4ETDA

Lysozyme, room-temperature, rotating anode, 0.0026 mgy
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4etdA00
5I53A 1LSZA 1JKCA 1FKQA 5LYTA 1OUCA 3WUNA 1DQJC 1OQMA 4O34A 1Z55A 3TXEA 1OP9B 4E3UA 1P2CC 2YBJA 3IJUA 4HTNA 1HHLA 1KXXA 1N4FA 1RCMA 1QSAA 4LT0A 1LZ6A 4DDAA 1O23A 4NGZA 4P2EA 1B5UA 4NSJA 5KKIA 1IWXA 154LA 4AXTA 6LYTA 1IWZA 1GEZA 1LHLA 1IOSA 4BAFA 1IVMA 2DBTA 1UBZA 2H9KA 4KPMA 1LTMA 1HNLA 2A7FA 1DKJA 1G7IC 3W6DA 2YBNA 4OWCA 4W96A 1GEVA 1PS5A 3TXFA 1JISA 1LSFA 1T3PA 4QEQA 1YAOA 1LZ1A 1GF4A 4HSFA 4LFPA 2YBMA 3CT0A 1B5WA 1B5XA 4IATA 1FBIX 1GFAA 1UIAA 1AZFA 4G4BA 1QTKA 1XEIA 2XBSA 3A67Y 2MEGA 3LHMA 1GBOA 1OUFA 2BPUA 3TXKA 5JENB 3LZTA 4DD7A 5KXMA 1XGRC 2FBDA 4Z46A 4WL6A 4XJFA 3WPKA 2HUBA 1XGUC 3GXRA 5A3ZA 1J1OY 2CGIA 4NWEA 1BVXA 4CGEA 5KXKA 5KY1A 4WOAA 4H90A 5E9RA 5FDJA 2LZ2A 4ANRA 1LKRA 3RT5X 2BQHA 3WW5A 4NSHA 4J1AA 2EPEA 1IO5A 1F0WA 1WTNA 2B5ZA 3LZ2A 4KT3A 1LMPA 1UUZC 1LJ4A 1DXJA 4KL7A 5F16A 1JJ1A 3N9CA 5APDA 194LA 1F10A 1NKHA 1REXA 5LIOA 4DWXA 5A3EA 193LA 5KXRA 5KXWA 1YROA 1NDMC 1WVVA 1BB4A 3A90A 1IY3A 5DLAA 1BB5A 2BQIA 4NG8A 3CQLA 4ETEA 1HEQA 2FYCA 1IP7A 1KIRC 4WL7A 1LZ5A 2DQDY 2W1MA 1D6QA 4Z41A 4WLTA 2N5ZA 1OUDA 4LYTA 2X0AA 3CT1A 1B5YA 5DN5A 4UWNA 4Z3MA 4NSIA 4LYCA 2BQNA 4MSTA 3A91A 4LYOA 1G7HC 4HJVA 3WPLA 1LPIA 1XGTC 5LVKA 1SQ2L 1B2KA 1H87A 3A92A 1D0MA 3A6CY 1LJEA 5L3IA 1HEOA 1GD6A 1JKDA 1YIKA 4DDBA 2CWIA 4GCDA 4WM3A 5HQ1A 1GFKA 1B7NA 1C43A 1GBYA 4NG1A 3QNGA 4DD1A 1YQVY 4H8XA 1JITA 2BQFA 4GCEA 1MLCE 1BHZA 1IWVA 1LZAA 2BLXA 4H1PA 2ZYCA 1FDLY 4NHTA 3WH1A 2FYDA 4ETCA 4G4CA 1LSDA 1AT5A 5LA5A 4OWBA 2D4JA 2G4NA 4TWSA 3WU7A 4B4EA 1HC0A 3EMSA 4OWEA 3RU5A 4FDYA 2YBIA 4GCFA 4DD2A 1XEKA 2DKVA 1UIBA 2C8PA 5B1FA 3TMXA 4DT3A 4C5FA 2D6BA 4QY9A 2ZIKA 1HFZA 4WM1A 1FLQA 1LZGA 3QE8A 1OUEA 1IOTA 1GDXA 4XYYA 3CSZA 4YM8A 4NEBA 1HF4A 5L3HA 2A7DA 1YKZX 1HEMA 2MEFA 5E4PA 4NFVA 4D9ZA 1GE0A 1GE3A 1G7MC 5KXTA 1D0KA 1BGIA 3CT5A 2D4IA 2BQOA 1LYYA 2RSCA 3WULA 4CFOA 135LA 1EL1A 1I56A 4RDSA 1DI3A 5I4WA 1GB6A 