227LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVAQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 227lA00
4GRVA 2F32A 1DYAA 3L64A 232LA 2QARC 1G0PA 3NY8A 169LA 1L48A 1CU0A 1QS9A 1CX6A 1LW9A 1SWYA 2OTYX 1QUDA 1P6YA 4K5YA 3SB9A 3DN2A 2QB0B 1G0KA 1PQOA 3ODUA 1L35A 144LA 1QSBA 1L38A 157LA 1KNIA 138LA 2B6ZA 1C66A 1LYEA 4OO9A 3FADA 1L12A 1LYFA 260LA 1CV5A 3GUJA 1C6LA 1WTHA 1L74A 155LA 1ZURA 3SBAA 1L52A 1L80A 3QAKA 246LA 148LE 1ZYTA 2ANXA 137LA 1CV6A 201LA 4W53A 4PK0A 1OYUA 1G0GA 1LPYA 1OV7A 1DYBA 1C6KA 1OWZA 217LA 3HUKA 1QTVA 161LA 2B72A 3DN4A 1L07A 1L95A 4ARQA 128LA 3GUMA 1L61A 108LA 115LA 214LA 1L72A 4I7KA 1OVJA 1L23A 2O7AA 1CTWA 1L45A 1L69A 3HTDA 3G3XA 1P2LA 3CDOA 2RH1A 4W59A 252LA 1L64A 3V2YA 1QT6A 3HH4A 173LA 1KW5A 221LA 1L56A 222LA 225LA 176LA 2RBPA 1CV4A 123LA 1LYJA 256LA 1CV3A 120LA 1L02A 4EXMA 1L91A 1P3NA 1L86A 3HU8A 261LA 5LZMA 1L55A 1KS3A 1C6FA 1QT4A 1QSQA 2RB0X 4LZMA 110LA 229LA 1C60A 1C6CA 1L87A 150LA 227LA 1P46A 3OE0A 103LA 3DN3A 4W51A 174LA 3RUNA 2B75A 218LA 3HUAA 185LA 3V2WA 211LA 249LA 241LA 1QT5A 118LA 2RB2X 3GUPA 164LA 122LA 1DYGA 6LZMA 130LA 170LA 3DMXA 4E97A 3CDQA 1L79A 1L11A 1C6QA 102LA 1L93A 2Z6BA 1C6IA 4ARMA 231LA 3OE6A 1PQKA 4I7OA 1L59A 1L53A 1CU3A 1L67A 3DN1A 2OE4X 1DYFA 1L37A 4DKLA 1L50A 177LA 3HH6A 4EKRA 1C65A 1QUHA 1L81A 2O79A 1L85A 1QTZA 1OWYA 1JTNA 1L13A 1L54A 146LA 1XJUA 187LA 196LA 4GBRB 4ZPUA 1D3FA 2OE9X 4I7SA 3SB5A 1C6JA 171LA 3HDFA 4I7NA 212LA 198LA 1PQIA 1QTHA 1LGWA 248LA 1LYHA 3GUNA 4S0WA 3HTBA 1OV5A 3L2XA 142LA 1SSYA 1JTMA 1L29A 1D3JA 2RBNA 1QT7A 255LA 1QTBA 1L16A 1L40A 4LDEA 140LA 2B74A 1L26A 2NTHA 4W58A 1T8AA 1LGUA 4PJZA 3JR6A 3FA0A 1L66A 3DMZA 4AQNA 3C8SA 192LA 1P7SA 3GULA 1L77A 1L60A 180LA 4I7LA 1G1VA 2F2QA 1DYEA 1QTDA 4YXAC 205LA 1L71A 139LA 2RAYX 3C83A 1L15A 1OVKA 235LA 2IGCA 195LA 143LA 1LWGA 259LA 1C68A 2HULA 1L46A 172LA 1D3NA 1L00A 2ANVA 1KY1A 1L09A 1CV0A 4IAPA 230LA 4W57A 237LA 3G3WA 4ARLA 3SB6A 178LA 1CX7A 1L57A 1L0KA 4YXCA 3HH5A 4DJHA 2L78A 3LZMA 1L24A 182LA 1LGXA 4I7TA 191LA 2B6WA 3G3VA 2B6TA 1C6AA 2RBOA 1G0QA 