1LGXA

T4 lysozyme mutant l99a/m102q bound by 3,5-difluoroaniline
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lgxA00
1XEPA 1L94A 1C6IA 1PQOA 1QT3A 1T97A 1TLAA 3DNAA 197LA 1C6EA 3C8QA 143LA 1L16A 1L02A 2OU8A 1P36A 4W51A 150LA 3ODUA 237LA 3V2YA 1D3MA 1L0KA 110LA 1C6AA 165LA 1QTVA 4LZMA 3DKEX 214LA 206LA 171LA 3C7WA 258LA 2ANXA 3HUKA 3HUQA 1L83A 151LA 195LA 1LGWA 1DYEA 2LC9A 3GUIA 3SBAA 1C63A 4W56A 3SB6A 4I7MA 1L40A 1L56A 168LA 1L51A 1QUOA 4E97A 3F8VA 123LA 3OE8A 250LA 112LA 1KW5A 2B6WA 115LA 225LA 1L19A 2B73A 3CDTA 227LA 1L35A 1DYGA 4I7SA 3HU8A 2RB1X 2ANVA 1L87A 1EPYA 3GUKA 3VW7A 1L09A 1L47A 1D3JA 4ARMA 1C6JA 2RB2X 1SSYA 241LA 1L29A 1CV3A 1CVKA 1P6YA 4EKSA 103LA 1G0LA 3C81A 4I7TA 1C6MA 1P46A 217LA 1L88A 3HWLA 3RZEA 1L69A 3D4SA 3HH4A 1PQDA 3C82A 169LA 1LW9A 159LA 249LA 3FA0A 4I7NA 234LA 2RAYX 3C80A 1CV0A 4I7JA 1DYDA 156LA 1LYEA 4ARLA 3DN4A 4GBRB 1P7SA 1D9WA 1C64A 145LA 3C8RA 4PK0A 1L98A 122LA 1L27A 1L75A 1LYIA 4W58A 1L18A 2QARC 2NTHA 2F32A 140LA 1L33A 2OTYX 1ZWNA 4DKLA 1QTHA 226LA 1KNIA 1QSBA 3UONA 1OWYA 1LGUA 3F9LA 7LZMA 1D2YA 2F2QA 185LA 166LA 1C6CA 4S0WA 1L32A 1OWZA 1QT4A 141LA 3GUJA 1L23A 120LA 3PDSA 1L45A 1T8GA 130LA 1G1WA 1L70A 1QS9A 1L36A 1CV6A 1CU0A 1L43A 232LA 1L99A 1JQUA 4LDLA 224LA 1L03A 1L49A 2F47A 104LA 1CUPA 1L10A 1C6GA 1L17A 1L66A 1L54A 1LGXA 144LA 4ARMB 1L60A 3HTBA 1D2WA 183LA 209LA 1LWKA 1QT7A 3DN8A 4EKRA 2RAZX 1C6PA 2B70A 3DN2A 3GUMA 1P56A 3DN3A 188LA 1L59A 170LA 1L0JA 137LA 1XJTA 1WTHA 1L39A 2B74A 2HUKA 1L00A 1OYUA 1D3NA 2Z6BA 1L91A 3DMXA 1G0GA 1L53A 1DYFA 1T8FA 1L08A 3G3WA 4W52A 3HDEA 1QT5A 3PBLA 3C8SA 221LA 1L50A 1LYJA 1SSWA 2RBNA 3EMLA 3HH6A 4PJZA 3NY9A 3DMVA 1C6TA 256LA 4EKQA 2B6XA 251LA 3HTDA 3HU9A 2OEAX 2B6TA 3GUOA 1L31A 2RBSA 1G06A 3JR6A 2NTGA 3QAKA 216LA 2LZMA 1CU6A 109LA 5I14A 1CX6A 1L82A 1T6HA 4ARQA 1KY1A 1ZYTA 192LA 1KY0A 3G3XA 6LZMA 261LA 1L97A 218LA 1L21A 1C6BA 1L86A 3V2WA 4EPIA 3OE9A 1P37A 3GUPA 119LA 1PQMA 3C7YA 4LDOA 199LA 114LA 3CDVA 1L15A 1L20A 1L96A 1L48A 2Q9EA 152LA 1L64A 1L63A 1QUDA 1C6QA 128LA 259LA 3NYAA 161LA 139LA 4EPFA 149LA 