1L15A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGVWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l15A00
3SB5A 4W59A 1L00A 257LA 2RB0X 1L18A 3HUAA 3OE0A 3CDTA 3HT7A 3FA0A 4DAJA 1DYAA 234LA 3V2WA 1QTHA 3L2XA 175LA 243LA 4EJ4A 4GRVA 1L22A 2B73A 1QS5A 253LA 2HULA 1L97A 238LA 129LA 1L46A 1DYEA 2HUKA 2B6ZA 2OU0X 1D3FA 187LA 4E97A 1OVHA 1CU3A 230LA 4EXMA 1CU5A 1OWZA 143LA 1OVKA 1L68A 4LDEA 1KW5A 1B6IA 1JQUA 2B6TA 4PJZA 3DN0A 259LA 1L39A 4ARJA 1OV5A 1XEPA 1L95A 3HTDA 131LA 1D3MA 3RZEA 1D3NA 189LA 1WTHA 2LZMA 3SBAA 218LA 248LA 3HTBA 1G1VA 1OV7A 168LA 4OO9A 2OU9A 3JR6A 1C6KA 1C6FA 1P7SA 1C60A 1L81A 1P3NA 3DN3A 4S0WA 3DN8A 2B70A 3GUIA 4AQNA 198LA 138LA 262LA 137LA 233LA 2RB1X 2IGCA 190LA 251LA 1L63A 4I7PA 1L79A 1L72A 1CV5A 1CV3A 1L28A 1LW9A 4W53A 1KW7A 1QTBA 222LA 3C8RA 1LYEA 3HH6A 3SB8A 1L33A 3HT8A 1QSBA 4W58A 104LA 160LA 1L94A 2RBPA 2B72A 4DJHA 2O7AA 1C6LA 2RB2X 3V2YA 247LA 1L44A 245LA 1C69A 1LWKA 1L76A 1L88A 1CU2A 2Q9DA 3DMVA 4I7OA 4ZPUA 192LA 1L50A 161LA 1L90A 213LA 2Q9EA 3HH3A 1L47A 3FADA 1LPYA 212LA 3SBBC 2QB0B 1L75A 211LA 1G0PA 1SWYA 2F32A 2L78A 4LZMA 6LZMA 119LA 5I14A 1D9WA 3C80A 2NTHA 2RBOA 3HU8A 4ARPA 3HWLA 1L84A 3SN6R 145LA 4EKSA 3C8QA 2B74A 184LA 3C7YA 2LC9A 3GUJA 1C63A 2OE4X 1EPYA 1L83A 1C6PA 4I7KA 1C6JA 115LA 167LA 3HDFA 1L99A 1JTNA 1L89A 4I7RA 250LA 1CV6A 4EKPA 1L74A 1L23A 215LA 2OTYX 3GULA 1PQDA 1G06A 1KY1A 1CU0A 3SB9A 236LA 1PQMA 2OE9X 3DN4A 254LA 2RBQA 1L93A 2ANVA 1T97A 1L31A 3HU9A 4K5YA 4W54A 147LA 1QS9A 1CUPA 1LI6A 1QTVA 2A4TA 2F47A 1K28A 1SSYA 231LA 130LA 3HTGA 172LA 1C67A 239LA 1CTWA 4I7NA 103LA 1L52A 1L87A 1C6HA 226LA 2F2QA 1QSQA 1LYJA 2OTZX 1L59A 249LA 1PQJA 2OE7X 3CDOA 3RUNA 3QAKA 1L19A 191LA 237LA 3F9LA 3CDQA 1CV1A 1L62A 2HUMA 4ARMB 1L60A 3SB7A 1KY0A 2CUUA 1SSWA 1G0GA 125LA 1P2RA 178LA 1ZURA 4PK0A 1L36A 246LA 2RBNA 4YXCA 1QT8A 3GUMA 170LA 158LA 3OE8A 3C8SA 1L10A 1QUDA 1C66A 5LZMA 1G0LA 1CV4A 1L13A 1P5CA 1L71A 2OEAX 128LA 1L98A 1L53A 1OYUA 3CDVA 3NY9A 4I7QA 3HT6A 1L30A 1LI2A 214LA 1L04A 155LA 1L54A 1L91A 140LA 107LA 3HTFA 3OE6A 3GUKA 1P36A 