4M6DA

Crystal structure of the aptamer minf-lysozyme complex.
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/rna
molecule keywords Lysozyme C
publication title Crystal structure of the aptamer minF-lysozyme complex.
rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 42
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence C, E, G, I, K
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4m6dA00
4OWCA 4WL6A 5KJ9A 3QE8A 4PRUA 4HTKA 1GXV2 3AZ7A 1LPIA 2LZTA 2Z19A 4H92A 3TXGA 1LYZA 2ZQ4A 1UCOA 1WQRA 3HBEX 1LTMA 5LAGA 2HEAA 1I20A 1WTNA 2DBTA 1B7PA 4LZTA 5KXZA 4C5FA 3TXFA 8LYZA 1W08A 1IP3A 5E9RA 1HC0A 3LN2A 4ET9A 3AW6A 4NY5A 1JTOL 3TXBA 5DLAA 3W6CA 4LGKA 1J1PY 1W6ZA 2DQIY 1OUCA 1D6PA 4RW1A 4NGIA 132LA 4HJZA 1HEOA 5M1YA 4AXTA 1GF5A 1LSEA 2YBNA 3AZ5A 1HFYA 1BWHA 1LJ3A 4FDYA 4YM8A 4NGZA 2DQHY 3G3BB 1WVVA 153LA 5AMYA 3A91A 1HELA 4GLVA 4PRQA 1IOSA 2W1XA 4LYZA 3G3AB 1LAAA 1GBSA 5K7OA 3EO5A 4ANRA 3TXHA 3IJVA 133LA 4HJVA 5D5FA 2MEGA 1DI5A 2Z37A 1UICA 1NBZC 1C10A 3CB7A 4WM6A 1GE4A 3RU5A 4DC4A 4H90A 3A67Y 1LSYA 1DPXA 1GB7A 5B1FA 2B5ZA 2MEIA 2G4PA 1IOCA 1IEEA 2BQCA 4DT3A 4NHSA 1YKYX 1QIOA 4GN5C 5LINA 1D6QA 3A95A 4HSFA 1YAPA 3WVXA 1TDYA 3B0OA 2IFFY 2YBIA 2HU1A 4NGJA 2BLXA 3W6FA 3LYZA 2Z18A 2LZ2A 1JITA 2HEDA 2Y8PA 5F81A 1B5UA 2I6ZA 1GBOA 5FEKA 1C45A 1IIZA 1IR9A 1HEQA 1LSDA 1UA6Y 2DQDY 2LYOA 4HTNA 3WPLA 1DKJA 1IC4Y 1UIEA 3WU9A 3K3TA 4NFVA 4WL7A 1QDRA 5IELA 1H87A 1T3PA 4E3UA 3TMVA 1RJCB 3A6CY 1GFUA 2BQAA 2MEEA 5LAFA 5I4WA 3WUAA 1GB6A 5KXOA 1LZTA 1C7PA 5APCA 2D4IA 1HERA 4BAPA 1B5WA 1GDXA 2BQIA 4WLYA 1LHIA 1IY4A 1IWWA 5LVKA 1LZ4A 4EMNA 3T6UA 1YILA 2YBJA 3N9CA 4XENA 1AT6A 1GB2A 1YROA 4Z46A 1QSAA 1TAYA 2W1LA 1LSFA 1GF9A 1LJKA 1GXXA 4DDBA 4B1AA 1JUGA 1FN5A 4ZIXA 4WMGA 1LZAA 1NF5A 4G4HA 4BADA 1LJIA 1XEIA 1C46A 1KIRC 1YAQA 5KXYA 2D6BA 3GXKA 1HEMA 5E4PA 4I0CA 1LZCA 1IWTA 4OOOA 1LCNA 1UIBA 3TXEA 4LT2A 1NDMC 1OUGA 2CGIA 3A8ZA 1GE2A 3RNXA 1OUIA 4G9SA 4NGOA 1GAYA 4TWSA 1GEVA 9LYZA 2LYMA 4H9HA 2ZNWY 1IVMA 1JKAA 4H9IA 3LZ2A 1IWXA 1REYA 2YSSC 6LYZA 1UACY 1LSAA 2MECA 2ZQ3A 