1LMQA

The crystal structures of three complexes between chitooligosaccharides and lysozyme from the rainbow trout
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVYDRCELARALKASGMDGYAGNSLPNWVCLSKWESSYNTQATNRNTDGSTDYGIFQINSRYWCDDGRTPGAKNVCGIRCSQLLTDDLTVAIRCAKRVVLDPNGIGAWVAWRLHCQNQDLRSYVAGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Crystal structures of three complexes between chito-oligosaccharides and lysozyme from the rainbow trout. How distorted is the NAG sugar in site D?
pubmed doi rcsb
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lmqA00
3E3DA 4QY9A 1INUA 2H5ZA 1GFUA 5HLLA 1GF0A 1GB8A 2YBNA 4KPMA 4B4JA 1FDLY 4LT1A 3LZTA 4LT3A 3A92A 4J0LA 3P4ZA 5DN5A 193LA 4H91A 4L41A 1UIHA 4GCDA 1LZYA 1UUZC 1KIPC 4H93A 2H9JA 1QDRA 4WOAA 133LA 2BAAA 1EQ5A 5JENB 4G9SA 2Z12A 1HMKA 1IP2A 3AGIA 3AZ4A 1QSWA 1CJ9A 1QUTA 4UWVA 2XJWA 5II3A 3IJVA 1JKDA 1LKRA 1ZVHL 2ZNWY 1DXJA 4GLAA 1GB0A 1LMPA 4NGOA 1XEIA 5APEA 153LA 1JJ1A 1LHJA 1LHHA 2N5ZA 2ZWBA 4IATA 4NHQA 4ANRA 3ULRA 1GBZA 3HBHA 1DKJA 4C5FA 1C10A 1B5XA 2PC2A 3A94A 5KXNA 4NGLA 1LHMA 3A96A 5I53A 5F16A 3D3DA 3AZ6A 1VATA 4ML7A 3W6CA 3TXFA 1G7MC 4R6CA 4WO6A 1GE4A 4CFOA 3W6BA 1B5VA 1WQQA 5I5QA 2G4QA 1IOCA 1XGQC 4ZIXA 1LSMA 2XBSA 1UIAA 1CNSA 5HMJA 2MEIA 3W6EA 4NHIA 207LA 3TMWA 1LJKA 1GF8A 3T36A 1ZMYL 3WU9A 4NGYA 1FLYA 4BAPA 3WPKA 1NWGA 132LA 1JWRA 1LYZA 3N9AA 4HTQA 1B5ZA 5B06A 4XJBA 2BQLA 4N1EI 4EMNA 2MEGA 1LSCA 4N5RA 4PGJB 1B0DA 1FLWA 4Z41A 5HMVA 5DN4A 5KXLA 1HF4A 4WM6A 4CHXA 3LN2A 3J6KA 4A7DA 1GE3A 3EXDA 3WH1A 5F14A 1ZV5L 9LYZA 2YDGA 4N9RA 2DQGY 1QIOA 3IJUA 7LYZA 4B0DA 1WQNA 1YROA 1CKDA 1LCNA 1XGPC 1LJNA 4LYTA 1HFYA 1HEQA 1NF5A 1UIBA 1IY3A 3P66A 3TMVA 3TMXA 4YEMA 4UWNA 3A91A 1P2CC 1GEZA 2HEBA 4J7VA 3RW8A 2BQHA 1XEKA 1UCOA 1GF9A 1EQ4A 4RLMA 4DD9A 4E3UA 3M3UA 5K7OA 5ILCA 5HNCA 4H9FA 1G7JC 1AT5A 1LSDA 4XADA 1QSAA 2ZIJA 1C46A 135LA 3AJNA 4QEQA 4WL7A 3WYHA 3WVYA 2ZYPA 1JUGA 1LMQA 3TXHA 1REZA 3QY4A 1GD6A 1LZDA 2ZIKA 4WM2A 1HMLA 2HEDA 1YKYX 3LYTA 4PRUA 5KKIA 2DBTA 2YBJA 3ATOA 2W1MA 1GBYA 2Y8PA 1BHZA 1C7PA 1CKFA 1LYOA 2I6ZA 2Z2FA 4HTKA 4BADA 4ETEA 