3WW6A

Crystal structure of hen egg white lysozyme mutant n46d/d52s
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRDTDGSTSYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Effect on catalysis by replacement of catalytic residue from hen egg white lysozyme to Venerupis philippinarum lysozyme
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ww6A00
5KXWA 3A96A 1SLYA 1WQPA 1IWTA 3WUAA 4N1EI 1LJNA 1GB3A 3D9AC 1UIAA 134LA 4ZIXA 3A8ZA 2IFFY 2LYZA 2BQKA 1UACY 3TXIA 2D4KA 3GXKA 1CKFA 1GE0A 4P2EA 5APDA 4DD1A 1LMOA 3RW8A 3M3UA 3TXHA 3ULRA 2CWIA 2FBDA 1HEQA 1O23A 4TTDA 3W6AA 1VDSA 4Z98A 1REZA 4NGIA 2Y8PA 2B5ZA 4FJRA 1UA6Y 1DI3A 1LSEA 4HJZA 3W6FA 1RFPA 2BQBA 1INUA 4OWCA 1CJ9A 5HMJA 5LA8A 2IHLA 4MR1A 4WLDA 4B1AA 1KXXA 2I6ZA 1YAQA 3AYQA 1DPWA 1YL0X 2YSSC 1GFHA 1GFUA 4NWEA 1LMPA 1TAYA 1GFAA 1BVXA 2BLYA 2LZ2A 2MEHA 2ZIKA 4LT0A 1BB7A 4NGVA 1BHZA 4GN5C 4H91A 2AUBA 4J1BA 1LZRA 3K3TA 1LSFA 5L9JA 1GE4A 2YDGA 1B7NA 2ZIJA 1BB3A 1GPQC 1IC4Y 4LZTA 2HEDA 4UWVA 194LA 1A4VA 1FLWA 1HERA 1XFPL 2ZILA 4I0CA 4N1CC 5LYTA 1DKJA 3AZ7A 2EKSC 1GDXA 4HTNA 4LFPA 4LT1A 1JJ0A 1RI8B 4IASA 5APFA 1BB4A 2BQGA 1LHIA 3WUMA 5LVHA 2HEEA 1IOSA 4BAFA 3FE0A 4GCCA 5E9RA 133LA 5KXLA 4WG1A 2D4JA 1FKQA 2DQAA 1DZBX 5DL9A 1UIEA 1GAYA 3G3BB 4R6CA 4OWHA 4H9AA 1QTKA 3LZTA 2G4NA 3P4ZA 3WULA 1J1XY 4DD3A 1LYYA 1AT6A 1LJ4A 1IP2A 3A93A 5L3HA 1UIHA 1QUSA 4NIJA 4NHTA 1LHKA 2CDSA 4H9IA 5M1YA 4NGWA 1LOZA 1HEMA 4ANRA 4B4IA 4Z41A 3WMKA 1SQ2L 3B72A 1GF0A 2EQLA 4RW1A 5KXMA 3TMWA 1YQVY 3WL2A 1YKYX 4CJ2A 5F9UA 4PGJB 1LKSA 1LAAA 1LJHA 1T6VL 2EPEA 4H93A 4HJYA 4N0JA 1V7SA 4NSIA 1JJ3A 2PC2A 3P64A 4LYOA 2XTHA 1B9OA 4DDAA 1MELL 1GF3A 4QGZA 4YENA 1DI4A 2XBSA 4R0FA 4LYMA 1LSCA 2FYCA 3N9CA 2DQCY 4OOTA 2BQLA 4GLAA 4O34A 1NMMA 1B7OA 1GF5A 1VDQA 4WM2A 3D3DA 4L41A 1D6QA 1C10A 1JJ1A 1LTMA 4BAPA 1QIOA 3BKHA 3WVYA 4OWAA 1EQ4A 1LMNA 4Z46A 1F0WA 1LSZA 1IP4A 4C3WA 1HC0A 3LHMA 4WLXA 1REXA 4B4EA 2D6BA 2C8OA 4TUNA 4HTQA 2Z38A 4UWNA 5KJ9A 4G49A 1LZTA 4KL7A 1I56A 5KXOA 1GAZA 5HLLA 1MLCE 1C46A 1GF8A 4YOPA 4DYGA 2Z37A 1IY4A 4ET9A 