1L25A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKAVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l25A00
1L99A 1L14A 1LYEA 1QSQA 159LA 4W57A 1L94A 164LA 222LA 170LA 216LA 2OTZX 219LA 1L08A 4W58A 1L0JA 3CDRA 3GUIA 4YX7C 125LA 1L35A 1QT5A 1SWYA 126LA 3HT9A 2B7XA 1L88A 4W55A 4I7RA 2HULA 1C6CA 4I7NA 4I7JA 1L76A 2L78A 3C7ZA 112LA 174LA 1QUHA 1L17A 1B6IA 1CV6A 2RB1X 1OV7A 4I7SA 1QT7A 2O4WA 155LA 4I7PA 175LA 3DN1A 1CV5A 3CDTA 261LA 146LA 138LA 3HH4A 1C6LA 2OE4X 249LA 1SSWA 1LYDA 1T8GA 1PQMA 4DJHA 1L06A 259LA 2QARC 3VW7A 2F2QA 3CDOA 3C82A 1XJTA 248LA 1L41A 160LA 1L07A 130LA 1L63A 229LA 185LA 1CU3A 236LA 1NHBA 1P56A 3DN8A 2O79A 1D3FA 187LA 210LA 3CDQA 4ARJA 1G1WA 244LA 3GUOA 3SB9A 183LA 173LA 1ZURA 1L15A 4I7MA 4W52A 1QT6A 1DYAA 1L85A 3HH3A 1L31A 4PJZA 1L96A 1L91A 1G0JA 1L20A 1L68A 1G1VA 218LA 1L11A 1DYEA 1LPYA 3DN3A 201LA 1C65A 1P37A 1L52A 181LA 1KW5A 1L39A 1L58A 2NTHA 3PDSA 1D9WA 1D2YA 1OVKA 1JTNA 1L03A 3SN6R 1LLHA 166LA 1L40A 3C7YA 3HUQA 139LA 1L05A 1KY1A 1G0PA 237LA 152LA 1L43A 122LA 4ZPUA 1L48A 241LA 1PQDA 2RB2X 3HT8A 3C8RA 2LZMA 1G0GA 1C6FA 3L64A 147LA 114LA 1CV1A 213LA 2B74A 3HUKA 224LA 1JQUA 2B6YA 1C6TA 2OU9A 3DN6A 4EPFA 2RAZX 3D4SA 1T8FA 4W51A 2HUMA 2OE9X 1L93A 1LI2A 1L55A 1L12A 1L47A 1L56A 1L02A 212LA 2RAYX 4DKLA 2RBPA 7LZMA 161LA 4EKQA 4I7OA 2HUKA 4W59A 1CX6A 1P2RA 169LA 1QTBA 1CVKA 1T97A 1CV3A 1L37A 1CV4A 3K2RA 1L64A 1L66A 1QTDA 1QTVA 3QAKA 1OV5A 1TLAA 1L53A 2A4TA 4EXMA 184LA 1L97A 2OEAX 1QUOA 2RBSA 127LA 1C6NA 1L79A 2NTGA 1CU6A 1C6DA 3SBBC 1QTZA 2B70A 4GBRB 1XJUA 1L46A 180LA 1C64A 2F32A 2B72A 1L23A 1P64A 255LA 4YXAC 1LGXA 168LA 150LA 4OO9A 137LA 3HT6A 2B6ZA 3C7WA 3GUPA 1L13A 1L44A 246LA 4EKRA 1L36A 2B6WA 3SB5A 1QUGA 1SX2A 4I7QA 4LZMA 2OE7X 131LA 1D3JA 1C68A 1L34A 1LYGA 4E97A 1QTCA 3HUAA 1P3NA 3G3WA 1I6SA 4LDLA 145LA 4I7KA 163LA 225LA 1LYFA 2F47A 1L51A 165LA 1LWGA 1K28A 1C6AA 1C6JA 1DYDA 1L70A 1LI3A 1C6GA 1L10A 3F9LA 4YXCA 1L86A 2OU8A 1L25A 3HWLA 239LA 1DYGA 3HH5A 198LA 1OVJA 3F8VA 1L84A 1L28A 1L82A 2CUUA 1QUDA 3DN2A 2RB0X 3DMZA 227LA 1L26A 247LA 228LA 