1LYDA

Crystal structure of t4-lysozyme generated from synthetic coding dna expressed in escherichia coli
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Crystal structure of T4-lysozyme generated from synthetic coding DNA expressed in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lydA00
4I7JA 2RBSA 182LA 4K5YA 4W55A 1OWYA 234LA 162LA 2OU0X 1C67A 1QS5A 3DN3A 1L19A 122LA 3SB5A 3HU9A 128LA 138LA 1L75A 3C8SA 1D9WA 1PQDA 1L84A 2HUMA 1L53A 2RBOA 1LYIA 1C6LA 1C6KA 4LDOA 1LYHA 3DN4A 254LA 244LA 1L30A 213LA 3L64A 155LA 1C6IA 4EKQA 238LA 210LA 1LYDA 1C6AA 1PQKA 3SBBC 1L09A 1L44A 258LA 1L50A 5LZMA 151LA 3NYAA 1G07A 2RBQA 1T8AA 1G1VA 1L31A 191LA 1LGXA 169LA 120LA 159LA 1L42A 1L83A 223LA 1C69A 6LZMA 1XJTA 3DKEX 2A4TA 3HUAA 4DJHA 3JR6A 1DYCA 141LA 1L34A 1QTHA 1C6GA 252LA 2B6TA 149LA 3G3WA 176LA 2RBNA 4LDLA 1L33A 1L20A 1L37A 1L06A 1WTHA 214LA 1L57A 1L23A 3HWLA 5I14A 4ARLA 1L92A 4W51A 3GULA 3C83A 1L12A 3GUOA 123LA 201LA 1L77A 2RB1X 1L02A 3F8VA 3RZEA 1KS3A 3GUJA 1L58A 1TLAA 4YXCA 4EJ4A 1LI6A 186LA 3HT7A 200LA 4LDEA 3GUNA 1QTDA 1L24A 3OE0A 1P37A 164LA 190LA 109LA 2Z6BA 2LZMA 1L52A 1PQJA 2LCBA 189LA 1L26A 3K2RA 184LA 1QUOA 4LZMA 1C63A 177LA 1L15A 1L94A 1LYEA 142LA 1L61A 241LA 3VW7A 3SBAA 3SB7A 1L47A 102LA 1C61A 4S0WA 1QT6A 1C60A 1L89A 1G0PA 4EKRA 1OVJA 1G0QA 240LA 1SWYA 1CU0A 3CDOA 181LA 2HUKA 2B6WA 1P2LA 1L35A 113LA 2B6XA 3CDVA 1L99A 1SSYA 3GUPA 1CU2A 1LPYA 4IAPA 1C6NA 3DN6A 2O4WA 3DN8A 4PK0A 1P7SA 1CU5A 4EKPA 160LA 3GUMA 171LA 1C6DA 1L0JA 4EXMA 3HH4A 3SB6A 3C7ZA 139LA 2RB0X 3SN6R 1L85A 188LA 2F32A 3HTDA 229LA 3OE8A 1C6TA 248LA 2RH1A 1KW7A 112LA 1CU6A 1K28A 3DN0A 1L55A 1QTZA 1L63A 3DN1A 4GBRB 3DMXA 1XJUA 1OVKA 1L65A 249LA 3RUNA 1C66A 1C64A 2NTGA 3HU8A 1L97A 1SX7A 4W57A 3HTFA 4YX7C 4I7LA 1JTNA 1SX2A 206LA 4ARMA 1DYFA 1L11A 147LA 111LA 1C62A 172LA 1L05A 1QT3A 1D3NA 1CVKA 1LI2A 170LA 1L81A 236LA 1LWGA 196LA 1OYUA 4W52A 1JQUA 3HT9A 156LA 1L17A 2OTYX 216LA 1C6JA 1L64A 3C82A 163LA 1P5CA 1CV4A 1L96A 259LA 2OE4X 173LA 222LA 137LA 1CX6A 4ARQB 187LA 1QTBA 1L13A 1QSBA 1G0GA 239LA 1SWZA 1G0MA 3DMVA 1G06A 1L86A 1C6BA 237LA 1L00A 256LA 