3CSQA 1JKAA 1AM7A 1NBYC 4DT3A 5B06A 4OWBA 1C7PA 2Q0MX 1HMKA 1I1ZA 1GB9A 1WQRA 3HFMY 4PRQA 4NGLA 1UIGA 3ZVQB 1GFEA 2CGIA 3AGIA 4AXTA 4GN3A 1OUGA 1IP6A 1JSFA 1IP7A 4TX7A 5AMYA 5HNLA 3KAMA 1BWJA 2BLXA 3CSZA 3WH1A 3WPKA 1CNSA 1HHLA 4DDCA 2BQNA 5LINA 4G4BA 2YBNA 3IJVA 3AZ6A 4LYTA 5C6IA 1FBIX 1LZEA 2BQHA 3LN2A 1NQIA 1HMLA 5KXZA 1IP1A 1IP3A 4CGEA 2EIZC 1CKCA 4CFPA 1LJJA 3LYMA 2Z2EA 4BADA 3LYZA 2HUBA 1LHLA 2ZQ3A 5B07A 3F6ZA 1IO5A 1IWWA 1AT5A 1RE2A 5APEA 1REYA 3TXFA 4TSCA 5J7CA 1LCNA 5B05A 1CKHA 1TEWA 4NGJA 5LVJA 1TBYA 154LA 3AZ4A 4WLTA 4B49A 4NY5A 5IELA 1BGIA 1LZ5A 2W1XA 2ZNXY 2ZWBA 4XADA 5E4PA 2HEBA 8LYZA 5K7OA 2YBIA 3ATNA 3CT5A 1GBYA 2DQEY 1GE2A 5LAGA 2LYOA 4WM1A 4RDSA 2W1YA 1ZVYB 2BQEA 3TXGA 1LHHA 2Z39A 1XEKA 1XEJA 1JITA 3TMVA 4PPOA 1EQ5A 1GB7A 1KXWA 7LYZA 1IOQA 4XJHA 5KY1A 4CHXA 4G4CA 1C45A 2HEFA 4NGYA 3TMUA 1LYOA 3TXEA 1QSWA 1YANA 1GB8A 4Z3MA 2MEFA 1LZCA 1LJKA 1VAUA 1WTNA 1OUHA 3ATOA 4GCEA 3AW6A 4H8YA 2MEEA 4PRUA 4W96A 3WU9A 5F14A 4EMNA 4NHSA 1XGRC 2W1MA 4I8SA 1CJ8A 3RNXA 2YBHA 4LYCA 5ILFA 5FHWA 1OUAA 2ZYPA 5LIOA 4H8ZA 1LZNA 5DLAA 2Z2FA 3T36A 3A3QA 4WL7A 5APCA 3RU5A 3ZEKA 5A3EA 5HNCA 1C08C 5IHGA 1HEPA 5LXWA 1LZ6A 1NDGC 1UIFA 1XGUC 4WG7A 4ETAA 3A34A 3A3RX 1GF6A 4MSTA 2ZNWY 1TCYA 3CB7A 4DD7A 1OP9B 3P68A 4YEOA 4DD2A 2A7DA 1LJIA 2FYDA 1HEWA 4WO9A 1GB6A 1KIQC 2ZQ4A 4WLYA 3TXKA 5JENB 3CQLA 1LZGA 1GBZA 4OWEA 1YROA 2MEGA 2BQDA 3AGGG 2W1LA 1AZFA 5KXSA 5I53A 1GE3A 1LJGA 1YKXX 4J1AA 4N8ZA 1I20A 1JTTL 1HFYA 3B0KA 3IJUA 5KXNA 1VATA 1XEIA 1B7LA 3AB6A 2XJWA 4NFVA 1IWZA 1EQEA 4QY9A 2CJLA 2H5ZA 4ETEA 2X0AA 5KXPA 1OUDA 3W6BA 1ZMYL 1D0KA 1V7TA 2DBTA 6LYZA 1UIBA 1YAPA 1LYSA 2H9KA 4HPEA 3WPLA 1LZSA 4DDBA 1IEEA 1NWGA 5LYMA 4NSGA 1IVMA 4XJDA 3EO5A 4HPIA 3EXDA 4TWSA 2F4AA 2Z19A 1FLYA 1B5UA 1ZV5L 4KXIA 4BS7A 2DQIY 4QEQA 1B7SA 3A91A 1GFJA 5HQ1A 1F6SA 5L3IA 1OUIA 5LA5A 3RZ4A 1XGPC 5I54A 1IIZA 3TXDA 5KXRA 3SP3A 1IOTA 3AJNA 3WXUA 4A7DA 4XYYA 3B0OA 2F30A 3G3AB 4WM5A 2BQJA 2ZYCA 193LA 2DQHY 4M4OA 1P2CC 1G7IC 1PZYA 4XJBA 1LZ8A 4LYZA 1JKDA 4GCBA 1JTPL 1GE1A 4N9RA 4ETCA 1XGTC 1B7RA 