3LYZA

Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 41
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1975-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3lyzA00
1EQEA 3AW7A 4N0JA 5F81A 4YEOA 4YOPA 2H5ZA 1B5ZA 1GB6A 1GFGA 1KIPC 4G4HA 1JJ0A 4DT3A 5LYTA 3MGWA 1NWGA 2BQFA 3EXDA 1J1XY 5A3EA 1JISA 3CT0A 5KY1A 2Z37A 2MEGA 1F10A 1B7OA 4LGKA 1UBZA 1DXJA 1JKCA 2HEAA 1BB4A 1YAOA 1LMCA 3RT5X 2D4KA 5APEA 5LAFA 4WO9A 5KXLA 1CJ6A 3G3AB 5FCPA 2G4QA 3WUAA 2DQGY 5HQ1A 1LHJA 4OWBA 5JENB 1YL1X 4WL7A 1PZYA 4QDNA 3J6KA 4NG1A 1BB3A 3K3TA 4N5RA 5F16A 1JSEA 1OUEA 2EKSC 3WULA 4HPEA 2W1XA 1B7NA 2G4NA 1GFEA 1O23A 4ANRA 2CDSA 5HMVA 4HV1A 1GB2A 4DD3A 4B0DA 153LA 1BVKC 1HFZA 1BWHA 1LZNA 1RCMA 4WLXA 4XJDA 4NGWA 1JTTL 4H94A 1GAYA 4D9ZA 1WVVA 2BPUA 3LYTA 1LSFA 1REXA 1IY3A 1HF4A 1UIAA 3P4ZA 4J1BA 4KT3A 1GFTA 2IHLA 1KIRC 2BQJA 5KXXA 2YBHA 3B72A 1JTPL 1JPOA 1CJ9A 1LSYA 1JHLA 1VFBC 1HFXA 3AGIA 4NGKA 1I20A 4OWEA 5FHWA 2CJLA 4OWHA 1INUA 1ZV5L 3WVYA 4MR1A 1QQYA 1BB5A 3TXFA 2DQCY 1CKHA 4WMGA 1HENA 1YQVY 5FELA 1P2CC 1LMAA 5D5FA 4Z41A 2CGIA 2BQHA 2D6BA 3LHMA 4G4CA 1GFAA 134LA 1KXWA 1QTKA 1TAYA 4Z98A 1UIEA 2B5ZA 5F14A 4NWHA 1XGPC 3B0IA 3CB7A 4H91A 4WOAA 3A91A 1HELA 4DD9A 3P66A 5LA8A 1XFPL 4LT0A 1WQRA 1DQJC 1YAMA 4I0CA 3T36A 3TXEA 1FLWA 4XJIA 1NBYC 3TXKA 5LXWA 1IR9A 1IP3A 1JSFA 3CT1A 4LFXA 2EPEA 4O34A 1AT5A 208LA 1CKFA 4DD7A 3J4GA 5HLLA 3ATOA 1DKJA 1GBXA 2Z12A 3E3DA 2BLYA 3IWRA 1B7RA 1LJNA 2BQDA 1GFRA 1VDQA 3EBAB 4NGIA 1HEOA 3D3DA 3F6ZA 4B4JA 1WQNA 5FEKA 4WG1A 4TSCA 1A4VA 4B4EA 3N9AA 1GF3A 1HMLA 1LHLA 4NGZA 3FI7A 3WXUA 1LZDA 1WQQA 1LSGA 1T3PA 5KXNA 1B7LA 3LN2A 4GN4A 5FDJA 4ETBA 5KXZA 4OOTA 4HPIA 1LZCA 3W6DA 5L3HA 1CKDA 4GCCA 4NG8A 4NY5A 3LYZA 2HEDA 4H1PA 1KIQC 1UICA 1JEFA 2EQLA 3RW8A 1YAQA 3QY4A 3AW6A 4H9AA 1ZVYB 4ET9A 1IVMA 1A2YC 1IOQA 1B5WA 1LZ9A 3WH1A 1DPXA 1VEDA 3N9CA 1LYOA 1G7JC 5B05A 2MEDA 1HC0A 1YILA 1JJ1A 4NSIA 4ETEA 1HEMA 1IP1A 193LA 4H9CA 3WPKA 1V7SA 4YM8A 3AGHA 1B5YA 1D0KA 1C7PA 1FBIX 4XJFA 1CJ7A 1SLYA 4DC4A 1GB7A 4FDYA 