111LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKNELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 111lA00
1L71A 1L79A 3SBAA 210LA 1CV0A 1QTDA 1G07A 1L43A 221LA 3QAKA 1C6NA 1T97A 3HH6A 262LA 1L32A 2LZMA 2QB0B 1C6JA 3GUMA 4EKQA 2B7XA 1PQMA 2HULA 1CU6A 1L73A 4W58A 2RH1A 1P6YA 2B73A 1L80A 2LC9A 3FI5A 4W56A 1T8FA 2OU9A 3SB6A 1DYEA 246LA 3SB5A 1LYFA 3HUKA 131LA 1L89A 4W55A 3CDOA 1P46A 1OYUA 2RBQA 2B74A 1LLHA 3FADA 3DKEX 2LCBA 2RBPA 1L46A 2F32A 3GUJA 1L25A 220LA 2OU8A 1QT4A 1D3JA 114LA 1L11A 241LA 1L35A 3C8RA 1D2YA 245LA 175LA 205LA 172LA 1L57A 2RBOA 4AQNA 3HDEA 4ARJA 1G0QA 213LA 1QUHA 3HUAA 1G1VA 4EKSA 1L40A 1L56A 1L72A 3HU9A 244LA 1L21A 236LA 143LA 4LZMA 235LA 3LZMA 140LA 3HU8A 1P37A 1OV5A 3DN2A 4DJHA 4LDOA 123LA 1L03A 1L90A 1XJTA 247LA 5LZMA 129LA 2HUKA 1L0KA 1QUGA 218LA 1ZURA 1CU3A 169LA 3HH4A 1L67A 1LGUA 1L86A 1ZWNA 2ANXA 230LA 2NTHA 1QTBA 1LI3A 1QSBA 2RB2X 4W57A 2B6YA 3JR6A 2RB0X 234LA 107LA 176LA 1L26A 1L05A 1L12A 1L76A 1L14A 3OE9A 177LA 1P64A 215LA 167LA 229LA 4S0WA 1DYBA 1QTCA 3OE8A 1DYGA 3DN0A 1ZYTA 3CDTA 1L87A 128LA 1OV7A 249LA 1L83A 1L64A 2RBRA 1L97A 1QT7A 4GBRB 4YXCA 1C66A 1L69A 4I7KA 1OVKA 1L58A 1L62A 3C7ZA 149LA 1C6GA 1L77A 1C6TA 1LYEA 1L18A 112LA 3DMXA 1C6PA 1L92A 206LA 181LA 1L0JA 1LGWA 119LA 3HT7A 4W51A 1LYIA 1L31A 1QUOA 3L64A 180LA 260LA 4W54A 170LA 1L98A 1QTHA 3CDVA 1L68A 2RAYX 1QSQA 173LA 201LA 1DYAA 2B72A 255LA 1L27A 1L04A 1OWZA 2F47A 1L84A 231LA 1CV4A 224LA 4W53A 237LA 243LA 3F8VA 148LE 1L49A 1CTWA 3C82A 258LA 1L65A 1G0MA 2OTZX 4LDEA 7LZMA 1C65A 4I7SA 4I7JA 2Z6BA 1L33A 225LA 1G0LA 3HH5A 6LZMA 142LA 178LA 186LA 3G3VA 4EPIA 157LA 3DMVA 1C6QA 1L06A 3DN3A 1L36A 3HWLA 122LA 1L47A 3C80A 113LA 3V2WA 1L66A 3EMLA 240LA 250LA 1CX6A 3GUNA 1C68A 4I7LA 1LGXA 4W59A 1QTZA 1TLAA 1P56A 3C83A 1QUDA 3C81A 1CVKA 1PQKA 1P2RA 198LA 226LA 2OE4X 1D3FA 151LA 2B6WA 1L50A 1I6SA 1T6HA 1LI2A 1LYDA 3GUKA 1L28A 3CDQA 251LA 1L82A 1C6KA 3DN1A 1L55A 1KW5A 1L53A 1P2LA 238LA 1C64A 1L39A 1L37A 161LA 2B6XA 1CU5A 137LA 1LWKA 1QS9A 4I7MA 1PQJA 190LA 3PBLA 223LA 1XJUA 