1L84A

A cavity-containing mutant of t4 lysozyme is stabilized by buried benzene
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title A cavity-containing mutant of T4 lysozyme is stabilized by buried benzene.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l84A00
127LA 3D4SA 4ARMB 1C60A 192LA 3CDQA 1QT6A 1P2RA 1L87A 2RBRA 3GULA 3L2XA 1QT5A 2RB1X 157LA 3GUOA 3C81A 2F32A 1XJTA 191LA 253LA 1QS9A 1OWYA 3HH5A 1C67A 1K28A 1L14A 3K2RA 143LA 240LA 1QTBA 259LA 1G0PA 2RBPA 1P36A 1LLHA 1QTHA 1CTWA 3HT6A 210LA 1P2LA 1SX2A 195LA 1OVJA 180LA 125LA 4YX7C 1QUDA 1D2YA 2OTZX 3OE0A 1L16A 1L67A 4PJZA 1L92A 254LA 4W51A 1CU6A 1PQMA 245LA 205LA 3DN8A 1NHBA 170LA 4W59A 3SBAA 1P6YA 4EXMA 227LA 4S0WA 159LA 167LA 1C6LA 223LA 4W53A 171LA 1T8AA 1ZYTA 1L73A 2RBSA 1T8FA 1C6PA 1OYUA 146LA 3HU8A 1P5CA 4LDOA 1DYFA 1PQDA 3CDVA 1L74A 1L51A 1EPYA 1L01A 4GRVA 149LA 1T8GA 1G07A 1XJUA 3C83A 1LI3A 4OO9A 1T6HA 3C8RA 178LA 110LA 2OE4X 216LA 1QTDA 1ZURA 2CUUA 232LA 118LA 4ARJA 1L09A 2HULA 3C7ZA 1LWGA 190LA 1CU0A 1L25A 1SWZA 214LA 3C7WA 1CU5A 3G3VA 3HUQA 163LA 1QUGA 206LA 3HH4A 4LZMA 1DYAA 4I7TA 1L46A 7LZMA 3GUPA 2QB0B 3HTFA 161LA 1L59A 237LA 2OU9A 3SN6R 211LA 113LA 1P37A 1L23A 3SB5A 1C68A 1P64A 3CDRA 1C6HA 4E97A 3NY9A 1L77A 1QT8A 2B6ZA 145LA 1PQOA 2RBNA 3HDFA 1L18A 1KW7A 3G3WA 4K5YA 2B73A 4W52A 1D9WA 2RH1A 215LA 172LA 1L89A 3FADA 1P46A 3DMXA 4EKSA 1L82A 1L24A 231LA 3HTBA 1L61A 3SB9A 1KW5A 1L53A 3GUNA 3RZEA 3DN1A 222LA 3QAKA 1D2WA 2Q9DA 4AQNA 169LA 261LA 197LA 4DAJA 1QTCA 1L80A 242LA 1LGWA 3HTDA 1G1VA 3DN3A 2O4WA 4EPFA 2ANXA 246LA 168LA 185LA 4ARPA 141LA 3HT7A 1L94A 131LA 3FI5A 3CDTA 1L30A 1L48A 1OWZA 2ANVA 3HUKA 3F8VA 140LA 3C82A 3C8QA 1LGXA 1L99A 1PQKA 4W54A 1L40A 4EJ4A 4ARQB 183LA 4ZPUA 1DYDA 2HUKA 201LA 2RB0X 155LA 1LI2A 1L07A 1C66A 4EKPA 1L57A 1C6FA 1SWYA 3F9LA 2LZMA 244LA 130LA 1L43A 1I6SA 1L52A 4I7PA 4I7OA 3DN6A 1L49A 212LA 3HH3A 1C6KA 1KS3A 3HT9A 1C6TA 1C64A 1L06A 1L28A 1L81A 1SSWA 257LA 147LA 1QT7A 2OEAX 103LA 1LYEA 3JR6A 1QUOA 251LA 1OVHA 1L42A 3VW7A 3DMVA 1L37A 1LYDA 1QS5A 1KNIA 1P7SA 1L66A 1CV6A 166LA 1C6GA 1L83A 2RAZX 1L91A 1L50A 