1QS5A

The introduction of strain and its effects on the structure and stability of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRALLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title The introduction of strain and its effects on the structure and stability of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qs5A00
2B6XA 2NTHA 163LA 1L92A 1L94A 236LA 3OE8A 1ZURA 5LZMA 1C6AA 3CDTA 107LA 150LA 1L76A 1QUHA 211LA 1L84A 1L09A 1P46A 3SB9A 2RB1X 1PQOA 159LA 1L90A 3HDEA 1P6YA 170LA 1L08A 3CDQA 3C81A 1L81A 1WTHA 3HDFA 3HH5A 1L74A 3HH6A 2F47A 196LA 1C6TA 1L29A 1LGUA 4E97A 4EXMA 233LA 138LA 1C6DA 3GUKA 181LA 1QUDA 1QUGA 4W54A 242LA 3GUJA 1QT5A 1L33A 4ZPUA 1L48A 216LA 1OVJA 1SWYA 1C6CA 1L64A 1L01A 2B75A 186LA 254LA 2O4WA 1D3NA 1L00A 157LA 1KS3A 2LC9A 1L0JA 1L11A 262LA 1C6NA 4ARPA 1C6IA 1OVHA 217LA 3C7ZA 1L06A 1C6GA 1L63A 250LA 1L58A 190LA 2B72A 3F8VA 1QT7A 1L15A 1L79A 205LA 4EJ4A 1L98A 3DNAA 171LA 1L85A 3SB6A 243LA 1QTHA 3HUAA 4ARJA 4LDOA 1SX2A 4I7MA 3DN8A 4GBRB 3DN3A 3JR6A 142LA 4I7PA 4ARMB 118LA 4LZMA 3SB8A 249LA 3DN6A 3GUOA 1CUQA 1QT4A 180LA 1L96A 2OTYX 2CUUA 1P64A 1P7SA 3L64A 1C6FA 1K28A 119LA 229LA 1L71A 1L34A 3C7WA 1C64A 4I7SA 4W55A 1L83A 1L41A 3RUNA 2HUKA 2B6ZA 2OU9A 1C6MA 1C6QA 3V2YA 1L73A 141LA 1C68A 1L21A 1G0JA 227LA 3GUNA 1JTMA 1C6HA 1QTVA 1PQJA 2A4TA 3HTBA 1L61A 3G3XA 3HH4A 1B6IA 1LYHA 1L97A 1L47A 3HH3A 1CV3A 1LYIA 3V2WA 1G0KA 1T8FA 226LA 3C8SA 2Q9DA 1G0LA 3D4SA 1L56A 174LA 1L32A 145LA 1D3MA 1L44A 3DMXA 4YXAC 1LI2A 120LA 3G3WA 1CV4A 2F2QA 1XJTA 231LA 1L19A 1L82A 3C8RA 253LA 228LA 2O7AA 1C6BA 1L0KA 214LA 1DYDA 1QTDA 185LA 4AQNA 1QT6A 3C80A 2ANXA 2OU0X 2F32A 1L39A 256LA 3HT8A 1G0MA 4LDEA 4W51A 162LA 1CV6A 259LA 1L55A 1C67A 1LPYA 1G06A 126LA 1L38A 1L30A 2LZMA 1QSQA 1LGXA 1XEPA 1L45A 3DN2A 164LA 4W52A 2IGCA 4IAPA 1L93A 1T97A 5I14A 1L04A 4PJZA 223LA 1L27A 2B70A 1L35A 1L43A 1L86A 1SSWA 3HWLA 4EPIA 1L42A 1C66A 1QT3A 3EMLA 1DYAA 2RH1A 4K5YA 1P2RA 2HUMA 113LA 1C63A 1T8AA 184LA 200LA 148LE 3GUPA 188LA 139LA 1SWZA 4ARQA 130LA 1LWKA 125LA 3SB5A 1G0PA 1L37A 1QT8A 1L49A 4DAJA 4I7OA 1L13A 3VW7A 1P3NA 3OE0A 1L16A 114LA 