1C6BA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l133a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6bA00
3CDQA 182LA 1SSWA 3C82A 1L04A 183LA 4ARQA 2RB0X 1LW9A 229LA 1L20A 1L86A 141LA 3RUNA 1L03A 1L29A 1OV5A 188LA 137LA 1D3FA 1LI6A 1K28A 1L09A 1QUOA 109LA 1QUDA 4W51A 187LA 1L44A 1CU0A 3D4SA 3HH5A 4GRVA 1LYDA 248LA 4ARJA 221LA 143LA 201LA 2B6YA 3C7WA 1QT7A 176LA 1D9WA 1L80A 1L37A 3ODUA 130LA 212LA 1OWYA 1L91A 2RBSA 4ARQB 2B75A 1CTWA 1CV4A 1L19A 2B6TA 1LYHA 3G3VA 3HUQA 3C81A 3HH4A 205LA 1XJTA 246LA 1CUPA 2ANVA 1L43A 185LA 1T97A 1KW5A 3DN8A 3GUOA 127LA 2RB1X 1T8FA 3SB5A 118LA 235LA 211LA 1L98A 1G06A 1QS9A 4IAPA 3GUPA 3OE6A 128LA 3HH6A 1P56A 122LA 190LA 3DMVA 1L46A 2OTYX 1KY1A 152LA 209LA 3VW7A 1L53A 230LA 236LA 1SWZA 250LA 3CDRA 3HTBA 1CVKA 3SB8A 3GUIA 7LZMA 1L52A 1L0JA 4W59A 4PJZA 165LA 1L34A 1C6LA 5I14A 2B6XA 3GUNA 1D2YA 3DN2A 1CU5A 1QS5A 3PBLA 1C6EA 1L18A 1C6TA 1L88A 192LA 1L48A 2A4TA 1L21A 1LI3A 3SN6R 218LA 110LA 2RAYX 3DMXA 1QUHA 214LA 3G3WA 1OWZA 2OE9X 4AQNA 1KS3A 1L81A 144LA 1ZYTA 1L75A 1CU2A 1LWKA 2NTGA 3HT8A 1L42A 1L82A 3K2RA 1L31A 1L33A 1LI2A 5LZMA 3SB9A 1L35A 1LYJA 3QAKA 1L99A 4EKQA 173LA 1QTVA 3C7YA 1C68A 120LA 1OV7A 3FADA 1C65A 3OE9A 3DNAA 244LA 4I7NA 119LA 155LA 3RZEA 1SX7A 2F2QA 160LA 1CV5A 3DN1A 4LZMA 1PQKA 1L79A 148LE 3GUJA 258LA 1C6FA 240LA 3DN0A 1G07A 226LA 1JQUA 4I7TA 1L62A 3JR6A 2B74A 1XEPA 3NY9A 4I7LA 1L66A 177LA 1L93A 1L00A 159LA 1C6JA 1C60A 175LA 2O79A 1L38A 241LA 3HT9A 2RBPA 1L54A 3L2XA 125LA 1CX6A 172LA 140LA 4DJHA 151LA 4I7KA 2B70A 4W56A 1L23A 1LGWA 1P5CA 2LZMA 2HUMA 3NYAA 210LA 1L87A 2B7XA 1L12A 1L11A 2F32A 191LA 3V2YA 1L85A 3HUAA 2CUUA 4ZPUA 1L28A 199LA 1G0LA 1L92A 142LA 1C64A 233LA 1L10A 4EPFA 4OO9A 220LA 1L59A 163LA 2QB0B 1LYEA 1QT4A 1L58A 1L22A 1C6IA 1OYUA 3DKEX 1LGXA 1LGUA 4W53A 4W55A 3DMZA 2RBOA 2RB2X 6LZMA 1PQDA 1KW7A 157LA 239LA 114LA 1L0KA 4YX7C 1L56A 249LA 3C8SA 1P46A 228LA 3HDEA 1P6YA 206LA 3V2WA 3CDOA 1L39A 1P3NA 164LA 1SSYA 3FA0A 113LA 1L49A 1SX2A 2B6WA 1CU6A 3EMLA 1WTHA 2B6ZA 1G0QA 1L95A 259LA 1LYFA 1C6HA 