9EA 1IP4A 1GB8A 4W96A 1HENA 1UIFA 109LA 170LA 1C46A 208LA 4WM1A 1JJ0A 1LMAA 3SB5A 1GF0A 4GRVA 3ZVQB 3CSQA 151LA 1L14A 239LA 3DN3A 1XEKA 3HUQA 4PK0A 3GUPA 5KXNA 2YSSC 4NGZA 4QGZA 1LKRA 2BAAA 1JKCA 5D5FA 1QTHA 3C8QA 1GF3A 2ZILA 4HP0A 1KNIA 1SX2A 1C65A 1L80A 5HLLA 1FLQA 4HJVA 1GDWA 1KXWA 2MEGA 1QTVA 5KXOA 4XADA 4D9ZA 4BAPA 2FYDA 4H94A 1XGRC 1DI3A 1LSMA 3HH4A 1L65A 1WQOA 2MEIA 5B1FA 4N9RA 3CDVA 1KIRC 181LA 5ILCA 1LJGA 1FN5A 236LA 1WTMA 4WM5A 228LA 1JHLA 132LA 1C69A 1F10A 1GBXA 1GFVA 1C66A 1L36A 1KY1A 1GB0A 1G0KA 4GBRB 4XJHA 3TXFA 125LA 3W6DA 1OUJA 1GB9A 1LJNA 3A6CY 3TMWA 245LA 1W6ZA 1GAYA 1L34A 1L55A 1PS5A 3T6UA 2WARA 2W1XA 4WLXA 232LA 1IWTA 3FA0A 4NHTA 2OU0X 1D6QA 1FKQA 1PQOA 4BAFA 1L08A 1BQLY 159LA 1GBYA 2N5ZA 221LA 1HEWA 1QT6A 1OUEA 1UIHA 4WM4A 5C6IA 4OWEA 2W1MA 2DKVA 1T97A 1XGQC 156LA 3WUMA 1CV3A 1H87A 4DC4A 4HTNA 3G3BB 1YAMA 1GEVA 4ANRA 2F2NA 4EKSA 1L53A 3HH6A 1CKCA 4WOAA 3AW6A 1B5XA 4LT2A 1IY3A 3AZ4A 1P2LA 1LHKA 3ULRA 1C6IA 1T8FA 5LVHA 4CGEA 162LA 3CT5A 2BQCA 5APEA 3K2RA 4WM3A 219LA 1L86A 1YAPA 4NHSA 5DN4A 2FYCA 3WMKA 1V7TA 1L76A 3DMZA 5DLAA 4ARMB 1L37A 1OYUA 3P65A 2DBTA 3LYMA 2ZIJA 5APFA 1UC0A 1KW5A 1KW7A 3HBHA 1C60A 1IO5A 2O4WA 1GHLA 3HUAA 200LA 127LA 4GCDA 4NEBA 2HEEA 1LYYA 5B05A 3LYZA 251LA 2B73A 2MEDA 4J0LA 4HJYA 4ET8A 1C6QA 1LOZA 4HSFA 3EMLA 5DN5A 1L01A 1P36A 249LA 1HMLA 3HDFA 209LA 3KAMA 3C7WA 2B6ZA 4GLAA 3WW5A 3C7ZA 5IHGA 3G3AB 4M6DA 1T8GA 4ARQB 4GCBA 144LA 1P2RA 1YILA 1C6LA 1CX6A 1PQIA 5B07A 3TXGA 1GB6A 113LA 1L35A 4B4EA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B6T A;  4EKP A;  1L58 A;  4NGJ A;  1L17 A;  3P64 A;  1XJU A;  4H8Z A;  2LYM A;  2XBS A;  1JJ1 A;  1C08 C;  1P6Y A;  3DN0 A;  1LCN A;  2QB0 B;  4B4I A;  1ZYT A;  1IWW A;  1LYJ A;  1LZ4 A;  3DN2 A;  4NG1 A;  3WXU A;  5LAF A;  171L A;  4XJD A;  1L74 A;  4NSI A;  2OEA X;  1L66 A;  227L A;  5LYZ A;  3HT6 A;  2BQH A;  1GPQ C;  3ZEK A;  1BVK C;  1L52 A;  4IJ4 A;  4E3U A;  5I4X A;  1L15 A;  5L3I A;  4DAJ A;  4DD0 A;  2D4K A;  1VDT A;  1GXV 2;  154L A;  4H9A A;  1MLC E;  1JTM A;  4NY5 A;  4YX7 C;  5LYT A;  1D2W A;  1L45 A;  5C6J A;  2YBI A;  5KXT A;  4IAS A;  206L A;  5KXM A;  2XJW A;  1XGP C;  1L47 A;  1IR7 A;  5I4W A;  4RW1 A;  5FEL A;  1C6M A;  4XEN A;  3C81 A;  8LYZ A;  1GE4 A;  3F9L A;  4LDE A;  140L A;  5KXY A;  2ZYC A;  1DI4 A;  1LHL A;  1REM A;  1D3F A;  1NMM A;  4QY9 A;  3C7Y A;  1UIB A;  1C6E A;  1OWZ A;  4WLY A;  1LMT A;  1XSF A;  166L A;  1DYE A;  1FKV A;  2Z2F A;  1IY4 A;  4B49 A;  3DMX A;  1L92 A;  1VAU A;  3TMV A;  1BB5 A;  1GE2 A;  1CKH A;  253L A;  3D9A C;  1L16 A;  4NIJ A;  1D9U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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