1V7TA

Triclinic lysozyme with low solvent content obtained by phase transition
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Phase transition of triclinic hen egg-white lysozyme crystal associated with sodium binding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1v7tA00
1T3PA 5A3ZA 1GF5A 1LPIA 1B5YA 1NHEA 1WVVA 2D4KA 3WPLA 1OUDA 4XJIA 4DD7A 1NDMC 4NGJA 2ZQ3A 5FDJA 2BLYA 3LYZA 4XENA 3WH1A 5ILCA 2LYMA 4N0JA 1OUJA 1WQNA 1JJ0A 4ET9A 5IDDA 1XEIA 1YILA 1B5UA 2CDSA 3A3QA 4RW2A 3TMVA 1NDGC 2XBSA 5B1GA 4BS7A 5C6IA 5B05A 1HFXA 4C5FA 4CFPA 1GE3A 1AKIA 2DQDY 2BQDA 1A4VA 4N8ZA 1NQIA 4ETEA 1RCMA 1LSGA 3W6AA 4KT3A 1GBZA 4Z98A 3WPKA 1EQ4A 2LZTA 1OUEA 2HEBA 5A3EA 2MEHA 5KXZA 3AZ5A 1LJ4A 5FELA 3WL2A 1HMLA 4MSTA 1EL1A 1IWWA 1JWRA 4CJ2A 1HEPA 3P68A 4QDNA 1VEDA 4DD9A 4QY9A 5E9RA 5HMVA 4BADA 1J1XY 1IWYA 1LZ1A 1YAMA 1UBZA 1QSWA 3AZ4A 4D9ZA 3M18B 5LA5A 3TMWA 1YAOA 3HBDA 3N9EA 3B72A 5EBHA 4WM6A 2W1MA 2DQEY 1IP4A 3G3BB 1LSEA 5KXWA 4FDYA 4BAPA 1GDXA 1TEWA 3WULA 4PJ2C 1IC7Y 2DQCY 3TXJA 2ZIKA 5C6JA 1WVUA 3A6CY 3B6LA 4TTDA 4H93A 4LFPA 1YQVY 5LVKA 5I4YA 3IJUA 1IP1A 3GXRA 2I26L 4GCCA 2Z39A 4OWAA 1LJJA 5KXRA 3T6UA 4HV2A 2B5ZA 1BVXA 1REYA 1KXXA 1LMNA 1XGUC 2YBJA 1F0WA 2BQLA 4GCFA 3A92A 3AW7A 1YKZX 1GDWA 1D9UA 4WG7A 3LHMA 5II3A 4WM5A 3WU9A 1LZRA 3WUNA 1C45A 5KY1A 5LVGA 1LYZA 1YANA 5KXPA 2BPUA 1IY3A 3W6FA 1JJ1A 5LINA 1J1PY 1GB0A 2LHMA 4N5RA 3W6EA 3ZEKA 5LVIA 4W96A 4Z41A 5IHGA 4M4OA 1LZ5A 1BB3A 4GCBA 1HEMA 2BQEA 1NBZC 4H9HA 2A7DA 4XJFA 1VAUA 153LA 1ZMYL 2C8PA 1OUCA 2LYZA 4NGOA 1ZVYB 1GE2A 4CHXA 1GB3A 2Z37A 2LYOA 3WUAA 1ZVHL 1LSFA 1OUGA 1IWZA 3CT5A 4AXTA 1KIQC 5KXXA 2GV0A 4OW1A 3AGGG 2DQAA 1B5VA 4DC4A 4B49A 4G9SA 2Y8PA 4LYOA 1PS5A 4OOTA 5LAFA 1REMA 1LYYA 1D0LA 4HPIA 4U3XB 2DQIY 1IO5A 2ZYCA 5D5CA 1TDYA 1CJ9A 4LYMA 1YAPA 1D0MA 4J7VA 1IX0A 4MR1A 1EQEA 1UIFA 1O23A 4N9RA 1A2YC 1EQ5A 3WVYA 4WM2A 4XJHA 5KXKA 4H9FA 2YBLA 1HEOA 4HTQA 4NEBA 5KXNA 3VWOA 1B7NA 3W6CA 1IP5A 3CQLA 1LJHA 5F9XA 4GCDA 3LN2A 4HTKA 1CKGA 1G7JC 1LMAA 3HBEX 1QDTA 4NHPA 4YOPA 4NHQA 5JENB 3EO5A 