1L50A

Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCVLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRCITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l50A00
1L21A 3OE6A 3K2RA 112LA 152LA 1D2WA 1L90A 1P7SA 1G0MA 259LA 227LA 2QB0B 118LA 111LA 1OVKA 1L83A 1OV5A 4W58A 1C6EA 257LA 240LA 237LA 148LE 1C6MA 163LA 1P64A 211LA 3GUNA 3NY8A 2RH1A 2Z6BA 1L91A 1L80A 1QTBA 1L39A 161LA 1L52A 4W57A 1QT3A 2B72A 3FADA 1L14A 213LA 1L30A 4I7MA 1C6JA 104LA 1C67A 4EPFA 1L47A 1OWYA 1L38A 1LYFA 2RBPA 3UONA 3PBLA 199LA 3C83A 1DYCA 1QUHA 3OE8A 1CU0A 1D9WA 4LDOA 2RBOA 1SWYA 4EJ4A 2OE4X 3OE0A 1T97A 2RAYX 157LA 2F32A 4PK0A 1TLAA 1LI6A 1L42A 2RB0X 1WTHA 1L20A 1QT6A 1QS9A 4W52A 1L65A 1PQJA 2RBNA 143LA 2B6XA 1L17A 1C60A 1B6IA 1C6BA 1LYHA 1L11A 1OVHA 3HDFA 225LA 3DMVA 4I7TA 3HT7A 1L23A 131LA 223LA 1L60A 1CU2A 212LA 189LA 1G0KA 1L16A 192LA 1L61A 4I7OA 256LA 1L53A 4DAJA 1L46A 3C80A 255LA 4AQNA 103LA 1L02A 1CV4A 1CUQA 4EPIA 1CX7A 2OU9A 127LA 4W59A 2B6YA 4EKSA 176LA 1QS5A 3EMLA 1G0LA 4W51A 216LA 1G1WA 4IAPA 1KW7A 243LA 160LA 3D4SA 3GUIA 1CV3A 141LA 1DYAA 3C82A 3VW7A 1LYEA 2O7AA 1OWZA 110LA 4PJZA 245LA 1T8GA 1L88A 1CU3A 159LA 1L09A 1G0QA 1KS3A 3DKEX 4I7QA 4LDEA 3ODUA 7LZMA 3G3VA 146LA 2B74A 164LA 1P6YA 1XEPA 3SBBC 2O4WA 1L40A 149LA 1L45A 1L56A 229LA 3HH5A 1XJUA 186LA 2LC9A 4ARQB 3FI5A 2ANXA 1G07A 150LA 183LA 1L94A 1OV7A 241LA 3JR6A 3GUKA 1C66A 1CUPA 1CV0A 1L79A 3SB6A 1NHBA 3C7WA 1QT5A 1L66A 1QTZA 205LA 3HTFA 1C6GA 1LLHA 142LA 230LA 2IGCA 4I7JA 1L92A 3GUJA 1L31A 1SWZA 1L86A 4S0WA 113LA 1L54A 1P2RA 198LA 1L33A 4K5YA 2B73A 175LA 5I14A 2HUKA 4DKLA 1L67A 1LGUA 2NTGA 1L57A 4YXCA 1JTNA 228LA 1JQUA 3OE9A 3HTBA 151LA 4GBRB 114LA 1L43A 147LA 128LA 1LI3A 251LA 1OVJA 210LA 1C6IA 144LA 3DN3A 3SB9A 3GULA 187LA 3L64A 1L37A 4ARLA 2HULA 1QT7A 4ARJA 2Q9DA 2OTZX 1L62A 1QTVA 2LZMA 1C65A 173LA 185LA 1G0JA 1LPYA 139LA 1LWKA 249LA 261LA 3DMXA 3F8VA 2O79A 3DN6A 2OU0X 254LA 1G0GA 1L15A 3DN8A 1QT4A 1SSYA 232LA 1L70A 3FA0A 1C68A 4ZPUA 1C6FA 107LA 1ZURA 2L78A 1L01A 126LA 1QSQA 3G3WA 3V2WA 1L98A 123LA 1L48A 2B6TA 1DYGA 162LA 1C61A 