1D2WA

N-terminal domain core methionine mutation
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTMGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Use of differentially substituted selenomethionine proteins in X-ray structure determination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d2wA00
3SBAA 2OU0X 137LA 1CV0A 1L0JA 1TLAA 1L28A 1L35A 1ZYTA 4I7RA 1XJTA 131LA 227LA 2CUUA 1L89A 1L49A 1SX2A 4GBRB 1L0KA 1QSBA 1L86A 195LA 2NTGA 249LA 2B73A 4YXAC 1OWYA 3GUJA 3HT6A 1L87A 1L96A 210LA 243LA 2HUMA 1L03A 3C8SA 253LA 3LZMA 4I7TA 1C69A 209LA 1P46A 255LA 1G0MA 1P64A 224LA 1C68A 146LA 3DNAA 1L01A 197LA 1C6FA 259LA 1G0KA 3DKEX 1G0GA 225LA 4IAPA 1C6EA 1L55A 1L07A 2O4WA 2F32A 1QTCA 182LA 3OE8A 1P2LA 1QT7A 238LA 1OVHA 1OV7A 1P5CA 2LCBA 2F47A 1G1WA 1DYEA 145LA 1C6BA 2OU9A 1CX6A 1L92A 1L98A 1L79A 163LA 256LA 4PK0A 3PDSA 234LA 1QTVA 1L17A 3G3WA 1P2RA 162LA 1C6MA 1L70A 1L31A 4YXCA 1C6DA 2LZMA 3HH4A 103LA 1QTZA 1LYGA 4LDOA 4ZPUA 2ANVA 1LI3A 260LA 2B6ZA 122LA 2B6WA 198LA 1XJUA 165LA 3QAKA 3CDOA 1T8AA 3C80A 4W52A 183LA 1CU6A 158LA 4S0WA 1DYDA 1QS9A 1QT5A 1C6LA 1L16A 3D4SA 3F8VA 115LA 1QUGA 3PBLA 1PQMA 4EKSA 216LA 214LA 169LA 1L72A 1L09A 1JQUA 4ARLA 3DN3A 1SWYA 1L45A 3G3XA 4I7LA 1SSWA 3SN6R 2F2QA 1QS5A 3K2RA 196LA 3DMZA 4E97A 4I7KA 104LA 175LA 4I7OA 1L74A 1L63A 1KY1A 1C6NA 236LA 126LA 3G3VA 1D2WA 1OVJA 244LA 245LA 4ARJA 200LA 3C7YA 3C81A 1OV5A 114LA 2RAZX 3SB7A 1L50A 1L85A 2Q9EA 1L05A 1L29A 222LA 1QTBA 6LZMA 110LA 1L25A 1C60A 1OWZA 142LA 3GUKA 1P37A 1CU3A 1CU5A 252LA 1D3MA 1KY0A 2Q9DA 3OE6A 3DN8A 1C66A 4I7MA 1T8GA 251LA 3DN0A 1KS3A 1L10A 4I7NA 171LA 1ZURA 3DN2A 1L65A 1L27A 4W51A 3HTGA 4W54A 1L48A 1T97A 3HTBA 3SB8A 112LA 1LYDA 250LA 3HT9A 4YX7C 1L75A 1L90A 258LA 1C63A 206LA 4AQNA 3CDQA 2B6TA 1DYCA 4OO9A 2LC9A 4ARMB 119LA 2OEAX 3HDEA 2RB1X 141LA 4EPIA 1C62A 1L33A 130LA 1I6SA 199LA 1WTHA 150LA 1LGWA 1QTDA 2RBNA 4ARMA 1D9WA 1C6IA 1L64A 218LA 3HUQA 1L94A 4I7QA 1QT4A 178LA 1L23A 3GUIA 1CV4A 2B7XA 261LA 1L66A 4EKPA 1L02A 1SSYA 1L26A 4EPFA 123LA 2B72A 1L58A 1LYHA 3RUNA 3SB9A 1SWZA 172LA 1L99A 3DMXA 4W59A 3C8QA 184LA 1QUDA 3FA0A 