4ZPUA

The structure of dlp12 endolysin exhibits likely active and inactive conformations.
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MPPSLRKAVAAAIGGGAIAIASVLITGPSGNDGLEGVSYIPYKDIVGVWTVCHGHTGKDIMLGKTYTKAECKALLNKDLATVARQINPYIKVDIPETTRGALYSFVYNVGAGNFRTSTLLRKINQGDIKGACDQLRRWTYAGGKQWKGLMTRREIEREVCLWGQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme RrrD
publication title The structure of DLP12 endolysin exhibits likely an active and inactive conformations.
rcsb
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4zpuA00
240LA 4ARMA 1L26A 1CU5A 3GULA 3HT8A 1L34A 1L10A 174LA 1L51A 226LA 1QSBA 1L76A 1QT4A 1QT8A 3GUNA 1NHBA 1T8FA 1KY0A 1L02A 1QS9A 3SB8A 3HDFA 1G0QA 1L07A 1T8GA 1L22A 1L32A 142LA 152LA 2ANVA 3PBLA 216LA 1L49A 2OU0X 1KW5A 232LA 1C6IA 209LA 2IGCA 1L28A 3HTGA 3RZEA 1QTDA 1SSWA 170LA 1C66A 1L17A 4S0WA 1QUGA 103LA 1TLAA 2RBNA 1L39A 236LA 186LA 4LZMA 246LA 1P36A 244LA 3UONA 4EKPA 4EKSA 2LC9A 2O7AA 1L93A 237LA 4LDEA 3HWLA 4I7SA 4EKQA 1CV5A 1L63A 2OE9X 1L88A 259LA 1D3JA 3SBBC 1QSQA 181LA 1L55A 3HH6A 1C6JA 2O79A 1DYDA 1QT3A 1QT5A 1L44A 1L27A 2OE7X 187LA 228LA 162LA 3C7WA 197LA 254LA 4YXAC 148LE 1P2RA 1C67A 210LA 1B6IA 145LA 1KW7A 1QTBA 4OO9A 1G1VA 1C6DA 1L37A 1T8AA 2L78A 191LA 3C8QA 3GUPA 1EPYA 1P7SA 1L42A 4PK0A 1L52A 1SSYA 1L33A 175LA 1L36A 1L96A 160LA 1L99A 206LA 3SBAA 3CDTA 1L84A 234LA 1D3NA 138LA 1C65A 1L73A 3F8VA 3GUJA 200LA 1L11A 1LYGA 157LA 2B72A 1L25A 227LA 253LA 1L54A 3HUQA 3SB6A 4EKRA 1L16A 1LYFA 3G3WA 201LA 4I7TA 1OV7A 1CTWA 2RBOA 4YX7C 2QARC 2LZMA 1OWYA 1L48A 1DYAA 250LA 167LA 1PQMA 2B73A 3GUKA 4W59A 241LA 1P46A 225LA 1L85A 2RBPA 1L12A 4DJHA 1D3MA 3RUNA 2OEAX 3L64A 4I7MA 3C83A 143LA 1C6EA 1JQUA 3GUOA 183LA 1G1WA 1L35A 1D9WA 109LA 189LA 1CX6A 1KNIA 3G3VA 3DN1A 3DN0A 1L14A 2OTYX 1L82A 3SB9A 1D2WA 3VW7A 185LA 4DAJA 2OU8A 3OE9A 4YXCA 2ANXA 224LA 3GUMA 261LA 3D4SA 1SX2A 3QAKA 1LGXA 180LA 251LA 1L64A 113LA 1L01A 2HUMA 3HH5A 4I7QA 4IAPA 1L41A 198LA 1P3NA 128LA 1C63A 3DN4A 2B6YA 2B74A 107LA 3HDEA 212LA 3NYAA 3EMLA 1LGUA 2B6ZA 1G06A 1L94A 1P6YA 1JTMA 3HT6A 1LYEA 3V2WA 4EJ4A 1SX7A 242LA 1L40A 1QT6A 1L75A 4W51A 1XJTA 229LA 230LA 1L15A 1L71A 1L23A 163LA 3DN3A 