1IVMA

Solution structure of mouse lysozyme m
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVYERCEFARTLKRNGMAGYYGVSLADWVCLAQHESNYNTRATNYNRGDQSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPRAVNACGINCSALLQDDITAAIQCAKRVVRDPQGIRAWVAWRAHCQNRDLSQYIRNCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords lysozyme M
publication title Solution structure and activity of mouse lysozyme M
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 26
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ivmA00
3W6CA 4HPIA 1LSDA 2ZNWY 4Z46A 2BQHA 1I56A 4BAFA 1F0WA 1GE3A 1GE0A 1GF7A 1HHLA 1JTPL 2WARA 2HU3A 4NFVA 4HTQA 3W6AA 4DD7A 1LSPA 2BQMA 4E3UA 1MELL 2CWIA 4WM6A 2D6BA 2IFFY 1GE2A 2ZYPA 1C7PA 1GXXA 3GXKA 5LAGA 1YQVY 4ETBA 3WPJA 1KIPC 1LJ3A 3WULA 1IOTA 1QSAA 153LA 2G4PA 1UIGA 1CKCA 4H9HA 4H8XA 4H9IA 2Z12A 1OUBA 3TXJA 1RI8B 2ZIJA 1H87A 1NMMA 4HV1A 3WVXA 3BKHA 3TMXA 4ZEEA 1HEPA 1V7TA 2DQGY 1YKYX 4NHIA 3A67Y 4NHSA 4RDSA 3A94A 1D6PA 4NEBA 5T3FA 1G7LC 2BQIA 4HV2A 2RSCA 4NWHA 1GAYA 1YL0X 3WUNA 4O34A 4WL7A 1NF5A 5FCPA 1B5YA 3WU7A 5II3A 1IP5A 4YM8A 2H9JA 1UICA 1QQYA 3J4GA 4DDCA 4IJ4A 2I25L 4DT3A 4WL6A 2DQFC 1YAOA 1I1ZA 1IWTA 3ZVQA 1BVKC 1GFVA 4H93A 4QEQA 3B72A 1HSWA 1IC5Y 2D4IA 4LYOA 1E8LA 2Z2FA 4WM2A 1SLYA 1LZNA 3TMUA 4L41A 2FBDA 3AGHA 4LGKA 5LIOA 4P2EA 1GBOA 1AZFA 3LHMA 1LZDA 4H90A 2F30A 4NHPA 1TBYA 4NG1A 5FHWA 1YKZX 1BWIA 4G49A 1YAQA 2BLXA 1IX0A 4H9FA 4GN3A 4XJGA 4DWXA 1AT6A 1KXWA 1UBZA 1GF3A 1B5VA 4ETDA 3N9EA 4DD9A 1GEZA 1GAZA 2LYOA 1WQMA 1O23A 1AKIA 1OUCA 3IJUA 2H5ZA 1LJFA 1IR7A 3P66A 1KXYA 1GEVA 2FBBA 4KPMA 4OWBA 4CFOA 5KXLA 1GHLA 4HJVA 1OUFA 4XJIA 5DM9A 5I53A 1IP3A 1LYZA 3A6BY 1GD6A 1IY3A 1C10A 4ML7A 4N5RA 4YF2A 5B05A 1EQEA 2X0AA 1DI4A 3W6FA 5LINA 2EKSC 1QIOA 1LMNA 1UA6Y 4N8ZA 1B5WA 1IIZA 1FLYA 1CJ8A 5I4XA 2BQJA 1W08A 1LSGA 4OOTA 3F6ZA 1LSEA 5F9UA 1IVMA 1JWRA 2MEBA 5LVHA 1FKQA 4LFXA 4OOOA 2BQFA 1LTMA 1IC7Y 3EBAB 5APEA 3CT0A 3ATNA 2MEIA 4LZTA 2EIZC 5LYMA 4ET8A 1JSFA 5KXWA 3K3TA 1CJ9A 1DPWA 1EQ4A 1XGPC 2W1YA 1REZA 1IR9A 1GBZA 4GCFA 4G4CA 135LA 4RW1A 3N9CA 4WM5A 1C45A 3A8ZA 3WUAA 