3CDQA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRSCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3cdqA00
1C6PA 151LA 3L2XA 1L26A 4GBRB 1LYEA 166LA 1L68A 3F9LA 3GUJA 4I7TA 1G1WA 1L65A 149LA 1L66A 4I7KA 4W53A 1L20A 2IGCA 3HUKA 168LA 3C80A 1OVJA 2B74A 4I7LA 7LZMA 249LA 4LDEA 218LA 3DN3A 2RAYX 3GUIA 1L00A 3GUPA 1LGXA 1L08A 4EKSA 1L72A 5LZMA 1CU2A 1L89A 2B72A 247LA 130LA 2OE9X 2RAZX 226LA 3C7ZA 173LA 221LA 4ZPUA 1L85A 2QB0B 175LA 3CDRA 4ARQB 3OE9A 1JTNA 1C6EA 1L43A 1L67A 167LA 1SX7A 2A4TA 1L30A 232LA 170LA 189LA 1L05A 213LA 123LA 2B6XA 2LZMA 122LA 1KW5A 157LA 1P3NA 4I7OA 1L71A 3GUOA 1PQKA 3DN4A 1G06A 1L64A 250LA 1WTHA 3SN6R 1C6MA 1CU6A 148LE 1L22A 2L78A 1L90A 1QTBA 3DMXA 2OE7X 261LA 219LA 2B75A 1C6TA 216LA 139LA 129LA 2Q9DA 1L48A 241LA 3HT9A 137LA 1C68A 1LYJA 3HUQA 257LA 1L38A 3HDFA 3SBAA 176LA 1L75A 4YXAC 1L47A 1PQMA 4LZMA 1DYFA 227LA 3V2YA 1P36A 1CV1A 191LA 1C62A 1PQJA 1ZURA 2B6YA 1DYBA 3HT7A 3NY9A 1CTWA 1P56A 3PBLA 1L84A 205LA 1L0KA 1L98A 178LA 158LA 1C63A 1T8AA 182LA 4EPFA 1L54A 2RB1X 3G3XA 1P64A 1SWZA 1L18A 1SSWA 1LWGA 1L99A 2RBNA 110LA 1B6IA 1D2YA 1LYIA 160LA 109LA 1QT7A 2NTHA 3CDQA 4EKQA 1L63A 3HH4A 144LA 1OV7A 3HT6A 1LYHA 1G0QA 1P6YA 1L27A 2RBOA 3G3WA 253LA 1D2WA 3C83A 1C6AA 4W51A 3HH5A 1L95A 1OWYA 1L49A 1QT5A 1XEPA 2RH1A 3EMLA 3DN6A 1QTCA 1L39A 3PDSA 162LA 1L21A 102LA 262LA 3G3VA 177LA 4W57A 3DN0A 3GUKA 1D3FA 3SBBC 1CV5A 3HTDA 1L04A 2B73A 1G0LA 2OTYX 190LA 3GUNA 2F32A 1SSYA 1L06A 1XJTA 2HULA 240LA 1PQIA 1QT8A 1CV0A 2LC9A 1C6FA 2OU9A 1QT4A 4ARQA 258LA 1L62A 1KS3A 1CUQA 118LA 152LA 4ARLA 256LA 4I7RA 4ARJA 1C6QA 2OTZX 4W52A 4I7PA 4W54A 1CU5A 4I7JA 246LA 6LZMA 3D4SA 3HU9A 1D9WA 3FA0A 1QT6A 199LA 1DYAA 1L52A 3C8SA 1C6BA 1ZWNA 1LGUA 2B7XA 3QAKA 4W56A 4W58A 3C8RA 3HWLA 4I7QA 4K5YA 147LA 1L15A 104LA 1C6DA 222LA 1T8GA 1LI3A 1D3JA 1QS9A 1L09A 1KY0A 1L81A 1OVHA 2Q9EA 