6LYTA

Comparison of radiation-induced decay and structure refinement from x-ray data collected from lysozyme crystals at low and ambient temperatures
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Comparison of Radiation-Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures
pubmed rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 6lytA00
4NGLA 1LZEA 4TUNA 4ETAA 4WLYA 1GBXA 3A3QA 2D4JA 1DI3A 3CT5A 4IATA 3KAMA 4H8YA 1T3PA 4YENA 1B5XA 1LSEA 1GBYA 3EBAB 5KKIA 1SLYA 1IY4A 1DKKA 4RW1A 1LJKA 4ZEEA 5F14A 4PRUA 1JKBA 5APFA 1XGRC 3ATOA 1VDPA 1ZVYB 2YBHA 1J1PY 1LKRA 2EKSC 2I25L 1INUA 1NQIA 2PC2A 4XENA 1G7IC 5DM9A 3M3UA 3WPJA 1GB3A 1HEMA 2H9JA 3EXDA 4H9IA 4LYTA 4NWHA 1IOCA 1LYYA 1LSCA 4LYBA 1LJ3A 4HTKA 4C5FA 1UUZC 1QQYA 2MEFA 1F0WA 2Z2EA 5B07A 1GE0A 1C7PA 4XJDA 1HEPA 3CSQA 4A7DA 208LA 4MSTA 1IWXA 1NDMC 2DQGY 1LMPA 1RCMA 1J1XY 4NHPA 1JTTL 5LIOA 3LYMA 4GN3A 2FYCA 4ETDA 3P66A 4NIJA 5KXNA 3RU5A 2MEHA 5KXZA 4YOPA 4QGZA 5I4WA 3TXGA 1IR8A 1IIZA 2VB1A 4WO6A 4H90A 4YF2A 1GPQC 1BVXA 1LZDA 1G7LC 2MEDA 5DLAA 1NKHA 2F30A 1G7MC 2HTXA 3RT5X 4ZFPA 153LA 2HEEA 1LMQA 2BPUA 4MCKA 5HMVA 1IP6A 1UIGA 2ZILA 3MGWA 1LHIA 1RE2A 3N9EA 1IR7A 2BLXA 4MR1A 1QDRA 1IO5A 1E8LA 3WVYA 2BLYA 1HEOA 1LSNA 1IWWA 1D0MA 2BQHA 2DQFC 2LYOA 3CQLA 4TX7A 3W6EA 1QUSA 1JWRA 2LZTA 1IC4Y 1GF8A 1GB5A 4PJ2C 5FSTA 1B0DA 3T6UA 3TXFA 3WPKA 4HP0A 1IP3A 2BQOA 4N9RA 1CKCA 4NHQA 4WM1A 1GE4A 1GBOA 4XYYA 3B0OA 3TXJA 3W6AA 1KXYA 4WLDA 4DD3A 2DKVA 3ULRA 1C08C 4DD7A 1QDTA 1SQ2L 1ZVHL 2XJWA 8LYZA 1LZSA 5L3HA 5HMJA 4WMGA 5F9UA 1OUDA 1VDSA 4WM6A 1NDGC 1LAAA 1GF0A 4DWXA 1BWIA 1WVVA 3WPLA 4RLMA 4Z3MA 1REMA 3F6ZA 4NEBA 132LA 1BWHA 1LJEA 1XGUC 4H9BA 1G7HC 1B7QA 2Y8PA 3M18B 4HPEA 4RDSA 3QNGA 3HBEX 3TMXA 3WUAA 2F4GA 1AKIA 4LFXA 4LT2A 2FYDA 2B5ZA 2G4NA 4XJGA 4N1EI 4H91A 1G7JC 1OQMA 1B5ZA 1UIHA 3TMWA 1GB9A 1JUGA 1BGIA 1PS5A 1T6VL 2DBTA 5E4PA 3AW7A 207LA 3AZ6A 2A7DA 4H8ZA 3W6DA 4H8XA 4LT3A 1UIDA 1QTEA 2RSCA 1B5VA 3D9AC 1REZA 2EQLA 3WW5A 5FHWA 1JISA 3OK0A 5LA8A 2EPEA 4YEMA 4CJ2A 4LYZA 1IWUA 1GF3A 3P68A 2YDGA 4CGEA 