225LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNGAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 225lA00
2B7XA 3GUOA 102LA 3C83A 1ZYTA 1L0KA 3HTGA 1L61A 4LDOA 2OE7X 2OE9X 4I7OA 1JTMA 3OE8A 1L72A 4IAPA 4DAJA 1QT4A 147LA 4EXMA 205LA 4I7JA 4AQNA 112LA 174LA 1QUOA 3C8RA 1L34A 4I7KA 3GUIA 1L03A 162LA 1OVJA 2OTZX 4ARJA 4PJZA 157LA 241LA 149LA 1L10A 4YXAC 1SWYA 5LZMA 4EKQA 2A4TA 1LI3A 188LA 1QT5A 138LA 4I7NA 1I6SA 1XJUA 1L49A 255LA 2QB0B 2LC9A 3SB5A 1QSBA 183LA 3HUKA 1L45A 1L11A 2OEAX 242LA 3CDOA 1OVHA 110LA 3DN6A 1C6KA 3HH4A 2OU0X 3HTDA 1C6FA 1L29A 1T6HA 2LZMA 246LA 1L04A 2IGCA 1L41A 1QTDA 1L95A 1L98A 3C7WA 240LA 3SBBC 4PK0A 1L08A 1LYJA 3LZMA 4EJ4A 2RBOA 180LA 3CDTA 1C67A 1PQDA 2RBNA 2HUKA 232LA 1L52A 3OE9A 1LGXA 197LA 3G3VA 2RBQA 1L83A 1C6PA 238LA 206LA 3FI5A 167LA 164LA 1PQMA 1L74A 239LA 122LA 181LA 1OV7A 129LA 1QS5A 163LA 1T8GA 4W51A 159LA 3OE6A 195LA 262LA 3C82A 1L19A 1G0KA 1LI2A 1L69A 3HWLA 1L33A 1CV1A 3NYAA 3CDVA 1P64A 223LA 1L46A 199LA 214LA 1OYUA 2O79A 3SB6A 1L42A 4I7QA 1L12A 146LA 231LA 1CUPA 1L85A 1D3JA 1P3NA 1L37A 224LA 1JQUA 1L87A 3G3XA 2B6ZA 1L71A 201LA 125LA 3VW7A 3DN3A 2OTYX 4EKRA 2ANVA 1L05A 151LA 3DN2A 103LA 217LA 1D9WA 114LA 1OWYA 1L51A 1L06A 1T97A 1TLAA 216LA 4I7LA 1L88A 1CU3A 1L89A 1CV4A 192LA 3JR6A 4W58A 1C6EA 1P5CA 230LA 1EPYA 2NTGA 155LA 1C62A 1L58A 225LA 186LA 2OU8A 1C6HA 250LA 1C6NA 1L93A 1SSYA 235LA 3PBLA 3NY8A 3HDFA 3HT8A 107LA 1G0PA 1L60A 1ZWNA 1C6JA 236LA 1L47A 1L94A 3F8VA 140LA 111LA 1KY0A 3SB9A 1L57A 1KY1A 1P7SA 5I14A 2F47A 4I7PA 4YX7C 253LA 3HTBA 1L30A 3FADA 1LYDA 4LDEA 1CU5A 6LZMA 1SX2A 3K2RA 185LA 1L13A 1G07A 1L80A 3GUMA 3OE0A 1LYEA 1DYCA 3V2WA 1T8AA 1G0JA 1SX7A 3C7ZA 4ARLA 3L64A 4YXCA 1C64A 1QTZA 3C7YA 249LA 3RUNA 118LA 222LA 3DNAA 123LA 2NTHA 3DN1A 1CV3A 152LA 237LA 2B70A 3SN6R 1D2YA 2RBPA 1C6CA 1P46A 3SBAA 3C80A 1L79A 4W57A 1L55A 1QUHA 1L0JA 2B6XA 1C60A 1L68A 4ZPUA 177LA 2HUMA 3ODUA 3HH5A 166LA 1L73A 3DKEX 1LYHA 1C6TA 1KW7A 1LWGA 104LA 2RBSA 1L96A 3HT6A 1L00A 141LA 1LYIA 1QSQA 1D3FA 2OE4X 3EMLA 1SSWA 2Z6BA 2RB1X 1PQKA 4W56A 