3D3DA

Bacteriophage lambda lysozyme complexed with a chitohexasaccharide
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
154
Chain Sequence
MVEINNQRKAFLDMLAWSEGTDNGRQKTRNHGYDVIVGGELFTDYSDHPRKLVTLNPKLKSTGAGRYQLLSRWWDAYRKQLGLKDFSPKSQDAVALQQIKERGALPMIDRGDIRQAIDRCSNIWASLPGAGYGQFEHKADSLIAKFKEAGGTVR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Crystal structure of the lytic transglycosylase from bacteriophage lambda in complex with hexa-N-acetylchitohexaose
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage lambda
total genus 56
structure length 154
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.2.n2: Peptidoglycan lytic endotransglycosylase.
pdb deposition date 2008-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3d3dA00
1NDGC 4N8ZA 5M1YA 2HU1A 1BVKC 2H5ZA 1G7HC 2BQDA 2MECA 4GN3A 1RCMA 4TX7A 1I56A 4EMNA 132LA 1LSYA 2ZNXY 1CJ9A 3A6BY 3M3UA 4NHQA 4HJVA 4KPMA 1LMOA 1IP6A 1RE2A 4NGJA 1C7PA 2MEAA 4UWNA 4I0CA 4RDSA 1B0DA 1CKCA 1A2YC 1GEZA 5DN4A 2ZIJA 5B1FA 4DDAA 2LYMA 3A96A 1UIBA 5L3IA 1GD6A 1GF5A 4H1PA 5APDA 3B72A 2YBNA 3WW6A 3CQLA 3TMVA 2A7DA 5IDDA 5FSTA 1BQLY 4BAPA 4ETCA 1O23A 2C8OA 7LYZA 5APEA 4B49A 2YBMA 3QE8A 4TSBA 3E3DA 2HEAA 1J1XY 4N9RA 5KXXA 1FLWA 1YAMA 1IC7Y 5LA8A 1JTOL 4DD2A 1C43A 4WOAA 1YL0X 1LPIA 4YF2A 4XYYA 3WU7A 1IOTA 4AXTA 1LTMA 1UC0A 1DKJA 4A7DA 4ML7A 1LHMA 1GHLA 3EBAB 1GFRA 1D9UA 1I20A 1DXJA 2BQIA 1TEWA 2CWIA 4HPEA 5E4PA 3AW7A 1GFKA 4NSJA 4N5RA 1TAYA 5D5CA 5DLAA 1WQMA 1FDLY 1IOQA 1D0LA 3A95A 5APCA 5B1GA 1JJ1A 3LYOA 4B4JA 1GF3A 8LYZA 4RLMA 3TXBA 1YKXX 1TCYA 4FJRA 4W94A 3WU9A 2ZQ3A 5C6JA 2H9JA 4ETDA 5F14A 1JHLA 1GB6A 207LA 4NIJA 3LN2A 1GXXA 2EKSC 5EBHA 4HV2A 133LA 1GE2A 1IIZA 1JPOA 2EPEA 2ZWBA 3LZ2A 1HSWA 2A7FA 3WVXA 4Z3MA 1GB0A 2BPUA 1B9OA 4G4BA 1NWGA 3RU5A 3ZVQB 1XEKA 5B06A 4D9ZA 1LHHA 3LHMA 1GFHA 1GB8A 1DKKA 1LHLA 1NDMC 5D5FA 1QSWA 2HECA 5HQ1A 1LYYA 4HP0A 5I53A 1I1ZA 2D4JA 