2RBOA

2-nitrothiophene in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rboA00
152LA 1G0GA 245LA 2B73A 1C61A 3C81A 137LA 4I7SA 4I7PA 1PQIA 1XJTA 140LA 1CU5A 1DYCA 1L90A 1LYHA 4EKPA 3SB7A 1L09A 2OE7X 2RBNA 1L99A 3CDRA 4W51A 161LA 1P5CA 1L55A 1L62A 3RZEA 3DNAA 3HT9A 4ARMB 175LA 3NY9A 3HU8A 2OEAX 1L51A 3C82A 115LA 127LA 1LLHA 1C6CA 2B70A 3HWLA 3CDTA 3GUPA 3HTGA 4EJ4A 1C6GA 1L25A 4I7OA 3C8SA 1OWZA 4W57A 3C7YA 261LA 1L21A 1L03A 1CX6A 236LA 4K5YA 118LA 2RBRA 233LA 1CV4A 1C68A 4ARLA 1C6PA 1L91A 1L92A 189LA 1LI3A 1KS3A 1L71A 157LA 3RUNA 1G0MA 1G1WA 1C69A 3VW7A 4GBRB 1L66A 2RH1A 3SB9A 141LA 201LA 3V2YA 113LA 4S0WA 1L04A 1L87A 1LGWA 1C6LA 253LA 4I7QA 3GUKA 7LZMA 1P3NA 1L31A 226LA 3DN4A 142LA 1T8GA 1KW5A 2OE4X 2B6WA 2A4TA 1QTHA 2F47A 1L53A 209LA 156LA 1C63A 211LA 1KY1A 160LA 1L70A 1L79A 238LA 1L0JA 186LA 1L48A 107LA 1CU3A 1OVKA 108LA 1G0KA 237LA 1CX7A 228LA 3GUNA 1G06A 257LA 1L27A 4W54A 4W53A 1QT8A 3HH5A 1L39A 3PBLA 1L15A 1SSWA 1D3FA 232LA 1P7SA 1G07A 235LA 4EKSA 1C67A 1L37A 213LA 2OE9X 244LA 3SBBC 3GUIA 1C66A 195LA 4AQNA 3FA0A 3ODUA 1L63A 3GUOA 1L23A 218LA 3NY8A 4LZMA 1L12A 1L72A 1LYDA 2OU8A 104LA 1ZYTA 5LZMA 4ARPA 1CVKA 1L01A 1L05A 1QTVA 3G3XA 1K28A 1L67A 2OTZX 4EPIA 150LA 3GUJA 1L07A 2RB0X 1C6KA 4ARQA 3C7ZA 191LA 250LA 1QSBA 3HH3A 1L44A 4EKQA 1L89A 1LGUA 1L61A 1QUOA 3L64A 1L06A 185LA 4YX7C 4DAJA 3K2RA 102LA 114LA 3G3WA 3GUMA 3HUQA 1QT3A 3PDSA 3HTDA 176LA 1L40A 165LA 1ZWNA 1L41A 206LA 1LWGA 112LA 1P37A 196LA 1CUPA 173LA 3UONA 1QSQA 1CV6A 1L64A 1QT5A 162LA 1QTDA 229LA 230LA 2OU0X 3D4SA 4I7TA 2QARC 1P64A 1CV5A 1DYGA 1L18A 1L16A 126LA 1LW9A 1B6IA 1D3MA 247LA 1L17A 1L28A 219LA 1C6DA 2B6YA 3SB5A 131LA 1QTBA 2LZMA 1PQMA 1C6TA 143LA 3HUKA 1LYFA 169LA 243LA 2B74A 2RAYX 1L59A 178LA 1C6NA 1ZURA 199LA 1L68A 1KW7A 1L98A 2NTGA 139LA 1L75A 4W58A 1CV1A 177LA 221LA 1EPYA 1L65A 158LA 1G0JA 1QT7A 1T8AA 1L81A 246LA 4LDEA 3EMLA 2B6ZA 1LYGA 1LWKA 4W52A 3DKEX 3LZMA 125LA 1L10A 2L78A 1C60A 1P2RA 1L96A 4DJHA 1L0KA 1QUDA 1QS9A 200LA 1OVJA 3CDOA 1L80A 3CDQA 4PK0A 198LA 1XJUA 1L93A 3C8QA 