109LA 175LA 2F2QA 2Q9EA 221LA 1L32A 200LA 1L81A 4GRVA 187LA 1L02A 1C6LA 210LA 1P56A 1CV6A 1L97A 3DMVA 1L59A 1C65A 1G0MA 1L54A 4I7RA 1LI6A 3DN0A 3C8SA 252LA 4W55A 1XEPA 1LGUA 137LA 139LA 1DYGA 1L82A 1L44A 1QTVA 1QUGA 243LA 198LA 233LA 2RH1A 1L84A 2O4WA 3HTFA 1L77A 4GBRB 1DYAA 1T8FA 1NHBA 254LA 218LA 172LA 3HH3A 3CDRA 1G0QA 1L53A 1C6MA 3L2XA 1LGWA 2RAZX 1L26A 3SB7A 2B6YA 1L17A 143LA 1L39A 1JTNA 211LA 1CUQA 2F32A 178LA 1ZURA 3HUQA 3GUNA 2LCBA 2B73A 2B75A 4I7SA 3F9LA 3HH6A 1L25A 1L20A 108LA 3HT9A 4W52A 161LA 1L43A 2RB2X 1L86A 1L21A 131LA 126LA 1G1VA 4EPIA 1QTCA 1LW9A 3G3WA 3QAKA 4I7MA 1L16A 4S0WA 158LA 130LA 145LA 1KW5A 4ARMB 1L99A 127LA 1L48A 1WTHA 3DN8A 1CX6A 1L50A 2O7AA 248LA 1B6IA 7LZMA 1SWZA 3HU8A 1P36A 148LE 1LYGA 1QUDA 229LA 209LA 2B72A 169LA 219LA 189LA 1C68A 168LA 2L78A 2QARC 182LA 1K28A 1C66A 260LA 184LA 1P2RA 1QT7A 258LA 1DYBA 4DKLA 256LA 3SB8A 226LA 3HUAA 1D3NA 245LA 4ARMA 1P6YA 1CU0A 4W54A 1C69A 176LA 227LA 150LA 1KS3A 1L36A 1CX7A 1D2WA 1L40A 2Q9DA 1G0GA 1L91A 1CVKA 170LA 1L14A 1L75A 115LA 1QT6A 3V2YA 2HULA 4W59A 3DMXA 1OVKA 1L15A 1L09A 3C8QA 191LA 1C6DA 1L35A 3CDQA 1QS9A 190LA 1C6IA 1G1WA 171LA 1CU6A 1P2LA 1L38A 4I7TA 4EPFA 1LYFA 244LA 3RZEA 1L23A 228LA 1L56A 3DN4A 1QTHA 1OWZA 3GUJA 156LA 1L76A 3C81A 1DYDA 234LA 1C6AA 4LZMA 160LA 1CV5A 1C6QA 1P37A 3GUPA 3PDSA 2OU9A 1L18A 1L31A 3GULA 1D3MA 1G06A 4ARQB 1C61A 1QT8A 247LA 3NY9A 1CU2A 1PQIA 3D4SA 1L01A 1C63A 1QT3A 2CUUA 1L65A 2RBRA 251LA 215LA 259LA 113LA 1C6GA 220LA 1L63A 4DJHA 1CTWA 173LA 120LA 3UONA 1L27A 1C6BA 1PQJA 3HT7A 2ANXA 1DYFA 1PQOA 2RB0X 4ARPA 1DYEA 2B6TA 1KNIA 3FA0A 3HU9A 142LA 1LPYA 128LA 1L22A 1L92A 1L28A 3GUKA 4W53A 4ARQA 144LA 165LA 1G0LA 2B74A 1LWKA 1L66A 1L70A 3HDEA 1QTBA 2B6WA 261LA 1L24A 257LA 1L62A 4K5YA 4LDLA 1L90A 196LA 4OO9A 2RAYX 1L64A 1OV5A 4E97A 1L67A 1CV0A 1LLHA 1L07A 1XJTA 212LA 4EKSA 3DMZA 119LA 213LA 4EKPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B7XA 1NDMC 5II3A 2Z37A 1KXYA 1P2CC 1I1ZA 2W1XA 1NKHA 5IDDA 1LZEA 3WU8A 2OE9X 1LMAA 4I7OA 1JTMA 1GPQC 1B7LA 4WG1A 4IAPA 1C43A 1OUHA 