164LA 2RBOA 3FI5A 142LA 1QT6A 219LA 3DN0A 1K28A 1L01A 1L65A 1L84A 4DAJA 1L58A 182LA 1LI2A 1P3NA 1L06A 1L30A 1L93A 215LA 2O4WA 2OE4X 3HH5A 3DMZA 246LA 239LA 1L90A 242LA 3RUNA 1L28A 102LA 147LA 1L79A 2OE7X 1OV7A 3DN1A 1L74A 3SBBC 1L24A 1L77A 2CUUA 4GRVA 4OO9A 1QTCA 1C68A 3L64A 1CUQA 1QS5A 3GULA 4ARQB 167LA 1CV4A 1DYAA 1L92A 2LCBA 1L73A 2HUMA 181LA 1LYGA 1CV1A 1L22A 1PQKA 138LA 4ZPUA 4K5YA 158LA 3HTGA 5LZMA 231LA 3CDOA 1L95A 3HTFA 262LA 222LA 3HT8A 1XJUA 1CTWA 200LA 2L78A 4I7RA 3SB7A 4YX7C 1P2RA 238LA 108LA 1C61A 1C6DA 1L80A 1QTDA 1NHBA 1C6HA 1L67A 2RB0X 1L26A 252LA 107LA 220LA 3LZMA 3NY8A 1P64A 4ARJA 1L38A 176LA 2IGCA 1L37A 157LA 1SWZA 113LA 126LA 131LA 162LA 2RH1A 172LA 1PQJA 184LA 1L11A 173LA 1ZURA 1T8AA 260LA 1CV5A 3K2RA 4ARPA 1LWGA 2QB0B 186LA 1QUGA 3GUNA 189LA 1I6SA 1P2LA 212LA 4W59A 155LA 1L76A 1L14A 240LA 196LA 1L62A 213LA 3CDQA 1LI6A 3SB8A 1L68A 1OVJA 2O79A 1LYFA 174LA 129LA 1G0JA 1CU5A 236LA 2RBPA 230LA 4I7QA 1L44A 1JTNA 1G0KA 2RBRA 177LA 1C62A 4AQNA 146LA 3SB9A 4EKPA 1DYBA 1L07A 1L25A 2OTZX 1L42A 2RBQA 4I7PA 1G0MA 4EXMA 1KW7A 118LA 4I7LA 248LA 244LA 198LA 3DN6A 1LPYA 1QTBA 2A4TA 3FADA 1LI3A 3C7ZA 191LA 187LA 1C6FA 3OE0A 2B7XA 4I7KA 233LA 180LA 1L34A 1L85A 4YXCA 211LA 2OU0X 1L52A 1L13A 148LE 253LA 1B6IA 3SN6R 1OVKA 1L71A 1C6LA 4W54A 1L72A 243LA 2OE9X 4DJHA 2B6ZA 1SX2A 1KS3A 229LA 2B72A 178LA 1L41A 1L05A 255LA 1SWYA 247LA 228LA 2HULA 1L46A 210LA 223LA 4I7OA 190LA 125LA 2B6YA 3HUAA 1QTZA 4YXAC 3HT6A 1CU2A 1CX7A 2OU9A 4LDEA 3SB5A 1L04A 4W55A 235LA 201LA 1L12A 205LA 163LA 1LYDA 1OV5A 1D3FA 1C65A 175LA 3G3VA 1OVHA 1C6KA 1L89A 4EJ4A 2O7AA 3C83A 1C66A 245LA 4W53A 1G0QA 1C6NA 3L2XA 4IAPA 1L57A 1QSQA 3HT9A 1C67A 160LA 3HDFA 1DYCA 1G07A 3OE6A 1SX7A 1PQIA 1G1VA 1L81A 1CU3A 2Q9DA 1QT8A 1L61A 4W57A 1LLHA 1P5CA 3HT7A 1L55A 1C60A 1QUHA 2B75A 3HH3A 127LA 3CDRA 257LA 1C69A 254LA 1LYHA 1G0PA 1JTMA 111LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IOSA 2LHMA 4YENA 1XEPA 1L94A 1T97A 1QT3A 1C6EA 2HECA 3C8QA 2BQGA 1L16A 1L02A 1BGIA 1P36A 4HP0A 3W6CA 1GE4A 4ETEA 1C6AA 1B7QA 3DKEX 