4ZFPA 1NBZC 3N9AA 4XJDA 3W6EA 5ILFA 2ZYCA 1D0KA 1TAYA 2A7FA 4R0FA 1BB5A 4R6CA 3LYZA 1BGIA 1G7HC 3LYMA 5L3HA 5KXOA 1XSFA 1GFGA 4A7DA 1LJEA 5I54A 1T6VL 1QDTA 1ZMYL 1CKFA 4NGVA 4U3XB 5LVKA 4I8SA 3W6BA 1HMKA 1JUGA 1LOZA 5KXYA 1G7MC 1RFPA 1LZBA 3AZ5A 3CSQA 3LZ2A 4WM3A 4XJFA 3KAMA 1IP1A 4NHQA 2ZILA 3IWRA 5F16A 5B1FA 1HMLA 2MEDA 4AGAA 3A3RX 2DQCY 4LT2A 1OUGA 1LZAA 5KXPA 4NWEA 1FLUA 3A90A 4LYMA 2ZQ4A 1KXXA 3RNXA 4DYGA 2BQAA 1IOSA 5KXNA 5M1YA 1B5UA 1NKHA 208LA 2N5ZA 1C08C 1FLQA 3CT5A 4B4EA 2DQEY 4BAPA 4UWVA 1D0LA 3J6KA 4H94A 3M18B 1JPOA 3B0IA 5I5QA 1LJ4A 1PS5A 4TX7A 3A6CY 5K7OA 1B7LA 3B6LA 1VDQA 4NIJA 1F10A 1GF0A 4TSBA 4ET9A 1LYSA 4PRQA 2G4QA 5F9XA 1REXA 4J7VA 4NSHA 2YVBA 1BWJA 1XFPL 1GXV2 4EOFA 4DDAA 1A2YC 2LYZA 4DC4A 5L9JA 4WO9A 1QSWA 3A3QA 5LXWA 1IP4A 3W3EA 1C46A 1GDWA 1WTNA 1LSCA 2D91A 1VDPA 2HEFA 1LSFA 1XGQC 5B1GA 4B49A 2D4JA 4H9AA 5I4WA 2DQAA 1BB3A 1LHIA 1QDRA 1XEJA 3AJNA 4NGLA 4DDBA 1JISA 4N9RA 1B7OA 3FI7A 1LYYA 3LZTA 3BKVA 1CJ7A 2ZWBA 4CFPA 3LN2A 1G7JC 3ULRA 1GFTA 1RJCB 4H8ZA 2YBHA 5JENB 2C8OA 1GFAA 5C6LA 2G4NA 4LYZA 1FDLY 1GB7A 1GFRA 3G3AB 1GB3A 4DD1A 4RLMA 1GBSA 4PGJB 1T3PA 1GFHA 1WQOA 4YENA 1YILA 4WOAA 3VWOA 1B7PA 4OWEA 134LA 1IP6A 1N4FA 3TXBA 2Y8PA 6LYZA 1B5XA 5HNCA 2I6ZA 1GF4A 1BQLY 2BQKA 1HC0A 3CB7A 1HF4A 1B7SA 2BQBA 1RCMA 3EO5A 4Z3MA 1UIFA 4NY5A 1LMTA 1GPQC 2MEGA 3AB6A 1LMQA 3CSRA 1LZCA 4GCEA 4Z98A 2D4KA 1HFYA 1IWVA 2YDGA 4NGOA 4WMGA 1GBXA 2I26L 1DKJA 1IP2A 1JEFA 1CNSA 1LSBA 1MLCE 2B5ZA 2W1MA 4XJHA 4XJBA 1BB6A 2FYCA 1JTOL 3WU8A 5HQ1A 3RT5X 2CJLA 4LT0A 4OWCA 1I20A 3FE0A 1H6MA 1FN5A 3RU5A 1LJHA 1YROA 3A95A 4GLVA 4W96A 1DI3A 4B0DA 4EMNA 3AW6A 1YL1X 2YBIA 4NGZA 4LYCA 5FSTA 4CGEA 1OUEA 4KL7A 1OUIA 3T36A 1DZBX 1OUJA 1HNLA 5HMVA 1B7MA 3AW7A 3WVYA 1LZ1A 2LZTA 2DBTA 1IORA 5DLAA 4QGZA 194LA 1D9UA 3A34A 1GE4A 2YSSC 1JJ1A 4G4HA 1YAPA 1B7QA 1LMPA 5DN4A 1UUZC 1DXJA 4TUNA 1BHZA 2C8PA 2Z19A 3AZ7A 2BQOA 5APFA 2PC2A 1CKHA 4G4BA 4HJYA 4ANRA 5E9RA 5APCA 5LVJA 4I0CA 1QUSA 1IWZA 1XGRC 2DQDY 2Z18A 2LHMA 3LYTA 1LSNA 1D6QA 4NGIA 3WU9A 5KY1A 1UC0A 4YOPA 5LA8A 5D5CA 4NSJA 1HERA 4IASA 4QY9A 2DQIY 