1T6HA 3HUAA 3FADA 4I7JA 128LA 1QTCA 120LA 182LA 210LA 3OE6A 163LA 2ANXA 1CTWA 1D3NA 240LA 170LA 1OVHA 1CV0A 1L88A 1L57A 1L14A 1CUQA 1SWZA 2O79A 1SSYA 109LA 225LA 2OTYX 1G1VA 149LA 1L22A 260LA 1L02A 2RB1X 129LA 3DMZA 1OV7A 212LA 3OE8A 241LA 2IGCA 4DKLA 1T8FA 1L32A 190LA 1CV3A 1SX7A 258LA 1P46A 3HDEA 1SWYA 3HDFA 227LA 144LA 3HTBA 2O4WA 1LYJA 2F2QA 3NYAA 4ARJA 1L20A 1JTMA 3DN2A 1L84A 4I7MA 3SBAA 1G0PA 4IAPA 231LA 3DN6A 2Q9DA 3DMVA 1L45A 3DMXA 3OE9A 1L82A 1C6AA 2QB0B 3HT8A 2B6TA 1C6BA 1JQUA 1C64A 1L58A 1P36A 2CUUA 122LA 1L34A 172LA 130LA 220LA 1DYFA 3F9LA 4E97A 3HTFA 197LA 2RBPA 3L2XA 164LA 1NHBA 4I7KA 1C65A 4GRVA 4W59A 2F32A 2RBSA 1L08A 1G0LA 3HH6A 2HUMA 1L73A 3HU9A 183LA 215LA 2B72A 3C8RA 3DN0A 1XEPA 3JR6A 4EPFA 252LA 3V2WA 1L26A 4I7RA 249LA 1L24A 1L11A 4YXCA 222LA 205LA 1KY0A 242LA 4EKRA 103LA 1P56A 1QTZA 1L86A 2LCBA 2Z6BA 3DN3A 1PQJA 148LE 1C6JA 1L13A 2HUKA 1L50A 174LA 1P6YA 3C7WA 223LA 1L85A 1LI2A 1LGXA 1L69A 1L97A 4I7NA 4ARMA 4W55A 181LA 1QT6A 1LI6A 3C80A 239LA 4I7LA 123LA 256LA 110LA 1L38A 1CU0A 3G3VA 1D3JA 1DYEA 180LA 3DN8A 262LA 3QAKA 3HH4A 111LA 2ANVA 4PJZA 145LA 4LDOA 1C6FA 1L29A 2RBQA 4ZPUA 5I14A 3SN6R 1D2WA 1WTHA 155LA 1CU6A 1L19A 2RB2X 1QUHA 1DYDA 2B75A 6LZMA 166LA 3DN1A 1L00A 159LA 259LA 168LA 3OE0A 1P2LA 1KNIA 3CDVA 1QT4A 1TLAA 1D9WA 1G0QA 1L77A 3GULA 2Q9EA 1L52A 1L74A 1QS5A 1L43A 217LA 255LA 1L76A 1L95A 254LA 3SB6A 119LA 146LA 1DYBA 1L36A 1L54A 1L46A 1L47A 2OU9A 4ARQB 171LA 1LPYA 1OWYA 4EXMA 2RBOA 1CU2A 3HT6A 214LA 1SX2A 138LA 2RAZX 2O7AA 1L60A 1L35A 1L30A 1C6IA 1L33A 2NTHA 147LA 1OYUA 251LA 2B7XA 3HT7A 4YXAC 3F8VA 151LA 1DYAA 3SB8A 1OV5A 1C6MA 188LA 4W56A 187LA 1T97A 1L83A 1PQDA 1C6QA 1C6EA 1QUGA 1C62A 1LYIA 1PQKA 184LA 1L56A 4OO9A 234LA 1LYEA 1PQOA 1L94A 1C6HA 4LDLA 2LC9A 3C83A 192LA 1L42A 3FI5A 216LA 2HULA 1JTNA 167LA 1I6SA 248LA 1D2YA 1L49A 224LA 2B6XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LZ2A 152LA 4LYOA 3WW5A 4U3XB 1LMTA 1C61A 4I7PA 1QDTA 1IR9A 1D0KA 3WMKA 3GXKA 3WH1A 3SB7A 1LJ3A 1XGTC 2MEGA 1L62A 3DNAA 1HNLA 5B06A 4ARMB 4NGWA 3HU8A 