1C65A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l121a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c65A00
1L60A 1P56A 3D4SA 1PQOA 162LA 4W59A 4EKPA 4EPFA 3GUIA 3RUNA 120LA 4I7KA 3HH5A 1L11A 2ANXA 2Q9EA 2OE7X 1QTBA 205LA 1L52A 1SWYA 3VW7A 168LA 5I14A 1QTHA 1L82A 2OE9X 1L30A 2OU8A 1C6EA 1XEPA 1L86A 1P3NA 127LA 1L79A 174LA 215LA 1L72A 1L27A 3G3WA 2B6ZA 3V2YA 3DKEX 1L01A 1XJUA 4ARPA 242LA 1L28A 258LA 1L15A 1L56A 4EPIA 171LA 1L61A 3DMVA 3HT9A 2B7XA 229LA 1L98A 3HT8A 2OU0X 3JR6A 3PDSA 1L62A 185LA 1SWZA 1PQJA 197LA 1L81A 2Q9DA 3CDOA 1ZWNA 4I7NA 1C60A 3SN6R 245LA 1JQUA 1L13A 103LA 3HDEA 3C7YA 3C82A 4W52A 1L51A 4YXCA 1CV0A 216LA 2LC9A 1CUQA 143LA 3HH4A 123LA 4K5YA 253LA 1C6FA 1PQKA 249LA 3HTGA 1L64A 2B72A 1D3JA 1CX6A 139LA 2OU9A 1L46A 2LZMA 1CVKA 1L50A 220LA 1L68A 3OE8A 157LA 2O4WA 255LA 122LA 1C67A 3K2RA 1L76A 164LA 2OEAX 1L39A 2F2QA 160LA 1QSBA 3DMZA 4IAPA 1L99A 3F8VA 1LGXA 191LA 1KY1A 138LA 4EKSA 1D3NA 4ARMA 1XJTA 4LDEA 2NTGA 1D3FA 2RBQA 183LA 1DYGA 3OE6A 239LA 2A4TA 1QT5A 218LA 1C6CA 1L88A 3DN3A 233LA 1L94A 152LA 2IGCA 212LA 186LA 1L25A 1LLHA 2RAYX 3DN0A 3LZMA 3C83A 4W51A 227LA 1L31A 1CU6A 213LA 3QAKA 1QT3A 4EJ4A 2B6WA 1L75A 221LA 3HUAA 3GUJA 2RBOA 1K28A 222LA 161LA 261LA 1T6HA 3ODUA 231LA 241LA 1L09A 1C61A 1OYUA 4W54A 209LA 2RAZX 1ZYTA 1D3MA 1QT6A 1I6SA 2L78A 198LA 3DN8A 184LA 1OV5A 3HT6A 4EKRA 240LA 141LA 3HTBA 1SX2A 2CUUA 4DJHA 214LA 1L77A 225LA 237LA 109LA 244LA 4GRVA 1L47A 3GUOA 1C6AA 1L22A 108LA 3FADA 2HUKA 1G0GA 1QT8A 1L19A 177LA 1L89A 3CDTA 252LA 224LA 1L20A 1L83A 1OV7A 119LA 1L24A 187LA 1L18A 1LI3A 1P37A 1PQIA 3SBAA 166LA 2B6XA 104LA 226LA 1C6HA 200LA 1L0JA 232LA 1CTWA 2O79A 4ARQA 4ARLA 1L21A 1SX7A 142LA 247LA 1B6IA 3OE9A 1L45A 2RB0X 3SB7A 3UONA 3C8QA 3PBLA 1L10A 228LA 3SB9A 148LE 260LA 1L93A 4ARJA 1QTZA 1L80A 4W53A 1L14A 256LA 3SB8A 1CV5A 4W55A 3CDQA 3DN2A 3FA0A 3HU9A 1L90A 4I7SA 1DYAA 1KW7A 3NY9A 1KNIA 3DN4A 1DYCA 1OVKA 3HWLA 1QUGA 3RZEA 2O7AA 1CU5A 257LA 1C62A 4S0WA 137LA 1QT4A 254LA 4OO9A 149LA 182LA 1JTMA 2RH1A 1CV6A 1LI6A 3DMXA 2OTZX 1L05A 1L71A 