1JJ0A 3CSRA 5C6LA 3HUKA 2BQDA 1GFAA 4XJDA 1IP2A 1LGWA 1TBYA 2LYOA 3GUIA 4GLVA 5DN5A 2YDGA 1IP4A 1NDMC 1RJCB 3F8VA 3OE8A 2G4NA 133LA 1LJEA 2B6WA 2B73A 3EMSA 1BVXA 4QDNA 4I7SA 3HU8A 2ANVA 1L87A 4H9IA 1C6JA 1SSYA 5KXYA 1CV3A 1F10A 4WLTA 1V7SA 103LA 1P46A 4FJRA 1L88A 1TEWA 4HTQA 2MEFA 1HNLA 3HWLA 3FI7A 2MECA 1HSXA 1KIQC 1VEDA 1DXJA 3FA0A 1CV0A 1GF6A 1DYDA 1LYEA 4ARLA 4EOFA 1P7SA 1D9WA 4XN6A 145LA 1L98A 1L27A 1L75A 2QARC 2NTHA 2F32A 1L33A 5FDJA 3EO5A 1ZWNA 1IWXA 4TX7A 2MEEA 1OWYA 2F2QA 185LA 4NGWA 166LA 4A7DA 3GUJA 4N0JA 1G7HC 1T8GA 1LJNA 1HEQA 3A6CY 1QS9A 5J7CA 1GBXA 1CKFA 2HU1A 5II3A 1C45A 5FSTA 1L10A 1YL0X 1L66A 1L54A 1LGXA 4ARMB 1ZMYL 1L60A 2DQFC 1GB0A 1GD6A 1CNSA 4HV1A 4DDBA 5HNCA 1LYYA 1QT7A 1FBIX 4NGZA 4DT3A 3DN8A 1NDGC 1RFPA 3DN3A 1WQRA 4CFOA 170LA 1XJTA 2YBNA 1OYUA 3K3TA 2LYMA 208LA 1L91A 1B7SA 3DMXA 4DD1A 4W52A 4DC4A 1FKVA 1L50A 1LYJA 3EMLA 4NGIA 4PJZA 1IOTA 4BAPA 1IP5A 1JTPL 251LA 4YOPA 2OEAX 5LAFA 1IWUA 1L31A 8LYZA 1LZ4A 3QAKA 2LZMA 2DQGY 3T6UA 4WLDA 2YBLA 1DKJA 3G3AB 1LSFA 1LPIA 4BAFA 3HBDA 1KY0A 6LZMA 261LA 5F9XA 4WLXA 1H6MA 3OE9A 1P37A 1OUIA 1L15A 1L20A 4IASA 2Q9EA 152LA 1L64A 1L63A 128LA 259LA 1IWYA 4G4BA 164LA 4LFXA 4B4EA 4GN5C 4DAJA 1LI2A 207LA 5A3ZA 5HMJA 4C5FA 1UC0A 1D6PA 1KIPC 1B5VA 1L90A 4C3WA 1LYOA 4LYOA 5LVJA 2D6BA 147LA 1LOZA 1L79A 1H87A 2EKSC 4LT2A 1B7OA 4DD0A 2CUUA 3B72A 4OO9A 1QTCA 5L3HA 1CUQA 1JTTL 3GULA 1YAOA 2LCBA 1F6RA 1LSZA 1LYGA 1CV1A 1LJKA 1L22A 2W1MA 2I6ZA 3AZ7A 3HTGA 3WL2A 5FEKA 3QE8A 5KXNA 4ZIXA 3LZTA 3OJPA 1CTWA 1LZ6A 200LA 3CQLA 1XEJA 3SB7A 1B0DA 238LA 3OK0A 5KXRA 2RB0X 1LHHA 2RSCA 4LYBA 3LZMA 3NY8A 5D5CA 1P64A 1GFJA 4W94A 4NEBA 176LA 3A96A 2G4QA 1JKBA 113LA 4B1AA 2MEAA 1PQJA 4LT0A 184LA 1ZURA 194LA 1T8AA 4Z41A 260LA 1CV5A 2ZIJA 3K2RA 1LWGA 186LA 1LJIA 5I4YA 2BQMA 1QUGA 1BHZA 1FLWA 1I6SA 4LYCA 3GXRA 4NWHA 4CGEA 1YAMA 5FELA 213LA 2O79A 174LA 2Z38A 1G7LC 1L44A 4CJ2A 1LHIA 1JTNA 3WU7A 5HNLA 1IY4A 3QY4A 4AQNA 146LA 4CFPA 1E8LA 1OUFA 1GB5A 1T3PA 2RBQA 4I7PA 4EXMA 1IC5Y 1UA6Y 1GWDA 4DDAA 1G7JC 5L9JA 233LA 3CT1A 2DQEY 1B5XA 3RNXA 4N8ZA 1HELA 1L52A 