2HUKA 3F9LA 4ARLA 3C8RA 2OU9A 1PQIA 4EPIA 2B72A 3F8VA 200LA 138LA 2OU8A 196LA 1T6HA 215LA 1QTHA 2RBNA 131LA 1QTCA 1DYBA 4EJ4A 1L14A 178LA 242LA 162LA 1L16A 103LA 4EXMA 1C6CA 166LA 1L97A 238LA 4I7JA 1DYAA 1L27A 169LA 4W54A 4DAJA 1C6DA 1C6QA 1P36A 243LA 195LA 2OE7X 1G0GA 4I7PA 1CUQA 1B6IA 1L57A 174LA 1QSBA 2Q9DA 4I7QA 1PQMA 1C6MA 123LA 149LA 1L89A 1L94A 1L41A 1P7SA 1JTMA 1T8GA 3DN4A 1DYEA 3PDSA 1P37A 225LA 1KNIA 158LA 1CV0A 2OE4X 139LA 2RH1A 4I7RA 1LYIA 171LA 3SB7A 1XJUA 245LA 4DKLA 1L73A 1L83A 1L72A 3HT7A 234LA 3DN3A 1C67A 2OTZX 1G0PA 1CV3A 1C62A 1L32A 256LA 1DYDA 112LA 1L40A 147LA 1L25A 1LYGA 4W58A 3GUKA 1LLHA 1ZWNA 1QT5A 189LA 1QT6A 1D2WA 223LA 1TLAA 168LA 1L76A 2RBQA 3DN6A 1L60A 3C83A 224LA 1L64A 213LA 237LA 3HDFA 2LCBA 1LPYA 197LA 1C66A 4E97A 1QTBA 181LA 161LA 1L47A 2B73A 3SBAA 2OU0X 1OVHA 1C61A 232LA 4ARMA 222LA 1L26A 1DYFA 3C80A 1CU3A 108LA 217LA 3OE8A 3SBBC 1L17A 1CV6A 186LA 1D3JA 1L77A 1L24A 107LA 150LA 262LA 2QARC 3HU8A 4ARPA 198LA 1OVJA 1L01A 2O4WA 1L70A 254LA 1JTNA 1P2LA 252LA 1C6KA 2ANXA 156LA 255LA 3SB6A 1C6NA 2IGCA 4ARMB 1G1VA 4GBRB 2F47A 4EKPA 1G0JA 3CDTA 1L02A 4EKRA 3HT6A 1P64A 184LA 167LA 1C6GA 1L61A 1G0KA 1EPYA 1QUGA 3HTGA 1NHBA 3GULA 1DYGA 3HU9A 4I7OA 257LA 4LDLA 247LA 3CDVA 1L69A 3G3XA 2L78A 3GUMA 3NY8A 219LA 3C7ZA 2LC9A 1L05A 1L50A 1ZURA 4W52A 2NTHA 1L84A 3C8QA 227LA 2O7AA 1P2RA 2RAZX 104LA 251LA 1C6AA 1QT8A 2Q9EA 1L13A 3HTDA 4YXAC 1L45A 1KY0A 1L90A 146LA 1CX7A 1C6PA 1L51A 1D3NA 1LWGA 3HH3A 1L67A 260LA 1L36A 231LA 3UONA 1L71A 1QTZA 1L96A 1L07A 102LA 4K5YA 1L74A 1L15A 1L65A 126LA 1D3MA 2OEAX 4W57A 216LA 1L30A 170LA 261LA 4LDEA 1L06A 1CV1A 253LA 1OVKA 3L64A 2HULA 3HUKA 3OE0A 4S0WA 4PK0A 111LA 1QSQA 1SWYA 1C69A 3HWLA 1QTDA 1G0MA 1DYCA 115LA 1L68A 1PQOA 1QT3A 4I7MA 1G1WA 129LA 180LA 145LA 3LZMA 1L08A 4EKSA 1PQJA 1C6BA 4YXCA 2RBRA 2Z6BA 1L55A 1T8AA 4LDOA 3FI5A 4I7SA 1I6SA 1L63A 1C63A 3HTFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L04A 1REYA 2RB0X 1LW9A 1L86A 141LA 3A67Y 4OOOA 4IATA 1GFKA 3AJNA 4KT3A 1NQIA 1QUOA 109LA 1JKBA 2Z38A 187LA 