3LYMA 1LSBA 1GFEA 1W6ZA 2NWDX 2ZQ4A 1HFZA 3RW8A 3FE0A 1HENA 1FKVA 4NHTA 1WQRA 1FLQA 3AYQA 2XBRA 4YOPA 1LSMA 1IY3A 3EMSA 4TTDA 2Z37A 3GXKA 3AB6A 1LSEA 1UACY 1IR8A 4HTNA 4OOTA 3W6AA 5LA5A 5LAFA 1ZVYB 5I54A 3J4GA 4G4CA 3T36A 2D6BA 1G7MC 1BWJA 3KAMA 2MEEA 3P66A 1HEMA 5C6LA 2BQOA 3LZTA 4WLTA 1P2CC 2MEFA 3W6BA 4GN5C 4NHPA 2BQNA 1IOSA 3HBHA 4NGKA 1LSZA 1IVMA 1XEIA 1GB2A 1JSFA 5F9XA 3T6UA 1JKDA 4DD0A 5FDJA 4GCDA 1SLYA 3IJVA 1QTKA 1GFUA 1KXYA 5DN5A 2FBBA 1BB7A 1BB6A 3AW6A 1BWHA 2LZ2A 2BQGA 2DQEY 3W6FA 1NQIA 1LCNA 3A8ZA 3A91A 1XGQC 4BS7A 1A4VA 1GPQC 1IWVA 1HFYA 194LA 1TBYA 4ANRA 4B4EA 5FCPA 1GB7A 5I4YA 4UWUA 5LVHA 5F9UA 4NHIA 1VEDA 4LYMA 2BQKA 1LHJA 2C8PA 4X3BA 1IR7A 1EQ5A 1LZ9A 4MR1A 5KXSA 4YM8A 1F10A 5KXRA 4CHXA 1LJEA 2G4PA 1LHIA 1TDYA 5E9RA 5APFA 2WARA 3AGIA 2DQJY 1OUCA 1MELL 2HEEA 4EOFA 1GFTA 1LJNA 2XJWA 1DZBX 1LSFA 4G49A 4H8XA 4HJYA 1HEOA 2F4GA 5T3FA 3G3AB 2YVBA 5KY1A 3AZ6A 3G3BB 4H9CA 2ZYCA 4J7VA 5C6IA 3AGHA 1GBXA 2XTHA 1CKDA 1GF0A 3F6ZA 1LKRA 1IY4A 4XADA 153LA 4HJZA 4H92A 4DDBA 5L9JA 1GE4A 4XJIA 1VDQA 3TMXA 2FYCA 3GXRA 1DI5A 1LHKA 4NGVA 1SQ2L 4RW2A 2F2NA 1LSAA 4XJFA 1H87A 2HTXA 1NMMA 5FEKA 5A3EA 135LA 4J1AA 3B6LA 4IATA 3TXFA 3J6KA 1EQEA 1KIPC 1VAUA 3QNGA 4DD7A 4H9AA 1JISA 5KJ9A 1IR9A 3OJPA 1QDTA 1BGIA 5LIOA 2BLYA 3A6CY 1OUDA 1LAAA 4M6DA 1QDRA 1OUFA 4CGEA 1QSAA 3WUNA 5AMYA 2FBDA 2ZNWY 1B5WA 4NG8A 3W3EA 1J1OY 1ZMYL 1YL1X 3A67Y 4NWHA 1GF6A 2ZYPA 1IO5A 2Z19A 1LZAA 4H8ZA 3EO5A 2HU3A 1XSFA 1JTPL 4YENA 3CSRA 4UWVA 4G4HA 2DBTA 2W1XA 1JKCA 1LZNA 2BQJA 3A93A 4WM4A 4IASA 1UIFA 1IWXA 3CT1A 1LZ6A 1EQ4A 4HTKA 1GAZA 3ATOA 1JKBA 5LVJA 2MEGA 1IWTA 2DQCY 1HEPA 1CKFA 1GXV2 5ILCA 1B5UA 2I6ZA 2VB1A 3WUAA 5KXTA 1OUJA 1AZFA 4LT2A 2IFFY 3RZ4A 2AUBA 2ZILA 1IWUA 3A90A 4B4IA 1OUAA 2G4NA 1LMAA 1OUEA 1BB3A 4LT3A 1IWYA 4NGLA 1HNLA 2HUBA 4XENA 1V7TA 1GE0A 4H90A 4NGYA 4PPOA 1YANA 2D4IA 1HHLA 2CJLA 4H9IA 4TUNA 3AZ4A 4HV1A 1AM7A 1IORA 3AGGG 1JWRA 2DQAA 