232LA 1LYFA 1L57A 201LA 2RBPA 238LA 1L87A 3K2RA 1L31A 1L72A 1C69A 2QB0B 1L59A 209LA 4I7LA 2B7XA 3FA0A 3HUKA 2ANVA 1QTZA 1QS9A 4W59A 1TLAA 3FI5A 3C82A 3C83A 1PQKA 258LA 1C6PA 3UONA 1L95A 195LA 4W56A 1CV5A 1JQUA 2QARC 1I6SA 234LA 3SB7A 4YX7C 4YXCA 187LA 2OE4X 3HTGA 2B73A 2LCBA 1L28A 3DN1A 1L05A 1DYFA 1L02A 224LA 3CDVA 4I7NA 1OVKA 1EPYA 1LWGA 4I7JA 2Q9EA 3SBBC 2RBRA 3DN4A 3NYAA 1CUPA 3CDOA 197LA 167LA 1KW7A 239LA 183LA 1L75A 4S0WA 210LA 1D2WA 1PQIA 1C60A 1DYEA 1L23A 3G3VA 3PDSA 1KY0A 1L20A 1OV7A 175LA 222LA 1L69A 3DN0A 4EKPA 1SSYA 4OO9A 3OE6A 3HT9A 1KNIA 3LZMA 3HTFA 3C7YA 1T8GA 1PQMA 1L99A 4W53A 160LA 173LA 1D2YA 3OE9A 3DKEX 1LYJA 129LA 122LA 246LA 6LZMA 1L10A 1L36A 3GUMA 1CU3A 2RBSA 1C6JA 2B6YA 2OU8A 257LA 1L54A 110LA 137LA 2RBNA 1CU6A 4I7QA 1C6KA 2RBQA 3DMVA 4DJHA 156LA 1L89A 1L07A 1L12A 2Z6BA 247LA 166LA 4PK0A 3HTDA 1C62A 1L24A 244LA 1L68A 221LA 2RB0X 4GRVA 3CDRA 178LA 199LA 3HT6A 1JTNA 1KY1A 1L66A 2L78A 1C6LA 1L91A 103LA 212LA 255LA 4ARMA 1L40A 172LA 2OEAX 1T6HA 3HU8A 108LA 131LA 261LA 1CVKA 115LA 1C61A 176LA 1LGWA 1L88A 3F9LA 2OE9X 1L46A 1P36A 4I7KA 230LA 144LA 2RAYX 1QTBA 1L67A 191LA 1CV0A 1QSBA 1D3JA 3HU9A 155LA 4EPFA 220LA 1SX7A 3DMZA 1CV1A 1L03A 252LA 1ZYTA 123LA 206LA 1P5CA 3NY9A 1LI3A 151LA 1XJUA 2RBOA 1L53A 213LA 1C6EA 3SBAA 235LA 1QS5A 3ODUA 189LA 1CU2A 4EKQA 1L80A 1L50A 1L60A 177LA 1L51A 237LA 248LA 245LA 1D3FA 1G0QA 111LA 1OV5A 102LA 1G07A 4W57A 4LDLA 260LA 1L17A 149LA 1L52A 1L70A 192LA 3NY8A 1L26A 1CX7A 2OE7X 3HUQA 1CTWA 1L22A 165LA 1PQDA 1KW5A 1L62A 1P37A 1G1WA 1L25A 251LA 1L18A 2B6TA 1L65A 218LA 3FADA 1L77A 1D9WA 152LA 112LA 3GUIA 158LA 1CU0A 4ARQB 1OWYA 4EKSA 1LYEA 1LLHA 1QUOA 128LA 2RAZX 198LA 3GULA 1LYDA 1LW9A 3PBLA 2B6WA 241LA 4ARLA 2O79A 104LA 4EKRA 161LA 127LA 4I7RA 225LA 4W58A 1DYBA 2RB2X 3HT7A 1NHBA 2HULA 1OWZA 2B74A 1CU5A 1DYCA 2OTZX 2NTGA 1P2LA 1G0GA 3RZEA 215LA 1ZWNA 1G1VA 146LA 169LA 1LYGA 109LA 1CX6A 1LI6A 219LA 140LA 1L14A 3C8QA 3L2XA 1QTCA 1C65A 240LA 182LA 168LA 1OYUA 143LA 4DKLA 1P56A 1DYGA 3SN6R 3QAKA 147LA 4I7TA 7LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GFEA 1B5ZA 1IP7A 8LYZA 3OE8A 