3WULA 4I8SA 1LYDA 4J1AA 5DM9A 221LA 1IWZA 4D9ZA 5C6JA 1GFEA 3E3DA 1L80A 5DLAA 1L37A 4NGYA 2Q0MX 1OWYA 4ARQB 2B75A 1CV4A 3LYZA 1LYHA 5K7OA 2H9KA 2HEDA 207LA 2BLXA 1UIAA 127LA 3AYQA 1T8FA 1NBZC 235LA 2CDSA 1NDGC 1GB0A 1VEDA 3W6DA 128LA 5D5CA 3DMVA 5FDJA 1L46A 3A6CY 5F9UA 1IIZA 1L53A 230LA 3SB8A 1SWZA 3CDRA 7LZMA 2BAAA 4N8ZA 1L52A 1GF9A 2W1YA 2B6XA 4GN3A 1C45A 4J7VA 1UIEA 2H9JA 1OQMA 1JJ0A 4NSGA 5LA5A 4RW1A 218LA 1CKFA 1OWZA 4G49A 144LA 4J0LA 1L75A 2D6BA 2NTGA 1L42A 1AM7A 1LI2A 1ZMYL 2YBLA 5LZMA 3SB9A 4B49A 3QAKA 3P68A 1BWJA 173LA 4NHIA 2HEAA 3AGIA 4XJHA 3FADA 4TTDA 2I6ZA 1HHLA 155LA 5HNLA 1XEIA 160LA 1CV5A 3DN1A 1L79A 1B5ZA 4WO6A 5FELA 1HEPA 2ZYCA 1JTPL 1C6FA 1G07A 4RW2A 3B0OA 1JQUA 2B74A 4WLDA 1XEPA 3MGWA 3HBDA 1L66A 1L93A 1L38A 241LA 4H9CA 4DDCA 125LA 1YKXX 4H1PA 2MEHA 210LA 1GEZA 3T6UA 1JEFA 1B7MA 3HUAA 1LMOA 3B0IA 1LJ3A 1L28A 1UCOA 2F2NA 199LA 1G0LA 1NDMC 5HMVA 1L10A 220LA 1NHEA 3W6AA 5KY1A 1JTOL 4W55A 3LYOA 1VFBC 1IEEA 1J1PY 3AW7A 1LYOA 249LA 1WTNA 1LSNA 3WYHA 4IJ4A 1P46A 1TBYA 5EBHA 1T6VL 4W94A 153LA 5HMJA 4RLMA 5DL9A 4DQ7A 1VDQA 164LA 2EQLA 1BHZA 1JHLA 3FA0A 113LA 3OK0A 4IASA 1L95A 4X3BA 3C8RA 2OU9A 4U3XB 1SQ2L 1PQIA 1HFYA 2WARA 2BQAA 1LZ5A 2RBNA 1GHLA 1JKDA 1WQPA 1IP4A 2IFFY 1B5VA 5LVJA 2W1MA 238LA 1IVMA 4MR1A 1DQJC 3CSZA 4WM3A 1L57A 1IWYA 174LA 1HFZA 1PQMA 1LYZA 1HELA 1L94A 1T8GA 5AMYA 2ZNXY 2OE4X 3EMSA 1GAYA 4NHTA 4WM2A 3A94A 4PPOA 3AB6A 234LA 2DQAA 4H9HA 4OWAA 5FCPA 1C62A 1IOCA 1GAZA 2DQHY 3TXJA 1L25A 2Z39A 1ZWNA 5I4YA 1QT5A 1D2WA 223LA 1TLAA 3QE8A 224LA 213LA 5A3EA 5HQ1A 1LKRA 3HDFA 1HEQA 1FN5A 1GBSA 4XJGA 4YEMA 5M1YA 1C66A 4MCKA 1RI8B 5LIOA 4DD2A 2Z2FA 2DQJY 1JJ3A 222LA 1CU3A 5LYMA 1G7HC 3W6FA 1LZ6A 3OJPA 1CJ7A 262LA 4WL7A 1L01A 3LHMA 1N4FA 1GF8A 5LAGA 3D9AC 1P2LA 1B7RA 255LA 4H90A 1UACY 1QUSA 5HLLA 1G1VA 3WU8A 1L02A 1B7OA 4EKRA 1P64A 135LA 3K3TA 1LSDA 1OUBA 4ETAA 2MEEA 2ZQ4A 1GE1A 1IO5A 3GULA 1IR7A 1DYGA 4LDLA 247LA 3WUMA 1YL1X 1YQVY 5T3FA 3TXEA 3NY8A 219LA 1L05A 2MEBA 3A96A 2O7AA 2Z12A 1V7SA 2Z19A 1JWRA 3HTDA 2ZILA 1XGQC 1L45A 1L90A 5F16A 1L51A 1D3NA 