1DI3A 1F6SA 1OQMA 2Z38A 3N9AA 4OOOA 4PHIA 4ETBA 3FI7A 1BB5A 1LMQA 5DM9A 5B07A 1B2KA 1GF7A 4XN6A 4WLXA 2DKVA 1IX0A 1HF4A 4P2EA 1C08C 3WU8A 4YEMA 1CJ7A 2GV0A 1ZV5L 3P4ZA 1JUGA 4ET8A 1N4FA 4KL7A 2LYOA 4LT0A 1B5XA 5LVIA 4NGOA 154LA 1B7MA 1V7SA 4NG1A 4ET9A 1GAYA 1G7JC 5KXKA 4N1CC 4DWXA 1T6VL 1B5VA 2EIZC 2DQDY 2Y8PA 1OUIA 4DDCA 1F0WA 2XBSA 4NHSA 1QIOA 1XGPC 4WM6A 4CFPA 4E3UA 1GF9A 2DQGY 1B7QA 3HBEX 1GB9A 1LMPA 1ZVHL 2DQIY 1LJFA 3N9CA 5KXZA 3ULRA 2Z2FA 1GF4A 1OP9B 3TMWA 1CNSA 1LMNA 1LZCA 3WL2A 5KXOA 4KXIA 1LJ3A 5I5QA 3WPKA 3CB7A 4H9FA 5ILFA 1OUHA 1UIAA 4H9BA 3CT0A 3WW5A 1WVUA 1Z55A 4HTQA 4KT3A 134LA 4G9SA 3TXHA 2D4KA 2MEIA 5JENB 1GF8A 1FLYA 4GCBA 5KXPA 3TXGA 3AJNA 1B5ZA 2IHLA 1LZTA 3BKVA 4WO6A 2Z39A 1ALCA 4LZTA 3W6DA 6LYTA 1LYZA 1D0MA 3A92A 1GB3A 4H94A 1GDXA 4PJ2C 2F30A 2HEFA 2RSCA 1XGRC 1DQJC 1JJ3A 5I4XA 1JKAA 4WG7A 1BHZA 5K7OA 2PC2A 5LINA 1LZ5A 1IC5Y 3A3QA 4PGJB 1LZSA 3VWOA 4C5FA 1YAOA 1LSNA 3CSZA 4OWAA 4RLNA 1GB5A 1HSXA 1LJHA 1LKSA 208LA 2I25L 5LYMA 1UIHA 1LSDA 2I26L 4WMGA 4LYTA 2BQMA 1QUSA 1LZEA 1C45A 4WM5A 4ZEEA 3ZVQA 5B05A 5LVGA 1GBWA 4NY5A 1LZ1A 1LJJA 1T3PA 3AZ7A 1LZRA 5F16A 5KKJA 5KXWA 2YBIA 1B7OA 1NBZC 1NKHA 1REXA 3IJUA 1LZYA 4PRQA 2YBHA 1BB4A 1INUA 1NBYC 4GN4A 4WG1A 1IWZA 4PRUA 4M4OA 4R0FA 1G7LC 4GCCA 1CJ6A 4NSHA 1LJ4A 4HPIA 1GE3A 1WTNA 4XJDA 4B0DA 3HBDA 3P64A 4TSCA 9LYZA 2G4QA 4R6CA 1UCOA 5DL9A 3W6CA 1KIQC 4DD9A 1FBIX 1GFGA 1W08A 1XEJA 5KXMA 1YAQA 1LJGA 1B7NA 2LHMA 3RNXA 3WULA 2LYZA 2HEDA 1AKIA 4NFVA 4N0JA 1CJ8A 4OWEA 4QGZA 1IP4A 1WQNA 6LYZA 1GBOA 1B7LA 1WVVA 2CGIA 1GDWA 2BQHA 3D3DA 5KXYA 4LGKA 1LZDA 2YBJA 1RFPA 3BKHA 5FELA 1GE1A 4DYGA 1BWIA 2DQHY 2B5ZA 3B0KA 3WMKA 1YAPA 4OWHA 1VDSA 2BLXA 4GLAA 4Z46A 1LSCA 1B5YA 4TWSA 3HFMY 2W1MA 1KXWA 1YILA 4WM3A 5KXNA 4QY9A 5HLLA 3ATNA 5LAGA 4H91A 1WQQA 1MLCE 4Z41A 3OK0A 1AT5A 3P68A 4J1BA 1IP5A 1LZBA 3CSQA 3TXJA 1XFPL 4WM1A 1IP2A 1OUBA 4RW1A 5F81A 1NHEA 5HNLA 4XJBA 1UA6Y 