2ZYPA 4XN6A 4H8ZA 1YKYX 1LZAA 1GAZA 3K3TA 4NGWA 1BB4A 1JKAA 2XBRA 1OP9B 1T6VL 2BLXA 2HEEA 2Z2EA 2Z38A 4LYZA 1GE0A 3FE0A 4WMGA 1GB6A 1NWGA 1J1OY 1HFZA 1HF4A 1JITA 3WUMA 4M6DA 4E3UA 1FKQA 1WQQA 4TX7A 1GFEA 4ETBA 4XJGA 1GB8A 4H8XA 1YKXX 1GF7A 5LAGA 2I6ZA 1LZCA 1QTKA 2W1XA 1LZEA 1W6ZA 4NGLA 1JTOL 2W1LA 4W94A 4DWXA 4Z46A 3CT1A 4PRUA 2Z12A 1NKHA 1BGIA 1NBYC 1F6RA 2BQKA 3AGHA 5APCA 2YBHA 3WXTA 4CFOA 5DLAA 4N1CC 2Z18A 4HTNA 2F4GA 1N4FA 5F14A 1HELA 2F30A 4HPEA 4OWBA 3QNGA 5M1YA 1LHLA 1LSZA 4X3BA 1VDTA 5DM9A 3RZ4A 1GB5A 4PPOA 5IELA 2MEEA 4WOAA 3LYTA 1OUIA 1RI8B 1E8LA 1IP2A 4DD2A 1IOCA 1LJKA 1JKCA 3CB7A 3GXKA 3HBHA 4ETCA 5HLLA 5APFA 3A90A 4UWNA 2G4QA 5FSTA 2HEFA 7LYZA 3TXHA 5KXTA 1LMPA 3ULRA 1FLQA 4NSGA 4B4EA 1GF8A 4NGKA 1IP3A 135LA 4GN5C 2ZIJA 1C43A 1JKBA 3TXIA 154LA 5LVHA 4AGAA 1LYOA 1DQJC 1LZYA 3D3DA 4CGEA 1GBSA 4IASA 2W1YA 5L3HA 3IWRA 3J4GA 1AZFA 1LZ9A 1VFBC 4TUNA 1TBYA 9LYZA 2FYCA 3CT0A 1UIDA 1XEJA 1UUZC 1FLWA 3E3DA 4BAFA 2F4AA 3WXUA 3A3RX 1IC4Y 1FKVA 4TSCA 5T3FA 1C08C 1LJNA 4WLDA 1D0KA 2DQGY 1GFAA 4G4HA 1JTPL 2LZ2A 2BAAA 1QUTA 3W3EA 2HEDA 4FJRA 4KPMA 3A94A 1LAAA 4I8SA 2G4PA 2AUBA 2DKVA 4ZEEA 2HU3A 5LYZA 1LJGA 4I0CA 1DI3A 1QUSA 4HV1A 1B2KA 1FLYA 2XTHA 4GLAA 2BQOA 4NIJA 2FBDA 1ALCA 1GWDA 3AZ6A 1BWJA 1B0DA 1CJ7A 3BKVA 1GHLA 1LYSA 1UIAA 2IHLA 4HSFA 5E4PA 1WTNA 4UWVA 1UCOA 4NG1A 193LA 3A91A 1LZBA 4II8A 4ANRA 4WM4A 132LA 5C6LA 3N9AA 3WVXA 1HSWA 4ZIXA 1LSCA 4H9EA 5DN5A 3RNXA 3TMXA 1IWXA 1BQLY 1IC5Y 3AB6A 2WARA 3AGIA 3AJNA 4HJZA 4LT3A 2HU1A 4LYTA 5DN4A 2PC2A 5F16A 5L9JA 4WL7A 5I4XA 1IWVA 3P64A 1KXWA 2BQFA 5HQ1A 4YM8A 4P2EA 1DKKA 1UA6Y 2HUBA 4NY5A 2N5ZA 1JISA 1GEVA 2BQNA 4ML7A 5APEA 5KXSA 2A7FA 3AYQA 3WMKA 4TWSA 3G3AB 3B0OA 4RW1A 1YROA 5HNLA 2H9JA 3LYMA 5B1FA 2HECA 1IR9A 1LSNA 1HERA 1RE2A 3EBAB 3F6ZA 1TAYA 4LYCA 4RDSA 5LIOA 1SLYA 1KIRC 4UWUA 3LZ2A 1IVMA 2IFFY 5AMYA 4H90A 1G7LC 1LHMA 1C7PA 1LKRA 4H9CA 1GAYA 1IOQA 4OWEA 4H9BA 1LZDA 1V7TA 5HNCA 2NWDX 4NSJA 1GBXA 4XADA 3A67Y 1CKCA 4R6CA 4C3WA 8LYZA 4NWHA 1RJCB 2BQBA 5DL9A 1GFJA 2DQFC 2YBMA 3ATNA 