5KXKA 3IJVA 4WL6A 1QUHA 2Q0MX 2Z18A 5D5CA 1LSMA 1JSFA 1HMLA 1QTKA 1C6TA 4RLMA 4HTQA 4E97A 4EXMA 4CFPA 5IDDA 1QUGA 1CJ6A 3TMXA 1LZSA 1QT5A 4ZIXA 216LA 1L01A 3ZEKA 1ZVHL 4HSFA 3WUAA 4NGLA 1ALCA 1D3NA 3T6UA 5D5FA 5LINA 1BWHA 1KS3A 1L11A 262LA 1BHZA 1LHKA 1C6GA 1L63A 190LA 1WQNA 1L15A 1LJEA 5LAGA 1CKFA 1LMNA 205LA 4EJ4A 3DNAA 3A95A 3T36A 3B72A 1SX2A 3A6CY 4GBRB 4QY9A 2BQCA 4I7PA 118LA 1GE4A 2BQOA 3GUOA 1NWGA 180LA 1L96A 2CUUA 1IP4A 2HTXA 1HEOA 1IOTA 1L71A 3WW6A 4W55A 1L41A 1IP3A 2HUKA 2B6ZA 1GB5A 4NGWA 1JEFA 1L73A 1HEWA 3GUNA 5ILCA 3VWOA 1C6HA 1PQJA 3HTBA 1WTNA 1GEZA 4KL7A 3D4SA 4N1EI 1B7LA 4YXAC 3WU7A 3P66A 2YVBA 1OUEA 2ZILA 3ULRA 4H93A 228LA 1IWWA 1IVMA 1C6BA 4NHIA 1DZBX 1LZ4A 1L0KA 214LA 1DYDA 1QTDA 185LA 4AQNA 1REMA 2OU0X 3TMWA 1G0MA 4W51A 162LA 1BB5A 4BS7A 1C67A 4DD7A 4ETCA 1L38A 1L30A 1QSQA 2Z2EA 1D6QA 1L45A 1GXV2 3FI7A 4IAPA 5L3HA 4PJZA 223LA 2B70A 1OQMA 1L42A 1GB6A 1LZ5A 1C66A 1LZRA 4NY5A 1LZBA 4K5YA 1GB9A 1P2RA 1NF5A 1IWXA 4MSTA 3D9AC 4G9SA 200LA 4M6DA 4WM4A 148LE 188LA 139LA 4ARQA 125LA 1OUAA 2DQGY 1QT8A 1HC0A 1L13A 1OUJA 3OE0A 1L16A 4ETAA 2HEEA 201LA 3EMSA 2RBPA 1YKXX 4YENA 2B7XA 3HUKA 3EBAB 1XFPL 1IP6A 1QTZA 4W59A 1TLAA 1C43A 2BLXA 1NMMA 3C82A 5LYTA 1QDTA 2MEEA 4IASA 1IC5Y 1I6SA 2QARC 2EQLA 4GCDA 1KXXA 2CGIA 4WLYA 4YXCA 2DQCY 1HENA 2LCBA 1L28A 224LA 4BADA 1H6MA 4QDNA 1GB0A 1QUSA 197LA 1KW7A 3AZ7A 5LA8A 1I56A 1L75A 1B7QA 1D2WA 1RFPA 4XJDA 1C60A 2C8PA 3G3VA 3PDSA 2XTHA 3DN0A 1B7NA 1GHLA 3OE6A 1IP5A 2ZWBA 4NSJA 5DM9A 2HEAA 3HTFA 3C7YA 1T8GA 1RI8B 5LVJA 173LA 3OE9A 4Z46A 3DKEX 132LA 1LYJA 6LZMA 1YQVY 1BWJA 1L36A 1UIGA 1GPQC 3GUMA 1AZFA 1CU3A 1VAUA 2B6YA 1QIOA 4E3UA 110LA 137LA 4I7QA 2RBQA 3SP3A 1L89A 3P64A 2D4JA 5IELA 1LCNA 2ZYCA 4WM3A 2BQBA 1L24A 244LA 1AT6A 1JJ1A 221LA 3RNXA 4GRVA 178LA 1LZTA 3HT6A 2W1LA 5DL9A 4B49A 2XBRA 1KY1A 2L78A 103LA 5HNCA 1YIKA 2LHMA 172LA 1XEIA 1LSPA 1GF9A 2BQHA 5LYMA 108LA 131LA 4WM5A 3WPLA 115LA 176LA 4Z98A 1I1ZA 4DDBA 3F9LA 1ZVYB 4XJFA 1FBIX 1HEQA 1L67A 1D3JA 1L03A 1ZYTA 5T3FA 2BQNA 1XJUA 4J0LA 1GB8A 2RSCA 4LYZA 3SBAA 1C08C 5HQ1A 1LJGA 1L50A 1FLUA 237LA 2BPUA 1FLQA 1D3FA 4XJIA 1UIEA 4N0JA 