1L96A 1L98A 1LYGA 3OE9A 109LA 206LA 3HU9A 1P37A 3C81A 1C6DA 1L05A 1L19A 1L21A 3C7ZA 1OVHA 183LA 1P64A 5I14A 2O4WA 149LA 1L10A 1D9WA 2Q9EA 1P5CA 126LA 1CUPA 1KW7A 1I6SA 1L08A 1L44A 1QTCA 1L34A 1G0JA 1C6EA 4I7MA 2OE7X 4EJ4A 107LA 1B6IA 3DN6A 3HT9A 3GUIA 1L62A 131LA 3NY9A 1SX2A 3D4SA 104LA 2B7XA 2LZMA 2RB1X 3VW7A 3DN8A 1PQJA 2B6XA 3HTGA 1L17A 242LA 1L49A 244LA 1XJTA 3HT6A 1CUQA 1CU6A 3DNAA 3SB8A 1K28A 4W54A 2OU0X 1L22A 1G1WA 1KY0A 1JQUA 3HT8A 3C8RA 1G0LA 1QUOA 1XEPA 3HWLA 158LA 1LLHA 251LA 2OEAX 240LA 2F47A 127LA 2RBQA 1L36A 1C67A 1P56A 4I7PA 1CVKA 112LA 1C6PA 1L43A 159LA 200LA 250LA 7LZMA 119LA 1L75A 226LA 129LA 1D2WA 4EKQA 3C7WA 234LA 1L68A 1LYIA 1L32A 1C6TA 4YX7C 4ARQB 145LA 3HH3A 1L18A 1L25A 2HUKA 3C80A 3FI5A 1T8FA 1CV1A 4ARPA 1D2YA 1L14A 210LA 1C62A 175LA 1L33A 258LA 1D3MA 1TLAA 2OU9A 4I7QA 4EKPA 114LA 3GUOA 1L73A 1C6NA 1L88A 3F8VA 2B70A 2OTZX 152LA 1L03A 223LA 2Q9DA 125LA 167LA 257LA 184LA 1L30A 3C82A 111LA 1T6HA 3SB7A 3PBLA 2LCBA 3K2RA 189LA 1LWKA 1L90A 1L51A 3DMVA 1L65A 1L28A 4I7RA 166LA 216LA 1C6GA 3HTFA 1L89A 2HUMA 1ZWNA 4LDLA 1QUGA 3RZEA 3HUQA 1L94A 1L20A 224LA 253LA 3PDSA 1SX7A 3NYAA 1L83A 2B6YA 2LC9A 228LA 2RAZX 1QT3A 1PQDA 213LA 262LA 1L58A 1DYCA 1C6HA 1LI2A 1T97A 1SWZA 1C6MA 151LA 3UONA 4W55A 1L76A 4ARMB 3HDEA 4EPIA 1L84A 168LA 3DN0A 1G06A 163LA 1EPYA 3C7YA 3OE8A 2B73A 1C63A 1QS5A 254LA 2RBRA 3SBBC 4I7JA 188LA 197LA 1PQMA 3DKEX 1LYDA 141LA 1L31A 1L97A 247LA 3CDVA 1L06A 243LA 1LI3A 1L47A 238LA 1G0MA 3F9LA 1DYDA 1L99A 1CU2A 1QT8A 190LA 186LA 2RBSA 3GUKA 1L82A 1L27A 4DAJA 160LA 1L41A 2OU8A 4EKSA 1L04A 1L70A 1L0JA 4W52A 3CDRA 181LA 215LA 4W56A 3HT7A 113LA 1P2RA 2NTGA 1G07A 1C64A 3C8QA 165LA 1L01A 4LDOA 1C61A 162LA 1L39A 245LA 236LA 1SSWA 1C69A 1L42A 4EPFA 1CU5A 239LA 209LA 156LA 1L63A 1NHBA 1T8GA 219LA 2CUUA 3EMLA 3SN6R 3CDTA 220LA 2A4TA 147LA 199LA 1LI6A 4ARJA 1L92A 233LA 1P36A 1C6BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GRVA 5L9JA 1KIRC 4H94A 232LA 2HUBA 3NY8A 169LA 1CU0A 4H93A 1QS9A 4LYCA 3LZ2A 1G7HC 1LW9A 2OTYX 1IWTA 1P6YA 4DYGA 1V7TA 1PQOA 4G4BA 