3NY8A 2HUKA 1L90A 3HT7A 184LA 1CU0A 1CV1A 1G0KA 1L56A 1L80A 1CU2A 188LA 3C8RA 4ZPUA 3GUIA 4ARLA 1L03A 1L19A 4LDLA 1PQJA 102LA 1L87A 1QTCA 1DYEA 1SWZA 1C60A 140LA 3OE6A 1G07A 3C7ZA 243LA 176LA 1L05A 3L2XA 156LA 1L95A 1LI2A 4I7LA 3DN6A 1L77A 5LZMA 260LA 4ARPA 3DN2A 1OVHA 1L62A 1L61A 1WTHA 1ZYTA 3HTDA 1L00A 2A4TA 1CUQA 1QTZA 3K2RA 2RB2X 1C6TA 3FADA 1LPYA 3HTFA 1L24A 1P64A 215LA 5I14A 2RAZX 256LA 159LA 1L59A 1L69A 1C6HA 1C64A 1L46A 1LI6A 218LA 1CVKA 1L08A 3HH3A 3OE0A 4W58A 3V2YA 2OTZX 2Q9DA 4W54A 1CUPA 1C61A 155LA 115LA 1C6MA 3LZMA 1QUDA 3DN8A 108LA 111LA 1XJUA 1C6FA 2Z6BA 3DKEX 158LA 199LA 3F9LA 1OVJA 177LA 1OVKA 2RBSA 1OYUA 3DMZA 1L0KA 1LLHA 7LZMA 1C6AA 173LA 3G3XA 1OV5A 248LA 249LA 3C80A 2Q9EA 2F47A 192LA 257LA 1L66A 1LWKA 4W55A 1DYGA 1L30A 1L89A 166LA 1CU6A 3HUAA 3DMVA 2HULA 1L86A 4PJZA 104LA 1G0GA 2NTGA 1DYFA 4GRVA 2RBRA 3C82A 1L57A 125LA 3CDQA 1CV4A 1PQIA 2OU9A 1KS3A 2RH1A 1K28A 1L65A 127LA 112LA 2B7XA 223LA 1ZURA 1QTVA 3CDRA 2RAYX 4DKLA 217LA 3JR6A 169LA 3PDSA 6LZMA 3NY9A 219LA 4I7RA 1L53A 1L21A 239LA 2B70A 1PQDA 1LW9A 3C8SA 118LA 1I6SA 1L74A 137LA 1JTNA 110LA 4ARQB 214LA 1L92A 1G0LA 1L20A 3CDVA 3HU8A 4E97A 221LA 2OE4X 4I7NA 213LA 1KY1A 2RBQA 4ARQA 4I7OA 1DYCA 172LA 2RB0X 1SWYA 3DNAA 2QB0B 1LI3A 1L04A 4GBRB 1CV3A 1L43A 168LA 1CV6A 2LCBA 252LA 3FI5A 126LA 247LA 3DMXA 220LA 245LA 1L31A 1C6PA 122LA 3OE8A 1G0PA 1P37A 1G0MA 120LA 262LA 2O4WA 1L68A 2RB1X 1L67A 182LA 1ZWNA 161LA 131LA 1L06A 3HUKA 1CV0A 1C6LA 1L79A 2B75A 258LA 222LA 4EXMA 2NTHA 149LA 164LA 1G0JA 2F32A 4ARJA 1L72A 151LA 1L29A 1LYDA 1C69A 1QTHA 119LA 147LA 1XEPA 1PQOA 178LA 1L18A 165LA 1C62A 1T6HA 1OWZA 1L91A 171LA 1L81A 1P56A 3HT9A 1LYHA 130LA 1P2LA 196LA 195LA 1CX7A 2B6XA 1L09A 4LDOA 1C6CA 1PQKA 1T97A 4K5YA 3SN6R 1L45A 1C6BA 2B6TA 4W56A 3HU9A 114LA 3CDOA 1P5CA 1L60A 255LA 1C68A 1LYJA 3SB5A 2F2QA 1L98A 238LA 129LA 1D3FA 3SB7A 139LA 1L97A 1DYBA 235LA 1L83A 4W57A 2CUUA 1LWGA 1L13A 1CU3A 1L70A 141LA 123LA 4EPFA 4I7JA 1L38A 1QT7A 144LA 1LGWA 3HTBA 2B6WA 3C7YA 4I7KA 205LA 1C6NA 1QS5A 3ODUA 150LA 4W52A 1QUOA 4EPIA 3C81A 1L50A 211LA 231LA 3HH4A 1L47A 1C6GA 4ARMB 1D2YA 1C6QA 3FA0A 1L0JA 1C6KA 1L58A 4W53A 233LA 1LYIA 4AQNA 