4W51A

T4 lysozyme l99a with no ligand bound
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endolysin
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w51A00
141LA 1L80A 1OV5A 3DN8A 1L37A 149LA 1L76A 158LA 2HUMA 1CU0A 2RB0X 151LA 248LA 1L95A 4ARLA 3HU9A 1QS9A 166LA 1L65A 1G1WA 1G0PA 1L15A 1P37A 2B6TA 249LA 1QT5A 3C8RA 206LA 230LA 1L56A 1L21A 1QTCA 1QT7A 1L73A 1L92A 243LA 3SN6R 1KW7A 1D2WA 1P56A 1CV1A 1T8GA 1L02A 1P2RA 211LA 1L79A 1L01A 1WTHA 1NHBA 1L14A 2QB0B 2B6WA 2OE7X 1L58A 1L27A 1XJTA 1L0KA 1OVJA 2F2QA 186LA 4I7NA 4DKLA 3SB5A 2RAYX 1L93A 2B72A 1LYDA 3DN1A 4ARQA 2RBQA 2B74A 3HU8A 2RB1X 199LA 1G0LA 1P3NA 223LA 241LA 1L96A 3SB8A 235LA 1C6FA 245LA 1OWYA 4W53A 3CDQA 3DKEX 1KNIA 2HUKA 2NTGA 3OE8A 2LZMA 259LA 1C64A 1L32A 1L25A 3RUNA 1C65A 1CVKA 1OVHA 2B6XA 1QTDA 1CV5A 104LA 1L82A 4PK0A 3OE0A 1L0JA 1L24A 4GBRB 4W57A 1K28A 3NYAA 109LA 1P46A 1G07A 131LA 246LA 111LA 4LDOA 1L44A 139LA 1L88A 1C6MA 3L2XA 3DMXA 4EPIA 1L90A 3DN4A 3F8VA 1QT8A 102LA 1DYAA 1L46A 1L42A 1L41A 1L05A 1L50A 3GULA 143LA 2OTYX 4YXCA 2ANVA 238LA 1QT6A 1L47A 1L49A 3DN2A 1G0MA 2B6ZA 3D4SA 192LA 1L28A 2B75A 3GUPA 3C82A 1C60A 173LA 6LZMA 1L67A 1C6JA 1KW5A 1L63A 226LA 2HULA 2Q9EA 256LA 2B6YA 4EPFA 1SWYA 233LA 3C7WA 3GUIA 156LA 150LA 1C6PA 185LA 229LA 1L45A 3EMLA 5LZMA 1OVKA 1L98A 2B70A 4W51A 4W58A 3LZMA 1L70A 1LGUA 1QUGA 1LYJA 4LZMA 1XEPA 3DNAA 113LA 1LI3A 2OE4X 2NTHA 1L36A 3HWLA 1L87A 3GUKA 4W59A 1L06A 2OU8A 1C6IA 3C7ZA 1L34A 2CUUA 2RBOA 1G0JA 2A4TA 1G0KA 3PBLA 178LA 3HT6A 1C6HA 1LLHA 240LA 3DN6A 2O4WA 125LA 4I7RA 1TLAA 237LA 2OU0X 1LYFA 152LA 1L85A 183LA 4W55A 225LA 3HTGA 1PQDA 159LA 147LA 1L54A 1G0QA 3ODUA 1T6HA 129LA 1PQKA 244LA 1P6YA 220LA 1L30A 3GUMA 228LA 3C81A 1SX2A 4I7MA 1C6CA 1L07A 1OWZA 4EJ4A 169LA 1OYUA 2O7AA 1T8FA 3NY9A 4EKQA 1L20A 1L53A 1L17A 1DYFA 1QTVA 118LA 1LGWA 209LA 2RBPA 1C66A 4ARMA 215LA 1L33A 1L59A 1L69A 1LYGA 1SSWA 4ARMB 1LWKA 1L68A 227LA 1L71A 1L18A 4I7JA 1PQIA 4W56A 4IAPA 3C7YA 144LA 4I7PA 1L48A 1CU3A 2Z6BA 1KY0A 2RBRA 177LA 1D2YA 164LA 200LA 1L35A 3HT9A 218LA 1I6SA 3DMVA 1L55A 1QTHA 1P64A 