128LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPTYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 128lA00
1C65A 1L38A 2B7XA 4W57A 172LA 1LGXA 1P36A 1C6JA 1OV7A 1LYDA 4EXMA 260LA 262LA 1L74A 3GUMA 1C6LA 4GBRB 3HH3A 1L80A 244LA 4W59A 1OWZA 1L26A 1L84A 1L99A 1QTZA 147LA 1P64A 176LA 2O79A 245LA 3SB5A 1WTHA 2B6TA 2RBQA 1LLHA 148LE 3GUPA 3DMVA 4IAPA 1CU0A 3DN4A 258LA 7LZMA 184LA 1LYIA 259LA 104LA 4LDEA 214LA 2B6XA 1L20A 1OVJA 257LA 4DJHA 1C6TA 131LA 1QUGA 242LA 1L31A 1OYUA 1LYGA 1KW7A 3DKEX 3HTDA 3UONA 3C8RA 1L83A 162LA 3HUAA 114LA 3JR6A 2B72A 1C69A 3G3VA 243LA 119LA 103LA 2RAYX 160LA 200LA 125LA 2RB2X 4DKLA 165LA 2L78A 1L50A 1L32A 238LA 4I7LA 4PK0A 3F8VA 205LA 1D3JA 1L59A 4DAJA 4W51A 2RBOA 1CV5A 1C62A 3HWLA 1C63A 1CV0A 1L27A 1L68A 211LA 256LA 138LA 237LA 123LA 1XJTA 1L73A 1LYEA 1C6MA 1L17A 188LA 1D2WA 4EKSA 177LA 3G3XA 215LA 3OE9A 3SBBC 2RB0X 201LA 155LA 3OE0A 115LA 1L46A 3NY8A 3GUOA 168LA 1L03A 1L98A 3HT6A 3HT9A 1QT3A 4LDOA 4ARQA 1LW9A 2RAZX 1SSYA 1DYFA 2B6WA 1P46A 240LA 1D3NA 1C67A 248LA 1P3NA 224LA 111LA 1G1WA 3DN1A 1OV5A 217LA 1L66A 3EMLA 1JTNA 1DYBA 1L16A 3HU8A 249LA 4EKQA 252LA 1L67A 1CU6A 1L39A 146LA 1L57A 235LA 1L19A 1L49A 234LA 1KY1A 1C6NA 4EPFA 4E97A 1L91A 1L60A 3SBAA 157LA 3DN8A 4GRVA 1L06A 1P37A 3F9LA 236LA 2B73A 1ZURA 3HH4A 1L14A 110LA 1L58A 187LA 1L48A 4I7MA 163LA 4K5YA 1DYAA 1D3MA 3C81A 1LWKA 1L0JA 2IGCA 3NY9A 1PQMA 3C7YA 1CUPA 1L00A 3DN3A 2QARC 3C8QA 3LZMA 1C68A 6LZMA 4I7SA 1L63A 158LA 1TLAA 3SB7A 1L21A 239LA 1L75A 1KY0A 1C6EA 1I6SA 1QS9A 3ODUA 1D2YA 1L35A 206LA 4YXCA 1L02A 1QT5A 1L88A 1SSWA 1QTVA 102LA 161LA 1ZYTA 1LI3A 3C7ZA 2Z6BA 1QUOA 151LA 1CVKA 1L64A 1CU3A 2OEAX 255LA 232LA 1QT7A 210LA 1L86A 3FADA 1L09A 1L44A 3DN2A 192LA 1CX7A 2A4TA 219LA 1JTMA 3QAKA 108LA 2OU0X 2OTYX 107LA 3DNAA 2QB0B 1P7SA 1L18A 1DYGA 1QS5A 3FA0A 2LCBA 1L42A 1SWZA 1L23A 5I14A 1L43A 1L54A 4W52A 2ANVA 1L05A 1LGUA 137LA 1L70A 3DN6A 145LA 3HUKA 1OVHA 174LA 1L41A 1XEPA 4PJZA 1G0JA 1SX7A 1L37A 1L30A 3SB6A 180LA 1C6KA 1LYHA 3HH5A 1C6BA 2O4WA 3CDTA 233LA 2RBSA 2B74A 4W53A 149LA 