1UIHA 1LJ3A 1NDGC 4WLTA 1C43A 6LYZA 1JITA 1LJGA 3D9AC 1LYYA 1HFYA 1GBOA 1BB7A 3A3RX 4NHTA 3WYHA 1IY4A 1GHLA 4KXIA 1FKQA 5I4XA 132LA 2HECA 1LHMA 1NHEA 5KKIA 4LT1A 3WW5A 1GFJA 4HTKA 1C10A 1UIDA 1QUSA 3P68A 1GB3A 3WUNA 2A7DA 2MEEA 2YBJA 3AJNA 1GDXA 1TEWA 3TXIA 1F6SA 3A6CY 4QY9A 3WL2A 5J7CA 1GFKA 1LYZA 1LZ5A 1JWRA 1LMNA 3RU5A 4UWVA 4XN6A 1FLQA 4OOOA 2HUBA 4NHPA 1LJKA 3B0KA 1IWUA 1IIZA 4RW2A 1NDMC 1D0LA 5HNLA 3EMSA 4TWSA 3RZ4A 1IP6A 1IC5Y 1LHHA 1SQ2L 4HJZA 2W1LA 1IP7A 1D6QA 4XJHA 1J1PY 1RJCB 1GBSA 2MEBA 1IP5A 1FDLY 2YBNA 3RNXA 3A3QA 3WPLA 1BVXA 1JKDA 1GD6A 1EQ5A 1YANA 2BQEA 1LJ4A 2ZWBA 4H9EA 4NGOA 5HMJA 1UCOA 3TMXA 2XBRA 3TXHA 1LMTA 207LA 3BKVA 3QE8A 5LVJA 1YROA 4IASA 1G7MC 1LZTA 4UWUA 4HTQA 1HSWA 4QGZA 1NQIA 3T6UA 1OUAA 1JKBA 1ZMYL 1LZ1A 3M18B 3A94A 5FSTA 1LSMA 1UIBA 2I26L 4I8SA 4CHXA 4DD1A 1YKYX 1N4FA 3IJUA 4M6DA 4NEBA 4YENA 3A92A 2YSSC 194LA 4PRUA 4TTDA 3TXDA 1IWTA 1CKCA 4MSTA 5IELA 1LZGA 1ZVHL 4EMNA 3TXBA 4GCEA 3A95A 6LYTA 4BADA 1HHLA 2FBDA 3WMKA 1FKVA 1JTOL 4RW1A 1IC4Y 1GF5A 4GN5C 3AB6A 3QNGA 5LYMA 4J7VA 1UIFA 3W6BA 4ZIXA 1IOSA 1T6VL 1GF8A 1RI8B 5DN5A 3M3UA 2ZYCA 2FYCA 7LYZA 3A93A 2ZIKA 3A90A 2W1YA 4LYOA 4HJVA 1YL0X 2YBMA 1IP2A 1LZ8A 2BQNA 4H90A 3IJVA 1LJFA 2HEEA 1LSNA 4HJYA 5AMYA 2LHMA 1MLCE 1NF5A 1B7PA 2XTHA 2G4PA 3OK0A 1W6ZA 4GN3A 1UACY 1WTMA 4LT3A 1IC7Y 5EBHA 1C45A 3OJPA 1OP9B 4NGVA 5B07A 4LFPA 3G3BB 2YBLA 4NGJA 1GB9A 2FBBA 5LINA 1XGQC 1LTMA 2DBTA 2ZQ4A 4L41A 1B0DA 4X3BA 2H9JA 4H9HA 5F9XA 1ALCA 1FN5A 2DQJY 5T3FA 4NSJA 1LCNA 1VDTA 1F6RA 4WM6A 1HERA 3WVXA 5L3IA 4TUNA 4TSBA 2FYDA 1GF9A 5ILFA 1BB6A 3ZVQA 2NWDX 1B7QA 4NHIA 135LA 1IWXA 2I6ZA 4H9FA 5I53A 1QIOA 2BAAA 4DDBA 5KXTA 2BQMA 2LYMA 4N1EI 4PJ2C 3TXJA 4ETDA 4C5FA 4XJGA 2BQGA 5B1GA 4DDCA 1LSPA 1B7SA 2GV0A 2ZNXY 2LZ2A 4NGLA 4H93A 3W6EA 2Z18A 4NFVA 2BQBA 1GBZA 1LMQA 1B5XA 2F4GA 2W1MA 4TX7A 5C6LA 1GF0A 5I4WA 4H9IA 1G7LC 1GE2A 1LHKA 1OUCA 3A67Y 4CGEA 2D4JA 1V7TA 5D5CA 4DWXA 5KXRA 4R0FA 4LYZA 5LAGA 2F2NA 1H87A 1KXYA 4UWNA 3B6LA 1YAPA 4WM2A 1IR8A 3AZ6A 4NSGA 2MECA 