1L51A 2XTHA 3N9AA 4GLAA 5LAFA 2MEEA 5APDA 4I7OA 2BQAA 4R0FA 1OWZA 3RU5A 4DD9A 2Z38A 1HMLA 1CX6A 1OUAA 1CJ9A 4DQJA 1GEVA 1C6PA 1L91A 2BQEA 2CJLA 2YVBA 5LYMA 1L71A 1NF5A 3ZVQB 157LA 2BQHA 3VW7A 4GBRB 141LA 3T36A 113LA 4J7VA 1JIYA 1GEZA 1OUGA 5I5QA 4QGZA 1IP1A 1T8GA 1KW5A 3WU9A 2BAAA 1WQNA 1L53A 4XJHA 1EQ5A 1CU3A 4QEQA 4OW1A 4NHIA 3GUNA 1G06A 257LA 2Y8PA 1DI3A 1DPXA 1B7NA 3PBLA 1B7PA 1L15A 1VEDA 2BLYA 1GAYA 3TMVA 232LA 1TCYA 1LYYA 235LA 1W08A 213LA 1HFZA 4R6CA 3ODUA 1L63A 1LSAA 5I4WA 5LZMA 1HSWA 1ZYTA 1NWGA 1JSFA 1IOTA 2ZNWY 4NG8A 1L01A 1K28A 4DDAA 2OTZX 4ML7A 1HFYA 4N5RA 1LJGA 2BQFA 1L44A 1L89A 1SLYA 1L61A 3N9CA 102LA 114LA 1BB4A 3G3WA 1FLUA 3GUMA 3HBDA 1LZRA 3HUQA 4E3UA 4TTDA 1ZWNA 3AGIA 1LJHA 3P68A 1LHLA 112LA 1P37A 1FBIX 1DI4A 173LA 4I7TA 230LA 1C45A 4Z46A 1P64A 2HUBA 1NBZC 3A34A 3VWOA 1L18A 1OUDA 1BB5A 126LA 247LA 1L28A 1B7RA 2B6YA 1C6DA 143LA 1VFBC 133LA 1CJ6A 5LYTA 4TSBA 2RAYX 1L59A 1C6NA 4ETEA 199LA 1L98A 4C3WA 2I26L 221LA 1YAMA 1QIOA 4WLYA 1QT7A 3EMLA 1KXYA 1T6VL 3LZMA 3CT1A 1L10A 4FDYA 1C60A 3WXTA 1P2RA 1IWXA 1LHJA 5II3A 3CDOA 1ZMYL 198LA 1JPOA 1RCMA 1QSAA 4DD1A 4PPOA 1QTCA 5KXLA 3WULA 182LA 1AKIA 1I20A 240LA 1L88A 4WLDA 2MEIA 1UIBA 149LA 212LA 3EBAB 190LA 3HDFA 1JWRA 2H5ZA 1WVVA 1GF9A 4YM8A 3HTBA 1PS5A 3NYAA 3TXGA 5LA5A 4H8XA 4LYBA 134LA 1QSWA 1G0PA 231LA 3DN6A 3DMVA 4M6DA 4PRQA 1C6AA 1G7HC 1JQUA 122LA 1WQRA 4XENA 1GFJA 1LCNA 1DYFA 1HEMA 5HMJA 197LA 2RBPA 1GB5A 4NWEA 4W59A 2RBSA 3WU7A 4A7DA 4J1AA 4MR1A 5APFA 5D5CA 1YAPA 3C8RA 5K7OA 3JR6A 2YSSC 1CKCA 252LA 2D4KA 3AZ6A 1XGRC 5KXZA 1MLCE 3W6AA 2BQCA 2Z37A 205LA 1GE0A 2HEEA 1IX0A 4DD3A 4LYTA 4HV2A 1P56A 1QTZA 2DQGY 3W3EA 1GB7A 148LE 2EKSC 4CHXA 1LZSA 1UIFA 5IELA 5M1YA 1FKVA 1IOCA 1L50A 1P6YA 4DDBA 4ANRA 1HEWA 4PRUA 4DWXA 4ARMA 207LA 4DT3A 1BB6A 1LI6A 4I7LA 123LA 1L38A 1LSZA 2CWIA 4RLMA 1LHKA 1D3JA 6LYTA 1YQVY 145LA 4MCKA 1N4FA 4YEMA 5F16A 1YILA 5I14A 3SN6R 2EQLA 1UIGA 3LN2A 1IO5A 1DYDA 1VDPA 1LSFA 4EOFA 1L00A 1UBZA 4H9IA 9LYZA 3OE0A 1JHLA 1P2LA 1LJKA 3CDVA 1D9WA 1L77A 1OUIA 2W1LA 1LHMA 4GCBA 254LA 3SB6A 2HU1A 