1L12A 226LA 3HH6A 1DYEA 241LA 2B6ZA 2LC9A 170LA 246LA 1C6QA 3PDSA 3C8SA 171LA 3GUNA 1QTDA 3VW7A 1PQKA 1PQJA 164LA 4EPIA 2Q9EA 1L01A 1L13A 1KW5A 4S0WA 1L85A 2F2QA 1C6PA 1PQDA 3DMXA 4I7QA 3C82A 1LWGA 1LI6A 140LA 4LDLA 1LI2A 253LA 1T8FA 227LA 1C64A 3HDFA 152LA 4I7NA 1C66A 4I7JA 1L24A 1G0MA 3HU9A 1T8AA 1QTCA 109LA 142LA 1P6YA 1DYDA 220LA 1P2RA 3V2WA 1L89A 156LA 1L34A 1T6HA 2OE4X 3GULA 3OE8A 247LA 118LA 1K28A 186LA 251LA 4AQNA 3GUIA 1L65A 1L81A 1C6HA 1L61A 3HT8A 112LA 1G0QA 3SB9A 120LA 1CX6A 212LA 1CV4A 1CV1A 1C60A 3D4SA 1C6AA 4ARQB 196LA 1QT4A 2RB1X 1C61A 1QT8A 225LA 1L10A 1QSQA 2OU9A 1L51A 1XJUA 1L90A 223LA 2RH1A 1L96A 1JQUA 4ARMA 3L2XA 1G0KA 1L97A 139LA 1L0KA 3C80A 1L79A 228LA 195LA 175LA 3FI5A 3GUJA 2B70A 1T97A 2LZMA 1P2LA 1CV6A 1QSBA 1SWYA 127LA 1G07A 1L15A 3DMZA 1L22A 3HTBA 1L93A 3CDOA 231LA 1ZWNA 126LA 141LA 261LA 4YX7C 1CTWA 1QTBA 189LA 1L25A 1QT6A 1L94A 1L77A 198LA 1LYFA 1P5CA 4ARJA 1B6IA 2B75A 209LA 1KS3A 4W58A 169LA 2ANXA 1L33A 4W56A 3RZEA 190LA 1L53A 3NYAA 1L08A 1G1VA 1CV3A 2NTGA 3SN6R 2NTHA 1L71A 2OU8A 1L76A 3SB8A 2Q9DA 199LA 1C6CA 4EKPA 1G0PA 222LA 3V2YA 1L36A 183LA 4OO9A 1LYJA 1C6IA 3CDRA 4W55A 1L29A 1L82A 1SX2A 1QUDA 3GUKA 3G3WA 1L87A 1CU2A 130LA 185LA 1D9WA 173LA 1L52A 2OTZX 230LA 191LA 4ARMB 2RBNA 1PQOA 4YXAC 1LPYA 1L56A 166LA 4EKRA 1C6FA 2HULA 254LA 4I7RA 1PQIA 4I7TA 3RUNA 213LA 1OWYA 3HTFA 197LA 1L07A 1L62A 4ARPA 1G0GA 4LZMA 1L40A 221LA 1QTHA 3CDVA 3CDQA 1DYCA 2OE7X 3PBLA 5LZMA 182LA 113LA 1CUQA 3HDEA 150LA 250LA 3HTGA 3HUQA 4ARLA 1D3FA 1C6DA 1L11A 1L95A 1QUHA 1C6GA 1G06A 1L47A 2F32A 3C83A 1L28A 3OE6A 3L64A 229LA 2CUUA 178LA 2HUKA 129LA 1L92A 3DN0A 3HT7A 1L69A 1L72A 2B6YA 1P56A 4ZPUA 4I7PA 2O7AA 128LA 144LA 1EPYA 3K2RA 2RBPA 122LA 4EJ4A 143LA 2F47A 218LA 216LA 1L45A 1OVKA 4I7OA 1L04A 1CU5A 1NHBA 1T8GA 167LA 4I7KA 2OE9X 159LA 2RBRA 3C7WA 1L55A 1LGWA 2HUMA 4W54A 181LA 1KNIA 1G0LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W57A 172LA 134LA 5C6JA 4EXMA 4HPEA 5T3FA 4ET8A 1NMMA 1CKGA 1YROA 1GB2A 1H6MA 1L80A 5B07A 1OWZA 1GBSA 1L99A 4GCDA 3W6CA 3WPJA 2O79A 