190LA 4I7PA 146LA 1QUHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W1XA 2BQHA 3GULA 4L41A 1QT8A 3GUNA 4UWVA 1LZYA 1T8FA 1QS9A 3SB8A 4WMGA 1G0QA 4NSGA 3A96A 1T8GA 4BAPA 1PS5A 216LA 4R0FA 209LA 1JHLA 1QTDA 5B06A 1GF0A 1OUIA 1XEIA 3EO5A 4QEQA 1NKHA 4J7VA 3WW6A 2RBNA 3OK0A 1LPIA 186LA 4XJBA 2O7AA 237LA 4LDEA 1JJ0A 1CV5A 4Z41A 259LA 3SBBC 1IWYA 5LVIA 4LYZA 1JSEA 3HH6A 4DD2A 1IP2A 1VAUA 4YM8A 4HV1A 1LKSA 1SQ2L 4NY5A 3D3DA 187LA 148LE 1IOSA 1B2KA 1OUCA 2FYDA 1LYSA 1IP3A 2DQDY 3AW6A 3B72A 5KXRA 4DD1A 3W6AA 1T8AA 5KKJA 4GCDA 1WQMA 1SSYA 4XYYA 206LA 3B0OA 3B0KA 3CDTA 4ET9A 1C65A 3F8VA 3GUJA 5L3IA 4DT3A 1LYGA 1LMTA 157LA 4LT3A 3WPKA 227LA 2Z37A 2HTXA 3RNXA 1LYFA 4I7TA 5L3HA 1LZSA 2ZIJA 1OWYA 1LYZA 1QDRA 1DYAA 1UUZC 1LHJA 1LZTA 1HENA 4HJVA 1HSWA 3W6EA 3RUNA 4I7MA 1A4VA 2BQNA 4WM2A 2FYCA 1TBYA 1VFBC 1KNIA 3G3VA 4OW1A 2MEFA 1UC0A 2EIZC 224LA 3GUMA 3A6CY 1BWIA 1VDPA 3D4SA 251LA 3IJVA 2DQJY 4I7QA 1OUGA 1C63A 1VDTA 1UIAA 4H91A 3WPLA 1HC0A 1G06A 2XBRA 1JTMA 1LYEA 1UIFA 5KXKA 5DN5A 3AZ6A 3WULA 3NY8A 2HUKA 1L90A 184LA 4WM3A 1L56A 1L80A 188LA 4ZPUA 3GUIA 1L03A 4CGEA 4ZEEA 1JPOA 2ZWBA 3EMSA 3IWRA 1C60A 1KIRC 4B4EA 4U3XB 5I54A 4LYMA 176LA 5D5CA 1KIQC 3FE0A 1C43A 1IOCA 1EL1A 3WXUA 1GB3A 1D0MA 1OVHA 1L61A 1JIYA 4H1PA 4B4JA 3P64A 1L00A 2ZYPA 1B5VA 1YANA 2RB2X 3FADA 1RI8B 1IC4Y 5ILFA 4XJGA 1P64A 2W1LA 3HFMY 3ZEKA 1L69A 1YKYX 1JTPL 3TXBA 1L46A 1LI6A 218LA 1C08C 4DWXA 1P2CC 3OE0A 1YQVY 4W58A 3RW8A 1CKCA 2OTZX 1C6MA 2HEEA 1QUDA 1B5ZA 1GBZA 3DN8A 4GLVA 4LT1A 5B1GA 158LA 3AZ7A 1LZEA 1OVKA 1FKQA 1DI4A 2Y8PA 3P66A 1OV5A 1CJ9A 1B5UA 4W55A 166LA 2DKVA 3DMVA 5HNCA 1L86A 3A92A 4LFPA 1DYFA 2RBRA 5LYTA 1L57A 3TXJA 1IR8A 4NSJA 2HU1A 1PQIA 1CJ7A 1K28A 1L65A 2B7XA 223LA 3TXHA 4DKLA 1AM7A 3PDSA 1WQPA 132LA 1L21A 239LA 4GN4A 3RU5A 1QSAA 3C8SA 4D9ZA 118LA 5KKIA 1GFUA 5APDA 1YIKA 1XGTC 137LA 4PJ2C 5LINA 4NHQA 153LA 1SLYA 1GBSA 2DQGY 3WUMA 2MEHA 1KY1A 3MGWA 1GHLA 2RB0X 1GB7A 1SWYA 3DNAA 1L04A 4GBRB 1IWVA 1JTTL 1CKGA 1JITA 2BQKA 3CT5A 3DMXA 220LA 1L31A 1C6PA 3CSQA 1QIOA 2EPEA 1GFVA 1G0MA 120LA 5I4XA 2O4WA 5KXXA 1ZWNA 1XEJA 161LA 131LA 2D4JA 1L06A 1CV0A 1C6LA 4ETBA 258LA 222LA 5LYMA 3LN2A 1UIGA 4EXMA 1LSCA 1G0JA 