4TSBA 4OW1A 1HEOA 208LA 2DQDY 3IWRA 4RLNA 4YF2A 1GBWA 4WL6A 1B7PA 1QQYA 1LMQA 1FN5A 1B5VA 3N9AA 1GBSA 4H92A 5LYZA 5D5CA 4XJGA 1C43A 1QTEA 1LSBA 4H9HA 1B5WA 1GFKA 1OUJA 2XBRA 1LSPA 1NHEA 4WM4A 2D4IA 2BQMA 1BB5A 1NDMC 1IWUA 1VEDA 1OUFA 2H9JA 3A94A 1FLUA 1XGQC 1DXJA 4MCKA 3J4GA 4ET8A 1UUZC 1GD6A 1GB2A 1JIYA 2C8PA 1ALCA 1BB6A 1IP5A 1CKDA 2I26L 4ML7A 4WOAA 3W6CA 153LA 1FLQA 1G7HC 1G7JC 3CT0A 1LMCA 1NF5A 4EOFA 4J0LA 1UIDA 3WU8A 5B59A 5I4XA 2FBBA 4KT3A 3WYHA 1GXXA 1IC5Y 1JWRA 1KXYA 1LJ3A 1TDYA 1LMTA 1VDTA 1WVUA 2I25L 3E3DA 1KIPC 3CT1A 1UC0A 1LSGA 3TMXA 5FELA 1B5YA 1IX0A 1HELA 1LZYA 4HTKA 1LKRA 1YAOA 5EBHA 135LA 1LJEA 3B6LA 3AGHA 1UICA 3WXTA 4LGKA 1T3PA 3HBDA 4AGAA 1OUEA 1LZDA 1QDRA 4WMGA 3LYOA 1B2KA 4HSFA 1LYZA 2MEDA 4NWHA 3OJPA 4HP0A 1GB5A 1D9UA 2G4QA 4M6DA 1OUCA 1J1OY 4NHIA 3EBAB 2BQFA 5KKIA 4LT3A 5KXYA 1PS5A 3QY4A 5F16A 4NG8A 5FCPA 1JKBA 1FKVA 4IATA 1G7MC 5KKJA 4HJVA 2MEAA 1J1PY 4NEBA 3LZ2A 4H8XA 1LZ1A 4ETDA 1WQOA 4OOOA 9LYZA 1CJ6A 1HNLA 1YILA 2MECA 5FSTA 1BWIA 1KIRC 5LVIA 3WPJA 4B0DA 1GEVA 1N4FA 1HSWA 3A67Y 1H87A 4B4JA 1DQJC 2DKVA 3TXJA 1DI5A 1GXV2 2WARA 2NWDX 4H90A 4RLMA 5II3A 3WU7A 1BWHA 1BVKC 4GLVA 2LYMA 1QUTA 3P65A 4H9FA 1NKHA 5D5FA 3P66A 2YVBA 3W6DA 1G7LC 2BAAA 3AW7A 1WQMA 1A2YC 4XENA 4NSJA 3WVXA 1W6ZA 3MGWA 1UCOA 1GDWA 3B0IA 4XJFA 4H9EA 4GCFA 1YL1X 5I4WA 1LJFA 1CKGA 1LSYA 2BPUA 4NG1A 4E3UA 5KXKA 1LZAA 4WM3A 3A90A 1IORA 1JTOL 2F2NA 1WQNA 5I5QA 4H9CA 4G4HA 5DN4A 5DN5A 5F81A 1EL1A 3WUNA 2N5ZA 2YBJA 2A7FA 3AZ5A 1H6MA 1JISA 1GFRA 3QE8A 4H94A 4HV2A 4LYBA 2HEAA 3M18B 1IC7Y 2LZTA 1B5ZA 1LSAA 1RCMA 4HV1A 4QDNA 1D6PA 2RSCA 1HSXA 3ZVQA 4LFXA 2BQOA 1UBZA 4D9ZA 4C5FA 1GF9A 1B5XA 1REMA 2GV0A 4XN6A 1GFTA 1LHMA 4ZFPA 1Z55A 2HECA 2Z12A 3EMSA 5LAFA 1JPOA 1LZ9A 1LZ4A 132LA 4DD0A 1NBZC 2YBLA 3J6KA 3N9EA 2VB1A 1IWXA 5C6JA 1YAMA 1QDTA 1YKZX 1GHLA 5IDDA 1XSFA 1IR7A 1IR8A 2BQIA 2DQJY 2HU1A 4NGZA 5KXTA 2HTXA 1GBOA 2BQAA 1GEZA 4NHPA 3GXRA 1B7MA 207LA 2MEBA 1JEFA 1WQQA 1LPIA 1LHJA 4WM6A 1LZBA 2MEIA 1OUBA 1HFZA 4LT2A 4PJ2C 1GBXA 4NSHA 1DPXA 1B7QA 1WVVA 4KPMA 1GFGA 1HF4A 