1D3NA

Methionine core mutation
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Use of differentially substituted selenomethionine proteins in X-ray structure determination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 51
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d3nA00
1L12A 3V2WA 1C65A 2CUUA 3LZMA 3HH4A 1LI3A 3F8VA 1OV5A 5I14A 4YXCA 4I7PA 150LA 1CUPA 1L08A 3HH5A 3C8SA 1L39A 241LA 1KS3A 257LA 3EMLA 1C6QA 1DYDA 1L23A 1CUQA 1L38A 2Q9DA 3GUPA 4ZPUA 1C6EA 1L26A 252LA 118LA 4W58A 1ZYTA 1QTDA 1LYIA 1L66A 244LA 2QB0B 3HTBA 1G0LA 192LA 2F2QA 4I7OA 236LA 3F9LA 1L07A 1C6CA 4PJZA 182LA 2LCBA 4I7RA 250LA 1D3NA 1L91A 1TLAA 1CU3A 1L44A 2B70A 3FA0A 4LDLA 217LA 3HDEA 195LA 3C7ZA 1JTMA 1L17A 1P7SA 3HH6A 3HT9A 102LA 1DYEA 1L24A 3SB6A 2HUKA 243LA 1L87A 190LA 1C68A 1L65A 3L2XA 155LA 1D3JA 3SBAA 143LA 2IGCA 170LA 1CV0A 3CDRA 1D3MA 1T97A 5LZMA 2OE9X 4GRVA 199LA 200LA 2LC9A 1CX6A 3HH3A 247LA 3NY9A 2OE7X 1LI2A 4ARQB 258LA 4IAPA 1C6BA 1KY0A 3HU9A 2OTZX 171LA 1L48A 148LE 1EPYA 1C6GA 1C60A 2RB1X 3DMVA 1LGWA 1SX7A 119LA 3C82A 4W53A 3C8RA 4I7LA 3OE0A 209LA 1L95A 3DMXA 3HTDA 3SB8A 1P5CA 3DN6A 1L71A 3GUOA 4K5YA 1QTCA 1L45A 1SWZA 1G1WA 231LA 1OV7A 261LA 1L22A 1LWGA 3V2YA 1L54A 210LA 3DMZA 1C6NA 1C63A 4I7MA 1L83A 2RB2X 1C6IA 3GUKA 158LA 1PQMA 145LA 1LYJA 1QUOA 1P46A 1LLHA 205LA 3C7WA 1L05A 1C6MA 4YX7C 7LZMA 1CVKA 188LA 3SB5A 256LA 109LA 219LA 3PDSA 1L40A 160LA 1C6DA 222LA 165LA 1L21A 1QTBA 2RH1A 1B6IA 1KW5A 1L93A 126LA 1KW7A 2L78A 4W55A 238LA 2B6ZA 1SSWA 1L62A 4ARMA 1OVHA 1OVJA 4LZMA 1CV1A 2LZMA 1I6SA 2OE4X 2B7XA 4I7SA 1L82A 168LA 1L11A 3HU8A 1L80A 1SSYA 1L77A 3OE9A 172LA 2RB0X 2RBNA 6LZMA 1P64A 4DAJA 1L19A 180LA 128LA 169LA 107LA 1L29A 1G0QA 249LA 1G0PA 1LYGA 4GBRB 1L73A 1C6JA 2OTYX 1L88A 3DN4A 1CV4A 1QUHA 3DN1A 3OE6A 2O4WA 112LA 3RZEA 3GUNA 251LA 1C6HA 4OO9A 2RBOA 1C6PA 1G0MA 1L33A 2OU8A 2B72A 144LA 1L75A 2O7AA 260LA 1SWYA 103LA 239LA 3CDVA 1L53A 3HUAA 1L86A 3NY8A 1CV5A 220LA 2Z6BA 248LA 113LA 140LA 4W57A 176LA 1C67A 4DJHA 1T8GA 123LA 1P36A 4LDOA 177LA 1QT3A 1L35A 1QT6A 1C6FA 4EKQA 240LA 111LA 1L02A 1C62A 3HTGA 