4XJBA 4WLYA 1UICA 1LHKA 2H5ZA 4EOFA 4G4CA 1B7OA 2MEDA 3A96A 1CNSA 2CJLA 2EKSC 4NHTA 1GXXA 1OUBA 1QIOA 4YF2A 4GLVA 5KXMA 2VB1A 4NHSA 3LZTA 1GFTA 2HTXA 2DQJY 4QEQA 1LJIA 1HENA 3TMUA 1HEQA 1CKHA 4H9IA 1SQ2L 1QQYA 1HSXA 3A95A 1QTEA 2D6BA 4LT2A 4DT3A 1B7RA 1REZA 1IIZA 3AW6A 2Z19A 3N9CA 4WM1A 4B1AA 1HFYA 4HJYA 1DPWA 4G4BA 4LT0A 1LSMA 1AT6A 4H92A 1KXYA 2YBNA 4ETDA 2CWIA 1QSAA 1UIGA 1I20A 2Z2FA 5LYTA 2YBIA 1GBYA 1B5XA 1GFGA 1FN5A 1JPOA 4H91A 5K7OA 3RW8A 1LMOA 4OWCA 2HEAA 3WU8A 1VDPA 4WG1A 4B4JA 1NF5A 4DYGA 2ZQ4A 1BVKC 2EQLA 1QDRA 2BQHA 1D6PA 2ZNWY 4KL7A 1YL0X 3TXGA 1WQRA 1BB7A 2C8OA 2I25L 4N1EI 1YAQA 4NFVA 4RLNA 2BQMA 1TCYA 3A34A 1YIKA 2H9KA 4G49A 1LSBA 1G7HC 4LZTA 4R0FA 5F9UA 1IEEA 1HMKA 3WU7A 1UIBA 4LT1A 1FLUA 1B7MA 1AM7A 4XJDA 3OK0A 2G4NA 4WL6A 1CKFA 1GBOA 1BB5A 3D9AC 1F6SA 1G7MC 5L3IA 4DDBA 4DDCA 1I56A 1GB7A 1XGTC 4NHIA 1VATA 1H87A 1GF0A 1LZ4A 3TXBA 3QE8A 1RFPA 1BWHA 1LJFA 1DKJA 2F2NA 1XFPL 3ZVQA 4IJ4A 1INUA 4IATA 4ET8A 1AT5A 1DI4A 2MEBA 4H94A 4GCEA 1B7QA 1WQPA 3HFMY 3T36A 1BWIA 3CSQA 1UIEA 1C46A 3M3UA 4L41A 3RT5X 4A7DA 4NGVA 1IP7A 4H9AA 4PRQA 5LYMA 2FBBA 3WW5A 3A6BY 2CGIA 4NSHA 4NSIA 3QY4A 2BQGA 1GF9A 1Z55A 3IJVA 4OOOA 1FDLY 1JJ3A 2MECA 4NGYA 1HNLA 3TXKA 5LVJA 1LSDA 3W6DA 3ZVQB 1V7SA 2MEGA 1GF4A 1LMTA 1GB9A 1GEZA 1DXJA 1IOTA 3A8ZA 2Q0MX 4QGZA 2RSCA 1LCNA 4RLMA 1JTTL 1XGPC 1LZ8A 4J1BA 4KXIA 1CJ6A 1UACY 3TXFA 1XSFA 1D6QA 4XYYA 1LZGA 1YL1X 5D5FA 1JKDA 4ETAA 5I54A 1B5WA 1ZV5L 1JUGA 207LA 1LOZA 1JHLA 5I53A 1GFKA 2EIZC 1HC0A 1OUHA 1GD6A 4YENA 2DQHY 4HP0A 2BQJA 1GE4A 1LHHA 1OUFA 2XJWA 1W08A 1GFRA 4GN4A 4O34A 208LA 133LA 1HEWA 2D4JA 2MEFA 4WLXA 4YEMA 1B5ZA 2ZWBA 1REXA 194LA 1LSAA 4PGJB 1IR7A 2MEIA 1G7IC 2X0AA 4OWHA 1LHJA 1LKSA 6LYZA 5KXLA 5B07A 2MEAA 1JIYA 5KJ9A 1LJ3A 2YSSC 3P4ZA 1MELL 4DD0A 4WLTA 1GXV2 1LHIA 4MCKA 3RU5A 1LZNA 1B7LA 4WO6A 3A93A 3AZ7A 3EXDA 2D4IA 1IY4A 1DI5A 1LSYA 5KXYA 3P65A 4NGZA 1JEFA 5J7CA 3B0KA 3B0IA 1WTMA 3OJPA 4GN3A 1JSFA 4NWEA 1LSPA 4WO9A 2BQAA 1B7PA 1VDQA 3WW6A 5FHWA 4WM3A 1DPXA 3FI7A 4DDAA 5KKJA 1GBWA 5KKIA 3J6KA 