224LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDSVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 224lA00
1LYDA 3CDQA 1L98A 1JTNA 234LA 4ARJA 1L15A 3SB5A 122LA 1LYFA 210LA 3CDVA 3F8VA 1L61A 4AQNA 1XJTA 141LA 1L84A 1T97A 1CVKA 4IAPA 258LA 3SB8A 150LA 1KS3A 3VW7A 4YX7C 243LA 4I7JA 244LA 184LA 127LA 165LA 1CV0A 109LA 2RB0X 4PJZA 1QT8A 2B6YA 1QTCA 220LA 253LA 1L93A 4I7KA 1L87A 255LA 252LA 115LA 260LA 3RUNA 3K2RA 162LA 1C6GA 2B70A 1L03A 5I14A 2LCBA 2HUMA 1B6IA 1G1VA 1L42A 233LA 246LA 3OE0A 2LC9A 2ANVA 3NY9A 180LA 218LA 1L92A 160LA 3HTBA 170LA 3GUJA 3L2XA 146LA 188LA 1OWYA 2QB0B 172LA 3V2YA 1QUDA 4EKSA 2RBPA 152LA 3RZEA 1G0GA 1L09A 3LZMA 212LA 1L01A 2L78A 1DYGA 130LA 232LA 1C6QA 102LA 1K28A 238LA 1L33A 3HTGA 3UONA 4W51A 1QT4A 1L06A 1L25A 245LA 1L95A 3NYAA 2B75A 4YXCA 4ARMB 138LA 151LA 4I7OA 7LZMA 3HDFA 3C8QA 2B72A 155LA 1OV5A 1L16A 4W55A 1DYCA 1PQDA 1L23A 1L58A 199LA 2RBQA 183LA 3GUIA 186LA 1C67A 4W54A 3OE6A 1ZYTA 1G0PA 1L02A 1L39A 237LA 247LA 4LDOA 3SB9A 1LPYA 1DYBA 1G0MA 1L59A 1L10A 1G0KA 1L86A 1L36A 1QT3A 2OTZX 2OU8A 1PQIA 261LA 228LA 1L97A 5LZMA 1OWZA 3HH5A 1L40A 1T6HA 4EXMA 1PQJA 249LA 1D3FA 1L0KA 1LGUA 1KNIA 3HTFA 254LA 1L74A 3SB7A 3GUOA 4LDEA 1L82A 1CV5A 1P56A 1G06A 3GUNA 1L31A 215LA 1JTMA 3DMZA 262LA 1C6DA 145LA 1D2YA 1PQOA 187LA 1P2RA 3HWLA 1P37A 242LA 1L45A 1QTBA 4ARQB 4GBRB 191LA 211LA 1D9WA 1SWZA 1L68A 1XEPA 241LA 1LI2A 3DN1A 1L67A 3DN4A 3SBAA 4K5YA 3L64A 3C7ZA 1C6PA 1L53A 206LA 1C6JA 177LA 1C63A 1OYUA 3HH3A 1CUPA 3HU8A 227LA 205LA 1C62A 4I7QA 1L83A 131LA 123LA 1L22A 1D3MA 1QT6A 4E97A 3HU9A 156LA 1CX7A 3SN6R 3HDEA 2B74A 1C6TA 1QTDA 1CUQA 159LA 126LA 4LZMA 2RBOA 1CU2A 3OE9A 1G0QA 2B73A 213LA 2HUKA 251LA 4LDLA 1CTWA 1L24A 3DNAA 1C69A 148LE 1L90A 1QT7A 200LA 229LA 1SX2A 3G3VA 1L00A 171LA 1DYAA 214LA 158LA 1L14A 4W58A 4ARLA 1L48A 1L80A 182LA 1D3JA 