2BQOA 2H9KA 5I5QA 1LZSA 5KXPA 4OW1A 3ZVQB 1LZ6A 1W08A 1D9UA 3CSQA 2D91A 1B9OA 3BKHA 1GE3A 5KKJA 2ZNWY 4N1CC 1HEWA 1OUIA 2A7FA 2MEAA 4YEMA 1JUGA 1DPWA 5APCA 1NMMA 4RLMA 1B5UA 3CSRA 1D6PA 4IATA 4LYMA 1WQPA 4N9RA 1UUZC 5LVIA 1LSDA 1OUHA 1G7IC 2DQHY 1HEPA 1AT6A 2BQKA 2Z19A 4PGJB 4AGAA 3AYQA 5B06A 5II3A 4CFPA 2BLXA 2N5ZA 4G4BA 1I1ZA 1OUDA 1QDRA 1XGUC 1LSAA 1B7MA 1QDTA 1LZBA 2YDGA 1LMPA 1UIGA 5LVHA 4H9BA 4KPMA 1LKRA 3WU8A 2Z38A 2YBIA 1QUTA 4H8XA 2Z2EA 4HP0A 1IR7A 3N9EA 3AZ5A 133LA 4N8ZA 4BAFA 1LZEA 3W6FA 1BHZA 1JKAA 3TMWA 1IP4A 1BWJA 1GBWA 4GLAA 1C46A 1IWWA 5A3ZA 4J0LA 1B5VA 4NWEA 5HNCA 4AXTA 3HBEX 4NGYA 2ZQ3A 1GF7A 1REZA 4RDSA 1GE4A 3WU7A 1VAUA 1GDWA 2Q0MX 2Y8PA 4NSHA 1D0MA 4B4IA 1OUBA 4OWAA 4WM4A 4J1AA 1LPIA 4GLVA 1YKXX 4OWCA 3P65A 4H92A 1LZYA 2DKVA 3LZTA 3B0OA 2DQIY 3CSZA 1GWDA 1TDYA 1FLYA 1F0WA 3LZ2A 4ML7A 1LJHA 4DYGA 4PPOA 4PRQA 4LT2A 1IX0A 5KJ9A 4NIJA 1C08C 3AGGG 2Z2FA 1LOZA 1LSZA 2Z39A 1WQMA 2BQIA 1LJIA 2HU3A 5DN4A 1LKSA 1WTNA 2MEFA 2BQLA 5ILCA 2DQAA 2DQDY 5B1FA 1JIYA 1GBYA 2HTXA 1CKGA 3W3EA 1J1OY 1IOTA 4ZFPA 1I56A 2F4AA 2I25L 3CT5A 4LYBA 5KXOA 1G7HC 1WVUA 4GCDA 4WM1A 1GFUA 3GXKA 4CJ2A 4NHSA 1EL1A 4II8A 1GE0A 3ZEKA 4BAPA 3SP3A 1IWZA 4BS7A 1XEKA 2HEFA 3HFMY 1LYSA 4DDAA 1HMKA 4XENA 1GFHA 2D4IA 1KXXA 5LVGA 4U3XB 5IDDA 4H8YA 1UC0A 4DD0A 1DZBX 5K7OA 2IFFY 1XEIA 2DQEY 3LYMA 1OUFA 4RLNA 2HEBA 1TCYA 1XEJA 1VDSA 1GF6A 4B1AA 1GEZA 1LJEA 1FLUA 1HSXA 2PC2A 4GCBA 4M4OA 1HNLA 2WARA 4ZEEA 5IHGA 2RSCA 1OUGA 3WU9A 1AM7A 1LAAA 5KXSA 5KXYA 3TXGA 5F9UA 4XYYA 1QTEA 4Z46A 1IWVA 1YIKA 1VDPA 4R6CA 1CNSA 3CQLA 4XADA 3WXTA 1QSWA 3WW6A 4KL7A 5LIOA 4P2EA 3WUMA 2LYOA 4LYCA 4ETCA 1GPQC 1DI4A 1EQ4A 4HTNA 4EOFA 3FE0A 1GB8A 1LHIA 2MEIA 2XBSA 4FJRA 5C6IA 1GB5A 1IO5A 3A8ZA 3W6CA 1BWIA 3P64A 4WG7A 5M1YA 1WQOA 5I4YA 3GXRA 1IOCA 1IORA 1TBYA 4H8ZA 4WLYA 1NKHA 1IEEA 1CJ8A 1XSFA 1OUJA 4QEQA 4WLDA 2YVBA 8LYZA 5LVKA 5APFA 1BQLY 2F30A 3KAMA 4HSFA 1AKIA 1AZFA 1LSEA 4G49A 5E4PA 4WM3A 5B59A 3AZ7A 5E9RA 2BQAA 2XJWA 2C8PA 2EIZC 3WPJA 9LYZA 1RFPA 1GXV2 4W96A 