146LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMMQQKRWDELAVNMAKSRWYNQTPNRAKRIITTWRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 146lA00
1L80A 1L65A 219LA 1DYCA 168LA 1CUPA 1L35A 5LZMA 128LA 1LYJA 158LA 1OWYA 1P2LA 4I7KA 1K28A 1NHBA 244LA 4EKRA 1JQUA 147LA 3C83A 2LCBA 107LA 235LA 2NTGA 2RAYX 1D3MA 1ZYTA 4EKQA 1LWKA 1C6EA 170LA 1LGUA 2ANVA 1OVKA 1PQIA 4I7LA 1L24A 1PQJA 181LA 213LA 3HH5A 1XEPA 169LA 2Z6BA 236LA 1C6MA 3K2RA 143LA 3HTBA 1JTMA 1QT8A 196LA 3NYAA 3ODUA 4ARMA 4DKLA 4W52A 1LYHA 1LYDA 2RBNA 3D4SA 4W59A 1OV5A 2B6ZA 225LA 160LA 3HTFA 1D9WA 1QT7A 3SB6A 1L99A 1G0PA 119LA 1L05A 6LZMA 3C8QA 1CU5A 3C7YA 175LA 1L36A 1L67A 3HU9A 1C6LA 1L91A 260LA 3G3XA 1QUHA 1L63A 1XJTA 174LA 1L15A 108LA 231LA 2F32A 1LLHA 2RBPA 1CU2A 3HUAA 1L47A 245LA 3CDRA 1L61A 1CV4A 1L0KA 3DMVA 1L34A 1QT6A 228LA 191LA 1TLAA 4W53A 1L28A 237LA 3V2YA 3DN0A 2LZMA 1L62A 1KW5A 1QUDA 126LA 1T6HA 1L57A 224LA 1C67A 1ZWNA 4LZMA 240LA 4EJ4A 188LA 1D3NA 1L02A 3OE0A 1QTZA 3HWLA 4I7SA 1L64A 1L41A 3HDFA 210LA 257LA 1L90A 211LA 2B6YA 1L39A 1OVHA 1L33A 1L89A 246LA 1L55A 2B6TA 1L18A 1P2RA 2B7XA 3HT7A 1LYEA 1QT5A 1SWZA 1CU6A 1L51A 1SX7A 2CUUA 3CDOA 2A4TA 242LA 140LA 1OV7A 113LA 172LA 1L40A 149LA 1L20A 3FA0A 1L66A 216LA 3DN1A 2RB1X 3GUIA 226LA 3DMXA 1D3JA 3FI5A 1L71A 109LA 3GUPA 2OTYX 1DYAA 1L50A 111LA 243LA 2B6WA 125LA 1L83A 3C81A 1QT4A 1L00A 4DJHA 1L22A 3F8VA 1C66A 2Q9EA 3PBLA 2RB2X 2B73A 2OE9X 1L95A 2B75A 1G07A 1QTVA 215LA 1CUQA 2QARC 1L79A 4GBRB 4K5YA 1QTDA 1G0QA 1C60A 1L58A 1L68A 4DAJA 1P6YA 3CDQA 227LA 252LA 1QTBA 123LA 238LA 1L23A 144LA 4PK0A 1L86A 3GUJA 1LW9A 1C6BA 3OE6A 1C69A 3G3VA 1QT3A 2OE4X 247LA 120LA 3C8SA 190LA 1SWYA 1QUGA 1P7SA 163LA 178LA 1C6TA 1G0LA 1D2YA 1T8AA 218LA 1L48A 256LA 3DN4A 3L2XA 1LGWA 1QS5A 200LA 206LA 241LA 2B74A 1G1VA 1L11A 1C6FA 3GULA 198LA 1SX2A 1G0GA 1CV5A 151LA 3RZEA 156LA 2QB0B 1G06A 3VW7A 1L75A 250LA 3LZMA 4W56A 1L26A 214LA 3EMLA 1L85A 141LA 1C65A 155LA 4W55A 4YXCA 1L09A 3HH3A 104LA 2B70A 4I7NA 4E97A 1KNIA 4GRVA 4LDOA 3SN6R 1L10A 4EKSA 3OE8A 1L74A 1C6PA 2F2QA 1L31A 