1YKXX

Effect of alcohols on protein hydration
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Effect of alcohols on protein hydration: crystallographic analysis of hen egg-white lysozyme in the presence of alcohols.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ykxX00
4WLYA 1LYYA 4NHIA 3LYOA 1LZSA 4C5FA 1LZAA 2HUBA 3AGIA 207LA 5ILFA 1IY4A 1GPQC 2D91A 1C10A 1YQVY 3ATNA 2ZWBA 1REYA 1XEIA 3N9CA 1JJ1A 3WXUA 3ZVQB 4N0JA 4NG1A 4PHIA 4R0FA 5LVIA 1B5ZA 1B7QA 1WQNA 4LYBA 4GN4A 1CJ8A 5IDDA 3WPJA 4ANRA 1H6MA 2YBNA 132LA 1C08C 1XGUC 3K3TA 5ILCA 3P66A 1LJ3A 1Z55A 5F81A 3TXGA 4OWBA 3WH1A 4DT3A 5HNCA 1AT5A 4HP0A 5II3A 5A3ZA 4L41A 3TMWA 1QSAA 4YOPA 2D4KA 1LMPA 3EMSA 3WULA 2XBSA 1GXV2 2ZNXY 2XBRA 4G4HA 4NWEA 5B05A 4WO6A 1BQLY 1IC7Y 3D9AC 1LJNA 4WM1A 3TXBA 1LZ8A 1CNSA 2CWIA 4LFXA 1OUDA 3CSQA 1A4VA 1NKHA 1B7PA 4WM4A 3WW6A 1IY3A 1JSFA 1LZYA 1GF9A 1I20A 3P68A 4BS7A 1DKKA 1OUEA 1IC5Y 3A6BY 4IJ4A 2F30A 4NGIA 4W96A 4H94A 1GWDA 3B0OA 2MEAA 5KXYA 5KKIA 4QGZA 2EIZC 8LYZA 2G4QA 1B5YA 4H9BA 3AZ6A 2XTHA 1LSYA 5KKJA 4XJDA 5APCA 4WG1A 2Z2EA 1VDTA 2HU1A 5T3FA 3WYHA 4PRQA 3CT0A 1J1XY 1FLQA 1SLYA 1UIBA 2ZIJA 1GB5A 2A7FA 2H9JA 4LFPA 2MEDA 4MSTA 1UCOA 4NGLA 2DQDY 3OJPA 4GCFA 1GFRA 2DQAA 4GCDA 5FEKA 3LZ2A 4B0DA 2ZNWY 1JWRA 3KAMA 2D4JA 2BPUA 4B4EA 2A7DA 2MEFA 1GBOA 1LJGA 1ZV5L 2WARA 1LPIA 5DL9A 3W6DA 1LSZA 1LSAA 1YAMA 208LA 4J1BA 1GF3A 1GAZA 5HMJA 4DD2A 1GB9A 1BVXA 4DWXA 5KY1A 3W6CA 2NWDX 1LMQA 3LYTA 1NDGC 2BQFA 1IR8A 1OQMA 3GXRA 4PJ2C 4ETBA 1BB6A 3GXKA 1GB0A 4GN3A 1FKVA 1LZNA 4H9IA 3A90A 1WTNA 3HBHA 4OWCA 1I1ZA 5APDA 1XGPC 4LT3A 4NSJA 5B07A 1C46A 2BQAA 4O34A 3W6BA 1YIKA 4ET8A 2Z37A 1FBIX 1NBZC 3A3RX 5LA5A 3ZEKA 3AGGG 1JITA 3G3AB 1F6RA 1GFKA 5DLAA 4WOAA 1B7NA 3A93A 5DN4A 1JKAA 3M3UA 1LSPA 3FI7A 1FLYA 1UA6Y 5C6IA 5LXWA 4DC4A 5E9RA 1QTEA 1H87A 2YSSC 1GE1A 1JTPL 1CJ9A 1OUCA 4WLTA 3W3EA 4GN5C 1LHMA 5JENB 1LZ6A 1JKBA 2ZQ4A 2RSCA 1D6PA 3TMVA 3EO5A 4WG7A 1AT6A 1IP4A 4TUNA 4WM6A 1GBYA 4YF2A 4WMGA 1P2CC 1JKDA 3AJNA 3TMXA 4EOFA 4NFVA 2MEEA 5I4WA 4H93A 4XJFA 5B1FA 