1BHZA 1LMQA 1CKDA 5HMJA 4DD3A 3BKHA 6LYTA 1LZTA 2DBTA 2ZNXY 1IWTA 1GF6A 1UIHA 2ZILA 4H1PA 1WQOA 134LA 3WYHA 1VDSA 4NG8A 1NMMA 1GFHA 3LYOA 4DD1A 5B59A 4PHIA 1GFVA 1XEKA 1LTMA 3CSZA 4H8YA 1LJEA 3CSRA 4ZFPA 4YEOA 5I5QA 1F10A 1MLCE 4B4IA 4J1AA 1IWUA 3TXEA 1IORA 1C10A 1IP6A 3EMSA 1LZ6A 5LA8A 3WPJA 1CJ8A 2BQIA 4LGKA 5LXWA 1JSEA 5F81A 1GPQC 1GF3A 5I4WA 3KAMA 1PZYA 1LMCA 5KXOA 1XGQC 1B7SA 1B9OA 3ATOA 5ILFA 1IR8A 1I1ZA 5FEKA 5FCPA 3TXDA 1OQMA 3W6BA 2EPEA 1BB6A 2BQCA 1LZSA 1P2CC 2D91A 2YDGA 1IOSA 4LFXA 2FYDA 5B06A 1GFUA 1FBIX 2YVBA 1KIPC 1H6MA 1XGRC 1HHLA 1UC0A 5APDA 4Z3MA 4NGIA 1WQMA 4LYBA 4B0DA 1GE1A 4TSBA 4HJVA 4J0LA 3MGWA 4EMNA 3P66A 1GB2A 3SP3A 1OUAA 1DZBX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6QA 231LA 1WVVA 1NHEA 2D4KA 3EMLA 1OUDA 5FDJA 1L29A 2RB1X 2LYMA 4ET9A 1NDGC 5B1GA 1GE3A 161LA 4N8ZA 3V2WA 1QUHA 4KT3A 1GBZA 3VW7A 1EQ4A 5A3EA 1HMLA 1G1VA 4QDNA 1VEDA 4DD9A 1L34A 4BADA 1J1XY 1PQIA 1IWYA 1LZ1A 1YAMA 3AZ4A 1QSWA 3C7ZA 5LA5A 1C6PA 5I14A 3HBDA 2RH1A 2W1MA 2DQEY 1IP4A 1IC7Y 1L12A 5C6JA 1JTMA 3B6LA 4H93A 4LFPA 1YQVY 5I4YA 1L65A 1L46A 3GXRA 2Z39A 5KXRA 3T6UA 1REYA 2YBJA 3A92A 3SB8A 1GDWA 1QTDA 2IGCA 5KY1A 5LVGA 1IY3A 1JJ1A 5LINA 1GB0A 3HT8A 1L04A 1L20A 3W6EA 5IHGA 2F32A 1OUCA 1GE2A 4ARLA 1L69A 3DMVA 2RBRA 1QS9A 4OOTA 242LA 221LA 201LA 5D5CA 1TDYA 1CJ9A 1L82A 4LYMA 1UIFA 1O23A 4WM2A 4HTQA 1CX6A 103LA 1B7NA 3W6CA 4S0WA 2L78A 1SX7A 3LN2A 4HTKA 3HUQA 1G7JC 4YOPA 5JENB 1L72A 1YKYX 4NGWA 1JKAA 1T6VL 2Z38A 4LYZA 1GE0A 1L15A 174LA 1GFEA 1L55A 4H8XA 1GF7A 5LAGA 2I6ZA 245LA 2W1XA 1JTOL 1L36A 1QT7A 4OO9A 3QAKA 5DLAA 4HTNA 1CV6A 1N4FA 1HELA 4X3BA 238LA 2RBOA 181LA 4PPOA 5IELA 1OUIA 1IOCA 3GXKA 5HLLA 5APFA 1L80A 2G4QA 3RUNA 3TXHA 4NSGA 140LA 1L88A 4IASA 1ZURA 1VFBC 220LA 3CT0A 1XEJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1T3P A;  5A3Z A;  1GF5 A;  1LPI A;  1B5Y A;  1NHE A;  1WVV A;  2D4K A;  3WPL A;  1OUD A;  4XJI A;  4DD7 A;  1NDM C;  4NGJ A;  2ZQ3 A;  5FDJ A;  2BLY A;  3LYZ A;  4XEN A;  3WH1 A;  5ILC A;  2LYM A;  4N0J A;  