1LWKA

Multiple methionine substitutions are tolerated in t4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPMYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETRMAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTMRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 42
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lwkA00
1KW7A 1G0QA 1C67A 3DN6A 3DN8A 2OU8A 1L43A 1L30A 4W51A 2B70A 107LA 2B73A 3HWLA 1L06A 254LA 220LA 1C6TA 1QUGA 1L74A 1JTNA 216LA 4W58A 1P2RA 165LA 3K2RA 3PDSA 205LA 3HH3A 1LYEA 4I7QA 3QAKA 4I7PA 211LA 158LA 4EJ4A 2IGCA 110LA 1KW5A 1L29A 1L57A 3HH4A 228LA 4AQNA 1LYJA 200LA 4EKSA 3EMLA 1NHBA 2B6TA 224LA 237LA 1ZURA 256LA 3SBBC 1L89A 3G3XA 1SWYA 1L25A 3F9LA 1L79A 4W57A 1L49A 1L65A 1L60A 248LA 1C6PA 1L62A 109LA 1LYDA 4LDOA 2OE4X 4W53A 1D3MA 127LA 3SB8A 1G1WA 2Z6BA 1DYGA 2OE9X 131LA 144LA 3C7ZA 3VW7A 170LA 250LA 1QTDA 3V2WA 1OWZA 2LC9A 186LA 1L69A 231LA 3NY8A 1L76A 1OV5A 1OWYA 219LA 1L70A 3CDVA 4IAPA 128LA 3FADA 176LA 5I14A 1L08A 159LA 1L85A 1CX7A 1C61A 4EPFA 1L86A 1CUQA 226LA 129LA 1L53A 2QB0B 3HUQA 1LWGA 3HH6A 3DMXA 1SX2A 251LA 1G0KA 247LA 1LYFA 3L64A 1L33A 125LA 1L92A 197LA 221LA 4E97A 1L18A 201LA 1CVKA 2ANVA 246LA 3HUAA 2B6YA 149LA 1L36A 3DN1A 3C83A 178LA 2F47A 1L80A 1CV4A 160LA 1L35A 1QT8A 1JQUA 3HTBA 4GRVA 3HU9A 1L73A 3LZMA 1L95A 4I7RA 3HDFA 1L94A 3JR6A 1QUHA 171LA 252LA 1L34A 1TLAA 3SN6R 1K28A 177LA 1L05A 3NY9A 1QT5A 113LA 1QTBA 1OVJA 2OU9A 3GULA 1XEPA 3DMVA 1L91A 4LZMA 3HDEA 3ODUA 1L0KA 1L84A 4OO9A 1L21A 1QSQA 249LA 2ANXA 3FA0A 1LYGA 4PJZA 1G0MA 111LA 1XJUA 1P36A 2RBQA 4I7NA 1QTZA 1L77A 3C8SA 1CU2A 1G06A 1C6FA 3G3VA 1D3FA 3GUJA 240LA 168LA 1QUOA 102LA 1P2LA 1G0PA 1L28A 2OEAX 233LA 3GUNA 1CTWA 215LA 229LA 4LDEA 190LA 258LA 1L09A 4I7SA 3OE9A 4PK0A 1L40A 1LGUA 1QT6A 1QTHA 4ARQB 1G07A 189LA 2L78A 1L52A 230LA 4YX7C 3HTGA 1QTCA 191LA 1LI3A 1QS9A 1PQDA 1L01A 1L13A 1C6GA 2OU0X 4ARLA 3DKEX 1L82A 1C69A 3V2YA 1C6KA 1KY0A 1D9WA 2B7XA 1L93A 1D2YA 122LA 3CDRA 2RBOA 1L75A 3OE8A 1P6YA 4EKRA 1L55A 1DYBA 3DN2A 115LA 1C68A 223LA 1C65A 1C6JA 255LA 213LA 1QS5A 3HUKA 1T6HA 1L10A 1T8AA 209LA 212LA 3OE0A 1L50A 