1P5CA

Circular permutation of helix a in t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
LRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNSGGAMNIFEMLRIDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Relocation or duplication of the helix A sequence of T4 lysozyme causes only modest changes in structure but can increase or decrease the rate of folding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 57
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p5cA00
3UONA 166LA 3CDTA 3DN1A 4I7QA 1KW5A 2RBPA 1CU2A 1C69A 2NTHA 164LA 4GRVA 115LA 1C6MA 4LDLA 187LA 2RBRA 2B6WA 1QUGA 211LA 3SB6A 122LA 1L68A 165LA 3HH5A 3DN4A 1CU0A 2ANVA 1L69A 2HUKA 1OWYA 162LA 1QT8A 172LA 4ARPA 1D2YA 4I7KA 1L89A 107LA 1L79A 1L59A 3HT6A 2B6XA 1L57A 250LA 3NY9A 1OV5A 231LA 175LA 217LA 3HH4A 1D3JA 168LA 1L46A 1QSQA 4W53A 1L58A 3SBAA 3L2XA 190LA 1LPYA 3GUIA 1KNIA 226LA 1SX7A 1L10A 113LA 1LW9A 216LA 4DJHA 4EKPA 1ZURA 1L55A 1OVKA 1QUHA 2O4WA 1C6KA 2Q9DA 1L47A 3RZEA 3DNAA 3HWLA 1L71A 1P2RA 3HUAA 3SB9A 4YX7C 185LA 102LA 2RBSA 1CVKA 1C61A 1OV7A 1PQOA 1C6EA 257LA 1KW7A 1P3NA 3L64A 2NTGA 3SBBC 1L54A 1L43A 1L14A 2OU0X 1C64A 210LA 4PK0A 1L87A 4PJZA 3F8VA 246LA 4W59A 2OTYX 1G0JA 3C7YA 1L96A 227LA 1L52A 3SB7A 1L38A 148LE 1C67A 1G06A 108LA 1LI2A 3HH3A 1T97A 1C68A 4LDEA 2Z6BA 1I6SA 1CV6A 1CUQA 1L62A 2O7AA 1D3NA 2B73A 3DN8A 1JTMA 1T8FA 1G1VA 4W57A 1L80A 198LA 1LGWA 1KY1A 2HULA 2RB1X 3SB5A 3PDSA 4I7TA 4LDOA 4W58A 4W51A 242LA 3DN6A 1L39A 1G1WA 1L86A 3C8SA 2HUMA 1QT3A 129LA 4ARLA 147LA 1L07A 1L92A 1LYJA 138LA 197LA 1CU6A 127LA 1SWYA 240LA 4GBRB 4ARQA 1L28A 3QAKA 1G0GA 1CX7A 3ODUA 3DMVA 1QSBA 151LA 188LA 2ANXA 1DYGA 3CDQA 1L60A 2L78A 219LA 2B74A 4AQNA 174LA 1L64A 1SWZA 201LA 1QS5A 2A4TA 4I7MA 3V2WA 2OU9A 3C7WA 1KS3A 1C6HA 2OU8A 3NYAA 1CU5A 1L63A 1L00A 2B75A 125LA 1PQJA 1C6BA 1L93A 1LI6A 4K5YA 3LZMA 4ARQB 109LA 137LA 1L49A 1DYFA 3OE9A 120LA 2QB0B 1KY0A 114LA 1G0MA 189LA 1P7SA 4I7OA 3F9LA 3NY8A 4YXCA 234LA 3D4SA 238LA 1LYHA 1L17A 254LA 1L22A 1DYBA 1CV5A 1EPYA 1G0QA 2QARC 3HH6A 3DN2A 1L41A 4W55A 3G3VA 1CV0A 1L44A 1L83A 1L04A 3HTGA 4ARJA 1L51A 236LA 1SSWA 159LA 1C62A 186LA 