2A7DA 4NSIA 1NBYC 1OUIA 1IC7Y 1OUBA 1IP5A 2DQHY 5KXRA 4ETDA 1GB5A 5FELA 1EL1A 3ATNA 1GB6A 1OQMA 1GFAA 4LFXA 3QNGA 5EBHA 5LINA 3KAMA 2ZNXY 4GCBA 1LZBA 1KIRC 5F81A 1WQPA 3EBAB 1IWYA 5KXYA 1FKQA 3EO5A 4G49A 2XBRA 4MSTA 1BB5A 3A8ZA 1V7TA 2BLYA 2NWDX 1HNLA 2CDSA 4FJRA 2F2NA 6LYZA 2D91A 4BS7A 1MLCE 4OOTA 2I26L 1IWUA 1IR9A 2A7FA 2BQJA 4NEBA 5DLAA 1IR7A 4B49A 2BQFA 1LKSA 4HJVA 3GXRA 1LYYA 1GF4A 5J7CA 1QQYA 4XJIA 1OUAA 4AGAA 2BQNA 1GBWA 2LYOA 4H9EA 1DI5A 1LJEA 1RCMA 1IVMA 5E9RA 1B5UA 4OOOA 2C8OA 4IASA 4H8ZA 1OP9B 4I8SA 4ETAA 1LZ9A 4HPIA 2MEAA 1OUFA 1LSYA 3ZVQA 1YILA 2EKSC 1IWXA 1F6SA 1REMA 1V7SA 1XEJA 1IP4A 2BQOA 1JSEA 5IDDA 3VWOA 1JPOA 4DDBA 1IP6A 4NIJA 1GB7A 3P65A 4I0CA 4XYYA 2Z37A 3W6DA 1VEDA 5C6LA 1YANA 1HERA 1LZ8A 3WW5A 4Z46A 1JIYA 1VDTA 1IO5A 1RFPA 1LJ4A 4WMGA 5I4YA 1SLYA 4MCKA 3A6CY 4WG1A 1OUEA 3FE0A 1GB9A 5F9XA 1SQ2L 5IELA 2I25L 2W1XA 1NBZC 4WM5A 1ALCA 1YIKA 3AZ5A 4ZEEA 5I4WA 1LJHA 1GFTA 2HU1A 1HENA 154LA 2F4AA 2MEEA 3A95A 1LZ4A 3W6FA 1IOQA 1GF3A 1XGRC 2D4KA 4NSGA 1G7LC 4TSBA 1JTOL 3RU5A 2DQCY 2Z38A 2IFFY 1T3PA 1GFHA 1HFXA 2BQGA 2Z19A 1KXYA 3B0KA 3OJPA 2G4PA 4TSCA 5LA8A 1LHLA 5C6JA 1YKXX 1JJ3A 1G7IC 2BQEA 3B72A 8LYZA 1WTMA 4N8ZA 1LZRA 4DWXA 4O34A 1CJ7A 2Q0MX 4DD0A 1GE1A 1RE2A 4NHPA 5F9UA 1A4VA 4FDYA 3RNXA 1B5YA 4YM8A 4H90A 3B0OA 5B1FA 1B2KA 4G4HA 2ZQ4A 3TMUA 3D9AC 2YBMA 4B4IA 4G4CA 1HEWA 1GE2A 4UWUA 4WLTA 3WVXA 2HTXA 1B5WA 5KJ9A 3OK0A 4TUNA 1LHKA 3ZEKA 1F0WA 2F4GA 2W1YA 1BB6A 1GBSA 4NHTA 3AW6A 5KXSA 2BLXA 1UBZA 4YF2A 4LFPA 3A90A 4KT3A 1D0LA 1AKIA 1IORA 1LMCA 2FBDA 3IWRA 3WXTA 4LT0A 1J1XY 5DL9A 4LYBA 5LYTA 1LSAA 1I1ZA 1LZ6A 3LYZA 1JJ0A 4NFVA 3LHMA 5LIOA 4XJDA 5AMYA 4DT3A 2BQBA 4ETBA 4B4EA 4WM3A 4NGIA 4MR1A 4DDCA 1TBYA 5FDJA 1TEWA 4DD7A 4XJHA 4GN3A 4LYMA 3P68A 4J1BA 1LJIA 1LSZA 1LZTA 5KXZA 4Z98A 1VFBC 1XGTC 1WVUA 1YQVY 3WUAA 134LA 3HBDA 4WLXA 1BB7A 1GBOA 2BPUA 3AB6A 1JKCA 4RW2A 5KXTA 5I54A 1YAPA 3W6AA 4PJ2C 1PS5A 1AT6A 2BQCA 1LZSA 1LSPA 4HP0A 1REXA 1F10A 1IC4Y 5A3ZA 2IHLA 1XGUC 4WM1A 1PZYA 3QE8A 1UIEA 5B59A 1O23A 4H9AA 2DQJY 1YL1X 3HBEX 5LAGA 2ZYCA 1GAZA 1WQMA 3F6ZA 1JSFA 4NGKA 4NGVA 