1LSNA 5FDJA 1D0MA 4ZEEA 1IWVA 1GFVA 2DQFC 1JKCA 1JHLA 1CJ7A 4WO6A 4DC4A 1DKKA 1OQMA 1RJCB 4N5RA 4U3XB 1B0DA 1IOCA 1F10A 4NGKA 4UWUA 2DQGY 1LSDA 5ILCA 1JUGA 4XJIA 1HFXA 3LYTA 4W94A 1VDPA 2D91A 4II8A 2BQCA 5DM9A 4DWXA 3A95A 5B1GA 4RW2A 3WW6A 1GB0A 4H9BA 3HBEX 2Z18A 5A3ZA 1F6RA 3W6EA 6LYTA 3OK0A 4DD9A 5T3FA 3A92A 1IWYA 1IY3A 4NHQA 3BKVA 3HBHA 4G9SA 3FI7A 5FEKA 3VWOA 1VFBC 5C6LA 3W3EA 3T6UA 4GCDA 1YIKA 4YM8A 1W08A 1IR9A 4J7VA 1GWDA 5I4YA 2G4PA 4GN4A 5KXXA 3A6CY 5LVKA 5F9XA 5HMVA 1ZVHL 4NGOA 1GF4A 1JSEA 1GF7A 1E8LA 1AKIA 1QSAA 5LVGA 1WTMA 2YBMA 2HU3A 4ETBA 4X3BA 3QNGA 4IJ4A 5B1FA 4CFOA 3TXBA 1BQLY 1FDLY 1D0LA 2F4GA 3A6BY 3CSRA 1LSMA 4FDYA 3WW5A 4YEMA 2LHMA 1LMAA 1HENA 4PHIA 3RT5X 4H1PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXWA 1SLYA 2CUUA 3HH4A 1UIAA 5I14A 134LA 4ZIXA 2IFFY 4YXCA 2D4KA 241LA 1O23A 4ZPUA 3GUPA 4NGIA 2Y8PA 1C6EA 2B5ZA 4HJZA 1LYIA 5LA8A 1G0LA 2IHLA 4PJZA 182LA 1YAQA 3AYQA 1L91A 217LA 195LA 3HH6A 1BB3A 1IC4Y 4LZTA 194LA 1A4VA 1FLWA 2ZILA 1DKJA 1LHIA 4GCCA 133LA 143LA 2IGCA 1CV0A 4OWHA 2G4NA 200LA 1CX6A 3HH3A 1LI2A 4ARQB 4ANRA 1LOZA 4IAPA 4RW1A 1V7SA 1MELL 1GF3A 4YENA 4I7LA 4LYMA 3N9CA 2DQCY 2BQLA 1GF5A 1VDQA 4L41A 1QTCA 1LTMA 1G1WA 4WLXA 4B4EA 2D6BA 4TUNA 4UWNA 210LA 1C63A 4I7MA 5KJ9A 1L83A 1LZTA 145LA 1PQMA 1LYJA 1P46A 1GF8A 3C7WA 2Z37A 4ET9A 1JKAA 1AM7A 4OWBA 3PDSA 2Q0MX 4PRQA 3HFMY 1C6DA 1UIGA 1GFEA 1L93A 1OUGA 1IP6A 4TX7A 2L78A 238LA 1BWJA 2B6ZA 3CSZA 3WPKA 1CNSA 3IJVA 4ARMA 4LYTA 5C6IA 1OVJA 4LZMA 2OE4X 4I7SA 168LA 1L11A 1CKCA 3LYMA 4BADA 5B07A 1L77A 3F6ZA 5APEA 1P64A 3TXFA 1CKHA 1TEWA 4NGJA 1L19A 4WLTA 1L29A 1BGIA 2W1XA 2ZWBA 1G0QA 4DQ7A 1G0PA 3ATNA 2DQEY 2LYOA 1QUHA 1XEJA 1KXWA 7LYZA 1IOQA 1C45A 2O7AA 1L75A 1YANA 1LZCA 1WTNA 3ATOA 4GCEA 3CDVA 3WU9A 4W96A 5F14A 4EMNA 3NY8A 3RNXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KXW A;  3A96 A;  1SLY A;  1WQP A;  1IWT A;  3WUA A;  4N1E I;  1LJN A;  1GB3 A;  3D9A C;  1UIA A;  134L A;  4ZIX A;  3A8Z A;  2IFF Y;  2LYZ A;  2BQK A;  1UAC Y;  3TXI A;  2D4K A;  3GXK A;  1CKF