125LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRASLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 125lA00
1QSQA 143LA 234LA 1L22A 225LA 146LA 1DYDA 1G0QA 3V2YA 4EKSA 212LA 1L42A 3HH5A 1L11A 3DN4A 4K5YA 163LA 231LA 3CDTA 1L53A 169LA 1D9WA 3DN8A 3VW7A 3V2WA 122LA 4EKPA 2OE7X 157LA 3HTDA 230LA 2A4TA 1C67A 1D3NA 3HH4A 1QTVA 1CV3A 1L16A 4EKRA 166LA 3EMLA 3UONA 1C6MA 1L23A 2B73A 1L14A 150LA 4DAJA 3FI5A 2OE9X 1L43A 1QTCA 1CU2A 1LYHA 200LA 1XJUA 245LA 1L47A 1QTBA 1L74A 1L64A 145LA 3HH6A 1KY1A 161LA 1C6FA 3JR6A 1CTWA 1L03A 1L29A 3ODUA 1L60A 1OWYA 1L04A 156LA 3HT8A 1L62A 1L34A 4I7JA 3C80A 3CDRA 4DKLA 1L70A 1L73A 227LA 1PQJA 1ZWNA 2B6YA 3DMVA 5LZMA 1L12A 214LA 1L06A 1D2YA 1L80A 1L27A 1L71A 1CU5A 4I7TA 4YXCA 1C62A 3HTGA 6LZMA 2RBOA 4ARLA 4I7LA 141LA 1L67A 182LA 1QT5A 1CU3A 1L55A 2F47A 3GUPA 210LA 186LA 1CU0A 3HUAA 1C68A 4I7OA 144LA 1L75A 2L78A 3C8QA 1C6HA 1L45A 1OYUA 3G3XA 3GUKA 3SB5A 1L82A 3PBLA 184LA 4I7MA 3SBBC 152LA 197LA 3NY8A 4ARJA 2B6ZA 1QT6A 4W58A 3CDOA 4ZPUA 3SB9A 3DN0A 7LZMA 126LA 236LA 1DYBA 1PQKA 3HT6A 172LA 2RB2X 183LA 1P6YA 4YX7C 109LA 1L72A 1L59A 1L50A 1L85A 151LA 2B6TA 3DMXA 1LYIA 1QSBA 3SBAA 1L66A 4GBRB 218LA 190LA 213LA 1G06A 1G0PA 1L21A 1C6BA 1L17A 1LWGA 2RBQA 260LA 1OV5A 1L37A 2F32A 2RB0X 130LA 206LA 1QT8A 3D4SA 3OE6A 2B70A 1T8GA 1LI3A 2RAZX 180LA 3C83A 2OE4X 3SB7A 1L77A 4EJ4A 1L88A 1L86A 256LA 1QTDA 127LA 1L69A 1LYFA 1L19A 1LI2A 233LA 1OVJA 1L26A 1LI6A 1QT3A 1CV1A 1QTZA 1OWZA 3CDVA 1OVHA 3FADA 175LA 4I7QA 2F2QA 1QUDA 1WTHA 3C8SA 4LDOA 162LA 3C7YA 1L18A 211LA 224LA 1L81A 3HTFA 174LA 3GUIA 1QUGA 1G1VA 108LA 2RBNA 113LA 1LGUA 235LA 1CU6A 4EKQA 1P37A 111LA 2OU8A 4EXMA 137LA 1L05A 1LLHA 1C66A 2LC9A 1C6DA 159LA 4ARMB 209LA 244LA 189LA 1L36A 178LA 222LA 1L09A 1L39A 1QT4A 107LA 240LA 1KY0A 1PQOA 3HUKA 4S0WA 3RUNA 158LA 1L20A 115LA 1L07A 4DJHA 239LA 3DN6A 1L02A 3G3VA 4I7SA 139LA 1L90A 2OTYX 1L30A 4GRVA 1L65A 223LA 3HDEA 1CV6A 1TLAA 187LA 177LA 3HU8A 3L64A 103LA 1OVKA 1L56A 1L57A 3OE8A 2OU0X 1CX7A 2B72A 215LA 1LGWA 114LA 1C69A 1G0JA 1SX2A 3SB6A 