3GUJA 3HUQA 1L50A 1L45A 1D9WA 141LA 1T8AA 4LZMA 205LA 218LA 1L82A 228LA 256LA 1T6HA 170LA 1L77A 1P64A 1L34A 1C6TA 1LYFA 4EJ4A 229LA 1L94A 1QT5A 1L18A 5I14A 158LA 1QT6A 244LA 1QTDA 2OE7X 4EPIA 1D2WA 3C81A 1QUDA 1L98A 225LA 157LA 1XJUA 1QT4A 119LA 3CDVA 3CDOA 5LZMA 2O79A 2B6ZA 181LA 206LA 1C6JA 1C6IA 3C8QA 1C60A 131LA 110LA 1DYEA 1L32A 104LA 1L09A 4W54A 1LLHA 1L73A 222LA 3GUNA 3HTFA 167LA 1L53A 4W52A 2RAYX 215LA 191LA 2F32A 161LA 1L75A 1L70A 1L06A 1L48A 1QTHA 4EKSA 1ZWNA 1P37A 1L23A 1L56A 1G0PA 1L85A 4S0WA 2RBOA 126LA 1L01A 3HDFA 4I7JA 212LA 152LA 3DN3A 1QUOA 1C6QA 1LYIA 1L02A 1SX2A 4DKLA 2RB0X 3EMLA 1L91A 1C63A 1QS9A 4DAJA 144LA 1L16A 248LA 1L72A 3DN0A 1G07A 2IGCA 123LA 230LA 1OYUA 4EKRA 261LA 253LA 3G3XA 1PQDA 1P6YA 1L27A 1D3MA 182LA 112LA 103LA 1P5CA 3RUNA 2RB2X 4I7SA 241LA 1LGUA 3VW7A 4E97A 259LA 1L12A 1ZYTA 1L97A 4W56A 214LA 4I7PA 1JTNA 1WTHA 3C8RA 3JR6A 1L99A 3GUKA 3DMXA 1L66A 1L67A 4EPFA 3SN6R 1QTBA 1L95A 171LA 2F2QA 3SB8A 149LA 3G3WA 1L35A 1SSYA 1C6DA 3DMZA 1L76A 1PQKA 1L08A 1LWKA 1C6LA 3GUMA 1K28A 1OWZA 130LA 3HU8A 258LA 243LA 1L36A 1PQMA 260LA 1CUPA 1C66A 180LA 1P56A 2B70A 7LZMA 196LA 223LA 3CDRA 3GUPA 1CX6A 200LA 1L03A 2LZMA 4I7RA 1L0JA 4I7LA 1QTZA 1L81A 2OE4X 177LA 1XEPA 1C6PA 1L26A 1L13A 1L21A 1L65A 2OEAX 235LA 3HT7A 3V2YA 1QT7A 1C6GA 1L0KA 1L84A 247LA 2B72A 3C83A 1LI3A 209LA 1B6IA 2Q9EA 3HUKA 143LA 1NHBA 1L61A 2CUUA 1L25A 3C80A 232LA 1L24A 155LA 2B6YA 173LA 2RBNA 1CV4A 233LA 262LA 1DYAA 1DYDA 1LYGA 1L42A 2B6TA 140LA 3GUOA 3FADA 195LA 1L33A 184LA 220LA 1LGXA 3PBLA 3OE0A 2F47A 118LA 1XJTA 2RH1A 3GULA 1C65A 4IAPA 1C6AA 1L29A 3C82A 2B7XA 4EXMA 1PQIA 1OVHA 239LA 3K2RA 3OE8A 1L90A 139LA 1P46A 1LYDA 1CV1A 1L05A 3OE6A 150LA 1TLAA 3HT9A 1CU3A 221LA 3FI5A 4ZPUA 6LZMA 163LA 199LA 255LA 237LA 111LA 249LA 1DYCA 178LA 3FA0A 1L74A 245LA 3C7ZA 4YXAC 1L19A 1C6CA 3HDEA 251LA 183LA 1L31A 1G0LA 1L37A 1JQUA 1QTCA 1OVJA 2LCBA 4ARMA 146LA 3HU9A 2OTZX 1T8GA 1CV3A 156LA 160LA 1L30A 2RBQA 1P36A 2RAZX 1CTWA 176LA 252LA 224LA 4EKQA 1QTVA 213LA 1P2LA 1D3FA 128LA 2OE9X 3HT8A 1C6FA 1L11A 3DKEX 1LWGA 142LA 169LA 2LC9A 192LA 1L88A 3HTBA 1C6NA 4OO9A 1LYEA 3HTDA 1L15A 145LA 1L20A 1L40A 1G0KA 4ARMB 4I7NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