1WVUA 2FYCA 4R0FA 1GWDA 1VDTA 4O34A 1XGUC 1NMMA 3TXDA 1GFVA 4C3WA 5HQ1A 1FLYA 1FLWA 1SQ2L 2FYDA 4NWHA 2XBRA 1YQVY 1IOTA 4ETBA 3ATNA 1WQNA 1CJ9A 3A6BY 1LZ1A 2F30A 5J7CA 3A94A 2D4JA 1HENA 3WYHA 4YOPA 2ZNXY 4CJ2A 1LJEA 1YKXX 4WM5A 2VB1A 1GFJA 3TXIA 1GE1A 5EBHA 1LJ4A 4MSTA 4H8YA 4M4OA 5C6LA 5D5CA 1UIAA 3LYMA 2HU3A 1LZSA 4GCEA 1OUEA 2FBBA 4RLNA 1KXWA 4NG8A 1BB4A 3ZVQB 1IWVA 1HEPA 4NHPA 1HMKA 1HHLA 1AZFA 1LSMA 4NSHA 3J6KA 1GF7A 2CDSA 2MEFA 3P68A 4H9AA 4R6CA 1LSGA 2A7DA 1CJ8A 4HV1A 4WM1A 3W6EA 3OK0A 3AZ4A 4NHIA 1LMCA 2XTHA 1LYYA 4XYYA 1GFAA 1HEWA 1OUDA 1JHLA 4XJHA 4RW2A 1YKZX 1LZDA 5FDJA 4ETDA 1IOQA 2BQLA 1BB3A 207LA 2DQAA 1JJ3A 5L3IA 4KXIA 1TEWA 2YBMA 5DL9A 1EQ5A 2D4KA 4NSGA 3WU7A 2Z39A 3B0KA 2CJLA 3BKHA 5HMJA 2ZWBA 1BWIA 5APEA 3F6ZA 4QEQA 4YF2A 4HP0A 1IX0A 1WQQA 1PZYA 4UWVA 1GBWA 1QUTA 1HMLA 3KAMA 5KXPA 3WUMA 5HMVA 4LT0A 4DD1A 4H1PA 4XJGA 5KKJA 3QY4A 1BWJA 1BQLY 1J1OY 1VATA 3AJNA 4PJ2C 3WPKA 1JKCA 2BLYA 4H94A 1JTTL 1B7LA 1GHLA 1LZNA 1P2CC 2XBSA 1OUBA 4TX7A 5APDA 5II3A 1LMAA 4W94A 4N8ZA 5L3HA 2EKSC 3WXTA 4PPOA 1LMTA 1LJGA 4L41A 1QQYA 2BQHA 2HECA 5I4YA 4ETEA 1FLQA 1LYOA 4QGZA 4Z3MA 4LYBA 2NWDX 2HEEA 5HNLA 1B7OA 4DD9A 2LHMA 4WOAA 2HEFA 5DM9A 193LA 2BQBA 4H91A 1IWZA 1AKIA 3A3RX 3J4GA 2CWIA 1GBXA 1NDGC 1EQ4A 4PGJB 2BPUA 1LZRA 1XFPL 1HSWA 4IASA 2G4NA 2XJWA 4XJFA 3WU8A 1IWYA 2BQNA 1FKVA 1QUSA 1GFKA 4N5RA 3WW5A 1CKGA 4CGEA 4G4CA 1YL1X 3W6BA 1IY3A 1LZBA 1G7IC 3AYQA 1IC7Y 1OUAA 1YIKA 1FDLY 5KXXA 2F4GA 4XADA 4LT3A 5I5QA 4WLXA 3W3EA 4J1BA 1MELL 1LSCA 3CT1A 4H93A 4HPIA 3TMUA 1AM7A 1LSPA 4NGKA 4U3XB 4YEMA 1B9OA 4BAFA 4WLTA 134LA 1GB0A 4ML7A 1CKDA 2Z12A 4J1AA 1GF4A 1OUJA 4NHTA 4XJBA 1YAOA 1F6RA 2YVBA 1LJJA 2YBLA 1LSZA 3WH1A 5A3ZA 4OWHA 1VEDA 2EQLA 3E3DA 1I56A 1GFEA 1F10A 1KXXA 4H9CA 5LVIA 1GFHA 3ATOA 1V7SA 3LHMA 3EMSA 4HJYA 1LHJA 5LXWA 4LFXA 5L9JA 1ZVHL 5DN5A 1CJ6A 4UWNA 1B5XA 1DPWA 1CJ7A 3B72A 3HBDA 4KT3A 1IC5Y 2W1MA 4WG1A 5KXSA 3LYTA 1G7LC 1QTKA 1JIYA 4II8A 1GDWA 1H6MA 1JEFA 2LYZA 3CT0A 5LYZA 1IP7A 3WMKA 1B5YA 1LHMA 4DYGA 1IP1A 1REZA 1JPOA 1B7RA 1MLCE 2YBHA 2I25L 1F6SA 3AB6A 