1UIFA

Analysis of the stabilization of hen lysozyme with the helix dipole and charged side chains
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRVGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Analysis of the stability of mutant lysozymes at position 15 using X-ray crystallography.
pubmed rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1uifA00
2BQGA 1GDWA 1GF9A 1MLCE 1GAZA 1IWWA 1GF4A 1LZ4A 3RZ4A 1DQJC 3CSZA 4WG1A 2MEDA 1YAMA 3W6EA 1GB0A 2BQHA 1REZA 4E3UA 2C8OA 5L3IA 1LZCA 2MEBA 1CJ6A 3W3EA 3WL2A 3TMUA 5DM9A 1JJ3A 5HQ1A 1GF8A 1GB6A 1GFUA 1J1OY 1LZNA 4OWAA 5FSTA 1BVXA 1B7SA 1BWHA 4B0DA 1LAAA 3ATOA 4XJIA 5KXNA 3ZEKA 4ZFPA 2DBTA 1JPOA 3BKHA 1UIFA 5DN4A 3AZ6A 4TSCA 1H6MA 1YAPA 1FLYA 1WQOA 2Z18A 4MSTA 3WXUA 1JSFA 1JKCA 2BQOA 1HC0A 4H91A 3AZ5A 1UIDA 2I26L 1FN5A 3KAMA 4Z41A 1LMCA 3B0IA 3P68A 3WW6A 1OUIA 2W1YA 1IP6A 1NQIA 3A95A 2YBMA 1BB3A 1LSAA 2ZQ4A 5IDDA 1GF7A 4WLTA 1GEZA 4NHPA 3P66A 3W6FA 3ULRA 1HNLA 1PS5A 4TX7A 1CJ8A 2DQFC 2HEBA 2XBSA 1CNSA 4PRQA 1VAUA 1ALCA 4XJHA 5DLAA 3W6DA 4IJ4A 1CKGA 3WU9A 3P4ZA 1OUHA 1HEOA 1TCYA 1GBXA 1LZYA 2DQAA 3F6ZA 3GXKA 2MEGA 4G4CA 4NHSA 5F14A 2D6BA 4OW1A 2FBDA 4TSBA 3TMWA 1J1PY 1EL1A 4LT2A 1IWXA 1JITA 4QDNA 1GB3A 4LYZA 5KXXA 2MEAA 1WQPA 2YBLA 2DKVA 1B7PA 4DD3A 1IOQA 1LSBA 1OUBA 4HPIA 1LKRA 1HSXA 6LYTA 5KXLA 4XADA 1UIGA 2WARA 1IOSA 4L41A 1IY3A 1WQMA 2YBNA 4H8YA 4LYCA 2ZNWY 4UWNA 3CT5A 4WM2A 1TEWA 2EPEA 1WTMA 2GV0A 3B72A 1XGQC 4WM1A 1QUSA 1RFPA 5C6JA 1LHJA 2W1LA 4NGWA 1IR7A 4XJBA 3IJUA 1ZMYL 134LA 2XBRA 4NGZA 2F2NA 2ZYCA 4TTDA 3T36A 4WLXA 1NF5A 3LYOA 4UWUA 5M1YA 3AGGG 5EBHA 4WM5A 1GFAA 1KIRC 2MECA 1IVMA 4B1AA 4GN3A 4HTKA 1E8LA 1B2KA 4ET9A 4NGJA 5KXKA 194LA 4LYTA 4TUNA 3RNXA 1B7LA 3AB6A 4B4EA 1C43A 1YANA 1CKCA 3MGWA 2I25L 4H92A 4OWEA 4HTNA 1QDRA 4QEQA 1NKHA 1LZSA 1B7QA 4HPEA 4DDAA 1LJNA 3IWRA 1KXYA 4BAPA 4GLVA 4DYGA 4LZTA 1FBIX 4A7DA 1QQYA 5B05A 3A96A 3LYMA 2PC2A 2XJWA 4WG7A 2D91A 1YAOA 1GHLA 3LN2A 4LYMA 1JKAA 2Z19A 5HNCA 1KIQC 1B9OA 4NSJA 4D9ZA 5LVIA 1LKSA 2BQKA 2D4JA 3SP3A 3A3QA 4XYYA 5FELA 1LSNA 1UUZC 