166LA 1JJ3A 1GBSA 1JKAA 1LYOA 1GFTA 3W6AA 3ATOA 1BB7A 4GRVA 115LA 4LDLA 1G7IC 3N9AA 3B6LA 3HH5A 1GDWA 1GFKA 1QT8A 4I7KA 5F16A 107LA 5DL9A 4NSGA 4RW2A 3MGWA 3HH4A 4J1AA 1D3JA 3A96A 2XJWA 4H9FA 2Z39A 3CB7A 2G4NA 3GUIA 4PRQA 1SX7A 1IWVA 1L10A 1TDYA 216LA 2MEEA 1LSPA 4TX7A 4IASA 2O4WA 1C6KA 2Q9DA 4CFPA 4RLMA 1KIRC 2ZILA 3HWLA 1CJ6A 3HUAA 1VAUA 4QDNA 2RBSA 1LZRA 1YL0X 1C61A 1MLCE 1OV7A 4B4IA 1DXJA 1YROA 257LA 5ILCA 2NTGA 1L14A 1C64A 1NHEA 210LA 5KXOA 3HFMY 1BB4A 5LVJA 1G0JA 1XFPL 227LA 2G4QA 1F6SA 1GFAA 1IP3A 1QTEA 3HH3A 1XEKA 1CUQA 1YL1X 2O7AA 5KXNA 2HU3A 3DN8A 4NG8A 1ZMYL 1IWYA 2YBJA 4OWAA 1KY1A 4ETAA 2RB1X 4W58A 4DDCA 4G4CA 3T36A 3C8SA 1L86A 3WVXA 1G7HC 1LJGA 4R0FA 1CU6A 240LA 2VB1A 3ODUA 3DMVA 151LA 4G4BA 2ANXA 5LXWA 4QY9A 4DT3A 1L60A 3WPJA 1JJ1A 2L78A 219LA 2CJLA 2B74A 1L64A 201LA 4BAFA 2A4TA 4H91A 3ATNA 2OU8A 1BVKC 1GFRA 1G7MC 125LA 1YILA 1OUIA 1L93A 1NMMA 4OWCA 1DYFA 5J7CA 4MCKA 2QB0B 1FLWA 114LA 189LA 2Z2FA 3F9LA 1LSYA 1XEJA 5A3ZA 5KXTA 4G49A 1IR8A 3GXRA 3A91A 1HHLA 1LCNA 254LA 5DN4A 4H8YA 1C46A 2QARC 2D4KA 3HH6A 2MEHA 1GBZA 1CKGA 1L44A 4NIJA 1L83A 2I25L 4IJ4A 4A7DA 1C62A 1VATA 1UACY 1W08A 1UA6Y 1LSAA 1L82A 256LA 3A94A 1IC7Y 4WOAA 1L77A 1C6TA 1LYFA 6LYTA 1VDQA 4EOFA 5I4WA 5I14A 158LA 1L98A 225LA 1OUJA 4NY5A 3D3DA 2HEAA 3CDVA 134LA 3CDOA 2B6ZA 1C6JA 1DYEA 1GB2A 2DQGY 4WM3A 1LSEA 3TXEA 4LT1A 167LA 1L53A 3W3EA 161LA 1L75A 1FKQA 5LA8A 1JHLA 3QY4A 1CJ8A 1L01A 3HDFA 1HELA 1TCYA 212LA 4TWSA 1LZ1A 4LYMA 1GE3A 4H1PA 6LYZA 2Y8PA 1HFZA 2HTXA 4DD2A 1HEQA 4RW1A 1KIQC 123LA 230LA 1OYUA 4XJDA 4N5RA 112LA 1IP6A 1L97A 2WARA 4TSBA 4W56A 1BQLY 4DD0A 1WTHA 5L3IA 1GE2A 3GUKA 4LFXA 2EKSC 1L66A 3K3TA 1L67A 4EPFA 3SN6R 1HERA 5LA5A 1L95A 4HTKA 4LT3A 4B0DA 1HF4A 3IWRA 3W6FA 2Z38A 3SB8A 1L35A 1SSYA 1IX0A 1XSFA 4PJ2C 1NQIA 5D5CA 1VFBC 4NGKA 130LA 1B5ZA 3HU8A 1UIAA 1GDXA 258LA 243LA 1J1XY 1GB3A 2BQJA 1XGRC 1T3PA 180LA 4GCFA 4FDYA 5IDDA 4ANRA 1LZ5A 1GAYA 3GUPA 1QTKA 1QTZA 1PZYA 1LHIA 1XEPA 1L26A 3A34A 1L13A 1L21A 4H94A 1C6GA 2B72A 1LZCA 1HC0A 209LA 2G4PA 2Q9EA 5KKIA 1UIGA 1IORA 