1OUJ A;  1WQN A;  1JJ0 A;  4ET9 A;  5IDD A;  1XEI A;  1YIL A;  1B5U A;  2CDS A;  3A3Q A;  4RW2 A;  3TMV A;  1NDG C;  2XBS A;  5B1G A;  4BS7 A;  5C6I A;  5B05 A;  1HFX A;  4C5F A;  4CFP A;  1GE3 A;  1AKI A;  2DQD Y;  2BQD A;  1A4V A;  4N8Z A;  1NQI A;  4ETE A;  1RCM A;  1LSG A;  3W6A A;  4KT3 A;  1GBZ A;  4Z98 A;  3WPK A;  1EQ4 A;  2LZT A;  1OUE A;  2HEB A;  5A3E A;  2MEH A;  5KXZ A;  3AZ5 A;  1LJ4 A;  5FEL A;  3WL2 A;  1HML A;  4MST A;  1EL1 A;  1IWW A;  1JWR A;  4CJ2 A;  1HEP A;  3P68 A;  4QDN A;  1VED A;  4DD9 A;  4QY9 A;  5E9R A;  5HMV A;  4BAD A;  1J1X Y;  1IWY A;  1LZ1 A;  1YAM A;  1UBZ A;  1QSW A;  3AZ4 A;  4D9Z A;  3M18 B;  5LA5 A;  3TMW A;  1YAO A;  3HBD A;  3N9E A;  3B72 A;  5EBH A;  4WM6 A;  2W1M A;  2DQE Y;  1IP4 A;  3G3B B;  1LSE A;  5KXW A;  4FDY A;  4BAP A;  1GDX A;  1TEW A; 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 3RU5 A;  1LZN A;  1B7L A;  4WO6 A;  3A93 A;  3AZ7 A;  3EXD A;  2D4I A;  1IY4 A;  1DI5 A;  1LSY A;  5KXY A;  3P65 A;  4NGZ A;  1JEF A;  5J7C A;  3B0K A;  3B0I A;  1WTM A;  3OJP A;  4GN3 A;  1JSF A;  4NWE A;  1LSP A;  4WO9 A;  2BQA A;  1B7P A;  1VDQ A;  3WW6 A;  5FHW A;  4WM3 A;  1DPX A;  3FI7 A;  4DDA A;  5KKJ A;  1GBW A;  5KKI A;  3J6K A;  1BHZ A;  1LMQ A;  1CKD A;  5HMJ A;  4DD3 A;  3BKH A;  6LYT A;  1LZT A;  2DBT A;  2ZNX Y;  1IWT A;  1GF6 A;  1UIH A;  2ZIL A;  4H1P A;  1WQO A;  134L A;  3WYH A;  1VDS A;  4NG8 A;  1NMM A;  1GFH A;  3LYO A;  4DD1 A;  5B59 A;  4PHI A;  1GFV A;  1XEK A;  1LTM A;  3CSZ A;  4H8Y A;  1LJE A;  3CSR A;  4ZFP A;  4YEO A;  5I5Q A;  1F10 A;  1MLC E;  4B4I A;  4J1A A;  1IWU A;  3TXE A;  1IOR A;  1C10 A;  1IP6 A;  3EMS A;  1LZ6 A;  5LA8 A;  3WPJ A;  1CJ8 A;  2BQI A;  4LGK A;  5LXW A;  1JSE A;  5F81 A;  1GPQ C;  1GF3 A;  5I4W A;  3KAM A;  1PZY A;  1LMC A;  5KXO A;  1XGQ C;  1B7S A;  1B9O A;  3ATO A;  5ILF A;  1IR8 A;  1I1Z A;  5FEK A;  5FCP A;  3TXD A;  1OQM A;  3W6B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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