3FADA 1G0KA 172LA 186LA 223LA 251LA 2OEAX 143LA 2LCBA 3HTBA 1G0MA 1C64A 1QS5A 2RBQA 1XJUA 3DKEX 1P2LA 225LA 228LA 131LA 1LLHA 1NHBA 140LA 4I7MA 103LA 3C8QA 244LA 210LA 3HTFA 1PQDA 107LA 4E97A 1G07A 3F8VA 2NTGA 224LA 252LA 2ANVA 4EPIA 3DN2A 1DYEA 1P5CA 192LA 3L64A 4AQNA 156LA 1L03A 146LA 4ARMA 1OVKA 187LA 3GUMA 1L25A 212LA 1L51A 3VW7A 1DYDA 1P46A 4DKLA 127LA 1ZYTA 259LA 1L92A 3OE0A 3CDTA 3HUAA 1SX2A 1L55A 4EKPA 4IAPA 1L13A 198LA 142LA 1L80A 1QT3A 1L88A 1OV5A 242LA 1QTZA 2RB2X 231LA 1L29A 248LA 1L01A 4PJZA 1L32A 4I7NA 4I7SA 119LA 1G0GA 1T6HA 159LA 2CUUA 1L34A 1L41A 201LA 1QUDA 1LWKA 4GRVA 164LA 209LA 254LA 138LA 128LA 1C6JA 3SB5A 4YX7C 3NY8A 1L16A 1CX6A 1C61A 1C6GA 2RBPA 2B6ZA 1LYFA 4DJHA 1C6NA 1LI6A 3ODUA 171LA 4YXCA 1P7SA 1L33A 3SB6A 2B70A 3RZEA 1L83A 2ANXA 114LA 1JTMA 1L23A 1L24A 1LGWA 4EJ4A 1L97A 163LA 3DN8A 1CUPA 1L79A 1G0JA 3C81A 1L73A 2RB0X 1L02A 145LA 1L50A 185LA 1L0JA 1C67A 1C65A 215LA 3HU8A 3JR6A 260LA 155LA 2OU8A 1QUGA 3UONA 1L74A 229LA 233LA 1L19A 1L86A 188LA 1C69A 1QTVA 238LA 1EPYA 1T8FA 112LA 4DAJA 1TLAA 1LW9A 3C82A 125LA 1L11A 1L58A 1C60A 1CV3A 4EKRA 1JQUA 3LZMA 214LA 1P37A 243LA 1L31A 3HH6A 4EXMA 3DMVA 3DMZA 2F2QA 1L94A 1CV4A 1L76A 217LA 181LA 3NYAA 3HTGA 3HH3A 2OU0X 1L28A 1L40A 180LA 1L69A 1L45A 1C6CA 120LA 3OE6A 1L82A 1QSQA 3HT8A 195LA 1CX7A 1L17A 4W55A 220LA 3RUNA 2B6WA 211LA 3SB9A 234LA 150LA 1I6SA 1L91A 3DNAA 1L42A 230LA 3C7YA 1L70A 1L46A 1QUHA 1L14A 3SB7A 3C7WA 1QSBA 1K28A 197LA 1LYGA 1T97A 2OE4X 2O7AA 1D3MA 236LA 1L57A 3DN1A 1D3NA 3CDOA 4LDOA 141LA 1L10A 1L59A 161LA 2B6TA 4PK0A 1CV6A 1L36A 1LYDA 1L96A 1C6IA 3V2WA 237LA 1DYCA 1PQOA 1LI2A 2RBSA 1G1VA 1L44A 1P2RA 1SWYA 2HUKA 3SB8A 1L07A 2RBRA 1C6KA 1CU0A 206LA 2Z6BA 165LA 4LDLA 1L93A 1LPYA 1C6LA 2QARC 200LA 1KW7A 235LA 126LA 1L56A 1L77A 115LA 2O79A 3K2RA 255LA 1QTHA 2F47A 239LA 4ARMB 3OE8A 4ARPA 183LA 1L61A 