2RBPA

2-(n-propylthio)ethanol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rbpA00
3UONA 1WTHA 2ANVA 1P6YA 1C6HA 1L46A 1L11A 2RB2X 3HT8A 1C6GA 1G0MA 1G0LA 1L23A 3C8QA 1CU5A 244LA 4I7RA 196LA 165LA 178LA 3GUJA 141LA 1L41A 4ARMB 145LA 3C7YA 4LZMA 1LI6A 1L48A 1L45A 1DYEA 1P37A 4LDLA 201LA 4EKRA 238LA 1L67A 226LA 2OE9X 3OE9A 114LA 1L15A 2RH1A 1SX7A 1D3MA 2B74A 1C6JA 4ARLA 223LA 131LA 175LA 1L50A 1CU6A 2B72A 3HT7A 4I7NA 2A4TA 4ARQA 1C6BA 1L56A 142LA 1C6PA 3FA0A 3VW7A 4EJ4A 1L24A 1CX7A 1TLAA 1L35A 1CV1A 3HUAA 246LA 1DYGA 217LA 3HUKA 184LA 213LA 1L87A 2HUMA 1PQIA 111LA 236LA 1PQJA 209LA 104LA 147LA 2Q9DA 3K2RA 229LA 4GRVA 158LA 1L13A 3GUKA 1L82A 2F47A 3HTBA 1ZYTA 152LA 126LA 1L10A 102LA 1L84A 199LA 1L42A 2F2QA 189LA 1LWKA 2O4WA 1L31A 241LA 249LA 1P7SA 220LA 1CX6A 1KW5A 2B6TA 3DN8A 4W54A 160LA 3PDSA 1DYFA 239LA 168LA 3HH5A 1L00A 3SB9A 227LA 1ZWNA 253LA 3HT9A 6LZMA 1KY1A 7LZMA 3G3VA 4PJZA 1C6TA 139LA 4I7TA 1DYAA 2B70A 3SBAA 1L80A 1QT7A 4EPIA 1KW7A 1L0KA 2HULA 4DJHA 1D2WA 150LA 1L92A 1LYIA 3FADA 1L43A 3ODUA 2B73A 3GULA 140LA 1L65A 1ZURA 1LGXA 1L70A 125LA 182LA 4ZPUA 3C8SA 3C82A 3L64A 1P3NA 112LA 169LA 1G0QA 2B6ZA 1L20A 1T97A 1LYEA 250LA 245LA 1L68A 146LA 143LA 149LA 1L05A 4I7MA 1C6CA 259LA 177LA 166LA 1DYBA 1P56A 1QUGA 1SSWA 255LA 3NYAA 4ARJA 3HU8A 1JQUA 1G06A 127LA 260LA 2QARC 4EKQA 1C6EA 1D2YA 1L18A 3SBBC 1QT5A 1CV3A 1PQMA 3CDRA 1CUPA 1L83A 237LA 1LWGA 1QT4A 3C7WA 181LA 1EPYA 1QT6A 3GUIA 173LA 1XEPA 2OEAX 3V2YA 1LGWA 188LA 3GUMA 1OV7A 1K28A 2B6YA 1JTNA 1LYGA 235LA 1L97A 1I6SA 4EXMA 2RBQA 1SWYA 1L64A 2OTYX 1L69A 123LA 1L88A 1OV5A 1L81A 1NHBA 3SB6A 1SWZA 1T8AA 191LA 1D3FA 1LYDA 1D9WA 1L55A 4YXAC 1L34A 1LI2A 1OVHA 1L98A 183LA 216LA 1L16A 1C6NA 1T6HA 2B7XA 1C68A 4AQNA 1CU0A 3HTDA 4E97A 144LA 1L72A 1OVKA 1CVKA 1L61A 3HUQA 3HH4A 257LA 3C8RA 3DN3A 195LA 1OVJA 3F9LA 2RB1X 2B6WA 2LZMA 1L22A 4EPFA 3PBLA 221LA 3V2WA 1T8GA 148LE 3CDQA 1L08A 3HTGA 2RBSA 2L78A 233LA 3DNAA 2O7AA 4OO9A 3G3XA 163LA 2CUUA 1LYFA 1L79A 2OU9A 4PK0A 176LA 1XJTA 214LA 187LA 3HWLA 4W52A 1L32A 1G1WA 4W58A 