1LI2A 107LA 4E97A 1L04A 128LA 3DN1A 1L42A 1L00A 1SSWA 1C64A 1L36A 1L37A 147LA 3HU8A 1L97A 3G3VA 1G0MA 1L32A 1CUPA 4YX7C 1L59A 3GULA 4ARMB 1L49A 1CU0A 3F9LA 1JTNA 217LA 1D2WA 165LA 1L87A 125LA 1L63A 2B73A 4I7OA 1G0JA 4I7LA 6LZMA 158LA 1L44A 1G07A 259LA 1L26A 1QTDA 3NYAA 140LA 126LA 3EMLA 2RB2X 180LA 1KW5A 4YXAC 151LA 3NY8A 2HUMA 1LW9A 181LA 201LA 3SB5A 102LA 4GBRB 3FI5A 1QTCA 1G0KA 4EKQA 1QT7A 5LZMA 2F32A 118LA 4I7RA 1CU3A 4W57A 1L73A 2NTHA 2B74A 1LYHA 1PQMA 230LA 3CDRA 1PQDA 110LA 3L2XA 3G3XA 163LA 1L35A 111LA 1D9WA 1L96A 3HTFA 4W58A 1L38A 1L92A 190LA 234LA 1L12A 196LA 3GUPA 1DYDA 1LWKA 1LYDA 189LA 3L64A 1QS5A 1C66A 1L06A 2RBPA 219LA 175LA 1QTVA 2RB1X 1LYFA 1G06A 170LA 1L48A 3GUMA 2LCBA 1C68A 1C6GA 1L53A 1L34A 3HT7A 178LA 1L16A 155LA 3HUQA 206LA 144LA 199LA 4I7PA 2ANVA 1L85A 246LA 1G0QA 1WTHA 4ARQB 1T8FA 1DYBA 1L91A 1L23A 3GUNA 1P7SA 1CV4A 1L08A 3C7WA 1C6MA 1G1VA 1L55A 3HH3A 1LGUA 248LA 1P64A 2B75A 4PK0A 1L29A 1TLAA 1C63A 4I7TA 169LA 1OVHA 1SSYA 1DYFA 7LZMA 1C6NA 173LA 2OE4X 2QB0B 1LGWA 1G1WA 3SB6A 3SBBC 1C6LA 1CX7A 211LA 1LWGA 1OVJA 172LA 4I7QA 4PJZA 1C6DA 1C6QA 112LA 1T8GA 1P46A 114LA 1L43A 1C6IA 2F47A 4W56A 1CU2A 4I7JA 1C6TA 4EXMA 1T97A 1KS3A 243LA 1C6KA 3DNAA 1L07A 1L58A 1P36A 3V2WA 2RBRA 2Z6BA 3CDVA 1LYIA 1C65A 1L40A 4DAJA 2QARC 1CV1A 1LYJA 3C7ZA 251LA 1CV3A 1L57A 1KY0A 1QUHA 223LA 4LZMA 1G0LA 1L74A 1LYGA 130LA 195LA 3C8RA 167LA 1L84A 4LDLA 1EPYA 4AQNA 1OWZA 2HULA 1D2YA 235LA 236LA 188LA 1L67A 1C69A 2B6YA 1L33A 1P5CA 1C6BA 262LA 250LA 3C81A 115LA 146LA 1L0KA 2RBNA 1G0PA 1L69A 1QSQA 1QUDA 1QUOA 150LA 1L66A 3HDFA 1L41A 1C6JA 2RBSA 4I7MA 3C80A 1P2RA 1P6YA 1LPYA 3HTDA 1DYEA 4DKLA 3C8SA 210LA 113LA 176LA 1LYEA 2B6TA 3DN6A 1L65A 1ZURA 4ZPUA 3GUKA 129LA 1OWYA 1QS9A 159LA 4LDOA 2B70A 3HH6A 2OTYX 1L70A 156LA 131LA 3HUKA 1L03A 1L95A 3OE0A 145LA 1L17A 1L54A 1NHBA 238LA 1P2LA 1T8AA 1C6PA 1L02A 192LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L60A 1P56A 1JTPL 3GUIA 4ET9A 4YEOA 4WM6A 1IY4A 5T3FA 1IC7Y 3VW7A 1BHZA 168LA 4TSCA 1P3NA 1JTTL 2B6ZA 3WPKA 135LA 1LSFA 242LA 1L56A 