1QUGA 250LA 3RUNA 4I7LA 197LA 3DNAA 4EKRA 3CDRA 1QSBA 2B6ZA 262LA 1D3NA 247LA 253LA 155LA 138LA 181LA 239LA 2Q9EA 1CVKA 1L07A 4ARQA 109LA 1L0KA 1I6SA 3HWLA 2F2QA 2B70A 3SBAA 4EXMA 234LA 3C8QA 1C6CA 1LGXA 219LA 226LA 3DN4A 3C8RA 1CV1A 1P36A 171LA 1L06A 2F47A 3SB5A 1JTMA 1P2LA 1C6LA 1L77A 1L74A 166LA 156LA 1ZYTA 4LZMA 1L29A 3HTGA 2QARC 129LA 1DYFA 260LA 3CDQA 1G06A 170LA 1LYIA 1PQMA 1LYDA 1KY1A 1L84A 1CU6A 1PQOA 1L22A 190LA 1C6HA 1L81A 2RB1X 4LDLA 1C6KA 3HT8A 1XJTA 1CX6A 218LA 3HU9A 206LA 3HUQA 3HH6A 102LA 3HUAA 191LA 3HUKA 1C6TA 1QTHA 1G0PA 3PDSA 258LA 1L82A 1L08A 235LA 3CDOA 1L13A 1D3MA 2B6WA 1L55A 1L49A 1QTCA 252LA 3GUPA 220LA 3GUOA 3NYAA 3L2XA 1KY0A 3NY9A 4ARMB 3C81A 168LA 3DN1A 1P37A 4W55A 4DJHA 1L19A 1L72A 201LA 1CV6A 2OTYX 1L99A 2ANVA 1L87A 1L63A 1P46A 4I7KA 1L00A 1L34A 248LA 1KNIA 3HDEA 1QUDA 221LA 3C7ZA 3HT6A 2HUMA 145LA 180LA 1L75A 1SSWA 3CDVA 3GUMA 1DYEA 125LA 1L44A 1PQKA 2B7XA 119LA 1DYBA 238LA 1D3JA 233LA 3HH4A 1C6QA 1P56A 2RBSA 4I7RA 209LA 4I7SA 4I7PA 1T8FA 231LA 1C69A 3CDTA 1L18A 1P3NA 1L59A 122LA 3HTDA 184LA 1C6DA 4W53A 1PQDA 1L41A 1C6PA 4I7NA 1P5CA 4OO9A 172LA 1L32A 1L04A 1L10A 2CUUA 4EKQA 1L24A 1QT8A 246LA 108LA 2RBQA 1LW9A 120LA 244LA 3SB7A 1SX7A 3SB8A 1L36A 1L69A 1L93A 2RAZX 2RB2X 1DYDA 2OE9X 222LA 1L26A 4W54A 3C7YA 1C63A 1CV5A 1L64A 169LA 1OYUA 3DMZA 1LI2A 1L76A 3RZEA 1L73A 1L50A 3C8SA 3G3XA 224LA 1L25A 3DN0A 1L0JA 1D3FA 1C64A 214LA 2LCBA 1L96A 1G1VA 1L05A 177LA 3HU8A 3QAKA 3HT9A 4ARMA 130LA 1L35A 3F9LA 1LWGA 195LA 4YXAC 236LA 2B75A 1L28A 1L89A 4E97A 115LA 3LZMA 174LA 1LGWA 1KW5A 188LA 6LZMA 158LA 178LA 2OU8A 2OEAX 165LA 2A4TA 1L97A 1L12A 5LZMA 1C62A 1T8AA 1L51A 1T6HA 4EKPA 1D2YA 200LA 1C6AA 3SN6R 1L58A 1PQIA 1QTDA 242LA 4W56A 2RBRA 1L95A 2NTHA 1ZWNA 1L03A 1EPYA 1CU5A 1SX2A 1L68A 196LA 140LA 215LA 3HH3A 167LA 1C6NA 1L71A 4ARPA 3V2YA 4GRVA 1QUOA 137LA 1L27A 4YX7C 182LA 1LYGA 1CTWA 217LA 3DN2A 2OE7X 1LYJA 1L85A 1K28A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WLXA 1LYYA 1OUEA 3EMSA 4AGAA 1UIBA 1OVKA 1OQMA 5KKIA 1C6MA 1LJGA 163LA 4NEBA 2G4QA 1P64A 211LA 2Z6BA 