3LZTA 5KXTA 1JJ0A 3P66A 3MGWA 7LYZA 1DKKA 1QTEA 5FHWA 1LMOA 3RT5X 3WL2A 2N5ZA 4WLDA 4X3BA 5JENB 4ETAA 1F0WA 3WVYA 4J0LA 1B2KA 2BQDA 3B0IA 4ZFPA 4W96A 1CKCA 5KXNA 4M6DA 1HFZA 2WARA 4GCFA 1GFGA 1CKFA 1FKQA 1GE3A 1RE2A 3TMWA 5B59A 1UC0A 1WQMA 2ZILA 1CNSA 2DQJY 1GAZA 4DWXA 2HEBA 4G4BA 2ZIKA 4GN3A 4WO9A 2Z2FA 5LVJA 1UIGA 4CHXA 1JKDA 3D9AC 1DQJC 1B7SA 4RDSA 4B4EA 4KL7A 1B5VA 1UIDA 3AGHA 3A96A 4DDAA 4GCBA 2BAAA 1UIFA 2X0AA 1GEZA 1GB3A 1LMPA 5FELA 4DDCA 4QDNA 6LYTA 4NIJA 1IP5A 194LA 4N0JA 4N9RA 1NQIA 1A2YC 3P4ZA 4PHIA 5I54A 1E8LA 1KXYA 2Z38A 3A3QA 3IJUA 4UWUA 1XGPC 4ETCA 1GD6A 1LZ8A 3GXRA 4NGVA 1GF8A 4GN4A 3AGIA 1I1ZA 3A93A 2GV0A 4TUNA 4A7DA 2C8OA 1B0DA 3CT5A 3EXDA 1IORA 5LYTA 2BQMA 1UBZA 1LZ9A 1LHKA 1BB7A 3VWOA 1LZGA 4LYMA 4MR1A 1LKSA 208LA 4QY9A 5A3EA 1G7HC 3WUNA 3ULRA 1LSBA 3P64A 1NBYC 4GLAA 1LJFA 3CSZA 4OWEA 1PS5A 4WM3A 4DD2A 2G4QA 4NGYA 1D0LA 1LHLA 1GF6A 4YENA 2BQOA 154LA 2BQJA 4NGWA 3A34A 4GCCA 4OOTA 5LVGA 1WTMA 1VAUA 4TSBA 1NHEA 2H9JA 3AZ6A 1VDPA 1ZMYL 4NWEA 1HF4A 1BVXA 1LMNA 3P65A 1REXA 1XEJA 2W1YA 1VDSA 4XJIA 5F9UA 3FE0A 1TBYA 3QNGA 3M3UA 4H9BA 5IDDA 1IP4A 5KKIA 1HNLA 1GFRA 1JKBA 1KIQC 4CFOA 1GB5A 4XJDA 5B07A 4LYCA 2MEBA 4P2EA 5KXWA 2DQEY 1XSFA 4I8SA 5APFA 4HV2A 4KPMA 4NGLA 1D0KA 1SLYA 1WQPA 1B7NA 2F2NA 4AGAA 1LHHA 5B1GA 1XGTC 1FBIX 5F16A 3IWRA 4CFPA 3A90A 3WXUA 4G49A 2EPEA 4GCDA 1C43A 1GE0A 1OQMA 5HLLA 5B06A 1AT5A 1TCYA 2HTXA 5LA5A 1LZ6A 5F14A 1DI3A 3HBHA 3TXJA 1GBZA 4B4JA 1J1XY 1V7TA 2DQFC 3CSQA 3ZEKA 4B49A 3ZVQA 2DQCY 3OJPA 1KIPC 1JSEA 3W6AA 1G7JC 2D91A 1BHZA 1LKRA 4DD7A 1INUA 5KY1A 3AGGG 5B05A 5I4XA 5IHGA 2FBDA 2MEDA 1B7MA 1ALCA 4MCKA 5LA8A 1QSWA 5LIOA 2H9KA 4LT1A 4WO6A 1GFTA 1LYSA 1RFPA 1UUZC 4NSIA 4YEOA 1DI4A 4J7VA 5KXKA 1NKHA 5T3FA 1EQEA 1HFXA 2F4AA 2HUBA 4HPEA 2ZIJA 3RW8A 1GB9A 5FCPA 1Z55A 1UIHA 1GBYA 1BB6A 4Z98A 4NEBA 1REMA 3WULA 5ILFA 3CSRA 1G7MC 1GB8A 3TXKA 1IO5A 5FSTA 1B7QA 1IR8A 1B5ZA 4OWBA 2ZYCA 3N9EA 2MEAA 4XN6A 4WM2A 4LFPA 2ZYPA 2BQFA 3BKVA 4IATA 1RI8B 4TSCA 1JJ1A 1IWUA 1GF0A 2A7FA 2IHLA 1RCMA 1ZV5L 4H8XA 3HFMY 4OWAA 1XEKA 1VFBC 4NSJA 