1L37A 1KNIA 1L12A 5I14A 1L35A 1L60A 1OWZA 184LA 1OYUA 1QTDA 4OO9A 113LA 1QUOA 3CDVA 245LA 2HUMA 1C6HA 3HDEA 1L87A 111LA 169LA 1C66A 3GULA 196LA 1KY1A 1L53A 4S0WA 1CU3A 108LA 174LA 3FI5A 1CVKA 1G0PA 1DYGA 2O4WA 4W59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DQ7A 1L26A 4GBRB 1LYEA 4HPIA 3ZVQB 3WL2A 2DKVA 3TMXA 4C5FA 2IGCA 2D4KA 1J1OY 1B2KA 3C80A 2B74A 2H9JA 7LZMA 3DN3A 3WMKA 1HNLA 2A7FA 1L00A 1LSCA 3AW7A 4PHIA 1L72A 3RNXA 1L89A 3RT5X 247LA 5APEA 2RAZX 4GCDA 1AKIA 2I6ZA 1L85A 2XQOA 4ARQB 1GBXA 1LJNA 1NKHA 1JTNA 1W6ZA 2DQFC 3A91A 167LA 170LA 1B5XA 4DQJA 1FN5A 1JPOA 1V7TA 2BQMA 1IOTA 4H94A 1EL1A 4FDYA 2L78A 1L90A 2C8PA 4WLTA 1LSZA 5DM9A 1IR9A 2DQGY 261LA 153LA 1B7NA 1LMPA 4QGZA 5APFA 1LYJA 1MELL 2A7DA 3HDFA 3TMUA 2F4AA 193LA 3V2YA 2BQKA 1PQJA 1YILA 4TSBA 1CTWA 1ALCA 4O34A 1G7LC 5II3A 158LA 1RJCB 4A7DA 1IY3A 1OUFA 4EPFA 4NGIA 3G3XA 1SWZA 1L18A 1SSWA 1DKKA 1L99A 1B6IA 1LYIA 1QT7A 1HFXA 3CDQA 4EKQA 2LHMA 1JHLA 1L27A 1HENA 3ZVQA 1D2WA 4W51A 3HH5A 4GCBA 1XEPA 3DN6A 5KXOA 5FELA 4XJGA 102LA 1NDGC 2EPEA 3HFMY 4W57A 1BVXA 4OWAA 1UIDA 3TXEA 4NSJA 4ZEEA 3GUNA 1A4VA 1L06A 1XJTA 4ETBA 2HULA 1LMNA 4TUNA 1GF0A 4H8ZA 2OU9A 1QT4A 2YDGA 1OUGA 4ARQA 258LA 3OJPA 2IHLA 4I7RA 4ET9A 2LYOA 4I7JA 1INUA 4G49A 4HP0A 2CDSA 1C6BA 2B7XA 4W56A 1GB3A 3HBHA 1LHIA 4I7QA 1IWTA 1CJ8A 1C6DA 1D3JA 1EQEA 1D0KA 3TXGA 3W6AA 3FI7A 2CGIA 1G7IC 1GAYA 3FADA 1G0KA 223LA 251LA 2OEAX 2XTHA 143LA 3GXKA 1GFTA 2YBHA 1LAAA 1G0MA 1C64A 3RW8A 4CFPA 1P2LA 1GEZA 1GB8A 2F4GA 1LLHA 3W6CA 1JKDA 4NGVA 3F8VA 1IWYA 3W6FA 2NTGA 2DQDY 2ANVA 1LSEA 3L64A 4LYOA 156LA 1IP3A 187LA 1L25A 4XYYA 127LA 1O23A 5I5QA 1B7PA 5KXWA 5LVKA 4N0JA 4IATA 142LA 1QT3A 2MEEA 1L88A 1BWHA 1QDRA 4PJZA 2D6BA 2BQHA 4GRVA 3A8ZA 4I0CA 1C6JA 3SB5A 3A96A 1C61A 1BB3A 1LZ6A 1LI6A 4YXCA 1P7SA 1HFYA 2Q0MX 1L83A 114LA 2DQJY 8LYZA 1OUIA 2Z2FA 1NMMA 1L73A 1LHMA 5I54A 1IO5A 