1GBXA 1LZBA 1WQRA 5K7OA 1CKGA 1OUHA 1IX0A 4WLDA 1ZVYB 2DQCY 1LZ9A 5LVHA 1B7MA 2I26L 2W1XA 4ETAA 3CSRA 3WXTA 5DL9A 3P66A 1KXYA 1LKSA 4HJYA 4B49A 5HMVA 4PPOA 1LJ3A 1GFVA 4NSGA 2BQLA 1QDTA 1WQOA 4DD9A 1GB3A 1LJHA 1LHHA 5ILFA 3WXUA 1GFUA 4II8A 3A6BY 1F6SA 4PRQA 1GE4A 1IP4A 1IEEA 2CDSA 1IORA 1B7OA 1CNSA 1G7LC 3AGGG 3F6ZA 3M3UA 4HTKA 1B7RA 2EQLA 4UWVA 5FEKA 4XADA 5D5CA 2XBRA 1VATA 1IIZA 4A7DA 1IC4Y 4EOFA 1GBSA 1NHEA 3J4GA 5APEA 3A94A 1RI8B 1YANA 4XJDA 1AT6A 1XEJA 3TXDA 4XJHA 5AMYA 5APCA 1SLYA 1HMKA 1JJ3A 5F81A 1XFPL 2NWDX 1LAAA 1LZNA 1C46A 4G4HA 1RJCB 1LSAA 5F14A 1LZTA 1LJGA 1GF0A 4NHIA 4WO6A 1JWRA 4OOOA 4M6DA 4LZTA 1JPOA 1W08A 1LZSA 1RFPA 1EQ5A 3KAMA 1GWDA 1B5ZA 1IWWA 2ZQ3A 3EXDA 3WUAA 3A93A 2GV0A 1GFJA 1QIOA 3MGWA 4H9AA 1GF6A 1ZVHL 1YAMA 2FBBA 3B72A 3WPJA 3GXKA 1DPWA 2BAAA 1VDSA 1BB3A 4DC4A 4CHXA 1LSMA 3LYOA 3EO5A 1LJNA 4XJIA 4YOPA 1GBWA 3B0KA 2I6ZA 5LVIA 4N5RA 1YL1X 5KXNA 1YKYX 3AYQA 1GF9A 1LYOA 1YAQA 1UC0A 1B7PA 1J1XY 1VDPA 2ZWBA 4FJRA 4H9FA 1TAYA 1LMAA 4LYMA 4XJBA 3TMVA 1IC7Y 1V7SA 1UIFA 3TXJA 1A4VA 1REZA 2ZIJA 3ATNA 4GCBA 4CJ2A 5C6LA 4NHSA 3WL2A 4WM6A 1TCYA 3J6KA 4ML7A 1UCOA 1LSNA 1CKDA 2MECA 4NHPA 4PHIA 2IHLA 1OUGA 4NWHA 1YILA 1GXXA 4J1BA 4UWUA 1GB9A 1QTEA 3WU9A 3WUMA 4G49A 2YSSC 1D6PA 3WVYA 3W6CA 3OJPA 1PZYA 1HEPA 1RE2A 1LYZA 4XJGA 1DI4A 5LAGA 1LHMA 1NQIA 1GB7A 4LYBA 4LT3A 4B0DA 1YL0X 3RZ4A 2AUBA 3A96A 3LYMA 1GAZA 3LYTA 1IP6A 1QQYA 1UICA 2HU1A 3AB6A 1DI5A 4LT1A 2YBHA 3TXIA 4QDNA 1AM7A 1C08C 1WQQA 3G3AB 4QGZA 5L9JA 1VAUA 1GB2A 1IOCA 2G4QA 1QDRA 1KXWA 1CJ8A 1OUJA 1UA6Y 2MEDA 3HBHA 1GB0A 4NGLA 4B1AA 1J1PY 2F30A 3HBDA 2Z18A 4NIJA 4TX7A 4J0LA 5LVJA 1LMOA 3W6AA 1B0DA 5J7CA 1LMNA 2F4GA 1NF5A 4TSBA 1IP1A 1CJ9A 3FE0A 3BKVA 4IJ4A 1TDYA 5FHWA 4NGJA 4BS7A 2HEAA 5FSTA 1GXV2 1GFRA 1TBYA 4YF2A 4OOTA 1GB8A 5HNCA 2H9JA 207LA 1E8LA 4WO9A 1D9UA 5KJ9A 1LZRA 5KXSA 2LYOA 2BQKA 3D3DA 4J7VA 3ATOA 2W1LA 1GF3A 3B6LA 4TUNA 5EBHA 1GF8A 2H5ZA 1FN5A 2BQEA 4WM5A 3A34A 1REMA 5LINA 4LT2A 1T6VL 5B06A 3RNXA 4NGOA 9LYZA 4GLVA 4H93A 