222LA 127LA 110LA 189LA 168LA 2RAZX 1C6AA 1T8GA 1L23A 4YX7C 160LA 164LA 1C6EA 1L75A 171LA 1L61A 1LYGA 1L60A 1KY1A 155LA 1QT8A 2OU0X 1DYCA 3GUPA 3HT9A 197LA 1P3NA 1DYDA 139LA 1QS5A 4ARQA 3DN6A 2OTYX 4ARMA 4IAPA 1L30A 4I7NA 1L13A 2O79A 219LA 3HTFA 4PK0A 1CU0A 3NY8A 217LA 1L02A 252LA 2Q9DA 3SB9A 3NYAA 4EKRA 261LA 212LA 3C7YA 118LA 1L95A 1L01A 1L88A 248LA 1CUPA 3HT6A 3FA0A 1L41A 1OVJA 1OVHA 188LA 1L96A 1CV3A 2B70A 1WTHA 1L94A 3G3XA 2L78A 3HDFA 3SB7A 1L91A 227LA 1CV5A 3C8QA 4YXAC 4I7RA 242LA 1CX7A 1C6BA 126LA 2A4TA 3GULA 4I7QA 158LA 1C61A 1CU2A 1JTNA 2B6ZA 4OO9A 1T8AA 103LA 3ODUA 3K2RA 1DYFA 1JQUA 239LA 1KNIA 1KW7A 253LA 3D4SA 4I7TA 4EKPA 145LA 1L45A 156LA 3HTDA 2QARC 2B6TA 144LA 3DN8A 3DMZA 1QT5A 1G0KA 200LA 209LA 1L48A 2ANVA 259LA 138LA 3F9LA 1L85A 1QT6A 182LA 211LA 1L15A 1C6FA 1C6HA 3UONA 1C63A 166LA 1L42A 3C7WA 1L93A 214LA 1PQOA 1NHBA 254LA 2F2QA 1L24A 1SSWA 1L10A 228LA 1C60A 256LA 2O7AA 1C69A 2OE7X 4ZPUA 1C6IA 1L52A 1PQDA 3RUNA 1OWYA 1L81A 1SWYA 216LA 4LDLA 1C6CA 4ARPA 159LA 3V2YA 3SBBC 1L38A 163LA 1L99A 1P5CA 1PQIA 120LA 1L51A 102LA 3L2XA 4I7OA 5I14A 2CUUA 3HUQA 187LA 4GRVA 1D3NA 2IGCA 199LA 4E97A 233LA 125LA 1LPYA 1D9WA 3VW7A 1KS3A 4I7PA 147LA 2RB1X 3C8SA 174LA 3G3WA 1C6DA 1G0PA 1L70A 192LA 2B75A 1SWZA 1C67A 1D3MA 4EPFA 1L16A 257LA 3GUIA 1EPYA 1L08A 2OE9X 3HH3A 4ARQB 146LA 1G0GA 1LWGA 1QT3A 4ARMB 2NTGA 2RBNA 152LA 3HT8A 3DN4A 1L29A 2O4WA 3GUOA 1D2WA 1JTMA 1L34A 3SN6R 191LA 115LA 1C6MA 1LYJA 1SSYA 3HTGA 1G1WA 184LA 1P36A 3DNAA 4EXMA 196LA 1B6IA 165LA 1CUQA 1C6LA 1CV1A 3OE0A 4PJZA 3CDRA 1P7SA 1KY0A 1L54A 3NY9A 4DAJA 2OEAX 1L09A 1L19A 2HUMA 2Q9EA 4ARLA 195LA 1LW9A 1SX7A 3PDSA 1L20A 1LI6A 4EJ4A 185LA 104LA 1L07A 3SB8A 1G06A 1L63A 4W52A 162LA 1LYHA 3OE6A 1L44A 1L74A 4DKLA 1C62A 1L22A 1K28A 183LA 1L59A 1CV6A 1L00A 109LA 1QTVA 1XEPA 108LA 3HTBA 4K5YA 1SX2A 130LA 141LA 111LA 1G0JA 2RBSA 150LA 232LA 3RZEA 1L17A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A3RX 1L71A 4M6DA 4H9IA 3SBAA 1UC0A 210LA 3GXRA 4ETEA 3QAKA 1IR9A 4WM5A 5KXTA 1C6JA 1WQRA 4WL7A 4H91A 4W58A 