243LA 1EPYA 3HT9A 3GUOA 1D3MA 171LA 1DYFA 1L96A 1QUOA 3FA0A 2O7AA 2RB1X 1JTNA 1XJTA 1P56A 1L68A 1L38A 1L10A 2CUUA 4I7NA 4ARQA 1QTHA 4I7KA 1OV7A 129LA 1L79A 1G1WA 1C6GA 1L58A 1NHBA 3HTBA 198LA 2LZMA 3GUNA 1L94A 216LA 1DYAA 2LCBA 1D3JA 185LA 4W51A 3HDFA 1C6IA 1LW9A 1QS5A 1KW5A 2B6XA 191LA 3HUQA 2ANVA 4W55A 238LA 1LPYA 4IAPA 4EPFA 1P7SA 255LA 1CV0A 3C7ZA 192LA 140LA 167LA 2ANXA 2Q9EA 2RH1A 1CVKA 1QT7A 1ZURA 2RBRA 232LA 149LA 3F8VA 250LA 1SWYA 3L2XA 1P5CA 3GUMA 1L33A 1L61A 262LA 1C6AA 2NTHA 118LA 102LA 3NYAA 2HUKA 2Z6BA 3HH3A 4AQNA 138LA 226LA 3C81A 1P46A 4LDEA 1C6LA 4PK0A 1C6CA 1L52A 1L93A 3DN3A 2B6WA 219LA 2O4WA 3CDQA 1L99A 3PDSA 217LA 249LA 1L48A 1P2RA 1P36A 1LYDA 188LA 251LA 4W59A 128LA 160LA 1L51A 201LA 1DYGA 120LA 1C6KA 1LGXA 1L98A 3F9LA 1C6TA 165LA 248LA 1G0MA 4OO9A 1KW7A 2OTZX 1C65A 1L08A 1T8AA 1ZYTA 123LA 1L31A 254LA 148LE 2B7XA 1L95A 2RAYX 3HWLA 1DYEA 1QS9A 4LZMA 4W52A 1L00A 3DN2A 205LA 1QUHA 257LA 1JTMA 259LA 1P2LA 3SN6R 3DKEX 173LA 3DMZA 1P64A 1C6EA 2RBSA 3SB8A 1C61A 1C6JA 1SWZA 2HULA 246LA 1KS3A 3GUJA 147LA 5I14A 4YXAC 1CV5A 252LA 1L84A 112LA 4LDLA 1C6PA 1L01A 4ARPA 199LA 1LYJA 1C6QA 3C8RA 4I7PA 1JQUA 3C82A 1T6HA 1I6SA 1L87A 3G3WA 1G0LA 196LA 119LA 1L0KA 3OE0A 1L91A 1LWKA 131LA 2QB0B 125LA 1L25A 1G07A 4E97A 104LA 1L15A 4W56A 1L76A 247LA 1L44A 1L92A 1D3FA 1T97A 3HT7A 2OU9A 170LA 1L97A 2NTGA 229LA 1C60A 1CUQA 1L41A 241LA 2B74A 142LA 1C64A 220LA 3LZMA 1LYGA 261LA 3NY9A 3C7WA 3DN1A 4I7RA 2B75A 2OEAX 1CUPA 2IGCA 2Q9DA 1L32A 221LA 1L24A 1L89A 2QARC 1C6NA 3RZEA 168LA 4EPIA 1KNIA 181LA 1T8FA 237LA 3DNAA 1G0KA 3GULA 1L13A 4PJZA 1L63A 3OE9A 1G0GA 2O79A 1D2WA 4W53A 1L35A 1B6IA 1L40A 1CX6A 2RBPA 4ARQB 1L49A 1L54A 1K28A 1DYCA 253LA 1L28A 2HUMA 1PQIA 1PQDA 1PQMA 3K2RA 195LA 1SX7A 1LYEA 1C63A 4W54A 1P3NA 258LA 3HU9A 1CV4A 1XEPA 1L83A 228LA 176LA 4W57A 164LA 110LA 3QAKA 1L46A 1SSYA 242LA 155LA 1SSWA 1L0JA 4ARMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BB3A 1QSQA 1LSYA 1OUGA 1VDQA 2CJLA 225LA 146LA 4ZFPA 3V2YA 4GCEA 3BKHA 4BAPA 1GFUA 163LA 2FBBA 3AZ5A 1FLQA 