3HTDA 1L04A 1L18A 1L26A 4I7PA 118LA 4ARMA 1LYJA 3V2WA 142LA 2O79A 176LA 1P64A 201LA 3CDTA 1G1WA 1L79A 3PBLA 114LA 2NTGA 1LI3A 2RBRA 1SWYA 157LA 2Z6BA 2B6XA 1XJUA 185LA 1L19A 1C6MA 140LA 1C60A 2B6ZA 4I7RA 1CV6A 1LWGA 4EKPA 3HH4A 4PK0A 230LA 1P46A 3HH6A 4W56A 4EPIA 1C6NA 3DN0A 4W52A 178LA 239LA 1NHBA 3CDOA 1G0JA 1L34A 1ZURA 3ODUA 1L17A 3HT8A 1QUHA 1SX7A 1L46A 1CV1A 3C80A 161LA 1L05A 3SB6A 231LA 1L99A 1LYGA 4EKRA 6LZMA 1OVJA 1CU0A 4EJ4A 1CU6A 1L66A 3OE8A 1KY0A 1P5CA 219LA 1LGXA 1C66A 1L81A 3SBBC 1P6YA 4W57A 1G0LA 1LGWA 3CDRA 2B6TA 1L43A 2OE4X 4ARQA 1KW5A 1LLHA 3HT6A 112LA 221LA 3DMXA 235LA 103LA 1P7SA 1OVHA 1SSWA 1L13A 139LA 216LA 1L32A 1L12A 119LA 1L35A 1L27A 223LA 3C81A 1C6FA 1EPYA 3C82A 166LA 224LA 107LA 110LA 1CX6A 1L56A 2F32A 1QTZA 1L89A 3HT9A 1QTHA 1DYFA 1LWKA 1QUGA 1WTHA 4YXAC 1L20A 163LA 2OU0X 3HUQA 209LA 4DAJA 1C6AA 1DYDA 2CUUA 1L60A 167LA 4I7TA 2HULA 1D3NA 2B6WA 1L70A 3D4SA 1L65A 2O4WA 3G3WA 1L57A 1L49A 257LA 111LA 168LA 3C7YA 3EMLA 1C6EA 164LA 1T8GA 2RB1X 108LA 2Q9DA 1QS5A 3FA0A 1T8FA 3C8SA 198LA 1L88A 1QT5A 1ZWNA 1OVKA 1L08A 3GUPA 2OTYX 113LA 3FADA 143LA 2NTHA 125LA 190LA 1QS9A 1L30A 3C83A 1L91A 3HT7A 1LW9A 104LA 1L63A 1C68A 3F9LA 1T8AA 2OEAX 4DJHA 4GRVA 192LA 1L85A 1C6LA 2OE7X 1C6IA 1QSQA 1CU3A 1L96A 1OV7A 1QTVA 4I7LA 1L37A 1KY1A 1L44A 4I7SA 1D2WA 1L50A 174LA 1P3NA 2ANXA 2RBSA 1P2LA 4ARPA 2LZMA 1L71A 1C6HA 1L73A 225LA 3DMVA 3DN6A 2F2QA 1TLAA 4ZPUA 1C65A 2RBNA 195LA 1L29A 1L55A 1PQKA 2IGCA 3JR6A 2RAYX 1I6SA 1L77A 1C6CA 1L47A 259LA 1L11A 3DN3A 2RH1A 1L51A 2OU9A 189LA 1QUOA 3GULA 1L75A 3GUKA 3GUMA 149LA 128LA 1C61A 1C6KA 1L76A 1L94A 1L07A 129LA 1L54A 1L72A 3QAKA 1C64A 3C8RA 222LA 1DYEA 1LYEA 1L69A 120LA 144LA 3DKEX 1CV3A 250LA 4DKLA 1JQUA 1PQMA 248LA 1C6BA 240LA 1LYIA 147LA 2RB2X 3DN2A 4EKQA 4S0WA 197LA 226LA 3NY8A 1QSBA 1P36A 3PDSA 3HUAA 217LA 4I7NA 2Q9EA 2QARC 