147LA 4WL6A 4EXMA 3LYOA 1QUOA 1LSGA 1FN5A 3C8RA 4IATA 4WLYA 1L34A 4I7KA 1NBYC 4H93A 1SLYA 3AGHA 162LA 1LYOA 3TMXA 1LJ4A 4DD1A 1QT5A 4MCKA 1DKKA 4I7NA 1IWYA 2LC9A 3SB5A 5FSTA 5LA5A 1GB6A 242LA 1OVHA 1A4VA 3HH4A 1C6KA 4DDAA 5L3HA 1L29A 1HSXA 246LA 1L04A 3HBHA 1L41A 1QTDA 3C7WA 1L98A 1NQIA 1WTMA 4ET9A 1L08A 3CSZA 4D9ZA 4KXIA 4EJ4A 4GCEA 180LA 1C67A 4NSGA 4HTNA 1TDYA 1LGXA 2BAAA 1L83A 1CJ9A 2WARA 1VAUA 1B5XA 1GB0A 2MEBA 239LA 3WPJA 4TX7A 181LA 1OV7A 1LZTA 2HEDA 163LA 2ZYPA 159LA 1AT6A 1UUZC 1LI2A 3NYAA 1L46A 199LA 3SB6A 5KKJA 231LA 1LZNA 1D3JA 4WO6A 1GF9A 1XGTC 4WM6A 224LA 3W6FA 1L87A 3A94A 9LYZA 3VW7A 1IR8A 4XENA 4H9HA 2BQHA 1AKIA 3DN2A 1REXA 5KJ9A 1OWYA 4LT0A 4HJYA 5EBHA 4FDYA 3TXGA 1TLAA 1JKDA 1CU3A 4H90A 1VDPA 1CV4A 2I26L 4H8YA 230LA 5HQ1A 4MSTA 4J0LA 3J4GA 1LSAA 4LT3A 250LA 4NGOA 3PBLA 3OK0A 3HDFA 1G0PA 1CKHA 3ATOA 1C6JA 1JJ3A 1LSEA 111LA 4CGEA 1NWGA 2ZILA 2H9JA 5I14A 2F47A 253LA 3FADA 4BS7A 5FELA 2HEBA 4YEMA 1NDGC 1L80A 3V2WA 4M4OA 5A3EA 4Z41A 1SX7A 2F2NA 3C7ZA 4YXCA 1C64A 222LA 1XEJA 3DN1A 3WH1A 2RBPA 3TXDA 4XJFA 4HV2A 1B7SA 1JUGA 3BKVA 4C3WA 1L68A 4ZPUA 3ODUA 1L73A 3DKEX 4LYZA 4UWVA 1LWGA 2CJLA 5HNCA 104LA 4DDBA 3WUAA 4WM3A 1L00A 141LA 1LPIA 2BQMA 2G4NA 3HBDA 3EMLA 3MGWA 2RB1X 153LA 4DQJA 109LA 1B0DA 2F2QA 3AGIA 1GFRA 2Q9EA 1L81A 5F9UA 5LVIA 187LA 1L97A 3TXJA 2Q0MX 1L59A 1EQEA 1PS5A 3EXDA 1LI6A 1XEPA 137LA 1QTVA 5LINA 1D0LA 3HTFA 1LSPA 1GE4A 1L77A 1T8FA 1GF7A 1NHBA 254LA 218LA 1C10A 1J1OY 2LZTA 2LYZA 2RAZX 1IP2A 3SB7A 1OUJA 1L17A 1L39A 1CUQA 2F32A 4WM4A 178LA 2FBBA 3GUNA 1J1XY 2B73A 4I7SA 108LA 2RB2X 1XGUC 3TMUA 1YAOA 5KXZA 1JWRA 4LT1A 3QAKA 3G3WA 3RNXA 4HJZA 130LA 2DQHY 3AYQA 4AXTA 1G7IC 1L48A 1WTHA 3DN8A 248LA 1SWZA 1OUAA 2AUBA 1LYGA 1QSWA 2B72A 169LA 4RW1A 189LA 4WM5A 1G7LC 4L41A 132LA 1C66A 2MEGA 4WL7A 1GFEA 2CWIA 1QT7A 1DYBA 1IR9A 226LA 3HUAA 3SB8A 1IOQA 4ARMA 1P6YA 4HPEA 227LA 150LA 1CX7A 1GFUA 5T3FA 1L40A 1B7MA 3A3RX 1CJ7A 4N1CC 1C6IA 1G1WA 1L38A 1LYFA 4NHTA 4W96A 1SQ2L 4EOFA 1LZCA 1HSWA 1WQMA 1TEWA 1QTHA 2HU3A 3GUJA 4H9IA 156LA 1L76A 1HFZA 234LA 1JITA 1B9OA 3PDSA 