1WTHA 1LLHA 1WTMA 4IAPA 1CU0A 258LA 1LZYA 4NGYA 1B7MA 257LA 1C6TA 242LA 3DKEX 3UONA 4EMNA 8LYZA 5HLLA 243LA 119LA 2RAYX 5F9XA 1YAMA 3P65A 4ET9A 4LT1A 1IWUA 2L78A 4DKLA 1L50A 3IJVA 2YDGA 2DKVA 1AZFA 4I8SA 4CJ2A 1LJKA 3AYQA 4DAJA 3AZ6A 1CV0A 1L68A 1IOSA 3WXUA 256LA 5F14A 1L73A 4XJIA 3TMXA 177LA 4DD1A 3G3XA 215LA 1GHLA 1LZ4A 3OE0A 4DQJA 1L46A 5KXLA 3GUOA 2YBNA 3HT9A 3W3EA 1WQMA 1LW9A 5DL9A 1BB6A 1V7SA 1JTTL 2HU3A 5HQ1A 240LA 1GEVA 1C67A 248LA 224LA 1G1WA 1OV5A 217LA 3EMLA 1LTMA 3TMWA 1DYBA 2MEEA 4EKQA 2F30A 1IO5A 1L19A 1REYA 2IHLA 234LA 2X0AA 1L60A 1LKSA 4CFOA 1L06A 1B7QA 236LA 1KXWA 3TXEA 3VWOA 1GFGA 1Z55A 1I1ZA 2DQIY 1BHZA 163LA 3GXKA 1D3MA 1RE2A 1L00A 2Z19A 4ETEA 4P2EA 3TMUA 4RLNA 4I7SA 2GV0A 1L63A 1HENA 2BLYA 2W1LA 3EMSA 4G4BA 3G3AB 1CJ8A 1BVKC 1KY0A 5APEA 5JENB 4W94A 3ODUA 1YAQA 1CKFA 1WTNA 1MLCE 5L3HA 2EQLA 5FELA 4E3UA 1QTVA 161LA 1ZYTA 2D6BA 4H94A 3CSRA 1LHJA 1CU3A 4L41A 4WM2A 232LA 1H87A 210LA 3FADA 1QIOA 4QY9A 4NGWA 2MEGA 4LT0A 1L09A 1GFEA 1JKDA 4ZEEA 4H9CA 1B7OA 1RCMA 219LA 2OU0X 4YEMA 2QB0B 1KXYA 1SWZA 1L23A 4OW1A 1IC4Y 1IP6A 1XGPC 1L05A 5KXRA 1I56A 5KKJA 1B7RA 1ZVHL 145LA 4WM3A 3G3BB 1OVHA 4OWBA 1L41A 1XEPA 1JKBA 1HHLA 5FHWA 1UA6Y 5E9RA 4NHPA 1LZBA 4W53A 4HTKA 2F2NA 1GF7A 5KXXA 226LA 3HH6A 2BQFA 1GF0A 2HUBA 5APFA 1XGTC 4WM6A 4NGZA 1C6QA 171LA 4ZFPA 3VW7A 2ZYCA 1L13A 1LZCA 4OWHA 3DMXA 2H5ZA 1LWGA 2BQGA 4DD0A 3WMKA 2HTXA 4LDLA 5LVIA 1LI2A 253LA 1T8FA 5I5QA 1I20A 2G4NA 4I7JA 3BKVA 1L24A 4NHSA 4OWAA 3HU9A 3P64A 1GB5A 109LA 1P6YA 1LZ6A 1L34A 3KAMA 1IP7A 1IR9A 1K28A 2LHMA 2FBBA 5AMYA 112LA 1G0QA 1LMOA 2YBJA 3SB9A 1C60A 2AUBA 4IATA 196LA 2F4GA 4Z98A 2OU9A 2MEFA 5LAFA 1LZRA 1XJUA 3TXHA 1GBYA 1L96A 3RT5X 1L0KA 3C80A 4LYOA 4BADA 1L79A 4HJYA 1YL0X 195LA 1BB3A 3EXDA 1FLQA 3GUJA 4YEOA 4H9EA 1BWJA 1P2LA 1QSBA 1SWYA 127LA 4MSTA 1F10A 3CT5A 1HNLA 1JTPL 3FE0A 1LOZA 1GE0A 1KXXA 189LA 1QTKA 1LZGA 4WG1A 2YBMA 1L94A 5IELA 1XFPL 4LZTA 2B75A 209LA 4G4CA 1LHIA 4W56A 3RZEA 1BWIA 5KKIA 4BS7A 3SN6R 4DD7A 1LYOA 4XJGA 1DI5A 2MEAA 3SB8A 4G49A 1LJFA 1L36A 1L29A 1OQMA 1L82A 3G3WA 5EBHA 1A2YC 1L87A 