3WU8A 4X3BA 1P6YA 5KXWA 1UACY 5B07A 3FI5A 2HU1A 1LSMA 1IWTA 4H90A 1L89A 1VDSA 1OYUA 1JSEA 2B74A 3QE8A 1VAUA 2W1LA 4XJBA 2BQLA 1WQPA 4KXIA 1OQMA 4YF2A 1L25A 2HEDA 2W1MA 4OWEA 1OUGA 1XFPL 1KIRC 1LPIA 3C8RA 4PRQA 4WO9A 1FLYA 1LHLA 3A8ZA 2DQAA 5I53A 172LA 1LJEA 1DI4A 3HDEA 7LYZA 1JEFA 213LA 3AZ7A 4G4BA 1G1VA 5KXPA 1D6PA 3W6FA 1L21A 2DBTA 1OUIA 1JJ0A 4LZMA 4YEOA 3LZMA 140LA 1GF3A 1P37A 3DN2A 5LAFA 4LDOA 1L03A 1XJTA 5LZMA 1QUGA 4P2EA 2A7FA 1J1XY 4NSJA 3HH4A 4MR1A 3ZVQB 1ZWNA 2ANXA 1UIGA 4CFPA 3A6BY 4WM2A 1GFJA 1NBZC 3JR6A 2RB0X 1G7IC 1UIHA 176LA 1GB8A 4OWBA 1L12A 1L76A 1L14A 3OE9A 177LA 4XN6A 1GF0A 215LA 167LA 1DYBA 1B5YA 1QTCA 2CDSA 4YOPA 1OV7A 4GBRB 1QT7A 1AKIA 1LSEA 2HEEA 3EBAB 208LA 4OW1A 1L77A 4TUNA 1RCMA 4DQ5A 3AW6A 1OUEA 4NSGA 1IOTA 1QUTA 4GCDA 1LGWA 4PGJB 4W51A 1LYIA 5KXLA 4UWVA 1L31A 4DQJA 5L9JA 1LJGA 1QSQA 1UIDA 4AXTA 4ETBA 2A7DA 4GLVA 231LA 224LA 1B5ZA 3C82A 3RNXA 1IWZA 2OTZX 4HJVA 4LDEA 1VDTA 5FCPA 4GLAA 1L33A 4FJRA 225LA 3HH5A 3WXTA 2Z19A 178LA 1YANA 3AGHA 186LA 3G3VA 4EPIA 4NGWA 4DT3A 2D91A 3V2WA 3WW5A 1L66A 3EMLA 1CX6A 3W6EA 5E4PA 4TSCA 1QTZA 1LJNA 5F9XA 1MELL 4MSTA 1QUDA 5EBHA 4D9ZA 4YEMA 1IWXA 226LA 2OE4X 5IELA 151LA 1I6SA 3HBHA 1IP7A 1JJ1A 2FBBA 1LMOA 1WQQA 4H9EA 1LYYA 3A6CY 3ULRA 5KXXA 1NQIA 1RI8B 1C64A 3WULA 1LWKA 168LA 164LA 1L75A 1V7SA 2HU3A 1LYGA 155LA 2OU0X 3P4ZA 1P3NA 4ML7A 5C6JA 4B4EA 4DDCA 3DN6A 4N8ZA 1LAAA 4Z98A 1WVVA 1B0DA 2BAAA 2DQIY 4PK0A 1CU0A 4XJDA 2DQJY 1IP3A 4CHXA 212LA 118LA 3AYQA 1XGTC 4H9HA 1LKSA 1OVHA 1OP9B 188LA 5I4YA 1CV3A 1TEWA 1GDXA 1L94A 1VDPA 1L91A 1LMPA 227LA 242LA 4KT3A 3GULA 4IATA 4I7QA 1XSFA 158LA 1LZ4A 1NF5A 3LZ2A 5KXRA 103LA 239LA 2CWIA 1KW7A 3WUNA 3D4SA 4WM3A 2HEAA 3AB6A 1LSFA 1B7OA 1C7PA 1IEEA 4CJ2A 1LZYA 1AT6A 5F81A 2BQHA 1GFTA 3T36A 3A95A 259LA 3B6LA 1LMCA 3F9LA 4HPEA 1QT6A 211LA 1G7MC 1L15A 214LA 1LJFA 4WLTA 1SSWA 1IR7A 1W6ZA 1HF4A 1C69A 2OE7X 3AZ5A 3CSZA 1SWYA 216LA 4ARPA 159LA 1CNSA 1BGIA 3N9AA 4LFXA 1L38A 163LA 4I7OA 3WUMA 2XBRA 2CUUA 3HUQA 4EOFA 2Q0MX 1LSYA 5F14A 1GB2A 233LA 1LPYA 3VW7A 2RB1X 4B49A 2I26L 192LA 