141LA 4I7KA 1P37A 1LWKA 2B75A 1OVKA 3VW7A 1D9WA 2B6XA 235LA 1L43A 4EKRA 4PK0A 156LA 2NTHA 1L81A 1L70A 1LYEA 1QT7A 2QARC 1L37A 1L96A 1L03A 1L15A 3QAKA 225LA 1QT8A 167LA 1L25A 1QTZA 3HUQA 1JTNA 1L13A 178LA 215LA 1L89A 2RAZX 147LA 189LA 1C61A 3SBBC 2RBPA 2OU9A 1CV6A 1L69A 3DN0A 3DN8A 1LI6A 1P2RA 262LA 1G1VA 2F47A 1DYGA 131LA 233LA 174LA 3C8QA 3C83A 3HUKA 1P6YA 1L18A 197LA 1L0JA 1C6AA 1L64A 1LW9A 1LPYA 1L10A 4LDEA 224LA 2HUMA 1L06A 255LA 4EKSA 164LA 1L84A 3HDFA 2RAYX 3FADA 4EPIA 3C81A 1CU0A 226LA 152LA 3G3VA 2RBSA 3C7YA 1LGXA 2OU0X 1G0GA 173LA 151LA 206LA 1PQOA 191LA 3DNAA 1ZURA 1L76A 1LGUA 4YXAC 166LA 2ANXA 3FI5A 4W54A 234LA 1G0KA 1QT4A 1OWYA 1L49A 2B74A 130LA 1QUGA 1PQIA 3JR6A 3HT8A 1QSQA 1G06A 4W52A 1L31A 1D2WA 1PQJA 3DKEX 1L34A 3K2RA 1L00A 214LA 2O79A 1L57A 142LA 1CV3A 2RBQA 1L92A 1QTHA 216LA 4S0WA 4EXMA 3HWLA 1L72A 3CDQA 1L41A 1C66A 4ARQA 1L47A 1L30A 1L99A 115LA 4AQNA 3DN3A 1QS9A 4I7NA 1L60A 181LA 4I7JA 159LA 1C6TA 1LYDA 1L55A 196LA 1L36A 1L56A 4I7TA 1QS5A 2B6YA 1SX2A 201LA 110LA 1L61A 1CU5A 1D3FA 1T8AA 3G3XA 259LA 1D2YA 2F32A 1DYBA 1ZWNA 1L68A 3SN6R 1L28A 227LA 3PBLA 1L04A 4W59A 2B6WA 127LA 120LA 175LA 1L98A 3GUIA 221LA 3UONA 4EPFA 1P3NA 1G07A 211LA 1DYCA 4ARMB 1L09A 1JQUA 1L20A 137LA 1L74A 218LA 1OYUA 1L27A 3HT6A 3L64A 3RUNA 1C6KA 1L46A 1DYAA 1L16A 108LA 1QTVA 183LA 3GUJA 114LA 3D4SA 3NYAA 1L01A 1L14A 1PQKA 4E97A 4ARLA 1QSBA 1L52A 1L32A 4EJ4A 213LA 3DN2A 185LA 1P2LA 3ODUA 223LA 1QT5A 2HULA 1CU6A 1L58A 1NHBA 1QUDA 1L90A 1XEPA 3G3WA 1XJTA 3HTFA 1DYFA 1P56A 3SB7A 212LA 1CU2A 3OE8A 146LA 1C69A 186LA 1KY1A 4ARJA 1CX7A 1K28A 2ANVA 3C80A 3HT7A 253LA 122LA 2B6TA 162LA 232LA 1L0KA 139LA 3CDTA 4W56A 1WTHA 1KNIA 1L94A 1LYHA 246LA 3GUMA 4EKPA 1OWZA 1CTWA 230LA 129LA 1L50A 161LA 2OEAX 1PQDA 157LA 138LA 125LA 245LA 2Q9EA 254LA 2B73A 1LYFA 1C6LA 3CDOA 149LA 1L63A 4I7QA 3SB9A 1L97A 1G0JA 1XJUA 187LA 2RBRA 4W51A 1C64A 163LA 1L51A 2A4TA 1L67A 3GULA 229LA 237LA 4ARPA 1L59A 1L79A 184LA 1L42A 1T6HA 1L85A 2NTGA 1T8FA 242LA 228LA 104LA 198LA 4DKLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXWA 1SLYA 2CUUA 3HH4A 