1C65A 3TXKA 4HJYA 3JR6A 5LXWA 229LA 1JJ1A 2BQAA 1JISA 2D4JA 1AM7A 1LZAA 1TLAA 1C08C 4X3BA 2H5ZA 1L58A 2HU3A 4HTQA 1LZ8A 1CV3A 1GXV2 1FLYA 3B0OA 2Y8PA 243LA 3ULRA 1LYSA 3HH6A 1LZYA 4EXMA 4WL7A 1GB0A 3DMZA 2F2QA 3B6LA 3AB6A 1L76A 3HTGA 3HH3A 1VDTA 4H9BA 4WM1A 2YBMA 2F2NA 4G4CA 2F30A 2Z18A 2ZWBA 220LA 3RUNA 2B6WA 234LA 1JWRA 4DYGA 1QUHA 2LYZA 3C7WA 4XJBA 2OE4X 2O7AA 1GHLA 1D3MA 1L57A 3DN1A 5DN5A 4YOPA 4LDOA 1L10A 5F9XA 1CKHA 2B6TA 4PK0A 1LSMA 5KJ9A 5LIOA 1L36A 1LYDA 1DXJA 1IORA 4OWCA 4GLVA 1LI2A 1TAYA 1L44A 3SB8A 5LA8A 3AJNA 2FBBA 4WL6A 3ZEKA 206LA 4U3XB 1LMCA 2QARC 3AGGG 200LA 235LA 1GFRA 4QDNA 2DQIY 3K2RA 1IWVA 1QTHA 2F47A 4ARMB 1LOZA 4LFXA 5KXXA 1L37A 1VEDA 4DWXA 1L12A 3QNGA 1CKFA 2LZ2A 2ZIJA 4OO9A 113LA 1GE4A 5HLLA 4B0DA 245LA 2HUMA 3CSRA 1L87A 4D9ZA 9LYZA 1LJEA 135LA 2MECA 1CJ6A 1KY1A 1L53A 1HELA 1CU3A 2XBSA 108LA 2YBNA 5KXKA 4BAPA 1LJKA 2O4WA 4ANRA 4W59A 3A94A 1UIBA 5JENB 2DBTA 3L2XA 5AMYA 166LA 1LJGA 3ATOA 3W6BA 4M4OA 132LA 3LHMA 1D0LA 3HUKA 168LA 1UUZC 4I7LA 4LDEA 3GUIA 1L08A 4NHSA 2ZYPA 1DZBX 4NHQA 2B72A 2OE9X 130LA 4TWSA 173LA 4DC4A 1L43A 2A4TA 5F81A 1L30A 2HEBA 1MLCE 3W6EA 1NWGA 4H9EA 2LZMA 1KW5A 4Z98A 4I7OA 3GUOA 1PQKA 1YANA 1G06A 1WTHA 3SN6R 148LE 4W96A 3WU8A 5FSTA 1KXYA 1QSAA 1C6TA 216LA 2BQGA 2Q9DA 3A67Y 1L48A 1C68A 5J7CA 3HUQA 5B05A 5KXYA 4LT1A 1XGTC 1L47A 1GBOA 4NY5A 1LZDA 1CV1A 1C62A 1RI8B 1ZURA 1KXXA 1IVMA 1BB7A 1GEVA 3NY9A 1P56A 3PBLA 5DL9A 5HQ1A 1L84A 1D6PA 1L98A 178LA 1LZ9A 1LZNA 154LA 1T8AA 182LA 2EQLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DQ7 A;  1L26 A;  4GBR B;  1LYE A;  4HPI A;  3ZVQ B;  3WL2 A;  2DKV A;  3TMX A;  4C5F A;  2IGC A;  2D4K A;  1J1O Y;  1B2K A;  3C80 A;  2B74 A;  2H9J A;  7LZM A;  3DN3 A;  3WMK A;  1HNL A;  2A7F A;  1L00 A;  1LSC A;  3AW7 A;  4PHI A;  1L72 A;  3RNX A;  1L89 A;  3RT5 X;  247L A;  5APE A;  2RAZ X;  4GCD A;  1AKI