4DAJA 1PQJA 1L09A 5LZMA 4ARMA 199LA 1C62A 1LYJA 103LA 1G06A 1L95A 178LA 1L18A 3FADA 157LA 189LA 4EKSA 3JR6A 108LA 1L50A 2RBNA 1QT8A 1P7SA 1G07A 1L92A 253LA 242LA 1XEPA 1D3MA 4W53A 4ARQA 158LA 1G0LA 4EKPA 1CV0A 252LA 1QT3A 3HDEA 3GUNA 1KS3A 1L60A 1C6KA 2QB0B 1L83A 1L01A 1KW7A 1G0KA 3GULA 4ARLA 1C6QA 211LA 1L22A 1L29A 4LDEA 140LA 232LA 2Z6BA 233LA 4ARMB 3NY9A 234LA 1LWKA 4AQNA 123LA 1L75A 3GUMA 182LA 206LA 104LA 1C6MA 3FI5A 2IGCA 1P6YA 1L74A 1L19A 1PQOA 1CU0A 4PK0A 1L67A 1JTMA 1PQKA 1L80A 2B6XA 1ZYTA 3DN4A 1D2WA 1OWYA 4ARQB 4S0WA 1G0QA 3FA0A 3SB8A 2OU0X 1L54A 4W54A 1L33A 3DNAA 1C6BA 141LA 1DYFA 1L81A 142LA 1L71A 3C80A 245LA 3RUNA 1LGUA 1LYIA 113LA 4I7LA 1LYHA 1P36A 1L62A 4ARPA 1L77A 4I7TA 214LA 3HT7A 3SB7A 148LE 1L38A 1L90A 3HU8A 2RBQA 3UONA 2ANVA 1L65A 1L24A 217LA 220LA 1L49A 1QT4A 119LA 1OYUA 149LA 195LA 3SBAA 111LA 102LA 156LA 144LA 1T6HA 188LA 250LA 115LA 3V2WA 1PQIA 257LA 3OE6A 5I14A 223LA 2Q9EA 4GRVA 190LA 1QTHA 3OE8A 1SWZA 3DN0A 1DYCA 2OTYX 3G3XA 3DKEX 1LGWA 240LA 3HTDA 1SSYA 243LA 1L42A 109LA 1LI6A 143LA 2RH1A 3EMLA 1C6PA 1QS5A 1L61A 1T8AA 2O7AA 3GUJA 1L59A 1L73A 1L32A 1C60A 3L2XA 1L45A 4EJ4A 260LA 107LA 1CTWA 162LA 1C67A 2B6TA 191LA 3C8SA 3HTFA 3HU9A 1QS9A 128LA 3GUKA 197LA 230LA 1P2LA 196LA 200LA 1L21A 3C83A 221LA 1C6EA 110LA 1CUPA 4K5YA 3SB6A 1SX7A 2B73A 1L98A 2RBRA 226LA 1C63A 1OVHA 1CUQA 3HDFA 3C8QA 4W56A 4LDOA 1C61A 3HH6A 171LA 129LA 1EPYA 4IAPA 3V2YA 1QSBA 4EPIA 231LA 3OE0A 1LW9A 1P46A 215LA 1L87A 1L57A 1CX7A 1L69A 3HTGA 1C6HA 3CDVA 2Q9DA 262LA 3DMXA 3LZMA 1D3NA 3PBLA 186LA 172LA 192LA 238LA 1KY0A 1OWZA 1L16A 258LA 176LA 1CU2A 1L30A 177LA 1DYBA 6LZMA 1L27A 3DMVA 1ZWNA 1C6IA 3OE9A 1P5CA 2ANXA 2B75A 3G3VA 167LA 251LA 1KNIA 1L72A 120LA 1L89A 2RBOA 3NY8A 151LA 205LA 118LA 3NYAA 3HTBA 1L0KA 1C69A 1C66A 1L04A 1WTHA 2LC9A 3ODUA 254LA 3C81A 209LA 235LA 2LCBA 1G0MA 3RZEA 1L00A 256LA 1CU5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L99A 1QSQA 1UIAA 1FDLY 1OP9B 216LA 1WTNA 3P68A 1OUHA 4RLMA 1O23A 1QT5A 1SWYA 4LT3A 4ZEEA 3K3TA 4W55A 3WPLA 2HULA 2LZ2A 4LFXA 1A4VA 