1V7SA 2ZIKA 1ZVHL 1IC4Y 2BAAA 4IATA 5HMVA 1QTKA 1YL1X 1FLWA 1Z55A 4H9HA 3WPKA 1LSFA 4ANRA 3N9CA 1UIAA 4G4BA 4NGLA 1C10A 3B0KA 1ZV5L 1GB8A 1XSFA 5LIOA 4WM6A 1C7PA 2MEIA 2AUBA 1EQ4A 3GXRA 2LZ2A 1LHMA 3QY4A 1IP4A 1LYZA 5D5FA 1LSGA 4CFOA 1A4VA 2I6ZA 2Z2EA 1JTOL 1NDGC 5LVHA 1D6PA 1GFJA 3AW6A 1JSEA 1LHHA 1B5UA 1BB4A 2FBBA 4RLNA 2G4PA 1JTPL 3TXHA 4R6CA 5KY1A 1UIEA 3J6KA 1JKBA 4PGJB 3TMVA 1BWIA 1INUA 3WH1A 1LZAA 2BQMA 2BQFA 3M18B 4NHTA 1QSWA 3HBDA 3G3BB 5DN5A 4C5FA 4ZEEA 1GF0A 1B5YA 3CT0A 5KKJA 5L3HA 1DPXA 2HEEA 4RW2A 2HEAA 4QGZA 1D0LA 4GN4A 4TWSA 4GN5C 4I0CA 1IWZA 3D9AC 1LTMA 3WVYA 5J7CA 2BQNA 2ZIJA 1F6RA 1LSEA 2CGIA 4PRUA 3WMKA 4CGEA 1HMLA 1QTEA 1HF4A 4OOOA 2X0AA 3WXTA 5APFA 1GAYA 1HHLA 1GFVA 4BS7A 1LZEA 3AJNA 1BGIA 5B06A 1GB5A 1IR9A 1CJ9A 1OUEA 3E3DA 1B5WA 1LJ3A 4WO6A 3P64A 1LJHA 1IP7A 4N8ZA 1HFZA 3G3AB 4KXIA 1LHIA 3A67Y 1LSMA 2YVBA 2DQIY 1C08C 1IEEA 6LYZA 1SLYA 4WM3A 5LINA 2EQLA 5DL9A 1IOTA 4HV2A 2H9KA 3B0OA 4NIJA 1DI5A 2CWIA 1IWTA 2HU3A 1LJIA 1JEFA 2DQJY 4H93A 3WW5A 4DWXA 4LYOA 4WM4A 4CJ2A 1LZBA 1GWDA 5APCA 4B4IA 1LOZA 1AKIA 2ZILA 5HLLA 4H9FA 1I20A 1NDMC 1LJ4A 4KT3A 1YIKA 5ILCA 1G7IC 1P2CC 4HV1A 4ETBA 1IWYA 2NWDX 3A92A 3OJPA 3B6LA 2MEFA 1D9UA 4N5RA 2DQDY 1QSAA 5LVJA 1GBZA 2F4AA 4LYBA 5F9XA 2BLXA 1F6SA 1JKDA 5LVGA 1W08A 1TAYA 3A8ZA 3EBAB 1GFHA 1NWGA 1IP2A 4IASA 5KXPA 4DDCA 3A6BY 5F9UA 1IR8A 1I56A 1WVVA 1JJ0A 1JJ1A 1HFXA 4OOTA 4B4JA 5FCPA 2DQGY 5KXWA 4DD9A 1GDXA 5LYMA 4NGKA 3AGIA 4KPMA 1D0MA 3D3DA 1C45A 1HFYA 5I54A 4J1BA 1GF3A 2BLYA 1LZ6A 2Z39A 1VATA 2BQCA 4HJVA 1DPWA 1WVUA 5KXSA 4X3BA 3WPLA 1XGUC 3CQLA 4HP0A 2Y8PA 4ETEA 2Z2FA 4PHIA 4W96A 2BQBA 1LJFA 4KL7A 4AXTA 4C3WA 3WU7A 4GCFA 1LMPA 4EMNA 4YEOA 3WPJA 1JHLA 1FLQA 1LSDA 4J7VA 4N1CC 1LMQA 1YAQA 7LYZA 2BQDA 4ETCA 4OWBA 5HMJA 5KXTA 5L9JA 4N9RA 1B0DA 1GF6A 3RU5A 1NBZC 1BB6A 1T6VL 3J4GA 4XJGA 1AM7A 1GBWA 3AZ7A 4I8SA 1UACY 4LT1A 3EXDA 5LAFA 4NGVA 8LYZA 2BQIA 4H94A 1EQEA 1QDTA 1B5VA 4M4OA 1UBZA 2ZWBA 1IC5Y 4WL6A 3TXKA 1YQVY 3A6CY 4DC4A 5II3A 1OP9B 5I53A 4YENA 4BADA 1UC0A 3LYZA 4H9EA 2BQLA 5FEKA 1KXWA 2ZYPA 