2PC2A 1JISA 5LYZA 135LA 1BB7A 4B4JA 1HF4A 3QE8A 3A3QA 1LSFA 1B5WA 4H92A 3TXEA 2IFFY 1IWUA 4PGJB 1XGRC 4HJZA 1UIEA 2DQCY 2HEFA 1LTMA 4H1PA 1PZYA 1JJ0A 1OUIA 4HV2A 4NY5A 4NGZA 3QNGA 2BQLA 1BWJA 5I4XA 5L9JA 2FYCA 194LA 2GV0A 1OUHA 2CJLA 4NG8A 1QSWA 4TTDA 4WL7A 1LZ1A 4G4CA 1LSMA 1B7SA 1EQ5A 4H9FA 2BQGA 1G7MC 1IWXA 2N5ZA 1B0DA 2YBMA 3N9AA 2VB1A 5C6LA 1GB7A 1HELA 2H9KA 1GAYA 3WU9A 4Z3MA 1LHKA 1IORA 2BLXA 1IVMA 2ZYCA 1LZTA 2W1LA 5B1GA 2DKVA 4UWVA 1REXA 2CDSA 5LA8A 1DZBX 1IR7A 1OUBA 1NBYC 3J4GA 4II8A 3WXTA 4CHXA 5KXLA 1LJIA 4R6CA 1IOQA 2BQDA 1HEOA 2Z18A 5K7OA 1DXJA 2DQGY 2EQLA 1VDSA 1GE0A 4WM3A 5KXZA 3CB7A 1C43A 3RZ4A 5I54A 1B7MA 1LSBA 1UUZC 1YANA 1YKZX 1UIAA 2Z38A 3M18B 154LA 4LYCA 1IOCA 4NHTA 2YBJA 2F4AA 1XSFA 2ZYPA 5F14A 4DDCA 1NHEA 5B59A 1QTKA 1ZVHL 4PPOA 1CKFA 2I25L 1D9UA 1DKJA 4J1AA 1LMCA 1KXXA 4N8ZA 1UACY 2Z12A 1HMKA 2H5ZA 2Z2FA 4HTNA 3ZVQA 4AXTA 3IJVA 3W6FA 1YAPA 1VATA 1FLWA 1GFAA 1IWTA 2MECA 1I56A 5HLLA 4HTQA 1IC4Y 1KIQC 1HNLA 2BQNA 3WPKA 1GFGA 2I6ZA 3WUMA 1IP7A 3CSRA 1XGQC 4HTKA 4I8SA 1LZRA 1WQRA 1LJJA 4XENA 1HHLA 5APEA 2MEBA 1QIOA 1DPXA 5KXWA 2LZTA 1W08A 1IO5A 1GDWA 5APFA 5LVHA 4FJRA 1OUJA 3AZ5A 3TXHA 1RE2A 1CJ7A 4RLNA 1GB6A 1UIGA 1YL1X 4HJYA 4RW1A 1MLCE 1TEWA 5HQ1A 1IWVA 1OUGA 1GF6A 1LZCA 3AW6A 2EPEA 1EL1A 6LYZA 1KXWA 3A67Y 4XADA 1HENA 3WW5A 3T6UA 1DI4A 1LYOA 1GF5A 1LZEA 4TSCA 2FYDA 1LJ4A 4OWAA 3W6EA 133LA 1DI3A 1VFBC 1GEZA 4ETDA 4OWEA 4XJIA 1F0WA 1JHLA 2FBBA 1JJ3A 3CT5A 4KL7A 4C3WA 4QEQA 1ZMYL 1LHHA 4HJVA 3HFMY 5LAGA 1GF8A 1HSXA 1IP1A 1F6SA 1C45A 1VDPA 1DQJC 3CQLA 4LT0A 4N1CC 5FELA 1JEFA 4H9AA 5L3IA 5KXPA 1QDRA 4P2EA 5LIOA 1GB2A 1CKGA 1A2YC 1B7OA 1GEVA 1LJKA 1WQPA 2LYOA 2YBIA 4DD0A 4W94A 3B0KA 1LKRA 1YAOA 3AGHA 4RW2A 4TSBA 1B5VA 4FDYA 1PS5A 4LYMA 3BKHA 1KIRC 1LZ4A 1GFUA 3IWRA 3WVXA 1XEKA 2HECA 3RU5A 1IP6A 4D9ZA 1T6VL 1BWHA 2HEEA 3SP3A 1J1PY 1MELL 4M6DA 1LZBA 4I0CA 1B5UA 1GHLA 1LJHA 1DPWA 1EQEA 3CSZA 1HC0A 1HSWA 1GFHA 1YL0X 4IATA 3A34A 3ATOA 2B5ZA 3WU8A 1IR9A 1LZDA 4E3UA 4NGWA 2LZ2A 2ZILA 4TX7A 1GXXA 1YKYX 1IP2A 1XGTC 1CKDA 