169LA 1CV4A 3C7WA 1LI6A 1L28A 4I7MA 2A4TA 1L0JA 1L41A 3HUKA 181LA 1KW7A 2F47A 3G3XA 4EPFA 256LA 3FI5A 236LA 196LA 2OE9X 1L21A 4OO9A 1L62A 175LA 137LA 1L38A 1L52A 1LYHA 1SSYA 2B7XA 2O7AA 4W53A 173LA 4W59A 1G07A 2RAZX 1L64A 3DN8A 1CU5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LJ4A 2F2NA 3WVYA 2Z38A 5A3EA 5C6LA 4ARJA 3SB5A 4G49A 122LA 1LYFA 3CDVA 1J1PY 5LA8A 1L84A 1B7RA 150LA 1KS3A 4LYBA 2HEEA 109LA 4PJ2C 2F4AA 2RB0X 1FKVA 1QT8A 1LZGA 5F9XA 1L87A 4HV2A 3K2RA 162LA 2LCBA 2DQDY 2HUMA 1L42A 2ANVA 218LA 3HTBA 3CT5A 3RW8A 1GXV2 2BQAA 3L2XA 1FLWA 1GB9A 3V2YA 2RBPA 2VB1A 2L78A 1C6QA 4LYTA 238LA 1QT4A 245LA 2B75A 1B5ZA 1LHHA 4ARMB 3D3DA 1Z55A 151LA 1LHIA 3OK0A 4I7OA 7LZMA 4QDNA 3C8QA 1GDXA 155LA 1L16A 207LA 1L58A 1LMAA 4H93A 1KIPC 199LA 3GUIA 186LA 3OE6A 237LA 1LPYA 2MEAA 4DQ7A 1G0MA 1L10A 1L86A 2OTZX 5M1YA 1PQIA 261LA 1L97A 3HH5A 1D6QA 2FYCA 1LZ5A 3HBHA 4TTDA 4NWHA 5LVGA 1D3FA 1PZYA 1L0KA 1AT6A 3SP3A 3HTFA 254LA 1JKDA 5HMVA 1CV5A 5AMYA 3ATOA 1GBOA 1FLQA 1AZFA 4ET9A 1V7SA 1JTMA 262LA 1D2YA 2I25L 4NG8A 1PQOA 4CGEA 1FLUA 1P2RA 2HU3A 3HWLA 1HENA 4NGIA 1L45A 1QTBA 4ETBA 1GBWA 1JHLA 1SWZA 1XEPA 241LA 1L67A 3SBAA 3LN2A 1C6PA 1XEJA 1UC0A 1CJ9A 1HMKA 1IY4A 206LA 4NEBA 177LA 1C62A 5LVIA 3P65A 4XADA 2MEIA 4N1EI 3W6FA 3HU9A 1CX7A 3SN6R 1UIDA 1B7SA 2B74A 4IJ4A 1CUQA 4HJVA 126LA 4LZMA 1IY3A 4H9CA 5I53A 1IWYA 4YEMA 213LA 3AZ5A 1L24A 4G4BA 2MEGA 1MLCE 4HP0A 1QT7A 1IC4Y 229LA 2EKSC 5EBHA 1DYAA 2Z19A 1IR7A 4ARLA 1FBIX 1LJJA 1OUEA 4I7PA 4H9FA 1G7HC 2BQDA 1B5XA 2O79A 1P64A 201LA 4FDYA 4DQJA 2NTGA 1B0DA 5T3FA 1DKJA 1UIFA 1XGTC 1XJUA 5F16A 185LA 4D9ZA 1KXYA 2Z37A 1UIBA 1BQLY 1F0WA 3LHMA 1IP3A 5B06A 4W56A 4EPIA 4W52A 178LA 239LA 4QY9A 3T6UA 4NIJA 3HT8A 1QUHA 4DD7A 4GN4A 5K7OA 3A3QA 231LA 4H92A 4PRUA 1OVJA 4EJ4A 5F14A 3G3BB 3OE8A 1L66A 1P5CA 219LA 1CJ7A 1IORA 3A67Y 9LYZA 3CDRA 2B6TA 221LA 