2BQCA 1JTPL 1LSYA 1IP2A 1BB7A 1B5UA 1GB0A 2HEAA 1IR9A 5APCA 2D91A 4PPOA 5APDA 5KXXA 5D5FA 1GFHA 1LZTA 4Z98A 1EQEA 1WQQA 2ZYCA 1JITA 1YKYX 1DI5A 1OUGA 5LVHA 1HC0A 2Z12A 193LA 3BKVA 4NGYA 2BQBA 2FBDA 1NF5A 4NGKA 1UICA 1OUEA 4NSGA 4R0FA 2HEBA 3BKHA 2BQMA 1CKDA 4NGJA 1ALCA 1GFGA 1HELA 1GAZA 1YL0X 2HUBA 1UIFA 1JIYA 2Z39A 1B7PA 1XEKA 3W6FA 3A93A 1GFJA 5AMYA 4EOFA 3HBDA 4J7VA 2XBRA 4QEQA 3TXHA 1GAYA 2Z38A 4WOAA 5KJ9A 1OUBA 1HFXA 2DQJY 1LMOA 3TXKA 5LVGA 3A92A 4HJYA 3N9AA 1GF4A 1HNLA 2G4PA 1GE3A 2X0AA 1CKGA 1GEZA 1LJ4A 1RFPA 2C8OA 4NGOA 1LSAA 1D6QA 4ETBA 1NMMA 3WU9A 1XSFA 3W3EA 2Z19A 3AB6A 1YL1X 4LGKA 3RZ4A 1WQNA 3B6LA 4OWAA 3WH1A 2CWIA 1CNSA 1IP1A 1GFVA 4Z46A 1IOSA 4OW1A 4FDYA 2ZWBA 1LHLA 5I4YA 1GBZA 1B7LA 1IX0A 3QE8A 1OUAA 1YAPA 1LZBA 1CJ8A 4QDNA 1YAMA 2LZ2A 4ET9A 2MEGA 1OUJA 1H87A 5LVJA 4G4HA 4NG1A 4UWUA 4WM4A 1LSDA 1IOTA 5DN4A 1JTOL 3AZ4A 1HEQA 1I1ZA 4NSJA 3J6KA 1WQRA 1MELL 4OWCA 4YEOA 3WVXA 1CKHA 1FBIX 1HFZA 3A34A 5LA5A 1VDQA 4NG8A 1LJFA 1LJGA 5KXKA 2YBMA 2ZQ3A 4ET8A 2I26L 3A67Y 1PZYA 2LHMA 1GWDA 1YROA 1GHLA 5J7CA 4G9SA 4TSCA 4CHXA 4ZIXA 5HNLA 2XBSA 3CT1A 4GCEA 4H9FA 2YVBA 4NGWA 1LOZA 1GEVA 1MLCE 3G3BB 3N9CA 4XN6A 5DL9A 3TMVA 3W6CA 1B7NA 2BQKA 4I8SA 3AJNA 1DZBX 1GF7A 2ZIKA 3WXUA 4LT0A 1GFUA 3A90A 4HTQA 1HHLA 5KXMA 4KPMA 5KXLA 1ZV5L 1A2YC 1DPXA 1C46A 2D4KA 4NSHA 4ETCA 4PHIA 1GB7A 4NGZA 4Z41A 5M1YA 1LJNA 1D0LA 2CDSA 3CB7A 4TTDA 1NBYC 1LZAA 1LZ1A 1HEWA 1LSZA 5I53A 4PGJB 4UWVA 4XJHA 1TBYA 1D6PA 3CSZA 4WM3A 1C43A 5LAGA 1NWGA 1LZYA 1W08A 4NWEA 4OWHA 4DYGA 3ZEKA 2LYMA 1VATA 2FBBA 5HNCA 1LZGA 1LCNA 4GN5C 3AZ7A 3FE0A 2BQNA 4H92A 2HECA 3ZVQB 1DPWA 1B9OA 3A8ZA 3G3AB 9LYZA 1UC0A 5I4XA 3WMKA 1DI4A 1HF4A 1OUFA 3TXIA 4H9HA 1GFAA 1GBWA 2HU1A 4NHSA 4HV1A 3LN2A 5FELA 2BAAA 1GF5A 5LVKA 4D9ZA 3IJVA 5EBHA 4ML7A 1IWVA 1TEWA 1YQVY 3J4GA 1LKSA 1F6SA 1TCYA 4TSBA 1IP5A 4XJBA 3WUNA 4OOOA 5II3A 4BAFA 5FDJA 1B7SA 3LYZA 5F81A 4W96A 1VDTA 5ILCA 1BB5A 1HMLA 1KIRC 3P64A 4DDCA 1QIOA 4N5RA 194LA 1AT6A 4M6DA 4LYOA 4J0LA 1AZFA 4WLTA 4NGVA 3LZTA 3AW6A 1QSAA 1CJ6A 1I20A 4DD2A 1IP4A 5B1FA 