4TTDA 5ILCA 4BS7A 1C08C 3D3DA 3SP3A 3T36A 3A92A 1LSNA 4H8ZA 4LYTA 4OW1A 5C6JA 3CQLA 4H9FA 1QDTA 1LZ5A 1FLUA 1LOZA 1LMQA 1DZBX 3FI7A 1BGIA 1BB5A 3B6LA 4B0DA 1GPQC 1JTPL 1D9UA 2Q0MX 1LZEA 4H9EA 4D9ZA 1XGRC 1WQOA 2BQEA 5C6IA 4NHQA 1JISA 5DN4A 2EIZC 4ET8A 1JWRA 1N4FA 1OP9B 4RLMA 5KXRA 2BQKA 4N1EI 5LVHA 4DD0A 1HSXA 3AW7A 4Z41A 1YL0X 1VDQA 2MEHA 1ZVYB 4N1CC 3TMXA 3N9AA 4WM4A 4EOFA 3M18B 4B4IA 1GF3A 4ZEEA 1IP2A 1XGQC 4IJ4A 3WPJA 1OUFA 1A4VA 5KXMA 2PC2A 2RSCA 1CKHA 2YDGA 5HNCA 4HTQA 1LJNA 2DKVA 3RZ4A 1OUHA 5LYMA 2DQGY 135LA 3EBAB 3W6DA 1IP6A 2C8PA 2Z2EA 1EL1A 2BQGA 1O23A 2AUBA 5F9XA 1D0MA 4NG1A 1BVKC 1T6VL 2H5ZA 3WW6A 1LZYA 5KXLA 1YAMA 4FJRA 4LYOA 1LJHA 4DD3A 1YANA 2I26L 4WG7A 3LYOA 5I53A 1JSFA 1DXJA 1IR7A 1NWGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WL6A 1GXV2 1LPIA 3TXGA 1C6HA 1C6MA 4H92A 2ZQ4A 1LTMA 1WTNA 1B7PA 231LA 4C5FA 8LYZA 3TXFA 1HC0A 3LN2A 3AW6A 1LYIA 2B6XA 4RW1A 1OUCA 132LA 5M1YA 1QUHA 2YBNA 1BWHA 3PBLA 1HELA 4PRQA 1CU5A 1L39A 5K7OA 2LZMA 2NTGA 4ANRA 3TXHA 185LA 187LA 1P46A 3CB7A 3RU5A 4H90A 102LA 2MEIA 1LI6A 4NHSA 2NTHA 4GN5C 5LINA 1D6QA 3RZEA 184LA 1YAPA 1L22A 2IFFY 2HU1A 2YBIA 3W6FA 5F81A 2I6ZA 3WPLA 3OE6A 1DKJA 1C65A 3WU9A 1H87A 1T3PA 1GB6A 3GUKA 1C7PA 2D4IA 4BAPA 1GDXA 247LA 4IAPA 1PQOA 3N9CA 1YROA 1QSAA 1TAYA 1LJKA 209LA 4G4HA 1D9WA 3GXKA 4I0CA 1UIBA 1OUGA 3RNXA 1GE2A 1OUIA 3HH4A 4G9SA 9LYZA 1PQDA 2ZNWY 3ODUA 171LA 6LYZA 2MECA 4R0FA 4C3WA 1CVKA 4EKQA 5HQ1A 1FLYA 1SQ2L 4NWHA 1IOTA 3ATNA 1CJ9A 3A6BY 3A94A 4EKPA 255LA 1L80A 1GE1A 2RAZX 5EBHA 4MSTA 4H8YA 1DYGA 1QTCA 2HU3A 1OUEA 4NG8A 1BB4A 1HMKA 1AZFA 168LA 1L06A 3J6KA 1GF7A 1DYFA 2A7DA 1CJ8A 4WM1A 4W59A 1L09A 2XTHA 1LYYA 1GFAA 3HUQA 169LA 4XJHA 1L36A 3HTDA 5FDJA 3K2RA 1BB3A 2DQAA 1JJ3A 1TLAA 1EQ5A 3WU7A 2RB0X 129LA 1ZYTA 4QEQA 1WQQA 1HMLA 147LA 1VATA 4PJ2C 1J1OY 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OWC A;  4WL6 A;  5KJ9 A;  3QE8 A;  4PRU A;  4HTK A;  1GXV 2;  3AZ7 A;  1LPI A;  2LZT A;  2Z19 A;  4H92 A;  3TXG A;  1LYZ A;  2ZQ4 A;  1UCO A;  1WQR A;  3HBE X;  1LTM A;  5LAG A;  