1UIAA 5I14A 134LA 4ZIXA 2IFFY 4YXCA 2D4KA 241LA 1O23A 4ZPUA 3GUPA 4NGIA 2Y8PA 1C6EA 2B5ZA 4HJZA 1LYIA 5LA8A 1G0LA 2IHLA 4PJZA 182LA 1YAQA 3AYQA 1L91A 217LA 195LA 3HH6A 1BB3A 1IC4Y 4LZTA 194LA 1A4VA 1FLWA 2ZILA 1DKJA 1LHIA 4GCCA 133LA 143LA 2IGCA 1CV0A 4OWHA 2G4NA 200LA 1CX6A 3HH3A 1LI2A 4ARQB 4ANRA 1LOZA 4IAPA 4RW1A 1V7SA 1MELL 1GF3A 4YENA 4I7LA 4LYMA 3N9CA 2DQCY 2BQLA 1GF5A 1VDQA 4L41A 1QTCA 1LTMA 1G1WA 4WLXA 4B4EA 2D6BA 4TUNA 4UWNA 210LA 1C63A 4I7MA 5KJ9A 1L83A 1LZTA 145LA 1PQMA 1LYJA 1P46A 1GF8A 3C7WA 2Z37A 4ET9A 1JKAA 1AM7A 4OWBA 3PDSA 2Q0MX 4PRQA 3HFMY 1C6DA 1UIGA 1GFEA 1L93A 1OUGA 1IP6A 4TX7A 2L78A 238LA 1BWJA 2B6ZA 3CSZA 3WPKA 1CNSA 3IJVA 4ARMA 4LYTA 5C6IA 1OVJA 4LZMA 2OE4X 4I7SA 168LA 1L11A 1CKCA 3LYMA 4BADA 5B07A 1L77A 3F6ZA 5APEA 1P64A 3TXFA 1CKHA 1TEWA 4NGJA 1L19A 4WLTA 1L29A 1BGIA 2W1XA 2ZWBA 1G0QA 4DQ7A 1G0PA 3ATNA 2DQEY 2LYOA 1QUHA 1XEJA 1KXWA 7LYZA 1IOQA 1C45A 2O7AA 1L75A 1YANA 1LZCA 1WTNA 3ATOA 4GCEA 3CDVA 3WU9A 4W96A 5F14A 4EMNA 3NY8A 3RNXA 4W57A 5DLAA 4DJHA 3RU5A 1C08C 1T8GA 1NDGC 123LA 1GF6A 1TCYA 1OP9B 4YEOA 240LA 1HEWA 5JENB 1L02A 1YROA 3AGGG 2BQDA 4J1AA 1YKXX 3VW7A 1D9WA 2CJLA 2H5ZA 4PK0A 2X0AA 1L81A 3W6BA 2QARC 1L37A 1D0KA 1QT8A 3WPLA 1LZSA 167LA 1L25A 5LYMA 1QTZA 4HPIA 178LA 4BS7A 3SBBC 2RBPA 4QEQA 5LA5A 1XGPC 1IIZA 3TXDA 1IOTA 1DYGA 3AJNA 2F30A 193LA 1P2CC 1P6YA 1L18A 1PZYA 4GCBA 4OW1A 1HEOA 1FN5A 1LMQA 164LA 3FADA 4XJGA 3C81A 4EPIA 1LSBA 226LA 152LA 1GFKA 1OUJA 4WM4A 2D4IA 2BQMA 2OU0X 1OUFA 1DXJA 4MCKA 4ET8A 4ML7A 1L76A 1LGUA 1CKDA 3W6CA 1FLQA 4EOFA 3CT0A 1QT4A 1L49A 1UIDA 130LA 1GXXA 3E3DA 1IC5Y 3JR6A 1G06A 1D2WA 1LSGA 1B5YA 1LKRA 1LJEA 1T3PA 3HBDA 1LZDA 4WMGA 3LYOA 3CDQA 2MEDA 4ARQA 1GB5A 1L30A 3DN3A 1QS9A 1L60A 1LYDA 4LT3A 196LA 1L56A 4ETDA 2B6YA 9LYZA 1CJ6A 1YILA 1CU5A 1T8AA 1BWIA 3WPJA 259LA 1H87A 1GXV2 2WARA 1L68A 3WU7A 2LYMA 3P66A 3W6DA 127LA 2BAAA 3AW7A 3GUIA 1W6ZA 221LA 3MGWA 3UONA 4EPFA 1G07A 211LA 4GCFA 4E3UA 1JQUA 137LA 218LA 1JTOL 2F2NA 4G4HA 1C6KA 5DN4A 1L16A 183LA 4H94A 4HV2A 3AZ5A 3D4SA 1L01A 1L14A 1B5ZA 4E97A 1QSBA 1D6PA 4EJ4A 213LA 4D9ZA 1P2LA 4C5FA 3ODUA 