3FI5A 3SBBC 241LA 174LA 4ARQB 3DMVA 1LI6A 1L77A 129LA 1L73A 3HUAA 3SB5A 4ARQA 1L46A 4W55A 108LA 168LA 2HULA 1OYUA 2OU8A 1P3NA 3HT8A 1QSQA 1L44A 3L2XA 1C6AA 4LZMA 1PQJA 257LA 1DYBA 1L14A 161LA 1L97A 3HT7A 1T8FA 1C61A 111LA 1L32A 1C6QA 2RBPA 3DN6A 1L40A 3UONA 1PQKA 1CU0A 1SX7A 1LYFA 7LZMA 156LA 1LPYA 1OVKA 248LA 2B6XA 5LZMA 1PQDA 1L06A 186LA 1PQIA 1KNIA 147LA 213LA 113LA 3HWLA 1CV6A 3JR6A 4ARPA 167LA 1L30A 223LA 2A4TA 109LA 1JTNA 187LA 1JTMA 1G06A 1L82A 189LA 3HU9A 152LA 149LA 1C64A 1KW7A 143LA 1C6HA 1L11A 144LA 1LLHA 3NY8A 4W57A 170LA 1L69A 247LA 4DKLA 1QT6A 262LA 1LGUA 1D2YA 127LA 1EPYA 5I14A 1G0PA 176LA 1C6JA 1L54A 1L18A 1L04A 226LA 1QT8A 1P56A 1T6HA 2Z6BA 3V2WA 1P7SA 4GRVA 140LA 1L36A 1G1VA 3L64A 1LWGA 231LA 3C7ZA 1L81A 1L42A 2QB0B 3HH3A 4LDLA 3OE9A 3CDTA 1G0LA 2RBRA 1L13A 1CX7A 166LA 180LA 217LA 3HUKA 1LW9A 1DYGA 240LA 1L67A 205LA 3C7WA 1KW5A 3RZEA 1G07A 1C67A 1CUQA 211LA 1L39A 155LA 190LA 3C8RA 2OTYX 4K5YA 3DN4A 1C6CA 1L83A 4I7SA 3DN1A 1L80A 1LYIA 159LA 2RBSA 237LA 2L78A 3C82A 2B74A 1L12A 1XEPA 164LA 1CTWA 3F9LA 3GULA 1LYEA 1CVKA 1L88A 229LA 1L76A 1QUHA 1D3FA 192LA 1CV1A 1NHBA 2ANXA 120LA 3SB6A 1L15A 1L34A 1L62A 1LWKA 4I7JA 1CV3A 239LA 3V2YA 212LA 1L91A 2IGCA 1L43A 254LA 1QT3A 1LI2A 1L68A 139LA 1L84A 181LA 235LA 1G0QA 1D3NA 1L51A 177LA 1L37A 2RBQA 4EXMA 1LYJA 242LA 4W53A 1L53A 2QARC 2RH1A 1L57A 1L19A 3CDRA 3CDVA 1G0JA 246LA 185LA 1C6TA 2OTZX 2OE4X 3GUPA 2B6YA 2B75A 3HH6A 3HTFA 3NY9A 4DAJA 1C65A 2O79A 151LA 128LA 157LA 1DYAA 1QTHA 4DJHA 2RB2X 2RBOA 1L47A 1L59A 3GUMA 4I7PA 1B6IA 219LA 191LA 1L24A 1P36A 3C83A 1CV5A 228LA 188LA 1DYFA 3HU8A 3GUNA 4W56A 3EMLA 2NTHA 1L93A 215LA 1C6PA 1QUOA 4LDEA 138LA 230LA 2OE7X 173LA 1C6KA 1L21A 220LA 1L41A 118LA 233LA 1L22A 2RB0X 3HDFA 2HUKA 1L20A 3NYAA 3OE0A 3GUOA 1L95A 3FADA 1PQOA 1K28A 160LA 3ODUA 1L08A 4PJZA 4W58A 1P6YA 201LA 1CU2A 125LA 1L38A 2O7AA 4EJ4A 1L71A 148LE 1L56A 1L52A 102LA 2RAYX 1L60A 1L00A 1ZWNA 3HH5A 232LA 1CUPA 3VW7A 4EKQA 1D3JA 1L61A 4EKRA 2B70A 2OE9X 1C6GA 3HTDA 107LA 1LGXA 221LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZVQA 2BQNA 4I7RA 2CUUA 1GB5A 4N8ZA 