1P2CC 3AGGG 133LA 1UCOA 4H8YA 4LFPA 4MSTA 2YBJA 3IJVA 4WG1A 4HTKA 3WXTA 1JKBA 1KIRC 4GCDA 5KKIA 5KXMA 1AM7A 1HEWA 2HEAA 1LCNA 2DQJY 1REMA 4XYYA 1J1PY 1JSEA 3QY4A 3B0OA 1FBIX 2HEDA 5EBHA 1LHHA 2EPEA 4N0JA 1LZRA 4HTNA 5KXTA 9LYZA 1HFZA 3OJPA 5KKJA 1JJ0A 4LT1A 3WXUA 3EMSA 1TEWA 1QUTA 4GCBA 3WUMA 3G3BB 1IR8A 5ILCA 5KJ9A 1IEEA 5LVGA 2HECA 5FEKA 1LSMA 1BVXA 1LZ6A 5C6JA 4IATA 3TXHA 3WYHA 1GF6A 4NGWA 1IY4A 2ZQ3A 1LMCA 1OUAA 4OWAA 5KXKA 1DQJC 1HEMA 5LAFA 4ZIXA 4M4OA 2A7DA 1HSXA 2H9KA 1CKDA 1TDYA 2MECA 1UIEA 5KXRA 4J1AA 1LHMA 1J1XY 4DD0A 1AT5A 5DN5A 1LKRA 4CHXA 4HSFA 1GF8A 3ATOA 5IELA 3A93A 2HEEA 5A3ZA 2YBNA 8LYZA 4J0LA 1HEOA 1XEKA 1IP7A 1LZ5A 1YKXX 1C43A 1RE2A 2VB1A 1NWGA 5LVIA 2LYMA 3D9AC 5HLLA 5F14A 1CJ6A 2BLYA 2YBLA 4MCKA 5D5FA 1HENA 1HELA 1GF5A 3CT1A 4WG7A 1WQPA 1GB9A 1VDTA 4WM1A 2NWDX 4YEMA 3TXDA 4X3BA 4TTDA 4UWUA 4NSIA 1LSYA 4N1CC 1WQQA 1UIAA 5KXSA 1B0DA 1FLWA 4H9BA 154LA 1GB5A 3TXIA 4N1EI 1UIHA 2YBMA 1LZEA 3RW8A 2BQGA 1XEIA 1HEQA 5I4YA 2BPUA 4H1PA 193LA 5LYZA 2HTXA 2W1LA 2F2NA 4NHTA 1DKKA 1HFXA 2GV0A 4ETCA 1DPXA 1UACY 4M6DA 2Z37A 4H9CA 4WLXA 1GFJA 1WQRA 3HFMY 4LT3A 1ZVHL 4H9EA 1JKDA 132LA 4YEOA 4XENA 3WPKA 1WVUA 1NQIA 1IWUA 1A4VA 1EL1A 1INUA 3CQLA 1B9OA 4NGJA 1YANA 1LHLA 4HJZA 4J1BA 5KXZA 1LPIA 1LZ4A 2BQDA 2ZNXY 1UIBA 4KXIA 4OWHA 4C3WA 2EQLA 4PJ2C 1EQ5A 1GFUA 1JHLA 1NDGC 1V7SA 2FYDA 4CJ2A 5IHGA 5IDDA 2AUBA 1IWXA 1OUDA 3P64A 4HPEA 4GCCA 4WM4A 5B59A 1LHKA 1LHJA 1IWYA 1GBWA 1GB2A 1OQMA 1PZYA 1IOCA 1GWDA 3B0KA 1B7RA 1FKVA 1D0MA 3AZ6A 2ZIKA 1LKSA 2BAAA 4NSGA 4WLDA 3TXKA 5AMYA 4WO6A 4NGKA 1GFEA 1GE1A 2DQHY 1REYA 2DKVA 1NDMC 1LZ8A 1B2KA 1LZYA 4NGYA 3P4ZA 4QDNA 1LJGA 1LSAA 1BB7A 3TMWA 1LMOA 2CDSA 4FJRA 3T6UA 1B7NA 4OW1A 1LAAA 4PHIA 4B1AA 2MEHA 4GN4A 5A3EA 2HU1A 1YIKA 3GXRA 1W6ZA 2XBRA 1CKGA 4WLYA 2HUBA 3LYOA 4TSCA 1BB4A 3ZEKA 3CSZA 1BWHA 1GDXA 7LYZA 2BQLA 1J1OY 3WL2A 5KXXA 6LYTA 1IWWA 2F4GA 2BQNA 1JIYA 3A92A 4MR1A 5F81A 4Z41A 1LSZA 4BS7A 1F6SA 4LYBA 3TXFA 5B07A 3RZ4A 3A96A 5HNLA 1UIDA 3M3UA 1JKAA 1GB8A 1GB6A 3TMVA 4TWSA 3TXEA 4G9SA 1OP9B 3P68A 2Z39A 4PPOA 1DI5A 1XGUC 2MEEA 1LZ9A 3AZ4A 