1FLYA 3A8ZA 5I5QA 1C10A 2ZQ4A 1HSWA 1OUIA 1JHLA 1UIHA 3E3DA 2BLYA 5IDDA 5IELA 1HMLA 1GBZA 5LYZA 2MEHA 4KXIA 3TMWA 4NGIA 5HLLA 2WARA 4TSCA 3AGIA 4OW1A 5APFA 1JIYA 5I54A 4BADA 1LJFA 1JTOL 2PC2A 1B7LA 4GN4A 1LSEA 3W6EA 3A3QA 1G7JC 1LSGA 1B9OA 4WM2A 5KXZA 5F9XA 1LZCA 4H8YA 1LHJA 2YDGA 2Z12A 1GFEA 4HV1A 4LGKA 1HFXA 1ALCA 4N1CC 4N9RA 1JKBA 4WM4A 2ZNWY 4WLYA 5HMJA 3W6FA 3AZ6A 1MELL 4PGJB 1YKXX 3AW7A 4H9HA 1JTTL 4H94A 4NHQA 132LA 1NDGC 3IWRA 4NGVA 208LA 3AZ5A 4B4IA 1IP3A 4H8ZA 1JTPL 4ETBA 2Z2EA 4RW2A 5LXWA 2MEBA 1IP2A 1H6MA 4DDCA 1LMCA 1VEDA 1FKVA 4HPEA 2F4AA 2D91A 2W1YA 2Z2FA 3ULRA 1B7QA 3OK0A 4NY5A 4RLNA 1LZ4A 5I4YA 1DZBX 3P4ZA 4X3BA 1IR9A 2F2NA 5KXOA 4DD3A 3WYHA 1WVUA 1LJIA 2DQGY 3TMUA 1HERA 4AGAA 4H9CA 5B07A 3WW6A 2C8OA 1GE1A 8LYZA 1IWTA 2XTHA 4LFXA 4WG7A 1EQEA 4GN3A 1VDQA 2ZNXY 1AKIA 4XENA 5D5FA 6LYZA 4GN5C 4BAPA 1LJJA 1OUAA 1IR8A 1BVKC 1JUGA 3TXHA 4RW1A 1FLUA 1LMQA 3AGHA 153LA 1JSEA 5C6IA 3AZ7A 4H9EA 1C45A 3B0IA 4L41A 2Z39A 4XN6A 4GLAA 1LSBA 3WMKA 5B05A 1CJ6A 1WQPA 4HV2A 1NMMA 1GE2A 1LSYA 3TXBA 2HTXA 3D9AC 1GFTA 2BQMA 2CJLA 5I4XA 1HENA 1HFYA 2LHMA 2ZYPA 4M4OA 1HELA 1OUBA 3N9AA 2BQAA 1IR7A 1EQ4A 4ET9A 2HU3A 2MEIA 4ZFPA 3A95A 4ETDA 3K3TA 4OWHA 5KXPA 1WQMA 3ZEKA 4U3XB 3LYZA 4G9SA 1LOZA 1INUA 5C6JA 1YAPA 4WMGA 1DPXA 1F6RA 3AZ4A 2MEAA 3AJNA 4ET8A 4EMNA 1BWJA 4N1EI 1IWUA 2YBLA 2EKSC 4I8SA 2HEFA 4YENA 4HTQA 2G4PA 133LA 1XSFA 2HEEA 3EBAB 1QSWA 4LYZA 5DN4A 4PJ2C 4GCCA 3N9EA 2Z19A 1CKCA 4H9BA 1ZMYL 4YEMA 1GDWA 1I1ZA 1LZYA 5HNLA 4R0FA 7LYZA 5KXXA 1IWYA 5B1GA 4HPIA 3T6UA 2HECA 2D4KA 1CKHA 4Z98A 3SP3A 4NGYA 1BWIA 3FI7A 5B59A 2Y8PA 1IC5Y 1WQNA 4IASA 5ILCA 2HEDA 5LVGA 1B5VA 1LCNA 3T36A 3VWOA 4NGKA 1REYA 1JJ0A 1JKAA 5IHGA 1BB6A 3HBEX 1CJ7A 2IFFY 3G3BB 2EIZC 5FCPA 1TEWA 4H91A 3WVXA 3ZVQB 3W3EA 2YVBA 1I20A 1GFHA 2DQJY 2Z37A 1LSPA 2HEBA 3HFMY 4N0JA 5DM9A 3TXGA 2I25L 1GPQC 3M18B 4ZEEA 1LHIA 4C3WA 2BQJA 1LSCA 1CKFA 1GHLA 1LYSA 4W94A 2Q0MX 1NBZC 3BKHA 2DQIY 4WLXA 1KIQC 1B7SA 1IY4A 1GFGA 1D0LA 5LA8A 5LAFA 4RLMA 3WU8A 4B4JA 