1LHHA 1L46A 4OWAA 1L54A 2WARA 1OWYA 2BQJA 2RBOA 138LA 1V7SA 1L60A 1L35A 2A7FA 1L30A 251LA 1B5ZA 1QTEA 1DYAA 1GE4A 4QDNA 2HEFA 4H9BA 2ZYPA 5L3HA 5KXKA 1PQKA 184LA 4J0LA 1YAOA 1JSEA 234LA 1C6HA 3AGHA 4XJDA 4WM1A 1LZ8A 2LC9A 2D6BA 3C83A 4I0CA 5I54A 192LA 1SQ2L 3B0KA 1LZ5A 3AW6A 1LJJA 3W6CA 1D2YA 1L49A 2B6XA 5LVGA 5LAGA 4RLNA 1YL0X 3C81A 4H90A 1LZGA 2LHMA 1REYA 1CU5A 1YANA 4EKPA 5B1GA 1J1XY 1C10A 2RBNA 1L99A 4W51A 1VDSA 3MGWA 3W6EA 175LA 2G4QA 1TEWA 1GWDA 3WVXA 1LLHA 1C6CA 4CGEA 3GUPA 4EJ4A 4B0DA 1C08C 3C8SA 2Z39A 4M4OA 3CT0A 2NWDX 3TXJA 7LYZA 1F0WA 4WOAA 5IHGA 1GBXA 1CV4A 2IHLA 1C68A 1L92A 1HF4A 1LI3A 1BWHA 1IWTA 2DQJY 1J1OY 2DQEY 5KY1A 3RUNA 4HTQA 1HFXA 5APCA 2RH1A 5DN5A 3BKHA 1B7LA 4S0WA 5JENB 2G4NA 2I6ZA 3A93A 1L87A 1LGWA 253LA 4OWEA 3GUKA 4YOPA 1GBWA 142LA 3TXEA 4NEBA 2LYMA 4YF2A 209LA 2H9JA 1Z55A 4WG7A 1O23A 1LJNA 1L48A 4AXTA 2Z18A 107LA 4HTKA 3RNXA 2HEDA 5FELA 1JKAA 228LA 3RW8A 1BGIA 3WXUA 1BB3A 3HH5A 1L39A 5LVJA 1KXWA 4RW2A 1IWVA 1G07A 1C67A 1L37A 2OE9X 2BQOA 195LA 1XGUC 1G7JC 1IWWA 1GF7A 3A95A 3GUOA 1L23A 4LZMA 5ILCA 1L12A 1L72A 3T6UA 1LYDA 2C8OA 4TSCA 1NDGC 2MECA 1D9UA 1CVKA 3CSZA 4TWSA 1L67A 1RE2A 1UIAA 150LA 1YL1X 1CKDA 2BQGA 4G9SA 4ARQA 3C7ZA 3A92A 191LA 1A4VA 1LGUA 4WL7A 1QUOA 2YBHA 2YBMA 4YX7C 4DAJA 3K2RA 1LJEA 2DQDY 1G7LC 4WL6A 1LJIA 1WTNA 3WYHA 1GXV2 4ETAA 2DKVA 3HTDA 1L40A 2H9KA 1GFEA 5LXWA 1L41A 206LA 3D3DA 4LT2A 3BKVA 4XYYA 2ZYCA 1VDQA 2OU0X 1QT5A 1QTDA 2QARC 1JKCA 2BQMA 4HSFA 1JTTL 1L16A 4DQ7A 1LMAA 1JJ3A 1B5VA 219LA 3EO5A 1QTBA 4YENA 4HTNA 1PQMA 1C6TA 1XFPL 2MEHA 1IVMA 1L75A 1GAZA 177LA 4DC4A 1GE1A 1IEEA 1LSNA 3CB7A 1LZCA 2B6ZA 1LYGA 1LWKA 3WUMA 5DLAA 4N9RA 1GBOA 125LA 2L78A 4DJHA 1LSMA 3LHMA 3CDQA 4RW1A 1XJUA 4G4CA 1T6HA 3HUAA 2F30A 3A8ZA 4G4BA 4I7JA 120LA 5E9RA 4B4IA 2HECA 2AUBA 3OE6A 6LYZA 2MEAA 2DQAA 1DQJC 1CUQA 5KXYA 1IR7A 3ATNA 1SSYA 109LA 193LA 5LVHA 1L02A 2RB1X 1T8FA 1NDMC 1SWYA 3B0IA 227LA 2F2NA 4ETBA 5ILFA 5FSTA 2Z19A 1NKHA 4W94A 1KIRC 3TXBA 4RDSA 4IAPA 1L45A 3J6KA 4HPEA 5F9UA 1F6RA 1GB8A 1L34A 172LA 3CQLA 1XEIA 1LPIA 4LFXA 1C65A 