234LA 1LI3A 2OE4X 3DN1A 186LA 3GUOA 1L25A 1SX2A 3C81A 128LA 1L95A 138LA 215LA 1L30A 1L12A 1OWZA 1G0KA 3SB7A 1CV5A 4ARQB 4I7SA 228LA 3C7ZA 1C62A 4I7OA 232LA 240LA 3DN2A 1C69A 2Q9EA 3D4SA 3OE8A 4ARMA 170LA 172LA 1PQDA 157LA 2B75A 2OTZX 1C6IA 1QSQA 1C6FA 3GUNA 4W56A 1QTVA 4IAPA 1L49A 113LA 1QS9A 1QTBA 261LA 4GBRB 262LA 1L74A 1L94A 2RBPA 1LLHA 256LA 1L38A 1G07A 1C66A 1L91A 1T8FA 109LA 1L53A 190LA 161LA 1L19A 3SN6R 1KNIA 4LDOA 4I7JA 1L73A 225LA 3HDEA 1QT8A 2LC9A 129LA 3LZMA 1L14A 115LA 4DAJA 137LA 4W59A 1QUOA 119LA 1C63A 103LA 1C64A 1L03A 1L90A 4W51A 1L47A 2OE7X 3RUNA 1D3JA 4I7PA 1L57A 1L44A 1DYDA 4EKSA 1B6IA 2B6XA 1C61A 1D3NA 1LW9A 108LA 1QTHA 2ANXA 1P46A 1C6DA 1L89A 1QT3A 210LA 222LA 258LA 3C83A 4S0WA 1L71A 4EKPA 1L26A 3GUPA 4YXCA 1L17A 3OE6A 3HH3A 1C6KA 1G0JA 254LA 1L58A 1OWYA 1LGUA 1CV0A 4DKLA 3HH6A 1JTMA 1L36A 1L75A 1L51A 3HT6A 1L27A 122LA 3QAKA 120LA 1L76A 3DN0A 155LA 151LA 167LA 1L29A 164LA 1QTDA 218LA 5I14A 3SB8A 1QSBA 4I7QA 1L62A 1CU2A 118LA 1DYCA 1C6LA 1LYJA 247LA 1L39A 3DN4A 1L09A 1LPYA 2RBNA 219LA 3DMXA 2NTGA 1L21A 1L0JA 4W55A 3HTFA 2RBOA 3C80A 1L52A 2IGCA 4W57A 3DKEX 110LA 2OU0X 4W53A 197LA 206LA 3DMZA 212LA 156LA 3NY9A 200LA 1L07A 1CV6A 1C6MA 1G0PA 3RZEA 1L28A 5LZMA 1L01A 198LA 192LA 1KS3A 3JR6A 1L63A 1CU3A 1P2RA 242LA 2Z6BA 1L86A 1C6QA 1KY0A 1OYUA 3EMLA 1L60A 3CDOA 1L04A 1L06A 1L99A 1L85A 224LA 2NTHA 3SB5A 1PQOA 2F32A 1CV4A 159LA 1PQKA 2OU8A 2O79A 3CDVA 1L93A 1L59A 4K5YA 1P36A 205LA 3NY8A 1QUHA 1L02A 3L2XA 3CDTA 2LCBA 4ARPA 3DN6A 3HU9A 1L77A 180LA 4I7KA 162LA 1L66A 1QS5A 4YX7C 1CTWA 1QTZA 3OE0A 1C6AA 2RAYX 1LYHA 2RB0X 107LA 1L37A 243LA 1XJUA 3DMVA 4LDEA 1G1VA 2HUKA 2RBRA 248LA 1C67A 4I7LA 1SSYA 1C60A 185LA 174LA 2QB0B 1P2LA 1P5CA 2RAZX 211LA 130LA 1C65A 1L40A 230LA 1L54A 231LA 171LA 1QUDA 251LA 1QTCA 1G0GA 1CUQA 1L96A 3F8VA 1P64A 3G3WA 3HDFA 252LA 1L33A 3FI5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOPA 1LPIA 2A7DA 1QSAA 1C43A 1G0LA 3C8QA 3GXRA 4I7RA 1LJNA 1LJEA 4PJ2C 1KIQC 4J1BA 141LA 1D0LA 4KXIA 3QY4A 4C3WA 2YBLA 3WVYA 4LZMA 4OWAA 1JTPL 1L48A 