1CV0A 1C6JA 1OYUA 4OO9A 230LA 4I7JA 3SB9A 1L49A 2RH1A 157LA 3GUMA 1C6AA 1L07A 1L32A 122LA 3SBBC 1L13A 1L30A 2B72A 182LA 233LA 2O7AA 3C80A 4IAPA 2B6XA 1L08A 1L03A 2F47A 1KW7A 1L88A 2HULA 7LZMA 1CV3A 1P64A 2OU0X 118LA 1LI2A 187LA 2RBRA 1P56A 3HDEA 1DYFA 146LA 1L12A 4ARPA 1L04A 2RBQA 217LA 114LA 137LA 1L82A 4I7RA 4LDEA 1C61A 4W57A 3GUOA 1G0KA 4ARQB 1T97A 1ZURA 166LA 201LA 4YXAC 4EXMA 3DN8A 254LA 1L94A 3PDSA 1DYBA 1C6NA 2NTHA 1PQKA 3RUNA 1L42A 2L78A 3C7ZA 1SSYA 3JR6A 4ARJA 1L21A 1LWGA 1QTHA 248LA 4YX7C 1L43A 4PJZA 209LA 159LA 162LA 1L53A 262LA 1LPYA 197LA 4I7MA 4ZPUA 259LA 3DN6A 164LA 3HH4A 249LA 1L06A 3HT8A 139LA 1L92A 3C7WA 115LA 1C63A 1C64A 1C6DA 1L69A 130LA 1LYGA 220LA 1D3FA 3HUKA 186LA 1L37A 161LA 234LA 1P37A 2IGCA 3GUNA 129LA 2RAZX 2OE7X 5I14A 1C6CA 2OEAX 2RB0X 1G1WA 1L60A 4ARQA 1L14A 1D2WA 1OWZA 2RBOA 1QS9A 1L46A 1CX6A 112LA 258LA 127LA 3HUQA 180LA 3SB5A 192LA 1L29A 138LA 1L93A 1CV1A 239LA 183LA 1G0JA 1OVJA 3HTGA 1QSQA 1L44A 171LA 1LYIA 110LA 1L81A 3HH6A 1C62A 177LA 1LYFA 1LI6A 165LA 4W58A 3V2WA 1T8GA 4EKPA 1QUOA 1L59A 150LA 199LA 1L54A 1G0MA 4S0WA 1C68A 3GUKA 1L17A 2OU8A 3FADA 1CU3A 1L25A 212LA 1C6IA 1L27A 261LA 1L0JA 185LA 1L70A 1L16A 1L38A 4W54A 3DMZA 102LA 223LA 1C6KA 173LA 1P5CA 3NY8A 1LGXA 4EPFA 251LA 3CDVA 1L56A 3HTDA 1KY0A 3QAKA 4LDLA 3OE9A 1CVKA 2LC9A 1L96A 1CV6A 1WTHA 1CTWA 3SB8A 4EPIA 2O79A 3DKEX 1L87A 142LA 2HUKA 167LA 232LA 1JTNA 2OTZX 1QSBA 221LA 1L52A 3HT6A 1DYGA 1KS3A 148LE 1L97A 1I6SA 1EPYA 189LA 2ANXA 253LA 1L77A 1SSWA 4W51A 1P46A 3DNAA 145LA 3HT9A 1DYDA 4I7QA 195LA 229LA 1C6HA 1P36A 3C82A 1QTCA 1PQMA 3F9LA 1CX7A 1L01A 3CDTA 2O4WA 1L19A 1LI3A 255LA 1C6GA 3C8RA 4I7OA 3L64A 4ARLA 1L45A 2Q9DA 3SBAA 2OU9A 3DN2A 103LA 222LA 3UONA 1L84A 1XJUA 205LA 1PQDA 3DN3A 3NY9A 4AQNA 1B6IA 1L98A 152LA 2RBSA 2HUMA 1L72A 1P3NA 4I7TA 4ARMB 3HU8A 176LA 1C6QA 1T8FA 1KY1A 4I7PA 184LA 1L73A 3G3WA 131LA 1CU0A 1DYEA 1L76A 1PQOA 3SB7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L80A 168LA 5LXWA 1D0MA 5LZMA 4G4HA 1UA6Y 4I7KA 1K28A 1UIFA 147LA 2LCBA 2D91A 1D3MA 5I5QA 1C6EA 