4YOPA 3HH3A 4QY9A 1KIQC 2RSCA 231LA 4BADA 3UONA 1L71A 1B5WA 1VAUA 1HERA 5B1GA 1L07A 102LA 1G7MC 3A6BY 2MEIA 2NWDX 126LA 1XGUC 1L30A 4PJ2C 1CV1A 253LA 2HULA 4S0WA 4Z3MA 4TX7A 1LSBA 2YSSC 2ZIJA 1AT6A 1HF4A 1LMNA 2C8OA 3EBAB 4I0CA 1QTDA 4WLXA 4AXTA 1IP2A 4LFPA 1QT3A 145LA 5LVKA 3FI5A 6LYZA 1ZV5L 1LZDA 1L63A 4N5RA 3A93A 4H93A 1L20A 4DDAA 2XTHA 1L29A 4KPMA 1LYSA 1OV5A 3W3EA 4LYCA 1O23A 4W51A 1L44A 5B06A 3HH5A 2YVBA 4UWNA 1BVXA 4TUNA 248LA 4ETEA 4XYYA 1IWXA 143LA 3C7WA 3W6BA 1LZSA 1LHKA 3TMWA 1D9WA 1P2CC 4ETBA 212LA 5KXMA 1L91A 3WXTA 194LA 5C6LA 1XSFA 3C81A 1C46A 205LA 185LA 2HUBA 1LZAA 2H5ZA 1L98A 3EO5A 4UWVA 1OUHA 4MSTA 4QDNA 4ET8A 3AZ7A 1KY1A 152LA 3VW7A 3HTBA 1A2YC 3GUIA 4TSBA 1UIBA 1QTKA 1XEKA 1L34A 3ZEKA 2A7FA 1RE2A 5I14A 4DYGA 1CU5A 1QS5A 6LYTA 4C3WA 4O34A 1LJ4A 4LYMA 192LA 1LZRA 1A4VA 1FKVA 1IORA 2BQMA 110LA 3DMXA 5FHWA 2OE9X 1L81A 2BQJA 1H87A 1CU2A 4AGAA 4XJDA 1GB8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L04 A;  1REY A;  2RB0 X;  1LW9 A;  1L86 A;  141L A;  3A67 Y;  4OOO A;  4IAT A;  1GFK A;  3AJN A;  4KT3 A;  1NQI A;  1QUO A;  109L A;  1JKB A;  2Z38 A;  187L A;  3WUL A;  4I8S A;  1LYD A;  4J1A A;  5DM9 A;  221L A;  1IWZ A;  4D9Z A;  5C6J A;  1GFE A;  3E3D A;  1L80 A;  5DLA A;  1L37 A;  4NGY A;  2Q0M X;  1OWY A;  4ARQ B;  2B75 A;  1CV4 A;  3LYZ A;  1LYH A;  5K7O A;  2H9K A;  2HED A;  207L A;  2BLX A;  1UIA A;  127L A;  3AYQ A;  1T8F A;  1NBZ C;  235L A;  2CDS A;  1NDG C;  1GB0 A;  1VED A;  3W6D A;  128L A;  5D5C A;  3DMV A;  5FDJ A;  1L46 A;  3A6C Y;  5F9U A;  1IIZ A;  1L53 A;  230L A;  3SB8 A;  1SWZ A;  3CDR A;  7LZM A;  2BAA A;  4N8Z A;  1L52 A;  1GF9 A;  2W1Y A;  2B6X A;  4GN3 A;  1C45 A;  4J7V A;  1UIE A;  2H9J A;  1OQM A;  1JJ0 A;  4NSG A;  5LA5 A;  4RW1 A;  218L A;  1CKF A;  1OWZ A;  4G49 A;  144L A;  4J0L A;  1L75 A;  2D6B A;  2NTG A;  1L42 A;  1AM7 A;  1LI2 A;  1ZMY L;  2YBL A;  5LZM A;  3SB9 A;  4B49 A;  3QAK A;  3P68 A;  1BWJ A;  173L A;  4NHI A;  2HEA A;  3AGI A;  4XJH A;  3FAD A; 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