5D5CA 154LA 5B1GA 3OK0A 1W6ZA 5KXMA 1XGRC 1LMOA 1J1XY 5JENB 3ZVQA 9LYZA 5B07A 1HEPA 1YILA 1LHKA 4J1AA 3TXJA 1T3PA 3A3RX 1GXXA 1EQ5A 3BKVA 3TMXA 1NHEA 4NHQA 4MR1A 4B49A 4BAFA 1XEKA 4R0FA 3N9EA 4P2EA 3P65A 4ZIXA 4NFVA 3QNGA 1I1ZA 1GPQC 3WULA 4XJFA 2MEHA 5F81A 3FE0A 1B5ZA 4RW1A 4AGAA 1LSCA 3LZ2A 3TXIA 4DT3A 1HERA 4CFPA 4GLAA 4CHXA 3WUAA 1BHZA 2EIZC 4YOPA 1GFRA 1LYYA 1G7HC 4LT3A 4G4HA 4GCEA 4LGKA 4ETDA 1QUTA 4WLDA 2IFFY 1LZRA 1IP3A 1REMA 2YDGA 1OUDA 2LZTA 4J0LA 5I4XA 3A91A 3ZVQB 1G7JC 4O34A 1GFKA 1LSYA 4WOAA 4NY5A 1IWUA 3HBEX 3W6AA 1RE2A 5A3ZA 1LZ9A 1WQNA 5LYTA 1HELA 2HUBA 2B5ZA 2Z38A 1IP1A 4MCKA 1B7OA 4YF2A 1LPIA 1PZYA 5IHGA 2HU1A 1LYSA 4H8ZA 5IELA 5ILFA 133LA 1VDSA 1OUJA 2CDSA 3K3TA 4W94A 4WL7A 4DD7A 1HEWA 1LMNA 4XN6A 4XENA 1V7TA 1JTTL 1QIOA 1BQLY 1JISA 1MELL 4WO9A 5E4PA 3T6UA 4NEBA 1XGTC 4DD0A 2Q0MX 4N1EI 1GBYA 5F16A 1C46A 4M6DA 4HSFA 4II8A 1TDYA 1VDTA 3RW8A 1LYOA 1GD6A 3CT1A 3AZ4A 5E9RA 3A94A 1H87A 1UIBA 193LA 1REXA 1GF5A 1WTNA 1OUFA 4G9SA 5K7OA 5KXZA 1REYA 1JWRA 5KXYA 1HEMA 2F30A 1GFEA 2CJLA 4FJRA 2F4GA 2W1XA 1UIHA 1CJ7A 2ZQ3A 2D4KA 2ZNXY 2H5ZA 4NGYA 1JIYA 5I4YA 3WUNA 1BVKC 1GE3A 5LVKA 3ATNA 4OWHA 3TXGA 1GFTA 1AZFA 4WMGA 1OQMA 1UICA 2A7FA 2MEEA 4OWCA 2LYMA 4NWHA 3W6BA 1LZGA 1BWJA 1GE1A 1HMKA 1BB5A 3HBHA 4NGOA 4NSGA 4GCDA 5APEA 3TXDA 1LJEA 2HEFA 3RT5X 1LMTA 1SQ2L 1UA6Y 4EOFA 153LA 4GCBA 1LZDA 2BQEA 2XTHA 1CKDA 4NSIA 4YEMA 5A3EA 2FYDA 4DD1A 3WYHA 5KXOA 1D6QA 5T3FA 4H9BA 1OUCA 1VDQA 1YKYX 1F10A 1CKHA 1GBOA 1B5XA 1HSWA 1B7NA 4DDBA 1IWVA 5LA5A 1FKQA 1OUGA 2DQHY 2EKSC 1YKZX 3TXFA 5B59A 4XJDA 4H9CA 4YM8A 1GB2A 4UWVA 4PJ2C 1N4FA 1KXXA 2D4IA 1XFPL 4ETAA 5HNLA 2DQEY 2IHLA 1GE4A 2LYZA 1YROA 4HJYA 4HTQA 1LJGA 4H9AA 3LHMA 1XEIA 2HECA 4WLYA 4HJZA 1DKKA 3WVXA 1DI4A 1DKJA 4RLMA 4LT0A 4Z3MA 4Z98A 3LZTA 1IP5A 3A34A 1HENA 3FI7A 5FHWA 1AT6A 2W1MA 5B1FA 132LA 2Z12A 2A7DA 3AW7A 3TXEA 1VDPA 4NWEA 4U3XB 1VEDA 1LJJA 1B7RA 4H90A 4NG8A 4RDSA 1IORA 2HEDA 3QE8A 4FDYA 1BB7A 1LCNA 4N0JA 1IIZA 3TXBA 2YSSC 5C6IA 3WU8A 2YBIA 1CKFA 4ML7A 5C6LA 2BQJA 2G4NA 2VB1A 4NG1A 1RCMA 4DD2A 