4R0FA 1IC4Y 4J1BA 4MCKA 1ZV5L 149LA 1B0DA 4DD2A 5I4XA 3NY8A 2Z19A 3HUQA 1L22A 1GWDA 1KW5A 4WOAA 1B2KA 2VB1A 3WMKA 1CU0A 1LYEA 5KXSA 128LA 1LW9A 2D91A 1AKIA 6LYZA 2O79A 104LA 1BB3A 4I7RA 5K7OA 2F2NA 1IWYA 1DYBA 1TEWA 1UA6Y 1LZYA 5C6LA 2B74A 3TXEA 1LSEA 1LHIA 2NTGA 1LJ3A 4KPMA 1CJ9A 215LA 169LA 1LJHA 5APCA 4DD1A 1CX6A 4OWEA 2BQIA 3LYTA 4DD0A 2EPEA 1B7MA 3ZVQB 3RU5A 3A93A 240LA 182LA 3AW7A 168LA 4TSCA 143LA 4DKLA 1P56A 4HTKA 2W1MA 4I7TA 7LZMA 2B6XA 3QNGA 4Z3MA 1F6RA 4XADA 5I4YA 107LA 1IWZA 3B0IA 1L76A 4H9EA 2MEFA 1L09A 1P46A 1L90A 4WO9A 1BVKC 4NSGA 5DLAA 1N4FA 3HDFA 5HMJA 3MGWA 1D0KA 1JUGA 3HH5A 4RDSA 2F47A 1L29A 208LA 1LSAA 138LA 3GUKA 1QUDA 4W54A 2F30A 1IP1A 194LA 4HP0A 4ZPUA 4PPOA 1OVJA 1C6CA 1DKJA 1L64A 2B75A 2H9KA 5HNLA 2Z2FA 1LHMA 254LA 2O4WA 5B06A 2GV0A 4LYBA 1LJNA 2MEGA 1OVHA 4TUNA 5LVHA 1GBSA 1L58A 2B72A 1QT7A 1VDQA 1LMOA 3AGGG 1L98A 171LA 5B1GA 3SB6A 1QTHA 2DBTA 3HUAA 4ARJA 2Z39A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GFE A;  1B5Z A;  1IP7 A;  8LYZ A;  3OE8 A;  5KXK A;  3IJV A;  4WL6 A;  1QUH A;  2Q0M X;  2Z18 A;  5D5C A;  1LSM A;  1JSF A;  1HML A;  1QTK A;  1C6T A;  4RLM A;  4HTQ A;  4E97 A;  4EXM A;  4CFP A;  5IDD A;  1QUG A;  1CJ6 A;  3TMX A;  1LZS A;  1QT5 A;  4ZIX A;  216L A;  1L01 A;  3ZEK A;  1ZVH L;  4HSF A;  3WUA A;  4NGL A;  1ALC A;  1D3N A;  3T6U A;  5D5F A;  5LIN A;  1BWH A;  1KS3 A;  1L11 A;  262L A;  1BHZ A;  1LHK A;  1C6G A;  1L63 A;  190L A;  1WQN A;  1L15 A;  1LJE A;  5LAG A;  1CKF A;  1LMN A;  205L A;  4EJ4 A;  3DNA A;  3A95 A;  3T36 A;  3B72 A;  1SX2 A;  3A6C Y;  4GBR B;  4QY9 A;  2BQC A;  4I7P A;  118L A;  1GE4 A;  2BQO A;  3GUO A;  1NWG A;  180L A;  1L96 A;  2CUU A;  1IP4 A;  2HTX A;  1HEO A;  1IOT A;  1L71 A;  3WW6 A;  4W55 A;  1L41 A;  1IP3 A;  2HUK A;  2B6Z A;  1GB5 A;  4NGW A;  1JEF A;  1L73 A;  1HEW A;  3GUN A;  5ILC A;  3VWO A;  1C6H A;  1PQJ A;  3HTB A;  1WTN A;  1GEZ A;  4KL7 A;  3D4S A;  4N1E I;  1B7L A;  4YXA C;  3WU7 A;  3P66 A;  2YVB A;  1OUE A;  2ZIL A;  3ULR A;  4H93 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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