1L04A 3SBAA 4E97A 3PDSA 1B6IA 2IGCA 1DYGA 1L64A 3G3VA 2QARC 3FI5A 1L22A 3HTDA 1LPYA 3QAKA 4I7SA 162LA 3C80A 1JTMA 176LA 174LA 4PJZA 3RZEA 103LA 3HH3A 4ARPA 1L09A 1C61A 1C6DA 1L72A 4I7QA 1L03A 4YXAC 1C6TA 1L19A 2RBNA 4OO9A 2B73A 1ZURA 145LA 3NY8A 1P2LA 148LE 3HUKA 2F32A 2OEAX 1CUPA 191LA 160LA 195LA 231LA 182LA 1C6BA 1L00A 4I7TA 1L81A 138LA 3V2YA 1G06A 2F47A 1PQJA 190LA 171LA 1CV0A 3SBBC 2OE9X 3CDRA 108LA 170LA 1L43A 1LWGA 1CX6A 1JQUA 110LA 1SX7A 1PQMA 1L99A 1T8AA 1QSBA 1P5CA 4ZPUA 119LA 1D3JA 3CDOA 3JR6A 1L83A 1XJUA 2ANXA 1CU2A 212LA 1C6LA 1C6NA 253LA 1L13A 4W54A 3SB7A 250LA 261LA 222LA 198LA 196LA 180LA 3CDVA 1C68A 1L11A 2RAZX 4DJHA 1SWZA 1L89A 3F9LA 4YX7C 1CV4A 1CX7A 1DYDA 1KS3A 2OU9A 1L62A 1LYIA 258LA 3C83A 224LA 4EKRA 1L77A 1L91A 3SB9A 1C6EA 4S0WA 3HH4A 3HT8A 1C6QA 1L31A 163LA 112LA 1C6KA 1L08A 242LA 3DMZA 4DAJA 7LZMA 1L75A 1KY1A 142LA 165LA 175LA 181LA 232LA 2RBSA 1CV3A 221LA 1L94A 161LA 3CDTA 1L16A 3G3WA 4LDLA 4I7KA 3G3XA 1L52A 236LA 114LA 247LA 1QUDA 3K2RA 130LA 1L38A 1L86A 1QTBA 1L29A 4EXMA 4ARQB 3HTFA 3UONA 1G0GA 128LA 251LA 1LI6A 3DN0A 4I7OA 1CU5A 4EKPA 3GUNA 3HH6A 3OE6A 3SB6A 3V2WA 1LGXA 1C67A 3C8QA 3HH5A 1L61A 3HUAA 3FADA 205LA 146LA 172LA 187LA 4LDEA 3HDFA 1LYHA 157LA 4AQNA 123LA 1L51A 167LA 2B7XA 1L66A 1ZWNA 1L40A 1CV6A 5I14A 239LA 260LA 1D3NA 1C6GA 2OTZX 4I7LA 3DN3A 189LA 1DYEA 155LA 4GRVA 219LA 1P7SA 184LA 1SSYA 1P36A 2RB2X 3L64A 213LA 1LI2A 140LA 1ZYTA 1L12A 4ARJA 1QT3A 3HTBA 257LA 127LA 4K5YA 1LW9A 1C6AA 1L60A 1QSQA 2Q9DA 1CUQA 1L23A 1L84A 210LA 1DYBA 1D3MA 217LA 1QUHA 1L57A 254LA 1LYEA 252LA 3FA0A 1L97A 4W52A 1PQOA 201LA 1QT4A 255LA 197LA 115LA 1OV7A 1CU6A 126LA 214LA 2O79A 1G1VA 3HDEA 1QTZA 1L10A 2LCBA 1D3FA 1JTNA 216LA 1L26A 1C63A 1CTWA 1EPYA 168LA 2LC9A 1L39A 234LA 2L78A 3GUOA 1C62A 120LA 137LA 1L74A 3HUQA 3C8SA 3VW7A 107LA 188LA 1D9WA 3OE9A 1QS5A 1DYCA 3GUJA 2RH1A 262LA 122LA 1C69A 4EKSA 3HT7A 1QUOA 1T97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5L3IA 1B2KA 1G7IC 1CU0A 2RB0X 248LA 1L95A 1LSGA 1L65A 1G1WA 1L15A 1P37A 1LYZA 249LA 1QT5A 3C8RA 4YEOA 1CJ6A 