3EMLA 4I7OA 1D2WA 247LA 246LA 233LA 1LYGA 4I7KA 4I7TA 3C81A 2B6ZA 1L08A 2HULA 4W59A 1L07A 2IGCA 2RBPA 195LA 1CU3A 3DNAA 3HUKA 4I7MA 1LGWA 143LA 3LZMA 3FA0A 4YXAC 1LYJA 1LW9A 1I6SA 2ANVA 1CUPA 1CV5A 3CDTA 1P56A 2Q9DA 103LA 2OEAX 1QTCA 1L76A 1L36A 1L74A 1L93A 1C65A 107LA 1QT8A 145LA 253LA 4DKLA 1L41A 230LA 4ZPUA 1G0LA 1L43A 3FI5A 1ZWNA 1L39A 1L90A 119LA 1L60A 1LLHA 1QT4A 3G3VA 4E97A 140LA 1L67A 3HTGA 1P3NA 1PQMA 2NTHA 4GRVA 4I7PA 1DYGA 197LA 148LE 1L14A 1CV6A 212LA 3C7WA 1L98A 1C6FA 1L10A 1C6EA 1LWKA 1G1WA 3GUIA 2B72A 1OVHA 126LA 108LA 250LA 2B6YA 1L68A 104LA 166LA 3OE6A 1XEPA 1CV0A 130LA 1L48A 1C6CA 1C6HA 4DAJA 3L2XA 1LI3A 3G3XA 4EKSA 226LA 1L29A 2Q9EA 1DYAA 2LC9A 1C68A 110LA 1KY1A 228LA 2OE7X 2RB2X 3SB9A 3F9LA 1L40A 2OE9X 2ANXA 2RBRA 1L69A 1P64A 1CX7A 1L82A 3HTBA 1DYBA 1P2RA 4W56A 2F2QA 1L71A 221LA 1DYDA 4ARQA 3UONA 1L28A 4ARPA 152LA 235LA 3HT8A 1D2YA 1P46A 211LA 3HDEA 1ZYTA 2O79A 1KNIA 1L79A 224LA 115LA 2RAZX 1L32A 1L0KA 231LA 3V2YA 199LA 183LA 1D3MA 1T6HA 219LA 1DYEA 1OV5A 261LA 1QT5A 1L54A 129LA 1L70A 3C7YA 3NY8A 215LA 1D3JA 1T97A 3DN2A 7LZMA 242LA 4W54A 114LA 1B6IA 3PBLA 257LA 150LA 4AQNA 185LA 209LA 227LA 4W58A 1L21A 198LA 2F47A 178LA 175LA 2B7XA 1EPYA 1PQIA 3HT6A 1L16A 127LA 174LA 1G0JA 1NHBA 1QUDA 167LA 1QTVA 1L91A 1CTWA 1C6PA 1JTMA 4I7RA 218LA 225LA 3QAKA 1SSWA 1KY0A 1L62A 2O7AA 4ARJA 262LA 3HH6A 3C8QA 157LA 1L87A 4I7SA 1D3FA 243LA 1CUQA 2OTZX 118LA 4I7QA 4ARMB 1C6MA 2B74A 4EPIA 1QT7A 1L38A 1T8GA 3GUKA 1L18A 1L80A 2OU9A 1L59A 3PDSA 1CV1A 3DMZA 146LA 1OV7A 220LA 3HUQA 255LA 1P6YA 180LA 1L27A 1P36A 2CUUA 2OU8A 3D4SA 2RAYX 1CV3A 245LA 144LA 3SB8A 4I7NA 3ODUA 1LYFA 1L95A 1QS9A 1L04A 4EPFA 192LA 1L25A 1L56A 1G0KA 131LA 260LA 2L78A 3CDRA 3CDQA 3NY9A 3V2WA 1LGUA 1QUGA 2B73A 4W53A 165LA 3FADA 125LA 1L46A 3HH5A 1L88A 217LA 1L51A 1L22A 2QARC 1C6QA 1L49A 4PJZA 3HDFA 158LA 251LA 205LA 1L73A 3OE9A 2QB0B 168LA 1T8FA 4OO9A 1QUHA 161LA 1L03A 3C8RA 1L72A 1KW5A 1L66A 1PQOA 1OWZA 1ZURA 1QSQA 1L01A 3C80A 232LA 2B75A 1L45A 2B70A 3HH3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OJPA 4I7JA 3F6ZA 1BB4A 4KL7A 5B59A 5APDA 