A;  1GE0 A;  4P2E A;  5APD A;  4DD1 A;  1LMO A;  3RW8 A;  3M3U A;  3TXH A;  3ULR A;  2CWI A;  2FBD A;  1HEQ A;  1O23 A;  4TTD A;  3W6A A;  1VDS A;  4Z98 A;  1REZ A;  4NGI A;  2Y8P A;  2B5Z A;  4FJR A;  1UA6 Y;  1DI3 A;  1LSE A;  4HJZ A;  3W6F A;  1RFP A;  2BQB A;  1INU A;  4OWC A;  1CJ9 A;  5HMJ A;  5LA8 A;  2IHL A;  4MR1 A;  4WLD A;  4B1A A;  1KXX A;  2I6Z A;  1YAQ A;  3AYQ A;  1DPW A;  1YL0 X;  2YSS C;  1GFH A;  1GFU A;  4NWE A;  1LMP A;  1TAY A;  1GFA A;  1BVX A;  2BLY A;  2LZ2 A;  2MEH A;  2ZIK A;  4LT0 A;  1BB7 A;  4NGV A;  1BHZ A;  4GN5 C;  4H91 A;  2AUB A;  4J1B A;  1LZR A;  3K3T A;  1LSF A;  5L9J A;  1GE4 A;  2YDG A;  1B7N A;  2ZIJ A;  1BB3 A;  1GPQ C;  1IC4 Y;  4LZT A;  2HED A;  4UWV A;  194L A;  1A4V A;  1FLW A;  1HER A;  1XFP L;  2ZIL A;  4I0C A;  4N1C C;  5LYT A;  1DKJ A;  3AZ7 A;  2EKS C; 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 2BQI A;  2DQJ Y;  2HU1 A;  4NGZ A;  5KXT A;  2HTX A;  1GBO A;  2BQA A;  1GEZ A;  4NHP A;  3GXR A;  1B7M A;  207L A;  2MEB A;  1JEF A;  1WQQ A;  1LPI A;  1LHJ A;  4WM6 A;  1LZB A;  2MEI A;  1OUB A;  1HFZ A;  4LT2 A;  4PJ2 C;  1GBX A;  4NSH A;  1DPX A;  1B7Q A;  1WVV A;  4KPM A;  1GFG A;  1HF4 A;  1LSN A;  5FDJ A;  1D0M A;  4ZEE A;  1IWV A;  1GFV A;  2DQF C;  1JKC A;  1JHL A;  1CJ7 A;  4WO6 A;  4DC4 A;  1DKK A;  1OQM A;  1RJC B;  4N5R A;  4U3X B;  1B0D A;  1IOC A;  1F10 A;  4NGK A;  4UWU A;  2DQG Y;  1LSD A;  5ILC A;  1JUG A;  4XJI A;  1HFX A;  3LYT A;  4W94 A;  1VDP A;  2D91 A;  4II8 A;  2BQC A;  5DM9 A;  4DWX A;  3A95 A;  5B1G A;  4RW2 A;  3WW6 A;  1GB0 A;  4H9B A;  3HBE X;  2Z18 A;  5A3Z A;  1F6R A;  3W6E A;  6LYT A;  3OK0 A;  4DD9 A;  5T3F A;  3A92 A;  1IWY A;  1IY3 A;  4NHQ A;  3BKV A;  3HBH A;  4G9S A;  3FI7 A;  5FEK A;  3VWO A;  1VFB C;  5C6L A;  3W3E A;  3T6U A;  4GCD A;  1YIK A;  4YM8 A;  1W08 A;  1IR9 A;  4J7V A;  1GWD A;  5I4Y A;  2G4P A;  4GN4 A;  5KXX A;  3A6C Y;  5LVK A;  5F9X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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