142LA 4I7SA 3F8VA 3GUPA 223LA 1D2WA 1L37A 1DYDA 1L0KA 4EPIA 1KNIA 1QTDA 1TLAA 1P64A 4IAPA 3HUKA 1P56A 1P2LA 219LA 3CDRA 1L41A 1CUQA 1KS3A 2RAZX 3C83A 3C7ZA 4EPFA 144LA 1C6AA 1SWZA 1C6DA 1L26A 1C6IA 3C82A 1XJUA 141LA 1L29A 3DN6A 4I7JA 1QUOA 1QT7A 1JTMA 1G0JA 1L85A 1L73A 3PDSA 4ARQB 7LZMA 188LA 181LA 1T6HA 2B7XA 2Z6BA 2O79A 2RBRA 1L42A 171LA 1L40A 3ODUA 4ARMA 159LA 1QT5A 4W51A 146LA 1L65A 4W55A 261LA 235LA 1L02A 1QT4A 4I7TA 122LA 123LA 174LA 111LA 1LYHA 1LYDA 1L17A 1L01A 1G1WA 1L58A 4ARLA 3G3WA 1QT3A 1LI3A 1L77A 1L03A 163LA 2NTGA 3HDEA 1C61A 216LA 1T8FA 1L0JA 1T8AA 244LA 252LA 166LA 210LA 4W57A 228LA 1L08A 3DMZA 227LA 1CX7A 112LA 1CV0A 2B6XA 3DKEX 4EKQA 1L67A 1QTZA 177LA 1LLHA 1CU6A 169LA 196LA 1C6NA 4LDOA 1C68A 1L64A 1L05A 3L64A 240LA 1C64A 1G07A 199LA 3PBLA 176LA 1G0QA 114LA 4EKRA 1SX7A 1L20A 1OVJA 1L34A 1L61A 1CX6A 1DYBA 3DN2A 3C7WA 1C6MA 1DYFA 4I7LA 149LA 3GUOA 1ZYTA 2ANXA 2QARC 2RH1A 232LA 1L35A 148LE 1DYCA 1P37A 4ARQA 3HH4A 183LA 1L25A 156LA 127LA 2B75A 1L14A 2LCBA 152LA 3G3VA 1QTCA 1SX2A 1D3JA 1L92A 162LA 2OU8A 1P46A 3HUQA 3LZMA 2O4WA 3K2RA 1L38A 157LA 1L56A 225LA 164LA 1NHBA 173LA 1L51A 139LA 1L82A 1L32A 1G0KA 4W52A 1ZWNA 126LA 1L15A 1L66A 1DYGA 3SB6A 3UONA 3NY8A 3OE9A 1C6EA 1LYFA 1OWYA 182LA 165LA 1LWGA 1I6SA 3HT9A 113LA 4W56A 1PQOA 1PQIA 3G3XA 186LA 201LA 120LA 150LA 1L16A 1LYGA 1L80A 1L49A 1C6QA 108LA 3HH5A 1XJTA 206LA 1L45A 217LA 241LA 1LGXA 1LYIA 3VW7A 151LA 3NYAA 242LA 1L21A 1L96A 1L43A 1LGWA 1PQKA 205LA 3DN1A 209LA 220LA 2RAYX 1L06A 109LA 1QUGA 1LGUA 1C65A 1CVKA 258LA 1C6GA 3EMLA 3D4SA 4I7MA 1G0MA 2RBSA 1L07A 1L70A 255LA 256LA 1L57A 1L09A 1P6YA 2B6YA 229LA 3DNAA 195LA 3GUNA 180LA 3C81A 3FI5A 224LA 260LA 1QT6A 1T8GA 110LA 1C62A 1C6TA 1L24A 1L69A 221LA 2B6WA 1C6BA 1D2YA 1L48A 1QUHA 4YXAC 4DKLA 4YX7C 197LA 1L12A 1L86A 118LA 1L11A 1L27A 1L55A 4LDLA 102LA 200LA 185LA 3DMXA 1C6CA 4GBRB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