4XADA 4XYYA 1L38A 1D6PA 5APEA 4YM8A 1QUTA 1DKJA 4RW1A 4G4CA 260LA 1QDTA 1CV5A 1C6LA 3WU8A 155LA 1GBYA 3VWOA 5E9RA 1IX0A 4NHIA 148LE 4NSIA 2ANXA 3TMUA 1CV6A 4W53A 4PK0A 1LPYA 1IC5Y 3B0IA 4MR1A 2HTXA 1IP5A 1L95A 4ARQA 1DI4A 2G4QA 4WM5A 1L72A 4I7KA 2ZYPA 1GHLA 1L23A 1LPIA 3TXBA 2Z37A 4NGWA 1P2LA 3CDOA 2MEBA 1QT6A 1C45A 2LYZA 3HBEX 4N1CC 222LA 3AB6A 176LA 123LA 5FELA 1C46A 4H8XA 1GFJA 1KS3A 3WVYA 4QEQA 5KXOA 1QSQA 2RB0X 1GEZA 3RU5A 1HELA 4WO9A 4GLVA 4Z3MA 1L87A 5A3EA 218LA 3V2WA 211LA 249LA 4NWHA 1F6RA 208LA 2RB2X 164LA 122LA 130LA 3EXDA 4KPMA 1YL1X 3RZ4A 102LA 4II8A 5KXTA 5HNLA 4ARMA 1B9OA 1A2YC 1YILA 4I7OA 1HMKA 3AYQA 3D9AC 4YOPA 1B5WA 1GBZA 1GXXA 5L3HA 1OWYA 3G3AB 2X0AA 1F0WA 1B7OA 2VB1A 2OE9X 4NGZA 5F14A 4QY9A 1HEMA 4NHSA 3HDFA 5KKIA 1CKCA 1PQIA 5HMJA 1QTHA 248LA 2XTHA 4S0WA 2W1YA 1GF3A 3HTBA 4ZIXA 1JTMA 1QT7A 1OP9B 1IY3A 1QTBA 1GEVA 2B74A 1JTOL 3WMKA 4DT3A 5JENB 4W58A 1T8AA 1JITA 5IDDA 3JR6A 4NHTA 1L66A 1YROA 4QDNA 4AQNA 3C8SA 1AZFA 3GULA 1D9UA 3A96A 4TSBA 1FLQA 5M1YA 1L60A 1YANA 4I7LA 1BQLY 2LHMA 2F2NA 4YXAC 1DYEA 1JKAA 3W6BA 143LA 5LVKA 1LWGA 1B7LA 1H87A 3WW5A 3WL2A 4OWCA 1LZSA 1LYSA 207LA 3IWRA 1CV0A 230LA 4ARLA 1LJNA 2ZWBA 1B7NA 3ZVQB 4UWNA 4J1AA 4WMGA 1JKBA 1LSEA 182LA 2B6WA 4HV2A 1L98A 1OQMA 1LYGA 4U3XB 2W1LA 206LA 1P37A 1C6DA 1OUDA 1GE3A 3C7ZA 1OVHA 183LA 4B4IA 2O4WA 2YSSC 1CUPA 1KW7A 4O34A 4WM4A 4RLNA 1GFAA 5I4XA 3AZ6A 1LSAA 1BVXA 3NY9A 1SX2A 3QNGA 3D4SA 2EKSC 3WPJA 2B6XA 242LA 5II3A 1L49A 1XJTA 1BB6A 1LHMA 1LZ9A 4NG1A 4W54A 3FE0A 4LT3A 5FSTA 4H9IA 1L22A 4GN3A 4LYBA 3HT8A 4LT0A 2F47A 2NWDX 5K7OA 1EQEA 2F4AA 2RBQA 3WVXA 1C67A 4W94A 1NHEA 1TDYA 1T3PA 2YBJA 1LZ6A 3C7WA 1NMMA 1GB3A 4LZTA 1L32A 2YVBA 4YX7C 4NGLA 1L18A 3FI5A 4HSFA 2CJLA 4MSTA 1BWJA 3A93A 1UCOA 4B4JA 1UIGA 1XGPC 1AM7A 1VDSA 1L03A 1AT6A 1TBYA 2LCBA 2XQOA 2BQDA 1QSWA 3N9EA 1L51A 1UIAA 5DM9A 3HTFA 1LHIA 1UIHA 1L89A 2IHLA 1REZA 2D4IA 1IWZA 2HEAA 1LJFA 3HUQA 1GB2A 1SX7A 4B0DA 1IWYA 1IWWA 1LMTA 1PQDA 2DQHY 4BAPA 5F9UA 1C6HA 1LJJA 4ML7A 1KIQC 3A8ZA 3W3EA 4HTQA 1C6MA 4IJ4A 5F9XA 5HLLA 151LA 1FDLY 3UONA 5DL9A 3HDEA 