1C67A 4ET9A 122LA 1N4FA 4G4BA 1BQLY 1L75A 3C8SA 1GBYA 2HUMA 1BB6A 1LYIA 3P4ZA 1C6LA 4LDOA 1B2KA 3TMUA 3W3EA 1GB0A 4NWHA 3A93A 1A4VA 210LA 1C6AA 2PC2A 4HV2A 2CWIA 258LA 5B1GA 151LA 2RBQA 4TTDA 4B4JA 1L31A 1BGIA 1G7IC 3GXRA 1LHLA 1LGXA 1UA6Y 1L42A 3KAMA 1GPQC 2CDSA 5LA5A 141LA 2BQMA 1LJNA 2MECA 1IWTA 1UICA 1F6SA 1RFPA 1L06A 214LA 1L23A 1P2CC 4TX7A 1L92A 3C83A 1L12A 1QQYA 1IX0A 1KS3A 1L58A 186LA 1QDTA 200LA 1P37A 2EQLA 164LA 3N9CA 2LZMA 1L52A 2LCBA 5KXWA 1L26A 1LSPA 4LZMA 3HFMY 2G4NA 177LA 142LA 1C61A 1LSDA 1QT6A 4S0WA 5DN5A 2Z39A 1SWYA 1CU0A 2D4IA 1OQMA 1JTPL 1LZ9A 5HLLA 1IIZA 1L99A 1WTNA 5HMVA 2G4QA 1LPYA 3B0IA 1C6NA 1IP3A 1AT5A 3CT5A 1T6VL 1AZFA 1C08C 1UIFA 1GF3A 3P66A 5JENB 2Z18A 4TSBA 3C7ZA 2EIZC 1B5ZA 5II3A 139LA 1D6PA 4LYZA 1L85A 2F32A 3OE8A 1C6TA 4GLAA 2I6ZA 2RH1A 1LOZA 1CU6A 3TXEA 1H6MA 1L55A 2LZTA 1HSWA 1DKKA 1GFJA 249LA 2NTGA 3HTFA 1CKDA 4I7LA 1JTNA 1SX2A 4WLYA 3A94A 4Z41A 111LA 1C62A 1GF8A 1D3NA 1GFGA 5DL9A 170LA 1IORA 3LYOA 1BHZA 4WM5A 4NGKA 1YKYX 1J1XY 4WM4A 3AZ7A 1I56A 1P5CA 1GE1A 3HBEX 4WO9A 2AUBA 259LA 2OE4X 1DZBX 4H92A 222LA 4XJGA 1CX6A 187LA 1QSBA 4Z98A 1G0GA 1NF5A 1LMCA 1GFVA 1L86A 2YBMA 1L00A 4TUNA 2DQIY 3A8ZA 4I7KA 3TXBA 2B6ZA 4NGVA 4WO6A 4ZFPA 1IP2A 1HMKA 2WARA 3DNAA 4I7MA 3HUKA 4B4IA 1LGWA 1IY3A 3LZMA 4YXAC 1LYJA 2BQBA 1I6SA 2MEAA 4NEBA 1CUPA 4DC4A 1GB3A 2Q9DA 1QTCA 4HJZA 1C65A 1L41A 3G3BB 230LA 3FI5A 2LZ2A 1LJ3A 1L39A 4CFOA 119LA 1QT4A 4WM3A 3G3VA 1PZYA 140LA 5KXLA 1D0KA 1JSFA 1LJHA 1CJ6A 1LSCA 1DKJA 5I4XA 2XQOA 1CJ9A 2H9KA 1FLWA 1VFBC 2B6YA 1B7OA 1LZRA 166LA 1UIAA 1CV0A 130LA 1C6HA 3WUMA 1LMNA 2VB1A 3G3XA 4EKSA 226LA 2CGIA 3LN2A 1DYAA 1C68A 2I26L 110LA 228LA 4NFVA 2BQOA 1BVXA 1H87A 1GFUA 5T3FA 2ANXA 1P64A 1L82A 1L71A 1DYDA 2MEHA 4ARQA 3A34A 3UONA 4RW1A 5C6JA 4ZEEA 4ARPA 1GD6A 5KXRA 1P46A 4LFPA 1D0LA 2RAZX 5IDDA 2Z2EA 1IOTA 4OWBA 4NGYA 3V2YA 183LA 5I4YA 1OV5A 2ZNWY 1L54A 1LZ1A 129LA 1OUAA 3C7YA 215LA 1EQ4A 4DWXA 4X3BA 4H9HA 4W54A 114LA 209LA 1NHEA 1GFKA 1YKXX 3W6DA 3IJVA 5APCA 2B7XA 5C6IA 1RI8B 1L16A 1LSZA 1LSEA 4H91A 1XEJA 2MEBA 1GF5A 4ET8A 1JTMA 1DI5A 1LZYA 1B7LA 1TAYA 3QAKA 1L62A 262LA 4ML7A 