1L45A 4B1AA 4LDLA 2B74A 2BLYA 3HT7A 4LYOA 2A4TA 1F6SA 142LA 4OWEA 1LZSA 5F16A 1KXYA 1OUJA 2MEEA 1GFUA 1XEJA 1JKDA 3AGIA 104LA 4UWUA 5I4XA 5DN5A 5ILCA 1NBYC 1B0DA 1HEPA 3K2RA 4GRVA 3HTBA 2XQOA 152LA 4DWXA 1L10A 199LA 4W94A 1LWKA 2BQOA 1GF7A 194LA 3W6EA 241LA 4OWCA 1P7SA 220LA 4TX7A 1KW5A 3PDSA 168LA 1LYYA 1ZWNA 5KXRA 1L80A 4NGLA 1QDRA 5KY1A 3P64A 1AT5A 150LA 2XJWA 1LSNA 1B7RA 1L43A 2B73A 1HFYA 140LA 4LYTA 182LA 3CT0A 2CGIA 2BQNA 3C82A 4WL7A 3WPJA 1DPWA 1LYEA 2BQHA 2HEDA 146LA 5APDA 1L05A 2HTXA 3LZ2A 1HEOA 3G3AB 3LN2A 5KXYA 2Z39A 1IVMA 1UIEA 1P56A 5FELA 5LYMA 3NYAA 4DD1A 3HU8A 2CWIA 3CQLA 1C6EA 1D2YA 1CV3A 1YILA 1GDXA 4FDYA 1LSAA 1LWGA 1EPYA 5HQ1A 2OEAX 1XEPA 1LYOA 1IWTA 4AXTA 1LYGA 1HENA 4NSJA 3LYOA 5T3FA 1LJ4A 193LA 191LA 1IY4A 1D9WA 1JSEA 1LI2A 1OVHA 3EO5A 1KXWA 4C5FA 4Z46A 135LA 1HMKA 4E97A 1L72A 3WXTA 1L61A 3HUQA 3HH4A 3WU7A 3C8RA 3DN3A 4G4HA 5KKIA 195LA 3F9LA 4WOAA 4EPFA 2B5ZA 2BQMA 1JKBA 1T8GA 3WPKA 1L08A 4LT0A 2L78A 3DNAA 5I5QA 4OOTA 4CFPA 1FKQA 4IASA 3RZ4A 4PK0A 176LA 4EMNA 1GBZA 3CB7A 1VDQA 1HELA 1QDTA 4DYGA 4BADA 4E3UA 1L25A 4HSFA 1L12A 1G0KA 5FSTA 1NDGC 2I6ZA 3C7ZA 5A3EA 1VAUA 4I7OA 3DN2A 4N1CC 4DC4A 3D4SA 4TSCA 1INUA 170LA 4TWSA 1C6IA 1C6FA 1LHMA 3GUNA 4R6CA 2DQEY 1JITA 5C6IA 4CGEA 1B5YA 1QS9A 3A34A 1IWYA 4EOFA 4ET9A 1GB5A 4H90A 1L38A 1G07A 1B7OA 3D3DA 4HV1A 4A7DA 1L91A 1G7IC 7LYZA 1L53A 1L19A 1KNIA 1L73A 1QIOA 1QT8A 4R0FA 1B9OA 1LZDA 1L90A 4W51A 2D91A 3RUNA 5FDJA 5FEKA 4KT3A 5LVKA 1B6IA 1D3NA 1B2KA 1B5XA 1LMQA 5IHGA 1LJIA 108LA 1QT3A 258LA 3P66A 2YBIA 1L26A 1UIAA 5F14A 1ZV5L 1G0JA 1GEVA 2HEEA 1JTMA 1CNSA 1GFRA 1GF6A 1UUZC 4KPMA 4NGWA 5I4YA 1A4VA 2W1MA 151LA 167LA 1LSGA 4WMGA 1IWVA 3SB8A 2DKVA 2VB1A 1QSBA 4I7QA 1L62A 1CU2A 1DYCA 5IELA 1C6LA 1VFBC 4RLMA 4DQ5A 2EIZC 1LJJA 219LA 2NTGA 1EL1A 1GBSA 1VDSA 4B0DA 1TBYA 1L0JA 1WQNA 1GEZA 4WM5A 1D0KA 3N9AA 2RBOA 4W57A 110LA 3WW5A 2Z12A 1C46A 212LA 4HJYA 3NY9A 1L07A 1C6MA 1LZEA 1WQOA 4M4OA 132LA 1P2RA 1L60A 1IP1A 5KJ9A 4OOOA 1GF5A 5KXXA 1L85A 224LA 2NTHA 2F32A 3CDVA 1HEQA 1MELL 208LA 4K5YA 1B7LA 1HC0A 1BQLY 1QUHA 