1G7MC 2L78A 1D0MA 1GEVA 3C7ZA 4WOAA 1HC0A 5LA8A 2BQJA 4NFVA 2Q0MX 2I25L 1CV6A 1GFUA 1QT7A 4H93A 4LZTA 155LA 4NWEA 3CDTA 1UIHA 1LCNA 2Y8PA 138LA 5HNCA 1BGIA 4NGJA 249LA 4LYMA 1GFKA 259LA 3CDOA 1B7LA 2A7FA 185LA 4B4EA 1B5YA 3CSZA 4H1PA 187LA 5I4WA 1EQ4A 1KXYA 4LT2A 4NHIA 5K7OA 173LA 4I7MA 5LYMA 1QT6A 4HSFA 1DYAA 4H9EA 3LZ2A 1SQ2L 4PJZA 1GDXA 1IY3A 1G1VA 218LA 1DYEA 1C65A 1KW5A 2LHMA 5EBHA 1VDQA 1IR7A 1CKCA 1L40A 1YKZX 139LA 1L05A 2MEFA 1UACY 4M4OA 237LA 2Z37A 5IHGA 1IIZA 1C10A 4OWAA 3VWOA 7LYZA 2BPUA 2RAZX 3D4SA 1ZMYL 3ZVQA 4GLAA 1L55A 1L56A 1AT5A 1L02A 2RAYX 161LA 169LA 3CT5A 3MGWA 1YAPA 4GCDA 1QTDA 1L66A 1INUA 1J1XY 1L53A 2A4TA 1I56A 2ZYPA 1L97A 2OEAX 4EXMA 4LGKA 1C6DA 4W96A 5LYTA 3ULRA 4GBRB 1YL1X 255LA 1B7QA 1LGXA 168LA 150LA 5I5QA 3C7WA 1DI3A 4EKRA 1GWDA 3J6KA 3A67Y 1CJ7A 2D6BA 1B7MA 131LA 1C68A 4E97A 3HUAA 3OJPA 1P3NA 4OW1A 1LMTA 4LDLA 3HBDA 163LA 225LA 1OUDA 2RSCA 1LZDA 4EOFA 1CKFA 4WL7A 2YDGA 4YXCA 1L86A 239LA 1NKHA 1HHLA 4EMNA 3F8VA 4DD3A 4II8A 3TXHA 2Z39A 227LA 247LA 4IASA 4LYOA 1DPWA 2DQDY 2ZIKA 103LA 1G06A 3FADA 1Z55A 5LAFA 108LA 1B7RA 2RBNA 2CGIA 1P7SA 4ETAA 5LAGA 2BQLA 4I0CA 2D4KA 1QT3A 3HDEA 1L60A 5DN5A 3AZ7A 5I54A 1L01A 4ML7A 3QY4A 1CKHA 1L22A 2ZNWY 5I53A 4WO9A 4XJDA 5KXSA 4ARMB 2AUBA 4WLXA 5F9XA 1IWVA 1TBYA 4DDCA 1LJIA 104LA 3WU9A 3TXKA 5LVIA 3WU8A 1PQKA 1L80A 4GLVA 4U3XB 3WUNA 2OU0X 3RT5X 1DYFA 245LA 1LGUA 1LJNA 3P65A 1LYHA 1L62A 4N5RA 4J7VA 3HT7A 1IR8A 3WULA 1H6MA 1JPOA 1QUSA 3EXDA 4DDAA 2RBQA 4NGOA 4WM1A 1DZBX 1GFTA 1WQQA 4QY9A 2HTXA 1QT4A 1PS5A 119LA 4NSIA 5C6JA 2BQAA 2MEDA 3EMSA 4WL6A 2EKSC 1WQRA 3FI7A 4GCFA 3OE6A 2Q9EA 2WARA 4NGWA 4YENA 2MEIA 3WUMA 5IDDA 3EMLA 1C6PA 2XBSA 5I4YA 1QS5A 4GN3A 1QSWA 4DD1A 4EJ4A 5FELA 107LA 1CTWA 1UIGA 1GHLA 1ZVYB 3AZ5A 4ET8A 2YBHA 3C8SA 3HTFA 1QS9A 3LYZA 1IORA 3GUKA 1WQMA 4NGVA 4WM4A 1FLQA 1NWGA 1KIPC 1LSAA 1JIYA 1XEJA 134LA 1C6EA 110LA 5ILFA 1GF3A 3HDFA 4C3WA 3C8QA 4CJ2A 2XTHA 1ZVHL 4B4IA 129LA 2DQGY 1C45A 1QSBA 231LA 3OE0A 1LW9A 1L87A 3TXDA 1GB0A 1L69A 3HTGA 1C6HA 1B5XA 2DKVA 4WM6A 262LA 3TMXA 3FE0A 3LZMA 1D3NA 3PBLA 186LA 