1HEWA 1LZ8A 2BQCA 1FLWA 3P64A 3RW8A 4WG1A 4HJZA 3CSQA 2DQAA 3P65A 1UIEA 4OWAA 4PRUA 1LHKA 2MEEA 1WTMA 3AW6A 1NBYC 5KKJA 4H9IA 5F9UA 2Z38A 2BQDA 3QY4A 4HP0A 5FELA 3ZVQA 1ZV5L 1QUSA 5T3FA 4H92A 4DYGA 1IOQA 1GF7A 2BQBA 1V7TA 5KXYA 4CFPA 2LYZA 3A3RX 1IP5A 1XGPC 1LJKA 1BQLY 1LZDA 3W6BA 134LA 1BWHA 5LYMA 1A2YC 1UIGA 4I0CA 4NGWA 1KIPC 1LMTA 3CB7A 4MCKA 1W6ZA 5II3A 5KXLA 1XGQC 4DD0A 1GAYA 1VDTA 3P68A 4R6CA 4N8ZA 1HSXA 1UIDA 2VB1A 4MR1A 2DQHY 1JEFA 1GB5A 1C7PA 1JSFA 1DKKA 2LYMA 2ZILA 2DQFC 1BB7A 2XJWA 4YEOA 1VFBC 1QUTA 3B0OA 4TTDA 5M1YA 1LZEA 1GF5A 1NWGA 2LZTA 3IJVA 2BQGA 3LN2A 1UACY 4ZIXA 2DQEY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OUCA 1DQJC 1OQMA 197LA 1KXXA 1N4FA 1QSAA 4ARPA 171LA 4ARQB 1O23A 4P2EA 1C68A 6LYTA 2B6TA 1LHLA 4DQ7A 2B6YA 1L14A 1HNLA 1DKJA 150LA 240LA 1GEVA 1YAOA 4HSFA 2YBMA 1B5XA 1GFAA 4PK0A 2XBSA 1OUFA 238LA 1D3FA 4DD7A 2IGCA 1C6PA 3WPKA 1XGUC 3GXRA 3OE0A 4ARJA 2HULA 1I6SA 1LMPA 1LJ4A 167LA 1T97A 3N9CA 5LIOA 193LA 5KXWA 1YROA 4NG8A 1L42A 1IP7A 137LA 1DYBA 4Z41A 4LYTA 3CT1A 5DN5A 1G1VA 4LYCA 1L23A 1L92A 4LYOA 184LA 1G7HC 234LA 1K28A 1H87A 1L19A 1JKDA 4WM3A 4NG1A 4GCEA 1MLCE 1L0KA 2BLXA 211LA 2ZYCA 1QUGA 1L34A 2G4NA 4B4EA 3JR6A 1C6TA 3EMSA 3RU5A 4GCFA 2DKVA 1UIBA 5B1FA 4QY9A 1OUEA 1GDXA 1C6EA 1QS9A 175LA 2HUMA 1BGIA 2Q9DA 1LZBA 1OUHA 2B6ZA 1OYUA 1LWKA 3OE6A 4WLDA 4DAJA 1B7MA 3FA0A 1L87A 4B49A 5HMVA 4NSGA 1QDTA 3WXUA 3A6BY 1GE4A 1IEEA 3M3UA 1B7OA 3HH4A 1L29A 4UWVA 4EKPA 1KS3A 2XBRA 1P2RA 4A7DA 1IC4Y 5APEA 1RI8B 1XEJA 4XJHA 169LA 2RBRA 109LA 1LZNA 1L12A 1LSAA 5F14A 1L67A 4WO6A 4OOOA 1D3JA 1LZSA 1G06A 261LA 3MGWA 4H9AA 3HH3A 2FBBA 2BAAA 3HUKA 3LYOA 4I7MA 5LVIA 3B0KA 1YL1X 5KXNA 1YKYX 3AYQA 1GF9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5I53 A;  1LSZ A;  1JKC A;  1FKQ A;  5LYT A;  1OUC A;  3WUN A;  1DQJ C;  1OQM A;  4O34 A;  1Z55 A;  3TXE A;  1OP9 B;  4E3U A;  1P2C C;  2YBJ A;  3IJU A;  4HTN A;  1HHL A;  1KXX A;  1N4F A;  1RCM A;  1QSA A;  4LT0 A;  1LZ6 A;  4DDA A;  1O23 