4AGAA 1WVUA 1B9OA 3ZVQB 4OWCA 1QTCA 4RLNA 1L92A 5B1FA 243LA 1OUHA 5KKIA 1P56A 1T8GA 1P2RA 2XBRA 1NHBA 4NHSA 1B5XA 3N9EA 2B6WA 4R0FA 4DKLA 4I7NA 3SB5A 6LYTA 1L93A 1UUZC 4ARQA 1GB2A 1LHHA 2B74A 1OWYA 3GXRA 7LYZA 3DKEX 1KNIA 4DDCA 3OE8A 2LZMA 2BQFA 1IOCA 3RUNA 4WM6A 1JKAA 1CVKA 4KPMA 4KXIA 1NMMA 4PK0A 2CWIA 5JENB 1OQMA 3W3EA 246LA 1JSEA 1KIQC 4DWXA 1B7LA 3L2XA 3DMXA 3DN4A 5F81A 4H9BA 1DYAA 2EIZC 2NWDX 4DT3A 1LMOA 2Z12A 1QT6A 1L49A 2G4QA 3GUPA 4HSFA 1KW5A 3CB7A 1LHIA 1GE4A 1VEDA 1IP4A 156LA 150LA 1LJKA 3EMLA 1HEQA 1Z55A 1OVKA 1CJ8A 1P2CC 1YAMA 2HUBA 3LZMA 1OUAA 1QUGA 4ET9A 1LYJA 1BB6A 4LZMA 3EBAB 2LYMA 1GHLA 113LA 4R6CA 2NTHA 1L36A 3HWLA 1YAOA 2CUUA 1LZ9A 1G0JA 2Q0MX 1XGTC 1C6HA 125LA 1GB3A 5LVHA 1UACY 4C5FA 4ZEEA 152LA 2HEEA 1OUFA 147LA 3M3UA 1GBYA 1GF9A 129LA 1QUSA 1PQKA 1P6YA 1L30A 5KJ9A 1TBYA 2H9JA 3C81A 4GN5C 1C6CA 5D5CA 169LA 2Z2FA 2HEAA 4H9CA 2MEEA 2DQJY 1L53A 1L17A 2F4GA 4PRQA 4EOFA 5F14A 4NFVA 1QTVA 118LA 1LGWA 2RBPA 1L33A 9LYZA 1L69A 4B49A 4Z98A 1HEMA 4WO9A 4OWAA 1GBOA 1IEEA 1PQIA 4UWVA 1L48A 1LJNA 1A2YC 3HFMY 1O23A 2XBSA 5DL9A 2DQAA 2RBRA 2BQNA 3WU8A 4OOTA 3WUAA 1L55A 1GFUA 1HF4A 1QTHA 4H8XA 3SBAA 2D4JA 3A6CY 4E97A 4NSHA 2IGCA 1H87A 1C08C 4B4EA 8LYZA 1D0MA 1LPYA 1WVVA 4I7SA 3TMVA 3WU7A 1G7JC 2HU1A 174LA 2YBJA 5HMJA 1JTPL 4NSJA 1GBZA 103LA 3RZEA 1HEWA 4W96A 1BB4A 1XEIA 1LHJA 1LHMA 3LN2A 1LZYA 1WQOA 5KXNA 160LA 231LA 1GAZA 2Z38A 4CHXA 1N4FA 3V2YA 4IATA 1TEWA 3P65A 2OE9X 5L9JA 3EXDA 1L43A 3WL2A 1J1XY 4NY5A 1GBSA 3ULRA 1SX7A 1L99A 3B0KA 3TXHA 1D3JA 3CDOA 3JR6A 1UIAA 1XJUA 1XGUC 2ANXA 4B0DA 3AGHA 1FLYA 1DZBX 1C6LA 1D0LA 1C68A 1JITA 4WM2A 5KXTA 1L89A 5HNLA 1LYSA 1EQ4A 2OU9A 1LMQA 1JHLA 3MGWA 3SB9A 4S0WA 3WH1A 1L31A 163LA 5LVIA 112LA 1C6KA 242LA 4DAJA 4YF2A 1HEPA 1LMPA 1L75A 1KY1A 4H9AA 4TSBA 1REZA 2DQIY 4WM1A 4H90A 3W6FA 3CDTA 2YBLA 3G3WA 1REXA 3A3QA 4AXTA 4PHIA 4NGWA 1NBYC 1LPIA 251LA 1FBIX 3DN0A 4I7OA 1CU5A 1LGXA 2BLYA 4DQ7A 1DI3A 3AB6A 135LA 2LZTA 187LA 4LDEA 1B5WA 4N1CC 4CFOA 1IY3A 167LA 2FBBA 5C6IA 2CJLA 1GFGA 1ZWNA 3TXJA 5I14A 4IJ4A 2OTZX 1HENA 155LA 219LA 184LA 1B0DA 2XTHA 1CKGA 