135LA 3SB5A 4NGZA 2HEAA 1HEOA 4XJHA 1VDQA 1IC4Y 1DYAA 234LA 2HEDA 1QTHA 1FLQA 175LA 243LA 3WYHA 4H90A 5APDA 253LA 1DYEA 1F6SA 3IJUA 187LA 1OVHA 230LA 4EXMA 1IVMA 1LZGA 3WL2A 1OVKA 1O23A 4NSIA 1JITA 1L68A 1FBIX 4PJZA 1LSMA 4XYYA 1TAYA 1KXXA 1L39A 3LZTA 1LMCA 1YROA 1XEPA 1IY4A 3HTDA 4Z41A 1D3NA 1MELL 248LA 3A34A 1C6KA 5DL9A 4NGOA 1GEVA 4NGLA 8LYZA 3HBDA 3WU9A 1G7MC 4DD1A 2MECA 198LA 262LA 1GFEA 1B7SA 4J0LA 1NDMC 2YVBA 1LJ4A 4I7PA 1NMMA 3P68A 2LHMA 1QTBA 4TSBA 3TXJA 3CT0A 3ULRA 5C6IA 1XEJA 4B49A 1OP9B 2RB2X 3CSRA 1KIPC 1IOTA 1B0DA 2YBMA 1L88A 4ZPUA 1LKRA 4B0DA 213LA 1IWWA 2EQLA 4LYCA 1NQIA 1SWYA 4NHTA 1I20A 4YM8A 2BQCA 4WMGA 2BLYA 3HWLA 4LYBA 2HU3A 1LSEA 184LA 3C7YA 5KXYA 3SP3A 1B7OA 2LC9A 1GB9A 2D6BA 1EPYA 4NSGA 1IWZA 115LA 167LA 1C6JA 5LINA 1L89A 2HU1A 250LA 1GFVA 1L74A 4C5FA 4DYGA 3GULA 4XENA 1B7NA 4FDYA 1PQDA 1KY1A 1CU0A 1LSBA 3SB9A 1PQMA 3DN4A 1B5VA 2RBQA 1GB5A 1L31A 4W54A 1CUPA 1VFBC 1GPQC 1D6PA 4G49A 1HF4A 9LYZA 1IP6A 1LSNA 4KL7A 1QSQA 1LYJA 3RT5X 1XGRC 191LA 4ZFPA 2CDSA 2HUMA 1YKXX 5B07A 1GBWA 4GLAA 1SSWA 2XBSA 1G0GA 1ZURA 178LA 4PK0A 1LZTA 2RBNA 1QT8A 1HNLA 3GUMA 170LA 3C8SA 1QUDA 3J4GA 3W6FA 1P5CA 1L71A 4BAFA 128LA 1L53A 4I7QA 214LA 4TUNA 1L54A 4KPMA 5M1YA 1L91A 140LA 1GB6A 4OWCA 1GB2A 1REMA 4J1BA 1KNIA 3A96A 1NBZC 4IAPA 4XADA 1P56A 207LA 4OWBA 1CUQA 5HQ1A 3AW7A 1JSEA 4OOOA 1C6AA 2I25L 3QY4A 1L26A 1B7LA 3C82A 5B05A 141LA 1LYOA 1H87A 1LZCA 2DQDY 2G4QA 1L85A 1G0JA 133LA 3B0KA 3ATOA 1OUHA 1T6HA 2B7XA 1UIDA 1QDTA 2BQFA 1L42A 171LA 3ODUA 4ARMA 4H93A 4W51A 4NY5A 1WTMA 4W55A 3GXRA 2F4GA 122LA 1LZ4A 1LYHA 1LYDA 1L17A 2BQIA 1GFAA 3WPJA 1L58A 4DDBA 3G3WA 1LI3A 1L03A 4HJVA 1C7PA 4GCCA 1REXA 3HDEA 5JENB 1DZBX 3OK0A 1HEWA 1IWUA 228LA 3DMZA 5KXZA 1FLWA 1IX0A 3LHMA 4B4JA 3IJVA 1UCOA 1IP1A 3DKEX 3A3RX 1LZSA 1QTZA 1WQRA 1QIOA 2X0AA 1LLHA 1LSCA 1JTPL 196LA 1LHMA 1C6NA 1L64A 1L05A 1LSFA 2ZYCA 1C64A 2D91A 1G07A 3PBLA 176LA 1HFYA 1L20A 5C6JA 3CQLA 1JKDA 1OVJA 3TXKA 4H9AA 2XBRA 1GXXA 4I7LA 154LA 4DQJA 2QARC 5DN4A 1L35A 2XTHA 4UWVA 4ARQA 4EOFA 1L25A 1LZ1A 127LA 1L14A 5FDJA 4DT3A 162LA 1IR8A 208LA 5EBHA 3HUQA 5LVJA 3AGGG 3K2RA 4ETAA 1L38A 1LYZA 3TXEA 139LA 3D9AC 2Q0MX 1GB7A 1L32A 1D6QA 1LKSA 4W52A 1GFUA 4QGZA 3TXBA 4YENA 