5I4XA 2CUUA 1L24A 2DQDY 173LA 2RBNA 1CV4A 5DM9A 262LA 3CT1A 1DYAA 1LYGA 3A67Y 4DD7A 184LA 5K7OA 1LGXA 2RH1A 3GULA 1C65A 1GF5A 2BLXA 4YEOA 1PQIA 239LA 1L90A 1P46A 4WL7A 2W1MA 150LA 1TLAA 1LJFA 1GB7A 6LZMA 4GCDA 163LA 1B5UA 111LA 1BGIA 1DPXA 2ZYCA 1DYCA 1IR9A 1L74A 5DN5A 4EMNA 3C7ZA 1JTOL 1JSEA 3FE0A 1HEPA 183LA 1XGPC 1L37A 2HECA 7LYZA 3RW8A 2OTZX 5L3HA 1CV3A 160LA 1VDSA 224LA 3SP3A 5C6LA 4DWXA 2I26L 1LWGA 1UIDA 3FI7A 5IELA 193LA 4P2EA 1B7LA 3WXUA 1L20A 3TXFA 1UIHA 3DN1A 153LA 1KW5A 2BQLA 3LZTA 1GB8A 2RBPA 1CU2A 4QGZA 1C69A 4MR1A 5HMJA 187LA 4ZIXA 3TXGA 2LYMA 1CU0A 3DN4A 1OWYA 162LA 4WG1A 172LA 4ARPA 1L79A 3TXBA 5F14A 3HT6A 1B7PA 2B6XA 250LA 3P65A 2XQOA 2H9JA 175LA 1B7OA 1VDPA 168LA 5LVHA 190LA 1LSGA 5F9UA 5LVKA 113LA 2BQIA 4PPOA 3A95A 4NGIA 1L55A 1NDGC 4LT2A 4XJHA 1L47A 2AUBA 2YBHA 3RZEA 3DNAA 3SB9A 185LA 5T3FA 4AXTA 1KW7A 1P3NA 4LYCA 1B9OA 4PK0A 3EMSA 1HEOA 4WLXA 4PJZA 2OTYX 1CKFA 1SLYA 3C7YA 4ETBA 3AW7A 1EQ4A 1H6MA 1LZEA 1LI2A 4CGEA 3AZ7A 5B06A 4LDEA 1OUCA 4B4EA 2RSCA 1O23A 2Z6BA 1CV6A 5I54A 4IATA 1JTTL 2FYDA 1LMPA 1T8FA 1G1VA 1QDTA 198LA 1LGWA 3CT0A 2W1YA 5KXYA 3SB5A 4XENA 3PDSA 4I7TA 5B05A 1LSCA 3DN6A 1L39A 2HUMA 1UIBA 2W1XA 4ARLA 1L92A 138LA 197LA 1LJ3A 1GE0A 4GCCA 1G0GA 3AZ5A 5B59A 1CKDA 1CX7A 5E4PA 188LA 5C6JA 2Z18A 1DYGA 3LZ2A 1IIZA 1BWHA 4ET8A 1SWZA 1QS5A 5LAGA 2OU9A 4C3WA 3N9EA 1OUDA 1C6HA 1FLUA 3NYAA 1IP4A 2CWIA 1L00A 2DBTA 4U3XB 1PQJA 1C6BA 1LI6A 1IOSA 3WVYA 3OE9A 120LA 1YIKA 1EQEA 1GE1A 1P7SA 1IR7A 4YXCA 5JENB 1LYHA 1L22A 5AMYA 1CV5A 1EPYA 1LKRA 2XBRA 3A6CY 4TUNA 4WO6A 2BQKA 1L04A 5C6IA 4ARJA 1LSBA 5KXKA 3TXJA 159LA 186LA 3GUJA 3HUQA 4XJGA 4B4JA 1L45A 5FSTA 4ETEA 4BADA 3LYTA 1GPQC 1LZAA 5KXWA 1GE4A 1L34A 1J1OY 3M3UA 4Z41A 2Q0MX 2ZWBA 1H87A 1HNLA 1L94A 1V7SA 3OK0A 5HLLA 1LJNA 4OW1A 9LYZA 2OE7X 3C81A 157LA 3TMXA 1XJUA 1YAPA 2DQJY 1QT4A 119LA 2F4AA 3LN2A 5APEA 1GB6A 2O79A 1IY3A 206LA 1C60A 110LA 4N0JA 1F10A 1NBZC 1LLHA 4WM1A 3WXTA 2LZTA 4UWUA 1HSWA 2MECA 3A92A 2HUBA 4EKSA 1P37A 1EL1A 1L56A 4CJ2A 4YEMA 1GF0A 1OUHA 4OOTA 1GF6A 3HBDA 1RE2A 152LA 1C6QA 4C5FA 1LYIA 3WYHA 2H9KA 1LSZA 4DAJA 1LYSA 3DN0A 1W6ZA 4KT3A 1JUGA 1INUA 2FBDA 3IJVA 