1DYDA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAALNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dydA00
1C6DA 1L41A 1L0KA 144LA 1OWYA 2B75A 3L2XA 1L38A 1DYFA 1QTHA 1L58A 1QUOA 184LA 2Q9EA 2QB0B 235LA 3DN8A 1D9WA 1L10A 3GUKA 3HH6A 1L11A 4IAPA 3HT9A 1B6IA 3HH5A 3OE6A 1OVJA 4YXCA 4DJHA 1PQOA 1L06A 1CU0A 1L16A 1L36A 142LA 3NY9A 2NTHA 223LA 4YXAC 257LA 115LA 107LA 3SBBC 216LA 1LYFA 213LA 2RB0X 3HTGA 1L23A 1LW9A 1SWZA 1L92A 1T97A 3GUJA 1L89A 245LA 3HTDA 1L84A 3GUPA 172LA 1LI6A 4I7SA 1P6YA 1P64A 3HU9A 143LA 1L45A 4DAJA 1L27A 1P7SA 1QTVA 3C83A 2OTYX 1KY0A 1G1VA 1L17A 3CDQA 1L53A 3OE0A 1L48A 2B7XA 1DYGA 2B6WA 4E97A 1L42A 3C8QA 1DYBA 1D2YA 169LA 4PK0A 113LA 1PQIA 1L76A 1QT5A 1G0KA 222LA 3SB5A 231LA 3HT6A 1SSYA 171LA 220LA 3DMVA 1P56A 2ANVA 3CDRA 3F9LA 3G3WA 151LA 227LA 3OE9A 1L35A 1QUDA 259LA 206LA 2OTZX 3HTFA 1L50A 1DYAA 181LA 112LA 120LA 147LA 157LA 161LA 3PBLA 131LA 199LA 3VW7A 1KW5A 3OE8A 1JQUA 1L02A 198LA 162LA 1SSWA 1L94A 247LA 1L74A 1G07A 258LA 1C6PA 3F8VA 180LA 212LA 1LGWA 1L34A 2ANXA 1L14A 129LA 3NYAA 4I7LA 3NY8A 1L87A 1L44A 187LA 1D3NA 1L57A 1LYGA 1CU2A 4W58A 190LA 1LYEA 1T6HA 1CV5A 3JR6A 3HH3A 1PQKA 1L90A 3GULA 3ODUA 1C6MA 3FA0A 221LA 2B70A 2RBQA 3C8SA 4W53A 224LA 4EKSA 246LA 1LWKA 1DYEA 4ARLA 1G1WA 196LA 4I7PA 103LA 238LA 3HUAA 1C68A 1L59A 146LA 4I7NA 1L29A 4W56A 250LA 1KNIA 3SB6A 1SWYA 4EKPA 1C6IA 1L04A 3DN3A 1QSBA 1C63A 4EKQA 228LA 3HWLA 1PQDA 4ARPA 3DMXA 3V2WA 233LA 4ZPUA 1LYDA 2RAYX 160LA 3C80A 1QUGA 1CV6A 1LYHA 1P5CA 3DN1A 2B6XA 1L68A 2RBSA 3SB7A 192LA 4K5YA 3CDVA 1C6AA 3GUNA 170LA 4EKRA 2RAZX 244LA 1XJUA 3SBAA 1C61A 1CUQA 3GUIA 141LA 253LA 1LPYA 2OU8A 1L69A 3FI5A 4ARMA 1CX6A 1P37A 1L24A 114LA 167LA 1KY1A 2B72A 1OYUA 1C6TA 1L26A 1LYJA 1C64A 2RH1A 1PQMA 1C60A 249LA 2F47A 4W51A 4ARMB 4I7OA 4LDEA 3CDTA 1LLHA 4EXMA 4S0WA 1I6SA 1KS3A 1L95A 2OE7X 1CV0A 138LA 1D3MA 1QSQA 261LA 3L64A 1L31A 4EPIA 186LA 4LDOA 1L20A 1L66A 191LA 1QTDA 4W55A 3HT7A 214LA 3GUOA 2B73A 182LA 4I7TA 3RUNA 1ZYTA 1L40A 4W54A 1C6LA 1D3JA 1L72A 1L86A 3DMZA 226LA 1L15A 2HULA 232LA 1L51A 