1WQQA 4LYTA 1W08A 1WVUA 2BQCA 4LT2A 195LA 1GDWA 2NTGA 1GF7A 1IP3A 4YEOA 2HTXA 4XJIA 1OWYA 4H9BA 1L96A 1XFPL 253LA 2Z39A 4I7TA 1UC0A 209LA 1P46A 1LMOA 1P64A 1C68A 1LZTA 4Z98A 3WUMA 4HPIA 5F9XA 4MSTA 3WUNA 4C3WA 6LYTA 1B5UA 4IAPA 1L55A 4WLTA 1TDYA 2EPEA 182LA 135LA 1JITA 1P2LA 238LA 1OVHA 3AYQA 2LCBA 1DYEA 4DQJA 1LMQA 1YAPA 2OU9A 1CX6A 1L98A 4NG1A 256LA 2RSCA 1AM7A 1JKBA 3MGWA 3G3WA 5B06A 1V7TA 162LA 3AJNA 5APCA 1CKHA 2YBLA 1C6DA 3HH4A 4LDOA 4I0CA 1B9OA 1LZRA 1LJ3A 3LZ2A 4KXIA 165LA 3CDOA 1T8AA 1FDLY 3C80A 3TMVA 4ETAA 1OUCA 1BGIA 2DQCY 3B6LA 4W52A 1KIRC 1C6LA 1L16A 3D4SA 3PBLA 4EKSA 1HFXA 1L72A 1G7IC 1WVVA 1AKIA 2I26L 3G3XA 1GFEA 4I7LA 2F2QA 4G49A 1TAYA 4NY5A 104LA 1REMA 2YBNA 1LHLA 1E8LA 1C6NA 236LA 3B72A 2BQEA 4J1AA 1QTKA 2ZYCA 1LCNA 245LA 4ETDA 200LA 4OOTA 4WM3A 3W6EA 1OV5A 3SB7A 1GPQC 4NGIA 1QTBA 2CDSA 2LHMA 110LA 1IOSA 4DD3A 2I25L 3M18B 142LA 2YBIA 3GUKA 5KXZA 1P37A 3CSQA 1HEPA 1CU5A 1NBYC 1D3MA 1HENA 1UIDA 3LYMA 3OE6A 3A91A 2C8PA 5EBHA 251LA 2BLXA 3D9AC 4W51A 3CQLA 5IDDA 3A34A 3HTGA 1T97A 1ZVHL 4DDAA 3SB8A 1HF4A 4WM4A 4ET9A 1LYDA 250LA 2LYOA 1L75A 1OUGA 3TXFA 1C63A 3CDQA 2B6TA 1DYCA 4EPIA 1L33A 199LA 1J1PY 4ETBA 1D9WA 2ZILA 3HUQA 4NFVA 3A96A 2HEEA 3CT1A 1YROA 261LA 2DQGY 1L66A 5C6LA 1L02A 3AZ5A 3CSRA 3LYTA 4QDNA 2BPUA 1HELA 1YL1X 3A94A 4ZIXA 4W59A 2FYCA 1GFUA 1REYA 1HFZA 174LA 4ARQB 5D5FA 1LZ4A 5F16A 9LYZA 129LA 1RE2A 1L46A 4YM8A 108LA 168LA 5JENB 1NHEA 2OU8A 1P3NA 1JSFA 1LSGA 1LTMA 1L44A 4B1AA 2BQLA 1UIFA 4LGKA 3EBAB 1LSCA 2YVBA 3OJPA 3LZTA 1B7MA 4LYCA 1GBYA 2RBPA 2DQIY 4OWCA 3UONA 4NWEA 3TXIA 1CU0A 1LYFA 1HEMA 4TWSA 2B6XA 3HBEX 1GB7A 4MR1A 147LA 1B5XA 1IC7Y 3HWLA 1CV6A 2A4TA 1UACY 187LA 1G06A 4DWXA 152LA 149LA 1GF5A 1KW7A 143LA 144LA 1B7OA 5KXLA 4GLAA 127LA 4LT0A 1OUEA 1C6JA 1REZA 4M6DA 2XTHA 1BWIA 1D0MA 1NBZC 1P56A 1T6HA 4NIJA 1P7SA 5I4YA 4DYGA 231LA 1C46A 1L81A 2BQJA 4OWBA 1G0LA 2RBRA 2MEBA 1L13A 4BAPA 5I53A 5J7CA 180LA 217LA 1DI4A 1F0WA 4NGVA 3LN2A 1DYGA 240LA 2D4JA 3LHMA 4WM5A 4HP0A 4N1CC 5B1FA 4ANRA 3RZEA 4J1BA 1RJCB 4TUNA 190LA 3C8RA 2IHLA 3E3DA 1GB2A 5M1YA 4H8YA 1LYIA 2RBSA 3C82A 3N9CA 1CTWA 1B5VA 3GULA 5HQ1A 