4ARPA

Structure of the inactive pesticin e178a mutant
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
345
structure length
340
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFAGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PESTICIN
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 102
structure length 340
sequence length 345
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arpA02
1DYFA 1L34A 4W56A 3HTBA 2B73A 112LA 4YXCA 1L63A 103LA 1KS3A 1LLHA 1T8GA 1CVKA 1L95A 157LA 113LA 4I7LA 200LA 3F9LA 3C8QA 1L25A 180LA 2RBOA 224LA 1L53A 249LA 1L36A 1L90A 1QTZA 4I7NA 155LA 4LDEA 254LA 1L04A 1CU2A 1P3NA 4ARJA 2QARC 1LYJA 1QT7A 3PDSA 118LA 2IGCA 1G0JA 2NTHA 4GBRB 3C81A 142LA 1L94A 1QT6A 213LA 1L44A 1C6FA 3FI5A 181LA 1CV1A 1L16A 1CX7A 167LA 3G3XA 4ARPA 2B72A 1C6DA 184LA 2F47A 1CV3A 1SWZA 4DJHA 1L37A 1QUHA 165LA 130LA 138LA 4AQNA 1C69A 237LA 3DN2A 148LE 3C7ZA 3FADA 261LA 2RBNA 4W51A 2OU8A 169LA 1L59A 1C66A 3NYAA 1L12A 151LA 1L52A 1LWKA 1L71A 3UONA 2HULA 174LA 4I7RA 3HT9A 1SSYA 2RBPA 1PQIA 216LA 229LA 173LA 189LA 1LGWA 170LA 2RBSA 1L0JA 4I7SA 1C6BA 1CU5A 1CV5A 1D3FA 1ZYTA 2B75A 1P5CA 126LA 1L24A 1L49A 255LA 1CUPA 150LA 1PQKA 1L13A 2HUMA 1C6GA 176LA 1D3MA 1JQUA 6LZMA 1C68A 1OWYA 2B6TA 1L41A 1C6CA 2A4TA 1L08A 1L43A 238LA 2RAZX 1LYFA 1P56A 1LYGA 1QUGA 3GUNA 3DMVA 1QTVA 4W59A 3HH6A 236LA 3DN3A 3V2YA 1G0GA 1D3NA 1C61A 3HU8A 1C6JA 111LA 1L97A 4ZPUA 1L19A 1KW7A 4EKPA 4E97A 1DYCA 2HUKA 1LI6A 3HT6A 1CV4A 3F8VA 1L86A 1L29A 1C6NA 182LA 3NY9A 162LA 177LA 1L61A 3K2RA 1C6LA 3PBLA 119LA 2RB0X 2ANVA 1LI2A 3HUQA 1XEPA 3ODUA 120LA 1C65A 178LA 1QS9A 2B7XA 3GUOA 232LA 3C83A 1L48A 2B6XA 222LA 3GUIA 187LA 4S0WA 1LPYA 2RBRA 1L35A 102LA 4EKSA 4DAJA 3GUJA 241LA 2O7AA 1LI3A 1L96A 4LDLA 147LA 1G07A 1LWGA 161LA 1KY0A 215LA 4K5YA 1L57A 1L09A 139LA 3SB8A 4ARMB 1L23A 3L64A 125LA 1L99A 1SX7A 227LA 235LA 1XJTA 3GUMA 3SBAA 1L88A 104LA 108LA 246LA 2OU9A 250LA 171LA 1JTMA 1C6TA 3OE8A 2OTYX 4W54A 3HTFA 1L81A 1L51A 3GUPA 1DYBA 2F2QA 4IAPA 137LA 1L60A 1C6AA 1QTDA 245LA 192LA 1TLAA 5I14A 1PQOA 185LA 1L70A 2QB0B 1C6KA 4W57A 1L58A 3RUNA 217LA 1K28A 223LA 3DN0A 