3P65A 4AXTA 1WQNA 5LA5A 207LA 5J7CA 1QTEA 1GFKA 1ZV5L 4PRUA 4LYTA 4B4IA 4FDYA 1NHEA 1B5ZA 3A91A 4XADA 3W6DA 1ALCA 1OUHA 5APDA 2XTHA 1IOQA 3HBHA 5L3IA 2XJWA 1GF9A 1YAMA 4ETEA 5LYTA 2LZ2A 4II8A 1VDSA 2IHLA 1WVVA 1LZGA 2HEBA 3OK0A 4HP0A 4BADA 5DL9A 4DD2A 5FDJA 1GB0A 1F6RA 1NBYC 2F4AA 3SP3A 2MEFA 1ZVYB 3WPLA 1KIQC 1JTTL 1LJKA 2XBSA 3EXDA 3QNGA 5HMJA 1GBYA 1VFBC 3HBDA 1IC4Y 1SQ2L 2CGIA 3TXGA 4RW2A 4XN6A 1LMAA 2Z38A 3D3DA 1LJNA 5B06A 3HBEX 1TCYA 4D9ZA 1LJJA 2MEAA 4H92A 2BQCA 4C5FA 1VATA 1QTKA 4H91A 1JKCA 2BQEA 2Z2EA 1LJIA 3E3DA 3QE8A 1Z55A 3AGIA 4W94A 4KT3A 3MGWA 1LZTA 3WMKA 3WW5A 3WW6A 4UWNA 1LYOA 5C6IA 2Q0MX 1JITA 1G7IC 3AYQA 1VEDA 3ZVQB 4NG8A 4WLTA 1LZSA 4GLAA 3WH1A 1VAUA 4B4JA 4DD3A 1IO5A 5FELA 2W1XA 5E4PA 1WTMA 4ETAA 4GN5C 1JJ3A 4RLNA 1XGTC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSDA 2BQHA 1GE3A 3HTFA 4HTQA 206LA 2QB0B 2ZYPA 3GXKA 1GXXA 3WPJA 3WULA 1CKCA 2ZIJA 4HV1A 1L67A 4LDLA 1HEPA 4RDSA 1LGWA 3A67Y 197LA 261LA 1D6PA 2BQIA 1GAYA 5FCPA 1B5YA 3WU7A 1L01A 198LA 3G3VA 4IJ4A 173LA 2DQFC 1BVKC 4QEQA 3B72A 1IC5Y 1E8LA 1LZNA 4DKLA 2FBDA 1GBOA 3LHMA 4NHPA 5FHWA 4DWXA 1AT6A 209LA 1KXWA 1UBZA 3C8SA 1LLHA 1L99A 1GAZA 1L14A 1O23A 1QT5A 3P66A 1KXYA 4OWBA 4CFOA 1OUFA 5I53A 1LYZA 2NTGA 1EQEA 2IGCA 4N8ZA 1UA6Y 1FLYA 1IVMA 5LVHA 4LFXA 4OOOA 205LA 3CT0A 3NYAA 3ATNA 4ET8A 1JSFA 3K3TA 1DPWA 1L71A 4G4CA 2B73A 4ZFPA 1NBZC 3W6EA 4XJDA 2HUKA 1TAYA 2A7FA 5KXOA 5L3HA 158LA 1ZMYL 119LA 1G0PA 1G0QA 5KXYA 1G7MC 1RFPA 3CSQA 1L43A 1IP1A 4NHQA 4AGAA 1L03A 1QTBA 2DQCY 5KXPA 4NWEA 2ZQ4A 1KXXA 1B5UA 1L68A 1NKHA 3CT5A 1FLQA 189LA 4OO9A 5I14A 1JPOA 1PS5A 5K7OA 1B7LA 1GF0A 4TSBA 1L26A 4NSHA 1PQOA 3DN0A 1XFPL 4I7OA 1L82A 2LYZA 3HU8A 4WO9A 3W3EA 2D91A 1VDPA 2HEFA 1L94A 2DQAA 1XEJA 1QDRA 4NGLA 1B7OA 1LYYA 3BKVA 1G7JC 1D3NA 2LCBA 3ULRA 1RJCB 4H8ZA 122LA 3G3AB 1G0KA 4RLMA 1GBSA 1CVKA 1WQOA 113LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3W6C A;  4HPI A;  1LSD A;  2ZNW Y;  4Z46 A;  2BQH A;  1I56 A;  4BAF A;  1F0W A;  1GE3 A;  1GE0 A;  1GF7 A;  1HHL A;  1JTP L;  2WAR A;  2HU3 A;  4NFV A;  4HTQ A;  