2W1LA 1V7SA 1L91A 1L80A 2ZWBA 1GB6A 4W57A 1AT6A 2B72A 2LHMA 1L14A 1L30A 3FE0A 2YVBA 3P68A 1GBZA 1L47A 4ANRA 1L38A 2RBPA 1KIPC 3C83A 1DYCA 4X3BA 1GB8A 1CU0A 1QIOA 4TUNA 1SWYA 3W6BA 3OE0A 4H9AA 4HJVA 4PK0A 2BQHA 1WTHA 1QT6A 1JSFA 5LYTA 4HTQA 2RBNA 2BLXA 1C60A 2DQGY 1L11A 3DMVA 2BQCA 4ZIXA 5APFA 1NHEA 1L61A 4I7OA 1UIGA 1CNSA 1GEZA 1CUQA 4EPIA 2OU9A 1IR9A 2B6YA 1GEVA 4N5RA 2BQLA 1HSWA 1JPOA 1G0LA 1JJ1A 1B7QA 5DN5A 1IP4A 1LSFA 1GF4A 2AUBA 5B05A 4D9ZA 141LA 1D0KA 3WU9A 3C82A 1BWHA 1LYEA 1OWZA 2NWDX 245LA 1CU3A 4ETAA 1LSBA 4DD3A 5I54A 5F14A 1L09A 1I1ZA 4HPIA 4LDEA 1AZFA 7LZMA 2VB1A 3G3VA 2HECA 3WUMA 2B74A 2ZQ3A 1P6YA 2O4WA 149LA 1W08A 229LA 5HLLA 4CFOA 3FI5A 3B72A 2HUBA 5F16A 1GAYA 1CUPA 1CV0A 1YIKA 4OOOA 1L66A 205LA 4N9RA 1LJFA 230LA 1L92A 2HEBA 1SWZA 3WH1A 2H9KA 4LGKA 1L54A 198LA 4KT3A 4ETDA 3AW6A 2B73A 2F30A 4DDCA 1B5YA 1HC0A 128LA 1GE4A 3TMWA 251LA 4DD2A 4PJ2C 2EPEA 2YBJA 4L41A 2D4KA 187LA 1C08C 1YAMA 4ARLA 4HJYA 3SP3A 1QT7A 4ARJA 2Q9DA 2OTZX 3RT5X 1GDXA 1QTVA 2LZMA 4NWEA 1G0JA 1LZ1A 1FBIX 3DN6A 1G0GA 2MEFA 5IDDA 1B7RA 1TEWA 232LA 3M18B 1C68A 4ZPUA 3ATNA 4WLTA 107LA 4XJBA 2IHLA 2ZYCA 3V2WA 1YKZX 4HSFA 2Y8PA 2B6TA 1REYA 3RUNA 4I7LA 4O34A 197LA 3DNAA 1QSBA 2B6ZA 247LA 2DQDY 5B1GA 2YBMA 1GHLA 109LA 4LT3A 5KXOA 1IIZA 3HWLA 2XTHA 1C7PA 2F2QA 3T6UA 3QE8A 4XENA 1LSGA 1L06A 3P65A 5B06A 1PS5A 2DQIY 1C6LA 1L77A 1L74A 166LA 156LA 5C6JA 1G06A 1LYDA 4B4IA 1L84A 1WQNA 1L81A 2W1MA 1GBXA 4LDLA 1B7SA 1QSWA 3HU9A 5KY1A 1QSAA 2MECA 3HUQA 4OWEA 3F6ZA 191LA 2ZIKA 1G0PA 3PDSA 208LA 235LA 3D3DA 3CDOA 1BVXA 3TXIA 3MGWA 2G4NA 4AXTA 220LA 3NYAA 3L2XA 1KY0A 2BQMA 4W55A 3AYQA 1XGRC 201LA 1F6SA 1HHLA 2A7FA 1L87A 4NGLA 4W94A 3CT1A 3HBHA 1WQMA 1P46A 1HERA 3LYOA 4PPOA 4LZTA 1L34A 194LA 5FEKA 2HEAA 3AW7A 3HT6A 1GBYA 1L44A 4XADA 1NBYC 2BLYA 5LAFA 4DDBA 2RBSA 4I7RA 1UBZA 1C69A 4XJHA 1N4FA 3CQLA 122LA 1LKSA 4HP0A 5KXWA 5KXPA 2CWIA 4W53A 5LYMA 2FBDA 5LVJA 1HENA 1YKXX 1LZAA 3B0IA 2MEHA 2CUUA 1HFXA 1QT8A 4N1CC 1H87A 3SB7A 1BB6A 1IOTA 3SB8A 1VAUA 1B7MA 1L69A 2RAZX 1LMPA 4RW2A 222LA 4W54A 3C7YA 1L64A 2I26L 5DL9A 5I53A 1SLYA 1L96A 