1L59A 161LA 1CU0A 1PQIA 1KY1A 103LA 1L87A 4W59A 244LA 4ARMB 1L58A 1LGXA 1L32A 4W54A 3SB5A 3C7YA 1L47A 3HTDA 1L90A 1OVHA 1L83A 120LA 1C6BA 1LLHA 4S0WA 1DYCA 1CV1A 166LA 2B6WA 2O79A 1L61A 1D3NA 185LA 1C63A 1QT7A 2B74A 3HTFA 1L14A 210LA 2A4TA 2RAYX 242LA 1L00A 1P46A 245LA 2RB2X 1P64A 1G0GA 1CV6A 156LA 1L12A 1L11A 2O4WA 3CDQA 2B72A 1L22A 1C6CA 4I7TA 1I6SA 1OV7A 169LA 123LA 3D4SA 1C6IA 138LA 1QUDA 3HH5A 4ARPA 1ZYTA 1SX7A 2HUKA 2RBPA 4DJHA 1L42A 196LA 1P37A 164LA 162LA 1CU5A 261LA 235LA 1T8FA 3HT8A 1L15A 114LA 112LA 108LA 141LA 1L31A 3C8RA 218LA 146LA 1QT4A 1DYEA 3OE6A 4I7MA 151LA 173LA 4I7JA 3CDOA 2RAZX 3L2XA 4YXCA 1L66A 195LA 1L37A 3DNAA 119LA 1L16A 7LZMA 2HULA 1L48A 222LA 152LA 1L99A 1LWKA 3DN3A 1L23A 2B75A 1L71A 172LA 1QTVA 1WTHA 1L39A 1L26A 2CUUA 1EPYA 1P3NA 175LA 1L67A 1L81A 1T8GA 1L63A 3HT7A 3DN4A 167LA 2OTYX 1B6IA 4YXAC 1L98A 3C7WA 1C62A 1C6AA 3G3WA 1LYHA 4ZPUA 241LA 1C66A 1C6DA 1L24A 1L27A 1LPYA 2RB0X 3UONA 2LZMA 2F2QA 1LGWA 1L41A 1G0JA 259LA 1L19A 4W52A 1C6LA 1DYDA 1G0LA 1L04A 4I7LA 262LA 4I7OA 1DYFA 1SSWA 181LA 1C6QA 3F8VA 6LZMA 4ARQA 1L88A 155LA 1C6MA 3RZEA 1CV3A 174LA 1L17A 3PBLA 1L46A 2RB1X 1QT3A 1CU6A 104LA 236LA 2OE7X 3RUNA 1L02A 1CU3A 234LA 3GUPA 3NYAA 4LDLA 147LA 2RH1A 145LA 3C81A 3SB9A 3SB6A 3GUKA 227LA 3C80A 2RBRA 182LA 163LA 1L97A 1LI2A 225LA 3GUIA 2RBSA 2HUMA 2B6ZA 2O7AA 1QSBA 130LA 243LA 126LA 3SB7A 3FI5A 1L07A 1LYIA 1XJTA 1OYUA 4DAJA 1C6HA 214LA 4W56A 3GUOA 1L45A 148LE 3DMZA 1L56A 1P5CA 2RBNA 143LA 1L96A 257LA 1PQKA 1C6EA 1G1VA 1L38A 4ARMA 4DKLA 198LA 4EKPA 187LA 3C8QA 5LZMA 1OVKA 1CV5A 1L64A 1PQMA 184LA 192LA 3GUMA 217LA 1ZWNA 1L20A 1T97A 4GBRB 238LA 118LA 3C82A 232LA 3SBAA 1SSYA 2OTZX 199LA 4EXMA 1L68A 1CUPA 1L72A 1SWZA 1D2WA 2B6XA 140LA 1DYAA 3CDTA 260LA 183LA 1L54A 2LCBA 239LA 1D3JA 1C60A 2NTHA 150LA 2QARC 4W55A 1JTMA 2Q9EA 137LA 1KNIA 4EKQA 139LA 1L03A 188LA 1PQJA 1CX6A 180LA 1P7SA 206LA 4ARJA 3HT6A 2NTGA 3HU8A 1L44A 4I7KA 2F32A 1L51A 142LA 1KS3A 1LW9A 1C6NA 4EPIA 1LI6A 1PQOA 157LA 4K5YA 253LA 2Q9DA 1CV0A 1C64A 1L0JA 3DN0A 3HT9A 1P56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RJCB 1BWHA 1GXXA 5A3EA 