1L87A 243LA 118LA 1OUGA 4ARMB 4HTKA 1L38A 1L18A 4HPIA 1GFEA 1LYOA 2BQGA 1LKRA 1GE3A 1JTOL 3DMZA 3W6BA 3HUQA 220LA 180LA 1P36A 2CUUA 2HEAA 2YBNA 1GFRA 144LA 3SB8A 4I7NA 2Z19A 2RSCA 1QS9A 1OUDA 1JKCA 3CDQA 3A6CY 3V2WA 4ETBA 1QUGA 2XTHA 1GB6A 3FADA 1LTMA 1EQEA 125LA 1L51A 2QARC 4WG7A 6LYZA 3B72A 4Z46A 2H9JA 5I53A 158LA 4NHSA 3D3DA 3VWOA 5DLAA 1LJKA 3A95A 3OE9A 1OUJA 4XADA 1GWDA 5KJ9A 1YIKA 4C3WA 3C8RA 1JJ1A 1ZURA 3WU7A 2DQHY 2YSSC 232LA 5LXWA 1NBYC 2CJLA 1JSEA 4B1AA 1GE0A 1IOQA 1YANA 2BLYA 4W55A 1BB5A 1LJFA 234LA 162LA 1LJIA 4FJRA 1HEQA 1QS5A 3DN3A 1XGUC 1L19A 4KT3A 4H9CA 1D9WA 1L53A 2RBOA 1B5WA 5M1YA 4ETEA 4L41A 2YVBA 2X0AA 238LA 1LYDA 1PQKA 3SBBC 4LT1A 4UWNA 1L50A 1JKAA 5LZMA 2F2NA 5ILFA 1G07A 4MR1A 120LA 5KXTA 159LA 4PJ2C 1GXXA 1QUTA 223LA 1OUIA 2A4TA 1SLYA 1QSWA 1QTHA 1C6GA 149LA 3G3WA 1W6ZA 1L33A 3TMVA 1L20A 1L37A 2YBIA 4NG1A 4ARLA 1WVUA 5LVGA 4W51A 3GUOA 1GF0A 1L77A 2RB1X 1WQNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OJP A;  4I7J A;  3F6Z A;  1BB4 A;  4KL7 A;  5B59 A;  5APD A;  1C67 A;  4ET9 A;  122L A;  1N4F A;  4G4B A;  1BQL Y;  1L75 A;  3C8S A;  1GBY A;  2HUM A;  1BB6 A;  1LYI A;  3P4Z A;  1C6L A;  4LDO A;  1B2K A;  3TMU A;  3W3E A;  1GB0 A;  4NWH A;  3A93 A;  1A4V A;  210L A;  1C6A A;  2PC2 A;  4HV2 A;  2CWI A;  258L A;  5B1G A;  151L A;  2RBQ A;  4TTD A;  4B4J A;  1L31 A;  1BGI A;  1G7I C;  3GXR A;  1LHL A;  1LGX A;  1UA6 Y;  1L42 A;  3KAM A;  1GPQ C;  2CDS A;  5LA5 A;  141L A;  2BQM A;  1LJN A;  2MEC A;  1IWT A;  1UIC A;  1F6S A;  1RFP A;  1L06 A;  214L A;  1L23 A;  1P2C C;  4TX7 A;  1L92 A;  3C83 A;  1L12 A;  1QQY A;  1IX0 A;  1KS3 A;  1L58 A;  186L A;  1QDT A;  200L A;  1P37 A;  2EQL A;  164L A;  3N9C A;  2LZM A;  1L52 A;  2LCB A;  5KXW A;  1L26 A;  1LSP A;  4LZM A;  3HFM Y;  2G4N A;  177L A;  142L A;  1C61 A;  1LSD A;  1QT6 A;  4S0W A;  5DN5 A;  2Z39 A;  1SWY A;  1CU0 A;  2D4I A;  1OQM A;  1JTP L;  1LZ9 A;  5HLL A;  1IIZ A;  1L99 A;  1WTN A;  5HMV A;  2G4Q A;  1LPY A;  3B0I A;  1C6N A;  1IP3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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