1IIZA 4NWHA 3WUMA 3WXUA 1LZGA 5KXWA 1TDYA 1I20A 4J1AA 4HV2A 3WPJA 1DI4A 2MECA 3MGWA 1EQEA 2D4JA 1GF6A 5KXXA 1QDTA 5D5CA 208LA 3G3BB 4WM4A 4HSFA 1LSEA 1IWZA 3AGHA 4GN5C 1NKHA 4XJFA 2YBIA 1GPQC 3AZ7A 3B6LA 4NHSA 1BWHA 3WU8A 4ET8A 1BQLY 1B7MA 1LSGA 1LSFA 4PRQA 3TXBA 4H92A 5T3FA 1B7OA 2WARA 1HC0A 5ILFA 2FYCA 2W1LA 1JEFA 2D6BA 1GDXA 5FHWA 4DDAA 4HPEA 4H9CA 5LA5A 1NDGC 4GN4A 5APCA 1HHLA 4R0FA 4NWEA 1JITA 1YAOA 3G3AB 1IOTA 2C8PA 5LYZA 2RSCA 3N9CA 1FLQA 4RW1A 2YVBA 1B7NA 2DQEY 194LA 3CB7A 2HECA 1CKHA 5LVKA 3LZ2A 1OUJA 2H9KA 5KKJA 1B9OA 4CFPA 1ZVYB 1LZCA 1BGIA 4OWCA 1GFEA 4ET9A 5KXOA 1DPWA 3GXKA 4DC4A 1W6ZA 2LHMA 3A6BY 4WO9A 4HJYA 3SP3A 1GXV2 1TAYA 3CT0A 5KXMA 5LYMA 3WL2A 2BQKA 4WLDA 4H1PA 4NGZA 4H94A 1B7QA 4WLYA 4LGKA 3W3EA 4LYCA 3EMSA 4W94A 4ZFPA 2LYZA 1LZ1A 1E8LA 1BB3A 1BB4A 4GCEA 4XENA 1IR8A 4H8YA 1IWVA 2LZTA 4H9HA 4M6DA 1GFJA 3TXDA 2BQAA 3M18B 1LTMA 1RI8B 1REYA 1NQIA 1LOZA 2DQIY 1BWJA 3CQLA 1FKVA 3A3QA 1UIDA 2G4NA 4BAFA 1LPIA 3AGGG 1TCYA 1OUDA 1IY4A 2VB1A 1GFGA 1HSWA 1BVXA 4N0JA 1HEMA 2DQDY 1LZ5A 1NMMA 4II8A 4KXIA 2ZQ3A 4C3WA 2CJLA 1GE0A 3ZVQB 3A93A 2HUBA 1GAYA 3LYOA 5E4PA 1DI3A 4G4BA 4QGZA 6LYTA 1HEOA 1C43A 1UA6Y 1LMNA 3BKVA 3RT5X 1QUSA 4CJ2A 5IHGA 1LJGA 3WULA 4H8XA 1GBXA 5APDA 1B7RA 4CGEA 1J1PY 2HU3A 4LYZA 3TXKA 1JKAA 1UIFA 1GB3A 1HFZA 3AYQA 2EPEA 4YOPA 2F30A 4WL6A 1IOSA 3CSRA 3WU7A 1VDSA 4PHIA 4PPOA 4NSHA 2YSSC 1DPXA 2AUBA 4OWHA 3P64A 1VDQA 1B7SA 1FLUA 2HEEA 2ZILA 5B05A 1RJCB 1LMTA 1MELL 5FCPA 4H9IA 1HEPA 4OWAA 5APFA 3WW6A 1UICA 1CJ6A 1T6VL 1AZFA 1UC0A 1GWDA 2GV0A 4DYGA 1C45A 3K3TA 3N9EA 2Z18A 1GFKA 5L3HA 4ETCA 1LMAA 2YBLA 1GF5A 1DQJC 1J1OY 5KY1A 2X0AA 4RLNA 4YENA 4Z3MA 2HEFA 3BKHA 3TXIA 4NG1A 4W96A 3B0IA 1OUGA 1CJ8A 1B7LA 2FYDA 4GLVA 2EIZC 2MEDA 3TXGA 1DZBX 3CSZA 2DQFC 1JTPL 1D0KA 1D6QA 5D5FA 1XFPL 4OW1A 4H9BA 4D9ZA 1YAQA 4OWBA 1Z55A 1LYSA 1YAMA 4GCCA 1OUHA 1IEEA 5C6IA 1AM7A 1GF7A 1DKKA 1GFRA 2YBHA 4NSJA 1CKGA 1C08C 1LMOA 4NGWA 4U3XB 4QDNA 5LXWA 4XJGA 4NY5A 5DM9A 4TTDA 1YL0X 1JISA 1D6PA 1JKBA 3T6UA 5LVIA 1QTKA 4TX7A 1KXWA 5B1GA 1XSFA 3J4GA 4LT2A 4KL7A 1B7PA 1KXXA 5KXKA 1D0MA 5A3EA 4DD3A 