4LT3A 4N9RA 3NY8A 2Y8PA 1YL1X 1LWGA 2AUBA 113LA 1REYA 201LA 1VDSA 1LYGA 1HHLA 1L49A 1L80A 5E4PA 1QTKA 2EIZC 4Z46A 3WUMA 134LA 4DD2A 1JEFA 4OW1A 5KY1A 1B5YA 1H6MA 1I1ZA 5I4YA 3NYAA 242LA 2BQMA 3KAMA 3W6EA 3QNGA 3A92A 1PQKA 1OUCA 4XN6A 220LA 2RAYX 1GFTA 1L06A 5LXWA 4LGKA 1XGTC 109LA 1YAQA 1QUGA 1IR7A 4NGJA 1JISA 258LA 4HV1A 3TXFA 1G0MA 2RBSA 5FEKA 1L70A 2B6YA 2BQNA 3GUNA 1LZ6A 3C81A 4ET8A 1CKHA 1DXJA 1GF5A 1QT6A 3W6CA 1T8GA 110LA 1LMAA 5L3IA 1C6TA 1OQMA 2B6WA 4GCEA 1TDYA 5APCA 1L48A 1GD6A 1INUA 1RFPA 4Z98A 4DKLA 4YX7C 1L12A 2HECA 3HBHA 2Z38A 1L11A 1GFKA 1UIAA 3T36A 1L27A 1ZV5L 1LHIA 3B6LA 1ALCA 1CKDA 2FYDA 200LA 185LA 1A4VA 1FKQA 3CSQA 4WLDA 2HTXA 1GHLA 2RB0X 1HEQA 3CDTA 1HERA 3FA0A 3HT7A 4DAJA 1B5UA 4EJ4A 2DQAA 2B73A 1QS5A 129LA 4DC4A 1WTNA 1L46A 2HUKA 2DQFC 5LYZA 4E97A 153LA 4IASA 1OWZA 1TEWA 4W96A 4KT3A 2BQOA 5IDDA 1B6IA 1LJJA 3DN0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 135L A;  3SB5 A;  4NGZ A;  2HEA A;  1HEO A;  4XJH A;  1VDQ A;  1IC4 Y;  1DYA A;  234L A;  2HED A;  1QTH A;  1FLQ A;  175L A;  243L A;  3WYH A;  4H90 A;  5APD A;  253L A;  1DYE A;  1F6S A;  3IJU A;  187L A;  1OVH A;  230L A;  4EXM A;  1IVM A;  1LZG A;  3WL2 A;  1OVK A;  1O23 A;  4NSI A;  1JIT A;  1L68 A;  1FBI X;  4PJZ A;  1LSM A;  4XYY A;  1TAY A;  1KXX A;  1L39 A;  3LZT A;  1LMC A;  1YRO A;  1XEP A;  1IY4 A;  3HTD A;  4Z41 A;  1D3N A;  1MEL L;  248L A;  3A34 A;  1C6K A;  5DL9 A;  4NGO A;  1GEV A;  4NGL A;  8LYZ A;  3HBD A;  3WU9 A;  1G7M C;  4DD1 A;  2MEC A;  198L A;  262L A;  1GFE A;  1B7S A;  4J0L A;  1NDM C;  2YVB A;  1LJ4 A;  4I7P A;  1NMM A;  3P68 A;  2LHM A;  1QTB A;  4TSB A;  3TXJ A;  3CT0 A;  3ULR A;  5C6I A;  1XEJ A;  4B49 A;  1OP9 B;  2RB2 X;  3CSR A;  1KIP C;  1IOT A;  1B0D A;  2YBM A;  1L88 A;  4ZPU A;  1LKR A;  4B0D A;  213L A;  1IWW A;  2EQL A;  4LYC A;  1NQI A;  1SWY A;  4NHT A;  1I20 A;  4YM8 A;  2BQC A;  4WMG A;  2BLY A;  3HWL A;  4LYB A;  2HU3 A;  1LSE A;  184L A;  3C7Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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