5LXWA 154LA 1GBSA 4DD1A 3EMSA 1LSFA 1XGPC 2BQGA 1B5YA 1GXV2 2BQFA 1QSWA 1YANA 2G4QA 1OUCA 1CKFA 1FLWA 5B05A 1C45A 1LHHA 5B1GA 1LYZA 2BQDA 1KIPC 4DT3A 1JKAA 3TXEA 4E3UA 3WUMA 1B7MA 4GN4A 4NY5A 4NHTA 2YBLA 1JHLA 4NGIA 1FLUA 4P2EA 2D6BA 3IJUA 1A4VA 4WL7A 1QUTA 4XJFA 5KXPA 134LA 4GLVA 3A6BY 7LYZA 4R6CA 1GB8A 3LHMA 2AUBA 1YKZX 1FLYA 3RW8A 5HQ1A 5DN5A 5HLLA 2Z18A 1HSWA 2F2NA 4DD9A 4ETEA 3TXBA 1IWZA 1JJ0A 1GE2A 2IHLA 4HPIA 5A3ZA 4WLXA 1BWJA 3WU8A 1BB4A 3E3DA 1LZNA 4WM2A 4G4CA 5C6IA 1LZ5A 1VEDA 2F4AA 4NSIA 4XJIA 1LJIA 1V7SA 3LZ2A 4BS7A 3AZ5A 1C10A 1UACY 5IDDA 1WTMA 3GXRA 4LT1A 1GDWA 1Z55A 1GF9A 5B59A 1FDLY 1ZMYL 2W1LA 2ZQ4A 4HV2A 1JSFA 1IORA 1WTNA 2CJLA 2MECA 4GCDA 4HJVA 3WXTA 3CSRA 5APEA 4N1CC 2XTHA 3A95A 4H9EA 4WM5A 2IFFY 3AYQA 1IVMA 1GD6A 2YSSC 1B7OA 5KXOA 5KXTA 5F16A 3ATNA 5T3FA 3B0KA 2BQIA 1UIEA 4LYMA 1GFEA 3B72A 4B0DA 1TAYA 4C3WA 2BQJA 3AGHA 4N8ZA 1XGQC 1LZ6A 2W1YA 3A94A 3TMUA 3WULA 6LYZA 2DQIY 1GFKA 1YAQA 4LZTA 1D0KA 4X3BA 2ZIJA 4BADA 4CFPA 2MEEA 1TDYA 1UIBA 4W94A 5LAFA 4AXTA 4RLNA 1LJJA 2EIZC 1FKVA 4GLAA 1HFYA 2BQLA 4H1PA 1LSMA 1LSGA 3P4ZA 4NHIA 1YKXX 4OOTA 1LTMA 2N5ZA 4PRQA 4GCCA 3P65A 3LYOA 4H93A 1RJCB 1REXA 2DQHY 1H6MA 1YIKA 3AGIA 4LYCA 1D9UA 2NWDX 2W1MA 4KXIA 1I56A 5K7OA 1EL1A 1REYA 3WYHA 4M4OA 4HSFA 1LJHA 1WQPA 2HEDA 2ZNXY 1LPIA 2HEFA 4DDAA 4H94A 1LZ4A 1LYSA 1N4FA 4OWBA 5B06A 5ILFA 4NFVA 1JSEA 3D3DA 1DQJC 1F6RA 5FCPA 1XFPL 1NHEA 1HENA 1WQOA 2LYZA 4G49A 2Q0MX 1J1OY 2DQDY 1LMNA 1CJ7A 1EQ4A 1LZ8A 2Z2FA 4HTNA 4TWSA 3TXDA 1O23A 3AGGG 4DDBA 1LZ9A 4WG1A 3LYTA 1GE1A 3HFMY 2GV0A 3EO5A 2CGIA 1FKQA 4N0JA 4H9CA 1CJ9A 4AGAA 1KXXA 5IELA 1UCOA 2MEBA 4G4BA 5C6JA 2YBJA 1IY3A 4H9AA 5LYTA 5KXSA 3SP3A 2H5ZA 3IWRA 4WL6A 5C6LA 5KXRA 1YILA 4B49A 1WVUA 1B7RA 1P2CC 1JKCA 2ZYPA 3A3RX 1DXJA 4UWNA 1UBZA 4CFOA 1JKDA 2BQAA 1B2KA 4LFPA 2YBNA 4OWEA 5I5QA 1HSXA 3VWOA 5LINA 1LMAA 2W1XA 1V7TA 1LZRA 1JJ1A 5L3IA 3HBHA 3WU7A 4EMNA 5I54A 2HU3A 1WQMA 1IC7Y 1F10A 4QY9A 4YM8A 3QY4A 4J1BA 1LSPA 1VAUA 4FJRA 1AT5A 1NBZC 3FI7A 3WL2A 1VFBC 5F9XA 3OJPA 1FLQA 1OUIA 4ANRA 5L9JA 1OP9B 