2HEA A;  1I20 A;  1WTN A;  2DBT A;  1B7P A;  4LZT A;  5KXZ A;  4C5F A;  3TXF A;  8LYZ A;  1W08 A;  1IP3 A;  5E9R A;  1HC0 A;  3LN2 A;  4ET9 A;  3AW6 A;  4NY5 A;  1JTO L;  3TXB A;  5DLA A;  3W6C A;  4LGK A;  1J1P Y;  1W6Z A;  2DQI Y;  1OUC A;  1D6P A;  4RW1 A;  4NGI A;  132L A;  4HJZ A;  1HEO A;  5M1Y A;  4AXT A;  1GF5 A;  1LSE A;  2YBN A;  3AZ5 A;  1HFY A;  1BWH A;  1LJ3 A;  4FDY A;  4YM8 A;  4NGZ A;  2DQH Y;  3G3B B;  1WVV A;  153L A;  5AMY A;  3A91 A;  1HEL A;  4GLV A;  4PRQ A;  1IOS A;  2W1X A;  4LYZ A;  3G3A B;  1LAA A;  1GBS A;  5K7O A;  3EO5 A;  4ANR A;  3TXH A;  3IJV A;  133L A;  4HJV A;  5D5F A;  2MEG A;  1DI5 A;  2Z37 A;  1UIC A;  1NBZ C;  1C10 A;  3CB7 A;  4WM6 A;  1GE4 A;  3RU5 A;  4DC4 A;  4H90 A;  3A67 Y;  1LSY A;  1DPX A;  1GB7 A;  5B1F A;  2B5Z A;  2MEI A;  2G4P A;  1IOC A;  1IEE A;  2BQC A;  4DT3 A; 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 1B7Q A;  1IR8 A;  1B5Z A;  4OWB A;  2ZYC A;  3N9E A;  2MEA A;  4XN6 A;  4WM2 A;  4LFP A;  2ZYP A;  2BQF A;  3BKV A;  4IAT A;  1RI8 B;  4TSC A;  1JJ1 A;  1IWU A;  1GF0 A;  2A7F A;  2IHL A;  1RCM A;  1ZV5 L;  4H8X A;  3HFM Y;  4OWA A;  1XEK A;  1VFB C;  4NSJ A;  4TTD A;  5ILC A;  4BS7 A;  1C08 C;  3D3D A;  3SP3 A;  3T36 A;  3A92 A;  1LSN A;  4H8Z A;  4LYT A;  4OW1 A;  5C6J A;  3CQL A;  4H9F A;  1QDT A;  1LZ5 A;  1FLU A;  1LOZ A;  1LMQ A;  1DZB X;  3FI7 A;  1BGI A;  1BB5 A;  3B6L A;  4B0D A;  1GPQ C;  1JTP L;  1D9U A;  2Q0M X;  1LZE A;  4H9E A;  4D9Z A;  1XGR C;  1WQO A;  2BQE A;  5C6I A;  4NHQ A;  1JIS A;  5DN4 A;  2EIZ C;  4ET8 A;  1JWR A;  1N4F A;  1OP9 B;  4RLM A;  5KXR A;  2BQK A;  4N1E I;  5LVH A;  4DD0 A;  1HSX A;  3AW7 A;  4Z41 A;  1YL0 X;  1VDQ A;  2MEH A;  1ZVY B;  4N1C C;  3TMX A;  3N9A A;  4WM4 A;  4EOF A;  3M18 B;  4B4I A;  1GF3 A;  4ZEE A;  1IP2 A;  1XGQ C;  4IJ4 A;  3WPJ A;  1OUF A;  1A4V A;  5KXM A;  2PC2 A;  2RSC A;  1CKH A;  2YDG A;  5HNC A;  4HTQ A;  1LJN A;  2DKV A;  3RZ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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