1OVHA 1YAQA 1DZBX 4NHQA 4WL6A 4DQ5A 1L35A 1GF7A 223LA 4H9AA 1VATA 1WVVA 224LA 4RLNA 4ZIXA 1L56A 1QTZA 4LYCA 1F6RA 1LWKA 1QTHA 1WTHA 5LAFA 1HSXA 4IATA 4OWAA 2MEBA 4I7TA 2IFFY 6LYZA 1LMTA 2B6WA 5LYMA 1NKHA 3D4SA 1IOQA 1L49A 132LA 1C6EA 1BGIA 2RB1X 1LZTA 3LYMA 1QS5A 3LYTA 198LA 1ZWNA 2ZQ3A 4PGJB 4ZEEA 143LA 1JJ0A 190LA 5LINA 1LJFA 1LCNA 2MEFA 3C83A 3HT7A 104LA 1L63A 1C68A 1ZVHL 2A7FA 4R6CA 2OEAX 1DQJC 1V7TA 4DJHA 4GRVA 4DDCA 5B59A 1WTNA 4P2EA 4CHXA 1QTVA 1WVUA 3F6ZA 1KY1A 2CWIA 5LAGA 4I7SA 2BQOA 1OUGA 1IC5Y 1JKAA 1QUSA 174LA 5B1FA 1HC0A 1IWZA 2LZMA 1NMMA 1H6MA 3DN6A 2RBNA 1C43A 2IGCA 2BQBA 5ILFA 1LHKA 4II8A 1L11A 2OU9A 1GDWA 4YOPA 149LA 4BAPA 1LYOA 4GLVA 1SQ2L 1L07A 4DDBA 2Y8PA 5IDDA 3WL2A 222LA 1DYEA 1JTOL 4C3WA 3DKEX 1BB5A 1RFPA 1TDYA 4O34A 3PDSA 1B7OA 4B4IA 4OW1A 1KXWA 5HQ1A 4LT1A 1B7NA 4HJYA 4I7MA 5HNCA 3IJUA 1L0JA 3HUKA 1KW7A 3G3XA 1D0KA 4TSBA 3RU5A 256LA 3FI5A 1L62A 2A7DA 1QTKA 2O7AA 3TXKA 1LMCA 173LA 4H1PA 2XBSA 1IWXA 1LZ8A 2HECA 1JKBA 1L64A 2DQIY 1L98A 4H94A 4QEQA 1NQIA 5A3ZA 1L15A 3TXFA 4ETDA 1BHZA 141LA 1LSBA 3AB6A 1HHLA 1DI5A 4X3BA 1C46A 1LJKA 5KXWA 4N5RA 4CJ2A 4EOFA 2H9KA 4NFVA 1ZMYL 4LYMA 1UIEA 3TXGA 4HSFA 260LA 4UWUA 1C6GA 1L03A 3MGWA 4NHIA 1GB0A 2LC9A 2BQEA 4I0CA 1L92A 5KXZA 170LA 4H8YA 2Z12A 146LA 188LA 1OWYA 4HPEA 172LA 1G0GA 212LA 2G4NA 1GXXA 2MEHA 102LA 1K28A 2W1YA 3HTGA 1XGPC 1IP2A 1L06A 1L25A 4CFOA 1L95A 208LA 2AUBA 138LA 1WQOA 2YBMA 1AM7A 3HDFA 2WARA 2B72A 1LZRA 1LJHA 4W55A 1DYCA 1L23A 1BVKC 1GB2A 183LA 1C67A 4W54A 1L39A 1LZ6A 4LDOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LJ4 A;  2F2N A;  3WVY A;  2Z38 A;  5A3E A;  5C6L A;  4ARJ A;  3SB5 A;  4G49 A;  122L A;  1LYF A;  3CDV A;  1J1P Y;  5LA8 A;  1L84 A;  1B7R A;  150L A;  1KS3 A;  4LYB A;  2HEE A;  109L A;  4PJ2 C;  2F4A A;  2RB0 X;  1FKV A;  1QT8 A;  1LZG A;  5F9X A;  1L87 A;  4HV2 A;  