1BWJA 1G7JC 3HU8A 3QAKA 3HT9A 1LZSA 130LA 1L35A 1LPIA 4LYCA 1LWGA 1BB4A 4KL7A 195LA 4YXAC 2B75A 1LYSA 1AM7A 1L89A 1GFKA 1KXYA 4Z98A 174LA 2G4PA 1EQ4A 1VATA 4NSJA 1GFJA 4DC4A 1LGWA 6LZMA 4H9IA 2OEAX 1L97A 1L12A 3WW5A 2BPUA 1CJ6A 3A34A 3SN6R 1JSEA 242LA 1A2YC 2RBRA 1L95A 1DZBX 3AGGG 4II8A 1IC5Y 3CT5A 1CJ9A 1L68A 1NQIA 1C6NA 4ARPA 5E4PA 3TXHA 1J1PY 5D5FA 1FKVA 4TSCA 3OE6A 5L3HA 152LA 4W58A 1L83A 1OV5A 257LA 1RI8B 1REMA 1YROA 4NHQA 4N0JA 3WU8A 6LYZA 3EXDA 1LJEA 5KKJA 161LA 1L52A 3AZ6A 4ZFPA 2DQJY 5DM9A 4LYOA 3WXUA 4DQ5A 104LA 3RU5A 1UCOA 1C67A 1IOQA 4GN5C 2FBBA 4E3UA 3WPLA 1OWYA 3WPKA 3M3UA 3UONA 5KJ9A 1IP6A 4W96A 1D9WA 1LZ8A 2YBHA 4EJ4A 2OE4X 3EBAB 7LYZA 1T97A 2Z19A 2BQBA 2Z39A 1P2CC 1XSFA 1PQJA 5EBHA 2B6XA 1TAYA 1LYHA 2I6ZA 225LA 3HT7A 3G3AB 5HMVA 223LA 1L60A 4P2EA 5C6IA 1G0KA 4R6CA 1GXV2 1QDTA 4DAJA 2MEDA 4NGKA 3GXRA 255LA 103LA 1GE1A 4NGOA 127LA 1LJ3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4WLX A;  1LYY A;  1OUE A;  3EMS A;  4AGA A;  1UIB A;  1OVK A;  1OQM A;  5KKI A;  1C6M A;  1LJG A;  163L A;  4NEB A;  2G4Q A;  1P64 A;  211L A;  2Z6B A;  2W1L A;  1V7S A;  1L91 A;  1L80 A;  2ZWB A;  1GB6 A;  4W57 A;  1AT6 A;  2B72 A;  2LHM A;  1L14 A;  1L30 A;  3FE0 A;  2YVB A;  3P68 A;  1GBZ A;  1L47 A;  4ANR A;  1L38 A;  2RBP A;  1KIP C;  3C83 A;  1DYC A;  4X3B A;  1GB8 A;  1CU0 A;  1QIO A;  4TUN A;  1SWY A;  3W6B A;  3OE0 A;  4H9A A;  4HJV A;  4PK0 A;  2BQH A;  1WTH A;  1QT6 A;  1JSF A;  5LYT A;  4HTQ A;  2RBN A;  2BLX A;  1C60 A;  2DQG Y;  1L11 A;  3DMV A;  2BQC A;  4ZIX A;  5APF A;  1NHE A;  1L61 A;  4I7O A;  1UIG A;  1CNS A;  1GEZ A;  1CUQ A;  4EPI A;  2OU9 A;  1IR9 A;  2B6Y A;  1GEV A;  4N5R A;  2BQL A;  1HSW A;  1JPO A;  1G0L A;  1JJ1 A;  1B7Q A;  5DN5 A;  1IP4 A;  1LSF A;  1GF4 A;  2AUB A;  5B05 A;  4D9Z A;  141L A;  1D0K A;  3WU9 A;  3C82 A;  1BWH A;  1LYE A;  1OWZ A;  2NWD X;  245L A;  1CU3 A;  4ETA A;  1LSB A;  4DD3 A;  5I54 A;  5F14 A;  1L09 A;  1I1Z A;  4HPI A;  4LDE A;  1AZF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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