1G0MA 4I7NA 156LA 1C6CA 2B74A 1C65A 4W58A 1L05A 115LA 177LA 1L69A 5LZMA 1L39A 3V2WA 1OV5A 3OE8A 3LZMA 1G0GA 1DYEA 235LA 1LPYA 160LA 1L62A 1LWKA 187LA 175LA 198LA 199LA 4I7KA 1D3JA 1L96A 4W57A 148LE 3DN4A 256LA 1CU3A 162LA 1L55A 150LA 174LA 4ARMA 1L22A 2HUMA 1C69A 2B6TA 1CV3A 173LA 2B6YA 1SSYA 111LA 1XEPA 1G1WA 1L72A 1G0QA 1DYCA 164LA 250LA 1G0KA 3EMLA 126LA 1L33A 3SBBC 1CV5A 2NTHA 102LA 1L86A 1L93A 1L10A 1L17A 1D3MA 4DKLA 2LCBA 2QARC 1L44A 176LA 4IAPA 128LA 4I7SA 144LA 2IGCA 4EPIA 3GUIA 1OV7A 260LA 1C63A 1L70A 1G0JA 119LA 4W56A 1JTMA 217LA 158LA 226LA 1PQJA 241LA 1DYBA 1L19A 4YXCA 1G0LA 1PQIA 220LA 1CX7A 137LA 3V2YA 1JTNA 2OU0X 1L0JA 2LC9A 2B6WA 1L79A 2RBOA 3C8SA 1L97A 109LA 2OE7X 2B75A 3OE9A 1L11A 1LYHA 1DYGA 1L15A 1L20A 1C6QA 1L47A 1L64A 3L64A 182LA 1CV0A 229LA 1L88A 2B7XA 3FA0A 4I7LA 3DN2A 1L84A 4PK0A 3HTGA 6LZMA 1CU2A 225LA 189LA 3G3XA 1CV4A 3HUAA 1L32A 1L00A 1L58A 1QTZA 4I7RA 186LA 1L68A 3HT8A 2Z6BA 236LA 1C6JA 255LA 249LA 1L02A 120LA 1CUPA 2B6XA 3SB8A 3GUKA 4W55A 1C62A 1L26A 3GUJA 2NTGA 3PDSA 1T97A 142LA 1QSQA 262LA 1P3NA 1WTHA 1L71A 104LA 3ODUA 1QUHA 247LA 1L12A 3DN0A 3SB6A 221LA 184LA 2O7AA 1L35A 1SX7A 2OU8A 1CX6A 151LA 1L98A 1L63A 3C7YA 1L21A 2L78A 1D3NA 200LA 2B70A 209LA 3GUMA 4EKRA 1L54A 1L04A 228LA 2RB2X 1LW9A 4I7QA 2Q9EA 1C6EA 1L75A 3C80A 3HH6A 219LA 1L95A 4DJHA 4ARLA 3OE6A 1L85A 218LA 107LA 1L08A 1L76A 1KY0A 1L56A 188LA 5I14A 1CV1A 1LI6A 1QTVA 1L29A 112LA 1LYFA 224LA 123LA 129LA 1L34A 1OVKA 243LA 3CDOA 2B72A 1C6MA 1L90A 1L65A 4LDEA 1L41A 114LA 1L0KA 139LA 3SB7A 1QSBA 230LA 1CUQA 1L60A 234LA 3PBLA 1B6IA 1L27A 3NY8A 3UONA 1L31A 1D3FA 4I7MA 238LA 1KY1A 213LA 1C6DA 1P56A 2RAYX 181LA 1L38A 3DKEX 108LA 1C6NA 1G06A 152LA 1TLAA 1JQUA 252LA 233LA 1L36A 4ARQA 1C6IA 2A4TA 1QT4A 4GBRB 239LA 1L45A 3HDEA 2RBQA 2OTYX 4I7JA 2O79A 248LA 258LA 1QT3A 1CVKA 1LYJA 2F2QA 2F47A 4EKQA 1LYIA 4LDLA 2OE9X 1L03A 1ZWNA 1LYGA 3HWLA 3HU9A 1C6AA 3NYAA 4YXAC 1C6BA 165LA 1L13A 1LGUA 122LA 138LA 3DMZA 3RUNA 3DNAA 1C61A 196LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A4VA 192LA 1WVUA 1TCYA 1L87A 4N1EI 2RBRA 5B06A 4HPEA 2F32A 