1DI3A 1DKKA 5KXMA 2BQCA 4HV2A 3W6AA 2LZTA 3TMVA 4PHIA 5LA5A 1LZAA 1GFVA 3HBDA 5I54A 1DI5A 2C8OA 3ATNA 1BGIA 2CWIA 1LMOA 4WO6A 1Z55A 1B2KA 5C6JA 4NHQA 154LA 4GCFA 1H6MA 1LZ4A 3AZ4A 1UA6Y 1QSAA 1GF4A 4E3UA 3VWOA 2ZYPA 2AUBA 1LSBA 4W94A 1OQMA 4YF2A 1PS5A 1GXXA 1YKZX 1REMA 4ET8A 1HEQA 1GEVA 3A6BY 2ZILA 1JJ3A 4MCKA 2ZIJA 1MELL 4LYTA 1GB0A 1NBZC 4WL6A 4A7DA 1GE1A 4G9SA 1RE2A 1XGRC 2X0AA 3LYOA 5KXWA 3ULRA 2LYZA 3A96A 4C3WA 1E8LA 4LZTA 5L9JA 5LYZA 4Z3MA 2HU1A 4B49A 3EO5A 4DD2A 1LSCA 2DQFC 1LZRA 1LJJA 1REYA 5DL9A 4WM5A 3A34A 5DM9A 4ETAA 3HBHA 5KXKA 1IWYA 2VB1A 4IJ4A 1XGTC 2MEHA 5APDA 5DLAA 3TMUA 4CFOA 4XJBA 1VATA 1GAZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EQEA 4N0JA 1L69A 1P2LA 1T6HA 169LA 1GB6A 1KIPC 4G4HA 162LA 2BQFA 3ODUA 1B7OA 4LGKA 2HEAA 1LMCA 4WO9A 3C8RA 1C6PA 1CJ6A 3G3AB 2DQGY 5JENB 1LYFA 4NG1A 1DYEA 3WULA 233LA 1L48A 5HMVA 1GB2A 153LA 1BVKC 1HFZA 1WTHA 1WVVA 3P4ZA 1OV7A 1IY3A 1QS9A 4J1BA 1L64A 4YX7C 1VFBC 4NGKA 1HFXA 1I20A 5FHWA 1PQIA 2CJLA 103LA 217LA 3WVYA 1BB5A 4WMGA 5D5FA 4Z41A 1L21A 1G0KA 2CGIA 134LA 1KY0A 5F14A 4AQNA 3RZEA 3C7ZA 3B0IA 4H91A 102LA 112LA 3CB7A 3A91A 4DD9A 1L96A 1DQJC 2B74A 1FLWA 5LXWA 1I6SA 1L52A 3CT1A 4O34A 2F47A 1TLAA 1CKFA 4DD7A 3J4GA 3HTBA 1P64A 1L94A 1DKJA 1GBXA 2Z12A 3EBAB 1HEOA 181LA 1G0LA 1LHLA 3FI7A 150LA 1B7LA 252LA 4OOTA 1LZCA 230LA 5L3HA 4PJZA 4H1PA 1QT6A 1CVKA 108LA 3AW6A 3QY4A 4EPIA 1LZ9A 3N9CA 1G7JC 3DKEX 1HC0A 4LZMA 1YILA 1JJ1A 4ETEA 4H9CA 1G0GA 1V7SA 4YM8A 3AGHA 1D0KA 4XJFA 2OEAX 1C43A 1JITA 1LJGA 1LYYA 4W57A 1L0JA 1P6YA 2HECA 3DN8A 3HT7A 184LA 3WW5A 1C10A 1UIDA 1GB3A 4I7TA 3SB9A 2MEEA 2YBJA 1GDXA 1TEWA 3A6CY 5J7CA 4UWVA 4XN6A 1FLQA 1L70A 4OOOA 1L31A 1LJKA 3B0KA 1IIZA 1L89A 1LI6A 4TWSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EQE A;  3AW7 A;  4N0J A;  5F81 A;  4YEO A;  4YOP A;  2H5Z A;  1B5Z A;  1GB6 A;  1GFG A;  1KIP C;  4G4H A;  1JJ0 A;  4DT3 A;  5LYT A;  3MGW A;  1NWG A;  2BQF A;  3EXD A;  1J1X Y;  5A3E A;  1JIS A;  3CT0 A;  5KY1 A;  2Z37 A;  