3W6A A;  4DD7 A;  1LSP A;  2BQM A;  4E3U A;  1MEL L;  2CWI A;  4WM6 A;  2D6B A;  2IFF Y;  1GE2 A;  2ZYP A;  1C7P A;  1GXX A;  3GXK A;  5LAG A;  1YQV Y;  4ETB A;  3WPJ A;  1KIP C;  1LJ3 A;  3WUL A;  1IOT A;  1QSA A;  153L A;  2G4P A;  1UIG A;  1CKC A;  4H9H A;  4H8X A;  4H9I A;  2Z12 A;  1OUB A;  3TXJ A;  1RI8 B;  2ZIJ A;  1H87 A;  1NMM A;  4HV1 A;  3WVX A;  3BKH A;  3TMX A;  4ZEE A;  1HEP A;  1V7T A;  2DQG Y;  1YKY X;  4NHI A;  3A67 Y;  4NHS A;  4RDS A;  3A94 A;  1D6P A;  4NEB A;  5T3F A;  1G7L C;  2BQI A;  4HV2 A;  2RSC A;  4NWH A;  1GAY A;  1YL0 X;  3WUN A;  4O34 A;  4WL7 A;  1NF5 A;  5FCP A;  1B5Y A;  3WU7 A;  5II3 A;  1IP5 A;  4YM8 A;  2H9J A;  1UIC A;  1QQY A;  3J4G A;  4DDC A;  4IJ4 A;  2I25 L;  4DT3 A;  4WL6 A;  2DQF C;  1YAO A;  1I1Z A;  1IWT A;  3ZVQ A;  1BVK C;  1GFV A;  4H93 A;  4QEQ A;  3B72 A;  1HSW A;  1IC5 Y;  2D4I A; 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 3TXF A;  5B07 A;  3RZ4 A;  3A96 A;  5HNL A;  1UID A;  3M3U A;  1JKA A;  1GB8 A;  1GB6 A;  3TMV A;  4TWS A;  3TXE A;  4G9S A;  1OP9 B;  3P68 A;  2Z39 A;  4PPO A;  1DI5 A;  1XGU C;  2MEE A;  1LZ9 A;  3AZ4 A;  3P65 A;  4AXT A;  1WQN A;  5LA5 A;  207L A;  5J7C A;  1QTE A;  1GFK A;  1ZV5 L;  4PRU A;  4LYT A;  4B4I A;  4FDY A;  1NHE A;  1B5Z A;  3A91 A;  4XAD A;  3W6D A;  1ALC A;  1OUH A;  5APD A;  2XTH A;  1IOQ A;  3HBH A;  5L3I A;  2XJW A;  1GF9 A;  1YAM A;  4ETE A;  5LYT A;  2LZ2 A;  4II8 A;  1VDS A;  2IHL A;  1WVV A;  1LZG A;  2HEB A;  3OK0 A;  4HP0 A;  4BAD A;  5DL9 A;  4DD2 A;  5FDJ A;  1GB0 A;  1F6R A;  1NBY C;  2F4A A;  3SP3 A;  2MEF A;  1ZVY B;  3WPL A;  1KIQ C;  1JTT L;  1LJK A;  2XBS A;  3EXD A;  3QNG A;  5HMJ A;  1GBY A;  1VFB C;  3HBD A;  1IC4 Y;  1SQ2 L;  2CGI A;  3TXG A;  4RW2 A;  4XN6 A;  1LMA A;  2Z38 A;  3D3D A;  1LJN A;  5B06 A;  3HBE X;  1TCY A;  4D9Z A;  1LJJ A;  2MEA A;  4H92 A;  2BQC A;  4C5F A;  1VAT A;  1QTK A;  4H91 A;  1JKC A;  2BQE A;  2Z2E A;  1LJI A;  3E3D A;  3QE8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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