1LHJA 3DMVA 1L98A 4M6DA 2HEEA 3J6KA 3D9AC 4NY5A 2MEDA 2HEAA 103LA 1A4VA 3B72A 1JSEA 1IP1A 3WPJA 1CV0A 4O34A 1IIZA 2LC9A 2Y8PA 1REMA 4TUNA 1TAYA 4K5YA 3CT0A 1PQKA 1LZTA 3HTGA 5AMYA 1B7QA 1JJ3A 4WG1A 2B72A 4OOOA 1CX6A 1QDTA 1GAYA 4TWSA 2LZMA 1NBZC 4UWNA 207LA 3RNXA 1V7TA 3P68A 2O4WA 2H9JA 1LZ4A 4IASA 1C67A 1C46A 3WW5A 3AGHA 3LYTA 5KXYA 1UICA 2LHMA 1L39A 1VATA 1H87A 3WU8A 160LA 4XJDA 1WVUA 2ZILA 1LJ4A 3F8VA 3N9CA 138LA 3WXUA 4EKSA 1XJTA 1JSFA 5IHGA 1LZ9A 212LA 1IOTA 1IVMA 1L25A 1IP4A 2G4NA 3CSZA 1L31A 3ZVQB 1CU6A 2A7DA 3OJPA 221LA 4HJVA 1DPWA 1K28A 161LA 1UIAA 4GCCA 241LA 1B5XA 1GBXA 198LA 5B1GA 184LA 1WTMA 4HV1A 141LA 2A7FA 237LA 1FN5A 1LMCA 4GRVA 1L47A 4GN3A 4B4JA 1UIHA 4EOFA 108LA 5D5FA 2HUKA 1QT8A 177LA 1BWJA 5KXTA 1L83A 1OV7A 5APCA 1L18A 2B6XA 3BKHA 4ANRA 1C7PA 1SX7A 1HF4A 142LA 2CDSA 1IWXA 1YL0X 3UONA 2YBJA 1L10A 2NWDX 3SB9A 4LYTA 3ATNA 4ARJA 1HC0A 1CV5A 4W55A 4RLNA 1GF9A 3DN2A 1DYAA 3A91A 1OUJA 3BKVA 3RZEA 4HPEA 2ZQ3A 1QT4A 149LA 2RH1A 3DMXA 133LA 4H94A 4E97A 1FLYA 128LA 1C64A 4PRQA 4NG8A 2PC2A 3G3VA 1LYSA 1CUPA 1L59A 1HEQA 4DQJA 4UWVA 1HEPA 1IP6A 1JTNA 1D2WA 2B73A 1L63A 4CGEA 4I7LA 4BAFA 1L44A 1G07A 259LA 1L26A 3NYAA 4H9CA 3T36A 1OUDA 126LA 153LA 4WO6A 1DKJA 2EQLA 1KW5A 4YXAC 4KPMA 1LJ3A 5F14A 2DQHY 1GF8A 2FBBA 4EKQA 1QDRA 1JKBA 2F32A 118LA 2NTHA 1LYHA 1PQDA 3G3XA 4NGIA 1I20A 8LYZA 1L92A 4OW1A 1L12A 196LA 1LZ1A 1CKCA 3L64A 4R6CA 1PS5A 4HTKA 3ATOA 4NGOA 1L06A 2RBPA 2BQKA 1LSNA 1GF7A 3A34A 1HSWA 1LZBA 5LA8A 170LA 1ZVYB 1IC4Y 1C6GA 1L34A 4OWEA 1JJ1A 206LA 2FYDA 1IEEA 1L85A 1GB0A 1L91A 4B4IA 2ZWBA 2DQJY 1BB4A 1L08A 1LSCA 4DDBA 1G1VA 3HBDA 1LGUA 2B75A 1L29A 3CT5A 4LT0A 2F4AA 4AGAA 3LZ2A 7LZMA 2YBLA 1VEDA 3WH1A 5A3ZA 1G1WA 5KXLA 3AGGG 1LSYA 1C6LA 1HSXA 1CX7A 3WL2A 1JHLA 4J7VA 1L43A 5LAGA 1GFRA 4W56A 1LOZA 4I7JA 3KAMA 1GF0A 2DQCY 243LA 1C6KA 4A7DA 4QGZA 4HPIA 1WQPA 4CFPA 1UIFA 3AZ4A 5L3HA 1CV1A 5LVKA 1LYJA 1XGRC 1L57A 3N9EA 1B5UA 1KY0A 5KKIA 1D0KA 5FEKA 5LYTA 1JKDA 1VDQA 1LYGA 4G49A 1B7OA 167LA 1DPXA 2HECA 1IOQA 1EPYA 4AQNA 1D2YA 236LA 1C69A 4J1AA 2B6YA 4DWXA 1H6MA 4GCFA 1QSWA 