1UIHA 1G7JC 5KXMA 3P65A 3N9EA 2C8OA 5LYMA 1LZ9A 5FSTA 1LSCA 1HFYA 1N4FA 2BQCA 1RFPA 7LYZA 1E8LA 4ETEA 3EBAB 2W1YA 4GCEA 5LVKA 1ALCA 4NEBA 4LYOA 4LT1A 1LOZA 1LZ5A 1GFJA 1JPOA 1VDQA 1T3PA 2LHMA 2YDGA 5KJ9A 1UIDA 4IASA 2XJWA 4J0LA 1UICA 3TXKA 1CKHA 1IEEA 4WLXA 3WUNA 1JUGA 1HFXA 2D4IA 2G4PA 4HV1A 3AZ7A 3A91A 153LA 1EQ4A 1J1OY 1REZA 4Z98A 2Q0MX 2G4NA 4NHSA 1LCNA 1WVVA 1CKCA 1QQYA 2BQBA 1D0MA 3WVYA 1LHJA 3LN2A 1AM7A 1QDTA 4WL6A 2DQHY 3T36A 1GE2A 3G3BB 3MGWA 1LHLA 1XFPL 2W1XA 2BQIA 4WM5A 3A95A 4HSFA 4RDSA 1BB3A 1REMA 1RJCB 4KXIA 5LVGA 5C6JA 4BAPA 6LYTA 2DQFC 3CT1A 1IP5A 4A7DA 3WL2A 1GF7A 3J6KA 4QDNA 1KXYA 3D3DA 3LHMA 5KXTA 4NGVA 1AZFA 4NGYA 1GD6A 4G49A 4MR1A 2YVBA 4H9EA 5F9XA 4OWHA 4J7VA 1WQQA 2DBTA 4BADA 1GBXA 2ZIKA 1JSEA 4LZTA 1LSDA 1ZVYB 4M4OA 1O23A 1LKSA 1LSNA 4NGKA 2BQHA 1LJEA 1TDYA 1D0LA 1UIFA 2BQEA 4HPEA 1WVUA 5DN5A 4ETAA 4DD7A 2FBDA 1KIPC 4RLMA 2LYZA 1BVKC 1HMLA 3A8ZA 2BQMA 4NIJA 4GLVA 2CGIA 4XJBA 1LYSA 3LZTA 4N1EI 5KXRA 3IJUA 1AKIA 3WUAA 1GB8A 2HEAA 5KXXA 1GE3A 4OOOA 1VAUA 1FKQA 1FLUA 4NSGA 4ZFPA 1LZGA 4TWSA 3FE0A 1D0KA 5LVJA 1HEWA 2F4GA 1LMNA 1XEJA 4B4IA 5B06A 3A96A 4KPMA 1YILA 5D5CA 3RNXA 1G7LC 4NHQA 4GLAA 5LAFA 5DM9A 1IIZA 1FDLY 4YM8A 4ZEEA 1G7HC 1LAAA 1TBYA 4XJGA 1OUFA 3AB6A 3QY4A 4H8ZA 4LT2A 4NGJA 3F6ZA 193LA 3LYZA 2Z19A 1CJ6A 2DQIY 2Y8PA 5F16A 1VEDA 2IHLA 2MEGA 3LYMA 4G4BA 5I53A 1LMOA 1BB5A 2YBHA 1JTTL 1WTMA 2AUBA 3AW7A 1GDXA 1HEMA 3HBDA 3TXFA 4QY9A 3TMUA 4WO9A 5F9UA 3OK0A 4YEOA 4H8YA 5KXSA 1GFVA 4GCCA 4AGAA 1GB3A 5A3EA 4BAFA 4CJ2A 4LYTA 4NSIA 1GFEA 5L3HA 1IOSA 1TAYA 1GF4A 3A6CY 2ZQ3A 1BB4A 5EBHA 1WQOA 1NDMC 1NWGA 4WLDA 5D5FA 3ULRA 4EMNA 4GCBA 4H90A 5I4YA 1WQMA 2DQEY 9LYZA 1B7LA 3RT5X 4WM2A 4XJHA 4Z41A 2HEBA 4HPIA 3W6AA 1RCMA 1HERA 2BQKA 1LJFA 1IP3A 4NGOA 1OP9B 3TXJA 3WPLA 4Z46A 1LMAA 5KXNA 3RW8A 1JKCA 2YBLA 2Z39A 1SQ2L 1HEPA 4H9HA 2W1MA 4KT3A 2C8PA 4ET9A 4LGKA 2F2NA 4NWHA 1V7TA 1C7PA 1HFZA 1B7RA 2BAAA 3HBEX 1YKXX 5AMYA 4OW1A 1D6QA 1TCYA 134LA 3B72A 1IWWA 1DI5A 1QUTA 2MEIA 4ML7A 1B9OA 1V7SA 3EXDA 5LINA 1LHIA 2I26L 4XYYA 