3IWRA 5LVKA 2F32A 3QNGA 1E8LA 2HUMA 5KJ9A 1L73A 1IP7A 3HU9A 1UICA 1LKSA 183LA 4GN4A 3HBHA 1XEPA 1LYOA 2BQKA 3E3DA 3V2WA 5KKIA 249LA 1ALCA 222LA 1KY0A 4O34A 4EKRA 5FEKA 2LCBA 5F9XA 1PQJA 1XEKA 1B2KA 3A94A 1H6MA 1GFVA 1C6JA 1L13A 3B0OA 223LA 1L85A 4TX7A 5FCPA 1LI2A 5HNCA 2YBLA 4I7NA 181LA 5FDJA 3W6DA 1GB9A 4HJZA 1GF4A 1CKHA 4H8YA 1GE3A 1JEFA 3QAKA 262LA 111LA 4LDOA 3TXIA 1L29A 2RBQA 1YIKA 3CSQA 3A91A 1CU6A 1L19A 1QUHA 1LMPA 159LA 3OK0A 2VB1A 168LA 3TMWA 5KXNA 1L52A 4XJGA 1LYSA 1L76A 1L95A 1WQQA 1L36A 3B6LA 4ARQB 2OU9A 1UA6Y 4EXMA 1CU2A 1LMQA 1SX2A 2O7AA 1UACY 1LZ1A 1LSGA 4WO6A 4Z3MA 147LA 2B7XA 4YXAC 4OWCA 3WPLA 4D9ZA 2XJWA 3SB8A 4NHPA 1OV5A 1GB3A 1EL1A 188LA 1IWUA 2W1YA 1C6QA 1C62A 4N1CC 3LYMA 4OO9A 1LYEA 4KXIA 216LA 3G3AB 4P2EA 2HULA 3TXHA 167LA 1LHIA 248LA 1AZFA 4OWBA 3A3QA 4I7SA 1YAQA 1XJTA 140LA 1LZ6A 5HQ1A 1LYHA 3WUNA 4ET8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LZ2 A;  152L A;  4LYO A;  3WW5 A;  4U3X B;  1LMT A;  1C61 A;  4I7P A;  1QDT A;  1IR9 A;  1D0K A;  3WMK A;  3GXK A;  3WH1 A;  3SB7 A;  1LJ3 A;  1XGT C;  2MEG A;  1L62 A;  3DNA A;  1HNL A;  5B06 A;  4ARM B;  4NGW A;  3HU8 A;  1L51 A;  2XTH A;  3N9A A;  4GLA A;  5LAF A;  2MEE A;  5APD A;  4I7O A;  2BQA A;  4R0F A;  1OWZ A;  3RU5 A;  4DD9 A;  2Z38 A;  1HML A;  1CX6 A;  1OUA A;  1CJ9 A;  4DQJ A;  1GEV A;  1C6P A;  1L91 A;  2BQE A;  2CJL A;  2YVB A;  5LYM A;  1L71 A;  1NF5 A;  3ZVQ B;  157L A;  2BQH A;  3VW7 A;  4GBR B;  141L A;  3T36 A;  113L A;  4J7V A;  1JIY A;  1GEZ A;  1OUG A;  5I5Q A;  4QGZ A;  1IP1 A;  1T8G A;  1KW5 A;  3WU9 A;  2BAA A;  1WQN A;  1L53 A;  4XJH A;  1EQ5 A;  1CU3 A;  4QEQ A;  4OW1 A;  4NHI A;  3GUN A;  1G06 A;  257L A;  2Y8P A;  1DI3 A;  1DPX A;  1B7N A;  3PBL A;  1B7P A;  1L15 A;  1VED A;  2BLY A;  1GAY A;  3TMV A;  232L A;  1TCY A;  1LYY A;  235L A;  1W08 A;  213L A;  1HFZ A;  4R6C A;  3ODU A;  1L63 A;  1LSA A;  5I4W A;  5LZM A;  1HSW A;  1ZYT A;  1NWG A;  1JSF A;  1IOT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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