240LA 1SX2A 1P2RA 1L32A 1C63A 1L66A 1OWZA 1L17A 3EMLA 214LA 3V2WA 1L21A 168LA 1L26A 3HT7A 256LA 122LA 4ARMA 1LYEA 1L74A 198LA 2RB2X 191LA 1C6HA 211LA 1C6PA 1L20A 3JR6A 146LA 3DKEX 1DYGA 4I7PA 3SB7A 1JTNA 251LA 2B6WA 1L00A 1QT8A 239LA 190LA 3C8RA 3NY8A 2Q9EA 3L2XA 1QT3A 257LA 1L65A 3G3VA 3FA0A 1OVJA 3SB5A 1C67A 233LA 3HDEA 160LA 195LA 1OVHA 186LA 1G0PA 1L91A 3VW7A 1L72A 1P64A 2O79A 2CUUA 3C8SA 252LA 4OO9A 1D2WA 1G0KA 1QTCA 230LA 123LA 3DN4A 1DYEA 1T6HA 2OE7X 141LA 1L0KA 3HUAA 1KNIA 1G0QA 1L75A 4I7KA 258LA 1L56A 4EKRA 4PK0A 1L87A 2LCBA 3GUKA 3QAKA 156LA 4W52A 1CUQA 3DMZA 1L93A 196LA 1P46A 212LA 1QT5A 107LA 1CTWA 3C7YA 1L83A 1L68A 166LA 1QTBA 221LA 260LA 1L38A 1OYUA 1L40A 1C6IA 209LA 1L76A 259LA 1P6YA 4I7OA 210LA 114LA 1L92A 1G1VA 247LA 1QTHA 205LA 4EKQA 1P37A 1P2LA 1L06A 253LA 1L31A 1SSWA 4PJZA 3SBBC 188LA 5LZMA 115LA 1B6IA 2LC9A 3CDRA 1L55A 248LA 1L14A 3CDQA 3SN6R 1L18A 1SWYA 1CV6A 2Z6BA 1LGXA 163LA 145LA 1L98A 1C6QA 4LZMA 1LYIA 1C6EA 3C7WA 1QSQA 3HTDA 1L54A 1LYDA 1P36A 1L84A 1XJUA 1L39A 1T97A 3HH3A 1L69A 1L64A 1CX6A 1D3JA 183LA 3HH4A 3HU9A 143LA 4W58A 3HWLA 109LA 1KW5A 1LW9A 1QSBA 1L89A 3D4SA 3OE9A 1L50A 2B74A 1L02A 3C82A 1G0MA 3DN6A 243LA 4I7JA 1QS5A 2L78A 164LA 2O4WA 3G3WA 2LZMA 129LA 1DYDA 3HUKA 242LA 4ARQB 1D9WA 1L42A 1I6SA 1L77A 220LA 3DN8A 4EPFA 4EJ4A 1NHBA 2RH1A 1PQDA 2OTZX 4EXMA 1T8FA 3OE6A 2B6YA 219LA 1ZWNA 1CU0A 4I7QA 1L28A 225LA 1L62A 1CU3A 149LA 3HT8A 1L85A 3CDOA 2NTGA 1LGUA 1C64A 234LA 1L33A 1L82A 1CU6A 175LA 1L05A 2ANXA 1OV7A 1G1WA 159LA 128LA 1WTHA 2OE4X 1L46A 4GRVA 4W55A 1L67A 1ZURA 3C80A 1D2YA 206LA 2OEAX 1L80A 3DNAA 3DN1A 2F32A 231LA 1L22A 197LA 1PQJA 3OE0A 1C60A 140LA 3LZMA 7LZMA 2B70A 2OU0X 1L30A 2OE9X 4ARQA 218LA 1L47A 3SB6A 4LDOA 226LA 4YX7C 1OV5A 3GULA 110LA 1QUOA 131LA 1G0LA 201LA 1P7SA 1T8AA 2B6ZA 1OVKA 3HH5A 4YXAC 3HDFA 1L73A 1L01A 1L79A 1LYHA 244LA 3RZEA 1L27A 2RAYX 1C62A 4ARLA 2Q9DA 228LA 144LA 1L45A 1KY1A 2RBQA 3HTGA 1QT4A 4DKLA 2RB1X 3CDTA 1L11A 1EPYA 4I7MA 1DYAA 127LA 172LA 1G06A 1L07A 1C6MA 4W53A 262LA 1CV0A 3DMXA 1L15A 3SB9A 152LA 1QUDA 199LA 4I7TA 4EPIA 3CDVA 1L10A 1L03A 1PQMA 158LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W56A 3AZ4A 2X0AA 4NGYA 4YXCA 1LLHA 4I7LA 1EQ5A 3W6BA 2LYZA 3C8QA 180LA 2RBOA 3LYMA 1L53A 3T6UA 1B7QA 1B5YA 1JSEA 4DQ5A 4YF2A 3TMVA 4PHIA 4LDEA 2BQMA 2QARC 3PDSA 1CJ7A 1PS5A 2IGCA 4DD1A 1JTTL 4UWVA 213LA 1LSBA 3FI5A 1CV1A 1L16A 1CX7A 3G3XA 2B72A 1C7PA 1GFHA 4DJHA 1SWZA 2BQCA 4H9HA 1IIZA 4ML7A 3IJUA 138LA 1IWYA 2H5ZA 4WLYA 1C69A 1IOSA 237LA 3FADA 5F9XA 1HEQA 2RBNA 5DN5A 1L12A 4OWEA 1L52A 1LWKA 1L71A 153LA 1IR8A 1BVXA 173LA 189LA 1LGWA 170LA 2MECA 1L0JA 4I7SA 1XGTC 1F10A 3ZVQB 3AGHA 1D3FA 2FYDA 1ZYTA 3CT5A 1UUZC 126LA 3A93A 150LA 2YBIA 1L13A 3FI7A 1QTEA 1C6GA 176LA 1JQUA 2MEAA 5DL9A 1B0DA 4G4HA 3OK0A 1C6CA 1GXV2 1AM7A 2I6ZA 4LYZA 1D0KA 4GCBA 1LMCA 3HH6A 1GFGA 1DKKA 1GE1A 2G4QA 4I8SA 4NHSA 2YBLA 1GFRA 1L19A 2H9JA 4B4IA 1CV4A 1L86A 1C6NA 132LA 3PBLA 3W6DA 3ZVQA 4NGOA 4MSTA 1B9OA 2B7XA 2MEGA 3C83A 4CFPA 4WL7A 187LA 4N1CC 5FDJA 1OUJA 5A3EA 5KKJA 4LDLA 147LA 1GF7A 1LWGA 161LA 1GBXA 4NIJA 4HTKA 1IOCA 3SB8A 4NWEA 4DD9A 2CGIA 4RLMA 125LA 1GFAA 2XQOA 1XJTA 4H8ZA 1WQRA 1GE4A 4LYTA 104LA 5KXRA 246LA 2OU9A 250LA 3B0IA 1LZRA 4XJIA 4FJRA 4YM8A 2ZWBA 133LA 2DQCY 2Z2FA 3OE8A 1CNSA 4W54A 2I26L 1BB7A 4ET9A 2Z12A 5F14A 1FKQA 1RI8B 245LA 5KXZA 4KPMA 1TLAA 1UA6Y 1PQOA 4DD7A 1C6KA 1HFZA 1LJ3A 4W57A 4NFVA 3TXGA 1L58A 223LA 3DN0A 1P2RA 1L66A 3EMLA 2G4NA 2RB2X 1WQQA 1RCMA 146LA 3DKEX 4N8ZA 4I7PA 5E4PA 1JTOL 1JITA 3L2XA 257LA 1GE3A 2D6BA 1WQOA 3SB5A 233LA 3EMSA 4BS7A 4GN5C 3VW7A 2O79A 2CUUA 252LA 5I4XA 3CT1A 2MEEA 2ZYCA 3DN4A 4PRUA 2OE7X 4LYMA 1YAPA 1LZ5A 4NGVA 1GF3A 2VB1A 1D6PA 4W52A 1BVKC 4TWSA 1CUQA 1IP3A 1O23A 212LA 107LA 1HEWA 1DZBX 1TBYA 4CHXA 5M1YA 1F0WA 1ZVHL 1NWGA 4NGLA 1MELL 4I7OA 5F81A 4OWHA 1UIFA 1P2LA 1NBYC 1YQVY 1IP4A 253LA 3A90A 3SBBC 4Z98A 5LZMA 3F6ZA 1WQNA 1GFUA 1C43A 2LC9A 2ZNXY 3ATNA 3CDRA 248LA 3CDQA 2YBJA 1GDWA 1CV6A 2BQNA 1JJ0A 4BAFA 1F6RA 3D3DA 1JPOA 3HFMY 1NF5A 1UIGA 4HPEA 5HMJA 1GDXA 1T97A 4KL7A 3HH3A 1L69A 1L64A 3HH4A 1D3JA 4NSGA 4W58A 3AB6A 1QSBA 2B74A 3AZ5A 3C82A 4J1BA 4WO9A 2LZ2A 1LYZA 243LA 1QS5A 4TSCA 2YSSC 4WLXA 3G3WA 129LA 1DYDA 1GFVA 4NGIA 4R6CA 220LA 5B05A 4EJ4A 4WLDA 4EXMA 2DQHY 1VDPA 1L28A 