3AW6A 140LA 1GE0A 1F0WA 5APEA 2MEAA 257LA 4WM5A 3A92A 1LW9A 3AW7A 4NGOA 1QSQA 1IOSA 1D3MA 217LA 2YBIA 1GF8A 254LA 4ZFPA 1UIDA 1LYEA 252LA 1L97A 1LCNA 1PQOA 3CQLA 4NHQA 1LTMA 255LA 3LYTA 4H8YA 4I0CA 4BAFA 3HBEX 4DD3A 1G1VA 2DQHY 1L10A 1GF0A 1GDWA 168LA 234LA 2L78A 5FHWA 1IR8A 4LYTA 1DPWA 188LA 3AZ4A 1B5VA 4D9ZA 262LA 3HT7A 1WQNA 1GFJA 141LA 1QTKA 1L80A 3WPLA 1L76A 3EO5A 1HSWA 158LA 1LSDA 3HU9A 1INUA 4NGKA 2I25L 2RSCA 5KXPA 1JPOA 5FEKA 1L21A 2LZ2A 2BQIA 1BGIA 1KW7A 211LA 1IWUA 1L01A 1WTHA 2ZNWY 4B4JA 1GXV2 5C6LA 1XJTA 186LA 2B72A 4ETEA 1DQJC 1LAAA 5I53A 1LHLA 4GCBA 199LA 1T6VL 2YVBA 1P3NA 241LA 5II3A 3FE0A 3SB8A 3A90A 1C6FA 245LA 2HUKA 2W1LA 4ANRA 1GAYA 1C64A 1KIRC 3CT5A 1LSZA 1C65A 3CT1A 1NKHA 4YEMA 3A95A 1CV5A 5M1YA 2I26L 1CKDA 3OE0A 1QDRA 2BPUA 2W1YA 4W57A 2DQFC 4G9SA 131LA 111LA 2Z18A 1L88A 139LA 1QIOA 4H9EA 1C6MA 5LVKA 4GLAA 3AZ5A 1L41A 1L05A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5L3I A;  1B2K A;  1G7I C;  1CU0 A;  2RB0 X;  248L A;  1L95 A;  1LSG A;  1L65 A;  1G1W A;  1L15 A;  1P37 A;  1LYZ A;  249L A;  1QT5 A;  3C8R A;  4YEO A;  1CJ6 A;  4AGA A;  1WVU A;  1B9O A;  3ZVQ B;  4OWC A;  1QTC A;  4RLN A;  1L92 A;  5B1F A;  243L A;  1OUH A;  5KKI A;  1P56 A;  1T8G A;  1P2R A;  2XBR A;  1NHB A;  4NHS A;  1B5X A;  3N9E A;  2B6W A;  4R0F A;  4DKL A;  4I7N A;  3SB5 A;  6LYT A;  1L93 A;  1UUZ C;  4ARQ A;  1GB2 A;  1LHH A;  2B74 A;  1OWY A;  3GXR A;  7LYZ A;  3DKE X;  1KNI A;  4DDC A;  3OE8 A;  2LZM A;  2BQF A;  1IOC A;  3RUN A;  4WM6 A;  1JKA A;  1CVK A;  4KPM A;  4KXI A;  1NMM A;  4PK0 A;  2CWI A;  5JEN B;  1OQM A;  3W3E A;  246L A;  1JSE A;  1KIQ C;  4DWX A;  1B7L A;  3L2X A;  3DMX A;  3DN4 A;  5F81 A;  4H9B A;  1DYA A;  2EIZ C;  2NWD X;  4DT3 A;  1LMO A;  2Z12 A;  1QT6 A;  1L49 A;  2G4Q A;  3GUP A;  4HSF A;  1KW5 A;  3CB7 A;  1LHI A;  1GE4 A;  1VED A;  1IP4 A;  156L A;  150L A;  1LJK A;  3EML A;  1HEQ A;  1Z55 A;  1OVK A;  1CJ8 A;  1P2C C;  1YAM A;  2HUB A;  3LZM A;  1OUA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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