1BWIA 2D6BA 2HU3A 1NF5A 5KXKA 5IHGA 4ETCA 1QUSA 1LSEA 4N5RA 1IWZA 4MCKA 4NSHA 5I5QA 1LSGA 4CGEA 1B5XA 3WU7A 1GF0A 1FN5A 5HNLA 4G9SA 3P64A 5FDJA 5J7CA 4YENA 1UC0A 4X3BA 4H8XA 4H9CA 4B49A 3B6LA 1LMTA 3AYQA 4OOTA 5FHWA 1LYZA 1INUA 2HTXA 3WMKA 1HEQA 5E4PA 4U3XB 3P4ZA 1NQIA 2BQJA 2LYMA 1GBWA 3B0IA 1IWYA 2EKSC 3BKVA 3VWOA 1UBZA 2X0AA 4DD1A 5IELA 4UWNA 4LYZA 1F10A 1JIYA 4H91A 4ZIXA 3A92A 4XN6A 4CFPA 1B2KA 2DQJY 3TXIA 1G7IC 4DD3A 1OUAA 1JTOL 2BLYA 3E3DA 4B1AA 5FCPA 2HEDA 1RI8B 5LYTA 2MEHA 1W6ZA 1GFTA 4DDBA 4PRUA 4UWUA 1BGIA 1GBZA 4DYGA 4DD9A 1IOTA 1NMMA 1GE4A 1GBSA 4DDAA 3A94A 5HMVA 5KXOA 5M1YA 1YAQA 4N9RA 1IX0A 4CFOA 4YEMA 2BQOA 1YROA 1BHZA 4NHPA 3TXDA 3AZ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
185LA 3LYOA 3DMXA 1LZAA 1C6DA 1GPQC 2D91A 1YQVY 1XEIA 1JJ1A 1CUPA 3ZVQB 4R0FA 1QT8A 4LYBA 1B7QA 2OEAX 4GN4A 3WPJA 5IDDA 5ILCA 4I7TA 1Z55A 3TXGA 4OWBA 3C7WA 1CU2A 4YOPA 2D4KA 3EMSA 1P64A 1L28A 3WULA 1LYEA 1SSWA 4NWEA 5B05A 1L96A 4WO6A 1C66A 2LC9A 1CX7A 1CNSA 234LA 3DN4A 4WM4A 1D2WA 1IY3A 4BS7A 3A6BY 1KY1A 1L07A 4H94A 1L39A 1OV7A 3AZ6A 4W56A 2XTHA 4I7LA 4XJDA 2HU1A 3WYHA 4PRQA 1J1XY 141LA 1UIBA 2ZIJA 2MEDA 4MSTA 1L71A 3C83A 2ZNWY 1P6YA 5I14A 2BPUA 4B4EA 192LA 5DL9A 1LPIA 229LA 1OYUA 183LA 5HMJA 2OU0X 7LZMA 3W6CA 2NWDX 1LMQA 3LYTA 1NDGC 4ETBA 1L23A 1FKVA 4H9IA 3HBHA 1I1ZA 1YIKA 2Z37A 1NBZC 3A3RX 1JITA 4S0WA 1GFKA 3A93A 5C6IA 2B6WA 5LXWA 1QTEA 1C6TA 1L11A 2YSSC 3W3EA 1QT4A 227LA 3HUKA 1D6PA 1LYGA 1L99A 1IP4A 1GBYA 4YF2A 4EOFA 3AJNA 2MEEA 119LA 1BB7A 3CDTA 3TXEA 2IFFY 1D3FA 1LTMA 4NY5A 1BWJA 237LA 1OUHA 2CJLA 1L43A 1B7SA 1CU6A 2BQGA 111LA 1IWXA 1DYDA 3N9AA 2VB1A 4I7PA 3WU9A 262LA 2W1LA 5B1GA 2DKVA 4UWVA 1QUGA 2CDSA 5LA8A 1DZBX 1OUBA 1L16A 1IOQA 2Z18A 148LE 206LA 1GE0A 1B7MA 1YANA 1LYFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WLY A;  1LYY A;  4NHI A;  3LYO A;  1LZS A;  4C5F A;  1LZA A;  2HUB A;  3AGI A;  207L A;  5ILF A;  1IY4 A;  1GPQ C;  2D91 A;  1C10 A;  1YQV Y;  3ATN A;  2ZWB A;  1REY A;  1XEI A;  3N9C A;  1JJ1 A;  3WXU A;  