1LGUA 5KXXA 4EOFA 3LYMA 1GB5A 213LA 1C46A 4HTQA 1LZCA 5I4YA 1UUZC 4J0LA 3HTBA 2DQHY 4M6DA 1QT8A 2BAAA 4DYGA 4TUNA 2FYDA 1YANA 1LZ4A 3TXDA 1QT7A 1E8LA 119LA 1L05A 2ZIKA 4HP0A 5KXYA 4XADA 2DQCY 260LA 1L63A 1IEEA 1L15A 1HSWA 1GE1A 231LA 2F32A 4NSGA 5FSTA 4RLNA 1CU2A 1GPQC 1FDLY 3CDRA 1LSPA 1PS5A 2LYOA 1DKKA 1CV4A 3DMVA 1OP9B 3LHMA 4PJ2C 2IHLA 1GWDA 2LZMA 4LYCA 1HEQA 1LSZA 2ZWBA 1L57A 5E9RA 1C67A 1ZWNA 4ZFPA 188LA 1CJ6A 1D3NA 5ILCA 1B5XA 3CB7A 3LZTA 1GE0A 1GEZA 257LA 1L90A 211LA 1L33A 1L55A 4GN5C 2GV0A 2Z39A 2B7XA 1LYSA 2F4AA 1L51A 2BQDA 2A4TA 1MELL 140LA 4WO6A 172LA 1IO5A 1OUIA 4J1BA 1V7SA 1IORA 1UIDA 1YKZX 226LA 3DMXA 1GBYA 4WG7A 1L50A 5LVJA 125LA 3TXJA 1B7OA 2C8OA 1QT4A 4DJHA 1L22A 4DQ5A 4LFPA 2YBIA 2B73A 2OE9X 2BQMA 5HMVA 1QTVA 1CUQA 1L79A 1LSNA 1D0LA 1QUSA 1XFPL 1G0QA 1L68A 4NGZA 1BWJA 1LZ8A 227LA 4H9CA 1LMPA 252LA 2MEFA 4PK0A 1LW9A 4H9EA 2HEBA 2ZYCA 3AZ7A 3G3VA 1C69A 1KXYA 1FLQA 247LA 3C8SA 1QUGA 1P7SA 218LA 3WVXA 3DN4A 3L2XA 4E3UA 1QS5A 1CKDA 3AYQA 1HFXA 3GULA 1OUBA 198LA 1CV5A 2HEDA 3RZEA 156LA 1G7IC 1G7HC 3B0IA 2MEEA 1L75A 3LZMA 4W56A 1L26A 4II8A 3SP3A 4ANRA 4OOTA 1W08A 1LJGA 5B05A 1C10A 4ET9A 4I7NA 3TXEA 2CJLA 1KNIA 4LDOA 1L10A 3OE8A 1C6PA 4N1EI 1C6JA 4IATA 2YBLA 4XJHA 1L13A 4C3WA 1L30A 3WUNA 182LA 1QSAA 5ILFA 1IC7Y 2B6XA 2F47A 7LZMA 1LHJA 5APCA 2EKSC 1P64A 2OU0X 4DD2A 1LI2A 4NGVA 2RBRA 1HELA 1P56A 4MCKA 146LA 4XJIA 1DPXA 4ARPA 217LA 1ZVYB 1UIBA 1TBYA 2W1XA 1ALCA 5T3FA 2Z37A 3GUOA 4H90A 3W6FA 5IELA 4YXAC 4KXIA 2NTHA 5F14A 2L78A 4RLMA 1L21A 1LWGA 5KKJA 1XGRC 3AW6A 4GLAA 4J7VA 1XGTC 1TAYA 1GF0A 3B0KA 1IWVA 4TSBA 4LFXA 3WPKA 2CWIA 164LA 4HJVA 1L92A 1IY4A 2PC2A 1C63A 1C64A 1C6DA 130LA 3HUKA 2W1YA 1QDRA 1IOSA 1YAMA 1YL0X 4LYMA 5I14A 1C6CA 1BB3A 3AZ5A 1D9UA 112LA 3A8ZA 3HUQA 4CJ2A 1JIYA 138LA 1L29A 1IY3A 1EL1A 1FBIX 3CSQA 4XN6A 1IP5A 171LA 4HTNA 4EMNA 2BLYA 2BQNA 177LA 1C62A 1CJ9A 1LZEA 1D6QA 2F30A 5I54A 199LA 4S0WA 1IP3A 4WOAA 1L17A 1LJ4A 3FADA 212LA 1L0JA 1L16A 5L3HA 102LA 3NY8A 1RE2A 4EPFA 4B4EA 2BQGA 2CDSA 4HJZA 3CDVA 3HTDA 5HNLA 1P2CC 2ZQ4A 4LDLA 1WQOA 1LZRA 