4ARJA 1IY4A 1TAYA 2F30A 151LA 1QTHA 1LYDA 1UA6Y 119LA 1IX0A 1C62A 1CKHA 1T6HA 1P56A 1L81A 1LYHA 130LA 196LA 4OWAA 1CX7A 4YEOA 5EBHA 1IY3A 2ZNXY 3WU9A 3AJNA 4W56A 3HU9A 1YAMA 3CDOA 1P5CA 1L98A 1N4FA 238LA 129LA 1D3FA 5APFA 4X3BA 2IFFY 5C6JA 1L83A 4GCCA 3A93A 3LZTA 5HQ1A 3CQLA 1L38A 1LGWA 3HTBA 2B6WA 4XJHA 1QS5A 3ODUA 5LIOA 1QUOA 4XENA 1L50A 211LA 1JKAA 231LA 1A2YC 1D2YA 1C6KA 1G7IC 1B5XA 3ATOA 1IC5Y 1QUHA 4J0LA 4GCBA 1NDMC 1L76A 5JENB 1LHIA 2D6BA 1GFKA 1G7HC 1L32A 4LYCA 5E9RA 3EBAB 232LA 3RZEA 4N5RA 1SSWA 5C6IA 1O23A 4LYBA 4XJIA 170LA 4FDYA 4HPEA 1NBYC 2LHMA 4S0WA 135LA 1GF8A 1H6MA 1TLAA 4PGJB 1L39A 236LA 1GB5A 246LA 193LA 3UONA 4EKPA 4EKSA 1G7MC 5D5FA 2YBIA 4I7SA 1BGIA 4EKQA 1GE1A 5LVJA 1E8LA 1L88A 1B5YA 3W6DA 181LA 4NHSA 4WLYA 5FELA 1GF7A 2X0AA 4RW2A 4HJYA 1L27A 3C7WA 1GBWA 1C67A 210LA 1IP6A 1TEWA 1REZA 3SP3A 4A7DA 4CFPA 1LZAA 1QTBA 3M3UA 1I1ZA 6LYTA 1J1XY 2L78A 5HLLA 3HBDA 4C5FA 3C8QA 4NGLA 3GUPA 1P7SA 4PK0A 4R6CA 2H9KA 175LA 1L36A 1IP7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2W1X A;  2BQH A;  3GUL A;  4L41 A;  1QT8 A;  3GUN A;  4UWV A;  1LZY A;  1T8F A;  1QS9 A;  3SB8 A;  4WMG A;  1G0Q A;  4NSG A;  3A96 A;  1T8G A;  4BAP A;  1PS5 A;  216L A;  4R0F A;  209L A;  1JHL A;  1QTD A;  5B06 A;  1GF0 A;  1OUI A;  1XEI A;  3EO5 A;  4QEQ A;  1NKH A;  4J7V A;  3WW6 A;  2RBN A;  3OK0 A;  1LPI A;  186L A;  4XJB A;  2O7A A;  237L A;  4LDE A;  1JJ0 A;  1CV5 A;  4Z41 A;  259L A;  3SBB C;  1IWY A;  5LVI A;  4LYZ A;  1JSE A;  3HH6 A;  4DD2 A;  1IP2 A;  1VAU A;  4YM8 A;  4HV1 A;  1LKS A;  1SQ2 L;  4NY5 A;  3D3D A;  187L A;  148L E;  1IOS A;  1B2K A;  1OUC A;  2FYD A;  1LYS A;  1IP3 A;  2DQD Y;  3AW6 A;  3B72 A;  5KXR A;  4DD1 A;  3W6A A;  1T8A A;  5KKJ A;  4GCD A;  1WQM A;  1SSY A;  4XYY A;  206L A;  3B0O A;  3B0K A;  3CDT A;  4ET9 A;  1C65 A;  3F8V A;  3GUJ A;  5L3I A;  4DT3 A;  1LYG A;  1LMT A;  157L A;  4LT3 A;  3WPK A;  227L A;  2Z37 A;  2HTX A;  3RNX A;  1LYF A;  4I7T A;  5L3H A;  1LZS A;  2ZIJ A;  1OWY A;  1LYZ A;  1QDR A;  1DYA A;  1UUZ C;  1LHJ A;  1LZT A;  1HEN A;  4HJV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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