1L84A 4WO6A 168LA 2YBIA 3DN0A 1G06A 163LA 3C7YA 3OE8A 4NHQA 2B73A 2Z39A 4PRQA 2D4KA 1KXWA 188LA 197LA 4H9FA 1YKYX 1I56A 1IP1A 1PQMA 3DKEX 141LA 1L31A 1L97A 1LJHA 1LYDA 3WUMA 3TXHA 3P66A 238LA 1CU2A 1QT8A 1FBIX 1L27A 4WLYA 160LA 2OU8A 1XGUC 2D4JA 4W52A 5LVHA 3HT7A 1G07A 1LZ1A 2F4GA 1LMPA 3CSRA 2LZTA 1BB3A 1LSNA 1L39A 1LJEA 1FLWA 5KXZA 4YF2A 1FLUA 4EPFA 239LA 1YAQA 5HQ1A 209LA 156LA 2CUUA 1CJ6A 3CDTA 1D0MA 147LA 4B1AA 4YENA 2D6BA 3P68A 1IEEA 1B5YA 2F32A 2EIZC 1TCYA 1LZCA 3L64A 1CJ9A 3W6DA 3J4GA 1IP3A 2ZNWY 2AUBA 2QB0B 1TEWA 1QSBA 138LA 5LA5A 1KXYA 1L12A 1LYFA 1LHHA 3GUJA 5F16A 1WTHA 1NWGA 3EMSA 2Z2EA 1L52A 2MEIA 1GFGA 201LA 3A3RX 1G0GA 3MGWA 2YDGA 3TXJA 1XGRC 1OWZA 1NBZC 217LA 3ATNA 4LYOA 2B72A 1GD6A 3GUMA 115LA 3V2YA 3HH4A 4WLTA 1IC4Y 2RBPA 1LSBA 1CV4A 1LHLA 1CV3A 4EXMA 5DLAA 1HHLA 4LYMA 1L86A 2ZNXY 4KL7A 5APCA 1GFVA 1IWUA 4HPIA 1DPWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4GRV A;  5L9J A;  1KIR C;  4H94 A;  232L A;  2HUB A;  3NY8 A;  169L A;  1CU0 A;  4H93 A;  1QS9 A;  4LYC A;  3LZ2 A;  1G7H C;  1LW9 A;  2OTY X;  1IWT A;  1P6Y A;  4DYG A;  1V7T A;  1PQO A;  4G4B A;  4XAD A;  4XYY A;  1L38 A;  1D6P A;  5APE A;  4YM8 A;  1QUT A;  1DKJ A;  4RW1 A;  4G4C A;  260L A;  1QDT A;  1CV5 A;  1C6L A;  3WU8 A;  155L A;  1GBY A;  3VWO A;  5E9R A;  1IX0 A;  4NHI A;  148L E;  4NSI A;  2ANX A;  3TMU A;  1CV6 A;  4W53 A;  4PK0 A;  1LPY A;  1IC5 Y;  3B0I A;  4MR1 A;  2HTX A;  1IP5 A;  1L95 A;  4ARQ A;  1DI4 A;  2G4Q A;  4WM5 A;  1L72 A;  4I7K A;  2ZYP A;  1GHL A;  1L23 A;  1LPI A;  3TXB A;  2Z37 A;  4NGW A;  1P2L A;  3CDO A;  2MEB A;  1QT6 A;  1C45 A;  2LYZ A;  3HBE X;  4N1C C;  222L A;  3AB6 A;  176L A;  123L A;  5FEL A;  1C46 A;  4H8X A;  1GFJ A;  1KS3 A;  3WVY A;  4QEQ A;  5KXO A;  1QSQ A;  2RB0 X;  1GEZ A;  3RU5 A;  1HEL A;  4WO9 A;  4GLV A;  4Z3M A;  1L87 A;  5A3E A;  218L A;  3V2W A;  211L A;  249L A;  4NWH A;  1F6R A;  208L A;  2RB2 X;  164L A;  122L A;  130L A;  3EXD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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