3ZVQ B;  4N0J A;  4NG1 A;  4PHI A;  4R0F A;  5LVI A;  1B5Z A;  1B7Q A;  1WQN A;  4LYB A;  4GN4 A;  1CJ8 A;  5IDD A;  3WPJ A;  4ANR A;  1H6M A;  2YBN A;  132L A;  1C08 C;  1XGU C;  3K3T A;  5ILC A;  3P66 A;  1LJ3 A;  1Z55 A;  5F81 A;  3TXG A;  4OWB A;  3WH1 A;  4DT3 A;  5HNC A;  1AT5 A;  4HP0 A;  5II3 A;  5A3Z A;  4L41 A;  3TMW A;  1QSA A;  4YOP A;  2D4K A;  1LMP A;  3EMS A;  3WUL A;  2XBS A;  1GXV 2;  2ZNX Y;  2XBR A;  4G4H A;  4NWE A;  5B05 A;  4WO6 A;  1BQL Y;  1IC7 Y;  3D9A C;  1LJN A;  4WM1 A;  3TXB A;  1LZ8 A;  1CNS A;  2CWI A;  4LFX A;  1OUD A;  3CSQ A;  1A4V A;  1NKH A;  1B7P A;  4WM4 A;  3WW6 A;  1IY3 A;  1JSF A;  1LZY A;  1GF9 A;  1I20 A;  3P68 A;  4BS7 A;  1DKK A;  1OUE A;  1IC5 Y;  3A6B Y;  4IJ4 A;  2F30 A;  4NGI A;  4W96 A;  4H94 A;  1GWD A;  3B0O A;  2MEA A;  5KXY A;  5KKI A; 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 1JKC A;  2YBL A;  2Z39 A;  1SQ2 L;  1HEP A;  4H9H A;  2W1M A;  4KT3 A;  2C8P A;  4ET9 A;  4LGK A;  2F2N A;  4NWH A;  1V7T A;  1C7P A;  1HFZ A;  1B7R A;  2BAA A;  3HBE X;  1YKX X;  5AMY A;  4OW1 A;  1D6Q A;  1TCY A;  134L A;  3B72 A;  1IWW A;  1DI5 A;  1QUT A;  2MEI A;  4ML7 A;  1B9O A;  1V7S A;  3EXD A;  5LIN A;  1LHI A;  2I26 L;  4XYY A;  1BWI A;  2D6B A;  2HU3 A;  1NF5 A;  5KXK A;  5IHG A;  4ETC A;  1QUS A;  1LSE A;  4N5R A;  1IWZ A;  4MCK A;  4NSH A;  5I5Q A;  1LSG A;  4CGE A;  1B5X A;  3WU7 A;  1GF0 A;  1FN5 A;  5HNL A;  4G9S A;  3P64 A;  5FDJ A;  5J7C A;  4YEN A;  1UC0 A;  4X3B A;  4H8X A;  4H9C A;  4B49 A;  3B6L A;  1LMT A;  3AYQ A;  4OOT A;  5FHW A;  1LYZ A;  1INU A;  2HTX A;  3WMK A;  1HEQ A;  5E4P A;  4U3X B;  3P4Z A;  1NQI A;  2BQJ A;  2LYM A;  1GBW A;  3B0I A;  1IWY A;  2EKS C;  3BKV A;  3VWO A;  1UBZ A;  2X0A A;  4DD1 A;  5IEL A;  4UWN A;  4LYZ A;  1F10 A;  1JIY A;  4H91 A;  4ZIX A;  3A92 A;  4XN6 A;  4CFP A;  1B2K A;  2DQJ Y;  3TXI A;  1G7I C;  4DD3 A;  1OUA A;  1JTO L;  2BLY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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