3K2R A;  162L A;  2LCB A;  2DQD Y;  2HUM A;  1L42 A;  2ANV A;  218L A;  3HTB A;  3CT5 A;  3RW8 A;  1GXV 2;  2BQA A;  3L2X A;  1FLW A;  1GB9 A;  3V2Y A;  2RBP A;  2VB1 A;  2L78 A;  1C6Q A;  4LYT A;  238L A;  1QT4 A;  245L A;  2B75 A;  1B5Z A;  1LHH A;  4ARM B;  3D3D A;  1Z55 A;  151L A;  1LHI A;  3OK0 A;  4I7O A;  7LZM A;  4QDN A;  3C8Q A;  1GDX A;  155L A;  1L16 A;  207L A;  1L58 A;  1LMA A;  4H93 A;  1KIP C;  199L A;  3GUI A;  186L A;  3OE6 A;  237L A;  1LPY A;  2MEA A;  4DQ7 A;  1G0M A;  1L10 A;  1L86 A;  2OTZ X;  5M1Y A;  1PQI A;  261L A;  1L97 A;  3HH5 A;  1D6Q A;  2FYC A;  1LZ5 A;  3HBH A;  4TTD A;  4NWH A;  5LVG A;  1D3F A;  1PZY A;  1L0K A;  1AT6 A;  3SP3 A;  3HTF A;  254L A;  1JKD A;  5HMV A;  1CV5 A;  5AMY A;  3ATO A;  1GBO A;  1FLQ A;  1AZF A;  4ET9 A;  1V7S A;  1JTM A;  262L A;  1D2Y A;  2I25 L;  4NG8 A;  1PQO A;  4CGE A;  1FLU A;  1P2R A;  2HU3 A;  3HWL A;  1HEN A;  4NGI A;  1L45 A;  1QTB A;  4ETB A;  1GBW A;  1JHL A;  1SWZ A;  1XEP A;  241L A;  1L67 A;  3SBA A;  3LN2 A;  1C6P A;  1XEJ A;  1UC0 A;  1CJ9 A;  1HMK A;  1IY4 A;  206L A;  4NEB A;  177L A;  1C62 A;  5LVI A;  3P65 A;  4XAD A;  2MEI A;  4N1E I;  3W6F A;  3HU9 A;  1CX7 A;  3SN6 R;  1UID A;  1B7S A;  2B74 A;  4IJ4 A;  1CUQ A;  4HJV A;  126L A;  4LZM A;  1IY3 A;  4H9C A;  5I53 A;  1IWY A;  4YEM A;  213L A;  3AZ5 A;  1L24 A;  4G4B A;  2MEG A;  1MLC E;  4HP0 A;  1QT7 A;  1IC4 Y;  229L A;  2EKS C;  5EBH A;  1DYA A;  2Z19 A;  1IR7 A;  4ARL A;  1FBI X;  1LJJ A;  1OUE A;  4I7P A;  4H9F A;  1G7H C;  2BQD A;  1B5X A;  2O79 A;  1P64 A;  201L A;  4FDY A;  4DQJ A;  2NTG A;  1B0D A;  5T3F A;  1DKJ A;  1UIF A;  1XGT C;  1XJU A;  5F16 A;  185L A;  4D9Z A;  1KXY A;  2Z37 A;  1UIB A;  1BQL Y;  1F0W A;  3LHM A;  1IP3 A;  5B06 A;  4W56 A;  4EPI A;  4W52 A;  178L A; 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