2LZ2A 4EKPA 3HTDA 230LA 1QTVA 1CV3A 166LA 3EMLA 3ATNA 1L23A 2B73A 2MEDA 3CT5A 1L43A 1CU2A 1LYHA 1WQRA 4WLYA 3ZVQA 1YKYX 4LT3A 2I6ZA 1CTWA 4NGYA 1IWUA 1L03A 1L29A 1QIOA 3ODUA 1GXV2 1UBZA 4NGWA 5KXYA 1I56A 1L73A 4TSCA 3TXGA 1ZWNA 2ZNXY 3TXDA 3J4GA 1GFAA 1HEMA 1VDSA 4YXCA 5F16A 3HTGA 3ATOA 2RBOA 2ZYCA 4ARLA 141LA 4OW1A 2CGIA 1CU3A 1L55A 2F47A 4NGVA 4AGAA 1JKCA 1XEJA 1BB6A 1B7LA 1C68A 1B2KA 1F6SA 1L75A 5LAFA 3N9AA 1GXXA 5KKIA 1LYSA 3ZEKA 5I5QA 1L45A 1OYUA 3G3XA 1L82A 3A93A 152LA 1LZNA 1B0DA 4H9AA 2B6ZA 4W58A 1HMLA 3DN0A 1LSAA 1GBWA 4NGKA 1DYBA 4G49A 2IFFY 4GCBA 4RLMA 4RW1A 4YX7C 109LA 4H9IA 4QY9A 1L72A 1JSEA 1LKSA 1L59A 1XGUC 4GLVA 4G4HA 2B6TA 1OUIA 4UWNA 1QSBA 3SBAA 5E4PA 2MEHA 190LA 1IWXA 213LA 5L9JA 1G0PA 3WU7A 1L21A 4II8A 1HSWA 260LA 4OWAA 1L37A 4XJFA 1QT8A 1LSEA 4YOPA 5F9XA 3TXJA 1LMOA 1L69A 4Z98A 4KL7A 233LA 1L26A 3IWRA 1CV1A 1OWZA 1C46A 2DQFC 1B7OA 3A3QA 1IWYA 1NHEA 2F2QA 1TEWA 3C8SA 3CSZA 2MEGA 224LA 3IJVA 1IP6A 1VAUA 1L81A 4N1EI 1GB7A 4N1CC 1QUGA 2RBNA 113LA 3TMUA 235LA 1GBOA 4EKQA 4EXMA 4WLTA 2YBJA 2LHMA 2BLXA 1JIYA 1C6DA 159LA 209LA 178LA 4N5RA 5I4WA 1IC5Y 2LYOA 240LA 3WPJA 1D6QA 158LA 1RCMA 2XTHA 4MR1A 1REMA 3WW6A 1L02A 1NBYC 208LA 1L90A 1GFGA 1GDWA 1IP5A 4H8YA 193LA 2F2NA 4H9CA 4WL7A 5LA8A 1SX2A 1UACY 1EPYA 3GUOA 1D3MA 1DYFA 1LSZA 1QUOA 3FA0A 1IOQA 3WXUA 1LZAA 1I1ZA 1OV7A 3N9CA 5APEA 4XN6A 198LA 2LZMA 4GN5C 1L94A 5B1FA 3F6ZA 2MEEA 1IR8A 4YF2A 3HUQA 2ANVA 3EMSA 2XBRA 238LA 1BVKC 1GWDA 4B4JA 255LA 4ETEA 3A91A 167LA 2G4PA 2Q9EA 3CT1A 1GBSA 2RH1A 2MEAA 1HFZA 1QUSA 232LA 149LA 250LA 1SWYA 1QQYA 4DC4A 1HF4A 1L61A 3AZ7A 1C6AA 2NTHA 3D9AC 4LFXA 4WM6A 226LA 1IWTA 4LDEA 5LVGA 3DN3A 2EKSC 3CDQA 3BKVA 1P2RA 3W6CA 188LA 4W59A 3G3AB 1L51A 5F14A 1C6KA 5LVIA 1OUAA 1C6TA 1IR9A 1G0MA 4OO9A 1KW7A 1C65A 4D9ZA 1LYOA 4LGKA 2B7XA 1REZA 1L00A 1JJ0A 2HUBA 1JTMA 259LA 2Q0MX 1UIBA 3DMZA 2ZQ3A 4NSIA 3W6BA 1P64A 4H9HA 1KIRC 3WVXA 1C6JA 1ZVHL 4PPOA 1KS3A 147LA 1FBIX 4N8ZA 5KXXA 1HERA 4XJDA 4LT0A 5AMYA 3RZ4A 4B1AA 3G3WA 1G0LA 3OE0A 1L91A 4NSGA 131LA 1IC4Y 2A7FA 1G07A 1EL1A 4H94A 4W56A 