1GXV2 4DD9A 1ZMYL 4NGJA 3FE0A 3DKEX 142LA 5LA5A 1JTNA 4WM4A 3A3QA 2DQEY 3CSRA 3HT6A 3P66A 4NSIA 5APFA 1L77A 1YAOA 4NHSA 4W51A 4GCBA 195LA 1HHLA 4DT3A 1C6HA 3F9LA 1CX7A 1YIKA 2O4WA 255LA 3C8RA 4I7OA 2YBMA 1IWYA 1XSFA 2OU9A 3DN2A 5HQ1A 1FKVA 1XJUA 5KKIA 1IWWA 205LA 4AQNA 2HUMA 1L72A 1HERA 1QUTA 1KY1A 4DQ7A 1L73A 131LA 1CU0A 1DYEA 4H9AA 1LJNA 4BS7A 1L65A 1QTEA 1CUPA 128LA 1LYJA 2MEGA 244LA 4YEMA 2MEBA 2NTGA 1LZYA 170LA 5KXTA 4LT2A 3QE8A 1PQIA 1AT6A 1UICA 2G4PA 181LA 1LSMA 1NBYC 1XEPA 3TXHA 2D4JA 4CHXA 236LA 1C6MA 143LA 1C43A 1F0WA 2D6BA 1IX0A 1JJ1A 1WTNA 1QQYA 4W52A 1LYHA 1LYDA 2RBNA 3D4SA 1OV5A 2B6ZA 3W3EA 3WMKA 1LSDA 2DQJY 1SLYA 3SB6A 1SQ2L 1CU5A 3B72A 1L36A 1L67A 1UIEA 1QUHA 1WVUA 174LA 1HSXA 3TMUA 1NBZC 1LLHA 1GFRA 3HUAA 1IP2A 2W1MA 5FEKA 1GB7A 1L0KA 1TLAA 1YKXX 3FI7A 4N9RA 5FHWA 1HMKA 1VDTA 5C6JA 1L62A 1QUDA 1GHLA 1GF3A 224LA 4KT3A 4LZMA 1BGIA 240LA 4EJ4A 1LMCA 3W6DA 4GN4A 3AGGG 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L80 A;  168L A;  5LXW A;  1D0M A;  5LZM A;  4G4H A;  1UA6 Y;  4I7K A;  1K28 A;  1UIF A;  147L A;  2LCB A;  2D91 A;  1D3M A;  5I5Q A;  1C6E A;  1LGU A;  5KXX A;  4EOF A;  3LYM A;  1GB5 A;  213L A;  1C46 A;  4HTQ A;  1LZC A;  5I4Y A;  1UUZ C;  4J0L A;  3HTB A;  2DQH Y;  4M6D A;  1QT8 A;  2BAA A;  4DYG A;  4TUN A;  2FYD A;  1YAN A;  1LZ4 A;  3TXD A;  1QT7 A;  1E8L A;  119L A;  1L05 A;  2ZIK A;  4HP0 A;  5KXY A;  4XAD A;  2DQC Y;  260L A;  1L63 A;  1IEE A;  1L15 A;  1HSW A;  1GE1 A;  231L A;  2F32 A;  4NSG A;  5FST A;  4RLN A;  1CU2 A;  1GPQ C;  1FDL Y;  3CDR A;  1LSP A;  1PS5 A;  2LYO A;  1DKK A;  1CV4 A;  3DMV A;  1OP9 B;  3LHM A;  4PJ2 C;  2IHL A;  1GWD A;  2LZM A;  4LYC A;  1HEQ A;  1LSZ A;  2ZWB A;  1L57 A;  5E9R A;  1C67 A;  1ZWN A;  4ZFP A;  188L A;  1CJ6 A;  1D3N A;  5ILC A;  1B5X A;  3CB7 A;  3LZT A;  1GE0 A;  1GEZ A;  257L A;  1L90 A;  211L A;  1L33 A;  1L55 A;  4GN5 C;  2GV0 A;  2Z39 A;  2B7X A;  1LYS A;  2F4A A;  1L51 A;  2BQD A;  2A4T A;  1MEL L;  140L A;  4WO6 A;  172L A;  1IO5 A; 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