1GE0A 1HEWA 1L08A 2OE9X 4ARQB 146LA 4RW2A 1LWGA 4ARMB 1JTOL 1L29A 3AZ4A 1L34A 2Z39A 191LA 1LYJA 4WM6A 1P36A 4J7VA 3DNAA 1IX0A 165LA 1XGQC 3WPKA 4PJZA 1BB4A 1IWVA 1L54A 153LA 1JWRA 2OEAX 3M3UA 1L09A 1L19A 4NIJA 1G7HC 2IFFY 4RLMA 1LW9A 4HTQA 3A96A 4EJ4A 185LA 104LA 4ETCA 1YAOA 1D0KA 1L74A 4H9BA 4DKLA 3CB7A 4O34A 5B06A 1L00A 4NY5A 4U3XB 1GBXA 3OJPA 1LMNA 1G0JA 130LA 1DPXA 1F6RA 4HPIA 1GFKA 1QTKA 1AM7A 5KXYA 1GFUA 1L79A 2ZQ4A 1LSNA 4WO6A 1QDTA 1CV0A 3B72A 1QTDA 1G07A 5L3IA 1C6NA 1LZGA 3HH6A 5FELA 3GUMA 4EKQA 2B7XA 1GEVA 4GN5C 4NSIA 2ZWBA 5LINA 2MEHA 1JJ3A 3W6BA 1GBYA 4W56A 1T8FA 4NG8A 1YAPA 3SB5A 1LYFA 1P46A 1QUSA 4NEBA 3FADA 4H93A 2LCBA 4OOTA 3GUJA 2OU8A 1QT4A 114LA 1L11A 4BAFA 4B4IA 1LZSA 175LA 1HFXA 2RBOA 1G0QA 1QUHA 1N4FA 1L56A 244LA 3GXKA 235LA 5KXMA 1DXJA 4HV1A 1IORA 1CU3A 169LA 2B5ZA 2LYMA 1HC0A 3WXUA 2BQJA 1LSDA 1LI3A 1QSBA 2B6YA 5IDDA 234LA 1L26A 1L05A 1JHLA 3EXDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3A3R X;  1L71 A;  4M6D A;  4H9I A;  3SBA A;  1UC0 A;  210L A;  3GXR A;  4ETE A;  3QAK A;  1IR9 A;  4WM5 A;  5KXT A;  1C6J A;  1WQR A;  4WL7 A;  4H91 A;  4W58 A;  3WU8 A;  4X3B A;  1P6Y A;  5KXW A;  1UAC Y;  5B07 A;  3FI5 A;  2HU1 A;  1LSM A;  1IWT A;  4H90 A;  1L89 A;  1VDS A;  1OYU A;  1JSE A;  2B74 A;  3QE8 A;  1VAU A;  2W1L A;  4XJB A;  2BQL A;  1WQP A;  4KXI A;  1OQM A;  4YF2 A;  1L25 A;  2HED A;  2W1M A;  4OWE A;  1OUG A;  1XFP L;  1KIR C;  1LPI A;  3C8R A;  4PRQ A;  4WO9 A;  1FLY A;  1LHL A;  3A8Z A;  2DQA A;  5I53 A;  172L A;  1LJE A;  1DI4 A;  3HDE A;  7LYZ A;  1JEF A;  213L A;  3AZ7 A;  4G4B A;  1G1V A;  5KXP A;  1D6P A;  3W6F A;  1L21 A;  2DBT A;  1OUI A;  1JJ0 A;  4LZM A;  4YEO A;  3LZM A;  140L A;  1GF3 A;  1P37 A;  3DN2 A;  5LAF A;  4LDO A;  1L03 A;  1XJT A;  5LZM A;  1QUG A;  4P2E A;  2A7F A;  1J1X Y;  4NSJ A;  3HH4 A;  4MR1 A;  3ZVQ B;  1ZWN A;  2ANX A;  1UIG A;  4CFP A;  3A6B Y;  4WM2 A;  1GFJ A;  1NBZ C;  3JR6 A;  2RB0 X;  1G7I C;  1UIH A;  176L A;  1GB8 A;  4OWB A;  1L12 A; 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