2HEAA 3L2XA 3CDTA 3DN6A 5KXKA 1L77A 1HERA 180LA 4I7KA 4XJGA 3TMVA 1QTZA 4NFVA 1FLUA 1L37A 1XJUA 3DMVA 4LDEA 3SP3A 2QB0B 4U3XB 230LA 3HBHA 1V7TA 1QUDA 1GPQC 1OP9B 4CFOA 4H94A 4WM6A 2BQJA 1CKDA 1L33A 3UONA 1GB8A 1WTHA 5B1GA 2ANVA 3HT8A 1G0MA 1IC4Y 1OUEA 1CU5A 244LA 2MEIA 1G7MC 5APCA 4DQ7A 1TDYA 1BHZA 145LA 4WLDA 1FLWA 3C7YA 3WUMA 1YAMA 4DD3A 1DYEA 1P37A 4ETCA 1IC7Y 3LYZA 4G49A 201LA 238LA 1L67A 226LA 2RH1A 1L15A 2A7FA 1D3MA 1C6JA 4NGOA 131LA 175LA 4ARQA 1C6BA 1WTMA 2MEFA 2XTHA 1C6PA 4EJ4A 5LA5A 1FDLY 246LA 2ZQ4A 2BAAA 217LA 1L87A 1PQIA 1HF4A 4H92A 2XBRA 2DQAA 1JKAA 158LA 1D0MA 4LT1A 3E3DA 1OUAA 1ZYTA 1LZGA 1IEEA 1Z55A 2D4JA 4H93A 1L84A 2F2QA 2Y8PA 3TMXA 1L31A 4W54A 1CJ9A 4DD7A 4ZFPA 239LA 1XEIA 227LA 2F30A 253LA 1FLQA 2Z2EA 3HT9A 1I20A 4ZIXA 1KY1A 1NMMA 3WUNA 4Z3MA 4I7TA 1UIFA 1DYAA 4EPIA 1KW7A 3FI7A 5HMJA 1TAYA 4DJHA 3FADA 1BWHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YOP A;  1LPI A;  2A7D A;  1QSA A;  1C43 A;  1G0L A;  3C8Q A;  3GXR A;  4I7R A;  1LJN A;  1LJE A;  4PJ2 C;  1KIQ C;  4J1B A;  141L A;  1D0L A;  4KXI A;  3QY4 A;  4C3W A;  2YBL A;  3WVY A;  4LZM A;  4OWA A;  1JTP L;  1L48 A;  1L45 A;  4B1A A;  4LDL A;  2B74 A;  2BLY A;  3HT7 A;  4LYO A;  2A4T A;  1F6S A;  142L A;  4OWE A;  1LZS A;  5F16 A;  1KXY A;  1OUJ A;  2MEE A;  1GFU A;  1XEJ A;  1JKD A;  3AGI A;  104L A;  4UWU A;  5I4X A;  5DN5 A;  5ILC A;  1NBY C;  1B0D A;  1HEP A;  3K2R A;  4GRV A;  3HTB A;  2XQO A;  152L A;  4DWX A;  1L10 A;  199L A;  4W94 A;  1LWK A;  2BQO A;  1GF7 A;  194L A;  3W6E A;  241L A;  4OWC A;  1P7S A;  220L A;  4TX7 A;  1KW5 A;  3PDS A;  168L A;  1LYY A;  1ZWN A;  5KXR A;  1L80 A;  4NGL A;  1QDR A;  5KY1 A;  3P64 A;  1AT5 A;  150L A;  2XJW A;  1LSN A;  1B7R A;  1L43 A;  2B73 A;  1HFY A;  140L A;  4LYT A;  182L A;  3CT0 A;  2CGI A;  2BQN A;  3C82 A;  4WL7 A;  3WPJ A;  1DPW A;  1LYE A;  2BQH A;  2HED A;  146L A;  5APD A;  1L05 A;  2HTX A;  3LZ2 A;  1HEO A;  3G3A B;  3LN2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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