229LA 134LA 5KKIA 1CV1A 2ANXA 1A4VA 1CKFA 1JTPL 4I7JA 3N9AA 1IORA 3V2YA 1NF5A 1NDMC 254LA 4NHTA 4L41A 1L68A 1L84A 4QGZA 4DQ5A 1LYJA 242LA 4NGJA 4W53A 1L53A 1IWWA 2QARC 2RH1A 2DQAA 4NSGA 1GE2A 246LA 3CT0A 2OTZX 4G4HA 3HTFA 3HH6A 2MEFA 4O34A 4DJHA 4XJBA 3A8ZA 3IJUA 1UBZA 4H8ZA 2RB2X 4NGOA 1L47A 1IWVA 5LAGA 3W6DA 219LA 191LA 188LA 1DYFA 1BVXA 1LSBA 3WYHA 1KIPC 4LDEA 4H1PA 4GN5C 173LA 220LA 3ATNA 1L22A 3HDFA 1LZ5A 3NYAA 3FADA 2NWDX 3A67Y 1WQMA 1QUTA 1VDSA 1LZ8A 4EJ4A 3TXDA 1L56A 4TX7A 1JPOA 102LA 4YOPA 4DD9A 1L00A 5KXYA 3HH5A 1IOQA 232LA 3VW7A 1L61A 1GFTA 5B07A 4NHSA 3IWRA 5APFA 1IC5Y 3CB7A 1TLAA 1GXV2 1GBZA 1L35A 5KXWA 1UA6Y 3BKVA 1GE3A 1GBXA 5E4PA 4XENA 1SX2A 4GBRB 1GB3A 1QSBA 1DPXA 1L86A 2B73A 4YXAC 3GUJA 243LA 1IR8A 1L03A 1GFJA 4NG8A 4XJHA 1C69A 3A93A 1G0MA 4YENA 153LA 4LYBA 146LA 3DNAA 1DZBX 259LA 3DKEX 1G0GA 1IEEA 2BAAA 4MCKA 2MEAA 3OE8A 1QT7A 1DPWA 2F47A 3AGIA 2MEGA 2D4KA 3ULRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ZVQ A;  2BQN A;  4I7R A;  2CUU A;  1GB5 A;  4N8Z A;  1WQQ A;  4LYT A;  1W08 A;  1WVU A;  2BQC A;  4LT2 A;  195L A;  1GDW A;  2NTG A;  1GF7 A;  1IP3 A;  4YEO A;  2HTX A;  4XJI A;  1OWY A;  4H9B A;  1L96 A;  1XFP L;  253L A;  2Z39 A;  4I7T A;  1UC0 A;  209L A;  1P46 A;  1LMO A;  1P64 A;  1C68 A;  1LZT A;  4Z98 A;  3WUM A;  4HPI A;  5F9X A;  4MST A;  3WUN A;  4C3W A;  6LYT A;  1B5U A;  4IAP A;  1L55 A;  4WLT A;  1TDY A;  2EPE A;  182L A;  135L A;  1JIT A;  1P2L A;  238L A;  1OVH A;  3AYQ A;  2LCB A;  1DYE A;  4DQJ A;  1LMQ A;  1YAP A;  2OU9 A;  1CX6 A;  1L98 A;  4NG1 A;  256L A;  2RSC A;  1AM7 A;  1JKB A;  3MGW A;  3G3W A;  5B06 A;  1V7T A;  162L A;  3AJN A;  5APC A;  1CKH A;  2YBL A;  1C6D A;  3HH4 A;  4LDO A;  4I0C A;  1B9O A;  1LZR A;  1LJ3 A;  3LZ2 A;  4KXI A;  165L A;  3CDO A;  1T8A A;  1FDL Y;  3C80 A;  3TMV A;  4ETA A;  1OUC A;  1BGI A;  2DQC Y;  3B6L A;  4W52 A;  1KIR C;  1C6L A;  1L16 A;  3D4S A;  3PBL A;  4EKS A;  1HFX A;  1L72 A;  1G7I C;  1WVV A;  1AKI A;  2I26 L;  3G3X A;  1GFE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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