2BQDA 1UIGA 1F6RA 1WVVA 4OWEA 4DD1A 4TWSA 1D9UA 1LZEA 1QTEA 2D4IA 2DKVA 2FBBA 1KIQC 3LYMA 1LZNA 4HJZA 3FI7A 1LJFA 5LVHA 4N1CC 1GFVA 4LYOA 1H87A 1YKZX 1IC5Y 5HNLA 1IP3A 1LHIA 5FEKA 1N4FA 1BWIA 1FN5A 1HSXA 2Z2EA 3HFMY 1H6MA 1JTTL 1I56A 4GCFA 1A2YC 4P2EA 5HQ1A 1IP1A 1LSBA 3A3RX 4HTNA 1WQOA 3WPLA 4DD2A 2B5ZA 4YEOA 1NDMC 1JHLA 1WTNA 1GHLA 2MEHA 5LAFA 1OUCA 5FSTA 1GXXA 5LVGA 1BVKC 1UACY 3CT1A 4NG8A 2LYMA 2DQAA 2HEAA 4EOFA 5L3IA 2Z39A 1W08A 5LVJA 3AW7A 2XTHA 2CGIA 2CWIA 4WG7A 4M4OA 1FBIX 1LJ3A 4NGJA 3TXJA 3A34A 1GDWA 1LZAA 4RDSA 1VAUA 2LZ2A 5I4XA 3RZ4A 5B07A 1IWWA 1G7HC 1WQRA 3CT5A 1LAAA 4HV1A 2BQIA 4IJ4A 3A67Y 3WUNA 1IP7A 4XN6A 5L9JA 1NHEA 3CSQA 1GEVA 2BQMA 2MEFA 4AXTA 1CKCA 2MEBA 3WMKA 1HELA 1VDPA 4X3BA 3TXEA 5KXPA 2EQLA 1IWTA 1IX0A 4B1AA 5M1YA 1GB2A 1LSNA 1LJJA 4LZTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L73A 3HUKA 2YBNA 4KPMA 1L90A 1L72A 3P4ZA 1PQDA 4GCDA 2H9JA 5JENB 1C6FA 1T8AA 3AZ4A 1CJ9A 2XJWA 3G3WA 1DXJA 1LMPA 5APEA 1LI6A 1LHHA 4NHQA 3OE9A 3HBHA 1DKJA 1B5XA 144LA 4NGLA 1LHMA 3D3DA 3AZ6A 3DN2A 3W6CA 143LA 4WO6A 1QUDA 1GE4A 1WTHA 4ARQB 3W6BA 1C6BA 1L05A 1L59A 1IOCA 1LSMA 5HMJA 1L09A 1GF8A 3WU9A 3C83A 1NWGA 1LYZA 1L00A 175LA 217LA 4XJBA 177LA 107LA 3DN3A 1LSCA 4N5RA 4PGJB 1L26A 2XQOA 1FLWA 4Z41A 5HMVA 3SB9A 5DN4A 1HF4A 1QTHA 4WM6A 3J6KA 1ZV5L 4N9RA 3IJUA 1QIOA 1LCNA 1L15A 1LJNA 3D4SA 1L43A 1HEQA 158LA 174LA 1IY3A 1UIBA 1XEKA 1P46A 225LA 4AQNA 1AT5A 1LSDA 4DKLA 2ZIJA 1QT8A 2ZYPA 1JUGA 4WM2A 3LYTA 2YBJA 2Y8PA 233LA 2DQHY 4YXCA 4LFXA 5EBHA 2ZNXY 1LZBA 1KIRC 3EBAB 4I7QA 4MSTA 1V7TA 1L40A 1HNLA 2F2NA 6LYZA 2BQJA 5DLAA 240LA 4HJVA 1LWGA 1QQYA 1DI5A 1DYAA 1IVMA 1G0LA 4HPIA 1F6SA 1XEJA 1V7SA 2BQOA 1IP4A 5IDDA 1JPOA 4DDBA 3P65A 4DJHA 1VEDA 5C6LA 3HH3A 1HERA 1JIYA 1RFPA 4K5YA 3SB5A 3A6CY 1L60A 1LPYA 1GB9A 3FE0A 5F9XA 224LA 3OE6A 253LA 2W1XA 4WM5A 1ALCA 4ARJA 5I4WA 2HU1A 1HENA 3FADA 1IOQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3E3D A;  4QY9 A;  1INU A;  2H5Z A;  1GFU A;  5HLL A;  1GF0 A;  1GB8 A;  2YBN A;  4KPM A;  4B4J A;  1FDL Y;  4LT1 A;  3LZT A;  4LT3 A;  3A92 A;  4J0L