1WTMA 4NSIA 4DD1A 3TXEA 1KIRC 3WXUA 1YROA 3N9EA 5IHGA 4N1EI 1REMA 2Q0MX 4LT1A 4MSTA 1LZGA 2BQFA 2EQLA 4H9HA 4YEOA 2YDGA 1QQYA 3M18B 5LYZA 4GCFA 1QTEA 2BQEA 1JSEA 3IWRA 1XGUC 1VFBC 4H9EA 5FHWA 1HMLA 4AGAA 4OW1A 1IC4Y 5LYTA 3TXIA 3WYHA 4ZIXA 1JIYA 3QY4A 3RT5X 4ETEA 5IELA 1E8LA 2MEHA 1IWWA 1JITA 1GBZA 4H8YA 3CT5A 1G7IC 1YIKA 3D9AC 4NWEA 2HEBA 3TXDA 1LJKA 5KKIA 4MCKA 1WQPA 1DI4A 1LSPA 1REZA 2MEBA 1GBSA 1HC0A 4LFXA 3B0OA 1YKYX 1IP1A 1RJCB 1BVXA 1HEWA 3EXDA 1HMKA 1HEQA 4BAFA 1LYOA 2W1YA 5J7CA 1C10A 4OWCA 1CKGA 1LMTA 1VDPA 2LZTA 3A94A 3WUMA 1GWDA 5B59A 5LXWA 1B7RA 1UIDA 4IJ4A 4WL7A 5LVKA 4C3WA 4W96A 4WO9A 1JJ0A 3LYTA 1UUZC 1H6MA 1GFAA 2D91A 2YSSC 3P65A 4LYZA 1RI8B 1XGTC 3MGWA 1AT6A 4WL6A 2H9KA 4O34A 4ETAA 1KXXA 5KXLA 1EL1A 1LJIA 1HELA 5A3ZA 1DPWA 2CDSA 4H93A 4J0LA 5HMJA 1OUGA 2BQAA 4I8SA 3W6EA 1LYSA 4LYBA 3TMUA 1GEVA 1LMCA 2Z2EA 1FLUA 4NGIA 5II3A 1LZ4A 3AZ5A 1HFXA 1LSGA 1UBZA 4QEQA 1FKQA 2BQBA 4WM2A 1DPXA 4ZFPA 1UIGA 1IEEA 1LZ8A 2BQLA 2BAAA 4CFOA 1F6RA 3A3RX 2F4AA 4NSGA 1VATA 4NGZA 1FN5A 2YBLA 1J1PY 4II8A 4QDNA 3WH1A 3ZEKA 2DQFC 1PS5A 4LYCA 4HSFA 1B7PA 5HMVA 4LYOA 1UIEA 1IP7A 1IP3A 1UICA 4FDYA 2MEDA 1D6PA 3WXTA 2W1LA 4NGWA 1GBYA 4BADA 1NF5A 2ZIKA 1GFVA 2FYDA 5L3HA 2X0AA 4NEBA 4B1AA 4XJHA 3K3TA 4Z98A 4OWBA 1D6QA 4U3XB 1VDTA 4DD3A 1D0KA 1JEFA 4GCEA 3TXKA 2Z18A 4XJGA 1WQOA 5HNCA 1REYA 1LOZA 1YKZX 1CKHA 4WLDA 4LFPA 5I4WA 1QUTA 1C46A 1YQVY 3WVYA 3SP3A 3WPJA 3A34A 1GFJA 4DC4A 1JTTL 2N5ZA 193LA 1HERA 2BQCA 4L41A 4WLYA 3LYZA 2Z12A 4CJ2A 1PZYA 1B7SA 3B0IA 3WPLA 4DT3A 4GLVA 1IOCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BVKC 1L00A 2CUUA 2BQDA 4TX7A 1I56A 1LSYA 2ZNXY 1L14A 2OU0X 4NGJA 3JR6A 4RDSA 1C6CA 2LYMA 3PBLA 5L3IA 5APDA 3B72A 3CQLA 3TMVA 5IDDA 5FSTA 152LA 4B49A 2O79A 3QE8A 2HEAA 5KXXA 1YAMA 1C43A 1L99A 1P2LA 3WU7A 1LTMA 1UC0A 4ML7A 1GHLA 4EKSA 1L51A 1TAYA 3DN2A 1FDLY 1IOQA 3A95A 2B6YA 1QTBA 4RLMA 4W94A 1OYUA 4FJRA 5C6JA 