1REYA 3WH1A 1F10A 2MEGA 4H8ZA 4W51A 2GV0A 2B73A 4WO6A 2BQAA 5KXYA 4QY9A 5FEKA 1P2RA 5ILFA 3HH3A 1LYEA 4I7QA 158LA 1B5ZA 1W6ZA 5LA5A 3TXJA 228LA 1JUGA 4AQNA 1JTPL 2Z2FA 1NHBA 224LA 2XBRA 3SBBC 2BQKA 1LMNA 1SWYA 3TMXA 1JKAA 1L60A 1C6PA 3EBAB 2OE4X 3G3BB 1GBZA 3A95A 1JHLA 5L3HA 2HEFA 1G1WA 131LA 4NSIA 1Z55A 2W1YA 250LA 4BAPA 1QTDA 186LA 3B0OA 128LA 5L3IA 2F2NA 1JPOA 1HSWA 1B5WA 159LA 1CNSA 4H8YA 1LSDA 1XEJA 1FLUA 1B7RA 3DMXA 1WQNA 3N9AA 5B59A 5I4YA 3A6CY 1LYFA 3L64A 125LA 1F6RA 221LA 4E97A 4ANRA 1L18A 201LA 6LYTA 4IJ4A 246LA 3HUAA 4DWXA 4B1AA 4DD2A 4H94A 1T6VL 1L35A 4G49A 5KKJA 3BKVA 1LTMA 1CKCA 4EMNA 1L73A 4GCFA 1FKVA 4I7RA 2D91A 3A94A 3TMWA 3A34A 3JR6A 1NMMA 252LA 2XJWA 5B07A 4WLXA 1IR8A 3TXEA 3VWOA 1QT5A 4HP0A 2BQJA 3WPJA 4J7VA 3ODUA 4DD9A 5KXXA 2I6ZA 1QSQA 1LSNA 2BQOA 1LYGA 4PJZA 111LA 5AMYA 1P36A 1L77A 4NHSA 4H9EA 132LA 5KXMA 1QUOA 3BKHA 1L28A 1DI3A 3GUNA 4HTNA 4NHPA 2BQGA 229LA 5LYMA 4NGOA 1NQIA 3OE9A 1GFRA 1VDSA 1P2CC 1HMKA 1QT6A 4XJGA 4ARQB 3AJNA 2L78A 4II8A 1L52A 3A92A 4YX7C 3HTGA 4NSGA 4N5RA 1L01A 1XEIA 2OU0X 1WTNA 1NF5A 1KY0A 5M1YA 2Z37A 3IJVA 1GE2A 1REMA 4NWEA 3W6EA 2B7XA 1D2YA 3LZTA 122LA 2RBOA 2MEFA 3AGGG 1DXJA 1C6JA 1QS5A 3HUKA 3AZ7A 212LA 3P4ZA 1L59A 1KY1A 4TUNA 4W59A 5C6LA 1BHZA 1L32A 5F9XA 1GFTA 3SB5A 3C7YA 1IO5A 1D0LA 1NWGA 1OVHA 3AB6A 4BS7A 4NGZA 2X0AA 1HFZA 2MEEA 2B6WA 1L61A 5DLAA 2B74A 1L14A 210LA 4DD7A 1XFPL 242LA 1P46A 1P64A 1IWVA 3B72A 3OK0A 1CV6A 156LA 4DT3A 1C6CA 4I7TA 3T36A 4NHTA 1O23A 1AZFA 1HENA 3HH5A 4DJHA 1L42A 1F6SA 1KIRC 3LYZA 261LA 3HT8A 1L15A 1LZDA 2MEBA 112LA 1GBWA 3A96A 3C8RA 1H87A 218LA 5DN5A 1B7NA 2HU3A 4LYCA 1BB7A 2C8PA 2MEIA 3CDOA 4DYGA 1LJEA 3L2XA 1FN5A 4H1PA 7LZMA 3EXDA 1LMAA 1LOZA 2XBSA 4AXTA 2ZIKA 1ZMYL 1LWKA 5LIOA 1L23A 4ET9A 3WXUA 2F4GA 1P3NA 1GFHA 2HTXA 1L63A 3DN4A 3J6KA 3RNXA 4YXAC 4G9SA 1C10A 1C6AA 2HEDA 4ZPUA 241LA 5LAGA 1L27A 5C6IA 2LZMA 1IC7Y 1LGWA 1L41A 1DI4A 259LA 1JJ3A 4ETDA 4XJHA 1UIEA 3B0KA 1SSWA 3WPKA 2BLXA 1C6QA 3F8VA 4WG7A 3LYTA 4LYMA 3RZEA 5I53A 3TXGA 1G7JC 104LA 1IOSA 1LSFA 2LHMA 234LA 1CU3A 2BQDA 5I54A 147LA 2D4KA 3SB6A 2RBRA 225LA 3GUIA 4NGJA 4HPEA 5I4XA 1IR9A 