3HH4A 1C6CA 2F2QA 122LA 2O4WA 2Z6BA 3GUMA 164LA 104LA 3C7WA 1T8FA 2QARC 1CV3A 140LA 1L71A 1L33A 1P46A 1QS9A 3QAKA 4ARJA 200LA 126LA 1K28A 1C6BA 1L30A 1L18A 102LA 1L08A 2F32A 237LA 1CX7A 1L21A 219LA 2IGCA 1C6QA 1L0JA 1LI2A 1C66A 1L03A 236LA 2O79A 3PDSA 240LA 1L75A 2RBNA 3FADA 234LA 185LA 2OU0X 165LA 128LA 1C65A 1G06A 1L62A 1OV5A 4I7KA 174LA 3DNAA 119LA 1L88A 1QUHA 159LA 1C6GA 1C62A 4W57A 1CVKA 1L46A 2RBPA 148LE 125LA 1L55A 2RBRA 3HUKA 175LA 3DN2A 1G0QA 2RB2X 123LA 1L52A 173LA 1QTCA 2HUKA 2A4TA 1QT7A 1L01A 1L07A 1CV1A 1WTHA 152LA 1LYIA 3RZEA 3HDEA 1L25A 248LA 1JTMA 4W59A 195LA 4AQNA 1DYCA 1CU3A 1L65A 1L12A 3HTBA 1EPYA 110LA 1QT8A 2OE4X 1L98A 256LA 1LGUA 1L61A 1LWGA 1OV7A 3C7YA 1QT4A 1G0GA 1L28A 1L91A 1D2WA 1G0JA 1L93A 1L97A 3C81A 1L60A 1PQJA 2B74A 2B6YA 1L05A 130LA 262LA 1P2RA 1L22A 155LA 1SX7A 4LZMA 4DKLA 1KW7A 2LZMA 1L85A 1OWZA 1C6KA 168LA 225LA 2L78A 3EMLA 2HUMA 1QS5A 210LA 1QTZA 2RBOA 2OEAX 1CUPA 109LA 1L39A 1ZURA 1L77A 3K2RA 2B6ZA 4EJ4A 177LA 1P2LA 6LZMA 1L83A 1LI3A 4I7QA 242LA 1L67A 2NTGA 5LZMA 254LA 1NHBA 1L64A 2OU9A 4OO9A 1SX2A 1T8GA 2LC9A 127LA 1G0LA 1C6NA 4EPFA 230LA 2RB1X 3HDFA 1C69A 215LA 1L00A 1C67A 1CU5A 3HU8A 1C6FA 1L80A 241LA 1L70A 252LA 1C6HA 149LA 4GBRB 1P3NA 137LA 1G0MA 158LA 2LCBA 3SB8A 4I7RA 1LGXA 188LA 108LA 1P36A 1L49A 1L79A 1QT3A 1T8AA 118LA 4GRVA 2O7AA 217LA 3D4SA 1L19A 1ZWNA 1L73A 1L96A 1CU6A 3UONA 1XJTA 145LA 183LA 3DN4A 260LA 251LA 3LZMA 3C7ZA 1L47A 1L56A 7LZMA 1L32A 1DYDA 243LA 4W52A 1QT6A 1C6JA 156LA 1TLAA 3HT8A 150LA 1QTBA 166LA 1D3FA 1L81A 1C6EA 209LA 211LA 205LA 3C8RA 5I14A 2B6TA 4I7MA 3DN0A 1L63A 1L09A 3V2YA 3DKEX 1OVHA 1CTWA 1L37A 1G0PA 2OE9X 1L43A 2Q9DA 3C82A 3HUQA 3CDOA 3SB9A 178LA 1L13A 1XEPA 176LA 1OVKA 111LA 239LA 3G3XA 4LDLA 3DN6A 4ARQA 1JTNA 201LA 4PJZA 1CV4A 1L99A 139LA 4I7JA 3SN6R 197LA 189LA 163LA 4ARQB 229LA 4YX7C 1L54A 2CUUA 3G3VA 255LA 218LA 1L82A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L41A 2B75A 1L38A 1DYFA 1ZVHL 1QTHA 184LA 3A3QA 1D9WA 2DBTA 1L11A 4GLVA 5LVHA 1OQMA 1CU0A 1L16A 142LA 4R0FA 3W3EA 1GF7A 2NTHA 1YAOA 