2MEG A;  1F10 A;  1B7O A;  4LGK A;  1UBZ A;  1DXJ A;  1JKC A;  2HEA A;  1BB4 A;  1YAO A;  1LMC A;  3RT5 X;  2D4K A;  5APE A;  5LAF A;  4WO9 A;  5KXL A;  1CJ6 A;  3G3A B;  5FCP A;  2G4Q A;  3WUA A;  2DQG Y;  5HQ1 A;  1LHJ A;  4OWB A;  5JEN B;  1YL1 X;  4WL7 A;  1PZY A;  4QDN A;  3J6K A;  4NG1 A;  1BB3 A;  3K3T A;  4N5R A;  5F16 A;  1JSE A;  1OUE A;  2EKS C;  3WUL A;  4HPE A;  2W1X A;  1B7N A;  2G4N A;  1GFE A;  1O23 A;  4ANR A;  2CDS A;  5HMV A;  4HV1 A;  1GB2 A;  4DD3 A;  4B0D A;  153L A;  1BVK C;  1HFZ A;  1BWH A;  1LZN A;  1RCM A;  4WLX A;  4XJD A;  4NGW A;  1JTT L;  4H94 A;  1GAY A;  4D9Z A;  1WVV A;  2BPU A;  3LYT A;  1LSF A;  1REX A;  1IY3 A;  1HF4 A;  1UIA A;  3P4Z A;  4J1B A;  4KT3 A;  1GFT A;  2IHL A;  1KIR C;  2BQJ A;  5KXX A;  2YBH A;  3B72 A;  1JTP L;  1JPO A; 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 1BWI A;  3P64 A;  4WG7 A;  5M1Y A;  1WQO A;  5I4Y A;  3GXR A;  1IOC A;  1IOR A;  1TBY A;  4H8Z A;  4WLY A;  1NKH A;  1IEE A;  1CJ8 A;  1XSF A;  1OUJ A;  4QEQ A;  4WLD A;  2YVB A;  8LYZ A;  5LVK A;  5APF A;  1BQL Y;  2F30 A;  3KAM A;  4HSF A;  1AKI A;  1AZF A;  1LSE A;  4G49 A;  5E4P A;  4WM3 A;  5B59 A;  3AZ7 A;  5E9R A;  2BQA A;  2XJW A;  2C8P A;  2EIZ C;  3WPJ A;  9LYZ A;  1RFP A;  1GXV 2;  4W96 A;  1DI3 A;  1DKK A;  5KXM A;  2BQC A;  4HV2 A;  3W6A A;  2LZT A;  3TMV A;  4PHI A;  5LA5 A;  1LZA A;  1GFV A;  3HBD A;  5I54 A;  1DI5 A;  2C8O A;  3ATN A;  1BGI A;  2CWI A;  1LMO A;  4WO6 A;  1Z55 A;  1B2K A;  5C6J A;  4NHQ A;  154L A;  4GCF A;  1H6M A;  1LZ4 A;  3AZ4 A;  1UA6 Y;  1QSA A;  1GF4 A;  4E3U A;  3VWO A;  2ZYP A;  2AUB A;  1LSB A;  4W94 A;  1OQM A;  4YF2 A;  1PS5 A;  1GXX A;  1YKZ X;  1REM A;  4ET8 A;  1HEQ A;  1GEV A;  3A6B Y;  2ZIL A;  1JJ3 A;  4MCK A;  2ZIJ A;  1MEL L;  4LYT A;  1GB0 A;  1NBZ C;  4WL6 A;  4A7D A;  1GE1 A;  4G9S A;  1RE2 A;  1XGR C;  2X0A A;  3LYO A;  5KXW A;  3ULR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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