1LZGA 1IOCA 1D3FA 2HTXA 170LA 1GF0A 5DN4A 1C60A 1YQVY 4J1BA 2BQKA 3C7WA 5FEKA 4I7RA 3WUMA 1GF7A 2LYZA 1OP9B 2OEAX 3LHMA 4LZTA 3VWOA 4EPIA 1PZYA 181LA 4DD2A 4YEOA 3AGIA 5IDDA 1G0GA 2DQJY 4W53A 1JKAA 1L35A 1B6IA 1YAQA 1C43A 1CKGA 1B5XA 1PQIA 1PQMA 4DQ7A 5LYTA 2EQLA 1LYEA 135LA 3WU9A 3TXKA 3HU9A 1JJ1A 228LA 3A92A 1IY3A 1GB5A 5B05A 1L0JA 4ARMA 1UIHA 4EOFA 5DLAA 1DYDA 1NDGC 212LA 3HH5A 1PS5A 4K5YA 231LA 1L53A 1D9WA 3VW7A 2YSSC 2Z2FA 5FSTA 1MLCE 2W1YA 2A4TA 1UA6Y 1C6MA 4A7DA 5KXZA 5I54A 4DAJA 1LZEA 1C7PA 2DQCY 1XGTC 4J1AA 4E3UA 153LA 1WQMA 1L47A 1L74A 3HFMY 1WTMA 3HH6A 3T6UA 1L60A 4XJGA 4LT1A 156LA 1KIQC 1LPIA 1L62A 1GDXA 3CDRA 1SLYA 1FDLY 227LA 1DZBX 3RU5A 5LZMA 1L12A 5KKJA 214LA 4H9BA 4WG1A 4N0JA 3P65A 1G7JC 6LZMA 4MCKA 1L67A 4Z46A 2PC2A 182LA 1IIZA 1QT5A 5HMVA 1B7QA 186LA 210LA 4I7OA 144LA 4PRQA 5II3A 2L78A 1XEKA 5DM9A 1C6HA 5C6JA 4DDBA 3W6DA 207LA 1QT6A 3CDOA 4ZPUA 1JUGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BB3 A;  1QSQ A;  1LSY A;  1OUG A;  1VDQ A;  2CJL A;  225L A;  146L A;  4ZFP A;  3V2Y A;  4GCE A;  3BKH A;  4BAP A;  1GFU A;  163L A;  2FBB A;  3AZ5 A;  1FLQ A;  2LZ2 A;  4EKP A;  3HTD A;  230L A;  1QTV A;  1CV3 A;  166L A;  3EML A;  3ATN A;  1L23 A;  2B73 A;  2MED A;  3CT5 A;  1L43 A;  1CU2 A;  1LYH A;  1WQR A;  4WLY A;  3ZVQ A;  1YKY X;  4LT3 A;  2I6Z A;  1CTW A;  4NGY A;  1IWU A;  1L03 A;  1L29 A;  1QIO A;  3ODU A;  1GXV 2;  1UBZ A;  4NGW A;  5KXY A;  1I56 A;  1L73 A;  4TSC A;  3TXG A;  1ZWN A;  2ZNX Y;  3TXD A;  3J4G A;  1GFA A;  1HEM A;  1VDS A;  4YXC A;  5F16 A;  3HTG A;  3ATO A;  2RBO A;  2ZYC A;  4ARL A;  141L A;  4OW1 A;  2CGI A;  1CU3 A;  1L55 A;  2F47 A;  4NGV A;  4AGA A;  1JKC A;  1XEJ A;  1BB6 A;  1B7L A;  1C68 A;  1B2K A;  1F6S A;  1L75 A;  5LAF A;  3N9A A;  1GXX A;  5KKI A;  1LYS A;  3ZEK A;  5I5Q A;  1L45 A;  1OYU A;  3G3X A;  1L82 A;  3A93 A;  152L A;  1LZN A;  1B0D A;  4H9A A;  2B6Z A;  4W58 A;  1HML A;  3DN0 A;  1LSA A;  1GBW A;  4NGK A;  1DYB A;  4G49 A;  2IFF Y;  4GCB A; 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