223LA 4YXAC 107LA 4LYCA 216LA 2FBBA 1WQRA 4HTQA 1LW9A 1SWZA 1L92A 1T97A 4GCCA 1J1OY 2EKSC 1L84A 1B5UA 1QIOA 3CT5A 1IP6A 3HBDA 3TXJA 1P6YA 4WLXA 1NMMA 143LA 1XSFA 1B7SA 2LZTA 1IWVA 1L17A 3CDQA 4GCEA 1L48A 2B7XA 4H92A 4Z98A 1CKFA 2Z12A 1V7TA 1LSMA 169LA 113LA 1KXWA 4I0CA 1G0KA 222LA 2BQKA 4H9FA 220LA 3QNGA 1L35A 259LA 2F4GA 3HTFA 3EMSA 2BQLA 181LA 5HMJA 3AZ7A 147LA 1NF5A 5LA5A 161LA 3PBLA 1P2CC 1LZ6A 1SSWA 4TUNA 1C6PA 3F8VA 180LA 4GCDA 212LA 1B9OA 129LA 3WL2A 1INUA 3NY8A 1L87A 3A6BY 5K7OA 1DQJC 1L44A 4BS7A 1G7IC 1G7HC 1LJKA 2BQEA 1IP2A 1LYEA 1CV5A 4H8YA 4J1AA 3LYZA 2B70A 3C8SA 1XGPC 2Z38A 1UIDA 2D4KA 1LWKA 1LYYA 4AXTA 1GFUA 1G1WA 2FYCA 3D3DA 3HUAA 3AYQA 1C68A 1L59A 146LA 1F0WA 1IOTA 250LA 1L04A 3DN3A 1FDLY 4EKQA 3HWLA 1LSCA 4ARPA 1B5ZA 5LVKA 1GB7A 5I54A 3AGHA 2RAYX 2D6BA 3M3UA 1CV6A 1LYHA 4NGZA 4OWBA 1LYSA 3P65A 4K5YA 1BWHA 3GUNA 170LA 1XJUA 3RU5A 3GUIA 141LA 3J4GA 1CJ9A 3P64A 5L3IA 3FI5A 1FKVA 1LSGA 4I8SA 4DQ5A 4KXIA 4R6CA 5LYTA 3GXRA 5A3EA 5II3A 2RH1A 4NHTA 2F47A 1C60A 4I7OA 4EXMA 1NQIA 2ZYCA 1GWDA 1CV0A 4N1CC 261LA 4ZFPA 1REXA 4EPIA 1L20A 5FHWA 1SLYA 3HT7A 182LA 5KXZA 5E4PA 3RUNA 1ZYTA 4W54A 1QDTA 3M18B 1V7SA 2F30A 1L15A 5AMYA 232LA 2YBJA 4XJDA 1D9UA 5HQ1A 2F2QA 5I4XA 3GUMA 2O4WA 4OW1A 4PRUA 2H9KA 3N9CA 1IY4A 5C6JA 1QQYA 3AZ5A 4WLYA 140LA 1LZSA 3A92A 4ARJA 3W6EA 4GN3A 1QTKA 4GCFA 9LYZA 1CX7A 4OWHA 4GLAA 3B0IA 3WXTA 219LA 3A90A 1C6QA 5LYZA 5IDDA 2CJLA 1DI3A 4H9EA 2O79A 1B5XA 2RBNA 234LA 3WPLA 1C08C 1G06A 4WM5A 2W1LA 174LA 4H93A 1L88A 4N8ZA 2DQFC 1KIQC 4YF2A 1DI5A 1L46A 2RBPA 148LE 1L55A 1BGIA 2Z2FA 4IASA 3DN2A 1L52A 173LA 2VB1A 3RZ4A 4NHQA 4C5FA 1CV1A 1WTHA 2DQGY 2EPEA 1NKHA 3HDEA 4PJ2C 1IP3A 1IWXA 1CKGA 1JTMA 4W59A 1DYCA 4NWEA 1L12A 2F4AA 4KPMA 4ET9A 1QT8A 1L98A 256LA 4CHXA 4BADA 1OV7A 3C7YA 1D2WA 3C81A 1PQJA 1L05A 1KIRC 1L22A 1I20A 5LINA 2WARA 1SX7A 4LZMA 1VEDA 1OUFA 1JIYA 1C6KA 3AW7A 3EMLA 1HFXA 210LA 2RBOA 1WQQA 109LA 2GV0A 2DQIY 1JTPL 1P2LA 1IX0A 1GF0A 242LA 2NTGA 254LA 1RE2A 1L64A 4HP0A 1H6MA 4NSGA 1SX2A 1T8GA 2LC9A 1IWTA 4A7DA 1LZBA 2D4IA 1J1PY 1CU5A 3HU8A 241LA 1P3NA 