1GB7A 1C61A 1QT8A 247LA 1CU2A 1DPXA 3A96A 3WVXA 1BWJA 4WLDA 5DLAA 5HNLA 2ZQ3A 1L65A 5IHGA 2RBRA 215LA 1LKSA 113LA 1C6GA 2HEAA 3EO5A 4DJHA 5C6LA 1LJKA 3UONA 2G4PA 2EIZC 3HT7A 1DKJA 2ANXA 4ZIXA 1DYFA 4ARPA 1DYEA 2XJWA 2DQEY 1HEPA 1BHZA 142LA 3A6CY 1GF6A 2MEHA 4NY5A 1L22A 3WVYA 1B5YA 1L92A 1L28A 2DQIY 3GUKA 1GBXA 2W1LA 165LA 1G0LA 1TAYA 1IC4Y 4H8XA 1LWKA 1L70A 261LA 1ALCA 257LA 1L62A 1LJNA 1GXXA 3AW7A 1L67A 1LLHA 1LSBA 1L07A 4EKSA 5I5QA 3HBEX 1QSAA 1GBOA 2BQKA 4EKPA 4NSIA 5I4WA 2BQFA 102LA 1ZYTA 4H92A 3HTGA 4LDOA 2Z12A 1OUFA 4DD2A 1B7QA 3OE8A 1JKAA 3RT5X 2YDGA 1LMNA 4GCBA 2F30A 1OQMA 205LA 4I7JA 112LA 4Z46A 1D0KA 133LA 1LOZA 3GUIA 5LA8A 2OTZX 4ARJA 4PJZA 149LA 3VWOA 1L10A 1LJ3A 138LA 3W6BA 1L49A 1QSBA 1L45A 5APCA 110LA 3FI7A 3P64A 3HTDA 1C6FA 1T6HA 2LZMA 1GEZA 2I6ZA 2IGCA 4N9RA 1UIAA 1RI8B 1LSYA 1LYJA 3TMVA 4IASA 4NWEA 2C8OA 1LZ5A 1B7PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B7X A;  1NDM C;  5II3 A;  2Z37 A;  1KXY A;  1P2C C;  1I1Z A;  2W1X A;  1NKH A;  5IDD A;  1LZE A;  3WU8 A;  2OE9 X;  1LMA A;  4I7O A;  1JTM A;  1GPQ C;  1B7L A;  4WG1 A;  4IAP A;  1C43 A;  1OUH A;  147L A;  4WL6 A;  4EXM A;  3LYO A;  1QUO A;  1LSG A;  1FN5 A;  3C8R A;  4IAT A;  4WLY A;  1L34 A;  4I7K A;  1NBY C;  4H93 A;  1SLY A;  3AGH A;  162L A;  1LYO A;  3TMX A;  1LJ4 A;  4DD1 A;  1QT5 A;  4MCK A;  1DKK A;  4I7N A;  1IWY A;  2LC9 A;  3SB5 A;  5FST A;  5LA5 A;  1GB6 A;  242L A;  1OVH A;  1A4V A;  3HH4 A;  1C6K A;  4DDA A;  5L3H A;  1L29 A;  1HSX A;  246L A;  1L04 A;  3HBH A;  1L41 A;  1QTD A;  3C7W A;  1L98 A;  1NQI A;  1WTM A;  4ET9 A;  1L08 A;  3CSZ A;  4D9Z A;  4KXI A;  4EJ4 A;  4GCE A;  180L A;  1C67 A;  4NSG A;  4HTN A;  1TDY A;  1LGX A;  2BAA A;  1L83 A;  1CJ9 A;  2WAR A;  1VAU A;  1B5X A;  1GB0 A;  2MEB A;  239L A;  3WPJ A;  4TX7 A;  181L A;  1OV7 A;  1LZT A;  2HED A;  163L A;  2ZYP A;  159L A;  1AT6 A;  1UUZ C;  1LI2 A;  3NYA A;  1L46 A;  199L A;  3SB6 A;  5KKJ A;  231L A;  1LZN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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