3GXKA 1LHJA 1IEEA 1HERA 3B0IA 4HJZA 4I0CA 1KIQC 5LYZA 1W6ZA 6LYTA 133LA 1GDXA 4L41A 2Z37A 5KXWA 1XEIA 2D4IA 5KXYA 5JENB 2WARA 1XEJA 4B4IA 4GCBA 1GB2A 1BVKC 1GFTA 4O34A 1IC5Y 1LHKA 1GXXA 1UA6Y 4KL7A 4KT3A 4GCFA 1JEFA 1YAOA 2BQEA 1GB6A 1B5WA 1BB6A 1XGTC 5D5CA 2ZNWY 5IHGA 1DKJA 2DQEY 4WG7A 1BQLY 1IOQA 2C8PA 2MEIA 1QTKA 1BB3A 5KY1A 2YBIA 3WW6A 2H9KA 1HMKA 1FN5A 3K3TA 1RI8B 2A7FA 2MEAA 5LVIA 2I6ZA 3W6BA 3ZVQA 1LMTA 135LA 2DQAA 1IWTA 1LZCA 1LYOA 4DC4A 1BHZA 4DD0A 3A91A 1IP7A 4B1AA 1IWYA 4IJ4A 1JPOA 5E9RA 5LYMA 1LMCA 4J1AA 4RW2A 1GFRA 4II8A 5A3EA 3A96A 5KKJA 1GF6A 1UIAA 1LHMA 1EQ5A 4IASA 3CT0A 4WO9A 3T36A 4U3XB 4XADA 4B4JA 3RNXA 2DQCY 4BAPA 1JJ3A 4B4EA 1OUHA 5FEKA 1AM7A 3A6CY 1LSBA 1KXWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NGLA 3C80A 4ETAA 1GBXA 3CT5A 1LI3A 4EPIA 4YENA 1L11A 3EBAB 5APFA 3ATOA 252LA 1L19A 1INUA 1G7IC 5DM9A 2H9JA 3DNAA 4C5FA 1QQYA 1C6TA 4XJDA 3HH3A 4YX7C 3CSQA 4A7DA 1IWXA 1NDMC 1J1XY 4NHPA 1CV6A 1SX7A 4W55A 2O4WA 1L47A 2MEHA 4QGZA 1IR8A 1IIZA 1L77A 1G7MC 1LMQA 4MCKA 1IP6A 3MGWA 1G1WA 168LA 1IR7A 1QDRA 1IO5A 1E8LA 1C6BA 1LSNA 1IC4Y 1GF8A 1L93A 1B0DA 4NHQA 1KXYA 1QUGA 3ULRA 3HTBA 3K2RA 8LYZA 1G07A 5HMJA 4EPFA 1NDGC 1GF0A 1BWIA 1REMA 132LA 1BWHA 1B7QA 2B6WA 4LT2A 3SB5A 1B5ZA 1GB9A 1PS5A 1L67A 2DBTA 1T6VL 1TLAA 3AZ6A 2A7DA 1QTEA 3D9AC 2EQLA 5FHWA 1L32A 1JISA 4YXAC 255LA 2F47A 1T97A 2RBNA 1L75A 4TSBA 4LZMA 3HH6A 1B5UA 1GB0A 1IR9A 1D3FA 2D91A 5APDA 5KXXA 5D5FA 1EQEA 1JITA 1OUGA 1HC0A 2Z12A 1OUEA 2RAZX 1G0MA 1T8AA 1GAZA 3RZEA 139LA 130LA 1B7PA 1XEKA 3W6FA 1GFJA 1GAYA 1OYUA 192LA 1GF4A 2X0AA 1GEZA 2OE7X 1P36A 1L18A 3CDQA 4ETBA 2Z19A 1GFVA 4FDYA 199LA 3HTFA 1OUAA 3HTGA 4QDNA 4EXMA 4ET9A 1H87A 3SBBC 1HEQA 1I1ZA 4NSJA 4OWCA 1HFZA 1L20A 3DN2A 2I26L 3A67Y 1D3MA 1LYHA 1L27A 1L26A 3CDTA 1L76A 4TSCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NGL A;  1LZE A;  4TUN A;  4ETA A;  4WLY A;  1GBX A;  3A3Q A;  2D4J A;  1DI3 A;  3CT5 A;  4IAT A;  3KAM A;  4H8Y A;  1T3P A;  4YEN A;  1B5X A;  1LSE A;  1GBY A;  3EBA B;  5KKI A;  1SLY A;  1IY4 