1D9WA 3F6ZA 3LHMA 3N9AA 1GB8A 5KXMA 3A3QA 4NGIA 4QDNA 5KXTA 1PQOA 1WQRA 1LSEA 4GLVA 2B5ZA 1FLUA 1B7LA 3WL2A 5K7OA 1L56A 1YQVY 2HEBA 1JTOL 5B06A 4ETDA 3A34A 1NDGC 1OWYA 1LCNA 1E8LA 1G0GA 4H90A 2PC2A 4WM1A 1FLWA 4GLAA 1LMPA 2HEAA 4J1BA 1LJ4A 1D0KA 2D4KA 1FLYA 4H8XA 3HUQA 2W1XA 3B0IA 1D3FA 1L11A 4YENA 1QUHA 3M18B 1C6GA 1L47A 1L28A 129LA 1IP2A 3DN0A 1IC7Y 1OUBA 4I7PA 2O7AA 4O34A 1IWVA 3WU8A 144LA 1F6RA 1EPYA 3K2RA 122LA 2F47A 1OVKA 1NKHA 1CU5A 2HEEA 3A6BY 2OE9X 4DDAA 3C7WA 2LYMA 1L55A 1C46A 1LGWA 3T6UA 1RI8B 1GF6A 2B7XA 3IWRA 1JWRA 2BQBA 1NHEA 5B05A 4YM8A 1BB7A 1L74A 4PRUA 1YAOA 3GUMA 1N4FA 4NGKA 4W59A 1IWTA 5KXPA 147LA 4Z41A 2MEBA 3SB5A 1NBYC 2B6TA 148LE 4NG8A 3A94A 1IOQA 259LA 1GDWA 4H9FA 2B6XA 1OVJA 4DJHA 4HJZA 131LA 4HP0A 1OYUA 1TEWA 5FEKA 4DQ5A 1GEZA 3HUAA 1IP4A 2B72A 3W6EA 1IWYA 3AGHA 160LA 1MELL 1WQOA 3QY4A 2RB2X 165LA 4HJVA 3F8VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4W57 A;  172L A;  134L A;  5C6J A;  4EXM A;  4HPE A;  5T3F A;  4ET8 A;  1NMM A;  1CKG A;  1YRO A;  1GB2 A;  1H6M A;  1L80 A;  5B07 A;  1OWZ A;  1GBS A;  1L99 A;  4GCD A;  3W6C A;  3WPJ A;  2O79 A;  1WTH A;  1LLH A;  1WTM A;  4IAP A;  1CU0 A;  258L A;  1LZY A;  4NGY A;  1B7M A;  257L A;  1C6T A;  242L A;  3DKE X;  3UON A;  4EMN A;  8LYZ A;  5HLL A;  243L A;  119L A;  2RAY X;  5F9X A;  1YAM A;  3P65 A;  4ET9 A;  4LT1 A;  1IWU A;  2L78 A;  4DKL A;  1L50 A;  3IJV A;  2YDG A;  2DKV A;  1AZF A;  4I8S A;  4CJ2 A;  1LJK A;  3AYQ A;  4DAJ A;  3AZ6 A;  1CV0 A;  1L68 A;  1IOS A;  3WXU A;  256L A;  5F14 A;  1L73 A;  4XJI A;  3TMX A;  177L A;  4DD1 A;  3G3X A;  215L A;  1GHL A;  1LZ4 A;  3OE0 A;  4DQJ A;  1L46 A;  5KXL A;  3GUO A;  2YBN A;  3HT9 A;  3W3E A;  1WQM A;  1LW9 A;  5DL9 A;  1BB6 A;  1V7S A;  1JTT L;  2HU3 A;  5HQ1 A;  240L A;  1GEV A;  1C67 A;  248L A;  224L A;  1G1W A;  1OV5 A;  217L A;  3EML A;  1LTM A;  3TMW A;  1DYB A;  2MEE A;  4EKQ A;  2F30 A;  1IO5 A;  1L19 A;  1REY A;  2IHL A;  234L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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