4PGJB 3G3AB 1C45A 149LA 3HT8A 2BQOA 3CDOA 1GBZA 1OUGA 1C64A 5KXLA 4B4JA 5APDA 1CU6A 5B59A 5B1GA 159LA 128LA 1WTHA 1B7PA 2XTHA 1L67A 4H8YA 2BQKA 4GLVA 1PQJA 3HBHA 4HJZA 2B70A 2OU0X 4XJFA 1CJ8A 2YBHA 1YKZX 226LA 2N5ZA 1LSCA 3RU5A 4H90A 1QUOA 1T8AA 3P68A 2B6ZA 1OVKA 3TXJA 3HH5A 1IWWA 1L01A 1L27A 2RAYX 1LSDA 2Q9DA 228LA 1Z55A 3HTGA 5HLLA 1KXXA 1OUIA 1LZNA 1HC0A 5KXXA 172LA 2MEIA 262LA 3P66A 1LSZA 1AZFA 1L15A 152LA 1QUDA 199LA 4EPIA 5KXMA 1E8LA 3CDVA 4DYGA 1PQMA 4EPFA 3HTBA 1YAOA 2B73A 2F4AA 112LA 1L63A 4NG1A 3M18B 1CVKA 4HJYA 3A91A 2YDGA 3TXBA 5II3A 1HF4A 1DI4A 208LA 1LHJA 2CDSA 4OW1A 200LA 4AGAA 4DDBA 1B5WA 1L36A 3CSQA 1L04A 3B6LA 1P3NA 1LYJA 118LA 2BAAA 1G0JA 2Z2EA 1D0LA 2G4PA 1LYYA 1L44A 2LYOA 4R0FA 1C6DA 184LA 2IFFY 5L3IA 4AQNA 207LA 4NGKA 3WVYA 2W1YA 1C66A 1LOZA 2HECA 5KXOA 1IY4A 1SSYA 2RBPA 4KXIA 1LSEA 216LA 229LA 1B5ZA 4TSBA 3WPKA 4GN4A 1IR9A 2B75A 1P5CA 4XJGA 4XJHA 1CKDA 255LA 3RZ4A 1IP2A 1FN5A 2XBRA 2A4TA 1B5UA 1LYFA 1P56A 3GUNA 3P65A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4W56 A;  3AZ4 A;  2X0A A;  4NGY A;  4YXC A;  1LLH A;  4I7L A;  1EQ5 A;  3W6B A;  2LYZ A;  3C8Q A;  180L A;  2RBO A;  3LYM A;  1L53 A;  3T6U A;  1B7Q A;  1B5Y A;  1JSE A;  4DQ5 A;  4YF2 A;  3TMV A;  4PHI A;  4LDE A;  2BQM A;  2QAR C;  3PDS A;  1CJ7 A;  1PS5 A;  2IGC A;  4DD1 A;  1JTT L;  4UWV A;  213L A;  1LSB A;  3FI5 A;  1CV1 A;  1L16 A;  1CX7 A;  3G3X A;  2B72 A;  1C7P A;  1GFH A;  4DJH A;  1SWZ A;  2BQC A;  4H9H A;  1IIZ A;  4ML7 A;  3IJU A;  138L A;  1IWY A;  2H5Z A;  4WLY A;  1C69 A;  1IOS A;  237L A;  3FAD A;  5F9X A;  1HEQ A;  2RBN A;  5DN5 A;  1L12 A;  4OWE A;  1L52 A;  1LWK A;  1L71 A;  153L A;  1IR8 A;  1BVX A;  173L A;  189L A;  1LGW A;  170L A;  2MEC A;  1L0J A;  4I7S A;  1XGT C;  1F10 A;  3ZVQ B;  3AGH A;  1D3F A;  2FYD A;  1ZYT A;  3CT5 A;  1UUZ C;  126L A;  3A93 A;  150L A;  2YBI A;  1L13 A;  3FI7 A;  1QTE A;  1C6G A;  176L A;  1JQU A;  2MEA A;  5DL9 A;  1B0D A;  4G4H A;  3OK0 A;  1C6C A;  1GXV 2;  1AM7 A;  2I6Z A;  4LYZ A;  1D0K A;  4GCB A;  1LMC A;  3HH6 A;  1GFG A;  1DKK A; 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