154LA 5C6IA 1LSGA 258LA 3RW8A 1GE4A 1OUIA 1L27A 3T36A 4ZIXA 1OUEA 4G4CA 251LA 1L72A 118LA 1C69A 1B5UA 3A3QA 2LC9A 254LA 1N4FA 1IWUA 209LA 3N9EA 235LA 3LYOA 2LCBA 1G0MA 1TCYA 1B7OA 3RZEA 236LA 1L00A 1CKGA 1L14A 3TXFA 1LYOA 1BWHA 4NSJA 3AGGG 4J0LA 1WQNA 1LZGA 2D4IA 2OTZX 219LA 4N1EI 2W1YA 1L0JA 1JTTL 125LA 1WVVA 2G4NA 1V7SA 1JKCA 1C6CA 4I7JA 2Z38A 174LA 1BVXA 1GF4A 1L17A 1VDTA 3WPJA 1UIEA 2BQCA 3DN1A 1CV5A 261LA 1JEFA 146LA 2OE4X 3CB7A 1TDYA 4UWNA 4WLTA 1LYDA 4DJHA 5E4PA 2QARC 3VW7A 1GB2A 1RJCB 2F2QA 3WUAA 4XN6A 160LA 2ZQ3A 1L63A 1CU3A 1DXJA 1FLWA 1NHBA 1NDGC 1D3FA 210LA 1LHLA 4ARJA 3P4ZA 5FEKA 3G3AB 3T6UA 183LA 1ZURA 5T3FA 4W52A 2DQHY 1J1PY 2H9KA 1B7PA 5KXNA 2DQIY 4OOTA 3DN3A 201LA 181LA 4HV1A 1HFYA 1JSFA 3PDSA 4LYZA 1JTNA 1L03A 1LZ4A 2LYOA 4TSBA 3SN6R 1DPXA 4CFOA 2W1LA 5II3A 2HEDA 1L43A 1FN5A 3ZEKA 241LA 1PQDA 1HEMA 3C8RA 2F4AA 1C6FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L99 A;  1QSQ A;  1UIA A;  1FDL Y;  1OP9 B;  216L A;  1WTN A;  3P68 A;  1OUH A;  4RLM A;  1O23 A;  1QT5 A;  1SWY A;  4LT3 A;  4ZEE A;  3K3T A;  4W55 A;  3WPL A;  2HUL A;  2LZ2 A;  4LFX A;  1A4V A;  1G7M C;  2L78 A;  1D0M A;  1GEV A;  3C7Z A;  4WOA A;  1HC0 A;  5LA8 A;  2BQJ A;  4NFV A;  2Q0M X;  2I25 L;  1CV6 A;  1GFU A;  1QT7 A;  4H93 A;  4LZT A;  155L A;  4NWE A;  3CDT A;  1UIH A;  1LCN A;  2Y8P A;  138L A;  5HNC A;  1BGI A;  4NGJ A;  249L A;  4LYM A;  1GFK A;  259L A;  3CDO A;  1B7L A;  2A7F A;  185L A;  4B4E A;  1B5Y A;  3CSZ A;  4H1P A;  187L A;  5I4W A;  1EQ4 A;  1KXY A;  4LT2 A;  4NHI A;  5K7O A;  173L A;  4I7M A;  5LYM A;  1QT6 A;  4HSF A;  1DYA A;  4H9E A;  3LZ2 A;  1SQ2 L;  4PJZ A;  1GDX A;  1IY3 A;  1G1V A;  218L A;  1DYE A;  1C65 A;  1KW5 A;  2LHM A;  5EBH A;  1VDQ A;  1IR7 A;  1CKC A;  1L40 A;  1YKZ X;  139L A;  1L05 A;  2MEF A;  1UAC Y;  4M4O A;  237L A;  2Z37 A;  5IHG A;  1IIZ A;  1C10 A;  4OWA A;  3VWO A;  7LYZ A;  2BPU A;  2RAZ X;  3D4S A;  1ZMY L;  3ZVQ A;  4GLA A;  1L55 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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