1B5XA 1REMA 1Z55A 223LA 1QT5A 2YBLA 3N9EA 2DQJY 2HU1A 4NGZA 1DYFA 1GEZA 1P56A 4NHPA 2MEBA 2MEIA 4ARJA 4LT2A 1GBXA 4NSHA 1WVVA 1L0KA 4W56A 1JKCA 4WO6A 1DKKA 4UWUA 4EKPA 1JUGA 230LA 4W94A 2D91A 161LA 4DWXA 1PQDA 157LA 3A95A 3WW6A 2Z18A 3W6EA 2B73A 1C6LA 1L63A 5FEKA 1IR9A 4J7VA 5I4YA 4GN4A 1L51A 3A6CY 5HMVA 1AKIA 1QSAA 4ARPA 1WTMA 1L59A 1L79A 1T6HA 4FDYA 3A6BY 242LA 228LA 198LA 3V2WA 1IWTA 3LZMA 4N1EI 1LI3A 3F8VA 1OV5A 3A8ZA 3TXIA 3GXKA 3HH5A 1GE0A 1L39A 257LA 3M3UA 3EMLA 1L23A 1CUQA 1L38A 2Q9DA 1L26A 252LA 1UA6Y 118LA 1LSEA 1ZYTA 1RFPA 2QB0B 5HMJA 2F2QA 1L07A 250LA 1DPWA 2YSSC 4NWEA 1TAYA 1BVXA 2ZIKA 2MEHA 4LDLA 4LT0A 4NGVA 1JTMA 2YDGA 1B7NA 3HT9A 1DYEA 1GPQC 4N1CC 3AZ7A 4HTNA 1JJ0A 2BQGA 3WUMA 3L2XA 4BAFA 155LA 2D4JA 170LA 1GAYA 3G3BB 199LA 1J1XY 2LC9A 247LA 3A93A 2OE7X 3NY9A 5L3HA 1QUSA 1HEMA 4B4IA 4Z41A 3WMKA 1SQ2L 3HU9A 3TMWA 3WL2A 1L48A 4PGJB 1LAAA 1C60A 4NSIA 4N0JA 3DMVA 1LGWA 1JJ3A 1SX7A 2PC2A 3P64A 4LYOA 119LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KXW A;  1SLY A;  2CUU A;  3HH4 A;  1UIA A;  5I14 A;  134L A;  4ZIX A;  2IFF Y;  4YXC A;  2D4K A;  241L A;  1O23 A;  4ZPU A;  3GUP A;  4NGI A;  2Y8P A;  1C6E A;  2B5Z A;  4HJZ A;  1LYI A;  5LA8 A;  1G0L A;  2IHL A;  4PJZ A;  182L A;  1YAQ A;  3AYQ A;  1L91 A;  217L A;  195L A;  3HH6 A;  1BB3 A;  1IC4 Y;  4LZT A;  194L A;  1A4V A;  1FLW A;  2ZIL A;  1DKJ A;  1LHI A;  4GCC A;  133L A;  143L A;  2IGC A;  1CV0 A;  4OWH A;  2G4N A;  200L A;  1CX6 A;  3HH3 A;  1LI2 A;  4ARQ B;  4ANR A;  1LOZ A;  4IAP A;  4RW1 A;  1V7S A;  1MEL L;  1GF3 A;  4YEN A;  4I7L A;  4LYM A;  3N9C A;  2DQC Y;  2BQL A;  1GF5 A;  1VDQ A;  4L41 A;  1QTC A;  1LTM A;  1G1W A;  4WLX A;  4B4E A;  2D6B A;  4TUN A;  4UWN A;  210L A;  1C63 A;  4I7M A;  5KJ9 A;  1L83 A;  1LZT A;  145L A;  1PQM A;  1LYJ A;  1P46 A;  1GF8 A;  3C7W A;  2Z37 A;  4ET9 A;  1JKA A;  1AM7 A;  4OWB A;  3PDS A;  2Q0M X;  4PRQ A;  3HFM Y;  1C6D A;  1UIG A;  1GFE A;  1L93 A;  1OUG A;  1IP6 A;  4TX7 A;  2L78 A;  238L A;  1BWJ A;  2B6Z A;  3CSZ A;  3WPK A;  1CNS A; 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