2XBSA 1PQDA 1P6YA 3AZ6A 1JWRA 2BQOA 4XADA 1HMLA 1P5CA 4I7SA 2BQAA 1GAZA 4E97A 259LA 5LYZA 4Z3MA 1RI8B 4I7PA 4BAPA 4DDAA 1JTNA 3JR6A 1QDRA 1L99A 4XN6A 1I56A 5B07A 1LZ8A 1XGUC 4H8XA 5KXZA 1C6DA 2D4IA 5KXSA 4KXIA 4HSFA 3WL2A 3P64A 1L36A 1T6VL 1C66A 4J1BA 2B70A 1RCMA 1LSMA 4ZEEA 7LZMA 3M18B 5DLAA 5FEKA 4WLYA 3CQLA 3CDRA 4WM4A 1CX6A 2Z19A 200LA 4I7RA 1L0JA 5HNLA 4I7LA 2IHLA 177LA 1JTPL 1L65A 3LYOA 2OEAX 1QT7A 1JSFA 247LA 2BQDA 3AJNA 2HEEA 5I53A 1B6IA 1L61A 1LHLA 4HPEA 2HEBA 1G7JC 3CT5A 3B0OA 3TMWA 233LA 4B1AA 1AZFA 1UUZC 3GUOA 1OQMA 1F0WA 1LZ6A 1L33A 3OE0A 2F47A 118LA 1XJTA 1OUAA 3C82A 3AB6A 1LMNA 1OUGA 1L05A 3OE6A 2MEIA 4PGJB 4MSTA 2C8PA 3HT9A 3WMKA 1XGTC 255LA 1C08C 154LA 249LA 178LA 245LA 4YXAC 1QUTA 3ULRA 1C6CA 1D0MA 1GFUA 1G0LA 1IOTA 4NG1A 2BQEA 4ARMA 146LA 3HU9A 4X3BA 3CSQA 2PC2A 156LA 1OUFA 4ET9A 2X0AA 3BKHA 1L30A 2RBQA 1P36A 1CTWA 176LA 2BQMA 1LJIA 252LA 1PS5A 1YQVY 4EKQA 1B5YA 213LA 3HT8A 1C6FA 1L11A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 166L A;  1JJ3 A;  1GBS A;  1JKA A;  1LYO A;  1GFT A;  3W6A A;  3ATO A;  1BB7 A;  4GRV A;  115L A;  4LDL A;  1G7I C;  3N9A A;  3B6L A;  3HH5 A;  1GDW A;  1GFK A;  1QT8 A;  4I7K A;  5F16 A;  107L A;  5DL9 A;  4NSG A;  4RW2 A;  3MGW A;  3HH4 A;  4J1A A;  1D3J A;  3A96 A;  2XJW A;  4H9F A;  2Z39 A;  3CB7 A;  2G4N A;  3GUI A;  4PRQ A;  1SX7 A;  1IWV A;  1L10 A;  1TDY A;  216L A;  2MEE A;  1LSP A;  4TX7 A;  4IAS A;  2O4W A;  1C6K A;  2Q9D A;  4CFP A;  4RLM A;  1KIR C;  2ZIL A;  3HWL A;  1CJ6 A;  3HUA A;  1VAU A;  4QDN A;  2RBS A;  1LZR A;  1YL0 X;  1C61 A;  1MLC E;  1OV7 A;  4B4I A;  1DXJ A;  1YRO A;  257L A;  5ILC A;  2NTG A;  1L14 A;  1C64 A;  1NHE A;  210L A;  5KXO A;  3HFM Y;  1BB4 A;  5LVJ A;  1G0J A;  1XFP L;  227L A;  2G4Q A;  1F6S A;  1GFA A;  1IP3 A;  1QTE A;  3HH3 A;  1XEK A;  1CUQ A;  1YL1 X;  2O7A A;  5KXN A;  2HU3 A;  3DN8 A;  4NG8 A;  1ZMY L;  1IWY A;  2YBJ A;  4OWA A;  1KY1 A;  4ETA A;  2RB1 X;  4W58 A;  4DDC A;  4G4C A;  3T36 A;  3C8S A;  1L86 A;  3WVX A;  1G7H C;  1LJG A;  4R0F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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