1L13A 4GCDA 1L72A 243LA 4MR1A 2IHLA 2ZNWY 4GLAA 1RE2A 5LA8A 1FN5A 1B7RA 1I56A 247LA 125LA 1YAPA 2B6YA 1QQYA 1QTZA 1HSWA 4NIJA 5HQ1A 1CU2A 1KXWA 1LSMA 3ATNA 4WOAA 1TAYA 2XJWA 2CJLA 5KXWA 163LA 1I20A 2D4KA 1D3FA 175LA 1BB3A 2BQLA 1GFTA 5LYZA 3C83A 1LSNA 1B5WA 1C66A 245LA 4W53A 4IAPA 4UWNA 2BQHA 1L57A 1C67A 160LA 1DYCA 1B7NA 1L61A 1P5CA 1L55A 3TXEA 1C60A 127LA 4Z3MA 1BB5A 1LZAA 1LJ4A 4WL6A 3AZ6A 1JTMA 4NGYA 2YBIA 1OUCA 1UIDA 150LA 3ODUA 5I5QA 3V2YA 1D3MA 1GFHA 1L0KA 2HEAA 165LA 5EBHA 3LHMA 4NGJA 4WM6A 1XGTC 1XGRC 4QY9A 5B59A 171LA 1WTMA 3HUQA 2ANXA 1OUGA 4N1EI 151LA 2MEDA 5A3EA 1LZCA 1SLYA 6LYZA 1LSYA 5LIOA 4ZFPA 1C63A 3P64A 1CKGA 1DZBX 1HMKA 1QUOA 4E97A 2A7FA 4ML7A 3P66A 4DDCA 1NMMA 115LA 225LA 1L19A 1L35A 1LHMA 1CJ8A 1EPYA 3GUKA 3VW7A 241LA 3N9AA 1L29A 1CVKA 1IP3A 1VAUA 1G0LA 4DD2A 4I7TA 1C6MA 134LA 1L69A 3HH4A 3C82A 1AT5A 1LW9A 234LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IOS A;  2LHM A;  4YEN A;  1XEP A;  1L94 A;  1T97 A;  1QT3 A;  1C6E A;  2HEC A;  3C8Q A;  2BQG A;  1L16 A;  1L02 A;  1BGI A;  1P36 A;  4HP0 A;  3W6C A;  1GE4 A;  4ETE A;  1C6A A;  1B7Q A;  3DKE X;  1JJ0 A;  3CSR A;  5C6L A;  3HUK A;  2BQD A;  1GFA A;  4XJD A;  1IP2 A;  1LGW A;  1TBY A;  2LYO A;  3GUI A;  4GLV A;  5DN5 A;  2YDG A;  1IP4 A;  1NDM C;  1RJC B;  3F8V A;  3OE8 A;  2G4N A;  133L A;  1LJE A;  2B6W A;  2B73 A;  3EMS A;  1BVX A;  4QDN A;  4I7S A;  3HU8 A;  2ANV A;  1L87 A;  4H9I A;  1C6J A;  1SSY A;  5KXY A;  1CV3 A;  1F10 A;  4WLT A;  1V7S A;  103L A;  1P46 A;  4FJR A;  1L88 A;  1TEW A;  4HTQ A;  2MEF A;  1HNL A;  3HWL A;  3FI7 A;  2MEC A;  1HSX A;  1KIQ C;  1VED A;  1DXJ A;  3FA0 A;  1CV0 A;  1GF6 A;  1DYD A;  1LYE A;  4ARL A;  4EOF A;  1P7S A;  1D9W A;  4XN6 A;  145L A;  1L98 A;  1L27 A;  1L75 A;  2QAR C;  2NTH A;  2F32 A;  1L33 A;  5FDJ A;  3EO5 A;  1ZWN A;  1IWX A;  4TX7 A;  2MEE A;  1OWY A;  2F2Q A;  185L A;  4NGW A;  166L A;  4A7D A;  3GUJ A;  4N0J A;  1G7H C;  1T8G A;  1LJN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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