3J6KA 1AM7A 2XJWA 1C43A 2BQCA 3AW6A 1WTMA 1OWYA 1Z55A 1L14A 143LA 154LA 1GEVA 1QTHA 1CTWA 4CGEA 1LZBA 1QUDA 2OTZX 3OE0A 1L92A 4W51A 2DBTA 1B5UA 1CU6A 3HBEX 1JISA 205LA 4NHIA 1RJCB 4RLNA 2IFFY 4QY9A 1DKKA 2MEFA 159LA 1UA6Y 2MECA 1DI4A 171LA 2BQLA 3W6EA 1L73A 1IWVA 2RBSA 5HQ1A 1T8FA 5KXRA 1C6PA 4WM2A 1OYUA 1P5CA 4OWCA 1PQDA 4LFXA 3CDVA 4U3XB 1L51A 1B7RA 5T3FA 1KIPC 2NWDX 1XJUA 8LYZA 2Z12A 1QSWA 2ZYPA 118LA 4RDSA 1GB5A 190LA 133LA 2DQFC 2BQDA 4WO9A 1XEJA 1LZDA 3C7WA 3CT5A 1CU5A 4NGZA 3HUQA 1EQ4A 5KXZA 206LA 4LZMA 4GLAA 3GUPA 2QB0B 1J1XY 4NSGA 2OU9A 1JJ0A 9LYZA 1DKJA 1L23A 3AYQA 1C68A 4E97A 3NY9A 1HHLA 1L77A 1B5XA 1JITA 1HMKA 1WQPA 1QT8A 4LT2A 1L18A 1KW7A 1LJFA 4K5YA 215LA 172LA 3AZ7A 3WL2A 1BB7A 2BQNA 3GUNA 4NGLA 3AGIA 208LA 1REZA 1XGQC 1BB3A 1QTCA 4XJDA 1JKCA 4HJYA 4ZIXA 2DQAA 5LVKA 168LA 1GF4A 3HT7A 1IC7Y 2D4IA 3FI5A 3CDTA 1L30A 1L48A 2ANVA 3CT0A 3HUKA 2D4JA 3F8VA 4ETDA 3WW6A 1YAOA 1PQKA 3OJPA 1GB8A 4ARQB 1LMQA 183LA 4GN4A 4WL6A 1C6FA 2XBRA 4ETAA 244LA 1I6SA 3DN6A 1UBZA 4GCFA 4NG1A 2Z2FA 2BQIA 4OWAA 3TMWA 2W1XA 3QNGA 1KS3A 1B2KA 1C6TA 1SSWA 4WM1A 1LSFA 147LA 2DQHY 4DD1A 4NWHA 2LYOA 3JR6A 2MEHA 3VW7A 1L37A 5LVJA 1CV6A 1L66A 1BB4A 1L91A 1L50A 156LA 2I6ZA 1QDTA 1C65A 1YIKA 1LYSA 1B7NA 1G0GA 4LYTA 4NGWA 2VB1A 1HELA 5LVGA 1GF8A 175LA 5ILFA 1BGIA 1LMOA 199LA 1B7QA 4I7KA 4HTQA 1DI5A 256LA 1GFAA 150LA 1LHHA 174LA 4R6CA 3TXGA 3M3UA 1CV3A 2I25L 1UCOA 4J1BA 1L72A 4TSBA 2GV0A 3EMLA 126LA 5A3EA 3FI7A 1LZGA 1EQEA 3KAMA 5LYTA 4NFVA 2CDSA 2A7FA 3A93A 1IP6A 3EMSA 260LA 5C6LA 1L70A 1G0JA 119LA 4W56A 4QGZA 5APCA 1UICA 158LA 1HNLA 1XGTC 3LYOA 1PQJA 1DYBA 3D9AC 4YF2A 4OWEA 1LZ4A 1QTEA 1PQIA 1CKGA 1JTNA 2OU0X 1L0JA 3LYZA 4WLTA 2LC9A 1FKVA 2RSCA 2CJLA 2RBOA 3BKHA 4ETEA 109LA 2B75A 1VFBC 4H9BA 182LA 2HTXA 1CV0A 3FA0A 2F4AA 1MLCE 1LJEA 3A34A 3DN2A 134LA 4H9AA 3HTGA 1BHZA 1LSBA 6LZMA 3G3XA 1L32A 1W08A 2Z2EA 1HEMA 4LT3A 4WLXA 1LSCA 3A6BY 4H92A 1QSQA 4PRQA 4G4CA 262LA 5E9RA 4LYCA 3ODUA 5I4YA 1LCNA 1QDRA 3P65A 1BB5A 1HEWA 1QUTA 1NDMC 1IVMA 4J1AA 1GBYA 2Z37A 1SX7A 1CX6A 5I54A 1GB6A 1L63A 3C7YA 5F9XA 3IJUA 1D3NA 1LW9A 2Q9EA 3A6CY 3QY4A 3A90A 