A;  4NGZ A;  4P2E A;  1B5U A;  4NSJ A;  5KKI A;  1IWX A;  154L A;  4AXT A;  6LYT A;  1IWZ A;  1GEZ A;  1LHL A;  1IOS A;  4BAF A;  1IVM A;  2DBT A;  1UBZ A;  2H9K A;  4KPM A;  1LTM A;  1HNL A;  2A7F A;  1DKJ A;  1G7I C;  3W6D A;  2YBN A;  4OWC A;  4W96 A;  1GEV A;  1PS5 A;  3TXF A;  1JIS A;  1LSF A;  1T3P A;  4QEQ A;  1YAO A;  1LZ1 A;  1GF4 A;  4HSF A;  4LFP A;  2YBM A;  3CT0 A;  1B5W A;  1B5X A;  4IAT A;  1FBI X;  1GFA A;  1UIA A;  1AZF A;  4G4B A;  1QTK A;  1XEI A;  2XBS A;  3A67 Y;  2MEG A;  3LHM A;  1GBO A;  1OUF A;  2BPU A;  3TXK A;  5JEN B;  3LZT A;  4DD7 A;  5KXM A;  1XGR C;  2FBD A;  4Z46 A;  4WL6 A;  4XJF A;  3WPK A;  2HUB A;  1XGU C;  3GXR A;  5A3Z A;  1J1O Y;  2CGI A;  4NWE A;  1BVX A;  4CGE A;  5KXK A;  5KY1 A;  4WOA A;  4H90 A;  5E9R A;  5FDJ A; 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 3HBE X;  1CJ7 A;  2IFF Y;  3G3B B;  2EIZ C;  5FCP A;  1TEW A;  4H91 A;  3WVX A;  3ZVQ B;  3W3E A;  2YVB A;  1I20 A;  1GFH A;  2DQJ Y;  2Z37 A;  1LSP A;  2HEB A;  3HFM Y;  4N0J A;  5DM9 A;  3TXG A;  2I25 L;  1GPQ C;  3M18 B;  4ZEE A;  1LHI A;  4C3W A;  2BQJ A;  1LSC A;  1CKF A;  1GHL A;  1LYS A;  4W94 A;  2Q0M X;  1NBZ C;  3BKH A;  2DQI Y;  4WLX A;  1KIQ C;  1B7S A;  1IY4 A;  1GFG A;  1D0L A;  5LA8 A;  5LAF A;  4RLM A;  3WU8 A;  4B4J A;  1HEW A;  1LZ8 A;  2BQC A;  1FLW A;  3P64 A;  3RW8 A;  4WG1 A;  4HJZ A;  3CSQ A;  2DQA A;  3P65 A;  1UIE A;  4OWA A;  4PRU A;  1LHK A;  2MEE A;  1WTM A;  3AW6 A;  1NBY C;  5KKJ A;  4H9I A;  5F9U A;  2Z38 A;  2BQD A;  3QY4 A;  4HP0 A;  5FEL A;  3ZVQ A;  1ZV5 L;  1QUS A;  5T3F A;  4H92 A;  4DYG A;  1IOQ A;  1GF7 A;  2BQB A;  1V7T A;  5KXY A;  4CFP A;  2LYZ A;  3A3R X;  1IP5 A;  1XGP C;  1LJK A;  1BQL Y;  1LZD A;  3W6B A;  134L A;  1BWH A;  5LYM A;  1A2Y C;  1UIG A;  4I0C A;  4NGW A;  1KIP C;  1LMT A;  3CB7 A;  4MCK A;  1W6Z A;  5II3 A;  5KXL A;  1XGQ C;  4DD0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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