2ZQ3A 2H9JA 1JHLA 1GB6A 259LA 4NIJA 133LA 1GB0A 2HULA 228LA 3RU5A 1XEKA 1LYGA 5D5FA 260LA 1LYIA 1OV5A 1KW5A 2NWDX 1FLQA 1L53A 3AB6A 1LSEA 4HTNA 1OWYA 4G4CA 112LA 4GN5C 4EXMA 1LSZA 5F9XA 3IJVA 1GFUA 1L88A 2FBBA 1BWHA 2DQEY 1NQIA 1LCNA 3A91A 1XGQC 119LA 2Q9EA 1GB7A 5I4YA 1VEDA 1LHJA 1LZ9A 4CHXA 4LDOA 2DQJY 2HEEA 4EOFA 1LSFA 1PQKA 2HUMA 3C81A 4W52A 3AZ6A 180LA 1QT5A 5C6IA 1GF0A 153LA 3OE8A 4H92A 1GE4A 3GUIA 1L49A 1VDQA 206LA 2FYCA 3GXRA 4RW2A 4XJFA 2F2NA 1H87A 5FEKA 1NMMA 5A3EA 1CU6A 1OVKA 3TXFA 1L83A 1LYFA 3J6KA 1KIPC 4DD7A 3F9LA 5KJ9A 1IR9A 1TLAA 2BLYA 4EKQA 4M6DA 4ARMA 1I6SA 1J1OY 1ZMYL 3V2YA 1YL1X 4NWHA 1GF6A 1C6IA 1IO5A 141LA 1LZAA 107LA 1XSFA 1JTPL 4YENA 4UWVA 1JKCA 1DYAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NDG C;  4N8Z A;  5M1Y A;  2HU1 A;  1BVK C;  2H5Z A;  1G7H C;  2BQD A;  2MEC A;  4GN3 A;  1RCM A;  4TX7 A;  1I56 A;  4EMN A;  132L A;  1LSY A;  2ZNX Y;  1CJ9 A;  3A6B Y;  3M3U A;  4NHQ A;  4HJV A;  4KPM A;  1LMO A;  1IP6 A;  1RE2 A;  4NGJ A;  1C7P A;  2MEA A;  4UWN A;  4I0C A;  4RDS A;  1B0D A;  1CKC A;  1A2Y C;  1GEZ A;  5DN4 A;  2ZIJ A;  5B1F A;  4DDA A;  2LYM A;  3A96 A;  1UIB A;  5L3I A;  1GD6 A;  1GF5 A;  4H1P A;  5APD A;  3B72 A;  2YBN A;  3WW6 A;  3CQL A;  3TMV A;  2A7D A;  5IDD A;  5FST A;  1BQL Y;  4BAP A;  4ETC A;  1O23 A;  2C8O A;  7LYZ A;  5APE A;  4B49 A;  2YBM A;  3QE8 A;  4TSB A;  3E3D A;  2HEA A;  1J1X Y;  4N9R A;  5KXX A;  1FLW A;  1YAM A;  1IC7 Y;  5LA8 A;  1JTO L;  4DD2 A;  1C43 A;  4WOA A;  1YL0 X;  1LPI A;  4YF2 A;  4XYY A;  3WU7 A;  1IOT A;  4AXT A;  1LTM A;  1UC0 A;  1DKJ A;  4A7D A;  4ML7 A;  1LHM A;  1GHL A;  3EBA B;  1GFR A;  1D9U A;  1I20 A;  1DXJ A;  2BQI A;  1TEW A;  2CWI A;  4HPE A;  5E4P A;  3AW7 A;  1GFK A;  4NSJ A;  4N5R A;  1TAY A;  5D5C A;  5DLA A;  1WQM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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