1A2YC 1IX0A 1UCOA 1XEJA 1YL0X 1IO5A 1NBYC 4NGIA 1G7MC 4H8XA 1GE2A 4NSHA 1GE0A 1NMMA 3A90A 5LA8A 2BQAA 1IY4A 1KIPC 2FYCA 5KKIA 1AT5A 5I5QA 5LXWA 3CSRA 3IJVA 2C8PA 1LZTA 1LHLA 1YKXX 2YBHA 1WQRA 4ET8A 1G7LC 3HFMY 4NHIA 4GCCA 2LHMA 1FKVA 3VWOA 1GBSA 1XGPC 3M3UA 4H1PA 3AGHA 1LSPA 3AYQA 1GB7A 1GFGA 1HEQA 208LA 2HTXA 3W6CA 4Z46A 1FDLY 3N9AA 1FLUA 2DQCY 5APDA 1IC7Y 1LZ1A 1O23A 4QY9A 1RJCB 1B7MA 1LJKA 1DZBX 2Z37A 1DI3A 4LFPA 1JUGA 1LSZA 4PPOA 2H9JA 3CB7A 2RSCA 3CSQA 1F0WA 1DXJA 1TBYA 2N5ZA 5AMYA 1GB9A 3A93A 2BPUA 2YBJA 1LZ5A 1WQQA 3EMSA 4H9IA 5I4WA 1RI8B 1D0KA 135LA 1LZ8A 1OUAA 4G49A 3LYTA 4LFXA 1IOCA 5LYZA 207LA 2G4QA 5KJ9A 5KXRA 1ZVYB 3WUMA 1GXV2 5FDJA 1VFBC 1LMAA 5LAGA 1GEVA 3EO5A 2LYOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GDWA 1MLCE 3RZ4A 1DQJC 3CSZA 4W54A 1YAMA 1L19A 218LA 1GB0A 4ARQA 1REZA 1C6HA 3HTDA 1CJ6A 5DM9A 5HQ1A 2RBQA 1GFUA 2F2QA 1G0QA 3FADA 4ZFPA 4MSTA 2BQOA 3AZ5A 2I26L 1L28A 4W52A 1SWZA 1NQIA 1L36A 4WLTA 1GEZA 2RBPA 3W6FA 3ULRA 1PS5A 4TX7A 4XJHA 3P4ZA 261LA 1L86A 1GBXA 1T8AA 4TSBA 3TMWA 1J1PY 4LT2A 1IWXA 1GB3A 5KXXA 2MEAA 1P6YA 131LA 1OUBA 175LA 4UWNA 2GV0A 1XGQC 1QUSA 1NHBA 1ZMYL 2XBRA 1C6LA 2ZYCA 1QUOA 3LYOA 5M1YA 138LA 2MECA 4DKLA 3C82A 1L47A 2B70A 4TUNA 2LZMA 3C7YA 1YANA 4PJZA 1QDRA 1NKHA 4HPEA 1L92A 3HU8A 4GLVA 1QQYA 2RH1A 4W53A 1LI2A 4WG7A 2D91A 1YAOA 5KJ9A 3C8RA 1JKAA 5LVIA 1LKSA 3SP3A 4DQ7A 1UUZC 4IATA 1FLWA 4H9HA 3B0KA 4EXMA 1QT5A 1L79A 2MEIA 1C7PA 198LA 3GXRA 2LZ2A 3HT7A 1L80A 1L64A 3GUOA 5LVHA 2Z2EA 1JSEA 3OE9A 4RLNA 1XJTA 1JKBA 2BQMA 2BQFA 1L30A 3CT0A 1L60A 1L69A 4GN5C 1C6JA 3D9AC 1L23A 1B6IA 3FA0A 2BQNA 2ZIJA 1LWGA 3LZMA 1D2WA 1LZEA 5B06A 1GB5A 1IR9A 1CJ9A 3E3DA 1QSBA 1IP7A 4N8ZA 110LA 3G3AB 3A67Y 2YVBA 1IEEA 125LA 1IOTA 2CWIA 1LJIA 1JEFA 2DQJY 3WW5A 4WM4A 1DYBA 4B4IA 1LOZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BQG A;  1GDW A;  1GF9 A;  1MLC E;  1GAZ A;  1IWW A;  1GF4 A;  1LZ4 A;  3RZ4 A;  1DQJ C;  3CSZ A;  4WG1 A;  2MED A;  1YAM A;  3W6E A;  1GB0 A;  2BQH A;  1REZ A;  4E3U A;  2C8O A;  5L3I A;  