1ZVHL 4CHXA 1DXJA 2Q0MX 1IOQA 5I14A 1CV1A 4GN5C 1JTOL 1P2CC 3K3TA 4OW1A 1LYFA 4DYGA 129LA 5I4XA 5II3A 3B0OA 1L41A 4Z3MA 4Z46A 1PS5A 1IP7A 1LSNA 3SB7A 3A94A 1L60A 3PBLA 3UONA 4I7MA 1UIFA 1P56A 2RAYX 1LYYA 1G06A 1XSFA 1LKRA 252LA 1YAQA 4ARQA 4M4OA 1GF0A 4GBRB 3HDEA 1YROA 3W6FA 2RBQA 3WXTA 4YM8A 3GXKA 4TWSA 1CVKA 1HENA 2OE9X 3W6BA 1L03A 1LYGA 4KXIA 2HEDA 2IHLA 138LA 3DMZA 4HJVA 4CFOA 4LT1A 1UIGA 1REXA 4YOPA 5LA8A 4ARMB 4XJHA 1DZBX 2D4KA 3P4ZA 3WW5A 1GFVA 1P2RA 1HSXA 1QT5A 1D6PA 1CJ9A 1FLUA 4NSHA 1XJTA 4H9HA 253LA 1JKDA 2EQLA 5KXLA 4QDNA 5LVIA 3K2RA 4ET8A 5IELA 1GBOA 1D6QA 1OUGA 2HEFA 1XGUC 3A8ZA 1G0PA 1LLHA 1NWGA 2BPUA 1P2LA 3CT1A 1SX2A 1B7SA 180LA 4YX7C 4OOOA 1XGPC 1LZYA 5I5QA 1L67A 4PJZA 1LMAA 245LA 2ZQ4A 3DN8A 132LA 170LA 4W59A 7LYZA 1LJ4A 2EPEA 3CB7A 4NG8A 4W53A 1C6LA 223LA 1FLWA 1T8AA 1ZYTA 4N0JA 5EBHA 1IR8A 3HU8A 2XBSA 4LDOA 3F6ZA 4NGJA 4UWUA 2YBIA 1EQ5A 2ZWBA 1G07A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1A4V A;  192L A;  1WVU A;  1TCY A;  1L87 A;  4N1E I;  2RBR A;  5B06 A;  4HPE A;  2F32 A;  3J6K A;  1AM7 A;  2XJW A;  1C43 A;  2BQC A;  3AW6 A;  1WTM A;  1OWY A;  1Z55 A;  1L14 A;  143L A;  154L A;  1GEV A;  1QTH A;  1CTW A;  4CGE A;  1LZB A;  1QUD A;  2OTZ X;  3OE0 A;  1L92 A;  4W51 A;  2DBT A;  1B5U A;  1CU6 A;  3HBE X;  1JIS A;  205L A;  4NHI A;  1RJC B;  4RLN A;  2IFF Y;  4QY9 A;  1DKK A;  2MEF A;  159L A;  1UA6 Y;  2MEC A;  1DI4 A;  171L A;  2BQL A;  3W6E A;  1L73 A;  1IWV A;  2RBS A;  5HQ1 A;  1T8F A;  5KXR A;  1C6P A;  4WM2 A;  1OYU A;  1P5C A;  4OWC A;  1PQD A;  4LFX A;  3CDV A;  4U3X B;  1L51 A;  1B7R A;  5T3F A;  1KIP C;  2NWD X;  1XJU A;  8LYZ A;  2Z12 A;  1QSW A;  2ZYP A;  118L A;  4RDS A;  1GB5 A;  190L A;  133L A;  2DQF C;  2BQD A;  4WO9 A;  1XEJ A;  1LZD A;  3C7W A;  3CT5 A;  1CU5 A;  4NGZ A;  3HUQ A;  1EQ4 A;  5KXZ A;  206L A;  4LZM A;  4GLA A;  3GUP A;  2QB0 B;  1J1X Y;  4NSG A;  2OU9 A;  1JJ0 A;  9LYZ A;  1DKJ A;  1L23 A;  3AYQ A;  1C68 A;  4E97 A;  3NY9 A;  1HHL A;  1L77 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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