146LA 2RBNA 1IP3A 4LYMA 5B06A 1L69A 1QSQA 4YEMA 4KT3A 2Z12A 1JEFA 4WL7A 1OUCA 4J1BA 4WM5A 3C8SA 2YBIA 2HU1A 176LA 193LA 2W1YA 1D6QA 1DQJC 3P65A 129LA 4XADA 159LA 1GPQC 2B70A 156LA 3AW6A 1UACY 2LYZA 145LA 3HFMY 1L17A 1L54A 2D6BA 1LHIA 4N8ZA 3LYMA 1GF6A 192LA 3WXTA 3D4SA 162LA 4EKPA 3AZ5A 4EPFA 3A90A 4NGKA 120LA 4AXTA 5F9UA 2LYMA 1G7HC 2OE7X 5I4XA 1L52A 3WVYA 4HSFA 1L82A 1FDLY 1XEPA 1L86A 4NWHA 215LA 5KXZA 1L72A 1OQMA 2D91A 3V2YA 3DKEX 1XEIA 1BB5A 3M18B 4ARPA 1LJGA 4DD9A 1L28A 258LA 4DDAA 171LA 1IR8A 1HHLA 3HT9A 4N1CC 2B7XA 229LA 3JR6A 3PDSA 3OK0A 4DQ7A 4XJBA 1BWIA 1ZWNA 4GN5C 1F6RA 245LA 1VFBC 2DBTA 1L13A 4TTDA 3TXJA 1D9UA 2BQGA 4YXCA 216LA 1GEZA 1CUQA 2HEFA 3HH4A 5FDJA 1T6VL 5B05A 3TXDA 253LA 1NDMC 249LA 1IP2A 4ZFPA 2YSSC 1GFHA 2D4IA 4PPOA 3W6AA 1A2YC 4DD2A 2DQEY 1IP5A 3OE8A 3WU9A 4HV2A 1HENA 4NHQA 122LA 1JITA 1ZMYL 164LA 1UIBA 1QSBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L60 A;  1P56 A;  1JTP L;  3GUI A;  4ET9 A;  4YEO A;  4WM6 A;  1IY4 A;  5T3F A;  1IC7 Y;  3VW7 A;  1BHZ A;  168L A;  4TSC A;  1P3N A;  1JTT L;  2B6Z A;  3WPK A;  135L A;  1LSF A;  242L A;  1L56 A;  1LHJ A;  3DMV A;  1L98 A;  4M6D A;  2HEE A;  3J6K A;  3D9A C;  4NY5 A;  2MED A;  2HEA A;  103L A;  1A4V A;  3B72 A;  1JSE A;  1IP1 A;  3WPJ A;  1CV0 A;  4O34 A;  1IIZ A;  2LC9 A;  2Y8P A;  1REM A;  4TUN A;  1TAY A;  4K5Y A;  3CT0 A;  1PQK A;  1LZT A;  3HTG A;  5AMY A;  1B7Q A;  1JJ3 A;  4WG1 A;  2B72 A;  4OOO A;  1CX6 A;  1QDT A;  1GAY A;  4TWS A;  2LZM A;  1NBZ C;  4UWN A;  207L A;  3RNX A;  1V7T A;  3P68 A;  2O4W A;  2H9J A;  1LZ4 A;  4IAS A;  1C67 A;  1C46 A;  3WW5 A;  3AGH A;  3LYT A;  5KXY A;  1UIC A;  2LHM A;  1L39 A;  1VAT A;  1H87 A;  3WU8 A;  160L A;  4XJD A;  1WVU A;  2ZIL A;  1LJ4 A;  3F8V A;  3N9C A;  138L A;  3WXU A;  4EKS A;  1XJT A;  1JSF A;  5IHG A;  1LZ9 A;  212L A;  1IOT A;  1IVM A;  1L25 A;  1IP4 A;  2G4N A;  3CSZ A;  1L31 A;  3ZVQ B;  1CU6 A;  2A7D A;  3OJP A;  221L A;  4HJV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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