A;  3P4Z A;  5DN5 A;  193L A;  4H91 A;  4L41 A;  1UIH A;  4GCD A;  1LZY A;  1UUZ C;  1KIP C;  4H93 A;  2H9J A;  1QDR A;  4WOA A;  133L A;  2BAA A;  1EQ5 A;  5JEN B;  4G9S A;  2Z12 A;  1HMK A;  1IP2 A;  3AGI A;  3AZ4 A;  1QSW A;  1CJ9 A;  1QUT A;  4UWV A;  2XJW A;  5II3 A;  3IJV A;  1JKD A;  1LKR A;  1ZVH L;  2ZNW Y;  1DXJ A;  4GLA A;  1GB0 A;  1LMP A;  4NGO A;  1XEI A;  5APE A;  153L A;  1JJ1 A;  1LHJ A;  1LHH A;  2N5Z A;  2ZWB A;  4IAT A;  4NHQ A;  4ANR A;  3ULR A;  1GBZ A;  3HBH A;  1DKJ A;  4C5F A;  1C10 A;  1B5X A;  2PC2 A;  3A94 A;  5KXN A;  4NGL A;  1LHM A;  3A96 A;  5I53 A;  5F16 A;  3D3D A;  3AZ6 A;  1VAT A;  4ML7 A;  3W6C A;  3TXF A;  1G7M C;  4R6C A;  4WO6 A;  1GE4 A;  4CFO A;  3W6B A;  1B5V A;  1WQQ A;  5I5Q A;  2G4Q A;  1IOC A;  1XGQ C;  4ZIX A;  1LSM A;  2XBS A;  1UIA A;  1CNS A;  5HMJ A;  2MEI A;  3W6E A;  4NHI A;  207L A;  3TMW A; 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 1JIS A;  1D6P A;  1JKB A;  3T6U A;  5LVI A;  1QTK A;  4TX7 A;  1KXW A;  5B1G A;  1XSF A;  3J4G A;  4LT2 A;  4KL7 A;  1B7P A;  1KXX A;  5KXK A;  1D0M A;  5A3E A;  4DD3 A;  2BQD A;  1UIG A;  1F6R A;  1WVV A;  4OWE A;  4DD1 A;  4TWS A;  1D9U A;  1LZE A;  1QTE A;  2D4I A;  2DKV A;  2FBB A;  1KIQ C;  3LYM A;  1LZN A;  4HJZ A;  3FI7 A;  1LJF A;  5LVH A;  4N1C C;  1GFV A;  4LYO A;  1H87 A;  1YKZ X;  1IC5 Y;  5HNL A;  1IP3 A;  1LHI A;  5FEK A;  1N4F A;  1BWI A;  1FN5 A;  1HSX A;  2Z2E A;  3HFM Y;  1H6M A;  1JTT L;  1I56 A;  4GCF A;  1A2Y C;  4P2E A;  5HQ1 A;  1IP1 A;  1LSB A;  3A3R X;  4HTN A;  1WQO A;  3WPL A;  4DD2 A;  2B5Z A;  4YEO A;  1NDM C;  1JHL A;  1WTN A;  1GHL A;  2MEH A;  5LAF A;  1OUC A;  5FST A;  1GXX A;  5LVG A;  1BVK C;  1UAC Y;  3CT1 A;  4NG8 A;  2LYM A;  2DQA A;  2HEA A;  4EOF A;  5L3I A;  2Z39 A;  1W08 A;  5LVJ A;  3AW7 A;  2XTH A;  2CGI A;  2CWI A;  4WG7 A;  4M4O A;  1FBI X;  1LJ3 A;  4NGJ A;  3TXJ A;  3A34 A;  1GDW A;  1LZA A;  4RDS A;  1VAU A;  2LZ2 A;  5I4X A;  3RZ4 A;  5B07 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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