1LZC A;  2MEB A;  1CJ6 A;  3W3E A;  3WL2 A;  3TMU A;  5DM9 A;  1JJ3 A;  5HQ1 A;  1GF8 A;  1GB6 A;  1GFU A;  1J1O Y;  1LZN A;  4OWA A;  5FST A;  1BVX A;  1B7S A;  1BWH A;  4B0D A;  1LAA A;  3ATO A;  4XJI A;  5KXN A;  3ZEK A;  4ZFP A;  2DBT A;  1JPO A;  3BKH A;  1UIF A;  5DN4 A;  3AZ6 A;  4TSC A;  1H6M A;  1YAP A;  1FLY A;  1WQO A;  2Z18 A;  4MST A;  3WXU A;  1JSF A;  1JKC A;  2BQO A;  1HC0 A;  4H91 A;  3AZ5 A;  1UID A;  2I26 L;  1FN5 A;  3KAM A;  4Z41 A;  1LMC A;  3B0I A;  3P68 A;  3WW6 A;  1OUI A;  2W1Y A;  1IP6 A;  1NQI A;  3A95 A;  2YBM A;  1BB3 A;  1LSA A;  2ZQ4 A;  5IDD A;  1GF7 A;  4WLT A;  1GEZ A;  4NHP A;  3P66 A;  3W6F A;  3ULR A;  1HNL A;  1PS5 A;  4TX7 A;  1CJ8 A;  2DQF C;  2HEB A;  2XBS A;  1CNS A;  4PRQ A;  1VAU A;  1ALC A;  4XJH A;  5DLA A;  3W6D A;  4IJ4 A;  1CKG A;  3WU9 A;  3P4Z A;  1OUH A; 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 3AW7 A;  3TXE A;  1VDP A;  4NWE A;  4U3X B;  1VED A;  1LJJ A;  1B7R A;  4H90 A;  4NG8 A;  4RDS A;  1IOR A;  2HED A;  3QE8 A;  4FDY A;  1BB7 A;  1LCN A;  4N0J A;  1IIZ A;  3TXB A;  2YSS C;  5C6I A;  3WU8 A;  2YBI A;  1CKF A;  4ML7 A;  5C6L A;  2BQJ A;  2G4N A;  2VB1 A;  4NG1 A;  1RCM A;  4DD2 A;  1A2Y C;  1IX0 A;  1UCO A;  1XEJ A;  1YL0 X;  1IO5 A;  1NBY C;  4NGI A;  1G7M C;  4H8X A;  1GE2 A;  4NSH A;  1GE0 A;  1NMM A;  3A90 A;  5LA8 A;  2BQA A;  1IY4 A;  1KIP C;  2FYC A;  5KKI A;  1AT5 A;  5I5Q A;  5LXW A;  3CSR A;  3IJV A;  2C8P A;  1LZT A;  1LHL A;  1YKX X;  2YBH A;  1WQR A;  4ET8 A;  1G7L C;  3HFM Y;  4NHI A;  4GCC A;  2LHM A;  1FKV A;  3VWO A;  1GBS A;  1XGP C;  3M3U A;  4H1P A;  3AGH A;  1LSP A;  3AYQ A;  1GB7 A;  1GFG A;  1HEQ A;  208L A;  2HTX A;  3W6C A;  4Z46 A;  1FDL Y;  3N9A A;  1FLU A;  2DQC Y;  5APD A;  1IC7 Y;  1LZ1 A;  1O23 A;  4QY9 A;  1RJC B;  1B7M A;  1LJK A;  1DZB X;  2Z37 A;  1DI3 A;  4LFP A;  1JUG A;  1LSZ A;  4PPO A;  2H9J A;  3CB7 A;  2RSC A;  3CSQ A;  1F0W A;  1DXJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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