3CSQA 2DQEY 3SB8A 188LA 1P36A 3OK0A 1C10A 2O7AA 1CJ8A 1GF9A 5KKIA 1WQOA 1ZWNA 4IATA 207LA 1AKIA 3CSRA 3DN4A 260LA 4H94A 1OUGA 7LZMA 4ANRA 1AT6A 3A91A 1JKDA 1ZMYL 3HT8A 1D3FA 1L81A 1C6EA 205LA 2LYOA 1GHLA 4GCBA 3DN0A 1L09A 5A3ZA 1OVHA 1GPQC 1F10A 1G0PA 3C82A 3CDOA 1LZEA 178LA 4M6DA 5B05A 1XEPA 111LA 1I1ZA 3WU9A 1B7RA 1YL1X 5IHGA 1JTNA 4PJZA 1D6QA 3TXKA 1D0MA 1UIBA 1GDXA 4LYMA 5KJ9A 2CUUA 4OWAA 255LA 5APDA 3L2XA 1HENA 4H91A 2YDGA 1L58A 2QB0B 3ZEKA 3DN8A 3LYTA 1LSEA 1B6IA 4OWEA 4DDCA 1WQMA 2Z37A 5KKJA 4TX7A 3IWRA 1L36A 3B0OA 2I25L 1F6RA 3W6CA 3B6LA 257LA 1LYFA 213LA 2A7FA 3HTGA 1G7LC 1IOSA 3EBAB 1QUSA 4TSBA 1LSYA 133LA 1E8LA 4M4OA 2MEFA 172LA 3A67Y 4I7SA 4NG8A 3HU9A 1IP7A 4LFXA 2YSSC 2LZ2A 1L45A 2AUBA 1YL0X 1P7SA 4NY5A 1G1VA 1LHLA 1LAAA 3EO5A 1KXXA 3TMWA 1DYGA 1BHZA 3TXGA 2MEAA 1GD6A 4H9AA 4LT3A 4OOTA 1DYBA 5LXWA 5L9JA 1C46A 1QT5A 1RFPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L41 A;  2B75 A;  1L38 A;  1DYF A;  1ZVH L;  1QTH A;  184L A;  3A3Q A;  1D9W A;  2DBT A;  1L11 A;  4GLV A;  5LVH A;  1OQM A;  1CU0 A;  1L16 A;  142L A;  4R0F A;  3W3E A;  1GF7 A;  2NTH A;  1YAO A;  223L A;  4YXA C;  107L A;  4LYC A;  216L A;  2FBB A;  1WQR A;  4HTQ A;  1LW9 A;  1SWZ A;  1L92 A;  1T97 A;  4GCC A;  1J1O Y;  2EKS C;  1L84 A;  1B5U A;  1QIO A;  3CT5 A;  1IP6 A;  3HBD A;  3TXJ A;  1P6Y A;  4WLX A;  1NMM A;  143L A;  1XSF A;  1B7S A;  2LZT A;  1IWV A;  1L17 A;  3CDQ A;  4GCE A;  1L48 A;  2B7X A;  4H92 A;  4Z98 A;  1CKF A;  2Z12 A;  1V7T A;  1LSM A;  169L A;  113L A;  1KXW A;  4I0C A;  1G0K A;  222L A;  2BQK A;  4H9F A;  220L A;  3QNG A;  1L35 A;  259L A;  2F4G A;  3HTF A;  3EMS A;  2BQL A;  181L A;  5HMJ A;  3AZ7 A;  147L A;  1NF5 A;  5LA5 A;  161L A;  3PBL A;  1P2C C;  1LZ6 A;  1SSW A;  4TUN A;  1C6P A;  3F8V A;  180L A;  4GCD A;  212L A;  1B9O A;  129L A;  3WL2 A;  1INU A;  3NY8 A;  1L87 A;  3A6B Y;  5K7O A;  1DQJ C;  1L44 A;  4BS7 A;  1G7I C;  1G7H C;  1LJK A;  2BQE A;  1IP2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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