A;  1DKK A;  4RW1 A;  1LJK A;  4ZEE A;  5F14 A;  4PRU A;  1JKB A;  5APF A;  1XGR C;  3ATO A;  1VDP A;  1ZVY B;  2YBH A;  1J1P Y;  1LKR A;  2EKS C;  2I25 L;  1INU A;  1NQI A;  2PC2 A;  4XEN A;  1G7I C;  5DM9 A;  3M3U A;  3WPJ A;  1GB3 A;  1HEM A;  2H9J A;  3EXD A;  4H9I A;  4LYT A;  4NWH A;  1IOC A;  1LYY A;  1LSC A;  4LYB A;  1LJ3 A;  4HTK A;  4C5F A;  1UUZ C;  1QQY A;  2MEF A;  1F0W A;  2Z2E A;  5B07 A;  1GE0 A;  1C7P A;  4XJD A;  1HEP A;  3CSQ A;  4A7D A;  208L A;  4MST A;  1IWX A;  1NDM C;  2DQG Y;  1LMP A;  1RCM A;  1J1X Y;  4NHP A;  1JTT L;  5LIO A;  3LYM A;  4GN3 A;  2FYC A;  4ETD A;  3P66 A;  4NIJ A;  5KXN A;  3RU5 A;  2MEH A;  5KXZ A;  4YOP A;  4QGZ A;  5I4W A;  3TXG A;  1IR8 A;  1IIZ A;  2VB1 A;  4WO6 A;  4H90 A;  4YF2 A;  1GPQ C;  1BVX A;  1LZD A;  1G7L C;  2MED A;  5DLA A;  1NKH A;  2F30 A; 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 1LMA A;  2W1X A;  1V7T A;  1LZR A;  1JJ1 A;  5L3I A;  3HBH A;  3WU7 A;  4EMN A;  5I54 A;  2HU3 A;  1WQM A;  1IC7 Y;  1F10 A;  4QY9 A;  4YM8 A;  3QY4 A;  4J1B A;  1LSP A;  1VAU A;  4FJR A;  1AT5 A;  1NBZ C;  3FI7 A;  3WL2 A;  1VFB C;  5F9X A;  3OJP A;  1FLQ A;  1OUI A;  4ANR A;  5L9J A;  1OP9 B;  3GXK A;  1LHJ A;  1IEE A;  1HER A;  3B0I A;  4HJZ A;  4I0C A;  1KIQ C;  5LYZ A;  1W6Z A;  6LYT A;  133L A;  1GDX A;  4L41 A;  2Z37 A;  5KXW A;  1XEI A;  2D4I A;  5KXY A;  5JEN B;  2WAR A;  1XEJ A;  4B4I A;  4GCB A;  1GB2 A;  1BVK C;  1GFT A;  4O34 A;  1IC5 Y;  1LHK A;  1GXX A;  1UA6 Y;  4KL7 A;  4KT3 A;  4GCF A;  1JEF A;  1YAO A;  2BQE A;  1GB6 A;  1B5W A;  1BB6 A;  1XGT C;  5D5C A;  2ZNW Y;  5IHG A;  1DKJ A;  2DQE Y;  4WG7 A;  1BQL Y;  1IOQ A;  2C8P A;  2MEI A;  1QTK A;  1BB3 A;  5KY1 A;  2YBI A;  3WW6 A;  2H9K A;  1HMK A;  1FN5 A;  3K3T A;  1RI8 B;  2A7F A;  2MEA A;  5LVI A;  2I6Z A;  3W6B A;  3ZVQ A;  1LMT A;  135L A;  2DQA A;  1IWT A;  1LZC A;  1LYO A;  4DC4 A;  1BHZ A;  4DD0 A;  3A91 A;  1IP7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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