A;  2I6Z A;  1L85 A;  2XQO A;  4ARQ B;  1GBX A;  1LJN A;  1NKH A;  1JTN A;  1W6Z A;  2DQF C;  3A91 A;  167L A;  170L A;  1B5X A;  4DQJ A;  1FN5 A;  1JPO A;  1V7T A;  2BQM A;  1IOT A;  4H94 A;  1EL1 A;  4FDY A;  2L78 A;  1L90 A;  2C8P A;  4WLT A;  1LSZ A;  5DM9 A;  1IR9 A;  2DQG Y;  261L A;  153L A;  1B7N A;  1LMP A;  4QGZ A;  5APF A;  1LYJ A;  1MEL L;  2A7D A;  3HDF A;  3TMU A;  2F4A A;  193L A;  3V2Y A;  2BQK A;  1PQJ A;  1YIL A;  4TSB A;  1CTW A;  1ALC A;  4O34 A;  1G7L C;  5II3 A;  158L A;  1RJC B;  4A7D A;  1IY3 A;  1OUF A;  4EPF A;  4NGI A;  3G3X A;  1SWZ A;  1L18 A;  1SSW A;  1DKK A;  1L99 A;  1B6I A;  1LYI A;  1QT7 A;  1HFX A;  3CDQ A;  4EKQ A;  2LHM A;  1JHL A;  1L27 A;  1HEN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4DQ7 A;  1L26 A;  4GBR B;  1LYE A;  4HPI A;  3ZVQ B;  3WL2 A;  2DKV A;  3TMX A;  4C5F A;  2IGC A;  2D4K A;  1J1O Y;  1B2K A;  3C80 A;  2B74 A;  2H9J A;  7LZM A;  3DN3 A;  3WMK A;  1HNL A;  2A7F A;  1L00 A;  1LSC A;  3AW7 A;  4PHI A;  1L72 A;  3RNX A;  1L89 A;  3RT5 X;  247L A;  5APE A;  2RAZ X;  4GCD A;  1AKI A;  2I6Z A;  1L85 A;  2XQO A;  4ARQ B;  1GBX A;  1LJN A;  1NKH A;  1JTN A;  1W6Z A;  2DQF C;  3A91 A;  167L A;  170L A;  1B5X A;  4DQJ A;  1FN5 A;  1JPO A;  1V7T A;  2BQM A;  1IOT A;  4H94 A;  1EL1 A;  4FDY A;  2L78 A;  1L90 A;  2C8P A;  4WLT A;  1LSZ A;  5DM9 A;  1IR9 A;  2DQG Y;  261L A;  153L A;  1B7N A;  1LMP A;  4QGZ A;  5APF A;  1LYJ A;  1MEL L;  2A7D A;  3HDF A;  3TMU A;  2F4A A;  193L A;  3V2Y A;  2BQK A;  1PQJ A;  1YIL A;  4TSB A;  1CTW A;  1ALC A;  4O34 A;  1G7L C;  5II3 A;  158L A;  1RJC B;  4A7D A;  1IY3 A;  1OUF A;  4EPF A;  4NGI A;  3G3X A;  1SWZ A;  1L18 A;  1SSW A;  1DKK A;  1L99 A;  1B6I A;  1LYI A;  1QT7 A;  1HFX A;  3CDQ A;  4EKQ A;  2LHM A;  1JHL A;  1L27 A;  1HEN A; 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