2YBHA 243LA 3FI5A 1XJTA 1OYUA 1B5VA 2EIZC 1GF7A 1L45A 1L56A 4H90A 4B4EA 1JIYA 2H5ZA 3AW7A 2W1LA 1GF0A 198LA 4EKPA 2W1MA 1IEEA 1LZRA 184LA 192LA 1GF6A 2ZIJA 1ZWNA 2H9KA 1XSFA 1NKHA 5HNLA 4LFPA 2YVBA 238LA 118LA 4EXMA 1SSYA 1L68A 2YBMA 1YILA 1B5XA 1CKGA 1HC0A 183LA 2Z18A 2LCBA 5I5QA 1C60A 1HF4A 3WPLA 2QARC 1B5UA 154LA 4H9FA 5KXZA 1CX6A 5L9JA 3N9EA 3HU8A 1GF9A 2H9JA 4YEMA 1JKDA 2ZYCA 1LW9A 1C6NA 1OUDA 1PZYA 1GFVA 2Q9DA 1EL1A 1LHMA 2LYZA 4ZEEA 1G0QA 1AT6A 2Z2EA 3DN8A 1L43A 1D6PA 5D5FA 5F14A 220LA 1IC5Y 4NGVA 1L74A 2CJLA 216LA 4H8XA 2ZILA 9LYZA 1GHLA 205LA 1LYZA 3QAKA 4WM4A 2IGCA 1GB9A 110LA 1OUGA 4BADA 3HH4A 1LYJA 200LA 3LN2A 2B6TA 256LA 5KJ9A 1IIZA 1L89A 3W6FA 3HBDA 1L49A 1L65A 3AZ6A 1L62A 109LA 1J1PY 1LYDA 5LAFA 5KXWA 1D3MA 4H9HA 4QDNA 1GAYA 1G7HC 2Z6BA 1FDLY 144LA 1LSPA 3TXBA 3C7ZA 3VW7A 1FBIX 170LA 2ZNXY 1OWZA 5A3ZA 4R0FA 4E3UA 231LA 5KXLA 1WQPA 4XJIA 4DD0A 219LA 5I4WA 3CDVA 4IAPA 1QSWA 5I14A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RJC B;  1BWH A;  1GXX A;  5A3E A;  1REY A;  3WH1 A;  1F10 A;  2MEG A;  4H8Z A;  4W51 A;  2GV0 A;  2B73 A;  4WO6 A;  2BQA A;  5KXY A;  4QY9 A;  5FEK A;  1P2R A;  5ILF A;  3HH3 A;  1LYE A;  4I7Q A;  158L A;  1B5Z A;  1W6Z A;  5LA5 A;  3TXJ A;  228L A;  1JUG A;  4AQN A;  1JTP L;  2Z2F A;  1NHB A;  224L A;  2XBR A;  3SBB C;  2BQK A;  1LMN A;  1SWY A;  3TMX A;  1JKA A;  1L60 A;  1C6P A;  3EBA B;  2OE4 X;  3G3B B;  1GBZ A;  3A95 A;  1JHL A;  5L3H A;  2HEF A;  1G1W A;  131L A;  4NSI A;  1Z55 A;  2W1Y A;  250L A;  4BAP A;  1QTD A;  186L A;  3B0O A;  128L A;  5L3I A;  2F2N A;  1JPO A;  1HSW A;  1B5W A;  159L A;  1CNS A;  4H8Y A;  1LSD A;  1XEJ A;  1FLU A;  1B7R A;  3DMX A;  1WQN A;  3N9A A;  5B59 A;  5I4Y A;  3A6C Y;  1LYF A;  3L64 A;  125L A;  1F6R A;  221L A;  4E97 A;  4ANR A;  1L18 A;  201L A;  6LYT A;  4IJ4 A;  246L A;  3HUA A;  4DWX A;  4B1A A;  4DD2 A;  4H94 A;  1T6V L;  1L35 A;  4G49 A;  5KKJ A;  3BKV A;  1LTM A;  1CKC A;  4EMN A;  1L73 A;  4GCF A;  1FKV A;  4I7R A;  2D91 A;  3A94 A;  3TMW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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